单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 142 篇文献，本页显示第 41 - 60 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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| 41 | 2024-08-07 |
Unravelling the heterogeneity and dynamic relationships of tumor-infiltrating T cells by single-cell RNA sequencing analysis
2020-06, Journal of leukocyte biology
IF:3.6Q2
DOI:10.1002/JLB.6MR0320-234R
PMID:32272497
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review | 本文综述了单细胞RNA测序技术在解析肿瘤浸润T细胞异质性和动态关系方面的最新进展 | 结合深度转录组信息与T细胞受体（TCR）基的谱系追踪，深入理解肿瘤内T细胞群体 | NA | 探讨单细胞RNA测序技术如何揭示肿瘤浸润T细胞的异质性及功能意义 | 肿瘤浸润T细胞的异质性、克隆扩增、迁移及效应功能 | digital pathology | NA | single-cell RNA sequencing | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 42 | 2024-08-07 |
Tissue-resident macrophages promote extracellular matrix homeostasis in the mammary gland stroma of nulliparous mice
2020-06-01, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.57438
PMID:32479261
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研究论文 | 本文研究了组织驻留巨噬细胞在未产雌鼠乳腺基质中促进细胞外基质稳态的作用 | 通过转录组分析和单细胞RNA测序，发现了在未产雌鼠乳腺中存在一种表达Lyve-1的特殊基质巨噬细胞亚群，该亚群与细胞外基质（ECM）重塑相关 | NA | 探讨巨噬细胞在未产雌鼠乳腺基质中的作用及其对细胞外基质稳态的影响 | 未产雌鼠乳腺中的组织驻留巨噬细胞及其在基质中的功能 | NA | NA | 转录组分析，单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据，单细胞RNA测序数据 | 未产雌鼠乳腺组织中的巨噬细胞亚群 | NA | NA | NA | NA |
| 43 | 2024-08-07 |
Applications of single-cell sequencing for the field of otolaryngology: A contemporary review
2020-Jun, Laryngoscope investigative otolaryngology
IF:1.6Q2
DOI:10.1002/lio2.388
PMID:32596483
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-Seq）技术在耳鼻喉科学领域的应用 | scRNA-Seq技术能够揭示患者组织中的异质性和罕见细胞类型，有助于疾病发病机制的理解和新疾病生物标志物或药物靶点的发现 | scRNA-Seq技术在临床应用中存在一定的局限性 | 旨在激发scRNA-Seq在耳鼻喉科学中的应用，并通过实例展示其在临床医学中的应用潜力 | 主要研究对象包括小鼠听觉系统（包括内耳的毛细胞和支持细胞、螺旋神经节神经元和内耳类器官）以及人类初级细胞样本 | 数字病理学 | 耳鼻喉疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq） | NA | RNA数据 | 涉及小鼠听觉系统及人类初级细胞样本 | NA | NA | NA | NA |
| 44 | 2024-08-07 |
Molecular atlas of the adult mouse brain
2020-06, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.abb3446
PMID:32637622
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research paper | 本文通过全脑空间转录组学技术，对成年小鼠大脑进行了系统的分子分类，揭示了大脑的复杂神经解剖结构。 | 本文通过无偏倚的空间定义特征识别，发现分子信息足以推导出大脑的复杂和详细的神经解剖组织结构，并揭示了新的区域和层次特异性亚区域。 | NA | 旨在基于空间定义特征的无偏倚识别，生成成年小鼠大脑的系统分类。 | 成年小鼠大脑的神经解剖结构和分子组织。 | digital pathology | NA | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 成年小鼠大脑 | NA | NA | NA | NA |
| 45 | 2024-08-07 |
Random Parametric Perturbations of Gene Regulatory Circuit Uncover State Transitions in Cell Cycle
2020-Jun-26, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2020.101150
PMID:32450514
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研究论文 | 本文使用芽殖酵母细胞周期作为模型系统，研究基因调控电路如何编码细胞状态转换的关键信息 | 提出了一种通用的随机电路扰动方法，用于包含异质调控类型的电路，并分析了从随机动力学参数的电路模型集合中得到的稳态和振荡状态 | NA | 探索基因调控电路如何编码细胞状态转换的关键信息 | 芽殖酵母细胞周期 | 生物信息学 | NA | 随机电路扰动方法 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 46 | 2024-08-07 |
CB2 improves power of cell detection in droplet-based single-cell RNA sequencing data
2020-06-08, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-020-02054-8
PMID:32513247
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研究论文 | 本文介绍了一种基于聚类的方法CB2，用于区分单细胞RNA测序数据中的真实细胞与背景条码 | CB2利用了数据集中存在的强细胞间相关性，相较于现有方法，能更有效地识别真实细胞 | NA | 提高单细胞RNA测序数据中细胞检测的准确性 | 单细胞RNA测序数据中的真实细胞与背景条码 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 聚类方法 | RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 47 | 2024-08-07 |
Systematic assessment of tissue dissociation and storage biases in single-cell and single-nucleus RNA-seq workflows
2020-06-02, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-020-02048-6
PMID:32487174
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研究论文 | 本文系统比较了单细胞和单核RNA测序工作流程中组织解离和存储方法的相对偏差和优势 | 首次系统比较了不同组织解离和存储方法对单细胞和单核RNA测序结果的影响 | 研究仅限于成年小鼠肾脏组织，可能不适用于其他组织类型 | 旨在揭示不同组织解离和存储方法对单细胞和单核RNA测序结果的影响 | 成年小鼠肾脏组织的单细胞和单核RNA测序 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 成年小鼠肾脏组织 | NA | NA | NA | NA |
| 48 | 2024-08-07 |
SingleCellSignalR: inference of intercellular networks from single-cell transcriptomics
2020-06-04, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaa183
PMID:32196115
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研究论文 | 本文介绍了一种新的单细胞转录组数据分析工具SingleCellSignalR，用于推断细胞间的配体-受体相互作用网络 | 引入了一个新的、经过精心整理的配体-受体数据库和一个新颖的正则化评分方法，用于评估预测的配体-受体相互作用的置信度 | NA | 开发一种新的工具，用于从单细胞转录组数据中推断细胞间的相互作用网络 | 单细胞转录组数据中的配体-受体相互作用 | 生物信息学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 49 | 2024-08-07 |
Quantitative single-cell interactomes in normal and virus-infected mouse lungs
2020-06-26, Disease models & mechanisms
IF:4.0Q1
DOI:10.1242/dmm.044404
PMID:32461220
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研究论文 | 本文介绍了一种定量直观算法和优化实验方案，用于构建和比较正常与感染Sendai病毒的小鼠肺部细胞间的相互作用网络。 | 提出了一种新的定量直观算法，结合优化的实验协议，使不具有高级编程技能的实验室科学家也能适应。 | 算法和方法的通用性需要在其他器官和人类样本中进一步验证。 | 解析哺乳动物器官中通过配体-受体相互作用进行的细胞间信号传递，特别是在病毒感染情况下的变化。 | 正常和感染Sendai病毒的小鼠肺部细胞。 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 定量直观算法 | RNA序列数据 | 每种细胞类型至少90个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 50 | 2024-08-07 |
Joint single cell DNA-seq and RNA-seq of gastric cancer cell lines reveals rules of in vitro evolution
2020-Jun, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqaa016
PMID:32215369
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研究论文 | 本研究通过单细胞DNA测序和RNA测序技术，分析了九种胃癌细胞系的细胞多样性，并揭示了体外进化的规律 | 首次量化了细胞系中共存的克隆数量及其特征，并通过单细胞RNA测序独立验证了单细胞DNA分析的克隆结构 | NA | 探究胃癌细胞系中的细胞多样性及其对实验重复性的影响 | 九种胃癌细胞系 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞DNA测序，单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据，转录组数据 | 8824个细胞的基因组，超过28000个单细胞的转录组 | NA | NA | NA | NA |
| 51 | 2024-08-07 |
Integrated urine proteomics and renal single-cell genomics identify an IFN-γ response gradient in lupus nephritis
2020-06-18, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.138345
PMID:32396533
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研究论文 | 本研究通过分析30名活动性狼疮肾炎患者的1000种尿蛋白生物标志物模式，并结合肾脏活检的单细胞转录组学，识别出由IFN-γ诱导的趋化因子梯度 | 本研究首次将尿蛋白组学与肾脏单细胞基因组学相结合，揭示了狼疮肾炎中的IFN-γ反应梯度，并发现尿趋化因子梯度与肾脏浸润的CD8+细胞数量显著相关 | 研究样本量较小，可能影响结果的普遍性 | 旨在理解狼疮肾炎的分子异质性，并识别免疫机制和通路 | 活动性狼疮肾炎患者的尿蛋白生物标志物及肾脏单细胞转录组学 | 数字病理学 | 自身免疫性疾病 | 尿蛋白组学，单细胞转录组学 | NA | 蛋白质，转录组 | 30名活动性狼疮肾炎患者 | NA | NA | NA | NA |
| 52 | 2024-08-07 |
Direct-seq: programmed gRNA scaffold for streamlined scRNA-seq in CRISPR screen
2020-Jun-08, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-020-02044-w
PMID:32513233
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Direct-seq的方法，通过在gRNA支架中引入A/G混合捕获序列，实现gRNA转录本与内源mRNA的直接逆转录，从而在单细胞RNA测序中进行高内涵分子表型分析 | Direct-seq方法创新性地将CRISPR扰动及其转录输出在简化的工作流程中同时进行分析 | NA | 开发一种新的方法，以便在CRISPR筛选中方便地改变DNA序列、转录和表观遗传修饰后，能够以高分辨率和规模进行复杂的分子输出分析 | CRISPR-based genome perturbation及其转录输出 | 基因组学 | NA | scRNA-seq | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 53 | 2024-08-07 |
CD200 promotes immunosuppression in the pancreatic tumor microenvironment
2020-06, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2019-000189
PMID:32581043
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研究论文 | 本文研究了CD200在胰腺肿瘤微环境中促进免疫抑制的作用 | 首次揭示了CD200在胰腺导管腺癌（PDAC）微环境中通过促进髓源抑制细胞（MDSC）的扩增和活性来限制免疫治疗反应 | NA | 探讨CD200在胰腺导管腺癌微环境中的免疫抑制作用及其对免疫治疗反应的影响 | 胰腺导管腺癌（PDAC）患者及小鼠模型 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 免疫荧光染色、流式细胞术、单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 包括人类胰腺癌细胞系、患者血液样本、小鼠肿瘤模型及健康捐赠者的外周血单个核细胞（PBMC） | NA | NA | NA | NA |
| 54 | 2024-08-08 |
Mechanistic models of signaling pathways deconvolute the glioblastoma single-cell functional landscape
2020-Jun, NAR cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1093/narcan/zcaa011
PMID:34316686
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研究论文 | 本文通过信号通路的机制模型，揭示了胶质母细胞瘤单细胞水平上的复杂功能景观 | 首次描述了单个细胞如何通过替代VEGFA来避免靶向治疗效果的机制，解释了某些细胞对治疗的固有抵抗性 | NA | 研究单细胞RNA测序揭示的基因表达异质性的功能后果及其对细胞群体集体行为的影响 | 胶质母细胞瘤细胞的信号通路活动和靶向药物抑制效果 | 数字病理学 | 脑癌 | 单细胞RNA测序 | 机制模型 | 基因表达数据 | 不同簇的胶质母细胞瘤细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 55 | 2024-08-09 |
Comparative performance of the BGI and Illumina sequencing technology for single-cell RNA-sequencing
2020-Jun, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqaa034
PMID:33575589
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研究论文 | 本文比较了Illumina NextSeq 500、NovaSeq 6000与BGI MGISEQ-2000平台在单细胞RNA测序中的性能 | 首次对比了不同高通量测序平台在单细胞RNA测序中的性能 | NA | 评估不同测序平台在单细胞RNA测序中的性能 | Illumina NextSeq 500、NovaSeq 6000与BGI MGISEQ-2000测序平台 | 测序技术 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 序列数据 | 超过70,000个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 56 | 2024-08-09 |
Deep soft K-means clustering with self-training for single-cell RNA sequence data
2020-Jun, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqaa039
PMID:33575592
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研究论文 | 本文提出了一种结合深度学习和去噪自编码器的软自训练K-means算法，用于单细胞RNA测序数据的聚类 | 本文创新性地结合了深度学习技术和去噪自编码器，提出了一种软自训练K-means算法，有效解决了现有算法在处理高维、稀疏和大规模转录表达数据时的局限性 | NA | 研究目的是改进单细胞RNA测序数据的聚类方法 | 研究对象是单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 深度学习, 去噪自编码器 | 自编码器 | RNA测序数据 | 大规模数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 57 | 2024-08-09 |
A Random Matrix Theory Approach to Denoise Single-Cell Data
2020-Jun-12, Patterns (New York, N.Y.)
DOI:10.1016/j.patter.2020.100035
PMID:33205104
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研究论文 | 本文提出了一种基于随机矩阵理论的新方法，用于分析和去噪单细胞测序数据 | 利用随机矩阵理论的普遍分布来区分噪声和信号，并解释了稀疏性如何导致虚假的特征向量定位 | 仅在标记的细胞群体的多种示例中验证了方法的有效性 | 开发一种新方法来去噪单细胞数据，以更好地识别生物信号 | 单细胞测序数据 | 生物信息学 | NA | 随机矩阵理论 | NA | 测序数据 | 涉及的单细胞数据中，约95%的信息与随机矩阵理论的预测相符，3%为稀疏性引起的虚假信号，2%为真实生物信号 | NA | NA | NA | NA |
| 58 | 2024-08-09 |
Recent advances of single-cell RNA sequencing technology in mesenchymal stem cell research
2020-Jun-26, World journal of stem cells
IF:3.6Q3
DOI:10.4252/wjsc.v12.i6.438
PMID:32742561
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序技术在间充质干细胞研究中的最新进展 | 通过单细胞RNA测序技术，识别了间充质干细胞的新表面标记和功能亚群 | 讨论了单细胞RNA测序在间充质干细胞研究中的挑战和未来方向 | 探讨单细胞RNA测序技术在间充质干细胞及其相关疾病病理生理中的应用 | 间充质干细胞及其在疾病中的作用 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 59 | 2024-08-09 |
[A method of screening highly common neoantigens with immunogenicity in colorectal cancer based on public somatic mutation library]
2020-Jun-20, Yi chuan = Hereditas
DOI:10.16288/j.yczz.20-032
PMID:32694118
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研究论文 | 本文基于公共体细胞突变库，筛选出25种HLA-A*1101限制的高亲和力（IC<50 nmol/L）和呈现分数（>0.90）的常见新抗原，这些新抗原在结直肠癌（CRC）中具有免疫原性 | 本文首次建立了一种基于公共体细胞突变库筛选结直肠癌中具有免疫原性的常见新抗原的方法 | 研究主要集中在HLA-A*1101限制的新抗原，可能不适用于所有患者 | 开发一种方法来筛选结直肠癌中具有免疫原性的常见新抗原，以促进免疫治疗的应用 | 结直肠癌患者的常见新抗原及其免疫原性 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 体细胞突变数据 | 321名结直肠癌患者 | NA | NA | NA | NA |
| 60 | 2024-08-09 |
Breathing fresh air into respiratory research with single-cell RNA sequencing
2020-Jun-30, European respiratory review : an official journal of the European Respiratory Society
IF:9.0Q1
DOI:10.1183/16000617.0060-2020
PMID:32620586
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在呼吸研究中的应用及其对呼吸生物学从发育到疾病的深入理解 | scRNA-seq技术能够保留细胞异质性信息，为呼吸研究提供了无偏见的转录组调查 | NA | 探讨scRNA-seq技术在呼吸研究中的应用及未来发展方向 | 呼吸系统的细胞异质性及其在疾病中的作用 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |