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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
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61 | 2024-08-09 |
Characterizing and inferring quantitative cell cycle phase in single-cell RNA-seq data analysis
2020-04, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.247759.118
PMID:32312741
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研究论文 | 本文通过结合荧光成像和单细胞RNA测序(scRNA-seq)技术,研究了人类诱导多能干细胞(iPSCs)的细胞周期阶段和基因表达水平,并开发了一种新的方法来量化细胞周期进程 | 本文提出的方法能够在一个连续体上量化细胞周期进程,而不仅仅是将细胞分配到离散的细胞周期阶段 | 使用更多的基因并未提高预测细胞周期位置的准确性 | 研究细胞周期对基因表达异质性的影响,并为未来的研究提供基础 | 人类诱导多能干细胞(iPSCs)的细胞周期阶段和基因表达水平 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | 未具体说明样本数量 |
62 | 2024-08-09 |
Diversity of peripheral blood human NK cells identified by single-cell RNA sequencing
2020-04-14, Blood advances
IF:7.4Q1
DOI:10.1182/bloodadvances.2019000699
PMID:32271902
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术研究了健康CMV阴性供体中未刺激和IL-2激活的NK细胞的基因表达,并发现了三种已知和三种新型的人类血液NK细胞亚群 | 本文首次识别出三种新型的人类血液NK细胞亚群,并揭示了CMV阳性供体中NK细胞亚群比例的变化及其基因调控 | NA | 研究人类外周血中NK细胞的多样性和特定亚群的分类 | 人类外周血中的NK细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 来自健康CMV阴性供体的NK细胞 |
63 | 2024-08-09 |
Insights into Gonadal Sex Differentiation Provided by Single-Cell Transcriptomics in the Chicken Embryo
2020-04-07, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2020.03.055
PMID:32268081
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组测序技术,对鸡胚胎性腺性别分化进行了全面分析 | 研究发现鸡胚胎支持细胞并非源自体腔上皮,而是源自DMRT1/PAX2/WNT4/OSR1间充质细胞群,且性腺细胞类型比以往认知更为复杂 | NA | 探究不同物种间性腺性别分化的细胞生物学差异 | 鸡胚胎性腺在性别分化过程中的细胞类型和来源 | NA | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 鸡胚胎性腺样本 |
64 | 2024-08-09 |
Single-Cell RNA Sequencing Maps Endothelial Metabolic Plasticity in Pathological Angiogenesis
2020-04-07, Cell metabolism
IF:27.7Q1
DOI:10.1016/j.cmet.2020.03.009
PMID:32268117
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析了28,337个鼠视网膜下腔内皮细胞(CECs)和新血管化内皮细胞(CNV-ECs)的代谢异质性 | 首次通过单细胞RNA测序揭示了内皮细胞在病理血管生成中的代谢转录组可塑性,并识别了SQLE和ALDH18A1作为新的代谢血管生成靶点 | 研究主要基于鼠模型,未来需在人类样本中验证这些发现 | 探索内皮细胞代谢在肿瘤血管生成和脉络膜新生血管化中的作用 | 鼠视网膜下腔内皮细胞和新生血管化内皮细胞的代谢转录组 | 数字病理学 | 肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 28,337个鼠视网膜下腔内皮细胞和新生血管化内皮细胞 |
65 | 2024-08-09 |
A conserved dendritic-cell regulatory program limits antitumour immunity
2020-04, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-020-2134-y
PMID:32269339
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术,在人鼠非小细胞肺癌中鉴定出一类名为'富含免疫调节分子的成熟树突状细胞'(mregDCs)的新型树突状细胞群,并探讨了其在肿瘤抗原摄取后对DC1功能的调节作用 | 首次发现并命名了mregDCs,并揭示了其在肿瘤抗原摄取后对DC1功能的调节机制 | 研究主要基于人鼠非小细胞肺癌模型,其结果在其他类型肿瘤中的适用性有待进一步验证 | 探讨树突状细胞在肿瘤免疫治疗中的作用及其调控机制 | 树突状细胞(DC1s和DC2s)及其在肿瘤抗原摄取后的功能变化 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 人鼠非小细胞肺癌样本 |
66 | 2024-08-09 |
Single-cell RNA sequencing identifies senescent cerebromicrovascular endothelial cells in the aged mouse brain
2020-04, GeroScience
IF:5.3Q1
DOI:10.1007/s11357-020-00177-1
PMID:32236824
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术,识别了老年小鼠大脑中衰老的脑微血管内皮细胞 | 首次通过单细胞RNA测序技术在老年小鼠模型中检测到衰老的脑微血管内皮细胞,并提出了评估衰老对不同脑细胞类型影响及多种衰老药物治疗效果的方法 | 研究仅限于C57BL/6小鼠模型,可能限制了结果的普遍性 | 探讨年龄相关性脑微血管内皮细胞表型变化及其在血管性认知障碍中的作用机制 | 老年小鼠大脑中的脑微血管内皮细胞 | 数字病理学 | 神经退行性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 4233个细胞,来自3个月和28个月大的C57BL/6小鼠 |
67 | 2024-08-09 |
Single-cell mapping reveals new markers and functions of lymphatic endothelial cells in lymph nodes
2020-04, PLoS biology
IF:7.8Q1
DOI:10.1371/journal.pbio.3000704
PMID:32251437
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术,全面定义了小鼠皮肤引流淋巴结中淋巴内皮细胞的转录组,并识别了新的标记物和不同淋巴内皮细胞亚群的功能 | 发现了淋巴内皮细胞在淋巴结中的新功能,包括在副皮质区淋巴内皮细胞亚型在快速淋巴细胞从淋巴结中排出的作用 | NA | 探索淋巴结中淋巴内皮细胞的表型和功能异质性 | 淋巴结中的淋巴内皮细胞 | NA | 癌症转移 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 小鼠皮肤引流淋巴结中的淋巴内皮细胞 |
68 | 2024-08-09 |
Cardelino: computational integration of somatic clonal substructure and single-cell transcriptomes
2020-04, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-020-0766-3
PMID:32203388
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Cardelino的计算方法,用于推断克隆树配置和单细胞RNA测序(scRNA-seq)检测的单个细胞的克隆起源 | Cardelino方法灵活地整合了基于批量外显子测序数据推断的不完美克隆树信息和scRNA-seq数据中稀疏表达的变异等位基因信息 | NA | 开发一种方法来描述克隆之间的表型变异 | 人类皮肤成纤维细胞系的scRNA-seq和外显子测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq),外显子测序 | NA | RNA | 32个人类皮肤成纤维细胞系 |
69 | 2024-08-09 |
Single-cell RNA-seq data analysis on the receptor ACE2 expression reveals the potential risk of different human organs vulnerable to 2019-nCoV infection
2020-Apr, Frontiers of medicine
IF:3.9Q2
DOI:10.1007/s11684-020-0754-0
PMID:32170560
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研究论文 | 本研究通过分析单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据,揭示了不同人体器官对2019-nCoV感染的潜在风险 | 首次通过scRNA-seq数据分析,构建了不同人体器官对2019-nCoV感染的风险图 | NA | 研究2019-nCoV感染的病理机制和传播途径 | 人体主要生理系统的单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | RNA测序数据 | 主要人体生理系统的单细胞RNA测序数据 |
70 | 2024-08-09 |
Significant Evolutionary Constraints on Neuron Cells Revealed by Single-Cell Transcriptomics
2020-04-01, Genome biology and evolution
IF:3.2Q2
DOI:10.1093/gbe/evaa054
PMID:32176293
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研究论文 | 本文通过分析超过280,000个单细胞的RNA测序数据和大量脑组织的发育转录组,揭示了神经元细胞在进化上的显著限制 | 发现不同器官的细胞类型在进化限制上显著重叠,且成熟神经元比神经干细胞及新生神经元受到更多限制 | NA | 探讨脑细胞类型间的进化差异及其对神经疾病发病机制和药物开发的影响 | 神经元细胞及其在不同脑区的进化限制 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 超过280,000个细胞 |
71 | 2024-08-09 |
ISX-9 manipulates endocrine progenitor fate revealing conserved intestinal lineages in mouse and human organoids
2020-04, Molecular metabolism
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.molmet.2020.01.012
PMID:32180555
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研究论文 | 研究使用小分子ISX-9探索肠内分泌细胞(EECs)的分化过程 | 首次使用ISX-9作为工具,探索EECs的分化,并揭示了人类和老鼠肠道器官中保守的内分泌谱系 | NA | 探索ISX-9对肠内分泌细胞分化的影响 | 肠内分泌细胞的分化过程 | NA | NA | 实时定量聚合酶链反应(RT-qPCR),荧光激活细胞分选,免疫染色和单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA |
72 | 2024-08-09 |
Tumor Copy Number Deconvolution Integrating Bulk and Single-Cell Sequencing Data
2020-04, Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology
IF:1.4Q2
DOI:10.1089/cmb.2019.0302
PMID:32181683
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研究论文 | 本文开发了一种结合大量和单细胞测序数据进行肿瘤拷贝数反卷积的策略 | 提出了一个混合成员模型,通过非负矩阵分解进行克隆反卷积,并结合高效的坐标下降算法,以及通过混合整数线性规划模型整合反卷积与克隆系统发育推断 | 单细胞测序技术存在高噪声、难以扩展到大群体、技术伪影和大数据集等限制 | 旨在通过结合大量和单细胞测序数据,提高肿瘤内异质性分析的准确性 | 肿瘤内异质性 | 数字病理学 | NA | 单细胞测序, 大量DNA测序 | 混合成员模型, 非负矩阵分解, 混合整数线性规划模型 | 基因组拷贝数数据 | 使用半模拟数据进行验证 |
73 | 2024-08-09 |
CellPhoneDB: inferring cell-cell communication from combined expression of multi-subunit ligand-receptor complexes
2020-04, Nature protocols
IF:13.1Q1
DOI:10.1038/s41596-020-0292-x
PMID:32103204
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研究论文 | 本文介绍了一个名为CellPhoneDB的新型数据库,该数据库用于推断由多亚基配体-受体复合物介导的细胞间通信 | CellPhoneDB数据库考虑了配体和受体的亚基结构,能够准确表示异源复合物,并集成了统计框架,用于从单细胞转录组数据中预测细胞间的富集交互作用 | NA | 开发和优化用于推断细胞间通信的数据库和统计框架 | 细胞间通信的配体-受体复合物及其交互作用 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 统计框架 | 转录组数据 | 约10,000个细胞,19种细胞类型 |
74 | 2024-08-09 |
Single-Cell Transcriptomes Reveal Diverse Regulatory Strategies for Olfactory Receptor Expression and Axon Targeting
2020-04-06, Current biology : CB
IF:8.1Q1
DOI:10.1016/j.cub.2020.01.049
PMID:32059767
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术,研究了果蝇嗅觉受体神经元(ORNs)的转录调控机制,揭示了不同ORN类型在嗅觉受体表达和轴突导向中的多样性调控策略 | 首次通过单细胞RNA测序技术,识别了33个ORNs的转录组集群,并将其与解剖学和生理学定义的ORN类型相对应,揭示了ORNs在生理和连接性协调中的复杂调控网络 | NA | 探究神经元如何协调其生理功能和连接性的调控机制 | 果蝇嗅觉受体神经元(ORNs) | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | 33个转录组集群的ORNs |
75 | 2024-08-09 |
Extensive Clonal Branching Shapes the Evolutionary History of High-Risk Pediatric Cancers
2020-04-01, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-19-3468
PMID:32041836
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研究论文 | 本文通过全基因组拷贝数和全外显子突变分析,重建了56个儿童原发性肿瘤的进化历史,揭示了高风险儿童癌症中广泛克隆分支的进化模式。 | 首次详细探讨了儿童癌症中肿瘤细胞的达尔文进化,特别是通过单细胞测序证实了分支进化的普遍性,并比较了高风险与临床有利肿瘤的遗传多样性。 | 研究主要集中在特定类型的儿童癌症,可能无法完全代表所有儿童癌症的进化模式。 | 探讨儿童癌症中肿瘤细胞的进化历史和遗传变异模式。 | 56个儿童原发性肿瘤,包括神经母细胞瘤、肾母细胞瘤和横纹肌肉瘤。 | 数字病理学 | 儿童癌症 | 全基因组拷贝数分析、全外显子突变分析、单细胞测序 | NA | 基因组数据 | 56个肿瘤样本,547个单个癌细胞 |
76 | 2024-08-09 |
Comparative single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) reveals liver metastasis-specific targets in a patient with small intestinal neuroendocrine cancer
2020-04, Cold Spring Harbor molecular case studies
IF:1.8Q3
DOI:10.1101/mcs.a004978
PMID:32054662
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研究论文 | 通过比较单细胞RNA测序(scRNA-seq)分析小肠神经内分泌肿瘤原发灶与匹配的肝转移灶,探讨其对患者转移性疾病治疗的指导作用 | 首次通过比较单细胞RNA测序揭示了小肠神经内分泌肿瘤肝转移灶的特定靶点,并展示了其在指导转移性疾病治疗中的潜在价值 | 在特定病例中,比较单细胞RNA测序并未改变治疗方案,且患者疾病进展涉及未被特征化的非肝转移灶 | 探讨比较单细胞RNA测序在指导小肠神经内分泌肿瘤患者转移性疾病治疗中的应用 | 小肠神经内分泌肿瘤的原发灶与肝转移灶 | 数字病理学 | 小肠神经内分泌肿瘤 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | RNA表达数据 | 一个患者的原发小肠神经内分泌肿瘤及匹配的肝转移灶 |
77 | 2024-08-09 |
Cancer-associated fibroblasts that restrain cancer progression: Hypotheses and perspectives
2020-Apr, Cancer science
IF:4.5Q1
DOI:10.1111/cas.14346
PMID:32060987
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综述 | 本文综述了癌症相关成纤维细胞(CAF)在癌症进展中的作用,特别是最近发现的具有抑制癌症作用的CAF(rCAF),并探讨了其与抑制纤维化疾病的成纤维细胞的相似性及其在开发新型抗癌疗法中的潜在应用 | 最近的研究揭示了特定亚群的CAF具有抑制癌症的作用,表明CAF在功能和分子水平上具有异质性 | 使用体外培养细胞进行实验可能导致转录和表观遗传变化,从而影响实验结果的解释 | 探讨CAF在癌症进展中的作用,特别是具有抑制癌症作用的CAF(rCAF),并讨论其在开发新型抗癌疗法中的应用 | 癌症相关成纤维细胞(CAF)及其在癌症进展中的作用 | NA | NA | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | NA |
78 | 2024-08-09 |
γδ T-cell Receptors Derived from Breast Cancer-Infiltrating T Lymphocytes Mediate Antitumor Reactivity
2020-04, Cancer immunology research
IF:8.1Q1
DOI:10.1158/2326-6066.CIR-19-0513
PMID:32019779
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研究论文 | 本文通过分子和功能分析,研究了直接接触乳腺癌肿瘤细胞的肿瘤浸润性γδ T淋巴细胞(γδ TIL)的T细胞受体(TCR),发现γδ TILs可以通过其独特的γδ TCR配对介导肿瘤反应性,并可能成为工程化免疫细胞用于过继细胞疗法的有价值工具。 | 本文通过单细胞测序重建匹配的Vδ2 TCRγ和TCRδ对,发现γδ TILs对乳腺癌和其他肿瘤类型具有活性,且这种反应性模式依赖于TCRγ和TCRδ链,而不依赖于通过其他先天免疫受体的额外共刺激。 | NA | 研究肿瘤浸润性γδ T淋巴细胞的T细胞受体在乳腺癌中的分子和功能特性及其抗肿瘤反应性。 | 肿瘤浸润性γδ T淋巴细胞及其T细胞受体在乳腺癌中的作用。 | 免疫学 | 乳腺癌 | 单细胞测序 | NA | 分子数据 | 来自乳腺癌病变组织的档案材料中的肿瘤浸润性γδ T淋巴细胞 |
79 | 2024-08-09 |
Reconstructed Single-Cell Fate Trajectories Define Lineage Plasticity Windows during Differentiation of Human PSC-Derived Distal Lung Progenitors
2020-04-02, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2019.12.009
PMID:32004478
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研究论文 | 本文通过体外培养人多能干细胞(PSCs)并使用时间序列单细胞RNA测序技术,研究了肺远端祖细胞分化为肺泡上皮2型细胞(AEC2s)的过程 | 开发了一种连续状态隐马尔可夫模型来识别诱导早期多能NKX2-1祖细胞失去肺命运的信号时间点和类型 | NA | 研究人多能干细胞衍生的肺远端祖细胞在分化过程中的细胞命运轨迹和分化窗口 | 肺泡上皮2型细胞(AEC2s)和人多能干细胞(PSCs)衍生的肺远端祖细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | 隐马尔可夫模型 | RNA序列 | NA |
80 | 2024-08-09 |
Cellular and molecular basis of liver regeneration
2020-04, Seminars in cell & developmental biology
IF:6.2Q1
DOI:10.1016/j.semcdb.2019.12.004
PMID:31980376
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综述 | 本文综述了肝脏再生的细胞和分子基础的最新进展 | 结合谱系追踪和全基因组研究,使用单细胞RNA测序技术,深入理解肝脏再生的细胞和分子生物学机制 | 讨论了围绕肝脏再生的一些矛盾证据和争议 | 回顾肝脏再生协调的一般原则,并探讨相关的机制和信号 | 肝脏细胞及其在再生过程中的变化 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因组、转录组和蛋白质组数据 | NA |