单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 92 篇文献，本页显示第 21 - 40 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 21 | 2024-08-07 |
SCGid: a consensus approach to contig filtering and genome prediction from single-cell sequencing libraries of uncultured eukaryotes
2020-04-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btz866
PMID:31764940
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研究论文 | 本文介绍了一种名为SCGid的共识方法，用于从未培养的真核生物的单细胞测序文库中过滤序列并预测基因组 | SCGid软件包通过并行使用不同的过滤方法，从三个中间草图中提取共识，提高了基因组预测的准确性和一致性 | 文章未明确提及具体限制 | 解决从单细胞基因组测序数据中过滤污染和解析真核生物草稿基因组的难题 | 未培养的真核生物的单细胞基因组测序数据 | 基因组学 | NA | 单细胞基因组学（SCG） | NA | 基因组数据 | 文章未提及具体样本数量 |
| 22 | 2024-08-07 |
Targeting the cytoskeleton to direct pancreatic differentiation of human pluripotent stem cells
2020-04, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-020-0430-6
PMID:32094658
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研究论文 | 本研究探讨了肌动蛋白细胞骨架状态与胰腺转录因子表达之间的关系，并开发了一种二维分化协议，用于生成具有改善体外和体内功能的人多能干细胞衍生的β细胞。 | 通过使用latrunculin A来解聚细胞骨架，开发了一种新的二维分化协议，用于生成功能改善的人多能干细胞衍生的β细胞。 | NA | 探索细胞骨架状态与胰腺分化之间的关系，并开发新的细胞替代疗法用于糖尿病治疗。 | 人多能干细胞及其衍生的胰腺β细胞。 | 细胞生物学 | 糖尿病 | RNA测序 | NA | RNA | 四个人多能干细胞系 |
| 23 | 2024-08-07 |
Time course regulatory analysis based on paired expression and chromatin accessibility data
2020-04, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.257063.119
PMID:32188700
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研究论文 | 本文提出了一种基于时间序列配对基因表达和染色质可及性数据分析基因调控网络的方法TimeReg | TimeReg方法能够优先考虑调控元件，提取每个时间点的核心调控模块，识别推动细胞状态变化的关键调控因子，并在不同时间点之间建立模块的因果联系 | NA | 研究细胞过程如分化或对刺激反应的时间序列实验 | 基因调控网络 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据，染色质可及性数据 | 57,048个新发现的调控元件 |
| 24 | 2024-08-07 |
DNA methylation disruption reshapes the hematopoietic differentiation landscape
2020-04, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-020-0595-4
PMID:32203468
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研究论文 | 本文通过单细胞测序技术研究了DNA甲基化相关基因突变对造血分化景观的影响 | 首次揭示了DNA甲基化变化通过CpG富集偏倚影响转录因子结合位点，从而导致造血分化偏倚的机制 | NA | 探讨DNA甲基化变化如何影响造血分化景观 | 小鼠造血干细胞和前体细胞以及人类克隆造血骨髓前体细胞 | NA | 血液恶性肿瘤 | 单细胞测序 | NA | 转录组 | NA |
| 25 | 2024-08-07 |
CD4+ teff cell heterogeneity: the perspective from single-cell transcriptomics
2020-04, Current opinion in immunology
IF:6.6Q1
DOI:10.1016/j.coi.2020.02.004
PMID:32259715
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综述 | 本文综述了单细胞转录组学在各种挑战性环境中对传统CD4 αβ T细胞的研究，旨在解析先前定义的CD4 T细胞类型、谱系和宇宙学的复杂性和代表性 | 单细胞转录组学技术揭示了CD4 T细胞类型的复杂性，超越了传统低维度标记组合的定义 | 单细胞转录组学数据的高维度带来了定义细胞亚群的困难和陷阱 | 探讨单细胞转录组学在解析CD4 T细胞异质性中的应用 | CD4 αβ T细胞在感染、肿瘤、过敏等环境中的表现 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞转录组学（scRNAseq） | NA | 转录组数据 | NA |
| 26 | 2024-08-07 |
Scedar: A scalable Python package for single-cell RNA-seq exploratory data analysis
2020-04, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1007794
PMID:32339163
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research paper | 本文介绍了一个名为scedar的可扩展Python包，用于单细胞RNA测序（scRNA-seq）探索性数据分析 | scedar包提供了一个方便可靠的接口，用于在大规模scRNA-seq数据集上进行可视化、基因丢失插补、罕见转录组轮廓检测和聚类，且不假设数据遵循特定统计分布 | NA | 降低scRNA-seq数据分析的复杂性 | 单细胞RNA测序数据 | digital pathology | NA | scRNA-seq | NA | scRNA-seq数据 | 大规模scRNA-seq数据集 |
| 27 | 2024-08-07 |
A single-cell atlas of adult Drosophila ovary identifies transcriptional programs and somatic cell lineage regulating oogenesis
2020-04, PLoS biology
IF:7.8Q1
DOI:10.1371/journal.pbio.3000538
PMID:32339165
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序技术构建了成年果蝇卵巢及其相连组织的转录组数据集，并分析了整个卵泡细胞群从干细胞到排卵过渡期的转录轨迹 | 首次揭示了卵泡细胞在发育过程中的转录轨迹，并发现了多种细胞类型和阶段特异性的标记物，以及免疫相关基因在不同细胞类型中的表达相似性 | NA | 研究果蝇卵巢中卵泡细胞的转录调控机制及其在卵子发生过程中的作用 | 成年果蝇卵巢及其相连组织的细胞类型和转录组 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 成年果蝇卵巢及其相连组织的多个细胞类型 |
| 28 | 2024-08-07 |
IL-2 enhances ex vivo-expanded regulatory T-cell persistence after adoptive transfer
2020-04-28, Blood advances
IF:7.4Q1
DOI:10.1182/bloodadvances.2019001248
PMID:32311015
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研究论文 | 本研究探讨了白细胞介素-2（IL-2）与雷帕霉素联合使用对体外扩增的调节性T细胞（Treg）在非人类灵长类动物模型中持久性的影响 | 研究发现IL-2与雷帕霉素联合使用能显著增加体外扩增Treg的半衰期，有效双倍增加外周血Treg细胞数量 | 研究仅在非人类灵长类动物模型中进行，尚未在人体中验证 | 探讨免疫调节剂与Treg细胞的最佳配对，以实现Treg细胞的持久性和抑制功能的稳定 | 体外扩增的Treg细胞及其在体内的持久性和功能稳定性 | 免疫学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 使用非人类灵长类动物模型进行研究 |
| 29 | 2024-08-07 |
Single Cell Sequencing and Kidney Organoids Generated from Pluripotent Stem Cells
2020-04-07, Clinical journal of the American Society of Nephrology : CJASN
IF:8.5Q1
DOI:10.2215/CJN.07470619
PMID:31992574
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）与从多能干细胞生成的肾脏类器官结合使用的进展和未来应用 | 结合scRNA-seq和肾脏类器官技术，以更好地理解肾脏发育和疾病，并预测未来应用 | NA | 探讨scRNA-seq在类器官领域的应用及未来发展 | 单细胞RNA测序技术和肾脏类器官 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | NA |
| 30 | 2024-08-07 |
TooManyCells identifies and visualizes relationships of single-cell clades
2020-04, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-020-0748-5
PMID:32123397
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研究论文 | 本文介绍了TooManyCells，一套基于图的算法，用于高效且无偏地识别和可视化单细胞类群 | TooManyCells引入了一种与降维方法正交的可视化模型，并配备了不同于流行单分辨率聚类方法的高效无矩阵分裂层次谱聚类 | NA | 开发一种新的算法工具，用于更好地识别和可视化单细胞转录组数据中的细胞多样性 | 单细胞转录组数据中的细胞类群 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞转录组学 | 图算法 | 转录组数据 | 使用现有单细胞转录组数据集和新数据模型，研究白血病T细胞中的药物抗性获取 |
| 31 | 2024-08-07 |
Astrocyte layers in the mammalian cerebral cortex revealed by a single-cell in situ transcriptomic map
2020-04, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-020-0602-1
PMID:32203496
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研究论文 | 本研究开发了一种高含量的大面积空间转录组（LaST）图谱，用于在原位定量单细胞基因表达，揭示了哺乳动物大脑皮层中星形胶质细胞的分层模式 | 首次通过单细胞原位转录组图谱揭示了星形胶质细胞在大脑皮层中的分层模式，并证实这些模式在成年鼠和人类皮层中持续存在 | 研究主要集中在小鼠和人类皮层，其他物种的星形胶质细胞分层模式尚未探讨 | 探究大脑皮层中星形胶质细胞是否具有特定的分层结构 | 大脑皮层中的星形胶质细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序，空间重建分析 | NA | 基因表达数据 | 小鼠和人类的大脑皮层样本 |
| 32 | 2024-08-07 |
A Targeted Multi-omic Analysis Approach Measures Protein Expression and Low-Abundance Transcripts on the Single-Cell Level
2020-04-07, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2020.03.063
PMID:32268080
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research paper | 本文介绍了一种靶向多组学分析方法，能够在单细胞水平上同时测量超过400个基因的表达和超过40种蛋白质的表达 | 本文开发了一种靶向多组学分析方法，相较于全转录组方法，该方法所需的测序读取深度仅为十分之一，同时保持了对低丰度转录本的高灵敏度 | 目前仍缺乏分析和可视化结合转录本与蛋白质数据集的工具 | 旨在开发一种能够在单细胞水平上同时测量基因和蛋白质表达的靶向多组学分析方法 | 研究对象包括超过400个基因和超过40种蛋白质的表达 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 一维非线性随机嵌入（One-SENSE） | 基因和蛋白质表达数据 | 2 × 10个细胞 |
| 33 | 2024-08-07 |
Clonal ZEB1-Driven Mesenchymal Transition Promotes Targetable Oncologic Antiangiogenic Therapy Resistance
2020-04-01, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-19-1305
PMID:32041837
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研究论文 | 本文研究了胶质母细胞瘤（GBM）对贝伐单抗的耐药性，并探讨了通过靶向ZEB1来逆转耐药性的可能性。 | 首次揭示了ZEB1在贝伐单抗耐药性中的作用，并通过CRISPR和药物靶向ZEB1逆转了耐药性。 | NA | 识别可以延长治疗窗口的调控因子，并发现治疗窗口关闭的生物标志物。 | 贝伐单抗耐药的胶质母细胞瘤患者样本和异种移植模型。 | 数字病理学 | 脑癌 | 单细胞测序, 微阵列分析, 代谢组学 | NA | 基因表达数据, 代谢数据 | 贝伐单抗耐药的胶质母细胞瘤患者样本和异种移植模型 |
| 34 | 2024-08-07 |
Single-cell analysis of a mutant library generated using CRISPR-guided deaminase in human melanoma cells
2020-Apr-02, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-020-0888-2
PMID:32242071
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研究论文 | 本文开发了一种结合CRISPR RNA引导的脱氨酶和单细胞RNA测序技术的新平台，用于在多个基因中引入突变并评估突变相关信号 | 本文首次将CRISPR RNA引导的脱氨酶与单细胞RNA测序技术结合，用于评估替代突变 | 目前该平台仅在人黑色素瘤细胞系中进行了测试，尚未应用于其他细胞类型或疾病 | 开发一种新的平台，用于在多个基因中引入突变并评估突变相关信号 | 人黑色素瘤细胞系 | 基因编辑 | 黑色素瘤 | CRISPR-guided deaminase, scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | 420个sgRNAs |
| 35 | 2024-08-07 |
Tissue substructure-specific deposition of the β3-containing laminin-332 in the biliary epithelium of human and mouse livers
2020-04-02, Biochemical and biophysical research communications
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.bbrc.2020.01.104
PMID:32008745
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研究论文 | 本文通过分析公开的单细胞RNA测序数据库，揭示了人肝细胞中层粘连蛋白基因的表达情况，特别是层粘连蛋白-332亚基在胆道上皮细胞中的共表达情况，并探讨了其在肝脏中的功能和潜在的病理生理作用。 | 首次揭示了层粘连蛋白-332亚基在胆道上皮细胞中的异质性表达，并证实了其在小鼠肝脏中的异质性表达与胆道上皮细胞的形态学亚结构有关。 | 研究主要基于公共数据库的分析，缺乏直接的实验验证，且仅探讨了生理条件下的功能，未涉及病理条件下的作用。 | 探讨层粘连蛋白-332亚基在胆道上皮细胞中的表达及其在肝脏中的功能和潜在的病理生理作用。 | 人肝细胞和胆道上皮细胞中的层粘连蛋白-332亚基表达情况。 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 36 | 2024-08-09 |
A single-cell atlas of the peripheral immune response to severe COVID-19
2020-Apr-23, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2020.04.17.20069930
PMID:32511639
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了7名确诊COVID-19患者和6名健康对照者的外周血单个核细胞，揭示了COVID-19患者外周免疫细胞表型的显著重构 | 首次详细描绘了严重COVID-19患者外周免疫反应的细胞图谱，包括异质性干扰素刺激基因签名、HLA II类下调及新型B细胞衍生粒细胞的出现 | NA | 深入理解COVID-19的病理生理机制 | COVID-19患者的外周血单个核细胞 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞数据 | 7名COVID-19患者和6名健康对照者 |
| 37 | 2024-08-09 |
Single-cell RNA sequencing identifies novel cell types in Drosophila blood
2020-04-20, Journal of genetics and genomics = Yi chuan xue bao
DOI:10.1016/j.jgg.2020.02.004
PMID:32487456
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术在果蝇血液中发现了两种新型细胞类型：thanacytes和primocytes，并揭示了果蝇血液系统的复杂性 | 首次在果蝇血液中发现两种新型细胞类型thanacytes和primocytes，并识别出四种新的浆细胞亚型，扩展了果蝇作为人类血液系统模型在发育和疾病中的应用 | NA | 深入理解果蝇血液系统的复杂性，并探索其在人类血液系统模型中的应用 | 果蝇的循环血液细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达谱 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 38 | 2024-08-09 |
Highly parallel and efficient single cell mRNA sequencing with paired picoliter chambers
2020-04-30, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-15765-0
PMID:32355211
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research paper | 本文介绍了一种名为Paired-seq的单细胞mRNA测序平台，具有高细胞/珠利用效率、无细胞RNA去除能力、高基因检测能力和低成本的特点 | 利用差流阻力原理实现单细胞/条形码珠配对，结合阀门和泵实现无细胞RNA的完全去除，提高了mRNA检测的准确性和灵敏度 | NA | 开发一种高效、低成本的单细胞mRNA测序技术 | 单细胞mRNA测序技术及其在细胞生物学、发育生物学和精准医学中的应用 | digital pathology | NA | scRNA-seq | NA | text | 涉及mES细胞和药物处理细胞的单细胞表达谱 |
| 39 | 2024-08-09 |
Single-cell transcriptional networks in differentiating preadipocytes suggest drivers associated with tissue heterogeneity
2020-04-30, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-16019-9
PMID:32355218
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，结合独特的网络方法和数据整合技术，预测了分化细胞的代谢表型，并识别了与脂肪细胞异质性相关的锌指蛋白网络 | 本研究首次识别了与脂肪细胞分化相关的锌指蛋白网络，并揭示了白色脂肪细胞的异质性及其与正常代谢和疾病的关系 | NA | 深入理解白色脂肪细胞的异质性及其与正常代谢和疾病的关系 | 人类前脂肪细胞在体外脂肪生成过程中的单细胞RNA测序 | 数字病理学 | 代谢疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 至少两种不同类型的皮下白色脂肪细胞 |
| 40 | 2024-08-09 |
SpatialCPie: an R/Bioconductor package for spatial transcriptomics cluster evaluation
2020-Apr-29, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-020-3489-7
PMID:32349652
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研究论文 | 介绍了一个名为SpatialCPie的R包，用于空间转录组数据聚类评估 | SpatialCPie能够在多个分辨率下对数据进行聚类，并通过饼图和聚类图直观展示空间区域与聚类之间的相似性和聚类间的关系 | NA | 开发工具以简化空间转录组数据分析中的聚类评估 | 空间转录组数据 | 生物信息学 | NA | 空间转录组技术 | NA | 转录组数据 | 多个公开可用数据集 |