单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2024-08-07	Tissue-resident macrophages promote extracellular matrix homeostasis in the mammary gland stroma of nulliparous mice 2020-06-01, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.57438 PMID:32479261	研究论文	本文研究了组织驻留巨噬细胞在未产雌鼠乳腺基质中促进细胞外基质稳态的作用	通过转录组分析和单细胞RNA测序，发现了在未产雌鼠乳腺中存在一种表达Lyve-1的特殊基质巨噬细胞亚群，该亚群与细胞外基质（ECM）重塑相关	NA	探讨巨噬细胞在未产雌鼠乳腺基质中的作用及其对细胞外基质稳态的影响	未产雌鼠乳腺中的组织驻留巨噬细胞及其在基质中的功能	NA	NA	转录组分析，单细胞RNA测序	NA	转录组数据，单细胞RNA测序数据	未产雌鼠乳腺组织中的巨噬细胞亚群
22	2024-08-07	Molecular design of hypothalamus development 2020-06, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-020-2266-0 PMID:32499648	研究论文	本文通过结合单细胞RNA测序、基因调控网络筛选和基于全基因组关联研究的疾病表型分析，以及遗传谱系重建，揭示了在妊娠中期由不同的基因调控网络控制的九种胶质细胞和三十三种神经元亚型的生成	首次展示了组合分子代码如何从神经递质、神经肽和转录因子中解码下丘脑神经元的分类层次，并发现γ-氨基丁酸（GABA）和多巴胺神经元的分化依赖于准稳定中间状态	NA	揭示下丘脑发育的分子设计原理	下丘脑的神经元和胶质细胞多样性	分子生物学	NA	单细胞RNA测序	基因调控网络	基因组数据	51,199个源自外胚层的鼠细胞
23	2024-08-07	Applications of single-cell sequencing for the field of otolaryngology: A contemporary review 2020-Jun, Laryngoscope investigative otolaryngology IF:1.6Q2 DOI:10.1002/lio2.388 PMID:32596483	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-Seq）技术在耳鼻喉科学领域的应用	scRNA-Seq技术能够揭示患者组织中的异质性和罕见细胞类型，有助于疾病发病机制的理解和新疾病生物标志物或药物靶点的发现	scRNA-Seq技术在临床应用中存在一定的局限性	旨在激发scRNA-Seq在耳鼻喉科学中的应用，并通过实例展示其在临床医学中的应用潜力	主要研究对象包括小鼠听觉系统（包括内耳的毛细胞和支持细胞、螺旋神经节神经元和内耳类器官）以及人类初级细胞样本	数字病理学	耳鼻喉疾病	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	RNA数据	涉及小鼠听觉系统及人类初级细胞样本
24	2024-08-07	Molecular atlas of the adult mouse brain 2020-06, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.abb3446 PMID:32637622	research paper	本文通过全脑空间转录组学技术，对成年小鼠大脑进行了系统的分子分类，揭示了大脑的复杂神经解剖结构。	本文通过无偏倚的空间定义特征识别，发现分子信息足以推导出大脑的复杂和详细的神经解剖组织结构，并揭示了新的区域和层次特异性亚区域。	NA	旨在基于空间定义特征的无偏倚识别，生成成年小鼠大脑的系统分类。	成年小鼠大脑的神经解剖结构和分子组织。	digital pathology	NA	空间转录组学	NA	基因表达数据	成年小鼠大脑
25	2024-08-07	Random Parametric Perturbations of Gene Regulatory Circuit Uncover State Transitions in Cell Cycle 2020-Jun-26, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2020.101150 PMID:32450514	研究论文	本文使用芽殖酵母细胞周期作为模型系统，研究基因调控电路如何编码细胞状态转换的关键信息	提出了一种通用的随机电路扰动方法，用于包含异质调控类型的电路，并分析了从随机动力学参数的电路模型集合中得到的稳态和振荡状态	NA	探索基因调控电路如何编码细胞状态转换的关键信息	芽殖酵母细胞周期	生物信息学	NA	随机电路扰动方法	NA	单细胞RNA测序数据	NA
26	2024-08-07	CB2 improves power of cell detection in droplet-based single-cell RNA sequencing data 2020-06-08, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-020-02054-8 PMID:32513247	研究论文	本文介绍了一种基于聚类的方法CB2，用于区分单细胞RNA测序数据中的真实细胞与背景条码	CB2利用了数据集中存在的强细胞间相关性，相较于现有方法，能更有效地识别真实细胞	NA	提高单细胞RNA测序数据中细胞检测的准确性	单细胞RNA测序数据中的真实细胞与背景条码	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	聚类方法	RNA测序数据	NA
27	2024-08-07	Systematic assessment of tissue dissociation and storage biases in single-cell and single-nucleus RNA-seq workflows 2020-06-02, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-020-02048-6 PMID:32487174	研究论文	本文系统比较了单细胞和单核RNA测序工作流程中组织解离和存储方法的相对偏差和优势	首次系统比较了不同组织解离和存储方法对单细胞和单核RNA测序结果的影响	研究仅限于成年小鼠肾脏组织，可能不适用于其他组织类型	旨在揭示不同组织解离和存储方法对单细胞和单核RNA测序结果的影响	成年小鼠肾脏组织的单细胞和单核RNA测序	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	成年小鼠肾脏组织
28	2024-08-07	SingleCellSignalR: inference of intercellular networks from single-cell transcriptomics 2020-06-04, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaa183 PMID:32196115	研究论文	本文介绍了一种新的单细胞转录组数据分析工具SingleCellSignalR，用于推断细胞间的配体-受体相互作用网络	引入了一个新的、经过精心整理的配体-受体数据库和一个新颖的正则化评分方法，用于评估预测的配体-受体相互作用的置信度	NA	开发一种新的工具，用于从单细胞转录组数据中推断细胞间的相互作用网络	单细胞转录组数据中的配体-受体相互作用	生物信息学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
29	2024-08-07	Quantitative single-cell interactomes in normal and virus-infected mouse lungs 2020-06-26, Disease models & mechanisms IF:4.0Q1 DOI:10.1242/dmm.044404 PMID:32461220	研究论文	本文介绍了一种定量直观算法和优化实验方案，用于构建和比较正常与感染Sendai病毒的小鼠肺部细胞间的相互作用网络。	提出了一种新的定量直观算法，结合优化的实验协议，使不具有高级编程技能的实验室科学家也能适应。	算法和方法的通用性需要在其他器官和人类样本中进一步验证。	解析哺乳动物器官中通过配体-受体相互作用进行的细胞间信号传递，特别是在病毒感染情况下的变化。	正常和感染Sendai病毒的小鼠肺部细胞。	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	定量直观算法	RNA序列数据	每种细胞类型至少90个细胞
30	2024-08-07	Joint single cell DNA-seq and RNA-seq of gastric cancer cell lines reveals rules of in vitro evolution 2020-Jun, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqaa016 PMID:32215369	研究论文	本研究通过单细胞DNA测序和RNA测序技术，分析了九种胃癌细胞系的细胞多样性，并揭示了体外进化的规律	首次量化了细胞系中共存的克隆数量及其特征，并通过单细胞RNA测序独立验证了单细胞DNA分析的克隆结构	NA	探究胃癌细胞系中的细胞多样性及其对实验重复性的影响	九种胃癌细胞系	数字病理学	胃癌	单细胞DNA测序，单细胞RNA测序	NA	基因组数据，转录组数据	8824个细胞的基因组，超过28000个单细胞的转录组
31	2024-08-07	Integrated urine proteomics and renal single-cell genomics identify an IFN-γ response gradient in lupus nephritis 2020-06-18, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.138345 PMID:32396533	研究论文	本研究通过分析30名活动性狼疮肾炎患者的1000种尿蛋白生物标志物模式，并结合肾脏活检的单细胞转录组学，识别出由IFN-γ诱导的趋化因子梯度	本研究首次将尿蛋白组学与肾脏单细胞基因组学相结合，揭示了狼疮肾炎中的IFN-γ反应梯度，并发现尿趋化因子梯度与肾脏浸润的CD8+细胞数量显著相关	研究样本量较小，可能影响结果的普遍性	旨在理解狼疮肾炎的分子异质性，并识别免疫机制和通路	活动性狼疮肾炎患者的尿蛋白生物标志物及肾脏单细胞转录组学	数字病理学	自身免疫性疾病	尿蛋白组学，单细胞转录组学	NA	蛋白质，转录组	30名活动性狼疮肾炎患者
32	2024-08-07	Synthetic Lethal and Resistance Interactions with BET Bromodomain Inhibitors in Triple-Negative Breast Cancer 2020-06-18, Molecular cell IF:14.5Q1 DOI:10.1016/j.molcel.2020.04.027 PMID:32416067	研究论文	研究探讨了BET溴结构域抑制剂在三阴性乳腺癌中的合成致死和耐药相互作用	通过CRISPR和分子筛选技术，发现了与BET溴结构域抑制剂合成致死相互作用的基因，并揭示了细胞周期调控因子、YAP、AXL和SRC信号通路以及化疗药物的协同作用	文章指出BET溴结构域抑制剂存在固有和获得性耐药问题，限制了其在临床上的应用	旨在识别和理解BET溴结构域抑制剂在三阴性乳腺癌中的合成致死和耐药机制	三阴性乳腺癌细胞及其对BET溴结构域抑制剂的响应和耐药性	癌症研究	乳腺癌	CRISPR, 小分子抑制剂筛选, 单细胞RNA测序, ATAC测序, 细胞条形码分析	NA	基因组数据, 转录组数据	敏感和耐药的细胞系
33	2024-08-07	Data generation and network reconstruction strategies for single cell transcriptomic profiles of CRISPR-mediated gene perturbations 2020-06, Biochimica et biophysica acta. Gene regulatory mechanisms DOI:10.1016/j.bbagrm.2019.194441 PMID:31756390	研究论文	本文讨论了如何克服关键挑战，以生成和分析数据，从而自信地重建细胞网络模型，特别是针对单细胞CRISPR/Cas9数据的挑战	提出了几种网络重建方法，包括共表达网络和贝叶斯网络，并强调了嵌套效应模型在单细胞RNA测序数据网络重建中的潜力	讨论了网络重建方法的局限性	开发大规模扰动研究的方法，并提供有关细胞响应背后生物网络的信息	单细胞转录组数据和CRISPR/Cas9技术	数字病理学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)，CRISPR/Cas9	共表达网络，贝叶斯网络，嵌套效应模型	转录组数据	NA
34	2024-08-07	Direct-seq: programmed gRNA scaffold for streamlined scRNA-seq in CRISPR screen 2020-Jun-08, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-020-02044-w PMID:32513233	研究论文	本文介绍了一种名为Direct-seq的方法，通过在gRNA支架中引入A/G混合捕获序列，实现gRNA转录本与内源mRNA的直接逆转录，从而在单细胞RNA测序中进行高内涵分子表型分析	Direct-seq方法创新性地将CRISPR扰动及其转录输出在简化的工作流程中同时进行分析	NA	开发一种新的方法，以便在CRISPR筛选中方便地改变DNA序列、转录和表观遗传修饰后，能够以高分辨率和规模进行复杂的分子输出分析	CRISPR-based genome perturbation及其转录输出	基因组学	NA	scRNA-seq	NA	RNA	NA
35	2024-08-07	CD200 promotes immunosuppression in the pancreatic tumor microenvironment 2020-06, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2019-000189 PMID:32581043	研究论文	本文研究了CD200在胰腺肿瘤微环境中促进免疫抑制的作用	首次揭示了CD200在胰腺导管腺癌（PDAC）微环境中通过促进髓源抑制细胞（MDSC）的扩增和活性来限制免疫治疗反应	NA	探讨CD200在胰腺导管腺癌微环境中的免疫抑制作用及其对免疫治疗反应的影响	胰腺导管腺癌（PDAC）患者及小鼠模型	数字病理学	胰腺癌	免疫荧光染色、流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	细胞	包括人类胰腺癌细胞系、患者血液样本、小鼠肿瘤模型及健康捐赠者的外周血单个核细胞（PBMC）
36	2024-08-08	Mechanistic models of signaling pathways deconvolute the glioblastoma single-cell functional landscape 2020-Jun, NAR cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1093/narcan/zcaa011 PMID:34316686	研究论文	本文通过信号通路的机制模型，揭示了胶质母细胞瘤单细胞水平上的复杂功能景观	首次描述了单个细胞如何通过替代VEGFA来避免靶向治疗效果的机制，解释了某些细胞对治疗的固有抵抗性	NA	研究单细胞RNA测序揭示的基因表达异质性的功能后果及其对细胞群体集体行为的影响	胶质母细胞瘤细胞的信号通路活动和靶向药物抑制效果	数字病理学	脑癌	单细胞RNA测序	机制模型	基因表达数据	不同簇的胶质母细胞瘤细胞
37	2024-08-09	Comparative performance of the BGI and Illumina sequencing technology for single-cell RNA-sequencing 2020-Jun, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqaa034 PMID:33575589	研究论文	本文比较了Illumina NextSeq 500、NovaSeq 6000与BGI MGISEQ-2000平台在单细胞RNA测序中的性能	首次对比了不同高通量测序平台在单细胞RNA测序中的性能	NA	评估不同测序平台在单细胞RNA测序中的性能	Illumina NextSeq 500、NovaSeq 6000与BGI MGISEQ-2000测序平台	测序技术	NA	单细胞RNA测序	NA	序列数据	超过70,000个细胞
38	2024-08-09	Deep soft K-means clustering with self-training for single-cell RNA sequence data 2020-Jun, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqaa039 PMID:33575592	研究论文	本文提出了一种结合深度学习和去噪自编码器的软自训练K-means算法，用于单细胞RNA测序数据的聚类	本文创新性地结合了深度学习技术和去噪自编码器，提出了一种软自训练K-means算法，有效解决了现有算法在处理高维、稀疏和大规模转录表达数据时的局限性	NA	研究目的是改进单细胞RNA测序数据的聚类方法	研究对象是单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	深度学习, 去噪自编码器	自编码器	RNA测序数据	大规模数据集
39	2024-08-09	A Random Matrix Theory Approach to Denoise Single-Cell Data 2020-Jun-12, Patterns (New York, N.Y.) DOI:10.1016/j.patter.2020.100035 PMID:33205104	研究论文	本文提出了一种基于随机矩阵理论的新方法，用于分析和去噪单细胞测序数据	利用随机矩阵理论的普遍分布来区分噪声和信号，并解释了稀疏性如何导致虚假的特征向量定位	仅在标记的细胞群体的多种示例中验证了方法的有效性	开发一种新方法来去噪单细胞数据，以更好地识别生物信号	单细胞测序数据	生物信息学	NA	随机矩阵理论	NA	测序数据	涉及的单细胞数据中，约95%的信息与随机矩阵理论的预测相符，3%为稀疏性引起的虚假信号，2%为真实生物信号
40	2024-08-09	Single-Cell Transcriptomics of Human Lymph Node Stroma 2020-06-19, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2020.100021 PMID:33111075	研究论文	本文提供了一种用于单细胞RNA测序的细胞准备协议，以表征人淋巴结中基质的异质性	利用单细胞技术全面无偏地表征基质细胞的异质性	NA	表征人淋巴结中基质细胞的异质性	人淋巴结中的基质细胞	单细胞技术	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA