单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 142 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2025-10-06 |
scClassify: sample size estimation and multiscale classification of cells using single and multiple reference
2020-06, Molecular systems biology
IF:8.5Q1
DOI:10.15252/msb.20199389
PMID:32567229
|
研究论文 | 开发了一个基于集成学习和细胞类型层次结构的多尺度分类框架scClassify，用于单细胞RNA测序数据的自动细胞类型识别 | 提出了样本量估计方法和多参考数据集联合分类能力，在114对参考和测试数据上表现优于其他监督分类方法 | NA | 开发单细胞RNA测序数据的自动细胞类型识别方法 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 集成学习，多尺度分类框架 | 单细胞RNA测序数据 | 114对参考和测试数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2 | 2025-10-06 |
The liver as an immunological barrier redefined by single-cell analysis
2020-06, Immunology
IF:4.9Q2
DOI:10.1111/imm.13193
PMID:32176810
|
综述 | 通过单细胞分析技术重新定义肝脏作为免疫屏障的功能 | 应用单细胞RNA测序技术揭示肝脏免疫细胞网络的特殊适应性 | NA | 总结单细胞技术如何推进对肝脏免疫屏障功能的理解 | 小鼠和人类肝脏中的免疫细胞 | 单细胞分析 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3 | 2025-10-06 |
An efficient single-cell transcriptomics workflow for microbial eukaryotes benchmarked on Giardia intestinalis cells
2020-Jun-29, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-020-06858-7
PMID:32600266
|
研究论文 | 本研究开发了一种用于微生物真核生物的高效单细胞转录组工作流程，并以贾第鞭毛虫细胞为基准进行测试 | 对Smart-seq2协议进行多种修改，建立了适用于原生生物的稳健且更具成本效益的工作流程，发现添加冻融循环可提高转录本回收率 | 减少反应体积导致检测到的基因显著减少，大多数修改未显著改变基因检测效果 | 建立适用于微生物真核生物的高效单细胞转录组测序工作流程 | 贾第鞭毛虫细胞 | 单细胞测序技术 | NA | 单细胞RNA测序，Smart-seq2协议 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | Smart-seq2 | 修改后的Smart-seq2单细胞RNA测序协议 |
| 4 | 2025-10-06 |
Rate of replenishment and microenvironment contribute to the sexually dimorphic phenotype and function of peritoneal macrophages
2020-06-19, Science immunology
IF:17.6Q1
DOI:10.1126/sciimmunol.abc4466
PMID:32561560
|
研究论文 | 本研究探讨性別和年龄对小鼠腹膜巨噬细胞分化、更新和功能的影响 | 发现腹膜巨噬细胞的性别二态性表型由骨髓补充速率和局部微环境共同驱动 | 研究仅限于小鼠模型，人类相关性需进一步验证 | 理解腹膜巨噬细胞行为调控因素及其在疾病易感性中的作用 | 小鼠腹膜巨噬细胞 | 免疫学 | 腹膜炎 | 命运示踪技术、群体RNA测序、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5 | 2025-10-06 |
Synthetic Lethal and Resistance Interactions with BET Bromodomain Inhibitors in Triple-Negative Breast Cancer
2020-06-18, Molecular cell
IF:14.5Q1
DOI:10.1016/j.molcel.2020.04.027
PMID:32416067
|
研究论文 | 通过CRISPR和小分子抑制剂筛选结合分子谱分析，揭示三阴性乳腺癌中BET溴结构域抑制剂的合成致死与耐药机制 | 首次系统鉴定BBDIs的合成致死相互作用和耐药基因，发现BRD2与BRD7功能差异及TEAD-YAP染色质结合在耐药中的作用 | 研究主要基于细胞系模型，尚未进行临床验证 | 探索三阴性乳腺癌中BET溴结构域抑制剂的耐药机制和联合治疗策略 | 三阴性乳腺癌细胞系 | 癌症生物学 | 三阴性乳腺癌 | CRISPR筛选, 小分子抑制剂筛选, 单细胞RNA-seq, ATAC-seq, 细胞条形码分析 | NA | 基因组数据, 表观基因组数据, 转录组数据 | 敏感和耐药细胞系样本 | NA | 单细胞RNA-seq, ATAC-seq | NA | NA |
| 6 | 2025-10-06 |
Thermogenic adipocytes: lineage, function and therapeutic potential
2020-06-12, The Biochemical journal
DOI:10.1042/BCJ20200298
PMID:32539124
|
综述 | 本文综述了产热脂肪细胞的谱系、功能及其治疗潜力 | 整合单细胞RNA测序与谱系追踪技术识别新型脂肪细胞祖细胞，揭示具有治疗潜能的特化脂肪细胞 | 基于初步研究结果，部分发现仍需进一步验证 | 探讨脂肪细胞在能量稳态中的功能及治疗应用前景 | 小鼠和人类脂肪组织 | 单细胞组学 | 代谢综合征 | 单细胞RNA测序, 谱系追踪, 转录组学, 蛋白质组学 | NA | 转录组数据, 蛋白质组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 7 | 2025-10-06 |
Targeted Perturb-seq enables genome-scale genetic screens in single cells
2020-06, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-020-0837-5
PMID:32483332
|
研究论文 | 介绍了一种称为靶向Perturb-seq（TAP-seq）的新方法，用于提高单细胞遗传筛选的灵敏度和规模 | 开发了平台无关的靶向单细胞RNA测序方法，可将遗传筛选灵敏度提高数个数量级，测序需求降低高达50倍 | NA | 克服单细胞转录组学遗传筛选中的实验和统计限制 | 人类基因组增强子及其靶基因 | 单细胞基因组学 | NA | 单细胞RNA测序，CRISPR筛选 | NA | 单细胞转录组数据 | 1,778个增强子，覆盖2.5%人类基因组 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 靶向Perturb-seq（TAP-seq）方法 |
| 8 | 2025-10-06 |
Molecular design of hypothalamus development
2020-06, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-020-2266-0
PMID:32499648
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序等技术揭示了小鼠下丘脑发育的分子蓝图，鉴定出多种神经元和胶质细胞亚型及其调控网络 | 首次系统描绘下丘脑发育的分子架构，发现GABA和 dopamine神经元分化依赖准稳定中间状态，并揭示SLIT-ROBO信号在下丘脑神经元生成和定位中的新功能 | 研究仅基于小鼠模型，样本数量相对有限，且主要关注胚胎中期发育阶段 | 解析下丘脑发育过程中神经元和胶质细胞多样性的分子调控机制 | 小鼠下丘脑的神经元和胶质细胞 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序, 基因调控网络分析, 全基因组关联研究, 遗传谱系重建 | NA | 单细胞转录组数据, 基因组数据 | 51,199个小鼠外胚层来源细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 9 | 2025-10-06 |
Souporcell: robust clustering of single-cell RNA-seq data by genotype without reference genotypes
2020-06, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-020-0820-1
PMID:32366989
|
研究论文 | 开发了一种名为souporcell的新方法，通过单细胞RNA测序数据中的基因型变异对细胞进行聚类分析 | 无需参考基因型即可通过scRNA-seq数据中的遗传变异对细胞进行稳健聚类，并能检测跨基因型双细胞和估计环境RNA | NA | 开发单细胞RNA测序数据的解卷积方法，用于混合基因型样本的分析 | 单细胞RNA测序数据 | 单细胞测序分析 | NA | 单细胞RNA测序 | 聚类算法 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 10 | 2025-10-06 |
An in vitro model of early anteroposterior organization during human development
2020-06, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-020-2383-9
PMID:32528178
|
研究论文 | 本研究利用人类胚胎干细胞开发了可模拟早期发育过程中前后轴组织的人类胃泌样体模型 | 首次使用人类胚胎干细胞创建三维胃泌样体，该模型可在无额外胚胎外组织的情况下形成具有时空组织性的三胚层衍生物 | 模型系统仍处于体外实验阶段，可能无法完全模拟体内真实发育环境 | 揭示和检验人类早期发育过程中轴向组织特有的调控过程 | 人类胚胎干细胞衍生的胃泌样体 | 发育生物学 | NA | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 11 | 2025-10-06 |
Notch signalling drives synovial fibroblast identity and arthritis pathology
2020-06, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-020-2222-z
PMID:32499639
|
研究论文 | 本研究揭示了NOTCH3信号在滑膜成纤维细胞分化和类风湿关节炎病理中的关键作用 | 首次发现NOTCH3信号通过从血管内皮细胞向外形成转录和空间梯度来调控滑膜成纤维细胞的位置身份 | NA | 探究滑膜成纤维细胞在类风湿关节炎中分化和扩张的分子机制 | 滑膜成纤维细胞、血管内皮细胞、小鼠关节炎模型 | 分子生物学 | 类风湿关节炎 | 单细胞RNA测序、滑膜组织类器官 | NA | 基因表达数据、空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 12 | 2025-10-06 |
Differentiation of transplanted haematopoietic stem cells tracked by single-cell transcriptomic analysis
2020-06, Nature cell biology
IF:17.3Q1
DOI:10.1038/s41556-020-0512-1
PMID:32367048
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术追踪移植后造血干细胞在受辐照宿主体内的早期分化行为 | 首次揭示移植后造血干细胞在宿主体内第一周内的动力学特征和命运选择，突破了以往技术限制 | 研究仅关注移植后第一周内的短期变化，未涉及长期追踪 | 探究移植后造血干细胞在预处置宿主体内的早期行为模式 | 造血干细胞及其分化产物 | 单细胞组学 | 血液系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 28种造血细胞类型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 13 | 2025-10-06 |
Single-cell and spatial transcriptomics reveal somitogenesis in gastruloids
2020-06, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-020-2024-3
PMID:32076263
|
研究论文 | 本研究通过单细胞和空间转录组技术揭示了类原肠胚中体节发生的机制 | 首次在类原肠胚中识别出多种未知的胚胎细胞类型，并证明体节发生关键调控因子的表达模式与胚胎相似 | 仅使用小鼠模型进行研究，未在其他物种中验证 | 探索类原肠胚作为胚胎发育模型的可行性和体节发生机制 | 小鼠类原肠胚和小鼠胚胎 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 活体成像 | NA | 基因表达数据, 空间定位数据, 影像数据 | 未明确指定样本数量 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 14 | 2025-10-06 |
Data generation and network reconstruction strategies for single cell transcriptomic profiles of CRISPR-mediated gene perturbations
2020-06, Biochimica et biophysica acta. Gene regulatory mechanisms
DOI:10.1016/j.bbagrm.2019.194441
PMID:31756390
|
综述 | 讨论单细胞RNA测序与CRISPR/Cas9技术结合进行大规模基因扰动研究的数据生成和网络重建策略 | 系统分析单细胞CRISPR扰动数据特有的技术挑战，并介绍网络重建新方法如嵌套效应模型 | 主要关注方法学讨论，缺乏实际数据验证 | 开发单细胞转录组基因扰动数据的生成和分析方法，以重建细胞网络模型 | 单细胞转录组CRISPR扰动数据 | 计算生物学 | NA | 单细胞RNA测序, CRISPR/Cas9 | 共表达网络, 贝叶斯网络, 嵌套效应模型 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 15 | 2025-10-07 |
Single-Cell RNA-Seq Mapping of Human Thymopoiesis Reveals Lineage Specification Trajectories and a Commitment Spectrum in T Cell Development
2020-06-16, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2020.05.010
PMID:32553173
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序绘制人类胸腺生成图谱，揭示T细胞发育过程中的谱系特化轨迹和承诺谱系 | 首次在人类出生后胸腺中发现CD34祖细胞包含从多谱系启动到逐渐T细胞承诺的连续状态谱系，识别了胸腺内浆细胞样树突细胞特化途径 | 仅分析了人类出生后胸腺样本，未涵盖胚胎发育阶段或其他物种的比较研究 | 解析人类T细胞发育过程中的谱系特化和承诺机制 | 人类出生后胸腺中的CD34祖细胞和分化细胞群体 | 单细胞基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | 聚类分析 | 单细胞转录组数据 | 人类出生后胸腺中的稀有CD34祖细胞和分化CD34细胞群体 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 16 | 2024-12-01 |
Lineage dynamics of the endosymbiotic cell type in the soft coral Xenia
2020-06, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-020-2385-7
PMID:32555454
|
研究论文 | 研究了软珊瑚Xenia中内共生细胞类型的谱系动态 | 首次报道了Xenia物种的染色体水平基因组组装，并通过单细胞RNA测序揭示了内共生细胞类型的动态谱系进展 | NA | 探讨珊瑚与藻类内共生的分子途径 | 软珊瑚Xenia中的内共生细胞类型 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 16个细胞集群 | NA | NA | NA | NA |
| 17 | 2024-09-06 |
Approaches for integrating heterogeneous RNA-seq data reveal cross-talk between microbes and genes in asthmatic patients
2020-06-22, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-020-02033-z
PMID:32571363
|
研究论文 | 研究开发了一种集成降维和统计建模的流程，用于解析哮喘患者痰液样本中复杂的RNA-seq数据，揭示微生物与基因之间的相互作用 | 提出了LDA-link方法，通过降维的LDA主题将微生物与基因连接起来，并验证了该方法的有效性 | NA | 研究哮喘患者痰液样本中微生物与基因之间的相互作用 | 哮喘患者的痰液样本 | 生物信息学 | 哮喘 | RNA-seq | LDA | RNA-seq数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 18 | 2024-08-09 |
Contribution of Immune Cells to Glucocorticoid Receptor Expression in Breast Cancer
2020-Jun-30, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms21134635
PMID:32629782
|
研究论文 | 研究免疫细胞在乳腺癌中对糖皮质激素受体表达的贡献及其对预后的影响 | 首次探讨了肿瘤微环境中免疫细胞对糖皮质激素受体表达的贡献，并分析了其对乳腺癌预后的影响 | 研究依赖于现有数据库和公开的单细胞测序数据，可能存在样本选择偏倚 | 探讨免疫细胞在乳腺癌中对糖皮质激素受体表达的贡献及其对预后的影响 | 乳腺癌患者的免疫细胞和糖皮质激素受体表达 | NA | 乳腺癌 | 单细胞测序 | NA | mRNA表达数据 | 使用了来自METABRIC和TCGA的数据，以及GSE75688和GSE114725的单细胞测序数据 | NA | NA | NA | NA |
| 19 | 2024-08-05 |
Single-cell analysis of human embryos reveals diverse patterns of aneuploidy and mosaicism
2020-06, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.262774.120
PMID:32641298
|
研究论文 | 本研究通过单细胞基因组数据分析人类胚胎中的非整倍体和镶嵌体的多样性模式 | 首次利用单细胞RNA测序数据对人类胚胎中的镶嵌非整倍体进行广泛量化分析 | 研究依赖于已发表的单细胞RNA测序数据，可能无法全面代表所有胚胎情况 | 量化人类胚胎中的非整倍体和镶嵌体现象 | 74个人类胚胎，从囊胚阶段到晚期筛选的细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据 | 74个人类胚胎 | NA | NA | NA | NA |
| 20 | 2024-08-05 |
Machine Learning of Single-Cell Transcriptome Highly Identifies mRNA Signature by Comparing F-Score Selection with DGE Analysis
2020-Jun-05, Molecular therapy. Nucleic acids
DOI:10.1016/j.omtn.2020.02.004
PMID:32169803
|
研究论文 | 本研究开发了一种名为EmPredictor的预测器，以识别人体植入前胚胎发育阶段 | 提出了使用F-score算法与差异基因表达分析相比较，以识别发育阶段特定标记的创新方法 | 需高实验成本和较长的实验周期 | 开发计算方法以识别发育标记的有效基因 | 人类植入前胚胎发育的关键基因 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 支持向量机(SVM) | 基因表达数据 | 1,881个基因 | NA | NA | NA | NA |