单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2024-08-05	Single-cell RNA-seq reveals ectopic and aberrant lung-resident cell populations in idiopathic pulmonary fibrosis 2020-07, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.aba1983 PMID:32832599	研究论文	我们提供了一幅特发性肺纤维化（IPF）单细胞图谱，揭示了该致命间质肺病中的细胞多样性	识别出一种先前未被发现的异常基底细胞群体，并展示了IPF肺中细胞群体的复杂性	研究仅涉及有限的样本种类，可能无法完全代表所有IPF患者中的细胞异质性	研究特发性肺纤维化中的细胞组成及其潜在功能	312,928个来自32个IPF患者和其他对照的单细胞	数字病理学	特发性肺纤维化	单细胞RNA测序	NA	细胞	312,928个细胞来自32个IPF患者、28个吸烟和不吸烟的对照以及18个COPD患者的肺
22	2024-08-07	Progenitor identification and SARS-CoV-2 infection in long-term human distal lung organoid cultures 2020-Jul-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2020.07.27.212076 PMID:32743583	研究论文	本文开发了一种无饲养层、化学定义的远端人肺祖细胞器官培养系统，并展示了其在模拟COVID-19远端肺疾病中的应用	首次成功培养了从单个成人肺泡上皮II型细胞或基底细胞克隆衍生的远端人肺器官，并展示了其在SARS-CoV-2感染模型中的应用	未观察到仅由杯状细胞组成的器官	开发一种新的体外模型来研究人远端肺疾病，特别是COVID-19相关的肺炎	远端人肺祖细胞及其在疾病模型中的应用	数字病理学	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	细胞	从单个成人肺泡上皮II型细胞或基底细胞克隆衍生的器官
23	2024-08-07	Transdifferentiation of tumor infiltrating innate lymphoid cells during progression of colorectal cancer 2020-07, Cell research IF:28.1Q1 DOI:10.1038/s41422-020-0312-y PMID:32367039	研究论文	研究通过单细胞RNA测序分析了结直肠癌进展过程中肿瘤浸润性先天淋巴细胞（ILCs）的特征和功能变化	首次详细描述了结直肠癌进展中肿瘤浸润性ILCs的六个不同集群及其独特的功能转换，包括ILC1s的抑制性功能转换、ILC2s的子集分类及其对肿瘤进展的影响，以及ILC3s向ILCregs的转分化	NA	探究肿瘤浸润性先天淋巴细胞在结直肠癌进展中的作用及其潜在的免疫治疗策略	结直肠癌中的肿瘤浸润性先天淋巴细胞	免疫学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	多个肿瘤浸润性ILCs样本
24	2024-08-07	Single-cell longitudinal analysis of SARS-CoV-2 infection in human airway epithelium 2020-Jul-13, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2020.05.06.081695 PMID:32511382	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，对实验感染的人支气管上皮细胞（HBECs）在气液界面培养中进行时间序列分析，揭示了SARS-CoV-2感染的病毒复制、细胞趋向性和宿主-病毒相互作用。	发现了新的多聚腺苷酸化病毒转录本，并确认纤毛细胞为主要感染目标；开发了一种新的计算方法CONDENSE，用于分析和比较感染响应中的时间基因动态。	NA	深入理解SARS-CoV-2感染和发病机制，为治疗药物的开发提供关键信息。	人支气管上皮细胞（HBECs）和COVID-19患者。	数字病理学	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	RNA	实验感染的人支气管上皮细胞（HBECs）和COVID-19患者样本。
25	2024-08-07	SARS-CoV-2 Spike Protein Interacts with Multiple Innate Immune Receptors 2020-Jul-30, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2020.07.29.227462 PMID:32766577	研究论文	本文研究了SARS-CoV-2的刺突蛋白与多种先天免疫受体的相互作用	首次展示了SARS-CoV-2刺突蛋白通过其糖基化与多种先天免疫受体相互作用	NA	探讨SARS-CoV-2刺突蛋白与先天免疫受体的相互作用及其在治疗干预中的潜在应用	SARS-CoV-2刺突蛋白及其与先天免疫受体的相互作用	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
26	2024-08-07	Genome-wide studies reveal the essential and opposite roles of ARID1A in controlling human cardiogenesis and neurogenesis from pluripotent stem cells 2020-07-09, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-020-02082-4 PMID:32646524	研究论文	本文报道了ARID1A在人类胚胎干细胞中调控神经发生和心脏发生的相反作用	首次揭示了ARID1A在人类胚胎干细胞中调控心脏发生和神经发生的分子机制	NA	探究ARID1A在人类胚胎干细胞中调控心脏发生和神经发生的分子机制	人类胚胎干细胞中的心脏发生和神经发生	干细胞生物学	先天性心脏缺陷	scRNA-seq, ATAC-seq, ChIP-seq	NA	基因表达数据	人类胚胎干细胞
27	2024-08-07	Circulating immune cell phenotype dynamics reflect the strength of tumor-immune cell interactions in patients during immunotherapy 2020-07-07, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.1918937117 PMID:32571915	研究论文	研究探讨了免疫治疗期间外周血免疫细胞表型动态变化与肿瘤内免疫活性的关系	通过生态种群模型和单细胞RNA测序分析，揭示了响应患者中肿瘤与循环免疫细胞的强相互作用及其表型变化	研究仅限于胃肠道癌症患者，且样本来自单一临床试验	探讨外周血免疫细胞表型在癌症治疗前后及早期如何反映肿瘤内免疫活性	胃肠道癌症患者在接受化疗和免疫治疗期间的肿瘤和免疫细胞	数字病理学	胃肠道癌	单细胞RNA测序	生态种群模型	临床数据和基因组数据	一批晚期胃肠道癌症患者
28	2024-08-07	Integrated Transcriptome and Network Analysis Reveals Spatiotemporal Dynamics of Calvarial Suturogenesis 2020-07-07, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2020.107871 PMID:32640236	研究论文	本研究通过综合转录组和网络分析，揭示了颅骨缝合生成的时空动态特征	本研究首次在组织和单细胞水平上对小鼠额缝进行了胚胎日E16.5和E18.5的转录组分析，并结合共表达网络分析，验证了调控成骨细胞分化的关键驱动基因	NA	研究颅面异常中涉及的缝合组织的发育机制	小鼠额缝及其在Saethre-Chotzen和Apert综合征中的模型	数字病理学	颅面异常	RNA测序	NA	转录组数据	小鼠额缝组织和单细胞样本
29	2024-08-07	Analysis of endothelial-to-haematopoietic transition at the single cell level identifies cell cycle regulation as a driver of differentiation 2020-07-01, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-020-02058-4 PMID:32611441	研究论文	本研究利用人多能干细胞分化系统和单细胞转录组学在体外重现内皮-造血转化过程，并揭示了内皮细胞如何生成早期造血细胞的机制	首次揭示了细胞周期调控在内皮-造血转化中的关键作用，特别是CDK4/6和CDK1在转化过程中的重要作用	研究主要基于体外模型，可能与人体内的实际情况存在差异	探究内皮-造血转化的分子机制	内皮细胞和造血干细胞	细胞生物学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	具体样本数量未提及
30	2024-08-07	Artificial-cell-type aware cell-type classification in CITE-seq 2020-07-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaa467 PMID:32657383	研究论文	本文提出了一种名为CITE-sort的人工细胞类型感知表面标记聚类方法，用于CITE-seq数据中的细胞类型分类	CITE-sort能够识别并分离由多重细胞引起的人工细胞类型，提高了细胞表面表型的自动化分析准确性	NA	旨在解决CITE-seq数据中多重细胞导致的人工细胞类型问题，提高细胞类型分类的准确性	CITE-seq数据中的细胞类型分类	单细胞测序	NA	CITE-seq	聚类方法	单细胞转录组数据	使用了真实和模拟的CITE-seq数据集进行验证
31	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing reveals profibrotic roles of distinct epithelial and mesenchymal lineages in pulmonary fibrosis 2020-07, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.aba1972 PMID:32832598	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了肺纤维化中不同上皮和间质细胞系的促纤维化作用	发现了在肺纤维化中，外周肺上皮细胞表型的显著变化，并识别出几种先前未被认识的上皮细胞表型，包括在肺纤维化中高度富集的病理性和产生细胞外基质的上皮细胞群体	NA	全面定义驱动肺纤维化中纤维化重塑的细胞类型、机制和介质	肺纤维化中的上皮和间质细胞系	数字病理学	肺纤维化	单细胞RNA测序	NA	RNA	10个非纤维化对照肺和20个肺纤维化肺的单细胞悬液，共分析了114,396个细胞
32	2024-08-07	Mapping Cellular Coordinates through Advances in Spatial Transcriptomics Technology 2020-07-31, Molecules and cells IF:3.7Q2 DOI:10.14348/molcells.2020.0020 PMID:32507771	综述	本文综述了空间转录组学技术的发展及其在获取细胞原位基因表达信息中的应用	介绍了通过整合成像和位置条码技术来获取细胞位置信息的方法	目前方法主要依赖于组织中细胞的物理分离，导致位置信息缺失	探讨空间转录组学技术在理解组织结构依赖性和位置依赖性细胞功能中的应用	细胞间的通信及其在组织稳态中的基本过程	NA	NA	单细胞RNA测序技术	NA	基因表达数据	NA
33	2024-08-07	GMM-Demux: sample demultiplexing, multiplet detection, experiment planning, and novel cell-type verification in single cell sequencing 2020-07-30, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-020-02084-2 PMID:32731885	研究论文	本文提出了一种基于高斯混合模型的多重检测方法GMM-Demux，用于单细胞RNA测序中的样本解复用、多重检测、实验规划和新细胞类型验证	GMM-Demux通过样本条形码技术，包括细胞哈希和MULTI-seq，准确识别并移除多重样本，并使用液滴形成模型验证从scRNA-seq数据中发现的可疑细胞类型	NA	提高单细胞RNA测序的可扩展性和可靠性	单细胞RNA测序中的多重样本检测和新细胞类型验证	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序	高斯混合模型	RNA测序数据	在PBMC数据集中识别了9种由多重样本引起的人工细胞类型
34	2024-08-07	Combining single-cell RNA-sequencing with a molecular atlas unveils new markers for Caenorhabditis elegans neuron classes 2020-07-27, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaa486 PMID:32542321	研究论文	本研究结合单细胞RNA测序和分子图谱，揭示了Caenorhabditis elegans神经元类别的新标记	设计了一种迭代聚类分析方法，成功将97种神经元类别分配到聚类中，并设计了15种新的神经元类别特异性启动子	仅成功分配了118种神经元类别中的97种，且部分聚类包含具有相似分子特征的神经元类别	通过单细胞RNA测序和分子图谱，识别和验证Caenorhabditis elegans神经元类别的新标记	Caenorhabditis elegans的神经元类别及其分子特征	分子生物学	NA	单细胞RNA测序	迭代聚类分析	基因表达数据	约800个基因在单细胞分辨率下的表达模式
35	2024-08-07	High-dimensional single-cell analysis delineates radiofrequency ablation induced immune microenvironmental remodeling in pancreatic cancer 2020-07-27, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-020-02787-1 PMID:32719347	研究论文	本研究通过同源肿瘤模型和单细胞RNA及T细胞受体测序，探讨了射频消融（RFA）治疗后远处非RFA肿瘤中肿瘤浸润免疫细胞的改变	首次揭示了RFA治疗在胰腺癌小鼠模型中对远处非RFA肿瘤免疫微环境的重组作用，并提出RFA与免疫检查点抑制剂联合治疗可能是一种有效的治疗策略	NA	探讨RFA治疗对远处肿瘤免疫微环境的影响	胰腺癌小鼠模型中的肿瘤浸润免疫细胞	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA	NA
36	2024-08-07	Single-cell RNA-seq analysis reveals ploidy-dependent and cell-specific transcriptome changes in Arabidopsis female gametophytes 2020-07-22, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-020-02094-0 PMID:32698836	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术分析了拟南芥四倍体和同源二倍体雌配子细胞的转录组变化	揭示了四倍体植物中单细胞转录组丰度与细胞大小的关系，并发现了新的雌配子细胞特异性转录本	研究主要集中在拟南芥的雌配子细胞，对其他植物或细胞类型的适用性有待进一步验证	探讨多倍体对植物细胞转录组变化的影响	拟南芥的四倍体和二倍体雌配子细胞	基因组学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	转录组数据	拟南芥四倍体和二倍体雌配子细胞
37	2024-08-07	Biological and Medical Importance of Cellular Heterogeneity Deciphered by Single-Cell RNA Sequencing 2020-07-22, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells9081751 PMID:32707839	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在解析细胞异质性方面的最新进展	探讨了将机器学习与人工智能与先进的scRNA-seq技术结合的可能性，为未来设计精准医疗和靶向治疗提供基础	目前scRNA-seq技术的局限性，如在原位和体内进行scRNA-seq的挑战	探讨scRNA-seq技术在解析细胞异质性及其在病理学中的作用	细胞异质性在各种器官、体液和病理（如癌症和阿尔茨海默病）中的表现	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
38	2024-08-07	Single-cell lineage analysis reveals genetic and epigenetic interplay in glioblastoma drug resistance 2020-07-15, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-020-02085-1 PMID:32669109	研究论文	本文通过结合细胞谱系条形码和单细胞转录组学技术，追踪了在RTK抑制剂治疗下，干细胞样胶质母细胞瘤细胞中药物抗性的出现	本文创新地揭示了遗传和表观遗传机制在胶质母细胞瘤药物抗性中的相互作用	NA	研究胶质母细胞瘤中遗传和表观遗传变化如何影响肿瘤内异质性及药物抗性	胶质母细胞瘤细胞及其对RTK抑制剂的抗性	数字病理学	脑瘤	单细胞转录组学	NA	基因组数据	涉及多种条形码谱系的干细胞样胶质母细胞瘤细胞
39	2024-08-07	Integrating Deep Supervised, Self-Supervised and Unsupervised Learning for Single-Cell RNA-seq Clustering and Annotation 2020-07-14, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes11070792 PMID:32674393	研究论文	本文提出了一种新的端到端细胞监督聚类和注释框架scAnCluster，用于单细胞RNA测序数据的聚类和注释	该框架集成了深度监督学习、自监督学习和无监督学习技术，能够有效利用参考数据中的细胞类型标签来辅助目标数据的无标签细胞聚类和注释	NA	旨在改进单细胞RNA测序数据的聚类和注释过程	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	深度学习模型	基因表达数据	NA
40	2024-08-07	DISC: a highly scalable and accurate inference of gene expression and structure for single-cell transcriptomes using semi-supervised deep learning 2020-07-10, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-020-02083-3 PMID:32650816	研究论文	本文开发了一种名为DISC的新型深度学习网络，利用半监督学习方法来推断由dropouts掩盖的基因结构和表达	DISC在十个真实世界数据集上与七种最先进的填补方法相比，持续表现出更优的性能	填补方法可能会不可避免地引入错误信号	提高单细胞转录组中基因表达和细胞类型分类的准确性	单细胞转录组中的基因表达和结构	机器学习	NA	深度学习	深度学习网络	转录组数据	十个真实世界数据集