单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2024-08-09	A Comparative Analysis of Single-Cell Transcriptome Identifies Reprogramming Driver Factors for Efficiency Improvement 2020-Mar-06, Molecular therapy. Nucleic acids DOI:10.1016/j.omtn.2019.12.035 PMID:32045876	研究论文	本文通过比较分析单细胞转录组，识别出提高重编程效率的驱动因子	发现了在核移植2细胞和4细胞胚胎中不完全激活的途径，以及在正常发育的核移植胚胎中发育转录因子的显著表达变化	NA	阐明体细胞核移植重编程的潜在分子机制并提高其效率	体细胞核移植胚胎中的重编程过程	生物技术	NA	单细胞转录组分析	NA	基因表达数据	涉及核移植2细胞和4细胞胚胎的多个样本
82	2024-08-09	Occludin protects secretory cells from ER stress by facilitating SNARE-dependent apical protein exocytosis 2020-03-03, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.1909731117 PMID:32051248	研究论文	本文研究了闭合蛋白通过促进SNARE依赖的顶端蛋白胞吐作用保护分泌细胞免受内质网压力的影响	首次揭示了闭合蛋白在保护乳汁产生细胞免受内质网压力中的作用，并提出其他紧密连接成分可能参与类似功能的可能性	NA	探讨闭合蛋白在乳腺生理中的作用及其对乳汁产生细胞内质网压力的影响	闭合蛋白在乳汁产生细胞中的功能及其对内质网压力的影响	NA	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	突变小鼠的乳腺组织
83	2024-08-09	Origin and functional heterogeneity of fibroblasts 2020-03, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.201903188R PMID:32037627	综述	本文综述了成纤维细胞的起源、功能异质性及其在疾病中的作用	探讨了成纤维细胞的发育起源、分子和功能定义、表观遗传控制及其免疫调节功能的演变	NA	探讨成纤维细胞的起源和功能异质性	成纤维细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因工程小鼠模型	NA
84	2024-08-09	CellTagging: combinatorial indexing to simultaneously map lineage and identity at single-cell resolution 2020-03, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-019-0247-2 PMID:32051617	研究论文	本文介绍了一种名为CellTagging的方法，通过组合细胞索引技术同时捕获细胞谱系信息和细胞身份	CellTagging方法能够与高通量单细胞RNA测序结合，通过连续的细胞标记构建多层次的谱系树	目前的单细胞方法在细胞处理过程中通常会丢失谱系关系	开发一种能够同时映射细胞谱系和身份的高通量单细胞技术	细胞谱系信息和细胞身份	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组	NA
85	2024-08-09	Elevated circulating Th2 but not group 2 innate lymphoid cell responses characterize canine atopic dermatitis 2020-Mar, Veterinary immunology and immunopathology IF:1.4Q2 DOI:10.1016/j.vetimm.2020.110015 PMID:32058160	研究论文	研究探讨了犬类特应性皮炎中Th2细胞和2型先天淋巴细胞（ILC2）的反应特征	描述了先前未被特征化的犬类ILC2样细胞和Th2细胞，并发现它们在体外产生2型细胞因子并表达转录因子Gata3	NA	旨在深入了解导致犬类特应性皮炎的免疫学和遗传学途径，以促进新型治疗方法的开发	犬类特应性皮炎中的Th2细胞和ILC2细胞	免疫学	特应性皮炎	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	具体样本数量未在摘要中提及
86	2024-08-09	Dissecting the spatial bone marrow microenvironment of hematopoietic stem cells 2020-03, Current opinion in oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1097/CCO.0000000000000605 PMID:32022758	研究论文	本文综述了利用先进成像技术和单细胞测序方法，对骨髓微环境中造血干细胞（HSCs）及其微环境细胞类型的精确识别和空间分布的研究进展	采用体积成像技术和单细胞RNA测序及质谱流式细胞术，以前所未有的分辨率解析骨髓微环境的复杂性	尽管研究广泛，但与HSCs物理关联的骨髓细胞群的确切身份仍存在争议	确定在稳态和应激状态下，与HSCs直接相邻的骨髓细胞类型，以揭示驱动HSC维持和再生的细胞和分子信号	骨髓微环境中的造血干细胞及其微环境细胞类型	数字病理学	NA	体积成像技术，单细胞RNA测序，质谱流式细胞术	NA	图像	NA
87	2024-08-09	Cytokeratin 5 alters β-catenin dynamics in breast cancer cells 2020-03, Oncogene IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41388-020-1164-0 PMID:31988452	研究论文	研究探讨了细胞角蛋白5（CK5）在雌激素受体阳性乳腺癌细胞中对β-连环蛋白动态的影响	首次揭示了CK5与β-连环蛋白的相互作用及其对乳腺癌细胞的影响，并提出了阻断这种相互作用可能逆转CK5阳性乳腺癌细胞的有害特性	研究主要集中在细胞和动物模型上，尚未在临床试验中验证	探究CK5在乳腺癌干细胞中的调控作用及其与β-连环蛋白的相互作用	雌激素受体阳性乳腺癌细胞	数字病理学	乳腺癌	免疫沉淀-质谱法	NA	RNA测序	涉及多个乳腺癌细胞系和乳腺癌患者来源的异种移植模型
88	2024-08-09	Epigenetic Heterogeneity and Mitotic Heritability Prime Endothelial Cell Gene Induction 2020-03-01, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.4049/jimmunol.1900744 PMID:31996458	研究论文	本文研究了人类内皮细胞在TNF-α刺激后VCAM1表达的异质性，发现这种异质性与细胞内信号传导的随机性无关，而是由预先存在的、通过有丝分裂代代相传的启动子DNA甲基化异质状态引起的。	首次揭示了内皮细胞中可遗传的表观遗传异质性在炎症信号传导中的基本作用，并强调了这种异质性作为亚稳态表位的重要性。	NA	探讨成熟分化初级细胞类型对外界刺激反应异质性的潜在机制。	人类内皮细胞的VCAM1表达异质性及其表观遗传调控机制。	数字病理学	NA	DNA甲基化测序	NA	基因表达数据	NA
89	2024-08-09	Dynamics of human monocytes and airway macrophages during healthy aging and after transplant 2020-03-02, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20191236 PMID:31917836	研究论文	研究人类肺部气道巨噬细胞（AMs）在健康衰老和移植后的发育过程	首次详细描述了人类肺部气道巨噬细胞在不同年龄段的发育变化，并探讨了移植后的来源	研究仅限于健康志愿者和肺移植受者，未涉及疾病状态下的情况	探究人类肺部气道巨噬细胞在健康衰老和移植后的发育过程及其对疾病的影响	人类单核细胞和气道巨噬细胞	NA	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	细胞	包括婴儿/儿童（2-12岁）、成熟期（20-50岁）和老年（>50岁）的健康志愿者以及性别不匹配的肺移植受者
90	2024-08-09	Deciphering the functional heterogeneity of skin fibroblasts using single-cell RNA sequencing 2020-03, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.201902001RR PMID:31930613	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术解析皮肤成纤维细胞的功能异质性	首次通过单细胞RNA测序揭示了皮肤成纤维细胞的异质性，并识别出DPP4成纤维细胞作为人体皮肤中主要细胞外基质（ECM）生成细胞	研究仅限于皮肤成纤维细胞，未涉及其他细胞类型	填补关于人类皮肤成纤维细胞多样性的知识空白	皮肤成纤维细胞及其亚型	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	多个皮肤成纤维细胞样本
91	2024-08-09	Integrating microarray-based spatial transcriptomics and single-cell RNA-seq reveals tissue architecture in pancreatic ductal adenocarcinomas 2020-03, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-019-0392-8 PMID:31932730	研究论文	本研究结合微阵列空间转录组学和单细胞RNA测序技术，揭示了胰腺导管腺癌中的组织结构	引入了一种多模态交叉分析方法，用于精确注释不同组织区域的细胞组成	NA	研究胰腺导管腺癌中细胞亚群的空间组织和相互作用	胰腺导管腺癌中的细胞亚群及其空间分布	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），微阵列空间转录组学	NA	基因表达数据	多个胰腺肿瘤样本
92	2024-08-09	Bulk and single cell transcriptomic data indicate that a dichotomy between inflammatory pathways in peripheral blood and arthritic joints complicates biomarker discovery 2020-03, Cytokine IF:3.7Q2 DOI:10.1016/j.cyto.2019.154960 PMID:31881419	研究论文	本研究通过整合分析基因表达微阵列数据和单细胞RNA测序数据，探讨了类风湿性关节炎（RA）中炎症通路在周围血液和关节炎关节中的差异，以及这种差异对生物标志物发现的影响。	本研究首次通过大规模和单细胞转录组数据分析，揭示了周围血液和关节炎关节中炎症通路的差异，为生物标志物的发现提供了新的视角。	研究主要基于RA患者和健康对照的数据，未涵盖其他类型的关节炎，可能限制了结果的普遍性。	探讨类风湿性关节炎中炎症通路在周围血液和关节炎关节中的差异，以及这种差异对生物标志物发现的影响。	类风湿性关节炎患者的滑膜、全血细胞、外周血单个核细胞和CD4+ T细胞，以及抗原诱导关节炎小鼠模型的外周血和全关节。	数字病理学	类风湿性关节炎	基因表达微阵列分析、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	包括RA患者和健康对照的多个样本类型，以及抗原诱导关节炎小鼠模型的外周血和全关节。
93	2024-08-09	Single-cell sequencing in hematology 2020-03, Current opinion in oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1097/CCO.0000000000000613 PMID:31895120	综述	本文综述了通过新型单细胞方法在造血作用和血液系统恶性肿瘤方面取得的最新关键见解，特别关注通过单细胞分辨率研究髓系恶性肿瘤中的干细胞/祖细胞所获得的生物学见解。	近年来，单细胞水平的RNA、DNA和蛋白质表达分析新技术大量涌现，提供了前所未有的细胞异质性洞察。	传统的批量遗传分析可能会掩盖肿瘤内异质性的关键方面，这些异质性是治疗抵抗和克隆进化的关键疾病事件的基础。	探讨单细胞技术在血液系统癌症患者管理中的当前和潜在未来应用。	造血作用和血液系统恶性肿瘤中的干细胞/祖细胞。	NA	血液系统恶性肿瘤	单细胞测序	NA	RNA, DNA, 蛋白质表达	NA
94	2024-08-09	Accurate detection of mosaic variants in sequencing data without matched controls 2020-03, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-019-0368-8 PMID:31907404	研究论文	本文介绍了一种名为MosaicForecast的机器学习方法，用于在无匹配对照的测序数据中准确检测嵌合变异	MosaicForecast利用基于读取的相位和读取级别特征，与现有算法相比，显著提高了检测嵌合单核苷酸变异和插入缺失的特异性	NA	开发一种新的方法来检测嵌合体突变，并探讨其在疾病起源和发展中的作用	人类大脑全基因组测序数据中的嵌合单核苷酸变异和插入缺失	机器学习	NA	单细胞测序和靶向测序	机器学习方法	测序数据	人类大脑全基因组测序数据
95	2024-08-09	Single-Cell Transcriptome Analysis Reveals Disease-Defining T-cell Subsets in the Tumor Microenvironment of Classic Hodgkin Lymphoma 2020-03, Cancer discovery IF:29.7Q1 DOI:10.1158/2159-8290.CD-19-0680 PMID:31857391	研究论文	本文通过单细胞转录组分析，揭示了经典霍奇金淋巴瘤肿瘤微环境中定义疾病的T细胞亚群	首次在单细胞分辨率下对霍奇金淋巴瘤特异性免疫微环境进行表型分析，并发现了一种新的霍奇金淋巴瘤相关T细胞亚群，该亚群表达抑制性受体LAG3，具有免疫抑制功能	NA	研究霍奇金淋巴瘤肿瘤微环境中细胞成分及其空间关系，以理解细胞间的相互作用及治疗靶点	霍奇金淋巴瘤肿瘤微环境中的T细胞亚群	数字病理学	淋巴瘤	单细胞RNA测序	NA	转录组	从22个霍奇金淋巴瘤组织样本和5个反应性淋巴结中获取超过127,000个细胞
96	2024-08-09	Single-cell RNA-seq analysis identifies meniscus progenitors and reveals the progression of meniscus degeneration 2020-03, Annals of the rheumatic diseases IF:20.3Q1 DOI:10.1136/annrheumdis-2019-215926 PMID:31871141	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术（scRNA-seq）识别膝关节半月板细胞的不同亚群，并揭示半月板退化的机制	首次通过scRNA-seq技术识别出半月板前体细胞，并揭示了半月板退化的新机制	NA	探究半月板细胞的异质性及其退化机制	人类健康及退化半月板细胞	数字病理学	关节疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	包括健康和退化的半月板细胞的多个样本
97	2024-08-09	Investigation of Antigen-Specific T-Cell Receptor Clusters in Human Cancers 2020-03-15, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-19-3249 PMID:31831563	研究论文	本研究利用TRUST算法和iSMART方法，从9,700个肿瘤RNA测序样本中组装TCR超变CDR3区域，并进行综合分析，以揭示癌症相关T细胞和新型癌症抗原	开发了iSMART计算方法来将相似的TCR分组为抗原特异性集群，并首次通过综合分析HLA等位基因和基因组数据，识别出候选的癌症/睾丸基因HSFX1	NA	旨在从肿瘤基因组测序数据中识别抗原特异性TCR	癌症抗原特异性T细胞及其在肿瘤微环境中的作用	数字病理学	癌症	RNA测序	NA	RNA-seq数据	9,700个肿瘤样本
98	2024-08-09	Single-cell and spatial transcriptomics approaches of the bone marrow microenvironment 2020-03, Current opinion in oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1097/CCO.0000000000000602 PMID:31833957	综述	本文综述了利用单细胞和空间转录组学技术在稳态、应激和癌症诱导重塑过程中对小鼠骨髓微环境的研究主要发现	首次系统且无标签地识别了骨髓细胞类型，揭示了其分子和空间特征，并阐明了关键造血因子的细胞来源	NA	深入探索小鼠和人类骨髓微环境中的细胞类型及其分子身份和定位	骨髓微环境中的细胞类型及其在稳态、应激和癌症诱导重塑过程中的变化	单细胞测序	NA	单细胞和空间转录组学技术	NA	转录组数据	NA
99	2024-08-09	FLASH Irradiation Spares Lung Progenitor Cells and Limits the Incidence of Radio-induced Senescence 2020-03-15, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-19-1440 PMID:31796518	研究论文	研究FLASH照射对肺祖细胞的保护作用及其减少放射诱导衰老的效果	FLASH照射技术能特异性地保护正常组织免受晚期放射诱导毒性的影响，减少DNA损伤和复制性衰老的风险	FLASH照射的有益效果在缺乏端粒酶活性的Terc-/-小鼠中消失，表明其效果依赖于正常的端粒酶功能	探讨FLASH照射与传统放射治疗相比，在减少正常细胞DNA损伤和保护肺祖细胞方面的效果	使用C57BL/6J野生型和Terc-/-小鼠以及人肺细胞进行体外研究	数字病理学	肺部疾病	单细胞RNA测序（sc-RNA-Seq）	NA	RNA	C57BL/6J野生型和Terc-/-小鼠，以及人肺细胞
100	2024-08-09	Understanding the complexity of retina and pluripotent stem cell derived retinal organoids with single cell RNA sequencing: current progress, remaining challenges and future prospective 2020-03, Current eye research IF:1.7Q3 DOI:10.1080/02713683.2019.1697453 PMID:31794277	综述	本文综述了单细胞RNA测序技术在视网膜和多能干细胞衍生的视网膜类器官研究中的最新进展、未解决问题及技术挑战	单细胞RNA测序技术能够详细记录单个细胞的转录组，揭示视网膜发育、正常生理和疾病中的细胞异质性，并提供细胞类型特异性标记和信号通路的新见解	需要克服技术挑战以实现反映所有视网膜细胞类型的复杂性、功能和相互作用的一致结果	探讨单细胞RNA测序在视网膜和视网膜类器官研究中的应用，以及面临的挑战和未来展望	视网膜组织和多能干细胞衍生的视网膜类器官	生物技术	NA	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	转录组数据	NA