单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 92 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2025-10-06 |
Neuroinflammation and EIF2 Signaling Persist despite Antiretroviral Treatment in an hiPSC Tri-culture Model of HIV Infection
2020-04-14, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2020.02.010
PMID:32220329
|
研究论文 | 开发了一种基于hiPSC的三细胞共培养模型，用于研究HIV感染和抗逆转录病毒治疗对神经炎症的影响 | 首次建立包含神经元、星形胶质细胞和小胶质细胞的hiPSC三细胞共培养模型，模拟HIV中枢神经系统感染 | 模型为体外培养系统，可能无法完全模拟体内复杂环境 | 研究HIV相关神经认知障碍的发病机制和治疗靶点 | 人诱导多能干细胞分化的神经元、星形胶质细胞和小胶质细胞 | 神经科学 | HIV感染 | 单细胞RNA测序 | hiPSC三细胞共培养模型 | 基因表达数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 2 | 2025-10-06 |
Defining the Design Principles of Skin Epidermis Postnatal Growth
2020-04-30, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2020.03.015
PMID:32259486
|
研究论文 | 本研究通过多种技术手段揭示了皮肤表皮出生后生长的细胞动力学机制和设计原则 | 发现发育祖细胞通过固定的命运不平衡和不断降低的增殖率实现和谐生长，并揭示细胞分裂方向受胶原纤维取向局部调控 | NA | 阐明器官出生后生长的细胞动力学机制和设计原则 | 小鼠皮肤表皮 | 发育生物学 | NA | 体内克隆谱系追踪, 增殖动力学分析, 单细胞转录组测序, 体外微图案实验 | NA | 基因表达数据, 细胞谱系数据, 细胞增殖数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3 | 2025-10-06 |
Stromal Cells Covering Omental Fat-Associated Lymphoid Clusters Trigger Formation of Neutrophil Aggregates to Capture Peritoneal Contaminants
2020-04-14, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2020.03.011
PMID:32294409
|
研究论文 | 本研究揭示了网膜脂肪相关淋巴簇表面覆盖的特殊间皮细胞通过协调中性粒细胞聚集捕获腹腔污染物的机制 | 首次发现FALC覆盖细胞通过分泌CXCL1介导中性粒细胞聚集形成胞外诱捕网捕获污染物 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本验证仅限于急性阑尾炎病例 | 探究腹腔污染物捕获的分子机制 | 网膜脂肪相关淋巴簇和中性粒细胞 | 免疫学 | 腹膜炎 | 单细胞RNA测序, 空间分析 | NA | 基因表达数据, 空间定位数据 | 小鼠模型和急性阑尾炎患者样本 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 4 | 2025-10-06 |
Diversity of peripheral blood human NK cells identified by single-cell RNA sequencing
2020-04-14, Blood advances
IF:7.4Q1
DOI:10.1182/bloodadvances.2019000699
PMID:32271902
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序识别外周血人类NK细胞的多样性 | 发现了三种新型人类血液NK细胞群体：CD56neg的I型干扰素应答NK细胞、细胞因子诱导记忆样表型NK细胞、以及具有低核糖体表达特征的小型活化NK细胞群体 | 研究主要基于健康CMV阴性供体，CMV阳性样本分析相对有限 | 探索外周血人类NK细胞的异质性和功能亚群分类 | 人类外周血自然杀伤细胞 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | 健康巨细胞病毒阴性和阳性供体的NK细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5 | 2025-10-06 |
Integrating GWAS with bulk and single-cell RNA-sequencing reveals a role for LY86 in the anti-Candida host response
2020-04, PLoS pathogens
IF:5.5Q1
DOI:10.1371/journal.ppat.1008408
PMID:32251450
|
研究论文 | 通过整合GWAS与bulk及单细胞RNA测序技术，揭示LY86基因在抗念珠菌宿主免疫应答中的作用机制 | 首次整合GWAS、bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq数据，发现NK细胞在抗念珠菌免疫中的重要作用，并鉴定出27个念珠菌应答QTLs | 研究主要聚焦于免疫细胞，未涉及其他可能参与抗真菌应答的细胞类型 | 深入理解宿主对白色念珠菌的免疫应答机制 | 经白色念珠菌刺激的免疫细胞 | 系统遗传学 | 念珠菌血症 | GWAS, bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | 系统遗传学方法 | 基因组数据, 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 6 | 2025-10-06 |
Astrocyte layers in the mammalian cerebral cortex revealed by a single-cell in situ transcriptomic map
2020-04, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-020-0602-1
PMID:32203496
|
研究论文 | 本研究通过开发大区域空间转录组图谱技术，揭示了哺乳动物大脑皮层中星形胶质细胞的分层结构 | 首次发现星形胶质细胞在哺乳动物大脑皮层中存在与神经元不同的浅层、中层和深层梯度分层模式 | 研究主要聚焦于小鼠模型，人类样本验证相对有限 | 探究大脑皮层中胶质细胞是否存在与神经元类似的分层组织结构 | 小鼠和人类大脑皮层中的星形胶质细胞 | 空间转录组学 | NA | 单细胞原位转录组图谱、单细胞RNA测序、空间重建分析 | NA | 基因表达数据、空间定位数据 | 46个候选基因在小鼠大脑皮层中的筛选 | NA | 单细胞空间转录组学 | LaST（大区域空间转录组图谱） | 能够原位定量单细胞基因表达的高通量技术平台 |
| 7 | 2025-10-06 |
Cardelino: computational integration of somatic clonal substructure and single-cell transcriptomes
2020-04, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-020-0766-3
PMID:32203388
|
研究论文 | 开发了一种计算整合方法，将体细胞克隆亚结构与单细胞转录组数据相结合 | 首次提出能够整合不完美的克隆树推断和稀疏变异等位基因表达数据的方法，实现单细胞水平克隆起源的表型特征分析 | 方法依赖于体细胞变异检测的准确性，在变异稀疏情况下性能可能受限 | 开发计算工具来表征不同克隆之间的表型变异 | 人类皮肤成纤维细胞系和癌症数据集 | 计算生物学 | 皮肤疾病 | 单细胞RNA测序, 外显子组测序 | 概率模型 | 基因表达数据, DNA序列数据 | 32个人类皮肤成纤维细胞系 | NA | 单细胞RNA-seq, 外显子组测序 | NA | NA |
| 8 | 2025-10-06 |
Expression profiling of single cells and patient cohorts identifies multiple immunosuppressive pathways and an altered NK cell phenotype in glioblastoma
2020-04, Clinical and experimental immunology
IF:3.4Q3
DOI:10.1111/cei.13403
PMID:31784984
|
研究论文 | 本研究通过单细胞和患者队列分析揭示了胶质母细胞瘤中多种免疫抑制途径及NK细胞表型改变 | 首次结合单细胞转录组和患者队列数据系统揭示胶质母细胞瘤中NK细胞功能抑制机制及多种免疫逃避途径 | 研究主要基于体外实验和转录组数据分析，需要进一步体内功能验证 | 阐明胶质母细胞瘤免疫抑制机制及NK细胞在肿瘤微环境中的功能状态 | 胶质母细胞瘤患者样本、神经胶质瘤干细胞、正常神经前体细胞、NK细胞 | 单细胞测序 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞转录组测序, 基因表达谱分析, 蛋白质表达分析, NK细胞功能检测 | NA | 单细胞转录组数据, 蛋白质表达数据, 患者队列数据 | 患者队列样本 | NA | 单细胞RNA测序, 转录组分析 | NA | NA |
| 9 | 2025-10-07 |
Consistent RNA sequencing contamination in GTEx and other data sets
2020-04-22, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-15821-9
PMID:32321923
|
研究论文 | 本研究通过分析GTEx和其他RNA测序数据集，揭示了测序污染的存在及其对分析结果的影响 | 首次系统性地识别和验证了GTEx数据集中广泛存在的RNA测序交叉污染现象 | 研究主要基于现有数据集的分析，缺乏实验验证污染的具体机制 | 探究下一代测序中读段污染的影响因素和程度 | GTEx数据集中的48种组织样本及其他研究的RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | RNA-seq, scRNA-seq | NA | RNA测序数据 | GTEx数据集中的48种组织类型 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 10 | 2025-10-07 |
Single-cell RNA sequencing identifies senescent cerebromicrovascular endothelial cells in the aged mouse brain
2020-04, GeroScience
IF:5.3Q1
DOI:10.1007/s11357-020-00177-1
PMID:32236824
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术识别了老年小鼠大脑中的衰老脑血管内皮细胞 | 首次在野生型衰老小鼠模型中利用单细胞RNA测序技术识别和量化衰老的脑血管内皮细胞 | 研究仅限于小鼠模型，需要在其他物种和人类样本中验证 | 检测衰老小鼠大脑中衰老内皮细胞的存在并评估其比例 | 年轻(3月龄)和老年(28月龄)C57BL/6小鼠的脑血管内皮细胞和神经血管单元相关细胞 | 单细胞基因组学 | 血管性认知障碍 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 4233个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 11 | 2024-12-08 |
Integrated single-cell analysis of multicellular immune dynamics during hyperacute HIV-1 infection
2020-04, Nature medicine
IF:58.7Q1
DOI:10.1038/s41591-020-0799-2
PMID:32251406
|
研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术研究了HIV-1感染期间的免疫细胞动态变化 | 揭示了先前未被重视的个体和细胞类型特异性干扰素刺激基因上调，以及在批量分析中被掩盖的时间相关基因表达反应 | 研究仅限于四个未治疗的个体，样本量较小 | 探讨HIV-1感染期间免疫细胞的动态变化及其分子驱动因素 | HIV-1感染期间的外周血单核细胞 | 数字病理学 | HIV感染 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 四个未治疗的个体的外周血单核细胞样本 | NA | NA | NA | NA |
| 12 | 2024-08-05 |
T Cell-Expressed microRNA-155 Reduces Lifespan in a Mouse Model of Age-Related Chronic Inflammation
2020-04-15, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
DOI:10.4049/jimmunol.1901484
PMID:32161096
|
研究论文 | 本研究报告了T细胞中miR-155对miR-146a小鼠寿命缩短的影响。 | 本研究揭示了miR-155通过影响效应T细胞的活化和代谢重编程在衰老相关慢性炎症中起关键作用。 | 本研究的局限性在于只在小鼠模型中进行，可能无法完全应用于人类。 | 研究T细胞中特定miRNA对寿命和炎症老化的调节作用。 | 研究对象为miR-146a缺失的小鼠及其T细胞。 | 数字病理学 | 衰老相关疾病 | 单细胞RNA测序和流式细胞术 | NA | 小鼠生物样本 | 超过15个月大的小鼠 | NA | NA | NA | NA |
| 13 | 2024-08-05 |
Pooled Knockin Targeting for Genome Engineering of Cellular Immunotherapies
2020-Apr-30, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2020.03.039
PMID:32302591
|
研究论文 | 本研究开发了一种技术用于对人类T细胞进行高通量的基因敲入筛选 | 提出了一种新颖的合并基因组工程技术，可以对大规模非病毒DNA模板进行条形码标记和追踪 | 未提及具体的样本量和方法的局限性 | 研究目的在于提高基因改造免疫细胞在癌症免疫治疗中的效果 | 主要研究对象为经过基因敲入的初级人类T细胞 | 数字病理学 | 癌症免疫治疗 | CRISPR | NA | 细胞转录组数据 | 数十个独特的条形码模板 | NA | NA | NA | NA |
| 14 | 2024-08-05 |
Association Analysis of Single-Cell RNA Sequencing and Proteomics Reveals a Vital Role of Ca2+ Signaling in the Determination of Skeletal Muscle Development Potential
2020-04-22, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells9041045
PMID:32331484
|
研究论文 | 本研究探讨了特定猪模型中肌肉发育潜力决定机制 | 首次揭示了Ca2+信号在骨骼肌发育潜力中的重要作用 | 只使用了特定的猪模型，可能限制了结果的普遍性 | 探索肌肉生成与脂肪生成之间的稳态机制 | 瘦型猪和肥胖型猪的肌肉衍生Myo-谱系细胞 | 数字病理 | NA | 单细胞RNA测序和蛋白质组学分析 | NA | RNA和蛋白质数据 | 瘦型猪与肥胖型猪的肌肉衍生细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 15 | 2024-08-05 |
Chloride channels regulate differentiation and barrier functions of the mammalian airway
2020-04-14, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.53085
PMID:32286221
|
研究论文 | 本文系统地表征了小鼠气道的发育景观，并确定了在人类胎儿发育过程中操作的高度保守的细胞程序 | 揭示氯离子通道在哺乳动物气道形成与功能中的重要作用 | 研究主要基于小鼠模型，可能与人类情况存在差异 | 探讨气道粘膜屏障的形成和功能的分子事件 | 小鼠气道的发育和修复机制 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 16 | 2024-08-05 |
Cerebro: interactive visualization of scRNA-seq data
2020-04-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btz877
PMID:31764967
|
研究论文 | 介绍Cerebro，一款无需生物信息学经验的单细胞转录组数据互动可视化工具 | Cerebro提供了一种用户友好的图形界面，允许生物学家不需要生物信息学知识即可直接与数据互动 | 仅针对已经预处理的单细胞转录组数据，可能限制了其应用范围 | 旨在为生物学家提供一个可以互动分析单细胞RNA-seq数据的平台 | 生物学家和生物信息学家使用单细胞转录组数据 | 数字病理学 | NA | RNA-seq | NA | 转录组数据 | 使用了来自公共可用数据集的三个示例 | NA | NA | NA | NA |
| 17 | 2024-08-07 |
SciBet as a portable and fast single cell type identifier
2020-04-14, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-15523-2
PMID:32286268
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为SciBet的监督式细胞类型识别工具，该工具能够快速准确地预测新测序细胞的身份，具有速度优势 | SciBet提供了一种快速、鲁棒且技术独立的计算方法，用于单细胞RNA测序数据的监督式细胞类型注释 | NA | 开发一种快速且用户友好的工具，用于单细胞类型识别 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 监督式学习模型 | RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 18 | 2024-08-07 |
SCARLET: Single-cell tumor phylogeny inference with copy-number constrained mutation losses
2020-04-22, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2020.04.001
PMID:32864481
|
research paper | 本文介绍了一种名为SCARLET的算法，用于从单细胞DNA测序数据中推断肿瘤谱系，同时考虑了由拷贝数异常（CNA）驱动的单核苷酸变异（SNV）丢失和测序错误。 | SCARLET算法在模拟数据上优于现有方法，能更准确地推断出突变获取的顺序和单个细胞中的突变。 | NA | 开发一种新的算法来更准确地从单细胞测序数据中推断肿瘤的进化历史。 | 单细胞DNA测序数据，特别是涉及拷贝数异常和单核苷酸变异的肿瘤数据。 | digital pathology | colorectal cancer | single-cell DNA sequencing | NA | single-cell DNA sequencing data | 使用了一个来自结直肠癌患者的单细胞数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 19 | 2024-08-07 |
A single-cell transcriptomic atlas of the adult Drosophila ventral nerve cord
2020-04-21, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.54074
PMID:32314735
|
research paper | 本文利用单细胞转录组学技术，对成年果蝇腹神经索（VNC）中的细胞多样性进行了无偏分类研究 | 首次生成了包含26,000个高质量细胞的成年果蝇VNC单细胞转录组图谱，涵盖超过100种转录上不同的细胞类型 | NA | 旨在揭示成年果蝇腹神经索中的细胞多样性及其转录特征 | 成年果蝇腹神经索中的细胞 | digital pathology | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 26,000个高质量细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 20 | 2024-08-07 |
Expression of ACE2, the SARS-CoV-2 receptor, and TMPRSS2 in prostate epithelial cells
2020-Apr-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2020.04.24.056259
PMID:32510524
|
研究论文 | 本文分析了公开的正常人类前列腺单细胞RNA测序数据集，发现ACE2和TMPRSS2在前列腺上皮细胞中共表达，特别是在俱乐部细胞和山丘细胞中比例更高，并探讨了性别差异对COVID-19的影响。 | 首次探讨了ACE2和TMPRSS2在前列腺上皮细胞中的共表达情况及其与COVID-19性别差异的关系。 | 研究仅基于公开数据集，未涉及临床样本，可能影响结果的直接应用性。 | 探讨ACE2和TMPRSS2在前列腺上皮细胞中的表达及其与COVID-19性别差异的关系。 | 正常人类前列腺和肺上皮细胞中的ACE2和TMPRSS2表达。 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 使用了公开的正常人类前列腺单细胞RNA测序数据集和肺上皮细胞数据集 | NA | NA | NA | NA |