单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2024-08-09	Single-cell multiomic analysis of in vivo and in vitro matured human oocytes 2020-04-28, Human reproduction (Oxford, England) DOI:10.1093/humrep/deaa044 PMID:32325493	研究论文	本研究通过单细胞多组学测序分析，比较了体内成熟和体外成熟的人类卵母细胞在分子水平上的差异	首次比较了体内外成熟卵母细胞的全局CpG和非CpG甲基化差异，并结合转录组和染色体倍性进行了综合分析	由于收集MII卵母细胞，尤其是体内成熟的卵母细胞较为困难，样本量有限	探讨体内成熟和体外成熟的MII卵母细胞在分子水平上的差异	体内成熟和体外成熟的MII卵母细胞	NA	NA	单细胞多组学测序（scTrioseq）	NA	转录组、DNA甲基化和染色体倍性数据	8个体内成熟卵母细胞和7个体外成熟卵母细胞
42	2024-08-09	Chromatin accessibility dynamics and single cell RNA-Seq reveal new regulators of regeneration in neural progenitors 2020-04-27, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.52648 PMID:32338593	研究论文	本研究通过结合染色质可及性数据与单细胞转录组学，分析了脊髓神经前体细胞（NPCs）在再生过程中的基因调控程序	本研究首次识别了Pbx3和Meis1作为尾巴再生和轴突组织的关键调控因子，并提出了一个新的细胞命运决定及其调控模型	NA	旨在更好地理解脊髓神经前体细胞如何实现再生程序	脊髓神经前体细胞（NPCs）在再生过程中的基因调控程序	数字病理学	NA	单细胞RNA-Seq	NA	染色质可及性数据	从再生尾巴中分离出的表达NPCs
43	2024-08-09	Effective microtissue RNA extraction coupled with Smart-seq2 for reproducible and robust spatial transcriptome analysis 2020-04-27, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-020-63495-6 PMID:32341421	研究论文	本文开发了一种组织处理方法，通过脱水固定和磁珠收集技术，从组织显微切割样本中获得稳健且可重复的RNA-seq数据	该方法通过脱水固定抑制了新鲜冷冻组织样本中的RNA降解，并使用磁珠有效收集了微切割样本中的少量RNA分子	NA	为了在空间转录组学中获得可重复的结果，需要在整个图像获取和生物分子收集过程中保持组织形态和RNA分子的稳定性	小鼠肝脏和大脑的连续显微切割样本	空间转录组学	NA	Smart-seq2	NA	RNA	直径100 μm，厚度10 μm的显微切割样本
44	2024-08-09	GiniClust3: a fast and memory-efficient tool for rare cell type identification 2020-Apr-25, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-020-3482-1 PMID:32334526	研究论文	本文介绍了一种名为GiniClust3的快速且内存高效的工具，用于识别稀有细胞类型。	GiniClust3是GiniClust2的扩展版本，显著提高了处理速度和内存效率。	NA	开发一种能够有效处理大型数据集的工具，以识别稀有细胞类型。	稀有细胞类型的识别。	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	超过一百万个细胞的数据集
45	2024-08-09	Induced Pluripotent Stem Cell (iPSC)-Based Neurodegenerative Disease Models for Phenotype Recapitulation and Drug Screening 2020-Apr-24, Molecules (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/molecules25082000 PMID:32344649	综述	本文综述了基于诱导多能干细胞（iPSC）的神经退行性疾病模型在药物筛选中的应用及其未来发展方向	利用iPSC技术生成患者特异性神经细胞，克服了动物模型中物种特异性的问题，并结合器官芯片技术、单细胞RNA测序、基因编辑和深度学习人工智能等新技术	如何有效再现偶发性疾病表型以及选择理想表型进行大规模药物筛选仍面临挑战	探讨iPSC技术在神经退行性疾病药物筛选中的应用及未来发展	神经退行性疾病，包括阿尔茨海默病（AD）、肌萎缩侧索硬化症（ALS）、脊髓小脑共济失调（SCA）和寨卡病毒感染	干细胞研究	神经退行性疾病	诱导多能干细胞（iPSC）	NA	细胞	个体患者特异性神经细胞
46	2024-08-09	Single-cell transcriptomes of the human skin reveal age-related loss of fibroblast priming 2020-04-23, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-020-0922-4 PMID:32327715	research paper	本文利用单细胞RNA测序技术分析了超过5,000个来自健康人类捐献者防晒区域的成纤维细胞的转录组，揭示了成纤维细胞的异质性及其与年龄相关的变化。	首次系统性地分析了成纤维细胞的异质性，并发现了成纤维细胞的‘激活’状态随年龄减少的现象。	NA	研究人类皮肤成纤维细胞的功能特化及其与年龄相关的变化。	人类皮肤成纤维细胞及其与年龄相关的功能变化。	digital pathology	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	超过5,000个成纤维细胞
47	2024-08-09	Gene-edited human stem cell-derived β cells from a patient with monogenic diabetes reverse preexisting diabetes in mice 2020-04-22, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.aax9106 PMID:32321868	研究论文	本研究使用CRISPR-Cas9技术修正了来自Wolfram综合征患者的iPSCs中的糖尿病致病突变，并通过六阶段分化策略将其分化为β细胞，这些修正后的β细胞在体外显示出强大的胰岛素分泌能力，并在移植到糖尿病小鼠模型后逆转了糖尿病	首次展示了通过CRISPR-Cas9技术修正糖尿病致病基因突变后，iPSCs分化出的β细胞能够有效逆转小鼠模型中的糖尿病	NA	探索通过基因编辑技术改善来自糖尿病患者的iPSCs分化出的β细胞的功能，以用于糖尿病细胞替代疗法	来自Wolfram综合征患者的iPSCs及其分化出的β细胞	细胞生物学	糖尿病	CRISPR-Cas9	NA	单细胞转录组	来自一名Wolfram综合征患者的iPSCs
48	2024-08-09	Lgr5+ telocytes are a signaling source at the intestinal villus tip 2020-04-22, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-020-15714-x PMID:32321913	研究论文	本文通过结合激光捕获显微切割和单细胞RNA测序技术，揭示了沿着隐窝-绒毛轴的间质细胞的空间分区，特别是表达Lgr5的绒毛尖端间质细胞（VTTs）在调节上皮细胞空间表达程序中的作用	首次发现并描述了表达Lgr5的绒毛尖端间质细胞（VTTs），这些细胞通过Bmp形态发生素和非经典Wnt5a配体进行信号传导，对上皮细胞的空间表达程序有调节作用	NA	揭示肠道上皮细胞空间变异性的机制	肠道上皮细胞和间质细胞	NA	NA	激光捕获显微切割和单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
49	2024-08-09	Transcriptomics in Toxicogenomics, Part I: Experimental Design, Technologies, Publicly Available Data, and Regulatory Aspects 2020-Apr-15, Nanomaterials (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/nano10040750 PMID:32326418	综述	本文综述了毒理基因组学中转录组学的实验设计、技术、公开数据和监管方面的最新进展	介绍了DNA微阵列、RNA测序（RNA-Seq）和单细胞RNA测序（scRNA-Seq）数据的设计和分析方法，并强调了TGx数据在理解和预测化学毒性潜力中的应用	目前数据生成和分析缺乏标准化，阻碍了毒理基因组学证据在风险评估中的全面应用	探讨如何将毒理基因组学纳入监管决策，以促进风险评估的替代方法，并支持3R（减少、优化和替代）概念	转录组学在毒理基因组学中的应用，包括实验设计、数据生成和共享	NA	NA	RNA测序（RNA-Seq）、单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	基因表达数据	NA
50	2024-08-09	AntimiR-21 Prevents Myocardial Dysfunction in a Pig Model of Ischemia/Reperfusion Injury 2020-04-21, Journal of the American College of Cardiology IF:21.7Q1 DOI:10.1016/j.jacc.2020.02.041 PMID:32299591	研究论文	本研究测试了在猪心衰模型中通过局部导管输送antimiR-21的可行性和治疗效果，并评估其对心脏转录组特征和细胞组成的影响。	首次在大动物心衰模型中证明了miR-21抑制的可行性和治疗效果。	NA	测试在猪心衰模型中局部导管输送antimiR-21的可行性和治疗效果，并确定其对心脏转录组特征和细胞组成的影响。	猪心衰模型中的心脏功能和细胞组成。	数字病理学	心血管疾病	深度核糖核酸测序（RNA-seq）	NA	RNA-seq数据	实验涉及的猪样本数量未在摘要中明确提及。
51	2024-08-09	Impacts of ciliary neurotrophic factor on the retinal transcriptome in a mouse model of photoreceptor degeneration 2020-04-20, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-020-63519-1 PMID:32313077	研究论文	研究了睫状神经营养因子（CNTF）对视网膜转录组的影响，使用Rds/Prph2 (P216L)转基因小鼠模型进行高吞吐量RNA测序分析	揭示了CNTF在退化视网膜中的分子事件，并通过单细胞RNA测序数据识别了CNTF响应的细胞类型	NA	解析CNTF触发的分子事件在退化视网膜中的作用	CNTF对视网膜转录组的影响	数字病理学	视网膜退化	RNA测序	NA	转录组数据	使用Rds/Prph2 (P216L)转基因小鼠作为临床前模型
52	2024-08-09	Dysfunction of Hair Follicle Mesenchymal Progenitors Contributes to Age-Associated Hair Loss 2020-04-20, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2020.03.019 PMID:32315612	研究论文	本文研究了皮肤老化过程中毛囊间充质前体细胞功能障碍对年龄相关性脱发的影响	通过激光消融和命运图谱技术，展示了毛囊真皮干细胞（hfDSCs）重建受损的真皮乳头并维持头发生长的能力，揭示了hfDSCs功能障碍可能触发诱导微环境的退化	NA	探讨毛囊间充质前体细胞在年龄相关性脱发中的作用	毛囊真皮干细胞（hfDSCs）及其在皮肤老化中的功能	NA	脱发	激光消融、命运图谱、单细胞RNA测序	NA	细胞	跨越24个月的hfDSCs样本，以及老年hfDSCs的体内克隆分析
53	2024-08-09	Single-Cell Analyses Inform Mechanisms of Myeloid-Targeted Therapies in Colon Cancer 2020-04-16, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2020.03.048 PMID:32302573	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析结直肠癌患者的免疫和间质细胞，揭示了髓系靶向治疗在结直肠癌中的作用机制	首次详细分析了髓系细胞在肿瘤微环境中的相互作用及其对髓系靶向免疫治疗的响应	NA	探讨髓系靶向治疗在结直肠癌中的作用机制	结直肠癌患者的免疫和间质细胞	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	人类和鼠类肿瘤样本
54	2024-08-09	Automation of Spatial Transcriptomics library preparation to enable rapid and robust insights into spatial organization of tissues 2020-Apr-15, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-020-6631-z PMID:32293264	研究论文	本文介绍了一种自动化空间转录组学文库制备方法，通过集成Agilent Bravo自动化液体处理平台，提高了样本处理数量，减少了制备时间，并减少了批次效应。	本文采用Agilent Bravo自动化液体处理平台，相较于之前的Magnatrix 8000+自动化协议，提高了样本处理效率，减少了制备时间，并显著降低了技术变异性。	NA	开发一种快速且稳健的空间转录组学文库制备方法，以促进对组织空间结构的研究。	空间转录组学文库制备过程的自动化	NA	NA	空间转录组学	NA	转录组数据	NA
55	2024-08-09	Single-cell transcriptomics identifies an effectorness gradient shaping the response of CD4+ T cells to cytokines 2020-04-14, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-020-15543-y PMID:32286271	研究论文	本文通过定量蛋白质组学、批量RNA测序和单细胞RNA测序研究了超过40,000个人类幼稚和记忆CD4 T细胞对细胞因子的反应	首次揭示了记忆T细胞对细胞因子的反应特性，并展示了T细胞从幼稚到中心记忆和效应记忆细胞的转录连续体	NA	研究CD4 T细胞对细胞因子的反应及其在炎症中的作用	人类幼稚和记忆CD4 T细胞	免疫学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	超过40,000个人类幼稚和记忆CD4 T细胞
56	2024-08-09	Publisher Correction: An optimized workflow for single-cell transcriptomics and repertoire profiling of purified lymphocytes from clinical samples 2020-Apr-14, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-020-62066-z PMID:32286331	correction	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
57	2024-08-09	Repurposing Didanosine as a Potential Treatment for COVID-19 Using Single-Cell RNA Sequencing Data 2020-Apr-14, mSystems IF:5.0Q1 DOI:10.1128/mSystems.00297-20 PMID:32291351	研究论文	本文开发了一种生物信息学管道，利用公开的单细胞RNA测序数据和药物扰动数据库LINCS，识别可重新用于治疗COVID-19的药物	开发了一种基于单细胞RNA测序数据和LINCS数据库的生物信息学管道，用于识别和优先排序可重新用于治疗COVID-19的药物	NA	识别和评估可重新用于治疗COVID-19的药物	COVID-19治疗药物	生物信息学	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
58	2024-08-09	Stromal Cells Covering Omental Fat-Associated Lymphoid Clusters Trigger Formation of Neutrophil Aggregates to Capture Peritoneal Contaminants 2020-04-14, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2020.03.011 PMID:32294409	research paper	本文研究了在腹膜炎期间腹膜污染物被捕获的机制	首次揭示了CXCL1间皮细胞覆盖在脂肪相关淋巴聚集体（FALCs）表面，并通过招募和聚集中性粒细胞来捕获腹膜污染物的作用	NA	探究腹膜炎期间腹膜污染物被捕获的机制	腹膜、脂肪相关淋巴聚集体（FALCs）、中性粒细胞	NA	acute appendicitis	single-cell RNA sequencing, spatial analysis	NA	RNA sequencing data	来自急性阑尾炎患者的腹膜样本
59	2024-08-09	Advancing Cancer Research and Medicine with Single-Cell Genomics 2020-04-13, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2020.03.008 PMID:32289270	综述	本文综述了单细胞测序技术在癌症研究中的应用及其对肿瘤异质性、肿瘤微环境、转移和治疗抵抗等方面的影响	单细胞测序技术的发展和完善降低了成本，提高了细胞通量和重复性，为临床应用铺平了道路	在实现转化应用之前，需要克服一系列物流和技术挑战	探讨单细胞测序技术在癌症研究和未来临床应用中的潜力	癌症研究中的肿瘤异质性、肿瘤微环境、转移和治疗抵抗等	数字病理学	癌症	单细胞测序（SCS）	NA	细胞	NA
60	2024-08-09	Deconstructing cerebellar development cell by cell 2020-04, PLoS genetics IF:4.0Q1 DOI:10.1371/journal.pgen.1008630 PMID:32298260	综述	本文综述了小脑发育的细胞机制，特别是通过单细胞测序技术揭示神经前体细胞发育轨迹的最新发现	采用单细胞测序技术，以前所未有的分辨率阐明神经前体细胞的发育轨迹，并挑战了关于产后细胞身份稳定性的假设	目前的研究主要集中在细胞群的批量分析，这模糊了谱系关系并掩盖了支撑小脑细胞分类的细胞间基因表达差异	深入理解小脑中表型不同的细胞类型是如何从最初同质的细胞群中以空间和时间上协调的方式出现的	小脑的发育机制及其细胞多样性的生成	神经科学	NA	单细胞测序	NA	基因表达数据	涉及小鼠和人类的研究