单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 94 篇文献，本页显示第 21 - 40 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 21 | 2024-08-07 |
Sparsity-Penalized Stacked Denoising Autoencoders for Imputing Single-Cell RNA-Seq Data
2020-05-11, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes11050532
PMID:32403260
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研究论文 | 本文提出了一种基于稀疏惩罚堆叠去噪自动编码器（scSDAEs）的方法，用于填补单细胞RNA测序数据中的假零值 | scSDAEs采用堆叠去噪自动编码器与稀疏惩罚，以及逐层预训练过程来提高模型拟合，能够捕捉数据间的非线性关系并整合已观测到的零值信息 | NA | 开发一种深度学习方法，用于填补受技术零值影响的单细胞RNA测序数据 | 单细胞RNA测序数据中的假零值 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 堆叠去噪自动编码器 | 基因表达数据 | 涉及不同稀释度、受技术零值影响的RNA混合数据集以及CITE-seq数据 |
| 22 | 2024-08-07 |
Ancestry and frequency of genetic variants in the general population are confounders in the characterization of germline variants linked to cancer
2020-05-06, BMC medical genetics
DOI:10.1186/s12881-020-01033-x
PMID:32375678
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研究论文 | 本研究通过全基因组测序数据分析，识别与儿童高级别胶质瘤相关的复发性生殖系变异，并探讨其在一般人群中的频率及对肿瘤发生的影响。 | 本研究首次发现NEGR1和BTNL3-8基因的删除变异在儿童高级别胶质瘤患者中高度复发，并揭示这些变异在一般人群中的高频率存在，强调了在癌症基因组分析中考虑一般人群基因组数据的重要性。 | 研究样本量相对较小，且未详细探讨不同种族间变异频率差异的具体机制。 | 旨在识别与儿童高级别胶质瘤相关的生殖系变异，并探讨其在肿瘤发生中的作用及在一般人群中的频率。 | 儿童高级别胶质瘤患者及其生殖系和肿瘤组织。 | 数字病理学 | 脑癌 | 全基因组测序（WGS），单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因组数据 | 发现队列8例，验证队列73例 |
| 23 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA-seq with spike-in cells enables accurate quantification of cell-specific drug effects in pancreatic islets
2020-05-06, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-020-02006-2
PMID:32375897
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研究论文 | 本文介绍了一种使用标准化参考细胞作为插入控制的新方法，以准确和稳健地解析单细胞药物反应 | 提出了一种新的生物信息学算法，有效去除细胞自由RNA污染带来的偏差，并使用插入参考细胞进行单细胞RNA测序数据的标准化 | NA | 研究单细胞RNA测序技术在解析复杂组织中细胞特异性药物效应的应用 | 人类和小鼠的胰腺胰岛细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 人类和小鼠的胰腺胰岛细胞样本 |
| 24 | 2024-08-07 |
scRCMF: Identification of Cell Subpopulations and Transition States From Single-Cell Transcriptomes
2020-05, IEEE transactions on bio-medical engineering
DOI:10.1109/TBME.2019.2937228
PMID:31449003
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研究论文 | 本文介绍了一种名为scRCMF的无监督方法，用于从单细胞转录组数据中识别细胞亚群和过渡状态 | scRCMF通过采用非线性优化模型和随机系数矩阵的正则化方法，提高了潜在子结构的估计可靠性和稳定性，并提出了两种新的测量方法：单细胞过渡熵（scEntropy）和过渡概率（scTP） | NA | 阐明细胞命运动态中的过渡机制 | 单细胞转录组数据中的细胞亚群、稳定细胞状态和过渡细胞 | 单细胞技术 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 非负矩阵分解模型 | 基因-细胞矩阵 | 两个模拟数据集和三个已发表的scRNA-seq数据集 |
| 25 | 2024-08-07 |
Closing the gap: a roadmap to single-cell regulatory genomics
2020-05, Molecular systems biology
IF:8.5Q1
DOI:10.15252/msb.20209497
PMID:32430985
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研究论文 | 本文介绍了一种新的策略，用于在果蝇的眼触角盘中空间映射和整合单细胞转录组和表观基因组数据，并推断每个细胞中精确的增强子到基因活性关系 | 该研究开创了转录调控领域的新时代，能够从构成组织的数千个细胞中提取驱动其身份的关键特征 | NA | 研究单细胞水平上基因调控网络的时空控制，以理解驱动细胞身份的机制 | 果蝇的眼触角盘中的单细胞转录组和表观基因组 | 基因组学 | NA | 单细胞转录组和表观基因组分析 | NA | 单细胞数据 | 数千个细胞 |
| 26 | 2024-08-07 |
Identification of genomic enhancers through spatial integration of single-cell transcriptomics and epigenomics
2020-05, Molecular systems biology
IF:8.5Q1
DOI:10.15252/msb.20209438
PMID:32431014
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研究论文 | 本文通过空间整合单细胞转录组学和表观基因组学数据，生成了果蝇眼触角盘的独立单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序图谱，并利用ScoMAP方法在虚拟潜在空间中整合数据，以模拟2D组织的结构，从而识别基因组增强子。 | 本文创新性地利用ScoMAP方法将单细胞转录组学和表观基因组学数据空间整合，以模拟2D组织的结构，并验证了空间预测的增强子，揭示了增强子与基因的关系及其在细胞类型特异性效应中的作用。 | NA | 研究目的是通过空间整合单细胞转录组学和表观基因组学数据，识别和验证基因组增强子。 | 研究对象是果蝇眼触角盘的基因组增强子。 | 表观基因组学 | NA | 单细胞RNA测序（single-cell RNA-seq）和单细胞ATAC测序（single-cell ATAC-seq） | NA | 转录组数据和表观基因组数据 | 果蝇眼触角盘的多个细胞样本 |
| 27 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing demonstrates the molecular and cellular reprogramming of metastatic lung adenocarcinoma
2020-05-08, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-16164-1
PMID:32385277
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术分析了转移性肺腺癌的分子和细胞重编程特征 | 首次对转移性肺腺癌进行了大规模的单细胞转录组分析，揭示了癌症细胞亚型及其在转移阶段的主导作用，以及肿瘤微环境中基质和免疫细胞的动态变化 | NA | 深入理解转移性肺腺癌的分子和细胞动态变化，并发现潜在的诊断和治疗靶点 | 转移性肺腺癌及其微环境中的细胞和分子特征 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 44名患者的208,506个细胞 |
| 28 | 2024-08-07 |
Single-Cell RNA Sequencing Reveals a Dynamic Stromal Niche That Supports Tumor Growth
2020-05-19, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2020.107628
PMID:32433953
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了小鼠黑色素瘤及其引流淋巴结在肿瘤发展不同阶段的间质成分 | 发现了三种时间上不同的间质细胞群，这些细胞群在鼠和人类肿瘤中显示出独特的功能特征，并揭示了间质细胞在疾病早期就能调节免疫环境的能力 | NA | 探索肿瘤发展过程中间质细胞的动态变化及其对肿瘤生长的支持作用 | 小鼠黑色素瘤及其引流淋巴结中的间质细胞 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 29 | 2024-08-07 |
Effective single-cell clustering through ensemble feature selection and similarity measurements
2020-May-19, Computational biology and chemistry
IF:2.6Q2
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研究论文 | 本文提出了一种基于集成特征选择和相似性度量的有效单细胞聚类算法 | 该算法通过多特征采样方法测量细胞间的相似性，并构建基于细胞间相似性的集成网络，最终应用基于网络的聚类算法进行单细胞聚类 | NA | 旨在提高单细胞RNA测序数据中细胞类型分类和识别的准确性和可靠性 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 集成特征选择和相似性度量 | 基因表达数据 | 多个真实世界的单细胞RNA测序数据集 |
| 30 | 2024-08-07 |
Mechanisms of Fibrosis Development in Nonalcoholic Steatohepatitis
2020-05, Gastroenterology
IF:25.7Q1
DOI:10.1053/j.gastro.2019.11.311
PMID:32044315
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综述 | 本文综述了非酒精性脂肪肝病如何进展为非酒精性脂肪性肝炎（NASH）并导致肝纤维化的机制，重点探讨了肝细胞、巨噬细胞和肝星状细胞之间的相互作用及其对纤维化发展的影响。 | 讨论了通过单细胞RNA测序揭示的肝星状细胞和巨噬细胞的异质性，以及这些发现对治疗干预的潜在影响。 | NA | 探讨非酒精性脂肪性肝炎中肝纤维化的发生机制及其治疗干预的可能性。 | 非酒精性脂肪性肝炎（NASH）中的肝纤维化机制。 | NA | 肝病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 31 | 2024-08-07 |
scBatch: batch-effect correction of RNA-seq data through sample distance matrix adjustment
2020-05-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaa097
PMID:32053185
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research paper | 本文介绍了一种名为scBatch的数值算法，用于批量和单细胞RNA测序数据的批次效应校正 | scBatch算法不依赖于批次效应生成机制的假设，并且在模拟和实际数据分析中表现优于现有的批次效应校正方法 | NA | 旨在改进批次效应校正方法，特别是在单细胞RNA测序数据分析中 | 批量和单细胞RNA测序数据 | digital pathology | NA | RNA-seq | NA | RNA-seq data | NA |
| 32 | 2024-08-07 |
Deep learning enables accurate clustering with batch effect removal in single-cell RNA-seq analysis
2020-05-11, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-15851-3
PMID:32393754
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研究论文 | 本文介绍了一种名为DESC的无监督深度嵌入算法，用于在单细胞RNA测序分析中进行准确聚类并去除批次效应 | DESC算法通过迭代自学习逐步去除批次效应，且聚类分配概率具有生物学可解释性，能揭示细胞的离散和伪时间结构 | NA | 开发一种能够在单细胞RNA测序数据分析中准确聚类并去除批次效应的算法 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 深度学习算法 | RNA测序数据 | NA |
| 33 | 2024-08-07 |
Iterative Single-Cell Analyses Define the Transcriptome of the First Functional Hematopoietic Stem Cells
2020-05-12, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2020.107627
PMID:32402290
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研究论文 | 本文通过迭代单细胞分析方法，定义了小鼠胚胎中最早的功能性造血干细胞（HSC）的转录组 | 使用Gata2为基础的富集方法，直接关联到HSC的内部调控网络，并通过迭代分析揭示了特定的分子特征与HSC及多能祖细胞功能的关联 | NA | 确定小鼠胚胎中最早的功能性HSC的转录组特征 | 小鼠胚胎中的造血干细胞及其转录组 | NA | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 包含1-2个细胞的主动脉簇 |
| 34 | 2024-08-07 |
Single-Cell Transcriptome Analysis of Mouse Liver Cell-Specific Tropism and Transcriptional Dysregulation Following Intravenous Administration of AAVrh.10 Vectors
2020-05, Human gene therapy
IF:3.9Q2
DOI:10.1089/hum.2019.366
PMID:32143547
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了静脉注射AAVrh.10载体后小鼠肝脏细胞特异性趋向性和转录失调 | 首次详细描述了AAVrh.10载体在小鼠肝脏细胞中的特异性趋向性和转录失调情况 | 仅限于小鼠模型，且样本量相对较小 | 评估AAVrh.10载体在肝脏细胞中的特异性趋向性和转录失调 | 小鼠肝脏细胞 | 基因工程 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 总共46,500个肝脏细胞 |
| 35 | 2024-08-09 |
Single-cell RNA sequencing reveals compromised immune microenvironment in precursor stages of multiple myeloma
2020-05, Nature cancer
IF:23.5Q1
DOI:10.1038/s43018-020-0053-3
PMID:33409501
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序技术，分析了多发性骨髓瘤前驱阶段（MGUS和SMM）及健康捐赠者的骨髓细胞，揭示了早期免疫微环境的变化 | 首次展示了多发性骨髓瘤前驱阶段免疫细胞的早期变化，包括NK细胞的增加和GrK记忆性细胞毒性T细胞的丢失 | NA | 深入了解多发性骨髓瘤前驱阶段的分子特征，以更好地对高风险患者进行分层和治疗 | 多发性骨髓瘤的前驱阶段（MGUS和SMM）及其肿瘤微环境 | 数字病理学 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 包括多发性骨髓瘤前驱阶段（MGUS和SMM）患者及健康捐赠者的骨髓细胞 |
| 36 | 2024-08-09 |
Temporal expression of MOF acetyltransferase primes transcription factor networks for erythroid fate
2020-05, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.aaz4815
PMID:32671208
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研究论文 | 本文探讨了组蛋白H4赖氨酸16乙酰转移酶MOF调控红细胞生成的作用机制 | 通过单细胞RNA测序和染色质免疫沉淀测序揭示了MOF通过动态招募到染色质影响红细胞轨迹，并发现MOF的半合子不足导致短暂造血干细胞群体的积累 | NA | 研究MOF在红细胞命运决定中的作用及其分子机制 | 造血干细胞（HSCs）的自更新和分化 | 生物学 | NA | 单细胞RNA测序，染色质免疫沉淀测序 | NA | RNA，染色质 | 单细胞水平 |
| 37 | 2024-08-09 |
A single-cell view on alga-virus interactions reveals sequential transcriptional programs and infection states
2020-05, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.aba4137
PMID:32490206
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研究论文 | 研究通过单细胞转录组分析揭示了微藻与其巨型病毒相互作用中的连续转录程序和感染状态 | 利用单细胞RNA测序技术，首次详细揭示了巨型病毒在微藻细胞中的转录轨迹和基因表达顺序 | NA | 探索巨型病毒在微藻中的复制策略和转录组调控 | 全球分布的微藻及其特定巨型病毒 | 生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 多个微藻细胞及其病毒感染细胞 |
| 38 | 2024-08-09 |
Single-Cell Transcriptomics: New Insights in Heart Research
2020-05-26, Circulation
IF:35.5Q1
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 39 | 2024-08-09 |
Myeloma cells shift osteoblastogenesis to adipogenesis by inhibiting the ubiquitin ligase MURF1 in mesenchymal stem cells
2020-05-26, Science signaling
IF:6.7Q1
DOI:10.1126/scisignal.aay8203
PMID:32457115
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研究论文 | 研究揭示了多发性骨髓瘤细胞通过抑制间充质干细胞中的泛素连接酶MURF1，促进脂肪生成并抑制骨形成的过程 | 首次揭示了多发性骨髓瘤细胞与间充质干细胞相互作用，通过激活PKCβ1信号和抑制MURF1介导的泛素化，稳定PPARγ2蛋白，从而促进脂肪生成并抑制骨形成 | 研究主要集中在体外和动物模型中，需要进一步的临床研究来验证这些发现 | 探讨多发性骨髓瘤细胞如何影响间充质干细胞的分化，以及这种影响对骨形成的影响 | 多发性骨髓瘤细胞和间充质干细胞 | NA | 多发性骨髓瘤 | 单细胞RNA测序，体外共培养，皮下注射 | NA | RNA序列 | 涉及小鼠模型 |
| 40 | 2024-08-09 |
Single cell transcriptomics reveals opioid usage evokes widespread suppression of antiviral gene program
2020-05-26, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-16159-y
PMID:32457298
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了慢性阿片类药物使用对免疫系统的广泛抑制作用，特别是对天然单核细胞和多种免疫细胞中抗病毒基因程序的抑制。 | 首次系统性地描述了阿片类药物如何影响免疫系统，特别是在单细胞水平上揭示了抗病毒基因程序的广泛抑制。 | 研究主要集中在体外实验和特定细胞类型的分析，可能需要进一步的体内研究来验证这些发现。 | 旨在无偏见地理解阿片类药物对免疫系统的调节作用。 | 研究对象包括阿片类药物依赖者和对照组的外周血单核细胞。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 研究未明确提及样本数量 |