单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 142 篇文献，本页显示第 41 - 60 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 41 | 2024-08-07 |
Joint single cell DNA-seq and RNA-seq of gastric cancer cell lines reveals rules of in vitro evolution
2020-Jun, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqaa016
PMID:32215369
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研究论文 | 本研究通过单细胞DNA测序和RNA测序技术，分析了九种胃癌细胞系的细胞多样性，并揭示了体外进化的规律 | 首次量化了细胞系中共存的克隆数量及其特征，并通过单细胞RNA测序独立验证了单细胞DNA分析的克隆结构 | NA | 探究胃癌细胞系中的细胞多样性及其对实验重复性的影响 | 九种胃癌细胞系 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞DNA测序，单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据，转录组数据 | 8824个细胞的基因组，超过28000个单细胞的转录组 | NA | NA | NA | NA |
| 42 | 2024-08-07 |
Integrated urine proteomics and renal single-cell genomics identify an IFN-γ response gradient in lupus nephritis
2020-06-18, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.138345
PMID:32396533
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研究论文 | 本研究通过分析30名活动性狼疮肾炎患者的1000种尿蛋白生物标志物模式，并结合肾脏活检的单细胞转录组学，识别出由IFN-γ诱导的趋化因子梯度 | 本研究首次将尿蛋白组学与肾脏单细胞基因组学相结合，揭示了狼疮肾炎中的IFN-γ反应梯度，并发现尿趋化因子梯度与肾脏浸润的CD8+细胞数量显著相关 | 研究样本量较小，可能影响结果的普遍性 | 旨在理解狼疮肾炎的分子异质性，并识别免疫机制和通路 | 活动性狼疮肾炎患者的尿蛋白生物标志物及肾脏单细胞转录组学 | 数字病理学 | 自身免疫性疾病 | 尿蛋白组学，单细胞转录组学 | NA | 蛋白质，转录组 | 30名活动性狼疮肾炎患者 | NA | NA | NA | NA |
| 43 | 2024-08-07 |
Direct-seq: programmed gRNA scaffold for streamlined scRNA-seq in CRISPR screen
2020-Jun-08, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-020-02044-w
PMID:32513233
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Direct-seq的方法，通过在gRNA支架中引入A/G混合捕获序列，实现gRNA转录本与内源mRNA的直接逆转录，从而在单细胞RNA测序中进行高内涵分子表型分析 | Direct-seq方法创新性地将CRISPR扰动及其转录输出在简化的工作流程中同时进行分析 | NA | 开发一种新的方法，以便在CRISPR筛选中方便地改变DNA序列、转录和表观遗传修饰后，能够以高分辨率和规模进行复杂的分子输出分析 | CRISPR-based genome perturbation及其转录输出 | 基因组学 | NA | scRNA-seq | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 44 | 2024-08-07 |
CD200 promotes immunosuppression in the pancreatic tumor microenvironment
2020-06, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2019-000189
PMID:32581043
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研究论文 | 本文研究了CD200在胰腺肿瘤微环境中促进免疫抑制的作用 | 首次揭示了CD200在胰腺导管腺癌（PDAC）微环境中通过促进髓源抑制细胞（MDSC）的扩增和活性来限制免疫治疗反应 | NA | 探讨CD200在胰腺导管腺癌微环境中的免疫抑制作用及其对免疫治疗反应的影响 | 胰腺导管腺癌（PDAC）患者及小鼠模型 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 免疫荧光染色、流式细胞术、单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 包括人类胰腺癌细胞系、患者血液样本、小鼠肿瘤模型及健康捐赠者的外周血单个核细胞（PBMC） | NA | NA | NA | NA |
| 45 | 2024-08-08 |
Mechanistic models of signaling pathways deconvolute the glioblastoma single-cell functional landscape
2020-Jun, NAR cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1093/narcan/zcaa011
PMID:34316686
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研究论文 | 本文通过信号通路的机制模型，揭示了胶质母细胞瘤单细胞水平上的复杂功能景观 | 首次描述了单个细胞如何通过替代VEGFA来避免靶向治疗效果的机制，解释了某些细胞对治疗的固有抵抗性 | NA | 研究单细胞RNA测序揭示的基因表达异质性的功能后果及其对细胞群体集体行为的影响 | 胶质母细胞瘤细胞的信号通路活动和靶向药物抑制效果 | 数字病理学 | 脑癌 | 单细胞RNA测序 | 机制模型 | 基因表达数据 | 不同簇的胶质母细胞瘤细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 46 | 2024-08-09 |
Comparative performance of the BGI and Illumina sequencing technology for single-cell RNA-sequencing
2020-Jun, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqaa034
PMID:33575589
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研究论文 | 本文比较了Illumina NextSeq 500、NovaSeq 6000与BGI MGISEQ-2000平台在单细胞RNA测序中的性能 | 首次对比了不同高通量测序平台在单细胞RNA测序中的性能 | NA | 评估不同测序平台在单细胞RNA测序中的性能 | Illumina NextSeq 500、NovaSeq 6000与BGI MGISEQ-2000测序平台 | 测序技术 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 序列数据 | 超过70,000个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 47 | 2024-08-09 |
Deep soft K-means clustering with self-training for single-cell RNA sequence data
2020-Jun, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqaa039
PMID:33575592
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研究论文 | 本文提出了一种结合深度学习和去噪自编码器的软自训练K-means算法，用于单细胞RNA测序数据的聚类 | 本文创新性地结合了深度学习技术和去噪自编码器，提出了一种软自训练K-means算法，有效解决了现有算法在处理高维、稀疏和大规模转录表达数据时的局限性 | NA | 研究目的是改进单细胞RNA测序数据的聚类方法 | 研究对象是单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 深度学习, 去噪自编码器 | 自编码器 | RNA测序数据 | 大规模数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 48 | 2024-08-09 |
A Random Matrix Theory Approach to Denoise Single-Cell Data
2020-Jun-12, Patterns (New York, N.Y.)
DOI:10.1016/j.patter.2020.100035
PMID:33205104
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研究论文 | 本文提出了一种基于随机矩阵理论的新方法，用于分析和去噪单细胞测序数据 | 利用随机矩阵理论的普遍分布来区分噪声和信号，并解释了稀疏性如何导致虚假的特征向量定位 | 仅在标记的细胞群体的多种示例中验证了方法的有效性 | 开发一种新方法来去噪单细胞数据，以更好地识别生物信号 | 单细胞测序数据 | 生物信息学 | NA | 随机矩阵理论 | NA | 测序数据 | 涉及的单细胞数据中，约95%的信息与随机矩阵理论的预测相符，3%为稀疏性引起的虚假信号，2%为真实生物信号 | NA | NA | NA | NA |
| 49 | 2024-08-09 |
Single-Cell Transcriptomics of Human Lymph Node Stroma
2020-06-19, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2020.100021
PMID:33111075
|
研究论文 | 本文提供了一种用于单细胞RNA测序的细胞准备协议，以表征人淋巴结中基质的异质性 | 利用单细胞技术全面无偏地表征基质细胞的异质性 | NA | 表征人淋巴结中基质细胞的异质性 | 人淋巴结中的基质细胞 | 单细胞技术 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 50 | 2024-08-09 |
Protocol to Prepare Single-Cell Suspensions from Mouse Vagal Sensory Ganglia for Transcriptomic Studies
2020-06-19, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2020.100030
PMID:33111081
|
研究论文 | 本文提供了一种从鼠类迷走神经感觉神经节中提取并制备高质量单细胞悬液的详细协议，适用于转录组学研究 | 该协议可有效应用于其他外周和中枢神经元群体，仅需少量修改 | NA | 提供一种有效的单细胞悬液制备方法，用于迷走神经感觉神经元的转录组学研究 | 鼠类迷走神经感觉神经节 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 51 | 2024-08-09 |
Protocol for Dissection and Dissociation of Zebrafish Telencephalon for Single-Cell Sequencing
2020-06-19, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2020.100042
PMID:32835293
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研究论文 | 本文介绍了如何解剖斑马鱼端脑并将其分离成单细胞悬液的方法 | 提供了一种高效获取斑马鱼端脑单细胞悬液的技术，并通过流式细胞术富集神经前体干细胞 | NA | 探索细胞类型的分子特征 | 斑马鱼端脑的单细胞 | 生物技术 | NA | 单细胞测序 (sc-Seq) | NA | 细胞 | 从一只斑马鱼端脑中通常可获得70,000个活细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 52 | 2024-08-09 |
Recent advances of single-cell RNA sequencing technology in mesenchymal stem cell research
2020-Jun-26, World journal of stem cells
IF:3.6Q3
DOI:10.4252/wjsc.v12.i6.438
PMID:32742561
|
综述 | 本文综述了单细胞RNA测序技术在间充质干细胞研究中的最新进展 | 通过单细胞RNA测序技术，识别了间充质干细胞的新表面标记和功能亚群 | 讨论了单细胞RNA测序在间充质干细胞研究中的挑战和未来方向 | 探讨单细胞RNA测序技术在间充质干细胞及其相关疾病病理生理中的应用 | 间充质干细胞及其在疾病中的作用 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 53 | 2024-08-09 |
[A method of screening highly common neoantigens with immunogenicity in colorectal cancer based on public somatic mutation library]
2020-Jun-20, Yi chuan = Hereditas
DOI:10.16288/j.yczz.20-032
PMID:32694118
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研究论文 | 本文基于公共体细胞突变库，筛选出25种HLA-A*1101限制的高亲和力（IC<50 nmol/L）和呈现分数（>0.90）的常见新抗原，这些新抗原在结直肠癌（CRC）中具有免疫原性 | 本文首次建立了一种基于公共体细胞突变库筛选结直肠癌中具有免疫原性的常见新抗原的方法 | 研究主要集中在HLA-A*1101限制的新抗原，可能不适用于所有患者 | 开发一种方法来筛选结直肠癌中具有免疫原性的常见新抗原，以促进免疫治疗的应用 | 结直肠癌患者的常见新抗原及其免疫原性 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 体细胞突变数据 | 321名结直肠癌患者 | NA | NA | NA | NA |
| 54 | 2024-08-09 |
Simple Method to Quantify Protein Abundances from 1000 Cells
2020-Jun-30, ACS omega
IF:3.7Q2
DOI:10.1021/acsomega.0c01191
PMID:32637829
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研究论文 | 本文介绍了一种从最少1000个哺乳动物干细胞中定量蛋白质表达水平的方法 | 该方法整合并优化了多项近期进展，使用化学肽标记，无需特定设备，能高重复性地定量超过2500种蛋白质 | NA | 开发一种从少量细胞中定量蛋白质表达水平的方法 | 哺乳动物干细胞和体外分化的运动神经元 | 蛋白质组学 | NA | 化学肽标记 | NA | 蛋白质数据 | 最少1000个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 55 | 2024-08-09 |
Breathing fresh air into respiratory research with single-cell RNA sequencing
2020-Jun-30, European respiratory review : an official journal of the European Respiratory Society
IF:9.0Q1
DOI:10.1183/16000617.0060-2020
PMID:32620586
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在呼吸研究中的应用及其对呼吸生物学从发育到疾病的深入理解 | scRNA-seq技术能够保留细胞异质性信息，为呼吸研究提供了无偏见的转录组调查 | NA | 探讨scRNA-seq技术在呼吸研究中的应用及未来发展方向 | 呼吸系统的细胞异质性及其在疾病中的作用 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 56 | 2024-08-09 |
Coverage-dependent bias creates the appearance of binary splicing in single cells
2020-06-29, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.54603
PMID:32597758
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研究论文 | 本文探讨了单细胞RNA测序中选择性剪接呈现二态性模式的现象，并揭示这一现象主要由技术限制引起 | 通过模拟和分析人类及小鼠的单细胞RNA-seq数据，揭示了低基因表达和低捕获效率如何扭曲观察到的isoform分布，从而产生二元剪接结果的假象 | 主要关注技术限制对单细胞RNA测序结果的影响，未涉及其他可能的生物学因素 | 解释单细胞RNA测序中选择性剪接呈现二态性模式的原因 | 人类和小鼠的单细胞RNA测序数据 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | 概率模拟器 | RNA-seq数据 | 涉及人类和小鼠的单细胞样本 | NA | NA | NA | NA |
| 57 | 2024-08-09 |
NASQAR: a web-based platform for high-throughput sequencing data analysis and visualization
2020-Jun-29, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-020-03577-4
PMID:32600310
|
研究论文 | NASQAR是一个基于网络的高通量测序数据分析和可视化平台 | NASQAR为非编程专家提供了一个多功能且直观的工具箱，使他们能够轻松高效地探索、分析和可视化转录组数据 | NA | 开发新的软件库和工具，以应对高通量测序数据量和种类的快速增长 | 高通量测序数据 | 生物信息学 | NA | 高通量测序 | NA | 序列数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 58 | 2024-08-09 |
mitch: multi-contrast pathway enrichment for multi-omics and single-cell profiling data
2020-Jun-29, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-020-06856-9
PMID:32600408
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研究论文 | 本文介绍了mitch，一个用于多对比基因集富集分析的R包，适用于多组学和单细胞分析数据 | mitch采用rank-MANOVA统计方法，能识别在多个对比中共同富集的基因集，并具有独特的可视化功能，可探索多达20个对比的富集情况 | NA | 开发和验证一个能够处理和可视化多对比基因集富集分析的工具 | 多对比RNA表达分析、综合多组学、工具基准测试和单细胞RNA测序 | 生物信息学 | NA | 基因集富集分析 | rank-MANOVA | 多组学数据、单细胞数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 59 | 2024-08-09 |
Female reproductive tract has low concentration of SARS-CoV2 receptors
2020-Jun-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2020.06.20.163097
PMID:32607512
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研究论文 | 研究探讨了女性生殖器官中SARS-CoV2受体的表达情况 | 首次通过单细胞测序数据分析了女性生殖组织中SARS-CoV2受体的表达，发现这些组织中受体表达较低 | 研究仅基于单细胞测序数据，未涉及临床样本的直接检测 | 探究SARS-CoV2在女性生殖系统中的感染风险 | 女性生殖器官如子宫、肌层、卵巢、输卵管和乳腺上皮 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | 单细胞测序数据 | 涉及子宫、肌层、卵巢、输卵管和乳腺上皮的单细胞测序数据 | NA | NA | NA | NA |
| 60 | 2024-08-09 |
Genome-wide kinetic properties of transcriptional bursting in mouse embryonic stem cells
2020-06, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.aaz6699
PMID:32596448
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了小鼠胚胎干细胞中转录爆发的动力学特性 | 揭示了转录爆发动力学受启动子和基因体结合蛋白（包括多梳抑制复合物2和转录延伸因子）以及Akt/MAPK信号通路调控的分子机制 | NA | 阐明哺乳动物细胞中转录爆发动力学的调控机制 | 小鼠胚胎干细胞中的转录爆发动力学 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序, CRISPR-Cas9 | NA | RNA | 大量小鼠胚胎干细胞样本 | NA | NA | NA | NA |