单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 146 篇文献，本页显示第 41 - 60 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 41 | 2024-08-07 |
Searching large-scale scRNA-seq databases via unbiased cell embedding with Cell BLAST
2020-07-10, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-17281-7
PMID:32651388
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研究论文 | 本文介绍了一种基于神经网络生成模型和定制细胞间相似度度量的细胞查询方法Cell BLAST，用于大规模单细胞RNA测序数据库的查询和注释 | 提出了Cell BLAST方法，该方法基于神经网络生成模型和定制的细胞间相似度度量，能够有效处理批次效应并准确注释细胞类型和细胞分化潜能 | NA | 开发一种高效且准确的细胞查询方法，以利用现有注释来注释新测序的细胞 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型和细胞分化潜能 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | 神经网络 | 单细胞RNA测序数据 | 大规模单细胞RNA测序数据库 |
| 42 | 2024-08-07 |
A transcriptomic map of murine and human alopecia areata
2020-07-09, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.137424
PMID:32453712
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研究论文 | 本文利用单细胞测序技术揭示了小鼠和人类斑秃（AA）中免疫细胞的独特表达谱 | 首次通过单细胞测序技术在小鼠AA中发现CD4+和CD8+ T细胞的克隆扩增，并验证了这些发现与人类AA的相关性 | NA | 揭示斑秃（AA）中免疫细胞的表达特征，并探索其在小鼠和人类中的相关性 | 小鼠和人类的斑秃（AA） | 数字病理学 | 自身免疫疾病 | 单细胞测序 | NA | 转录组数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 43 | 2024-08-07 |
Quantile normalization of single-cell RNA-seq read counts without unique molecular identifiers
2020-07-03, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-020-02078-0
PMID:32620142
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研究论文 | 本文提出了一种针对无唯一分子标识符（UMI）的单细胞RNA测序（scRNA-seq）读取计数的分位数归一化方法，称为准UMI归一化 | 本文创新性地提出了准UMI归一化方法，通过将读取计数归一化为从UMI数据集经验推导出的复合泊松分布，提高了无UMI scRNA-seq数据的准确性 | NA | 研究目的是提高无UMI的scRNA-seq数据的处理准确性 | 研究对象是无UMI的scRNA-seq数据 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | NA |
| 44 | 2024-08-07 |
ASAP 2020 update: an open, scalable and interactive web-based portal for (single-cell) omics analyses
2020-07-02, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaa412
PMID:32449934
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研究论文 | 开发了一个名为ASAP的基于网络的协作门户，用于单细胞组学数据分析 | ASAP利用Docker系统提高可重复性，并采用新开发的生物信息学方法提高可扩展性，能够处理包含数百万细胞的数据集 | NA | 使单细胞组学数据分析（如scRNA-seq和scATAC-seq）更加普及 | 单细胞组学数据分析 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | NA | 单细胞组学数据 | 数百万细胞 |
| 45 | 2024-08-07 |
Lineage tracing meets single-cell omics: opportunities and challenges
2020-07, Nature reviews. Genetics
DOI:10.1038/s41576-020-0223-2
PMID:32235876
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综述 | 本文综述了单细胞组学与谱系追踪技术结合的最新进展、挑战及机遇 | 结合单细胞测序技术和基于测序的谱系追踪方法，能够将克隆关系映射到转录组图谱上，实现分子历史与有丝分裂历史的详细比较 | NA | 探讨发育生物学和干细胞生物学中绘制分化细胞类型发育历史（发生学）的基本目标 | 单细胞测序技术和基于测序的谱系追踪方法 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | NA | 转录组 | 数百万个单个细胞 |
| 46 | 2024-08-07 |
A single-cell atlas of the peripheral immune response in patients with severe COVID-19
2020-07, Nature medicine
IF:58.7Q1
DOI:10.1038/s41591-020-0944-y
PMID:32514174
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术分析了严重COVID-19患者的外周血单核细胞，揭示了其免疫细胞表型的重构 | 首次提供了严重COVID-19患者外周免疫反应的细胞图谱，并发现外周单核细胞和淋巴细胞不表达大量促炎细胞因子 | 样本量较小，仅包括七名COVID-19患者和六名健康对照 | 阐明严重COVID-19中可能导致免疫病理或保护性免疫的外周免疫细胞途径 | 严重COVID-19患者的外周血单核细胞 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 七名COVID-19患者和六名健康对照 |
| 47 | 2024-08-07 |
Identifying tumor clones in sparse single-cell mutation data
2020-07-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaa449
PMID:32657385
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研究论文 | 本文介绍了一种名为SBMClone的方法，用于从超低覆盖率的单细胞突变数据中识别肿瘤克隆 | SBMClone使用随机块模型克服了超低覆盖率单细胞测序数据中的稀疏性问题 | 目前方法仅限于分析大型拷贝数异常（CNAs），而单核苷酸突变数据的稀疏性仍是一个挑战 | 开发一种方法，从超低覆盖率的单细胞测序数据中准确推断出共享体细胞单核苷酸突变的细胞集群 | 单细胞全基因组测序数据 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 单细胞全基因组测序 | 随机块模型 | 单细胞突变数据 | 两个乳腺癌患者的单细胞全基因组测序数据 |
| 48 | 2024-08-07 |
Robust and accurate deconvolution of tumor populations uncovers evolutionary mechanisms of breast cancer metastasis
2020-07-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaa396
PMID:32657393
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研究论文 | 开发了一种名为RAD的新工具包，用于从多个转录组样本中解卷积出生物学上有意义的肿瘤亚群，并应用于乳腺癌转移数据集 | RAD工具包采用基因模块压缩和混合优化器，提高了RNA数据中的噪声抑制能力，并能准确推断细胞群在转移过程中的适应性变化 | NA | 揭示乳腺癌转移过程中的克隆进化机制 | 乳腺癌转移的肿瘤亚群和进化机制 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 转录组学 | 混合优化器 | 转录组数据 | 多个转录组样本 |
| 49 | 2024-08-07 |
Trajectory and Functional Analysis of PD-1high CD4+CD8+ T Cells in Hepatocellular Carcinoma by Single-Cell Cytometry and Transcriptome Sequencing
2020-Jul, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202000224
PMID:32670760
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研究论文 | 本研究通过单细胞流式细胞术和转录组测序分析了肝细胞癌中PD-1高表达的CD4+CD8+ T细胞的轨迹和功能 | 首次系统地描述了肝细胞癌中PD-1DPT细胞的独特分布，并提出了肿瘤相关DPT细胞功能和起源的新见解 | NA | 研究肝细胞癌中免疫微环境的异质性，特别是PD-1高表达的CD4+CD8+ T细胞的功能和起源 | 肝细胞癌中的PD-1高表达CD4+CD8+ T细胞 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞流式细胞术，转录组测序 | NA | 细胞 | 17,432,600个免疫细胞，来自39个匹配的肝细胞癌（T）、非肿瘤（N）和前沿（L）样本 |
| 50 | 2024-08-07 |
Localization of Cell Receptor-Related Genes of SARS-CoV-2 in the Kidney through Single-Cell Transcriptome Analysis
2020-Jul, Kidney diseases (Basel, Switzerland)
DOI:10.1159/000508162
PMID:32903321
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组分析，研究了SARS-CoV-2相关细胞受体基因在肾脏中的定位。 | 首次详细分析了ACE2、TMPRSS2和SLC6A19在肾脏不同细胞类型中的表达模式，揭示了这些基因在不同组织中的分布差异。 | 研究主要集中在肾脏，未涵盖所有可能受SARS-CoV-2影响的器官和组织。 | 旨在理解SARS-CoV-2在不同组织，特别是肾脏中的发病机制。 | SARS-CoV-2相关细胞受体基因ACE2、TMPRSS2和SLC6A19在肾脏细胞中的表达。 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 使用了人类细胞图谱（HCL）和其他相关单细胞转录数据库的数据 |
| 51 | 2024-08-07 |
Deciphering Cell Fate Decision by Integrated Single-Cell Sequencing Analysis
2020-07, Annual review of biomedical data science
IF:7.0Q1
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综述 | 本文综述了通过综合单细胞测序分析来解读细胞命运决策的方法和工具 | 介绍了利用单细胞RNA测序和其他测序模式来阐明谱系特化的分子基础，并讨论了计算工具在重建谱系轨迹、量化细胞命运偏倚和进行数据降维可视化方面的新机制见解 | NA | 深入理解细胞命运选择在发育、再生、稳态和疾病中的调控机制 | 细胞分化过程及其在健康和疾病中的行为 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据 | NA |
| 52 | 2024-08-07 |
Tumors induce de novo steroid biosynthesis in T cells to evade immunity
2020-07-17, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-17339-6
PMID:32680985
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研究论文 | 本文揭示了肿瘤通过诱导T淋巴细胞中的从头类固醇生成来逃避抗肿瘤免疫的机制 | 首次展示了肿瘤诱导T细胞中的从头类固醇生成以逃避免疫反应，并证明了抑制类固醇生成途径足以恢复抗肿瘤免疫 | NA | 探讨肿瘤逃避免疫反应的复杂机制 | T淋巴细胞中的从头类固醇生成 | 免疫学 | 肿瘤 | 单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据 | 使用转基因类固醇生成报告小鼠品系进行研究 |
| 53 | 2024-08-07 |
Cell type-specific immune dysregulation in severely ill COVID-19 patients
2020-Jul-24, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2020.07.23.20161182
PMID:32743611
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序技术分析了COVID-19患者外周血单个核细胞的转录组，以揭示严重病例中的免疫失调反应 | 首次详细描述了COVID-19患者中ARDS相关的特定免疫缺陷和炎症反应 | 样本量较小，可能影响结果的普遍性 | 进一步阐明SARS-CoV-2感染导致严重临床过程的免疫失调反应 | COVID-19患者的免疫反应 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 17名COVID-19患者，包括5名轻症患者、6名发展为ARDS的患者和6名从ARDS恢复的患者 |
| 54 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptomics of alloreactive CD4+ T cells over time reveals divergent fates during gut graft-versus-host disease
2020-07-09, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.137990
PMID:32484791
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研究论文 | 本研究使用单细胞转录组测序和计算建模，探讨了在小鼠模型中，供体树突细胞介导的GVHD加剧过程中，同种异体反应性CD4+ T细胞在肠道GVHD中的分化途径 | 首次在单细胞水平上揭示了GVHD过程中同种异体反应性CD4+ T细胞的分化轨迹，包括一个意外的第二轨迹，表现为低增殖、低细胞因子表达、高tcf7表达和较高的静息状态 | 研究基于小鼠模型，其结果在人类患者中的适用性需要进一步验证 | 探讨同种异体反应性CD4+ T细胞在肠道GVHD中的分化途径及其在GVHD过程中的作用 | 同种异体反应性CD4+ T细胞在肠道GVHD中的分化途径 | 单细胞测序 | GVHD | scRNA-Seq | 计算模型 | 转录组数据 | 小鼠模型中的CD4+ T细胞样本 |
| 55 | 2024-08-07 |
Ageing hallmarks exhibit organ-specific temporal signatures
2020-07, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-020-2499-y
PMID:32669715
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研究论文 | 本研究通过批量RNA测序和血浆蛋白质组学分析了Mus musculus的17个器官在10个不同年龄段的衰老动态，揭示了基因表达在衰老过程中的线性和非线性变化 | 首次进行了全生物体范围的衰老动态综合分析，并结合单细胞RNA测序数据，展示了免疫细胞在衰老过程中的广泛激活 | NA | 理解衰老过程中的生物学过程，以改善生活质量 | Mus musculus的17个器官和血浆在不同年龄段的衰老动态 | 生物学 | NA | RNA测序，蛋白质组学 | NA | 基因表达数据，蛋白质水平数据 | 17个器官，10个不同年龄段 |
| 56 | 2024-08-07 |
Sel1L-Hrd1 ER-associated degradation maintains β cell identity via TGF-β signaling
2020-07-01, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI134874
PMID:32182217
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研究论文 | 本文通过比较β细胞特异性删除内质网相关降解（ERAD）和自噬的小鼠模型，揭示了Sel1L-Hrd1 ERAD蛋白复合体在维持β细胞成熟和身份中的作用 | 首次展示了Sel1L-Hrd1 ERAD蛋白复合体通过TGF-β信号通路控制β细胞身份，并提供了针对蛋白质质量控制不同机制的治疗框架 | NA | 探讨β细胞损失的分子驱动因素 | β细胞的成熟和身份维持 | NA | 糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠模型 |
| 57 | 2024-08-07 |
Multimodal Analysis of Composition and Spatial Architecture in Human Squamous Cell Carcinoma
2020-07-23, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2020.05.039
PMID:32579974
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研究论文 | 本文通过结合单细胞RNA测序、空间转录组学和多路离子束成像技术，研究了人皮肤鳞状细胞癌（cSCC）的细胞组成和空间结构 | 首次揭示了cSCC中的四种肿瘤亚群，包括三种重现正常表皮状态的亚群和一个肿瘤特异性角质形成细胞（TSK），并展示了这些细胞在癌症中的特定定位和相互作用 | NA | 定义皮肤鳞状细胞癌的细胞组成和结构 | 人皮肤鳞状细胞癌及其匹配的正常皮肤 | 数字病理学 | 皮肤癌 | 单细胞RNA测序、空间转录组学、多路离子束成像 | NA | RNA序列数据、图像 | 一系列人皮肤鳞状细胞癌样本及其匹配的正常皮肤 |
| 58 | 2024-08-07 |
MYC Drives Temporal Evolution of Small Cell Lung Cancer Subtypes by Reprogramming Neuroendocrine Fate
2020-07-13, Cancer cell
IF:48.8Q1
DOI:10.1016/j.ccell.2020.05.001
PMID:32473656
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研究论文 | 本研究通过时间序列单细胞转录组分析，揭示了MYC在小细胞肺癌亚型动态演化中的驱动作用 | 首次揭示了MYC通过激活Notch信号通路，促使小细胞肺癌从ASCL1到NEUROD1再到YAP1状态的时间性转变 | NA | 探讨MYC在小细胞肺癌亚型演化中的作用机制 | 小细胞肺癌的分子亚型及其动态演化 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 使用小鼠和人类模型进行研究 |
| 59 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA-seq unveils critical regulators of human FOXP3+ regulatory T cell stability
2020-Jul-15, Science bulletin
IF:18.8Q1
DOI:10.1016/j.scib.2020.01.002
PMID:36659163
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术探讨了人类调节T细胞在白细胞介素-6（IL-6）刺激下的反应及其与细胞抑制功能的关系 | 发现了CYP1A1作为调节T细胞抑制能力和稳定性的关键调控因子，这一发现为生物疗法的临床应用提供了新的潜在靶点 | NA | 探讨炎症条件下调节T细胞的异质性和抑制活性 | 人类FOXP3+调节T细胞在IL-6刺激下的反应 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | NA |
| 60 | 2024-08-08 |
TrajectoryNet: A Dynamic Optimal Transport Network for Modeling Cellular Dynamics
2020-07, Proceedings of machine learning research
PMID:34337419
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研究论文 | 本文提出了一种名为TrajectoryNet的动态最优传输网络，用于模拟细胞动力学 | 将连续归一化流与动态最优传输相结合，能够模拟实体在系统中的连续动态和非线性路径 | 传统的最优传输方法无法模拟连续动态和非线性路径 | 解决现有方法在模拟动态过程中的局限性 | 细胞动力学 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 连续归一化流 | 时间序列数据 | NA |