单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2024-08-09	Model-based analysis of sample index hopping reveals its widespread artifacts in multiplexed single-cell RNA-sequencing 2020-06-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-020-16522-z PMID:32483174	研究论文	本文介绍了一种统计模型，用于估计多重液滴单细胞RNA测序数据中的样本索引跳跃率，并进行概率推断以确定跳跃读取的真实样本来源	本文提出了一种新的统计模型，用于准确估计和校正多重单细胞RNA测序中的样本索引跳跃问题	NA	研究目的是分析多重单细胞RNA测序中的样本索引跳跃现象，并提出一种方法来校正由此产生的数据错误	多重液滴单细胞RNA测序数据中的样本索引跳跃现象	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	统计模型	RNA测序数据	多个数据集，具体样本数量未详细说明
82	2024-08-09	Hair-bearing human skin generated entirely from pluripotent stem cells 2020-06, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-020-2352-3 PMID:32494013	研究论文	本文报道了一种从人类多能干细胞生成复杂皮肤的类器官培养系统	首次成功从多能干细胞中生成了包含表皮、富含脂肪的真皮和带有皮脂腺的色素毛发 follicles 的类器官皮肤	NA	重建带有附属物的皮肤，用于未来的皮肤发育研究、疾病模型和重建手术	人类多能干细胞生成的皮肤类器官	生物工程	NA	单细胞 RNA 测序	NA	细胞	NA
83	2024-08-09	Notch signalling drives synovial fibroblast identity and arthritis pathology 2020-06, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-020-2222-z PMID:32499639	研究论文	本文研究了NOTCH3信号在类风湿性关节炎中驱动滑膜成纤维细胞分化和扩张的分子机制	首次揭示了NOTCH3信号在滑膜成纤维细胞分化和扩张中的关键作用，并证明了其在类风湿性关节炎病理过程中的重要性	NA	探讨NOTCH3信号在类风湿性关节炎中滑膜成纤维细胞分化和扩张的分子机制	滑膜成纤维细胞和NOTCH3信号	NA	类风湿性关节炎	单细胞RNA测序和滑膜组织类器官	NA	RNA	NA
84	2024-08-09	Deciphering human macrophage development at single-cell resolution 2020-06, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-020-2316-7 PMID:32499656	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，解析了人类胚胎发育过程中巨噬细胞的起源和特化过程	首次在单细胞分辨率下详细描述了人类胚胎巨噬细胞的发育过程，包括不同解剖部位的巨噬细胞亚群及其特化轨迹	研究主要集中在胚胎阶段的巨噬细胞，对成年巨噬细胞的比较分析有限	揭示人类胚胎巨噬细胞的发育动态，为未来研究人类组织驻留巨噬细胞的发育和功能提供参考	人类胚胎中的CD45造血细胞，特别是卵黄囊来源的髓系偏向前体细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	从卡内基阶段11到23的人类胚胎中分离的CD45造血细胞
85	2024-08-09	Unifying developmental programs for embryonic and postembryonic neurogenesis in the zebrafish retina 2020-06-19, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.185660 PMID:32467236	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术分析了斑马鱼视网膜在四个不同发育阶段的约20,000个细胞，揭示了胚胎和胚后视网膜发生遵循相同的发育程序。	首次揭示了斑马鱼胚胎和胚后视网膜发生遵循相同的发育程序，并通过单细胞RNA测序技术详细描述了不同发育状态及其基因表达模式。	研究主要集中在斑马鱼视网膜的发育，可能不完全适用于其他物种或组织类型。	探讨斑马鱼视网膜胚胎和胚后发生的发育程序是否一致。	斑马鱼视网膜的胚胎和胚后发育过程及其基因表达模式。	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	约20,000个斑马鱼视网膜细胞
86	2024-08-09	Single-Cell RNA Sequencing of Tumor-Infiltrating NK Cells Reveals that Inhibition of Transcription Factor HIF-1α Unleashes NK Cell Activity 2020-06-16, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2020.05.001 PMID:32445619	研究论文	通过单细胞RNA测序研究肿瘤浸润性NK细胞的转录组，发现抑制转录因子HIF-1α可以增强NK细胞的抗肿瘤活性	首次通过单细胞RNA测序揭示了HIF-1α抑制对NK细胞功能的激活作用，并发现IL-18在其中的关键作用	NA	探索增强肿瘤免疫疗法中免疫细胞功能的策略	肿瘤浸润性NK细胞及其在肿瘤微环境中的功能	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	涉及小鼠和人类肿瘤浸润性NK细胞
87	2024-08-09	Molecular taxonomy of human ocular outflow tissues defined by single-cell transcriptomics 2020-06-09, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2001896117 PMID:32439707	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，生成了人类传统流出组织细胞图谱，并识别了12种不同的细胞类型	首次通过单细胞RNA测序技术详细描绘了人类眼流出组织的分子分类，并识别了两种不同的表达模式（肌成纤维细胞样和成纤维细胞样）	NA	研究旨在通过单细胞RNA测序技术揭示人类眼流出组织的细胞和分子分类	人类眼流出组织的细胞类型和基因表达模式	数字病理学	青光眼	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	8只人眼捐赠者的8,758个细胞
88	2024-08-09	Forward genetic analysis using OCT screening identifies Sfxn3 mutations leading to progressive outer retinal degeneration in mice 2020-06-09, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.1921224117 PMID:32457148	研究论文	本文通过正向遗传分析结合光学相干断层扫描（OCT）筛选，在老鼠中发现了导致渐进性外视网膜退化的Sfxn3基因突变	首次揭示了Sfxn3基因在视网膜功能中的未知作用，并展示了其在多个视网膜细胞类型中的表达	NA	通过正向遗传学方法发现与视网膜疾病相关的基因	老鼠视网膜中的Sfxn3基因及其突变	数字病理学	视网膜疾病	光学相干断层扫描（OCT）、CRISPR/Cas9技术、单细胞RNA测序	NA	图像、基因序列	11个突变基因，多个老鼠品系
89	2024-08-09	Putative regulators for the continuum of erythroid differentiation revealed by single-cell transcriptome of human BM and UCB cells 2020-06-09, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.1915085117 PMID:32457162	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了从成人骨髓和脐带血中分离出的终末期红细胞的转录组，揭示了红细胞分化过程中的潜在调控因子	首次在单细胞分辨率下记录了人类终末期红细胞的转录组，区分了早期和晚期多染性红细胞以及不同发育阶段的正染性红细胞	NA	旨在理解伴随人类红细胞生成过程的动态发育变化	成人骨髓和脐带血中的终末期红细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	转录组数据	从成人骨髓和脐带血中分离出的CD34CD235a阳性细胞
90	2024-08-09	Sphetcher: Spherical Thresholding Improves Sketching of Single-Cell Transcriptomic Heterogeneity 2020-Jun-26, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2020.101126 PMID:32438285	研究论文	本文提出了一种名为Sphetcher的算法，利用阈值技术在球体内高效选择代表性细胞，以改善单细胞转录组数据的草图绘制	Sphetcher算法采用球形阈值技术，与通常使用的等大小盒子相比，能更准确地表示原始转录组景观	NA	旨在改进单细胞转录组数据的计算分析方法，特别是细胞类型的检测	单细胞转录组数据的草图绘制和细胞类型检测	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
91	2024-08-09	An Integrated Dielectrophoresis-Trapping and Nanowell Transfer Approach to Enable Double-Sub-Poisson Single-Cell RNA Sequencing 2020-06-23, ACS nano IF:15.8Q1 DOI:10.1021/acsnano.0c02953 PMID:32437127	研究论文	本文介绍了一种集成介电电泳（DEP）捕获和纳米孔转移（dTNT）方法，用于实现双亚泊松单细胞RNA测序	提出的dTNT-seq方法通过亚泊松方式进行细胞捕获和珠子加载，打破了泊松统计的限制，实现了双亚泊松分布	尽管提高了细胞和珠子的捕获效率，但仍需进一步优化以提高整体测序效率和准确性	开发一种新的技术方法，以提高单细胞RNA测序的效率和准确性	人类（HEK）和小鼠（3T3）细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	使用了由3600个电活性DEP纳米孔单元组成的dTNT设备
92	2024-08-09	A Highly Sensitive, Accurate, and Automated Single-Cell RNA Sequencing Platform with Digital Microfluidics 2020-06-16, Analytical chemistry IF:6.7Q1 DOI:10.1021/acs.analchem.0c01613 PMID:32425041	研究论文	本文介绍了一种基于数字微流控技术的单细胞RNA测序平台（digital-RNA-seq），该平台能够简化、高效且低成本地进行单细胞mRNA测量	提出了一种新的被动分配方法，利用亲水-疏水微特征快速生成单细胞子液滴，解决了单细胞分离中的效率、完整性、选择性和灵活性问题	NA	开发一种自动化、高灵敏度和高准确性的单细胞RNA测序平台	单细胞RNA测序技术及其在生物学应用中的性能	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	文本	NA
93	2024-08-09	Cigarette Smoke Exposure and Inflammatory Signaling Increase the Expression of the SARS-CoV-2 Receptor ACE2 in the Respiratory Tract 2020-06-08, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2020.05.012 PMID:32425701	研究论文	研究揭示了香烟烟雾暴露和炎症信号如何增加呼吸道的SARS-CoV-2受体ACE2的表达	首次展示了香烟烟雾暴露通过剂量依赖性上调ACE2表达，并发现ACE2是肺细胞中的干扰素刺激基因	NA	探讨导致SARS-CoV-2致命感染的因素	香烟烟雾暴露对ACE2表达的影响及炎症信号的作用	NA	呼吸系统疾病	单细胞测序	NA	基因表达数据	涉及啮齿动物和人类肺部样本
94	2024-08-09	Putative cell type discovery from single-cell gene expression data 2020-06, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-020-0825-9 PMID:32424270	研究论文	本文介绍了一种单细胞聚类评估框架，用于从单细胞RNA测序数据中自动识别潜在的细胞类型	该方法通过迭代应用机器学习方法，同时识别不同的细胞群及其特征基因，提高了细胞类型识别的准确性	NA	开发一种自动识别单细胞RNA测序数据中潜在细胞类型的方法	单细胞RNA测序数据中的细胞类型	机器学习	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	机器学习方法	基因表达数据	一组细胞
95	2024-08-09	Shared proteomic effects of cerebral atherosclerosis and Alzheimer's disease on the human brain 2020-06, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-020-0635-5 PMID:32424284	研究论文	研究探讨了大脑中的脑动脉粥样硬化与阿尔茨海默病之间的共同蛋白质组效应	发现了脑动脉粥样硬化与阿尔茨海默病之间共享的蛋白质和模块，暗示了共同的病理机制	NA	探究脑动脉粥样硬化如何通过不明过程导致痴呆	大脑中的脑动脉粥样硬化与阿尔茨海默病	数字病理学	阿尔茨海默病	蛋白质组测序，单细胞RNA测序	NA	蛋白质组数据，RNA数据	438名老年个体
96	2024-08-09	Single-cell RNA sequencing at isoform resolution 2020-06, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-020-0553-9 PMID:32427983	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
97	2024-08-09	T Cell Receptor Engineered Lymphocytes for Cancer Therapy 2020-06, Current protocols in immunology DOI:10.1002/cpim.97 PMID:32432843	研究论文	本文介绍了利用单细胞测序技术生成、分离和改造具有肿瘤反应性T细胞受体（TCR）的人类T细胞的方法，用于肿瘤治疗。	利用单细胞测序技术简化了肿瘤抗原特异性TCR的分离和表达过程。	该过程比使用嵌合抗原受体（CAR）的替代策略更为复杂。	开发一种新的方法来生成和改造具有肿瘤反应性TCR的人类T细胞，用于肿瘤治疗。	人类T细胞及其T细胞受体（TCR）。	NA	癌症	单细胞测序	NA	NA	NA
98	2024-08-09	BREM-SC: a bayesian random effects mixture model for joint clustering single cell multi-omics data 2020-06-19, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaa314 PMID:32379315	研究论文	本文开发了一种名为BREM-SC的贝叶斯随机效应混合模型，用于联合聚类单细胞多组学数据	BREM-SC模型能够同时处理单细胞转录组和蛋白质组数据，并量化每个单细胞的聚类不确定性	NA	开发新的统计方法和计算工具，以分析多模态CITE-Seq数据	单细胞转录组和蛋白质组数据	生物信息学	NA	单细胞转录组测序（scRNA-seq）	贝叶斯随机效应混合模型	多组学数据	数万个单细胞
99	2024-08-09	Neuroligin3 splice isoforms shape inhibitory synaptic function in the mouse hippocampus 2020-06-19, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1074/jbc.AC120.012571 PMID:32381505	研究论文	本研究通过单细胞转录组学、免疫组织化学和电生理学方法，探讨了神经连接蛋白3（NLGN3）基因在海马CA1锥体神经元中的剪接异构体对抑制性突触传递的调控作用	首次展示了NLGN3蛋白在海马CA1突触中以剪接异构体依赖的方式不同程度地调节抑制性突触传递，并发现NLGN3异构体的不同亚细胞定位导致了这些异构体之间的功能差异	NA	阐明神经连接蛋白基因在调节小鼠海马中兴奋性和抑制性突触传递平衡中的特定效应	小鼠海马CA1锥体神经元	神经科学	自闭症谱系障碍	单细胞转录组学、免疫组织化学、电生理学	NA	RNA-Seq	来自器官型海马切片培养物的小鼠CA1锥体神经元
100	2024-08-09	Identification of pathogenic TRAIL-expressing innate immune cells during HIV-1 infection in humanized mice by scRNA-Seq 2020-06-04, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.135344 PMID:32406872	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术研究HIV-1感染下淋巴器官中先天免疫细胞的转录组变化，并鉴定了表达TRAIL的先天免疫细胞在HIV-1感染中的作用	首次在单细胞水平上描述了HIV-1感染下先天免疫细胞的转录组变化，并确定了TRAIL信号通路在HIV-1诱导的CD4+ T细胞耗竭中的重要作用	NA	研究HIV-1感染下先天免疫细胞的转录组变化及其在CD4+ T细胞耗竭中的作用	人源化NOD/Rag2-/-γc-/- (NRG)小鼠的脾脏中分离的人类白细胞	数字病理学	HIV感染	单细胞RNA测序 (scRNA-Seq)	NA	转录组数据	从人源化NRG-hu HSC小鼠的脾脏中分离的hCD45+hCD3-hCD19-人类白细胞