单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
61	2024-08-09	Prediction model construction of mouse stem cell pluripotency using CpG and non-CpG DNA methylation markers 2020-May-04, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-020-3448-3 PMID:32366211	研究论文	本研究利用单细胞DNA甲基化和RNA测序数据，构建了一个机器学习模型，用于预测小鼠胚胎干细胞的多能性程度	首次测试了CpG和非CpG标记以及它们的组合在预测小鼠胚胎干细胞多能性中的预测能力	NA	研究CpG和非CpG甲基化与小鼠干细胞多能性的关系，并开发相应的预测模型	小鼠胚胎干细胞的多能性	机器学习	NA	scBS-seq, scRNA-seq	机器学习模型	DNA甲基化数据, RNA测序数据	16个CpG标记和33个非CpG标记
62	2024-08-09	Reprogramming Axial Level Identity to Rescue Neural-Crest-Related Congenital Heart Defects 2020-05-04, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2020.04.005 PMID:32369742	研究论文	本研究探讨了心脏神经嵴的分子机制，并发现了一种转录子电路，该电路能够赋予躯干神经嵴细胞修复心脏缺陷的能力	发现了一种新的转录子电路（Tgif1, Ets1, 和 Sox8），该电路能够赋予躯干神经嵴细胞修复心脏缺陷的能力	NA	揭示心脏神经嵴的分子机制，并探索其对心脏发育的影响	心脏神经嵴及其在心脏发育中的作用	心血管疾病	先天性心脏缺陷	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
63	2024-08-09	Single-Cell RNA Sequencing and Its Combination with Protein and DNA Analyses 2020-05-04, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells9051130 PMID:32375335	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术及其与蛋白质和DNA分析结合的最新进展和应用	结合scRNA-seq与基因组或蛋白质组数据，能更全面地描述细胞异质性	讨论了scRNA-seq技术的优势和局限性，并指出其在商业化过程中仍面临的挑战	全面回顾scRNA-seq技术及其在生物医学应用中的潜力	单细胞RNA测序技术及其与蛋白质和DNA分析的结合	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
64	2024-08-09	Regenerative potential of prostate luminal cells revealed by single-cell analysis 2020-05-01, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.aay0267 PMID:32355025	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了前列腺腔细胞的再生潜力	研究发现前列腺再生不仅由稀有的干细胞驱动，而是几乎所有持续存在的前列腺腔细胞都参与其中	NA	探讨前列腺再生过程中腔细胞的作用	前列腺腔细胞及其在再生过程中的作用	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	涉及小鼠和人类的前列腺组织样本
65	2024-08-09	Context specificity of the EMT transcriptional response 2020-05-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-020-16066-2 PMID:32358524	研究论文	本文通过高多重单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析了上皮-间质转化（EMT）反应的上下文特异性	首次展示了EMT反应的高度上下文特异性，并揭示了其信号依赖性和模块性	NA	研究EMT反应的特异性和复杂性	上皮-间质转化（EMT）反应	生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	103,999个细胞，来自960个样本，包括12个EMT时间序列实验和独立的激酶抑制剂筛选
66	2024-08-09	Single-Cell Transcriptome in Chronic Myeloid Leukemia: Pseudotime Analysis Reveals Evidence of Embryonic and Transitional Stem Cell States 2020-05, Experimental hematology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.exphem.2020.04.005 PMID:32360510	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序技术，分析了慢性髓性白血病（CML）患者CD34+细胞的基因表达模式，并利用伪时间分析揭示了胚胎和过渡性干细胞状态的存在	首次通过单细胞转录组测序和伪时间分析，揭示了CML干细胞中存在的胚胎和过渡性干细胞状态，并发现了与多能性标记相关的基因表达模式	研究样本仅来自三位CML患者，可能影响结果的普遍性	探索慢性髓性白血病干细胞异质性的分子机制	慢性髓性白血病患者的CD34+细胞	数字病理学	白血病	单细胞转录组测序	t-分布随机邻域嵌入（tSNE）算法	基因表达数据	三位CML患者的CD34+细胞
67	2024-08-09	CCL5 mediates CD40-driven CD4+ T cell tumor infiltration and immunity 2020-05-21, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.137263 PMID:32324594	研究论文	研究探讨了CCL5在CD40驱动的CD4+ T细胞肿瘤浸润和免疫中的作用	揭示了CCL5在选择性介导CD4+ T细胞肿瘤浸润中的先前未被重视的作用	NA	阐明CD4+ T细胞浸润肿瘤的机制及其在免疫治疗中的作用	CD4+ T细胞、肿瘤微环境、免疫治疗	免疫学	胰腺癌	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
68	2024-08-09	MorphoSeq: Full Single-Cell Transcriptome Dynamics Up to Gastrulation in a Chordate 2020-05-14, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2020.03.055 PMID:32315617	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和光片成像数据重建了一个数字胚胎，捕捉到每个细胞在每个细胞分裂中的全基因组基因表达轨迹，直至在海鞘Phallusia mammillata中的原肠胚形成。	开发了一种计算框架，利用高覆盖率的单细胞RNA测序数据，无需先验知识即可将单个胚胎的细胞分类为细胞类型，并通过无偏倚的转录组数据分析映射每个细胞的物理位置和谱系历史。	NA	旨在通过单细胞RNA测序技术全面解析细胞多样性和发育轨迹，同时描绘胚胎的空间组织和精确的细胞构成。	海鞘Phallusia mammillata的胚胎发育过程，直至原肠胚形成。	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	18个谱系
69	2024-08-09	Patch-Seq Links Single-Cell Transcriptomes to Human Islet Dysfunction in Diabetes 2020-05-05, Cell metabolism IF:27.7Q1 DOI:10.1016/j.cmet.2020.04.005 PMID:32302527	research paper	本文通过结合单细胞RNA测序和电生理测量（patch-seq），研究了糖尿病患者胰岛细胞的功能异常与基因表达变化之间的关系	首次将单细胞RNA测序与电生理测量相结合，直接关联胰岛细胞的生理功能与转录组	NA	探讨糖尿病患者胰岛细胞功能障碍与基因表达变化的关系	糖尿病患者和非糖尿病患者的胰岛细胞	digital pathology	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	从34名人类捐赠者的胰腺中收集了1,369个patch-seq细胞
70	2024-08-09	Publisher Correction: Single-cell RNA-seq analysis software providers scramble to offer solutions 2020-05, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-020-0510-7 PMID:32296150	correction	该文章是对先前发表论文的修正	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
71	2024-08-09	Dynamic changes in the regulatory T-cell heterogeneity and function by murine IL-2 mutein 2020-05, Life science alliance IF:3.3Q1 DOI:10.26508/lsa.201900520 PMID:32269069	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，探讨了小鼠IL-2突变体（IL-2M）对调节性T细胞（Tregs）异质性和功能的影响。	首次揭示了IL-2M特异性扩展具有不同表达谱的多种Tregs亚状态，并发现了具有优越抑制功能的IL-2M扩展Tnfrsf9Il1rl1 Tregs。	NA	研究IL-2M治疗对Tregs异质性和功能的影响，以评估其在治疗自身免疫和炎症性疾病中的潜力。	小鼠调节性T细胞（Tregs）及其在IL-2M处理后的变化。	NA	自身免疫和炎症性疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	31,908个Tregs样本
72	2024-08-09	Bilateral murine tumor models for characterizing the response to immune checkpoint blockade 2020-05, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-020-0299-3 PMID:32238953	研究论文	本文描述了一种双侧小鼠肿瘤模型，用于研究免疫检查点阻断（ICB）疗法的反应	该模型通过使用同基因癌细胞系，展示了ICB疗法的对称且二分反应，有助于在高度均质化的背景下详细分析整个肿瘤	NA	研究免疫检查点阻断疗法在不同肿瘤模型中的反应机制	小鼠肿瘤模型及其对ICB疗法的反应	NA	NA	RNA-seq, 免疫组织化学, 单细胞RNA-seq, 流式细胞术	NA	组织, 单细胞悬液	NA
73	2024-08-09	Evaluation of STAR and Kallisto on Single Cell RNA-Seq Data Alignment 2020-05-04, G3 (Bethesda, Md.) DOI:10.1534/g3.120.401160 PMID:32220951	研究论文	本文系统比较了STAR和Kallisto两种方法在单细胞RNA测序数据对齐方面的性能	首次进行了STAR和Kallisto在单细胞RNA测序数据对齐方面的无偏第三方比较	STAR虽然提高了准确性和基因丰度，但计算时间更长，内存使用更多	评估STAR和Kallisto在单细胞RNA测序数据对齐中的表现	Drop-seq、Fluidigm和10x genomics数据	测序技术	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	使用了10x genomics PBMC 3K scRNA-Seq和鼠脑皮质单核RNA测序数据
74	2024-08-09	Embryonic endothelial evolution towards first hematopoietic stem cells revealed by single-cell transcriptomic and functional analyses 2020-05, Cell research IF:28.1Q1 DOI:10.1038/s41422-020-0300-2 PMID:32203131	研究论文	本文通过单细胞转录组学和功能分析揭示了胚胎内皮细胞向最初造血干细胞的演化过程	首次使用高精度单细胞转录组学技术，无偏倚地检查了连续发育阶段的内皮细胞群体，并结合计算预测和体内功能验证，精确捕获了具有造血干细胞能力的内皮细胞	NA	揭示胚胎内皮细胞向最初造血干细胞的演化过程及其分子机制	胚胎内皮细胞和造血干细胞	数字病理学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	从胚胎第9.5天到第11.0天，每隔0.5天收集的内皮细胞群体
75	2024-08-09	Visualization of cardiovascular development, physiology and disease at the single-cell level: Opportunities and future challenges 2020-05, Journal of molecular and cellular cardiology IF:4.9Q2 DOI:10.1016/j.yjmcc.2020.03.005 PMID:32205182	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在心血管疾病研究中的应用，并讨论了其局限性和未来应用的前景	scRNA-seq能够解析单个细胞间的生物学差异，并识别容易被忽视的稀有细胞群体	讨论了scRNA-seq现有的局限性	介绍scRNA-seq方法并总结其在心血管疾病研究中的应用	单细胞RNA测序技术及其在心血管疾病研究中的应用	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
76	2024-08-09	Mossy cell synaptic dysfunction causes memory imprecision via miR-128 inhibition of STIM2 in Alzheimer's disease mouse model 2020-05, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.13144 PMID:32222058	研究论文	本研究揭示了苔藓细胞（MCs）突触功能障碍通过miR-128抑制STIM2导致阿尔茨海默病（AD）小鼠模型中的记忆不精确	发现miR-128通过抑制STIM2的翻译在AD小鼠的MCs中表达增加，从而导致记忆不精确	NA	揭示记忆维持或丧失细节的关键突触和分子机制	阿尔茨海默病小鼠模型中的苔藓细胞（MCs）和SST抑制性中间神经元	NA	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序	NA	RNA	阿尔茨海默病小鼠的苔藓细胞（MCs）
77	2024-08-09	Mass Cytometry and Single-Cell RNA-seq Profiling of the Heterogeneity in Human Peripheral Blood Mononuclear Cells Interacting with Silver Nanoparticles 2020-05, Small (Weinheim an der Bergstrasse, Germany) DOI:10.1002/smll.201907674 PMID:32163679	研究论文	本文利用质谱流式细胞术和单细胞RNA测序技术，研究了银纳米颗粒与人类外周血单个核细胞的异质性相互作用	本文首次结合质谱流式细胞术和单细胞RNA测序技术，深入研究了纳米颗粒与免疫细胞的异质性相互作用	NA	探究纳米颗粒与人类免疫细胞的相互作用，为纳米材料的毒性评估提供深入知识	银纳米颗粒与人类外周血单个核细胞的相互作用	数字病理学	NA	质谱流式细胞术，单细胞RNA测序	NA	细胞	多种细胞类型，包括单核细胞和B细胞
78	2024-08-09	Deep Phenotyping by Mass Cytometry and Single-Cell RNA-Sequencing Reveals LYN-Regulated Signaling Profiles Underlying Monocyte Subset Heterogeneity and Lifespan 2020-05-08, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.119.315708 PMID:32151196	研究论文	本文通过质谱流式细胞术和单细胞RNA测序深入分析了LYN酪氨酸激酶在调节单核细胞亚群异质性和寿命中的作用	首次探讨了LYN在特定单核细胞亚群稳态调节中的作用，并揭示了其在pMo生理学中的关键角色	NA	全面剖析单核细胞的异质性以及Lyn缺陷如何影响单核细胞亚群的组成、信号传导和基因表达	单核细胞及其亚群	免疫学	动脉粥样硬化	质谱流式细胞术，单细胞RNA测序	NA	细胞	涉及Lyn缺陷的单核细胞和pMo，以及Ldlr-/-小鼠模型
79	2024-08-09	The hypocretin (orexin) system: from a neural circuitry perspective 2020-05-01, Neuropharmacology IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.neuropharm.2020.107993 PMID:32135427	综述	本文综述了下丘脑中的下丘脑分泌素/食欲素神经元系统的神经回路功能及其在多种行为调节中的作用	介绍了病毒介导的追踪系统以及光遗传学、纤维光度测量、细胞类型/通路特异性操作和单细胞RNA测序等先进技术在研究下丘脑分泌素/食欲素系统中的应用	NA	探讨下丘脑分泌素神经元到目标脑区的神经通路功能及其对多种行为的调节作用	下丘脑分泌素/食欲素神经元及其神经回路	神经科学	NA	光遗传学、纤维光度测量、单细胞RNA测序	NA	神经回路图谱	NA
80	2024-08-09	Statistical significance of cluster membership for unsupervised evaluation of cell identities 2020-05-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaa087 PMID:32142108	研究论文	本文介绍了一种非参数方法，通过测试簇成员资格来无监督地评估细胞身份	提出了后验包含概率（PIPs）来评估簇成员资格，并应用于多个单细胞RNA测序数据集	NA	研究如何准确推断细胞身份	单细胞RNA测序数据中的细胞身份	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	三个scRNA-seq数据集，包括Jurkat和293T细胞系、八个供体的细胞身份以及外周血单个核细胞