单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 93 篇文献，本页显示第 21 - 40 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 21 | 2024-08-07 |
A Quantitative Framework for Evaluating Single-Cell Data Structure Preservation by Dimensionality Reduction Techniques
2020-05-05, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2020.107576
PMID:32375029
|
研究论文 | 本文提出了一种无偏框架，用于评估降维技术在单细胞数据结构保留方面的性能 | 定义了全局和局部结构保留的度量标准，并展示了不同降维方法在实际和合成单细胞RNA测序数据集上的表现 | NA | 评估降维技术在单细胞数据结构保留方面的性能 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 使用了离散和连续的实际和合成单细胞RNA测序数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 22 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing reveals the tumor microenvironment and facilitates strategic choices to circumvent treatment failure in a chemorefractory bladder cancer patient
2020-05-27, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-020-00741-6
PMID:32460812
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了一位化疗耐药性膀胱癌患者的肿瘤微环境，并基于此分析提出了个性化治疗策略 | 首次通过单细胞RNA测序技术详细描绘了化疗耐药性膀胱癌患者的肿瘤微环境和细胞类型特异性转录组变化，为个性化治疗提供了新思路 | 研究仅基于单一病例，结果的普遍性和可复制性有待进一步验证 | 探索化疗耐药性膀胱癌的肿瘤微环境，并开发个性化治疗策略 | 化疗耐药性转移性肌肉浸润性尿路上皮膀胱癌患者及其肿瘤微环境 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 单一病例及其对应的病人源性异种移植模型（PDX） | NA | NA | NA | NA |
| 23 | 2024-08-07 |
Data-based RNA-seq simulations by binomial thinning
2020-May-24, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-020-3450-9
PMID:32448189
|
研究论文 | 本文开发了一种基于真实RNA-seq数据添加信号的方法，用于生成更真实的模拟数据，以评估和比较RNA-seq分析方法 | 提出了一种基于真实数据的RNA-seq模拟方法，该方法能够生成具有真实数据特征的模拟数据，用于评估在非理想（模型违反）场景下的RNA-seq分析方法 | NA | 开发更真实的RNA-seq数据模拟技术，以评估和比较RNA-seq分析方法 | RNA-seq数据模拟方法 | 生物信息学 | NA | RNA-seq | NA | RNA-seq数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 24 | 2024-08-07 |
Single-cell Transcriptome Analysis Indicates New Potential Regulation Mechanism of ACE2 and NPs signaling among heart failure patients infected with SARS-CoV-2
2020-May-15, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2020.04.30.20081257
PMID:32511460
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析，揭示了在心衰患者中，ACE2和脑钠肽（BNP）及心房钠尿肽（ANP）信号通路的新潜在调控机制。 | 首次在单细胞水平上揭示了心衰心脏中ACE2的细胞分布及其与BNP和ANP的相互作用，以及这些变化如何影响SARS-CoV-2的感染。 | 研究样本来自单一中心，可能影响结果的普遍性；未涉及长期随访数据。 | 探讨心衰患者中ACE2和BNP/ANP信号通路在SARS-CoV-2感染中的调控机制。 | 心衰患者的心脏组织，特别是心肌细胞中的ACE2表达及其与BNP和ANP的相互作用。 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 91名COVID-19患者 | NA | NA | NA | NA |
| 25 | 2024-08-07 |
A new protocol for single-cell RNA-seq reveals stochastic gene expression during lag phase in budding yeast
2020-05-18, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.55320
PMID:32420869
|
研究论文 | 本研究报告了一种基于10x Genomics液滴单细胞RNA测序技术的改进方法，用于分析酵母细胞 | 该方法通过液滴内球形化处理，实现了比现有方法高出数量级的吞吐量 | NA | 研究酵母细胞在碳源转换过程中的基因表达动态 | 酵母细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 同基因酵母群体 | NA | NA | NA | NA |
| 26 | 2024-08-07 |
Cell atlas of aqueous humor outflow pathways in eyes of humans and four model species provides insight into glaucoma pathogenesis
2020-05-12, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2001250117
PMID:32341164
|
研究论文 | 本文通过高吞吐量的单细胞RNA测序技术，研究了人类和四种模型物种眼中房水流出路径的细胞图谱，以深入了解青光眼的发病机制。 | 首次在人类和四种模型物种中识别出19种细胞类型，并确定了每种细胞类型的分子标记，为研究青光眼的发病机制和潜在干预措施提供了基础。 | NA | 深入了解青光眼的发病机制，并利用模型系统评估机制和潜在干预措施。 | 人类和四种模型物种（食蟹猴、恒河猴、猪和鼠）眼中的房水流出路径的细胞类型。 | 数字病理学 | 青光眼 | 单细胞RNA测序（scRNAseq） | NA | 单细胞转录组 | 约24,000个单细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 27 | 2024-08-07 |
Sparsity-Penalized Stacked Denoising Autoencoders for Imputing Single-Cell RNA-Seq Data
2020-05-11, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes11050532
PMID:32403260
|
研究论文 | 本文提出了一种基于稀疏惩罚堆叠去噪自动编码器（scSDAEs）的方法，用于填补单细胞RNA测序数据中的假零值 | scSDAEs采用堆叠去噪自动编码器与稀疏惩罚，以及逐层预训练过程来提高模型拟合，能够捕捉数据间的非线性关系并整合已观测到的零值信息 | NA | 开发一种深度学习方法，用于填补受技术零值影响的单细胞RNA测序数据 | 单细胞RNA测序数据中的假零值 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 堆叠去噪自动编码器 | 基因表达数据 | 涉及不同稀释度、受技术零值影响的RNA混合数据集以及CITE-seq数据 | NA | NA | NA | NA |
| 28 | 2024-08-07 |
Ancestry and frequency of genetic variants in the general population are confounders in the characterization of germline variants linked to cancer
2020-05-06, BMC medical genetics
DOI:10.1186/s12881-020-01033-x
PMID:32375678
|
研究论文 | 本研究通过全基因组测序数据分析，识别与儿童高级别胶质瘤相关的复发性生殖系变异，并探讨其在一般人群中的频率及对肿瘤发生的影响。 | 本研究首次发现NEGR1和BTNL3-8基因的删除变异在儿童高级别胶质瘤患者中高度复发，并揭示这些变异在一般人群中的高频率存在，强调了在癌症基因组分析中考虑一般人群基因组数据的重要性。 | 研究样本量相对较小，且未详细探讨不同种族间变异频率差异的具体机制。 | 旨在识别与儿童高级别胶质瘤相关的生殖系变异，并探讨其在肿瘤发生中的作用及在一般人群中的频率。 | 儿童高级别胶质瘤患者及其生殖系和肿瘤组织。 | 数字病理学 | 脑癌 | 全基因组测序（WGS），单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因组数据 | 发现队列8例，验证队列73例 | NA | NA | NA | NA |
| 29 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA-seq with spike-in cells enables accurate quantification of cell-specific drug effects in pancreatic islets
2020-05-06, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-020-02006-2
PMID:32375897
|
研究论文 | 本文介绍了一种使用标准化参考细胞作为插入控制的新方法，以准确和稳健地解析单细胞药物反应 | 提出了一种新的生物信息学算法，有效去除细胞自由RNA污染带来的偏差，并使用插入参考细胞进行单细胞RNA测序数据的标准化 | NA | 研究单细胞RNA测序技术在解析复杂组织中细胞特异性药物效应的应用 | 人类和小鼠的胰腺胰岛细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 人类和小鼠的胰腺胰岛细胞样本 | NA | NA | NA | NA |
| 30 | 2024-08-07 |
scRCMF: Identification of Cell Subpopulations and Transition States From Single-Cell Transcriptomes
2020-05, IEEE transactions on bio-medical engineering
DOI:10.1109/TBME.2019.2937228
PMID:31449003
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为scRCMF的无监督方法，用于从单细胞转录组数据中识别细胞亚群和过渡状态 | scRCMF通过采用非线性优化模型和随机系数矩阵的正则化方法，提高了潜在子结构的估计可靠性和稳定性，并提出了两种新的测量方法：单细胞过渡熵（scEntropy）和过渡概率（scTP） | NA | 阐明细胞命运动态中的过渡机制 | 单细胞转录组数据中的细胞亚群、稳定细胞状态和过渡细胞 | 单细胞技术 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 非负矩阵分解模型 | 基因-细胞矩阵 | 两个模拟数据集和三个已发表的scRNA-seq数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 31 | 2024-08-07 |
Closing the gap: a roadmap to single-cell regulatory genomics
2020-05, Molecular systems biology
IF:8.5Q1
DOI:10.15252/msb.20209497
PMID:32430985
|
研究论文 | 本文介绍了一种新的策略，用于在果蝇的眼触角盘中空间映射和整合单细胞转录组和表观基因组数据，并推断每个细胞中精确的增强子到基因活性关系 | 该研究开创了转录调控领域的新时代，能够从构成组织的数千个细胞中提取驱动其身份的关键特征 | NA | 研究单细胞水平上基因调控网络的时空控制，以理解驱动细胞身份的机制 | 果蝇的眼触角盘中的单细胞转录组和表观基因组 | 基因组学 | NA | 单细胞转录组和表观基因组分析 | NA | 单细胞数据 | 数千个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 32 | 2024-08-07 |
Identification of genomic enhancers through spatial integration of single-cell transcriptomics and epigenomics
2020-05, Molecular systems biology
IF:8.5Q1
DOI:10.15252/msb.20209438
PMID:32431014
|
研究论文 | 本文通过空间整合单细胞转录组学和表观基因组学数据，生成了果蝇眼触角盘的独立单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序图谱，并利用ScoMAP方法在虚拟潜在空间中整合数据，以模拟2D组织的结构，从而识别基因组增强子。 | 本文创新性地利用ScoMAP方法将单细胞转录组学和表观基因组学数据空间整合，以模拟2D组织的结构，并验证了空间预测的增强子，揭示了增强子与基因的关系及其在细胞类型特异性效应中的作用。 | NA | 研究目的是通过空间整合单细胞转录组学和表观基因组学数据，识别和验证基因组增强子。 | 研究对象是果蝇眼触角盘的基因组增强子。 | 表观基因组学 | NA | 单细胞RNA测序（single-cell RNA-seq）和单细胞ATAC测序（single-cell ATAC-seq） | NA | 转录组数据和表观基因组数据 | 果蝇眼触角盘的多个细胞样本 | NA | NA | NA | NA |
| 33 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing demonstrates the molecular and cellular reprogramming of metastatic lung adenocarcinoma
2020-05-08, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-16164-1
PMID:32385277
|
研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术分析了转移性肺腺癌的分子和细胞重编程特征 | 首次对转移性肺腺癌进行了大规模的单细胞转录组分析，揭示了癌症细胞亚型及其在转移阶段的主导作用，以及肿瘤微环境中基质和免疫细胞的动态变化 | NA | 深入理解转移性肺腺癌的分子和细胞动态变化，并发现潜在的诊断和治疗靶点 | 转移性肺腺癌及其微环境中的细胞和分子特征 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 44名患者的208,506个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 34 | 2024-08-07 |
Mechanisms of Fibrosis Development in Nonalcoholic Steatohepatitis
2020-05, Gastroenterology
IF:25.7Q1
DOI:10.1053/j.gastro.2019.11.311
PMID:32044315
|
综述 | 本文综述了非酒精性脂肪肝病如何进展为非酒精性脂肪性肝炎（NASH）并导致肝纤维化的机制，重点探讨了肝细胞、巨噬细胞和肝星状细胞之间的相互作用及其对纤维化发展的影响。 | 讨论了通过单细胞RNA测序揭示的肝星状细胞和巨噬细胞的异质性，以及这些发现对治疗干预的潜在影响。 | NA | 探讨非酒精性脂肪性肝炎中肝纤维化的发生机制及其治疗干预的可能性。 | 非酒精性脂肪性肝炎（NASH）中的肝纤维化机制。 | NA | 肝病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 35 | 2024-08-07 |
scBatch: batch-effect correction of RNA-seq data through sample distance matrix adjustment
2020-05-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaa097
PMID:32053185
|
research paper | 本文介绍了一种名为scBatch的数值算法，用于批量和单细胞RNA测序数据的批次效应校正 | scBatch算法不依赖于批次效应生成机制的假设，并且在模拟和实际数据分析中表现优于现有的批次效应校正方法 | NA | 旨在改进批次效应校正方法，特别是在单细胞RNA测序数据分析中 | 批量和单细胞RNA测序数据 | digital pathology | NA | RNA-seq | NA | RNA-seq data | NA | NA | NA | NA | NA |
| 36 | 2024-08-07 |
Deep learning enables accurate clustering with batch effect removal in single-cell RNA-seq analysis
2020-05-11, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-15851-3
PMID:32393754
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为DESC的无监督深度嵌入算法，用于在单细胞RNA测序分析中进行准确聚类并去除批次效应 | DESC算法通过迭代自学习逐步去除批次效应，且聚类分配概率具有生物学可解释性，能揭示细胞的离散和伪时间结构 | NA | 开发一种能够在单细胞RNA测序数据分析中准确聚类并去除批次效应的算法 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 深度学习算法 | RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 37 | 2024-08-07 |
Single-Cell Transcriptome Analysis of Mouse Liver Cell-Specific Tropism and Transcriptional Dysregulation Following Intravenous Administration of AAVrh.10 Vectors
2020-05, Human gene therapy
IF:3.9Q2
DOI:10.1089/hum.2019.366
PMID:32143547
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了静脉注射AAVrh.10载体后小鼠肝脏细胞特异性趋向性和转录失调 | 首次详细描述了AAVrh.10载体在小鼠肝脏细胞中的特异性趋向性和转录失调情况 | 仅限于小鼠模型，且样本量相对较小 | 评估AAVrh.10载体在肝脏细胞中的特异性趋向性和转录失调 | 小鼠肝脏细胞 | 基因工程 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 总共46,500个肝脏细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 38 | 2024-08-09 |
Single-cell RNA sequencing reveals compromised immune microenvironment in precursor stages of multiple myeloma
2020-05, Nature cancer
IF:23.5Q1
DOI:10.1038/s43018-020-0053-3
PMID:33409501
|
研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序技术，分析了多发性骨髓瘤前驱阶段（MGUS和SMM）及健康捐赠者的骨髓细胞，揭示了早期免疫微环境的变化 | 首次展示了多发性骨髓瘤前驱阶段免疫细胞的早期变化，包括NK细胞的增加和GrK记忆性细胞毒性T细胞的丢失 | NA | 深入了解多发性骨髓瘤前驱阶段的分子特征，以更好地对高风险患者进行分层和治疗 | 多发性骨髓瘤的前驱阶段（MGUS和SMM）及其肿瘤微环境 | 数字病理学 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 包括多发性骨髓瘤前驱阶段（MGUS和SMM）患者及健康捐赠者的骨髓细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 39 | 2024-08-09 |
Temporal expression of MOF acetyltransferase primes transcription factor networks for erythroid fate
2020-05, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.aaz4815
PMID:32671208
|
研究论文 | 本文探讨了组蛋白H4赖氨酸16乙酰转移酶MOF调控红细胞生成的作用机制 | 通过单细胞RNA测序和染色质免疫沉淀测序揭示了MOF通过动态招募到染色质影响红细胞轨迹，并发现MOF的半合子不足导致短暂造血干细胞群体的积累 | NA | 研究MOF在红细胞命运决定中的作用及其分子机制 | 造血干细胞（HSCs）的自更新和分化 | 生物学 | NA | 单细胞RNA测序，染色质免疫沉淀测序 | NA | RNA，染色质 | 单细胞水平 | NA | NA | NA | NA |
| 40 | 2024-08-09 |
A single-cell view on alga-virus interactions reveals sequential transcriptional programs and infection states
2020-05, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.aba4137
PMID:32490206
|
研究论文 | 研究通过单细胞转录组分析揭示了微藻与其巨型病毒相互作用中的连续转录程序和感染状态 | 利用单细胞RNA测序技术，首次详细揭示了巨型病毒在微藻细胞中的转录轨迹和基因表达顺序 | NA | 探索巨型病毒在微藻中的复制策略和转录组调控 | 全球分布的微藻及其特定巨型病毒 | 生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 多个微藻细胞及其病毒感染细胞 | NA | NA | NA | NA |