单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 94 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2024-10-14 |
A single-cell and single-nucleus RNA-Seq toolbox for fresh and frozen human tumors
2020-05, Nature medicine
IF:58.7Q1
DOI:10.1038/s41591-020-0844-1
PMID:32405060
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研究论文 | 本文开发了一个用于新鲜和冷冻人类肿瘤的单细胞和单核RNA测序工具箱 | 本文首次系统地开发了一个工具箱，用于同时处理新鲜和冷冻临床肿瘤样本的单细胞和单核RNA测序 | 本文主要集中在工具箱的开发和初步验证，未涉及其在实际临床应用中的长期效果 | 开发和验证一个用于新鲜和冷冻人类肿瘤的单细胞和单核RNA测序的系统工具箱 | 新鲜和冷冻的人类肿瘤样本 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq）和单核RNA测序（snRNA-Seq） | NA | RNA | 216,490个细胞和核，来自40个样本，涵盖23个标本，涉及8种肿瘤类型 |
| 2 | 2024-10-01 |
A Single-Cell RNA Expression Map of Human Coronavirus Entry Factors
2020-May-27, SSRN
DOI:10.2139/ssrn.3611279
PMID:32714119
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研究论文 | 研究利用单细胞RNA测序数据分析了人类冠状病毒进入因子在不同健康人体组织中的表达情况 | 首次构建了人类冠状病毒进入因子在多种健康人体组织中的单细胞RNA表达图谱，揭示了SARS-CoV-2在不同器官中的潜在感染路径 | 研究主要基于健康人体组织的单细胞RNA测序数据，未涉及疾病状态下的组织样本 | 预测人类冠状病毒的宿主嗜性，并分析其在不同人体组织中的潜在感染路径 | 人类冠状病毒进入因子在不同健康人体组织中的表达情况 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA表达数据 | 28个SCARFs，涵盖多种健康人体组织 |
| 3 | 2024-09-15 |
Increased Tau Expression Correlates with Neuronal Maturation in the Developing Human Cerebral Cortex
2020 May/Jun, eNeuro
IF:2.7Q3
DOI:10.1523/ENEURO.0058-20.2020
PMID:32393582
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研究论文 | 研究探讨了tau蛋白在人类大脑发育过程中的表达变化及其与神经元成熟的关系 | 首次在细胞水平上详细描述了tau mRNA和蛋白在发育中的人类大脑中的表达模式，并揭示了tau表达与神经元成熟之间的关联 | 研究主要基于现有数据和体外模型，缺乏直接的体内实验验证 | 探讨tau蛋白在人类大脑发育过程中的表达模式及其与神经元成熟的关系 | tau mRNA和蛋白在发育中的人类大脑中的表达 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序（sc-RNAseq）、RNA原位杂交（RNAscope）、免疫组织化学（IHC） | NA | RNA | 包括发育中的人类大脑组织和诱导多能干细胞（iPSC）衍生的皮质类器官 |
| 4 | 2024-08-14 |
Aortic heterogeneity across segments and under high fat/salt/glucose conditions at the single-cell level
2020-May, National science review
IF:16.3Q1
DOI:10.1093/nsr/nwaa038
PMID:34692110
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序技术，分析了在正常和高血糖、高盐饮食或高脂肪摄入条件下，小鼠升主动脉、主动脉弓以及胸腹主动脉段的细胞异质性 | 首次揭示了主动脉不同段在单细胞水平上的异质性，并探讨了代谢病理条件对其的影响 | NA | 研究主动脉不同段在单细胞水平上的异质性及其在代谢病理条件下的变化 | 小鼠的升主动脉、主动脉弓、胸腹主动脉段细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 216,612个单细胞样本 |
| 5 | 2024-08-11 |
Profiling peripheral nerve macrophages reveals two macrophage subsets with distinct localization, transcriptome and response to injury
2020-05, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-020-0618-6
PMID:32284604
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研究论文 | 本研究对坐骨神经巨噬细胞进行了发育学、转录组学和空间特征的全面分析 | 首次揭示了坐骨神经中存在两种具有不同定位、转录组和损伤反应的巨噬细胞亚群 | NA | 研究外周神经系统中巨噬细胞的特性及其对损伤的反应 | 坐骨神经巨噬细胞 | NA | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 6 | 2024-08-09 |
Single-Cell Analysis of Human Retina Identifies Evolutionarily Conserved and Species-Specific Mechanisms Controlling Development
2020-05-18, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2020.04.009
PMID:32386599
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术分析了人类视网膜发育过程中的细胞类型多样性和转录网络 | 发现了进化保守和物种特异性的基因表达模式，以及ATOH7在视网膜发育后期调控光感受器分化的意外作用 | NA | 识别控制人类视网膜发育的转录网络 | 人类视网膜发育过程中的细胞类型和转录网络 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 16个发育中的视网膜时间点和4个早期视网膜类器官分化阶段 |
| 7 | 2024-08-05 |
SARS-CoV-2 Receptor ACE2 Is an Interferon-Stimulated Gene in Human Airway Epithelial Cells and Is Detected in Specific Cell Subsets across Tissues
2020-05-28, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2020.04.035
PMID:32413319
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研究论文 | 该研究揭示了SARS-CoV-2受体ACE2在特定细胞亚群中的表达及其作为干扰素刺激基因的作用 | 首次证明ACE2是人类气道上皮细胞中干扰素刺激基因，并在肺、肠以及鼻腔的特定细胞亚群中发现其共表达 | 研究中未明确ACE2表达调控的具体机制以及在不同个体中的变异 | 探索SARS-CoV-2的感染机制及ACE2在呼吸道细胞中的功能 | 使用人类、非人类灵长类动物和小鼠的单细胞RNA测序数据，分析与ACE2相关的细胞亚群 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 使用了人类、非人类灵长类动物和小鼠的多个样本 |
| 8 | 2024-08-05 |
Novel insights into breast cancer copy number genetic heterogeneity revealed by single-cell genome sequencing
2020-05-13, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.51480
PMID:32401198
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研究论文 | 本文使用单细胞基因组测序全面映射了乳腺癌肿瘤中拷贝数改变异质性的各个方面 | 提供了乳腺癌肿瘤内非肿瘤细胞的遗传异质性及其对肿瘤基因组的影响的新见解 | 对拷贝数改变异质性的了解仍然有限 | 探讨乳腺癌中拷贝数改变的遗传异质性及其临床意义 | 一组乳腺癌肿瘤样本 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞基因组测序 | NA | 基因组数据 | 一组乳腺癌肿瘤样本 |
| 9 | 2024-08-05 |
Transcriptome Dynamics of Hematopoietic Stem Cell Formation Revealed Using a Combinatorial Runx1 and Ly6a Reporter System
2020-05-12, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2020.03.020
PMID:32302558
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研究论文 | 该文章研究了造血干细胞(HSC)形成的转录组动态，利用组合的Runx1和Ly6a报告系统进行可视化 | 通过生成Tg(Runx1-mKO2; Ly6a-GFP)双重报告小鼠，首次识别并追踪造血干细胞的发育过程 | 由于造血干细胞及其前体细胞的稀缺性，可能导致研究样本的局限性 | 揭示前造血干细胞的出现和成熟过程 | 研究对象包括前造血干细胞及其相关细胞类型 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 使用了双重报告小鼠的细胞样本 |
| 10 | 2024-08-05 |
A single-cell survey of Drosophila blood
2020-05-12, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.54818
PMID:32396065
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研究论文 | 该论文利用单细胞RNA测序对果蝇血细胞进行了调查 | 发现了在不同炎症条件下果蝇血细胞的多样性，并首次揭示了FGF信号在血细胞之间的相互作用中的新角色 | 目前只集中于果蝇的血细胞种类，结果是否适用于其他物种尚未确定 | 旨在通过单细胞RNA测序深入理解果蝇血细胞的功能 | 果蝇幼虫中的血细胞（称为hemocytes） | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | NA |
| 11 | 2024-08-05 |
Efficient Generation and Transcriptomic Profiling of Human iPSC-Derived Pulmonary Neuroendocrine Cells
2020-May-22, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2020.101083
PMID:32380423
|
研究论文 | 本研究展示了如何通过诱导性多能干细胞生成肺神经内分泌细胞，并进行了转录组特征分析 | 本研究首次利用诱导性多能干细胞生成并表征肺神经内分泌细胞，提供了全新的细胞模型 | 该研究未在临床样本中验证生成的细胞功能 | 研究肺神经内分泌细胞的发生和其在肺部疾病中的作用 | 诱导性多能干细胞衍生的肺神经内分泌细胞 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | iPNECs | 转录组数据 | NA |
| 12 | 2024-08-05 |
Early precursors and molecular determinants of tissue-resident memory CD8+ T lymphocytes revealed by single-cell RNA sequencing
2020-05-15, Science immunology
IF:17.6Q1
DOI:10.1126/sciimmunol.aaz6894
PMID:32414833
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序技术研究CD8 T细胞在对病毒感染反应中的基因表达模式 | 揭示了在病毒感染早期，组织中特定CD8 T细胞前体的转录异质性 | 研究可能未涵盖所有组织环境下的CD8 T细胞特征 | 探讨CD8 T细胞在病毒感染中的分化过程 | CD8 T细胞在脾脏和小肠内的特定亚群 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 在病毒感染过程中对不同分化阶段的个体CD8 T细胞进行了分析 |
| 13 | 2024-08-05 |
Identification of Repurposable Drugs and Adverse Drug Reactions for Various Courses of COVID-19 Based on Single-Cell RNA Sequencing Data
2020-May-16, ArXiv
PMID:33299905
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序数据筛选出可重新利用的抗COVID-19药物和不良药物反应 | 首次使用系统生物学方法结合FDA批准的药物和小分子化合物的数据来发现防治COVID-19的新药物 | 未详细探讨所有候选药物的临床适应性和潜在不良反应 | 寻找可重新利用的药物以治疗COVID-19 | 美国FDA批准的药物和前临床小分子化合物 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 包含轻症和重症COVID-19患者的单细胞RNA测序数据 |
| 14 | 2024-08-07 |
Single-Cell Analyses Reveal Megakaryocyte-Biased Hematopoiesis in Myelofibrosis and Identify Mutant Clone-Specific Targets
2020-05-07, Molecular cell
IF:14.5Q1
DOI:10.1016/j.molcel.2020.04.008
PMID:32386542
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学、蛋白质组学、基因组学和功能测试，分析了骨髓纤维化中的造血干细胞和前体细胞，揭示了骨髓纤维化中巨核细胞偏向性造血的现象，并识别了突变克隆特异性靶点 | 本研究首次通过单细胞多组学技术，揭示了骨髓纤维化中巨核细胞偏向性造血的细胞和分子基础，并提供了早期验证的免疫治疗潜在靶点G6B | NA | 确定骨髓纤维化中异常巨核细胞生成的细胞和分子基础 | 骨髓纤维化中的造血干细胞和前体细胞 | 数字病理学 | 骨髓增生性肿瘤 | 单细胞转录组学、单细胞蛋白质组学、基因组学 | NA | 单细胞数据 | 135,929个CD34系造血干细胞和前体细胞 |
| 15 | 2024-08-07 |
A Quantitative Framework for Evaluating Single-Cell Data Structure Preservation by Dimensionality Reduction Techniques
2020-05-05, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2020.107576
PMID:32375029
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研究论文 | 本文提出了一种无偏框架，用于评估降维技术在单细胞数据结构保留方面的性能 | 定义了全局和局部结构保留的度量标准，并展示了不同降维方法在实际和合成单细胞RNA测序数据集上的表现 | NA | 评估降维技术在单细胞数据结构保留方面的性能 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 使用了离散和连续的实际和合成单细胞RNA测序数据集 |
| 16 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing reveals the tumor microenvironment and facilitates strategic choices to circumvent treatment failure in a chemorefractory bladder cancer patient
2020-05-27, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-020-00741-6
PMID:32460812
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了一位化疗耐药性膀胱癌患者的肿瘤微环境，并基于此分析提出了个性化治疗策略 | 首次通过单细胞RNA测序技术详细描绘了化疗耐药性膀胱癌患者的肿瘤微环境和细胞类型特异性转录组变化，为个性化治疗提供了新思路 | 研究仅基于单一病例，结果的普遍性和可复制性有待进一步验证 | 探索化疗耐药性膀胱癌的肿瘤微环境，并开发个性化治疗策略 | 化疗耐药性转移性肌肉浸润性尿路上皮膀胱癌患者及其肿瘤微环境 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 单一病例及其对应的病人源性异种移植模型（PDX） |
| 17 | 2024-08-07 |
Data-based RNA-seq simulations by binomial thinning
2020-May-24, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-020-3450-9
PMID:32448189
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研究论文 | 本文开发了一种基于真实RNA-seq数据添加信号的方法，用于生成更真实的模拟数据，以评估和比较RNA-seq分析方法 | 提出了一种基于真实数据的RNA-seq模拟方法，该方法能够生成具有真实数据特征的模拟数据，用于评估在非理想（模型违反）场景下的RNA-seq分析方法 | NA | 开发更真实的RNA-seq数据模拟技术，以评估和比较RNA-seq分析方法 | RNA-seq数据模拟方法 | 生物信息学 | NA | RNA-seq | NA | RNA-seq数据 | NA |
| 18 | 2024-08-07 |
Single-cell Transcriptome Analysis Indicates New Potential Regulation Mechanism of ACE2 and NPs signaling among heart failure patients infected with SARS-CoV-2
2020-May-15, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2020.04.30.20081257
PMID:32511460
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析，揭示了在心衰患者中，ACE2和脑钠肽（BNP）及心房钠尿肽（ANP）信号通路的新潜在调控机制。 | 首次在单细胞水平上揭示了心衰心脏中ACE2的细胞分布及其与BNP和ANP的相互作用，以及这些变化如何影响SARS-CoV-2的感染。 | 研究样本来自单一中心，可能影响结果的普遍性；未涉及长期随访数据。 | 探讨心衰患者中ACE2和BNP/ANP信号通路在SARS-CoV-2感染中的调控机制。 | 心衰患者的心脏组织，特别是心肌细胞中的ACE2表达及其与BNP和ANP的相互作用。 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 91名COVID-19患者 |
| 19 | 2024-08-07 |
A new protocol for single-cell RNA-seq reveals stochastic gene expression during lag phase in budding yeast
2020-05-18, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.55320
PMID:32420869
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研究论文 | 本研究报告了一种基于10x Genomics液滴单细胞RNA测序技术的改进方法，用于分析酵母细胞 | 该方法通过液滴内球形化处理，实现了比现有方法高出数量级的吞吐量 | NA | 研究酵母细胞在碳源转换过程中的基因表达动态 | 酵母细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 同基因酵母群体 |
| 20 | 2024-08-07 |
Cell atlas of aqueous humor outflow pathways in eyes of humans and four model species provides insight into glaucoma pathogenesis
2020-05-12, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2001250117
PMID:32341164
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研究论文 | 本文通过高吞吐量的单细胞RNA测序技术，研究了人类和四种模型物种眼中房水流出路径的细胞图谱，以深入了解青光眼的发病机制。 | 首次在人类和四种模型物种中识别出19种细胞类型，并确定了每种细胞类型的分子标记，为研究青光眼的发病机制和潜在干预措施提供了基础。 | NA | 深入了解青光眼的发病机制，并利用模型系统评估机制和潜在干预措施。 | 人类和四种模型物种（食蟹猴、恒河猴、猪和鼠）眼中的房水流出路径的细胞类型。 | 数字病理学 | 青光眼 | 单细胞RNA测序（scRNAseq） | NA | 单细胞转录组 | 约24,000个单细胞 |