单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2024-12-12	Souporcell: robust clustering of single-cell RNA-seq data by genotype without reference genotypes 2020-06, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-020-0820-1 PMID:32366989	研究论文	本文介绍了一种名为souporcell的方法，用于通过单细胞RNA测序数据中的基因型信息对细胞进行聚类，无需参考基因型	souporcell方法能够在没有参考基因型的情况下，通过检测单细胞RNA测序读取中的变异来对细胞进行聚类，并能检测跨基因型的双胞体和估计环境RNA的量	NA	开发一种新的方法来对单细胞RNA测序数据进行基因型聚类，并检测双胞体和估计环境RNA的量	单细胞RNA测序数据中的基因型信息	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因型数据	NA
2	2024-12-01	Lineage dynamics of the endosymbiotic cell type in the soft coral Xenia 2020-06, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-020-2385-7 PMID:32555454	研究论文	研究了软珊瑚Xenia中内共生细胞类型的谱系动态	首次报道了Xenia物种的染色体水平基因组组装，并通过单细胞RNA测序揭示了内共生细胞类型的动态谱系进展	NA	探讨珊瑚与藻类内共生的分子途径	软珊瑚Xenia中的内共生细胞类型	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	16个细胞集群
3	2024-09-06	Approaches for integrating heterogeneous RNA-seq data reveal cross-talk between microbes and genes in asthmatic patients 2020-06-22, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-020-02033-z PMID:32571363	研究论文	研究开发了一种集成降维和统计建模的流程，用于解析哮喘患者痰液样本中复杂的RNA-seq数据，揭示微生物与基因之间的相互作用	提出了LDA-link方法，通过降维的LDA主题将微生物与基因连接起来，并验证了该方法的有效性	NA	研究哮喘患者痰液样本中微生物与基因之间的相互作用	哮喘患者的痰液样本	生物信息学	哮喘	RNA-seq	LDA	RNA-seq数据	NA
4	2024-08-09	Contribution of Immune Cells to Glucocorticoid Receptor Expression in Breast Cancer 2020-Jun-30, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms21134635 PMID:32629782	研究论文	研究免疫细胞在乳腺癌中对糖皮质激素受体表达的贡献及其对预后的影响	首次探讨了肿瘤微环境中免疫细胞对糖皮质激素受体表达的贡献，并分析了其对乳腺癌预后的影响	研究依赖于现有数据库和公开的单细胞测序数据，可能存在样本选择偏倚	探讨免疫细胞在乳腺癌中对糖皮质激素受体表达的贡献及其对预后的影响	乳腺癌患者的免疫细胞和糖皮质激素受体表达	NA	乳腺癌	单细胞测序	NA	mRNA表达数据	使用了来自METABRIC和TCGA的数据，以及GSE75688和GSE114725的单细胞测序数据
5	2024-08-05	Single-cell analysis of human embryos reveals diverse patterns of aneuploidy and mosaicism 2020-06, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.262774.120 PMID:32641298	研究论文	本研究通过单细胞基因组数据分析人类胚胎中的非整倍体和镶嵌体的多样性模式	首次利用单细胞RNA测序数据对人类胚胎中的镶嵌非整倍体进行广泛量化分析	研究依赖于已发表的单细胞RNA测序数据，可能无法全面代表所有胚胎情况	量化人类胚胎中的非整倍体和镶嵌体现象	74个人类胚胎，从囊胚阶段到晚期筛选的细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因组数据	74个人类胚胎
6	2024-08-05	Machine Learning of Single-Cell Transcriptome Highly Identifies mRNA Signature by Comparing F-Score Selection with DGE Analysis 2020-Jun-05, Molecular therapy. Nucleic acids DOI:10.1016/j.omtn.2020.02.004 PMID:32169803	研究论文	本研究开发了一种名为EmPredictor的预测器，以识别人体植入前胚胎发育阶段	提出了使用F-score算法与差异基因表达分析相比较，以识别发育阶段特定标记的创新方法	需高实验成本和较长的实验周期	开发计算方法以识别发育标记的有效基因	人类植入前胚胎发育的关键基因	机器学习	NA	单细胞RNA测序	支持向量机(SVM)	基因表达数据	1,881个基因
7	2024-08-05	Rate of replenishment and microenvironment contribute to the sexually dimorphic phenotype and function of peritoneal macrophages 2020-06-19, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.abc4466 PMID:32561560	研究论文	本研究探讨了性别和年龄对小鼠腹膜巨噬细胞的分化、更新和功能的影响	揭示了性别依赖的腹膜巨噬细胞更新速率与局部微环境信号之间的关系	研究主要集中于小鼠模型，结果是否适用于其他物种尚不清楚	理解性别和年龄如何影响腹膜巨噬细胞的行为和功能	小鼠模型中的腹膜巨噬细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA数据	多个小鼠样本
8	2024-08-05	Single-cell transcriptomic analysis of allergen-specific T cells in allergy and asthma 2020-06-12, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.aba6087 PMID:32532832	研究论文	该文章分析了在过敏和哮喘中对常见过敏原反应的CD4 T细胞和调节性T细胞的单细胞转录组。	首次实现了对特定过敏原反应的T细胞进行直接、无偏见的分子分析，揭示了这些细胞群体的多样性和功能差异。	样本主要集中于尘螨过敏的哮喘病人，可能无法完全代表所有类型的过敏反应。	更好地理解过敏和哮喘患者中这些T细胞亚群的多样性。	对约50,000个对尘螨过敏原反应的T细胞和调节性T细胞进行分析。	数字病理学	哮喘	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	约50,000个T细胞和调节性T细胞
9	2024-08-05	Site-1 protease ablation in the osterix-lineage in mice results in bone marrow neutrophilia and hematopoietic stem cell alterations 2020-06-23, Biology open IF:1.8Q3 DOI:10.1242/bio.052993 PMID:32576566	研究论文	这篇文章探讨了小鼠中osterix谱系中Site-1蛋白酶的缺失对骨髓中中性粒细胞及造血干细胞的影响	本研究初步揭示了Site-1蛋白酶在维持骨髓造血微环境平衡中的重要作用	研究主要在小鼠模型中进行，结果能否推广到人类需进一步验证	研究Site-1蛋白酶缺失对骨髓细胞组成及造血干细胞功能的影响	小鼠，尤其是osterix谱系中Site-1蛋白酶缺失的小鼠	数字病理学	NA	单细胞RNA测序和蛋白质质谱	NA	NA	涉及多种骨髓来源的细胞，具体样本量未说明
10	2024-08-05	Interpretable factor models of single-cell RNA-seq via variational autoencoders 2020-06-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaa169 PMID:32176273	研究论文	本文提出了一种基于变分自编码器的可解释单细胞RNA-seq因子模型	提出了一种修改过的变分自编码器框架，为大规模数据集中的基因程序识别提供可解释性	由于论文中未详细描述具体的限制，故此处为NA	探索单细胞RNA-seq中基因表达变异和细胞类型依赖的统计推断方法	通过对大规模数据集的分析，识别基因程序	数字病理学	NA	变分自编码器	因子模型	基因表达数据	NA
11	2024-08-07	Discovery of CD80 and CD86 as recent activation markers on regulatory T cells by protein-RNA single-cell analysis 2020-06-24, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-020-00756-z PMID:32580776	研究论文	本研究通过多组学方法，同时定量单细胞中的mRNA和蛋白质表达，以解析人类免疫细胞群体的异质性	首次使用多组学方法在单细胞水平上同时检测mRNA和蛋白质表达，并发现了CD80和CD86作为调节性T细胞的近期激活标志	NA	研究旨在通过多组学方法解析人类免疫细胞群体的异质性	人类初级CD4+ T细胞及其分化轨迹	免疫学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和抗体偶联的寡核苷酸（AbSeq）	NA	mRNA和蛋白质	43,656个初级CD4+ T细胞和31,907个CD45+细胞
12	2024-08-07	A single-cell transcriptomic and anatomic atlas of mouse dorsal raphe Pet1 neurons 2020-06-22, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.55523 PMID:32568072	研究论文	本文通过高吞吐量和针对背侧中缝核（DR）亚域的单细胞转录组学以及交叉遗传工具，绘制了DR-Pet1神经元的分子和解剖多样性图谱	本文描述了多达十四种神经元亚型，其中许多显示出偏向于DR的细胞体分布，并展示了DR神经元的独特传出投射和电生理特性	NA	旨在通过分子异质性的表征及其与解剖结构的关联，理解背侧中缝核的功能组织，并为治疗情感障碍提供潜在的疗法信息	小鼠背侧中缝核中的Pet1神经元	数字病理学	情感障碍	单细胞转录组学	NA	转录组数据	具体样本数量未在摘要中明确
13	2024-08-07	Deconvolution of bulk blood eQTL effects into immune cell subpopulations 2020-Jun-12, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-020-03576-5 PMID:32532224	研究论文	本文介绍了一种名为Decon2的新方法，用于从批量血液样本中估计细胞比例并解卷积细胞类型eQTL效应	Decon2方法能够从批量血液eQTL中检测细胞类型交互效应，为确定特定复杂疾病最相关的细胞类型提供了有效手段	NA	开发一种新方法来解释疾病相关遗传风险因素的功能，并揭示eQTL调控效应的细胞类型背景	批量血液样本中的细胞类型eQTL效应	遗传学	NA	eQTL分析	Decon2	表达谱	3194个样本
14	2024-08-07	Dermal Adipocyte Lipolysis and Myofibroblast Conversion Are Required for Efficient Skin Repair 2020-06-04, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2020.03.013 PMID:32302523	研究论文	本文探讨了皮肤中的脂肪细胞在损伤后炎症反应和修复过程中的关键作用	首次揭示了皮肤脂肪细胞通过脂解作用调节炎症和修复的机制，并发现脂肪细胞能转变为产生细胞外基质的肌成纤维细胞	研究主要基于小鼠模型，其结果在人类中的适用性需要进一步验证	研究脂肪细胞在皮肤组织稳态和修复中的作用	皮肤中的脂肪细胞及其在损伤后的功能	NA	NA	遗传学实验、组织学、超微结构分析、脂质组学、单细胞RNA测序	NA	组织样本	小鼠
15	2024-08-07	Targeted Perturb-seq enables genome-scale genetic screens in single cells 2020-06, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-020-0837-5 PMID:32483332	研究论文	本文介绍了一种名为targeted Perturb-seq（TAP-seq）的新方法，该方法通过聚焦单细胞RNA测序覆盖感兴趣的基因，显著提高了遗传筛选的灵敏度和规模	TAP-seq是一种敏感、低成本且平台独立的方法，能够在一个实验中常规分析数千个CRISPR介导的扰动，检测弱效应和低表达基因，并将测序需求减少高达50倍	NA	克服单细胞转录组学在遗传筛选中的实验和统计限制	单细胞转录组学中的遗传筛选	基因组学	NA	单细胞RNA测序	CRISPR	转录组	1,778个增强子在人类基因组的2.5%范围内
16	2024-08-07	An atlas for hemocytes in an insect 2020-06-30, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.59113 PMID:32602836	研究论文	本文通过单细胞RNA测序揭示了果蝇幼虫中不同亚型的血细胞	利用单细胞RNA测序技术首次详细描述了果蝇幼虫血细胞的亚型	NA	探索果蝇幼虫血细胞的亚型及其特性	果蝇幼虫的血细胞	生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	具体样本数量未在摘要中提及
17	2024-08-07	Temporal specificity and heterogeneity of Drosophila immune cells 2020-06-17, The EMBO journal DOI:10.15252/embj.2020104486 PMID:32162708	research paper	本文通过批量RNA测序和单细胞RNA测序研究了果蝇免疫细胞（血细胞）在胚胎和幼虫阶段的异质性及其在不同生理过程中的作用	首次构建了果蝇血细胞的分子图谱，并发现了在黄蜂侵扰下血细胞群中出现的新型血细胞类型——片状细胞	NA	研究果蝇免疫细胞的异质性及其在不同生理过程中的作用	果蝇免疫细胞（血细胞）在胚胎和幼虫阶段的异质性及其在不同生理过程中的作用	NA	NA	RNA测序	NA	RNA	涉及十四种血细胞群
18	2024-08-07	Cell Atlas of The Human Fovea and Peripheral Retina 2020-06-17, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-020-66092-9 PMID:32555229	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术分析了来自人类成人供体的85,000个细胞的转录组，以深入了解视网膜疾病的病因	首次构建了人类中央凹和周边视网膜的细胞图谱，并比较了人类与猕猴的细胞类型表达模式	NA	深入理解导致失明的视网膜疾病的病因	人类中央凹和周边视网膜的细胞	数字病理学	视网膜疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	85,000个细胞，来自7名成年人类供体
19	2024-08-07	A Multiplexed Barcodelet Single-Cell RNA-Seq Approach Elucidates Combinatorial Signaling Pathways that Drive ESC Differentiation 2020-06-04, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2020.04.020 PMID:32459995	研究论文	本文介绍了一种名为barRNA-seq的单细胞RNA测序方法，通过使用RNA“条形码”标记单个细胞，系统地探索细胞扰动，并应用于同时操纵多达七种发育途径，研究其对胚胎干细胞（ESC）胚层分化和中胚层分化的影响。	barRNA-seq方法的创新之处在于能够同时操纵多个发育途径，并通过RNA条形码标记细胞，从而系统地探索细胞扰动。	NA	研究目的是阐明驱动胚胎干细胞分化的组合信号通路，并开发一种数据驱动的框架来识别驱动细胞向特定命运的组合信号扰动。	研究对象包括胚胎干细胞（ESC）的胚层分化和中胚层分化，以及通过组合信号通路激活对基因表达的影响。	基因组学	NA	单细胞RNA测序（RNA-seq）	NA	RNA	涉及多达七个发育途径的细胞样本
20	2024-08-07	Unravelling the heterogeneity and dynamic relationships of tumor-infiltrating T cells by single-cell RNA sequencing analysis 2020-06, Journal of leukocyte biology IF:3.6Q2 DOI:10.1002/JLB.6MR0320-234R PMID:32272497	review	本文综述了单细胞RNA测序技术在解析肿瘤浸润T细胞异质性和动态关系方面的最新进展	结合深度转录组信息与T细胞受体（TCR）基的谱系追踪，深入理解肿瘤内T细胞群体	NA	探讨单细胞RNA测序技术如何揭示肿瘤浸润T细胞的异质性及功能意义	肿瘤浸润T细胞的异质性、克隆扩增、迁移及效应功能	digital pathology	NA	single-cell RNA sequencing	NA	RNA	NA