单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 142 篇文献，本页显示第 41 - 60 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 41 | 2024-08-09 |
Protocol to Prepare Single-Cell Suspensions from Mouse Vagal Sensory Ganglia for Transcriptomic Studies
2020-06-19, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2020.100030
PMID:33111081
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研究论文 | 本文提供了一种从鼠类迷走神经感觉神经节中提取并制备高质量单细胞悬液的详细协议，适用于转录组学研究 | 该协议可有效应用于其他外周和中枢神经元群体，仅需少量修改 | NA | 提供一种有效的单细胞悬液制备方法，用于迷走神经感觉神经元的转录组学研究 | 鼠类迷走神经感觉神经节 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组 | NA |
| 42 | 2024-08-09 |
Protocol for Dissection and Dissociation of Zebrafish Telencephalon for Single-Cell Sequencing
2020-06-19, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2020.100042
PMID:32835293
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研究论文 | 本文介绍了如何解剖斑马鱼端脑并将其分离成单细胞悬液的方法 | 提供了一种高效获取斑马鱼端脑单细胞悬液的技术，并通过流式细胞术富集神经前体干细胞 | NA | 探索细胞类型的分子特征 | 斑马鱼端脑的单细胞 | 生物技术 | NA | 单细胞测序 (sc-Seq) | NA | 细胞 | 从一只斑马鱼端脑中通常可获得70,000个活细胞 |
| 43 | 2024-08-09 |
Recent advances of single-cell RNA sequencing technology in mesenchymal stem cell research
2020-Jun-26, World journal of stem cells
IF:3.6Q3
DOI:10.4252/wjsc.v12.i6.438
PMID:32742561
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序技术在间充质干细胞研究中的最新进展 | 通过单细胞RNA测序技术，识别了间充质干细胞的新表面标记和功能亚群 | 讨论了单细胞RNA测序在间充质干细胞研究中的挑战和未来方向 | 探讨单细胞RNA测序技术在间充质干细胞及其相关疾病病理生理中的应用 | 间充质干细胞及其在疾病中的作用 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 44 | 2024-08-09 |
[A method of screening highly common neoantigens with immunogenicity in colorectal cancer based on public somatic mutation library]
2020-Jun-20, Yi chuan = Hereditas
DOI:10.16288/j.yczz.20-032
PMID:32694118
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研究论文 | 本文基于公共体细胞突变库，筛选出25种HLA-A*1101限制的高亲和力（IC<50 nmol/L）和呈现分数（>0.90）的常见新抗原，这些新抗原在结直肠癌（CRC）中具有免疫原性 | 本文首次建立了一种基于公共体细胞突变库筛选结直肠癌中具有免疫原性的常见新抗原的方法 | 研究主要集中在HLA-A*1101限制的新抗原，可能不适用于所有患者 | 开发一种方法来筛选结直肠癌中具有免疫原性的常见新抗原，以促进免疫治疗的应用 | 结直肠癌患者的常见新抗原及其免疫原性 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 体细胞突变数据 | 321名结直肠癌患者 |
| 45 | 2024-08-09 |
Simple Method to Quantify Protein Abundances from 1000 Cells
2020-Jun-30, ACS omega
IF:3.7Q2
DOI:10.1021/acsomega.0c01191
PMID:32637829
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研究论文 | 本文介绍了一种从最少1000个哺乳动物干细胞中定量蛋白质表达水平的方法 | 该方法整合并优化了多项近期进展，使用化学肽标记，无需特定设备，能高重复性地定量超过2500种蛋白质 | NA | 开发一种从少量细胞中定量蛋白质表达水平的方法 | 哺乳动物干细胞和体外分化的运动神经元 | 蛋白质组学 | NA | 化学肽标记 | NA | 蛋白质数据 | 最少1000个细胞 |
| 46 | 2024-08-09 |
Breathing fresh air into respiratory research with single-cell RNA sequencing
2020-Jun-30, European respiratory review : an official journal of the European Respiratory Society
IF:9.0Q1
DOI:10.1183/16000617.0060-2020
PMID:32620586
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在呼吸研究中的应用及其对呼吸生物学从发育到疾病的深入理解 | scRNA-seq技术能够保留细胞异质性信息，为呼吸研究提供了无偏见的转录组调查 | NA | 探讨scRNA-seq技术在呼吸研究中的应用及未来发展方向 | 呼吸系统的细胞异质性及其在疾病中的作用 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | NA |
| 47 | 2024-08-09 |
Coverage-dependent bias creates the appearance of binary splicing in single cells
2020-06-29, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.54603
PMID:32597758
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研究论文 | 本文探讨了单细胞RNA测序中选择性剪接呈现二态性模式的现象，并揭示这一现象主要由技术限制引起 | 通过模拟和分析人类及小鼠的单细胞RNA-seq数据，揭示了低基因表达和低捕获效率如何扭曲观察到的isoform分布，从而产生二元剪接结果的假象 | 主要关注技术限制对单细胞RNA测序结果的影响，未涉及其他可能的生物学因素 | 解释单细胞RNA测序中选择性剪接呈现二态性模式的原因 | 人类和小鼠的单细胞RNA测序数据 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | 概率模拟器 | RNA-seq数据 | 涉及人类和小鼠的单细胞样本 |
| 48 | 2024-08-09 |
An efficient single-cell transcriptomics workflow for microbial eukaryotes benchmarked on Giardia intestinalis cells
2020-Jun-29, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-020-06858-7
PMID:32600266
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研究论文 | 本研究测试了Smart-seq2单细胞RNA测序协议的不同修改版本，以建立一个更稳健和成本效益更高的流程，用于原生生物。 | 通过添加冷冻-解冻循环和减少反应体积，提高了转录本的回收率，并测试了其他成本降低的修改。 | 减少反应体积导致检测到的基因数量显著减少，其他修改并未显著改变基因检测。 | 开发一个更高效和成本效益更高的单细胞RNA测序流程，用于研究原生生物的多样性和细胞生物学。 | 使用Giardia intestinalis作为实验对象，测试Smart-seq2协议的不同修改版本。 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | Smart-seq2 | 转录组数据 | 使用Giardia intestinalis细胞进行实验 |
| 49 | 2024-08-09 |
NASQAR: a web-based platform for high-throughput sequencing data analysis and visualization
2020-Jun-29, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-020-03577-4
PMID:32600310
|
研究论文 | NASQAR是一个基于网络的高通量测序数据分析和可视化平台 | NASQAR为非编程专家提供了一个多功能且直观的工具箱，使他们能够轻松高效地探索、分析和可视化转录组数据 | NA | 开发新的软件库和工具，以应对高通量测序数据量和种类的快速增长 | 高通量测序数据 | 生物信息学 | NA | 高通量测序 | NA | 序列数据 | NA |
| 50 | 2024-08-09 |
mitch: multi-contrast pathway enrichment for multi-omics and single-cell profiling data
2020-Jun-29, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-020-06856-9
PMID:32600408
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研究论文 | 本文介绍了mitch，一个用于多对比基因集富集分析的R包，适用于多组学和单细胞分析数据 | mitch采用rank-MANOVA统计方法，能识别在多个对比中共同富集的基因集，并具有独特的可视化功能，可探索多达20个对比的富集情况 | NA | 开发和验证一个能够处理和可视化多对比基因集富集分析的工具 | 多对比RNA表达分析、综合多组学、工具基准测试和单细胞RNA测序 | 生物信息学 | NA | 基因集富集分析 | rank-MANOVA | 多组学数据、单细胞数据 | NA |
| 51 | 2024-08-09 |
Female reproductive tract has low concentration of SARS-CoV2 receptors
2020-Jun-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2020.06.20.163097
PMID:32607512
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研究论文 | 研究探讨了女性生殖器官中SARS-CoV2受体的表达情况 | 首次通过单细胞测序数据分析了女性生殖组织中SARS-CoV2受体的表达，发现这些组织中受体表达较低 | 研究仅基于单细胞测序数据，未涉及临床样本的直接检测 | 探究SARS-CoV2在女性生殖系统中的感染风险 | 女性生殖器官如子宫、肌层、卵巢、输卵管和乳腺上皮 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | 单细胞测序数据 | 涉及子宫、肌层、卵巢、输卵管和乳腺上皮的单细胞测序数据 |
| 52 | 2024-08-09 |
Genome-wide kinetic properties of transcriptional bursting in mouse embryonic stem cells
2020-06, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.aaz6699
PMID:32596448
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了小鼠胚胎干细胞中转录爆发的动力学特性 | 揭示了转录爆发动力学受启动子和基因体结合蛋白（包括多梳抑制复合物2和转录延伸因子）以及Akt/MAPK信号通路调控的分子机制 | NA | 阐明哺乳动物细胞中转录爆发动力学的调控机制 | 小鼠胚胎干细胞中的转录爆发动力学 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序, CRISPR-Cas9 | NA | RNA | 大量小鼠胚胎干细胞样本 |
| 53 | 2024-08-09 |
Single-cell sequencing of genomic DNA resolves sub-clonal heterogeneity in a melanoma cell line
2020-06-25, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-020-1044-8
PMID:32587328
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研究论文 | 本文通过浅层单细胞基因组DNA测序分析了COLO829细胞系中的亚克隆异质性 | 使用浅层单细胞测序技术揭示了COLO829细胞系中的亚克隆结构和染色体异常模式 | NA | 评估和解析COLO829细胞系中的体细胞变异和亚克隆复杂性 | COLO829细胞系中的1475个细胞 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞测序 | NA | 基因组DNA | 1475个细胞 |
| 54 | 2024-08-09 |
Single-cell transcriptome and antigen-immunoglobin analysis reveals the diversity of B cells in non-small cell lung cancer
2020-06-24, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-020-02064-6
PMID:32580738
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组和抗原-免疫球蛋白分析，揭示了非小细胞肺癌中B细胞的多样性及其功能 | 首次详细描述了非小细胞肺癌中肿瘤浸润B细胞的亚型及其在疾病进展中的不同功能 | 研究仅基于两个独立队列的样本，可能需要更多样本以验证结果的普遍性 | 探讨非小细胞肺癌中B细胞的多样性及其在肿瘤微环境中的作用 | 非小细胞肺癌患者的肿瘤组织样本中的B细胞 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 两个独立队列的肿瘤组织样本 |
| 55 | 2024-08-09 |
Transcriptional output, cell-type densities, and normalization in spatial transcriptomics
2020-06-23, Journal of molecular cell biology
IF:5.3Q2
DOI:10.1093/jmcb/mjaa028
PMID:32573704
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 56 | 2024-08-09 |
NeuroD1 Dictates Tumor Cell Differentiation in Medulloblastoma
2020-06-23, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2020.107782
PMID:32579914
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序研究了髓母细胞瘤（MB）细胞的分化能力，并探讨了NeuroD1在促进MB细胞分化中的作用及其分子机制。 | 首次揭示了NeuroD1在髓母细胞瘤细胞分化中的关键作用，并提出了通过抑制EZH2来增强NeuroD1表达以促进肿瘤细胞分化的治疗策略。 | NA | 探讨髓母细胞瘤细胞的分化机制及其在治疗中的应用。 | 髓母细胞瘤细胞及其分化能力。 | 数字病理学 | 髓母细胞瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 57 | 2024-08-09 |
Single-Cell Profiling and SCOPE-Seq Reveal Lineage Dynamics of Adult Ventricular-Subventricular Zone Neurogenesis and NOTUM as a Key Regulator
2020-06-23, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2020.107805
PMID:32579931
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术研究了成年室管膜下区神经发生的过程，并揭示了NOTUM作为关键调节因子的作用 | 首次使用SCOPE-Seq技术结合活细胞成像和单细胞RNA测序，揭示了细胞大小转换在神经干细胞分化中的作用，并发现了NOTUM在神经干细胞激活中的关键调节作用 | NA | 研究成年室管膜下区神经发生的动态过程及其分子机制 | 成年室管膜下区的神经干细胞及其产生的嗅球神经元和胶质细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 细胞 | 超过56,000个室管膜下区和嗅球细胞 |
| 58 | 2024-08-09 |
An entropy-based metric for assessing the purity of single cell populations
2020-06-22, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-16904-3
PMID:32572028
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研究论文 | 本文介绍了一种基于熵的统计量ROGUE，用于准确量化单细胞RNA测序（scRNA-seq）中识别的细胞簇的纯度 | 提出了ROGUE指标，能够准确、敏感且稳健地评估细胞簇纯度，并应用于多种模拟和真实数据集 | NA | 开发一种新的方法来评估单细胞RNA测序数据中细胞簇的纯度 | 单细胞RNA测序数据中的细胞簇纯度 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 数据 | 多种模拟和真实数据集，包括成纤维细胞、B细胞和脑数据 |
| 59 | 2024-08-09 |
scClassify: sample size estimation and multiscale classification of cells using single and multiple reference
2020-06, Molecular systems biology
IF:8.5Q1
DOI:10.15252/msb.20199389
PMID:32567229
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研究论文 | 本文介绍了一种基于集成学习和细胞类型层次结构的多尺度分类框架scClassify，用于单细胞RNA测序数据的自动化细胞类型识别 | scClassify能够估计细胞类型分类所需的样本量，并允许在多个参考数据可用时进行联合分类 | NA | 开发一种新的方法用于单细胞RNA测序数据的自动化细胞类型识别 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 集成学习 | 单细胞RNA测序数据 | 涉及114对参考和测试数据，代表了不同大小、技术和复杂程度 |
| 60 | 2024-08-09 |
Sequencing of RNA in single cells reveals a distinct transcriptome signature of hematopoiesis in GATA2 deficiency
2020-06-23, Blood advances
IF:7.4Q1
DOI:10.1182/bloodadvances.2019001352
PMID:32556286
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了GATA2缺陷患者造血干细胞和祖细胞的独特转录组特征 | 首次通过单细胞RNA测序技术，详细描述了GATA2缺陷患者造血干细胞和祖细胞的转录组特征，并揭示了其与正常细胞的差异 | 研究样本量较小，仅涉及8名患者，可能影响结果的普遍性 | 探讨GATA2缺陷患者造血干细胞和祖细胞的转录组特征及其与临床表型的关系 | GATA2缺陷患者的造血干细胞和祖细胞 | 数字病理学 | 血液系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 8名患者 |