单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 92 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2024-12-08 |
Integrated single-cell analysis of multicellular immune dynamics during hyperacute HIV-1 infection
2020-04, Nature medicine
IF:58.7Q1
DOI:10.1038/s41591-020-0799-2
PMID:32251406
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术研究了HIV-1感染期间的免疫细胞动态变化 | 揭示了先前未被重视的个体和细胞类型特异性干扰素刺激基因上调，以及在批量分析中被掩盖的时间相关基因表达反应 | 研究仅限于四个未治疗的个体，样本量较小 | 探讨HIV-1感染期间免疫细胞的动态变化及其分子驱动因素 | HIV-1感染期间的外周血单核细胞 | 数字病理学 | HIV感染 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 四个未治疗的个体的外周血单核细胞样本 |
| 2 | 2024-08-05 |
T Cell-Expressed microRNA-155 Reduces Lifespan in a Mouse Model of Age-Related Chronic Inflammation
2020-04-15, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
DOI:10.4049/jimmunol.1901484
PMID:32161096
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研究论文 | 本研究报告了T细胞中miR-155对miR-146a小鼠寿命缩短的影响。 | 本研究揭示了miR-155通过影响效应T细胞的活化和代谢重编程在衰老相关慢性炎症中起关键作用。 | 本研究的局限性在于只在小鼠模型中进行，可能无法完全应用于人类。 | 研究T细胞中特定miRNA对寿命和炎症老化的调节作用。 | 研究对象为miR-146a缺失的小鼠及其T细胞。 | 数字病理学 | 衰老相关疾病 | 单细胞RNA测序和流式细胞术 | NA | 小鼠生物样本 | 超过15个月大的小鼠 |
| 3 | 2024-08-05 |
Pooled Knockin Targeting for Genome Engineering of Cellular Immunotherapies
2020-Apr-30, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2020.03.039
PMID:32302591
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研究论文 | 本研究开发了一种技术用于对人类T细胞进行高通量的基因敲入筛选 | 提出了一种新颖的合并基因组工程技术，可以对大规模非病毒DNA模板进行条形码标记和追踪 | 未提及具体的样本量和方法的局限性 | 研究目的在于提高基因改造免疫细胞在癌症免疫治疗中的效果 | 主要研究对象为经过基因敲入的初级人类T细胞 | 数字病理学 | 癌症免疫治疗 | CRISPR | NA | 细胞转录组数据 | 数十个独特的条形码模板 |
| 4 | 2024-08-05 |
Association Analysis of Single-Cell RNA Sequencing and Proteomics Reveals a Vital Role of Ca2+ Signaling in the Determination of Skeletal Muscle Development Potential
2020-04-22, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells9041045
PMID:32331484
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研究论文 | 本研究探讨了特定猪模型中肌肉发育潜力决定机制 | 首次揭示了Ca2+信号在骨骼肌发育潜力中的重要作用 | 只使用了特定的猪模型，可能限制了结果的普遍性 | 探索肌肉生成与脂肪生成之间的稳态机制 | 瘦型猪和肥胖型猪的肌肉衍生Myo-谱系细胞 | 数字病理 | NA | 单细胞RNA测序和蛋白质组学分析 | NA | RNA和蛋白质数据 | 瘦型猪与肥胖型猪的肌肉衍生细胞 |
| 5 | 2024-08-05 |
Chloride channels regulate differentiation and barrier functions of the mammalian airway
2020-04-14, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.53085
PMID:32286221
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研究论文 | 本文系统地表征了小鼠气道的发育景观，并确定了在人类胎儿发育过程中操作的高度保守的细胞程序 | 揭示氯离子通道在哺乳动物气道形成与功能中的重要作用 | 研究主要基于小鼠模型，可能与人类情况存在差异 | 探讨气道粘膜屏障的形成和功能的分子事件 | 小鼠气道的发育和修复机制 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据 | NA |
| 6 | 2024-08-05 |
Integrating GWAS with bulk and single-cell RNA-sequencing reveals a role for LY86 in the anti-Candida host response
2020-04, PLoS pathogens
IF:5.5Q1
DOI:10.1371/journal.ppat.1008408
PMID:32251450
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研究论文 | 该文章探讨了LY86在抗念珠菌宿主反应中的作用 | 首次揭示LY86与念珠菌易感性之间的潜在新联系 | 没有明确提到样本量的细节和数据的长期影响 | 更好地理解抗念珠菌宿主反应 | 与念珠菌刺激的免疫细胞进行的转录组分析 | 数字病理学 | 念珠菌感染 | RNA-seq | NA | 转录组数据 | NA |
| 7 | 2024-08-05 |
Cerebro: interactive visualization of scRNA-seq data
2020-04-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btz877
PMID:31764967
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研究论文 | 介绍Cerebro，一款无需生物信息学经验的单细胞转录组数据互动可视化工具 | Cerebro提供了一种用户友好的图形界面，允许生物学家不需要生物信息学知识即可直接与数据互动 | 仅针对已经预处理的单细胞转录组数据，可能限制了其应用范围 | 旨在为生物学家提供一个可以互动分析单细胞RNA-seq数据的平台 | 生物学家和生物信息学家使用单细胞转录组数据 | 数字病理学 | NA | RNA-seq | NA | 转录组数据 | 使用了来自公共可用数据集的三个示例 |
| 8 | 2024-08-05 |
Expression profiling of single cells and patient cohorts identifies multiple immunosuppressive pathways and an altered NK cell phenotype in glioblastoma
2020-04, Clinical and experimental immunology
IF:3.4Q3
DOI:10.1111/cei.13403
PMID:31784984
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研究论文 | 本研究通过单细胞和患者队列的表达分析，识别了胶质母细胞瘤中的多条免疫抑制通路和改变的NK细胞表型 | 通过结合NK细胞功能试验及基因和蛋白表达分析，深入探讨了胶质母细胞瘤的免疫微环境和细胞反应 | 未提供关于研究样本的详细信息，以及可能的个体变异性 | 研究胶质母细胞瘤中的免疫逃逸机制及其对免疫疗法的反应 | 胶质母细胞瘤患者的NK细胞及其在肿瘤微环境中的表现 | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 研究涉及患者队列的转录组数据，具体样本量未明确 |
| 9 | 2024-08-07 |
Defining the Design Principles of Skin Epidermis Postnatal Growth
2020-04-30, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2020.03.015
PMID:32259486
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研究论文 | 本文通过结合体内克隆系谱追踪、增殖动力学、单细胞转录组学和体外微图案实验，解析了出生后皮肤表皮扩张过程中的细胞动力学 | 揭示了由单一发育前体细胞群介导的和谐生长机制，这些前体细胞具有固定的命运失衡自我更新分裂和不断降低的增殖率 | NA | 探究出生后器官和组织生长过程中的细胞动力学 | 皮肤表皮在出生后的生长过程 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA |
| 10 | 2024-08-07 |
Neuroinflammation and EIF2 Signaling Persist despite Antiretroviral Treatment in an hiPSC Tri-culture Model of HIV Infection
2020-04-14, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2020.02.010
PMID:32220329
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研究论文 | 本文开发了一种基于人诱导多能干细胞（hiPSC）的三重培养模型，用于研究HIV感染及其抗逆转录病毒治疗（ART）对神经炎症和EIF2信号的影响。 | 首次使用hiPSC三重培养模型来模拟HIV感染及其治疗，揭示了即使在抗逆转录病毒治疗下，神经炎症和EIF2信号仍然持续存在。 | NA | 研究HIV相关神经认知障碍（HAND）的治疗靶点，特别是在抗逆转录病毒治疗下的机制。 | 人诱导多能干细胞（hiPSC）分化成的神经元、星形胶质细胞和微小胶质细胞的三重培养模型。 | 数字病理学 | HIV感染 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 涉及HIV感染和未感染的微小胶质细胞的三重培养模型 |
| 11 | 2024-08-07 |
SciBet as a portable and fast single cell type identifier
2020-04-14, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-15523-2
PMID:32286268
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为SciBet的监督式细胞类型识别工具，该工具能够快速准确地预测新测序细胞的身份，具有速度优势 | SciBet提供了一种快速、鲁棒且技术独立的计算方法，用于单细胞RNA测序数据的监督式细胞类型注释 | NA | 开发一种快速且用户友好的工具，用于单细胞类型识别 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 监督式学习模型 | RNA测序数据 | NA |
| 12 | 2024-08-07 |
SCARLET: Single-cell tumor phylogeny inference with copy-number constrained mutation losses
2020-04-22, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2020.04.001
PMID:32864481
|
research paper | 本文介绍了一种名为SCARLET的算法，用于从单细胞DNA测序数据中推断肿瘤谱系，同时考虑了由拷贝数异常（CNA）驱动的单核苷酸变异（SNV）丢失和测序错误。 | SCARLET算法在模拟数据上优于现有方法，能更准确地推断出突变获取的顺序和单个细胞中的突变。 | NA | 开发一种新的算法来更准确地从单细胞测序数据中推断肿瘤的进化历史。 | 单细胞DNA测序数据，特别是涉及拷贝数异常和单核苷酸变异的肿瘤数据。 | digital pathology | colorectal cancer | single-cell DNA sequencing | NA | single-cell DNA sequencing data | 使用了一个来自结直肠癌患者的单细胞数据集 |
| 13 | 2024-08-07 |
A single-cell transcriptomic atlas of the adult Drosophila ventral nerve cord
2020-04-21, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.54074
PMID:32314735
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research paper | 本文利用单细胞转录组学技术，对成年果蝇腹神经索（VNC）中的细胞多样性进行了无偏分类研究 | 首次生成了包含26,000个高质量细胞的成年果蝇VNC单细胞转录组图谱，涵盖超过100种转录上不同的细胞类型 | NA | 旨在揭示成年果蝇腹神经索中的细胞多样性及其转录特征 | 成年果蝇腹神经索中的细胞 | digital pathology | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 26,000个高质量细胞 |
| 14 | 2024-08-07 |
Expression of ACE2, the SARS-CoV-2 receptor, and TMPRSS2 in prostate epithelial cells
2020-Apr-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2020.04.24.056259
PMID:32510524
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研究论文 | 本文分析了公开的正常人类前列腺单细胞RNA测序数据集，发现ACE2和TMPRSS2在前列腺上皮细胞中共表达，特别是在俱乐部细胞和山丘细胞中比例更高，并探讨了性别差异对COVID-19的影响。 | 首次探讨了ACE2和TMPRSS2在前列腺上皮细胞中的共表达情况及其与COVID-19性别差异的关系。 | 研究仅基于公开数据集，未涉及临床样本，可能影响结果的直接应用性。 | 探讨ACE2和TMPRSS2在前列腺上皮细胞中的表达及其与COVID-19性别差异的关系。 | 正常人类前列腺和肺上皮细胞中的ACE2和TMPRSS2表达。 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 使用了公开的正常人类前列腺单细胞RNA测序数据集和肺上皮细胞数据集 |
| 15 | 2024-08-07 |
Cell Atlas technologies and insights into tissue architecture
2020-04-30, The Biochemical journal
DOI:10.1042/BCJ20190341
PMID:32339226
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review | 本文综述了细胞图谱技术及其对组织结构理解的贡献 | 介绍了单细胞分子分析技术，特别是单细胞RNA测序和空间分辨方法在细胞图谱构建中的应用 | 对细胞类型和状态在分子水平上的理解仍有限 | 旨在通过细胞图谱项目如人类细胞图谱，全面识别细胞类型及其在分子水平上的功能和位置 | 细胞类型及其在组织结构中的功能 | digital pathology | NA | single-cell RNA sequencing | NA | molecular data | NA |
| 16 | 2024-08-07 |
Inferring spatial and signaling relationships between cells from single cell transcriptomic data
2020-04-29, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-15968-5
PMID:32350282
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研究论文 | 本文介绍了一种名为SpaOTsc的方法，利用结构化最优传输技术从单细胞转录组数据中恢复空间特性 | SpaOTsc方法通过利用少量基因的空间测量数据，建立单细胞转录组数据的空间度量，并使用最优传输技术恢复细胞间的空间关系和信号传递 | NA | 旨在从单细胞转录组数据中推断细胞间的空间和信号关系 | 单细胞转录组数据中的细胞间空间和信号关系 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 最优传输 | 转录组数据 | 四组数据用于交叉验证空间基因表达预测和已知细胞间通信的比较 |
| 17 | 2024-08-07 |
Accurate estimation of cell composition in bulk expression through robust integration of single-cell information
2020-04-24, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-15816-6
PMID:32332754
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Bisque的工具，用于通过利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）或单核RNA测序（snRNA-seq）数据来准确估计细胞类型在批量表达中的比例 | Bisque通过实施基于回归的方法，利用单细胞数据生成参考表达谱并学习基因特异性的批量表达转换，显著提高了分解性能，特别是在参考轮廓生成和观察到的批量表达存在显著技术变异的情况下 | NA | 开发一种高效且准确的工具，用于分析大型基因组数据集中的细胞类型比例 | 批量RNA-seq数据中的细胞类型比例 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），单核RNA测序（snRNA-seq） | 回归模型 | RNA-seq数据 | 涉及皮下脂肪和背外侧前额叶皮层表达数据集 |
| 18 | 2024-08-07 |
Consistent RNA sequencing contamination in GTEx and other data sets
2020-04-22, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-15821-9
PMID:32321923
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研究论文 | 本文分析了GTEx和其他研究中的RNA测序数据集，探讨了导致污染的因素 | 发现了26种组织中存在高度表达和胰腺特异性基因的变异共表达簇，并验证了样本污染与同日测序的组织原生表达这些基因有关 | 文章未明确指出具体的限制 | 旨在理解下一代测序中的读取污染问题 | GTEx数据集和其他研究的RNA测序数据 | 数字病理学 | NA | RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 分析了48种组织 |
| 19 | 2024-08-07 |
scRNA-seq Profiling of Human Testes Reveals the Presence of the ACE2 Receptor, A Target for SARS-CoV-2 Infection in Spermatogonia, Leydig and Sertoli Cells
2020-04-09, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells9040920
PMID:32283711
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术研究了成人人类睾丸中ACE2受体的表达模式，发现ACE2主要富集在精原细胞、Leydig细胞和Sertoli细胞中，表明人类睾丸可能是SARS-CoV-2感染的潜在目标。 | 首次揭示了人类睾丸中ACE2受体的表达模式，并提供了证据表明睾丸可能是SARS-CoV-2感染的潜在目标。 | NA | 研究成人人类睾丸中ACE2受体的表达模式，以确定生殖系统是否为SARS-CoV-2感染的潜在目标。 | 成人人类睾丸中的ACE2受体表达模式。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | 成人人类睾丸样本 |
| 20 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA-seq highlights heterogeneity in human primary Wharton's jelly mesenchymal stem/stromal cells cultured in vitro
2020-04-06, Stem cell research & therapy
IF:7.1Q1
DOI:10.1186/s13287-020-01660-4
PMID:32252818
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析了体外培养的人类初代沃顿胶源间充质干细胞（WJMSCs）的基因表达谱，揭示了其功能异质性的分子机制 | 首次通过scRNA-seq技术详细分析了WJMSCs的基因表达谱，并识别出与经典MSC功能相关的差异表达基因（HVGs） | 研究仅基于三个供体的WJMSCs样本，可能存在样本量不足的问题 | 探究体外培养的间充质干细胞的功能异质性及其分子机制 | 人类初代沃顿胶源间充质干细胞（WJMSCs） | 再生医学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 三个供体的WJMSCs样本 |