单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 146 篇文献，本页显示第 41 - 60 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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| 41 | 2024-08-07 |
Single-cell longitudinal analysis of SARS-CoV-2 infection in human airway epithelium
2020-Jul-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2020.05.06.081695
PMID:32511382
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，对实验感染的人支气管上皮细胞（HBECs）在气液界面培养中进行时间序列分析，揭示了SARS-CoV-2感染的病毒复制、细胞趋向性和宿主-病毒相互作用。 | 发现了新的多聚腺苷酸化病毒转录本，并确认纤毛细胞为主要感染目标；开发了一种新的计算方法CONDENSE，用于分析和比较感染响应中的时间基因动态。 | NA | 深入理解SARS-CoV-2感染和发病机制，为治疗药物的开发提供关键信息。 | 人支气管上皮细胞（HBECs）和COVID-19患者。 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 实验感染的人支气管上皮细胞（HBECs）和COVID-19患者样本。 | NA | NA | NA | NA |
| 42 | 2024-08-07 |
SARS-CoV-2 Spike Protein Interacts with Multiple Innate Immune Receptors
2020-Jul-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2020.07.29.227462
PMID:32766577
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研究论文 | 本文研究了SARS-CoV-2的刺突蛋白与多种先天免疫受体的相互作用 | 首次展示了SARS-CoV-2刺突蛋白通过其糖基化与多种先天免疫受体相互作用 | NA | 探讨SARS-CoV-2刺突蛋白与先天免疫受体的相互作用及其在治疗干预中的潜在应用 | SARS-CoV-2刺突蛋白及其与先天免疫受体的相互作用 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 43 | 2024-08-07 |
Genome-wide studies reveal the essential and opposite roles of ARID1A in controlling human cardiogenesis and neurogenesis from pluripotent stem cells
2020-07-09, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-020-02082-4
PMID:32646524
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研究论文 | 本文报道了ARID1A在人类胚胎干细胞中调控神经发生和心脏发生的相反作用 | 首次揭示了ARID1A在人类胚胎干细胞中调控心脏发生和神经发生的分子机制 | NA | 探究ARID1A在人类胚胎干细胞中调控心脏发生和神经发生的分子机制 | 人类胚胎干细胞中的心脏发生和神经发生 | 干细胞生物学 | 先天性心脏缺陷 | scRNA-seq, ATAC-seq, ChIP-seq | NA | 基因表达数据 | 人类胚胎干细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 44 | 2024-08-07 |
Circulating immune cell phenotype dynamics reflect the strength of tumor-immune cell interactions in patients during immunotherapy
2020-07-07, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.1918937117
PMID:32571915
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研究论文 | 研究探讨了免疫治疗期间外周血免疫细胞表型动态变化与肿瘤内免疫活性的关系 | 通过生态种群模型和单细胞RNA测序分析，揭示了响应患者中肿瘤与循环免疫细胞的强相互作用及其表型变化 | 研究仅限于胃肠道癌症患者，且样本来自单一临床试验 | 探讨外周血免疫细胞表型在癌症治疗前后及早期如何反映肿瘤内免疫活性 | 胃肠道癌症患者在接受化疗和免疫治疗期间的肿瘤和免疫细胞 | 数字病理学 | 胃肠道癌 | 单细胞RNA测序 | 生态种群模型 | 临床数据和基因组数据 | 一批晚期胃肠道癌症患者 | NA | NA | NA | NA |
| 45 | 2024-08-07 |
Integrated Transcriptome and Network Analysis Reveals Spatiotemporal Dynamics of Calvarial Suturogenesis
2020-07-07, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2020.107871
PMID:32640236
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研究论文 | 本研究通过综合转录组和网络分析，揭示了颅骨缝合生成的时空动态特征 | 本研究首次在组织和单细胞水平上对小鼠额缝进行了胚胎日E16.5和E18.5的转录组分析，并结合共表达网络分析，验证了调控成骨细胞分化的关键驱动基因 | NA | 研究颅面异常中涉及的缝合组织的发育机制 | 小鼠额缝及其在Saethre-Chotzen和Apert综合征中的模型 | 数字病理学 | 颅面异常 | RNA测序 | NA | 转录组数据 | 小鼠额缝组织和单细胞样本 | NA | NA | NA | NA |
| 46 | 2024-08-07 |
Artificial-cell-type aware cell-type classification in CITE-seq
2020-07-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaa467
PMID:32657383
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研究论文 | 本文提出了一种名为CITE-sort的人工细胞类型感知表面标记聚类方法，用于CITE-seq数据中的细胞类型分类 | CITE-sort能够识别并分离由多重细胞引起的人工细胞类型，提高了细胞表面表型的自动化分析准确性 | NA | 旨在解决CITE-seq数据中多重细胞导致的人工细胞类型问题，提高细胞类型分类的准确性 | CITE-seq数据中的细胞类型分类 | 单细胞测序 | NA | CITE-seq | 聚类方法 | 单细胞转录组数据 | 使用了真实和模拟的CITE-seq数据集进行验证 | NA | NA | NA | NA |
| 47 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing reveals profibrotic roles of distinct epithelial and mesenchymal lineages in pulmonary fibrosis
2020-07, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.aba1972
PMID:32832598
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了肺纤维化中不同上皮和间质细胞系的促纤维化作用 | 发现了在肺纤维化中，外周肺上皮细胞表型的显著变化，并识别出几种先前未被认识的上皮细胞表型，包括在肺纤维化中高度富集的病理性和产生细胞外基质的上皮细胞群体 | NA | 全面定义驱动肺纤维化中纤维化重塑的细胞类型、机制和介质 | 肺纤维化中的上皮和间质细胞系 | 数字病理学 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 10个非纤维化对照肺和20个肺纤维化肺的单细胞悬液，共分析了114,396个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 48 | 2024-08-07 |
Mapping Cellular Coordinates through Advances in Spatial Transcriptomics Technology
2020-07-31, Molecules and cells
IF:3.7Q2
DOI:10.14348/molcells.2020.0020
PMID:32507771
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综述 | 本文综述了空间转录组学技术的发展及其在获取细胞原位基因表达信息中的应用 | 介绍了通过整合成像和位置条码技术来获取细胞位置信息的方法 | 目前方法主要依赖于组织中细胞的物理分离，导致位置信息缺失 | 探讨空间转录组学技术在理解组织结构依赖性和位置依赖性细胞功能中的应用 | 细胞间的通信及其在组织稳态中的基本过程 | NA | NA | 单细胞RNA测序技术 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 49 | 2024-08-07 |
GMM-Demux: sample demultiplexing, multiplet detection, experiment planning, and novel cell-type verification in single cell sequencing
2020-07-30, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-020-02084-2
PMID:32731885
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研究论文 | 本文提出了一种基于高斯混合模型的多重检测方法GMM-Demux，用于单细胞RNA测序中的样本解复用、多重检测、实验规划和新细胞类型验证 | GMM-Demux通过样本条形码技术，包括细胞哈希和MULTI-seq，准确识别并移除多重样本，并使用液滴形成模型验证从scRNA-seq数据中发现的可疑细胞类型 | NA | 提高单细胞RNA测序的可扩展性和可靠性 | 单细胞RNA测序中的多重样本检测和新细胞类型验证 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序 | 高斯混合模型 | RNA测序数据 | 在PBMC数据集中识别了9种由多重样本引起的人工细胞类型 | NA | NA | NA | NA |
| 50 | 2024-08-07 |
Combining single-cell RNA-sequencing with a molecular atlas unveils new markers for Caenorhabditis elegans neuron classes
2020-07-27, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaa486
PMID:32542321
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研究论文 | 本研究结合单细胞RNA测序和分子图谱，揭示了Caenorhabditis elegans神经元类别的新标记 | 设计了一种迭代聚类分析方法，成功将97种神经元类别分配到聚类中，并设计了15种新的神经元类别特异性启动子 | 仅成功分配了118种神经元类别中的97种，且部分聚类包含具有相似分子特征的神经元类别 | 通过单细胞RNA测序和分子图谱，识别和验证Caenorhabditis elegans神经元类别的新标记 | Caenorhabditis elegans的神经元类别及其分子特征 | 分子生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | 迭代聚类分析 | 基因表达数据 | 约800个基因在单细胞分辨率下的表达模式 | NA | NA | NA | NA |
| 51 | 2024-08-07 |
High-dimensional single-cell analysis delineates radiofrequency ablation induced immune microenvironmental remodeling in pancreatic cancer
2020-07-27, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-020-02787-1
PMID:32719347
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研究论文 | 本研究通过同源肿瘤模型和单细胞RNA及T细胞受体测序，探讨了射频消融（RFA）治疗后远处非RFA肿瘤中肿瘤浸润免疫细胞的改变 | 首次揭示了RFA治疗在胰腺癌小鼠模型中对远处非RFA肿瘤免疫微环境的重组作用，并提出RFA与免疫检查点抑制剂联合治疗可能是一种有效的治疗策略 | NA | 探讨RFA治疗对远处肿瘤免疫微环境的影响 | 胰腺癌小鼠模型中的肿瘤浸润免疫细胞 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 52 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA-seq analysis reveals ploidy-dependent and cell-specific transcriptome changes in Arabidopsis female gametophytes
2020-07-22, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-020-02094-0
PMID:32698836
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序技术分析了拟南芥四倍体和同源二倍体雌配子细胞的转录组变化 | 揭示了四倍体植物中单细胞转录组丰度与细胞大小的关系，并发现了新的雌配子细胞特异性转录本 | 研究主要集中在拟南芥的雌配子细胞，对其他植物或细胞类型的适用性有待进一步验证 | 探讨多倍体对植物细胞转录组变化的影响 | 拟南芥的四倍体和二倍体雌配子细胞 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | 转录组数据 | 拟南芥四倍体和二倍体雌配子细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 53 | 2024-08-07 |
Biological and Medical Importance of Cellular Heterogeneity Deciphered by Single-Cell RNA Sequencing
2020-07-22, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells9081751
PMID:32707839
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在解析细胞异质性方面的最新进展 | 探讨了将机器学习与人工智能与先进的scRNA-seq技术结合的可能性，为未来设计精准医疗和靶向治疗提供基础 | 目前scRNA-seq技术的局限性，如在原位和体内进行scRNA-seq的挑战 | 探讨scRNA-seq技术在解析细胞异质性及其在病理学中的作用 | 细胞异质性在各种器官、体液和病理（如癌症和阿尔茨海默病）中的表现 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 54 | 2024-08-07 |
Single-cell lineage analysis reveals genetic and epigenetic interplay in glioblastoma drug resistance
2020-07-15, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-020-02085-1
PMID:32669109
|
研究论文 | 本文通过结合细胞谱系条形码和单细胞转录组学技术，追踪了在RTK抑制剂治疗下，干细胞样胶质母细胞瘤细胞中药物抗性的出现 | 本文创新地揭示了遗传和表观遗传机制在胶质母细胞瘤药物抗性中的相互作用 | NA | 研究胶质母细胞瘤中遗传和表观遗传变化如何影响肿瘤内异质性及药物抗性 | 胶质母细胞瘤细胞及其对RTK抑制剂的抗性 | 数字病理学 | 脑瘤 | 单细胞转录组学 | NA | 基因组数据 | 涉及多种条形码谱系的干细胞样胶质母细胞瘤细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 55 | 2024-08-07 |
Integrating Deep Supervised, Self-Supervised and Unsupervised Learning for Single-Cell RNA-seq Clustering and Annotation
2020-07-14, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes11070792
PMID:32674393
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研究论文 | 本文提出了一种新的端到端细胞监督聚类和注释框架scAnCluster，用于单细胞RNA测序数据的聚类和注释 | 该框架集成了深度监督学习、自监督学习和无监督学习技术，能够有效利用参考数据中的细胞类型标签来辅助目标数据的无标签细胞聚类和注释 | NA | 旨在改进单细胞RNA测序数据的聚类和注释过程 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 深度学习模型 | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 56 | 2024-08-07 |
DISC: a highly scalable and accurate inference of gene expression and structure for single-cell transcriptomes using semi-supervised deep learning
2020-07-10, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-020-02083-3
PMID:32650816
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研究论文 | 本文开发了一种名为DISC的新型深度学习网络，利用半监督学习方法来推断由dropouts掩盖的基因结构和表达 | DISC在十个真实世界数据集上与七种最先进的填补方法相比，持续表现出更优的性能 | 填补方法可能会不可避免地引入错误信号 | 提高单细胞转录组中基因表达和细胞类型分类的准确性 | 单细胞转录组中的基因表达和结构 | 机器学习 | NA | 深度学习 | 深度学习网络 | 转录组数据 | 十个真实世界数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 57 | 2024-08-07 |
Searching large-scale scRNA-seq databases via unbiased cell embedding with Cell BLAST
2020-07-10, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-17281-7
PMID:32651388
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研究论文 | 本文介绍了一种基于神经网络生成模型和定制细胞间相似度度量的细胞查询方法Cell BLAST，用于大规模单细胞RNA测序数据库的查询和注释 | 提出了Cell BLAST方法，该方法基于神经网络生成模型和定制的细胞间相似度度量，能够有效处理批次效应并准确注释细胞类型和细胞分化潜能 | NA | 开发一种高效且准确的细胞查询方法，以利用现有注释来注释新测序的细胞 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型和细胞分化潜能 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | 神经网络 | 单细胞RNA测序数据 | 大规模单细胞RNA测序数据库 | NA | NA | NA | NA |
| 58 | 2024-08-07 |
A transcriptomic map of murine and human alopecia areata
2020-07-09, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.137424
PMID:32453712
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研究论文 | 本文利用单细胞测序技术揭示了小鼠和人类斑秃（AA）中免疫细胞的独特表达谱 | 首次通过单细胞测序技术在小鼠AA中发现CD4+和CD8+ T细胞的克隆扩增，并验证了这些发现与人类AA的相关性 | NA | 揭示斑秃（AA）中免疫细胞的表达特征，并探索其在小鼠和人类中的相关性 | 小鼠和人类的斑秃（AA） | 数字病理学 | 自身免疫疾病 | 单细胞测序 | NA | 转录组数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 | NA | NA | NA | NA |
| 59 | 2024-08-07 |
Quantile normalization of single-cell RNA-seq read counts without unique molecular identifiers
2020-07-03, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-020-02078-0
PMID:32620142
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研究论文 | 本文提出了一种针对无唯一分子标识符（UMI）的单细胞RNA测序（scRNA-seq）读取计数的分位数归一化方法，称为准UMI归一化 | 本文创新性地提出了准UMI归一化方法，通过将读取计数归一化为从UMI数据集经验推导出的复合泊松分布，提高了无UMI scRNA-seq数据的准确性 | NA | 研究目的是提高无UMI的scRNA-seq数据的处理准确性 | 研究对象是无UMI的scRNA-seq数据 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 60 | 2024-08-07 |
ASAP 2020 update: an open, scalable and interactive web-based portal for (single-cell) omics analyses
2020-07-02, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaa412
PMID:32449934
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研究论文 | 开发了一个名为ASAP的基于网络的协作门户，用于单细胞组学数据分析 | ASAP利用Docker系统提高可重复性，并采用新开发的生物信息学方法提高可扩展性，能够处理包含数百万细胞的数据集 | NA | 使单细胞组学数据分析（如scRNA-seq和scATAC-seq）更加普及 | 单细胞组学数据分析 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | NA | 单细胞组学数据 | 数百万细胞 | NA | NA | NA | NA |