单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
121	2024-08-09	Cell type-specific transcriptomics of esophageal adenocarcinoma as a scalable alternative for single cell transcriptomics 2020-06, Molecular oncology IF:5.0Q1 DOI:10.1002/1878-0261.12680 PMID:32255255	研究论文	本文开发了一种协议，通过荧光激活细胞分选和随后的RNA测序，将食管腺癌组织分离成白细胞、上皮细胞和成纤维细胞，并对其转录组进行分析	提出了一种更可扩展的方法，通过分离特定细胞类型进行转录组分析，以替代单细胞转录组学	NA	开发一种更可扩展的方法来研究食管腺癌中特定细胞群体的转录组变化及其与临床参数的关联	食管腺癌组织中的白细胞、上皮细胞和成纤维细胞	数字病理学	食管腺癌	荧光激活细胞分选，RNA测序	NA	转录组数据	9名患者的肿瘤样本
122	2024-08-09	Proteomic identification and expression of oral apparatus constituents in cell regeneration of giant ciliate Stentor coeruleus (strain WHEL) 2020-Jun-15, Gene IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.gene.2020.144624 PMID:32224274	研究论文	本研究通过质谱法和单细胞转录组测序技术，鉴定并分析了巨纤毛虫Stentor coeruleus中口腔器成分及其在再生过程中的表达模式	首次通过质谱法鉴定了Stentor coeruleus中882种口腔器相关蛋白，并通过单细胞转录组测序研究了这些基因在口腔器再生过程中的表达模式	NA	研究Stentor coeruleus口腔器的分子基础及其在细胞再生中的作用	巨纤毛虫Stentor coeruleus的口腔器成分及其在再生过程中的表达	NA	NA	质谱法，单细胞转录组测序	NA	蛋白质，转录组	882种口腔器相关蛋白，181种已知口腔器成分的同源蛋白
123	2024-08-09	IL-5Rα marks nasal polyp IgG4- and IgE-expressing cells in aspirin-exacerbated respiratory disease 2020-06, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2020.02.035 PMID:32199912	研究论文	本研究旨在识别和描述阿司匹林加重呼吸疾病（AERD）患者鼻息肉中局部抗体表达细胞的上游驱动因素和表型特征。	本研究首次揭示了IL-5Rα+抗体表达细胞在AERD中促进局部抗体产生和严重鼻息肉的作用。	NA	识别阿司匹林加重呼吸疾病（AERD）患者鼻息肉中局部抗体表达细胞的上游驱动因素和表型特征。	AERD、慢性鼻窦炎（CRS）患者及对照组的鼻窦组织。	NA	呼吸系统疾病	ELISA、免疫组织化学、单细胞RNA测序、流式细胞术、免疫荧光	NA	组织样本	来自AERD、CRS患者及对照组的鼻窦组织样本
124	2024-08-09	MeCP2 mediates transgenerational transmission of chronic pain 2020-06, Progress in neurobiology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.pneurobio.2020.101790 PMID:32200043	研究论文	本文探讨了MeCP2在慢性疼痛跨代传递中的作用	首次识别了初级体感皮质（S1）谷氨酸能神经元中的DNA甲基-CpG结合蛋白2（MeCP2）在疼痛跨代传递中的关键作用	NA	研究疼痛症状跨代传递的机制	MeCP2在慢性疼痛跨代传递中的作用	NA	慢性疼痛	单细胞测序和染色质免疫沉淀分析	NA	基因表达数据	雌性小鼠慢性疼痛模型中的后代小鼠
125	2024-08-09	Resolving single-cell heterogeneity from hundreds of thousands of cells through sequential hybrid clustering and NMF 2020-06-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaa201 PMID:32207533	研究论文	本文介绍了一种新的迭代算法ICGS，通过序列混合聚类和非负矩阵分解（NMF）从数十万个单细胞中解析细胞异质性	该方法结合了多种互补的亚型检测方法，如HOPACH、稀疏非负矩阵分解、聚类'适应性'和支持向量机，有效解析稀有和常见细胞状态，同时最小化供体或批次效应的影响	NA	开发一种能够处理超大规模单细胞RNA测序数据集的计算方法，以检测转录上一致的细胞群体	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	非负矩阵分解（NMF）	基因表达数据	数十万个单细胞
126	2024-08-09	Phenotypic Diversity Caused by Differential Expression of SFTPC-Cre-Transgenic Alleles 2020-06, American journal of respiratory cell and molecular biology IF:5.9Q1 DOI:10.1165/rcmb.2019-0416MA PMID:32208105	研究论文	研究通过使用人类启动子驱动Cre重组酶表达的转基因小鼠，分析了不同Cre-转基因品系中Cre重组酶的活性及其对表型的影响	首次详细研究了不同Cre-转基因品系的精确活性，并发现其活性可能依赖于繁殖策略和转基因构建的差异	研究主要集中在小鼠模型上，可能不完全适用于其他物种	探讨II型肺泡上皮细胞的功能及其在肺上皮维护中的作用	II型肺泡上皮细胞和Cre重组酶的表达	NA	NA	免疫组织化学分析，单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及多个转基因小鼠品系
127	2024-08-09	Transcriptomics: a Solution for Renal Osteodystrophy? 2020-06, Current osteoporosis reports IF:4.2Q1 DOI:10.1007/s11914-020-00583-6 PMID:32222893	review	本文综述了肾性骨营养不良（ROD）的分子机制及其在骨骼组织转录组学分析中的最新进展和局限性	单细胞转录组学分析在识别骨骼中特化的细胞亚群方面已取得成功，但尚未在ROD中进行	ROD是一种普遍且了解不足的骨病，治疗选择有限	探讨ROD的发病机制，并开发适当的诊断和治疗策略	肾性骨营养不良（ROD）及其相关骨骼组织的转录组学分析	NA	肾性骨营养不良	转录组学	NA	NA	NA
128	2024-08-09	Exploring high-dimensional biological data with sparse contrastive principal component analysis 2020-06-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaa176 PMID:32176249	研究论文	本文提出了一种新的主成分分析（PCA）变体——稀疏对比PCA，用于从高维生物数据中提取稀疏、稳定、可解释且相关的生物信号	稀疏对比PCA方法结合了控制数据的使用，以去除不想要的变异，同时满足恢复稳定和相关特征的双重目标	NA	解决从受技术噪声干扰的高通量测序数据中恢复可解释生物信号的问题	高维生物数据，包括蛋白质表达、微阵列基因表达和单细胞转录组测序数据	生物信息学	NA	PCA	稀疏对比PCA	高维数据	涉及多个公开可用的数据集
129	2024-08-09	The liver as an immunological barrier redefined by single-cell analysis 2020-06, Immunology IF:4.9Q2 DOI:10.1111/imm.13193 PMID:32176810	研究论文	本文通过单细胞分析技术重新定义了肝脏作为免疫屏障的作用	利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术，对肝脏中的免疫细胞进行了深入的表型分析，从而重新定义了肝脏的免疫屏障功能	需要多模态单细胞深度表型分析方法来研究难以获取的稀有细胞群体	探讨单细胞技术如何推进或重新定义我们对肝脏免疫屏障的理解	肝脏中的免疫细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	细胞	涉及小鼠和人类的健康及疾病状态下的肝脏样本
130	2024-08-09	RobustClone: a robust PCA method for tumor clone and evolution inference from single-cell sequencing data 2020-06-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaa172 PMID:32159762	研究论文	本文介绍了一种名为RobustClone的计算框架，用于从单细胞测序数据中推断肿瘤克隆和进化	RobustClone采用扩展的鲁棒主成分分析和低秩矩阵分解方法，能够有效处理单细胞测序数据中的错误	NA	开发一种高效的计算框架，用于从单细胞测序数据中推断肿瘤克隆的进化	肿瘤细胞的克隆基因型和进化关系	生物信息学	乳腺癌	单细胞测序	鲁棒主成分分析	单细胞单核苷酸变异和单细胞拷贝数变异数据	两个scSNV和两个scCNV数据集
131	2024-08-09	Ensemble learning for classifying single-cell data and projection across reference atlases 2020-06-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaa137 PMID:32105316	research paper	本文开发了一种提升学习器，用于分类单细胞数据并跨单细胞图谱进行投影，解决了现有分类器低敏感性的问题，尤其是在处理稀有细胞类型时	开发了一种提升学习器，提高了分类器的敏感性，并能在不同平台间保持细胞类型标签的一致性	NA	解决如何最佳地跨单细胞图谱投影数据的问题	单细胞数据分类及跨平台数据映射	machine learning	NA	scRNA-seq	boosted learner	single-cell data	涉及来自相同组织的不同scRNA-seq模式的新数据和已发表数据
132	2024-08-09	2DImpute: imputation in single-cell RNA-seq data from correlations in two dimensions 2020-06-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaa148 PMID:32108864	研究论文	开发了一种名为2DImpute的插补方法，用于修正单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中的假零值（即dropouts）	2DImpute通过利用表达矩阵中基因和细胞之间的相互关系来预测假零值并插补其值，从而防止过度修正	NA	开发和验证一种新的插补方法，用于改进单细胞RNA测序数据的分析	单细胞RNA测序数据中的假零值	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	表达矩阵	涉及多种scRNA-seq协议的数据集
133	2024-08-09	Single-cell RNA-seq clustering: datasets, models, and algorithms 2020-06, RNA biology IF:3.6Q2 DOI:10.1080/15476286.2020.1728961 PMID:32116127	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据的聚类分析，包括相关数据集和分析工具	比较了七种先进的scRNA-seq聚类方法，并使用调整兰德指数（ARI）和标准化互信息（NMI）进行评估	尽管无监督模型能有效聚类scRNA-seq数据，但这些方法仍面临挑战	揭示单细胞RNA测序数据中的细胞间异质性和细胞亚群	scRNA-seq数据集和聚类模型	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	K均值聚类、层次聚类、共识聚类等	基因表达数据	五个公开可用的数据集
134	2024-08-09	V-SVA: an R Shiny application for detecting and annotating hidden sources of variation in single-cell RNA-seq data 2020-06-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaa128 PMID:32119082	研究论文	本文介绍了一种名为V-SVA的R Shiny应用程序，用于检测和注释单细胞RNA测序数据中的隐藏变异源	开发了一种交互式框架，包括用于发现与检测到的变异源相关的基因、使用公共数据库和基因集进行基因注释以及使用降维方法进行数据可视化的工具	NA	旨在促进对由算法检测到的替代变量的解释，区分其是否具有生物学意义或源于技术原因	单细胞RNA测序数据中的变异源	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	替代变量分析	基因表达数据	NA
135	2024-08-09	Single-cell and spatial transcriptomics reveal somitogenesis in gastruloids 2020-06, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-020-2024-3 PMID:32076263	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，比较了小鼠胚胎和类胚体中的细胞类型和基因表达模式，揭示了类胚体中的体节发生过程	首次在类胚体中发现多种先前未知的胚胎细胞类型，并展示了胚胎和类胚体中体节发生关键调控因子的相似表达模式	NA	探索类胚体作为体外研究发育和体节发生的模型系统的潜力	小鼠胚胎和类胚体	数字病理学	NA	单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	转录组数据	NA
136	2024-08-09	Single-Cell Clustering Based on Shared Nearest Neighbor and Graph Partitioning 2020-Jun, Interdisciplinary sciences, computational life sciences DOI:10.1007/s12539-019-00357-4 PMID:32086753	研究论文	本文提出了一种新的单细胞聚类方法SSNN-Louvain，该方法结合了图结构信息和模块检测，用于提高单细胞RNA测序数据的聚类准确性	SSNN-Louvain方法通过引入共享最近邻的数量与最近邻数量的比率来定义边的权重，从而整合了图的结构信息，并使用改进的Louvain社区检测算法来识别图中的模块	NA	提高单细胞RNA测序数据的聚类准确性，以发现细胞亚型，有助于理解和分析疾病过程	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序	SSNN-Louvain	数据	16个真实数据集
137	2024-08-09	Single-Cell Genomic Characterization Reveals the Cellular Reprogramming of the Gastric Tumor Microenvironment 2020-06-01, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-19-3231 PMID:32060101	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析胃癌及其配对正常组织和外周血单个核细胞，揭示了胃癌肿瘤微环境中细胞重编程的关键元素。	首次通过单细胞RNA测序技术全面分析胃癌肿瘤微环境中的细胞重编程，揭示了细胞数量、转录状态和细胞间相互作用的变化。	NA	揭示胃癌肿瘤微环境中细胞重编程的关键元素，为理解肿瘤生物学和识别新的治疗靶点提供依据。	胃癌患者的肿瘤组织、配对正常组织和外周血单个核细胞。	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	细胞	56,167个细胞，包括32,407个胃癌细胞、18,657个配对正常组织细胞和5,103个外周血单个核细胞。
138	2024-08-09	Single-cell transcriptome analysis of human skin identifies novel fibroblast subpopulation and enrichment of immune subsets in atopic dermatitis 2020-06, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2020.01.042 PMID:32035984	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析，揭示了特应性皮炎患者皮肤中细胞群的详细图谱，并发现了新的成纤维细胞亚群及免疫子集的富集情况	本研究首次在特应性皮炎患者的病变和非病变皮肤样本中发现了独特的COL6A5+COL18A1+成纤维细胞亚群，并揭示了其与免疫细胞的潜在相互作用	研究样本量较小，仅包括5名特应性皮炎患者和7名健康对照者	构建特应性皮炎患者与健康对照者皮肤细胞的高分辨率图谱，并评估细胞组成和细胞特异性基因表达的变异性	特应性皮炎患者的皮肤样本与健康对照者的皮肤样本	数字病理学	特应性皮炎	单细胞RNA测序	NA	转录组	5名特应性皮炎患者（4个病变样本和5个非病变样本）和7名健康对照者
139	2024-08-09	Progress and applications of single-cell sequencing techniques 2020-06, Infection, genetics and evolution : journal of molecular epidemiology and evolutionary genetics in infectious diseases DOI:10.1016/j.meegid.2020.104198 PMID:31958516	综述	本文主要总结了单细胞测序技术的方法及其应用领域	NA	NA	总结单细胞测序技术的方法和应用领域，为其未来在临床上的应用提供潜在参考	单细胞测序技术的方法及其在胚胎和器官发育、免疫系统、癌症进展、寄生虫和传染病以及干细胞研究、抗体筛选和治疗研究开发等领域的应用	NA	NA	单细胞测序（SCS）	NA	基因组、转录组和表观基因组	NA
140	2024-08-09	The emergence and promise of single-cell temporal-omics approaches 2020-06, Current opinion in biotechnology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.copbio.2019.12.005 PMID:31918114	研究论文	本文探讨了单细胞时间组学方法的兴起及其在生物复杂系统中的应用潜力	介绍了新的单细胞分析方法，这些方法能够在测量转录组的同时捕捉到谱系信息或过去的分子事件	NA	强调单细胞领域的发展，描述用于研究的创新工具包，并考虑时间组学方法在疾病进展研究中的潜在影响	单细胞转录组数据及其在胚胎发育、疾病进展和刺激响应中的应用	生物信息学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA