单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
61	2024-08-09	New Classification of Macrophages in Plaques: a Revolution 2020-06-18, Current atherosclerosis reports IF:5.7Q1 DOI:10.1007/s11883-020-00850-y PMID:32556603	综述	本文综述了通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）发现的动脉粥样硬化斑块中巨噬细胞的转录变异，以更好地理解它们对动脉粥样硬化的贡献	scRNA-seq提供了更详细的动脉粥样硬化中巨噬细胞的转录图谱，挑战了传统观点	NA	通过分析巨噬细胞在动脉粥样硬化中的转录变异，理解其在疾病发展中的作用	巨噬细胞在动脉粥样硬化斑块中的转录变异	NA	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	使用了GSE97310数据集中的LDLR-/-小鼠，喂食高脂饮食11和20周的巨噬细胞样本
62	2024-08-09	Disseminated Melanoma Cells Transdifferentiate into Endothelial Cells in Intravascular Niches at Metastatic Sites 2020-06-16, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2020.107765 PMID:32553158	研究论文	本文通过结合自发转移性黑色素瘤小鼠模型的谱系追踪、高级成像和单细胞RNA测序方法，研究了黑色素瘤细胞在转移部位血管内微环境中的表型变化	首次提供了黑色素瘤细胞在体内直接转化为内皮细胞的证据，并在多个模型和人类样本中验证了这一发现	NA	探索肿瘤细胞可塑性在治疗失败、肿瘤休眠和转移扩散中的作用	黑色素瘤细胞在转移部位的表型变化	数字病理学	黑色素瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	多个小鼠模型和人类肺、脑、小肠的BRAF转移性活检样本
63	2024-08-09	Single-Cell RNA-Seq Mapping of Human Thymopoiesis Reveals Lineage Specification Trajectories and a Commitment Spectrum in T Cell Development 2020-06-16, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2020.05.010 PMID:32553173	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术研究人类胸腺后期的T细胞发育过程，揭示了T细胞分化轨迹和承诺谱	首次通过单细胞RNA测序技术详细描绘了人类胸腺后期T细胞发育过程中的基因表达谱，并发现了胸腺内树突状细胞的分化途径	NA	旨在深入理解人类胸腺后期的T细胞发育过程	人类胸腺后期的CD34祖细胞及其分化后的CD34细胞群	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（sRNA-seq）	NA	基因表达数据	涉及人类胸腺后期的CD34祖细胞及其分化后的CD34细胞群
64	2024-08-09	Thermogenic adipocytes: lineage, function and therapeutic potential 2020-06-12, The Biochemical journal DOI:10.1042/BCJ20200298 PMID:32539124	综述	本文综述了脂肪细胞的谱系、功能及其在治疗上的潜力	利用单细胞RNA测序结合谱系追踪、转录组和蛋白质组分析，发现了新的脂肪细胞前体细胞，这些细胞能产生具有多种功能的特殊脂肪细胞，其中一些具有潜在的治疗应用价值	NA	探讨脂肪细胞在整体生物能量稳态中的作用及其治疗潜力	脂肪细胞及其前体细胞	NA	肥胖及相关代谢综合征	单细胞RNA测序	NA	转录组和蛋白质组数据	NA
65	2024-08-09	Establishment and transcriptomic analyses of a cattle rumen epithelial primary cells (REPC) culture by bulk and single-cell RNA sequencing to elucidate interactions of butyrate and rumen development 2020-Jun, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2020.e04112 PMID:32551379	研究论文	本文通过批量和单细胞RNA测序技术，建立并分析了牛瘤胃上皮原代细胞（REPC）培养物，以阐明丁酸盐与瘤胃发育的相互作用	首次通过批量和单细胞RNA测序技术，详细分析了丁酸盐对瘤胃上皮细胞基因表达的影响及其在瘤胃发育中的作用机制	NA	研究丁酸盐在瘤胃上皮细胞发育中的作用及其分子机制	牛瘤胃上皮原代细胞（REPC）及丁酸盐对其基因表达的影响	NA	NA	批量和单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	来自两周龄荷斯坦公牛瘤胃上皮组织的REPC
66	2024-08-09	Coexpression enrichment analysis at the single-cell level reveals convergent defects in neural progenitor cells and their cell-type transitions in neurodevelopmental disorders 2020-06, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.254987.119 PMID:32554779	研究论文	本文通过整合神经发育障碍（NDD）遗传学与单细胞RNA测序数据，分析了不同NDD基因集的共表达富集模式，揭示了神经前体细胞及其细胞类型转换在神经发育障碍中的关键作用。	本文首次在单细胞水平上进行共表达富集分析，揭示了神经前体细胞发育过程中的关键点，为理解神经发育障碍的细胞类型特异性病理生理机制提供了新框架。	NA	研究神经发育障碍中基因在不同脑细胞类型中的作用，并探索其对NDD病理的贡献。	神经前体细胞及其在神经发育障碍中的细胞类型转换。	数字病理学	神经发育障碍	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
67	2024-08-09	BATMAN: Fast and Accurate Integration of Single-Cell RNA-Seq Datasets via Minimum-Weight Matching 2020-Jun-26, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2020.101185 PMID:32504875	研究论文	本文提出了一种名为BATMAN的新型单细胞RNA测序数据集整合方法，通过最小权重匹配实现快速准确的整合	BATMAN方法在多个模拟和真实数据集上显著优于现有工具，能够有效校正批次效应并保持数据集的局部结构	NA	提高单细胞RNA测序实验的效率和准确性	单细胞RNA测序数据集的整合	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	最小权重匹配	基因表达数据	多个数据集中的大量单细胞样本
68	2024-08-09	Hepatocyte-specific TAK1 deficiency drives RIPK1 kinase-dependent inflammation to promote liver fibrosis and hepatocellular carcinoma 2020-06-23, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2005353117 PMID:32513687	研究论文	本文研究了肝细胞特异性TAK1缺乏通过RIPK1激酶依赖的炎症促进肝纤维化和肝细胞癌的作用及机制	首次报道了RIPK1激酶在肝细胞特异性TAK1缺乏引起的炎症中的作用，并提出了通过抑制RIPK1激酶来减少肝纤维化和肝细胞癌发展的治疗策略	研究仅在老鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探讨RIPK1激酶在肝纤维化和肝细胞癌发展中的作用及其机制	肝细胞特异性TAK1缺乏和RIPK1激酶在肝纤维化和肝细胞癌中的作用	生物医学	肝细胞癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	老鼠模型
69	2024-08-09	A flexible network-based imputing-and-fusing approach towards the identification of cell types from single-cell RNA-seq data 2020-Jun-11, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-020-03547-w PMID:32527285	研究论文	本文提出了一种基于网络的插补与融合框架NetImpute，用于从单细胞RNA测序数据中识别细胞类型	该框架通过整合多种生物网络数据，利用统计方法检测噪声数据并开发新的插补模型，以估计真实数据值，并提出一种综合方法来识别细胞类型	NA	提高从单细胞RNA测序数据中识别细胞类型的准确性	单细胞RNA测序数据中的细胞类型识别	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	插补模型	基因表达数据	NA
70	2024-08-09	Selective Induction of Human Autonomic Neurons Enables Precise Control of Cardiomyocyte Beating 2020-06-11, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-020-66303-3 PMID:32528170	研究论文	本研究开发了一种逐步化学诱导方法，用于诱导类似交感神经和副交感神经的自主神经系统（ANS）神经元	首次有效地从人多能干细胞（hPSCs）中诱导出副交感神经元，并实现了对心肌细胞搏动率的精确控制	NA	开发一种新的化学诱导方法，以诱导出具有特定功能的交感神经和副交感神经元	人多能干细胞（hPSCs）衍生的交感神经和副交感神经元	NA	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	mRNA表达数据	NA
71	2024-08-09	PRMT1-p53 Pathway Controls Epicardial EMT and Invasion 2020-06-09, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2020.107739 PMID:32521264	研究论文	本研究揭示了蛋白精氨酸甲基转移酶1（PRMT1）在心外膜细胞侵袭和分化中的关键作用	首次阐明了PRMT1-p53通路在心外膜细胞命运转变中的分子机制	NA	探讨PRMT1-p53通路在心脏发育中的作用	心外膜细胞及其衍生的细胞系	NA	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	特定的心外膜细胞系
72	2024-08-09	The regulation and pharmacological modulation of immune complex induced type III IFN production by plasmacytoid dendritic cells 2020-06-05, Arthritis research & therapy IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s13075-020-02186-z PMID:32503683	研究论文	研究系统性红斑狼疮（SLE）患者中，免疫复合物诱导的浆细胞样树突状细胞（pDCs）产生III型干扰素（IFN）的调控及药物调节机制	首次探讨了RNA-IC在pDCs中诱导III型IFN产生的方式，并研究了NK细胞、B细胞及多种促炎细胞因子对此过程的增强作用	NA	探讨RNA-IC如何诱导pDCs产生III型IFN及其调控机制	系统性红斑狼疮患者的外周血单个核细胞（PBMCs）或免疫细胞亚群	免疫学	系统性红斑狼疮	单细胞RNA测序（ddSEQ技术）	NA	RNA	健康献血者及SLE患者的PBMCs或免疫细胞亚群
73	2024-08-09	Detecting differential alternative splicing events in scRNA-seq with or without Unique Molecular Identifiers 2020-06, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1007925 PMID:32502143	研究论文	本文提出了一种名为SCATS的方法，用于在单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中进行差异剪接分析，该方法能够在低覆盖度下通过考虑技术噪声实现高灵敏度	SCATS方法能够处理带有或不带有唯一分子标识符（UMIs）的scRNA-seq数据，并且通过分组来自同一异构体的'外显子'，即使在低测序深度下也能检测剪接事件	NA	研究单细胞RNA测序技术中的差异剪接事件	单细胞RNA测序数据中的差异剪接事件	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	SCATS	RNA测序数据	使用了模拟和真实的单细胞RNA测序数据集进行评估
74	2024-08-09	Epithelial barriers in allergy and asthma 2020-06, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2020.04.010 PMID:32507228	综述	本文综述了上皮屏障在过敏和哮喘中的作用及其在呼吸道炎症病理生理学中的重要性	利用单细胞转录组学揭示了可能与慢性呼吸道疾病相关的新的上皮细胞类型	NA	探讨上皮屏障缺陷在2型驱动慢性呼吸道炎症中的作用及当前临床诊断和治疗挑战	上皮屏障在过敏性鼻炎、慢性鼻窦炎和哮喘中的功能障碍	NA	过敏性鼻炎, 慢性鼻窦炎, 哮喘	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
75	2024-08-09	Benchmarking single-cell RNA-sequencing protocols for cell atlas projects 2020-06, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-020-0469-4 PMID:32518403	研究论文	本研究通过多中心研究比较了13种常用的单细胞RNA测序和单核RNA测序协议，评估了它们在全面描述细胞类型和状态方面的能力	首次系统性地评估了不同单细胞RNA测序协议在构建细胞图谱项目中的性能差异	研究仅限于13种常用协议，未涵盖所有可能的单细胞RNA测序技术	评估不同单细胞RNA测序协议在细胞图谱项目中的适用性和性能	13种常用的单细胞RNA测序和单核RNA测序协议	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	使用了异质性参考样本资源
76	2024-08-09	An in vitro model of early anteroposterior organization during human development 2020-06, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-020-2383-9 PMID:32528178	研究论文	本文展示了人类胚胎干细胞可以生成三维多细胞聚集体（gastruloids），这些聚集体在不需要额外胚外组织的情况下，能够分化形成三个胚层的衍生物，并沿前后轴延长，显示出基因表达的模式	首次使用人类胚胎干细胞生成gastruloids，为研究人类早期发育中的轴向组织提供了可操作的模型系统	NA	揭示和研究人类早期发育中轴向组织特有的调控过程	人类胚胎干细胞生成的gastruloids	发育生物学	NA	空间转录组学	NA	基因表达数据	72小时的人类gastruloids
77	2024-08-09	Host-Viral Infection Maps Reveal Signatures of Severe COVID-19 Patients 2020-06-25, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2020.05.006 PMID:32479746	研究论文	本文介绍了一种名为Viral-Track的计算方法，用于全局扫描未映射的单细胞RNA测序数据，以检测病毒RNA，并实现感染细胞与旁观细胞的转录细胞分类。	Viral-Track方法能够系统地检测多种感染模型中的病毒，包括乙型肝炎病毒，并以无监督方式进行。	NA	揭示严重COVID-19患者与病毒相互作用的机制。	COVID-19患者的支气管肺泡灌洗样本。	数字病理学	COVID-19	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	RNA	严重和轻度COVID-19患者的支气管肺泡灌洗样本
78	2024-08-09	The Number of Transcription Factors at an Enhancer Determines Switch-like Gene Expression 2020-06-02, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2020.107724 PMID:32492432	研究论文	本文研究了转录因子NF-κB在超级增强子（SEs）和典型增强子（TEs）中的作用机制，以及它们如何影响基因表达的阈值和分级响应	首次展示了超级增强子的活性与染色质开放和丰富的NF-κB结合同时相关，导致B细胞受体（BCR）激活时基因表达的更高倍数变化和阈值表达	NA	探究NF-κB在超级增强子和典型增强子中的选择性参与机制及其对基因表达的影响	小鼠原代B淋巴细胞中的超级增强子和典型增强子	NA	NA	NA	NA	单细胞转录组	NA
79	2024-08-09	Acute Myeloid Leukemia iPSCs Reveal a Role for RUNX1 in the Maintenance of Human Leukemia Stem Cells 2020-06-02, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2020.107688 PMID:32492433	研究论文	本文报道了从急性髓系白血病（AML）患者中获得的遗传克隆诱导多能干细胞（iPSCs），这些细胞具有极高的移植潜力，并在造血分化后产生表型层次结构。通过命运追踪实验、异种移植和单细胞转录组学，研究人员鉴定出一种可通过体外粘附生长前瞻性分离的细胞亚群（iLSC），这些细胞位于该层次结构的顶端，并具有白血病干细胞（LSCs）的标志性特征。	本文通过整合iLSC转录组和染色质景观的研究，得出了一个预测患者生存的LSC基因特征，并揭示了跨AML基因型的LSCs对RUNX1转录因子的依赖性。	NA	研究旨在揭示白血病干细胞的特性和潜在的治疗靶点。	急性髓系白血病患者的诱导多能干细胞及其分化后的细胞亚群。	数字病理学	白血病	单细胞转录组学	NA	转录组数据	从单个AML患者中获得的遗传克隆iPSCs
80	2024-08-09	No evidence of severe acute respiratory syndrome-coronavirus 2 in semen of males recovering from coronavirus disease 2019 2020-06, Fertility and sterility IF:6.6Q1 DOI:10.1016/j.fertnstert.2020.04.024 PMID:32482249	研究论文	研究描述了从COVID-19康复的男性患者精液中检测严重急性呼吸综合征冠状病毒2（SARS-CoV-2）的情况，并探讨了睾丸中血管紧张素转换酶2（ACE2）和跨膜丝氨酸蛋白酶2（TMPRSS2）的表达模式	首次在单细胞转录组数据集上分析了人类睾丸中ACE2和TMPRSS2的稀疏表达，几乎没有重叠的基因表达	未评估精液质量，且SARS-CoV-2对男性生殖功能的长期影响仍未知	研究COVID-19康复男性精液中SARS-CoV-2的存在及睾丸中ACE2和TMPRSS2的表达	34名通过咽拭子样本确诊COVID-19的中国成年男性	NA	COVID-19	qRT-PCR	NA	单细胞转录组数据	34名成年男性