单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新，已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价10元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 146 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2024-12-01 |
The changing mouse embryo transcriptome at whole tissue and single-cell resolution
2020-07, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-020-2536-x
PMID:32728245
|
研究论文 | 系统量化了从胚胎发育第10.5天到出生期间小鼠17个组织和器官的polyA-RNA表达，并使用单细胞RNA测序分析了组织水平的转录组 | 通过整合启动子序列基序与ENCODE表观基因组数据，识别了神经表达簇中显著的启动子去抑制机制，并发现了新的抑制因子 | NA | 研究哺乳动物胚胎发育过程中基因表达的差异及其对组织和器官系统身份和复杂性的影响 | 小鼠胚胎发育第10.5天到出生期间的17个组织和器官的polyA-RNA表达 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 17个组织和器官的样本 |
| 2 | 2024-10-09 |
Single-Cell Transcriptome Analysis Reveals Intratumoral Heterogeneity in ccRCC, which Results in Different Clinical Outcomes
2020-07-08, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.ymthe.2020.04.023
PMID:32396851
|
研究论文 | 研究通过单细胞转录组分析揭示了透明细胞肾细胞癌（ccRCC）的肿瘤内异质性，并探讨了其对临床结果的影响 | 首次通过单细胞RNA测序数据分析了ccRCC的肿瘤内异质性，并发现了T细胞耗竭是导致ccRCC组织免疫抑制特性的关键因素 | 研究样本量有限，且主要基于TCGA数据集，可能存在数据偏倚 | 探讨透明细胞肾细胞癌（ccRCC）的肿瘤内异质性及其对临床结果的影响 | 透明细胞肾细胞癌（ccRCC）的肿瘤内异质性及其与免疫抑制和预后的关系 | 数字病理学 | 肾癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 533名患者 |
| 3 | 2024-09-11 |
Single-cell transcriptome analysis of the novel coronavirus (SARS-CoV-2) associated gene ACE2 expression in normal and non-obstructive azoospermia (NOA) human male testes
2020-07, Science China. Life sciences
DOI:10.1007/s11427-020-1705-0
PMID:32361911
|
研究论文 | 研究分析了新型冠状病毒（SARS-CoV-2）相关基因ACE2在正常和非梗阻性无精子症（NOA）男性睾丸中的单细胞转录组表达 | 首次通过单细胞RNA测序分析了ACE2在不同睾丸细胞类型中的表达，并发现了ACE2在Sertoli细胞中的高表达 | 研究样本量有限，仅包括853个胚胎原始生殖细胞和2854个正常睾丸细胞，以及228个NOA患者的Sertoli细胞 | 评估SARS-CoV-2病毒对男性生殖系统的潜在影响 | 正常和非梗阻性无精子症（NOA）男性睾丸中的ACE2表达 | 基因组学 | 男性生殖系统疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 853个胚胎原始生殖细胞，2854个正常睾丸细胞，228个NOA患者的Sertoli细胞 |
| 4 | 2024-09-06 |
Coronavirus disease-19 and fertility: viral host entry protein expression in male and female reproductive tissues
2020-07, Fertility and sterility
IF:6.6Q1
DOI:10.1016/j.fertnstert.2020.05.001
PMID:32622411
|
研究论文 | 研究分析了男性和女性生殖系统中SARS-CoV-2感染风险相关的细胞类型 | 首次系统分析了男性和女性生殖组织中SARS-CoV-2进入宿主细胞的关键基因和蛋白的表达情况 | 研究基于已有的基因和蛋白表达数据，未涉及临床患者样本 | 识别男性和女性生殖系统中因表达SARS-CoV-2进入细胞所需基因和蛋白而易受感染的细胞类型 | 男性和女性生殖系统中的细胞类型 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组和蛋白质组数据 | 18个人类卵丘细胞样本 |
| 5 | 2024-08-22 |
Integrated single-cell and bulk gene expression and ATAC-seq reveals heterogeneity and early changes in pathways associated with resistance to cetuximab in HNSCC-sensitive cell lines
2020-07, British journal of cancer
IF:6.4Q1
DOI:10.1038/s41416-020-0851-5
PMID:32362655
|
研究论文 | 本研究通过综合单细胞和批量基因表达以及ATAC-seq数据，揭示了HNSCC敏感细胞系中与西妥昔单抗耐药相关的异质性和早期通路变化 | 首次生成了敏感头颈鳞状细胞癌（HNSCC）细胞的综合多组学数据，以识别西妥昔单抗的即时反应 | NA | 识别肿瘤细胞在仍对治疗有反应时潜在的耐药机制，以延迟获得性耐药 | 头颈鳞状细胞癌（HNSCC）敏感细胞系中西妥昔单抗耐药的早期反应和相关通路 | 数字病理学 | 头颈癌 | 单细胞RNA测序, ATAC-seq | NA | 基因表达数据 | 多个HNSCC敏感细胞系 |
| 6 | 2024-08-10 |
Expression of the SARS-CoV-2 ACE2 Receptor in the Human Airway Epithelium
2020-07-15, American journal of respiratory and critical care medicine
IF:19.3Q1
DOI:10.1164/rccm.202003-0541OC
PMID:32432483
|
研究论文 | 研究SARS-CoV-2病毒受体ACE2在人类气道上皮细胞中的表达情况 | 首次详细分析了ACE2在不同类型气道上皮细胞中的表达模式，并探讨了吸烟对ACE2表达的影响 | 研究样本仅限于非吸烟者和吸烟者，未涵盖所有可能的人群 | 探究SARS-CoV-2病毒受体ACE2在人类气道上皮细胞中的表达及其对病毒感染的影响 | 人类气道上皮细胞中的ACE2表达 | NA | COVID-19 | 微阵列分析，RNA测序，10x单细胞转录组分析 | NA | 基因表达数据 | 包括非吸烟者和吸烟者的气管、大气道和小气道上皮细胞样本 |
| 7 | 2024-08-05 |
Unveiling functional heterogeneity in breast cancer multicellular tumor spheroids through single-cell RNA-seq
2020-07-29, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-020-69026-7
PMID:32728097
|
研究论文 | 本研究揭示了乳腺癌多细胞肿瘤球体中的功能异质性 | 通过单细胞RNA测序分析揭示了不同细胞亚型之间的功能关系及其对肿瘤发展的促进作用 | 研究仅限于MCF7多细胞肿瘤球体模型，可能不适用于所有类型的乳腺癌 | 研究肿瘤细胞亚群间的功能关系及其在肿瘤进展中的作用 | 乳腺癌细胞系MCF7的多细胞肿瘤球体 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | MCF7多细胞肿瘤球体的单细胞样本，两个时间点的分析 |
| 8 | 2024-08-05 |
Prototypical pacemaker neurons interact with the resident microbiota
2020-07-28, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.1920469117
PMID:32647059
|
研究论文 | 本研究识别和功能性表征了基底多细胞生物中的原型节律神经元，阐明了其与微生物之间的相互作用 | 识别了原型节律神经元表达丰富的免疫相关基因，并提出了节律神经元进化起源的新模型 | 对节律神经元及其与微生物相互作用的了解仍然有限 | 旨在探讨节律神经元的进化起源及其与微生物的相互作用 | 基底多细胞生物中的原型ANO/SCN/TRPM离子通道表达的节律细胞 | 神经科学 | NA | 单细胞转录组学、免疫化学和功能实验 | NA | NA | NA |
| 9 | 2024-08-05 |
Meta-Analysis of Leukocyte Diversity in Atherosclerotic Mouse Aortas
2020-07-17, Circulation research
IF:16.5Q1
DOI:10.1161/CIRCRESAHA.120.316903
PMID:32673538
|
meta-analysis | 这项综合性荟萃分析确认了动脉粥样硬化小鼠主动脉中的四种已知巨噬细胞亚群，并识别出一种新型巨噬细胞亚群 | 本研究识别出一种类似腔巨噬细胞的新型巨噬细胞亚群，并揭示了一些长期存在的争议 | 本研究克服了个别研究因实验方法而造成的某些细胞群体的过度或不足表示 | 分析动脉粥样硬化小鼠主动脉中的白细胞多样性 | 动脉粥样硬化小鼠主动脉中的免疫细胞群体 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序、质量细胞术 | NA | RNA序列数据、细胞表面表型数据 | 9个单细胞RNA测序研究和2个质量细胞术研究 |
| 10 | 2024-08-05 |
CD70 expression determines the therapeutic efficacy of expanded human regulatory T cells
2020-07-14, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-020-1097-8
PMID:32665635
|
研究论文 | 本文揭示了CD70表达对扩展人类调节性T细胞（Tregs）治疗效果的影响 | 发现经过长期体外刺激后，人类Tregs表现出稳定的CD70表达，而CD27表达减少，这显著影响其调节功能 | 研究主要集中于体外实验，临床应用尚需进一步验证 | 探讨CD70在调节性T细胞治疗中的作用 | 扩展的人类调节性T细胞及其对常规T细胞的共刺激能力 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞数据 | 人类外周血中的调节性T细胞 |
| 11 | 2024-08-05 |
Analysis of single-cell RNAseq identifies transitional states of T cells associated with hepatocellular carcinoma
2020-Jul, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.133
PMID:32659053
|
研究论文 | 该文章分析了与肝细胞癌相关的T细胞过渡状态的单细胞RNAseq数据 | 文章揭示了T细胞功能耗竭的渐进过程及其基因表达特征，提供了免疫治疗的新见解 | 研究主要基于手术切除样本，可能无法完全代表所有HCC患者的T细胞状态 | 探讨肝细胞癌患者T细胞亚群的多样性及其在肿瘤免疫环境中的作用 | 研究对象为235例手术切除的肝细胞癌患者的样本 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞数据 | 235例肝细胞癌患者的手术切除样本 |
| 12 | 2024-08-05 |
A reference single-cell transcriptomic atlas of human skeletal muscle tissue reveals bifurcated muscle stem cell populations
2020-07-06, Skeletal muscle
IF:5.3Q2
DOI:10.1186/s13395-020-00236-3
PMID:32624006
|
研究论文 | 本文提供了人类骨骼肌组织的单细胞转录组数据集，揭示了肌肉干细胞的两种亚群体 | 通过细胞群体的无监督聚类，识别了16种不同的肌肉细胞群体，并描述了早期激活的肌肉干细胞亚群及其转录特征 | 未提及具体的样本限制或研究限制 | 研究人类骨骼肌组织的异质性及其在疾病背景下的干细胞多样性和失调 | 来自10名成年供体的肌肉样本 | 数字病理学 | 肌肉萎缩疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 10名成年供体的肌肉样本 |
| 13 | 2024-08-05 |
Enhancing droplet-based single-nucleus RNA-seq resolution using the semi-supervised machine learning classifier DIEM
2020-07-03, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-020-67513-5
PMID:32620816
|
研究论文 | 本文提出了一种新方法DIEM，旨在提高单核RNA测序的分辨率。 | 创新点在于使用期望最大化的方法定量评估污染并过滤snRNA-seq实验中的液滴。 | 虽然DIEM设计用于snRNA-seq，但其在单细胞RNA-seq数据上的效果未给出具体的评价。 | 研究目标是提高单核RNA测序中的污染分析和液滴过滤的精确度。 | 研究对象包括三组snRNA-seq数据集，涉及人类前脂肪细胞、鼠脑组织和人类冷冻脂肪组织。 | 机器学习 | NA | NA | NA | RNA序列数据 | 三个snRNA-seq数据集，涉及六个个体的人类冷冻脂肪组织 |
| 14 | 2024-08-05 |
Cell atlas of the foetal human heart and implications for autoimmune-mediated congenital heart block
2020-07-01, Cardiovascular research
IF:10.2Q1
DOI:10.1093/cvr/cvz257
PMID:31589297
|
研究论文 | 本研究探讨了人类胎心的单细胞转录组和自体免疫介导的先天性心脏阻滞(CHB)的影响。 | 首次识别和表征了心脏中以前未被描述的多样化内皮细胞亚群，并发现了CHB心脏中不同细胞类型的干扰素反应的增加与异质性。 | 样本量较小，仅包含三个人类健康胎心和一个受CHB影响的胎心，可能影响研究结果的普适性。 | 旨在通过分子特征化正常心脏功能所需的细胞类型来深入理解人类心脏发育。 | 研究对象为人类胎心的单细胞转录组，包括健康胎心和与抗SSA/Ro相关的CHB样本。 | 数字病理学 | 心脏疾病 | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | 四个样本，包括三个健康胎心和一个CHB受影响的胎心 |
| 15 | 2024-08-05 |
Deciphering the regulatory landscape of fetal and adult γδ T-cell development at single-cell resolution
2020-07-01, The EMBO journal
DOI:10.15252/embj.2019104159
PMID:32627520
|
研究论文 | 本文建立了胎儿和成人γδ T细胞分化的高分辨率图谱 | 揭示了未极化的胸腺群体，并识别了胎儿和成人γδ T细胞分化过程中活跃的基因网络的显著相似性 | 对胸腺中γδ T细胞分化的所有方面仍未完全理解 | 探讨胎儿和成人γδ T细胞的发展和分化机制 | 胎儿和成人的γδ T细胞及其在免疫反应中的角色 | 免疫学 | 自体免疫疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 使用了Sox13、Maf和Rorc敲除小鼠进行组合的单细胞分析 |
| 16 | 2024-08-05 |
Mouse Retinal Cell Atlas: Molecular Identification of over Sixty Amacrine Cell Types
2020-07-01, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience
DOI:10.1523/JNEUROSCI.0471-20.2020
PMID:32457074
|
研究论文 | 本研究使用高通量单细胞RNA测序对小鼠的阿马克林细胞进行分子鉴定，识别出63种细胞类型 | 首次全面分类并分子特征化超过60种阿马克林细胞类型，且发现许多新的细胞类型 | 未明确指出研究限制 | 研究小鼠视网膜内阿马克林细胞的多样性及其分子特征 | 来自小鼠（两性别）超过32,000个阿马克林细胞 | 数字病理学 | NA | 高通量单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 超过32,000个小鼠阿马克林细胞 |
| 17 | 2024-08-05 |
Characterizing pancreatic β-cell heterogeneity in the streptozotocin model by single-cell transcriptomic analysis
2020-07, Molecular metabolism
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.molmet.2020.100982
PMID:32247924
|
研究论文 | 本研究探索了在链脲佐菌素（STZ）模型下胰岛细胞的分子特征 | 识别了β细胞在生理和病理条件下的异质性，并未观察到Glut2low向Glut2high的转化 | 未能发现STZ模型中非β内分泌细胞的转录组变化或α细胞谱系向β细胞谱系的直接转分化途径 | 重新评估链脲佐菌素（STZ）模型中β细胞的功能和再生 | 链脲佐菌素处理的小鼠胰腺内分泌细胞 | 数字病理学 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 2999个细胞 |
| 18 | 2024-08-05 |
Cancer cells deploy lipocalin-2 to collect limiting iron in leptomeningeal metastasis
2020-07-17, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.aaz2193
PMID:32675368
|
研究论文 | 本研究探讨了癌细胞如何在脑脊液中利用脂质载体蛋白-2来克服微环境限制以收集铁。 | 揭示了癌细胞在脑膜转移中的生存机制，尤其是脂质载体蛋白-2在铁代谢中的作用。 | 该研究的样本量相对较小，仅包含五位患者的脑脊液样本。 | 研究脑膜转移癌细胞如何在不利的微环境中生存和发展。 | 研究对象为脑脊液中存在的癌细胞及其相应的微环境。 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | 小鼠模型 | 生物样本 | 五位脑膜转移患者的脑脊液样本 |
| 19 | 2024-08-05 |
Matrix factorization and transfer learning uncover regulatory biology across multiple single-cell ATAC-seq data sets
2020-07-09, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaa349
PMID:32392348
|
研究论文 | 本文提出了一种分析框架，用于整合多个单细胞ATAC-seq数据集。 | 通过应用CoGAPS矩阵分解算法和projectR转移学习程序，有助于识别多个scATAC-seq数据集中的共同调控模式。 | 本文没有提到具体的限制。 | 探讨如何整合多个单细胞ATAC-seq数据集和/或测序方式。 | 分析可公开获得的单细胞ATAC-seq数据集。 | 数字病理学 | NA | ATAC-seq | CoGAPS矩阵分解算法 | 单细胞基因组数据 | 使用了公开可得的多个单细胞ATAC-seq数据集 |
| 20 | 2024-08-05 |
Single-Cell RNA-Seq Reveals Cellular Hierarchies and Impaired Developmental Trajectories in Pediatric Ependymoma
2020-07-13, Cancer cell
IF:48.8Q1
DOI:10.1016/j.ccell.2020.06.004
PMID:32663469
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序分析小儿室管膜瘤的细胞层次和发育轨迹的影响 | 揭示了室管膜瘤的细胞层次和发育起源，以及其与生物学和临床行为相关的分子依赖性 | NA | 研究小儿室管膜瘤的肿瘤异质性及其发育起源 | 取自不同分子组和解剖位置的室管膜瘤样本 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据 | NA |