单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2024-08-09	Single-cell sequencing and its application in breast cancer 2020-Mar-20, Yi chuan = Hereditas DOI:10.16288/j.yczz.19-268 PMID:32217511	综述	本文综述了单细胞测序技术及其在乳腺癌研究中的应用	单细胞测序技术能够分析转录组，探索细胞组成、分化和命运，精细绘制肿瘤微环境，为精准分层和个性化治疗提供支持	传统的高通量测序在描述基因组结构改变和亚克隆进化方面存在不足，忽视了肿瘤内、肿瘤间或患者间的异质性	旨在解码肿瘤与其微环境在单细胞水平上的多方面相互作用变化，为更好地理解复杂的发病机制和新的免疫治疗途径提供基础	乳腺癌及其微环境	数字病理学	乳腺癌	单细胞测序	NA	转录组数据	NA
42	2024-08-09	Applications of single-cell RNA sequencing in virology 2020-Mar-20, Yi chuan = Hereditas DOI:10.16288/j.yczz.19-223 PMID:32217512	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术在病毒学中的应用及其研究进展	scRNA-seq技术能够揭示病毒感染过程中细胞异质性的影响，以及病毒与宿主细胞间复杂的相互作用	NA	旨在为理解病毒感染和致病机制提供参考，并可能促进潜在抗病毒靶点的开发	病毒感染及其与宿主细胞的相互作用	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
43	2024-08-09	Long-Term Expansion of Pancreatic Islet Organoids from Resident Procr+ Progenitors 2020-03-19, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2020.02.048 PMID:32200801	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术发现了一种新的Procr阳性细胞群，这些细胞在成年小鼠胰腺胰岛中存在，并能形成胰岛样类器官，具有功能性β细胞的特性	首次发现并描述了成年小鼠胰腺中的一种新的Procr阳性细胞群，这些细胞能够形成功能性胰岛样类器官	NA	探索成年小鼠胰腺中Procr阳性细胞群的特性和功能	成年小鼠胰腺中的Procr阳性细胞群及其形成的胰岛样类器官	数字病理学	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	细胞	约占胰岛细胞1%的Procr细胞
44	2024-08-09	Finding cell-specific expression patterns in the early Ciona embryo with single-cell RNA-seq 2020-03-18, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-020-61591-1 PMID:32188910	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了海鞘胚胎16细胞阶段的细胞特异性基因表达模式	成功发现了新的细胞特异性表达模式，并通过原位杂交和单细胞qPCR进行了验证	NA	探索和表征控制发育过程的基因及其表达模式	海鞘胚胎的细胞特异性基因表达模式	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	16细胞阶段的海鞘胚胎
45	2024-08-09	Loss of the branched-chain amino acid transporter CD98hc alters the development of colonic macrophages in mice 2020-03-18, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-020-0842-3 PMID:32188932	研究论文	本研究通过构建CD98hc分支链氨基酸转运蛋白在CX3CR1巨噬细胞中的可诱导敲除小鼠模型，探讨了分支链氨基酸在肠道巨噬细胞发育中的作用	首次揭示了CD98hc缺失对结肠巨噬细胞发育的影响，并通过单细胞RNA测序分析了其对巨噬细胞发育途径的改变	NA	探究分支链氨基酸转运蛋白CD98hc在结肠巨噬细胞发育中的功能	结肠巨噬细胞的发育	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
46	2024-08-09	Defining Epidermal Basal Cell States during Skin Homeostasis and Wound Healing Using Single-Cell Transcriptomics 2020-03-17, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2020.02.091 PMID:32187560	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序结合RNAScope和荧光寿命成像技术，揭示了表皮基底细胞在皮肤稳态和伤口愈合过程中的转录异质性	首次全面解析了基底细胞在分化过程中的动态变化，并提出了一个修订的“层次-谱系”稳态模型	NA	研究表皮基底细胞在皮肤稳态和伤口愈合中的转录异质性	表皮基底细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
47	2024-08-09	Recent Advances in Practical Methods for Liver Cell Biology: A Short Overview 2020-Mar-16, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms21062027 PMID:32188134	综述	本文详细介绍了在第8届欧洲肝脏细胞生物学俱乐部会议（ECLCB-8）上提出的用于研究肝脏细胞生物学的新型体外和体内方法	利用先进技术改进细胞分离技术，实现高纯度细胞分离，并推动2D和3D显微镜及高通量检测方法（如批量或单细胞RNA测序）的发展	NA	旨在详细描述用于研究肝脏细胞生物学的新方法	肝脏病理学、干细胞和类器官研究、肝脏疾病的体内评估	NA	肝脏疾病	RNA测序	NA	NA	NA
48	2024-08-09	Comparative Molecular Analysis of Cancer Behavior Cultured In Vitro, In Vivo, and Ex Vivo 2020-Mar-14, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers12030690 PMID:32183351	研究论文	本研究通过比较4T1小鼠乳腺癌细胞在2D和3D培养、皮下或原位同种移植（来自免疫健全或免疫缺陷小鼠）以及体外肿瘤体中的转录组谱，揭示了分子特征的差异	本研究首次综合比较了癌细胞在不同培养条件下的分子特征，特别是细胞周期进展、细胞信号传导和细胞外基质重塑相关基因的表达差异	研究主要集中在小鼠乳腺癌细胞，可能不完全适用于其他类型的癌细胞或人体细胞	旨在通过比较不同培养条件下的癌细胞行为，提高体外培养系统的模拟能力	4T1小鼠乳腺癌细胞在不同培养条件下的转录组谱	数字病理学	乳腺癌	转录组分析	NA	转录组数据	涉及多种培养条件和不同免疫状态的小鼠样本
49	2024-08-09	Single-Cell Transcriptomic Analysis 2020-03-12, Comprehensive Physiology IF:4.2Q1 DOI:10.1002/cphy.c190037 PMID:32163201	研究论文	本文介绍了单细胞转录组测序的商业平台、数据分析流程、数据库以及在生物医学研究中的应用	单细胞测序技术的最新进展为生物医学研究提供了深入了解多种生物过程的见解	NA	介绍和描述单细胞RNA测序的商业平台及其在生物医学研究中的应用	单细胞测序技术及其在生物学和医学中的应用	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	转录组数据	NA
50	2024-08-09	Cell Lysis Based on an Oscillating Microbubble Array 2020-Mar-10, Micromachines IF:3.0Q2 DOI:10.3390/mi11030288 PMID:32164279	研究论文	本研究开发了一种基于振荡微泡阵列的细胞裂解方法	利用振荡微泡产生的剪切应力实现多次细胞裂解，提高了裂解效率	NA	开发一种高效、快速的细胞裂解设备，用于细胞生物学研究、疾病诊断和干细胞治疗	细胞裂解及其释放的DNA、RNA和蛋白质等细胞内物质	生物技术	NA	DNA琼脂糖凝胶电泳	NA	DNA	NA
51	2024-08-09	Molecular Heterogeneity and Cellular Diversity: Implications for Precision Treatment in Medulloblastoma 2020-Mar-10, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers12030643 PMID:32164294	综述	本文综述了髓母细胞瘤在分子和细胞层面的异质性，包括四个主要亚组（WNT、SHH、Group 3 和 Group 4）的组织学特征、遗传和表观遗传改变、蛋白质组学景观、起源细胞、肿瘤微环境和治疗策略	利用癌症基因组学、单细胞测序和复杂肿瘤模型，革命性地描述和分层了髓母细胞瘤	NA	探讨髓母细胞瘤的异质性及其对精准治疗的影响	髓母细胞瘤的分子和细胞异质性	数字病理学	儿童恶性脑瘤	单细胞测序	NA	分子和细胞数据	NA
52	2024-08-09	Expression and Localization of Kcne2 in the Vertebrate Retina 2020-03-09, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.61.3.33 PMID:32191288	研究论文	研究Kcne2在脊椎动物视网膜中的表达和定位	首次详细描述了Kcne2在不同物种视网膜中的保守定位模式，跨越至少3亿年的脊椎动物进化	NA	研究Kcne2在视网膜中的表达和定位，探讨其在细胞兴奋性调节中的重要作用	Kcne2在视网膜中的表达和定位	NA	NA	单细胞转录组分析，免疫组化技术	NA	转录组数据，免疫组化图像	数万个小鼠视网膜细胞，多种脊椎动物（斑马鱼、牛鸟、绵羊、小鼠、猕猴）的视网膜样本
53	2024-08-09	SCGRNs: Novel supervised inference of single-cell gene regulatory networks of complex diseases 2020-03, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2020.103656 PMID:32174324	研究论文	本文提出了一种新的监督学习方法来推断单细胞基因调控网络（SCGRN），以帮助理解复杂疾病的基因调控机制	本文提出了三种机器学习方法来预测转录因子（TF）与目标基因之间的调控关系，其中包括使用堆叠自编码器和拓扑特征的方法	NA	推断单细胞基因调控网络，以更好地理解疾病	单细胞基因调控网络	生物信息学	糖尿病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	机器学习算法	基因表达数据	健康和2型胰腺糖尿病的单细胞数据
54	2024-08-09	scID Uses Discriminant Analysis to Identify Transcriptionally Equivalent Cell Types across Single-Cell RNA-Seq Data with Batch Effect 2020-Mar-27, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2020.100914 PMID:32151972	研究论文	本文介绍了一种名为scID的方法，利用Fisher线性判别分析框架来识别跨批次效应的单细胞RNA测序数据中的转录相关细胞类型	scID方法能够提高在存在批次效应的单细胞RNA测序数据集中识别转录相似细胞类型的能力	NA	开发一种新的方法来解决单细胞RNA测序数据中的细胞类型识别问题，特别是在存在批次效应的情况下	单细胞RNA测序数据中的细胞类型识别	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	Fisher线性判别分析	RNA测序数据	多个已发表的数据集
55	2024-08-09	Single-cell mutational profiling enhances the clinical evaluation of AML MRD 2020-03-10, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2019001181 PMID:32150611	研究论文	本研究通过靶向单细胞测序技术，在急性髓系白血病（AML）的诊断、缓解和复发阶段对MRD进行评估	采用靶向单细胞测序技术，提高了AML MRD临床评估的准确性，并能区分前白血病克隆和恶性克隆	研究样本量相对较小，可能影响结果的普遍性	探索单细胞测序技术在AML MRD检测中的应用及其对克隆演化的影响	急性髓系白血病患者的MRD及克隆演化	数字病理学	白血病	靶向单细胞测序	NA	单细胞序列数据	共测序了310,737个单细胞，包括10例复发和4例未复发患者
56	2024-08-09	Complementary Metagenomic Approaches Improve Reconstruction of Microbial Diversity in a Forest Soil 2020-Mar-10, mSystems IF:5.0Q1 DOI:10.1128/mSystems.00768-19 PMID:32156798	研究论文	本文通过结合细胞分选基础的迷你宏基因组学方法和整体宏基因组学方法，提高了森林土壤微生物多样性的重建	本文采用细胞分选基础的迷你宏基因组学方法，与整体宏基因组学方法相结合，揭示了土壤微生物群落的系统发育多样性和功能特性	尽管本文的方法提高了微生物多样性的重建，但仍存在部分微生物难以在实验室培养和复杂样本序列组装有限的问题	探索和提高森林土壤微生物多样性的认识	森林土壤中的微生物群落	宏基因组学	NA	宏基因组学	NA	基因组	200个迷你宏基因组组装的基因组（sorted-MAGs）和29个整体宏基因组组装的基因组（MAGs）
57	2024-08-09	Single-Cell Analysis of the Muscle Stem Cell Hierarchy Identifies Heterotypic Communication Signals Involved in Skeletal Muscle Regeneration 2020-03-10, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2020.02.067 PMID:32160558	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术分析了小鼠肌肉再生过程中肌肉干细胞的调控机制	研究首次通过单细胞RNA测序技术揭示了肌肉干细胞与非肌源性细胞之间的旁分泌信号交流，并确定了与肌肉再生相关的多个候选配对	NA	探究肌肉再生过程中肌肉干细胞的调控机制	肌肉干细胞及其在肌肉再生中的作用	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组	超过34,000个单细胞转录组，涵盖四个时间点
58	2024-08-09	Functional hypoxia drives neuroplasticity and neurogenesis via brain erythropoietin 2020-03-09, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-020-15041-1 PMID:32152318	研究论文	本研究通过新型报告鼠模型，展示了认知挑战在海马体锥体神经元中诱导局部/内源性低氧，从而增强EPO及其受体EPOR的表达，并通过高剂量EPO管理促进新CA1神经元的出现和树突棘密度的增加。	首次揭示了认知挑战通过诱导局部低氧，触发神经元EPO/EPOR表达，进而促进神经可塑性和神经发生的机制。	研究主要依赖于动物模型，需要进一步的人体临床试验验证。	探讨EPO在脑部的作用机制及其对认知功能的改善效果。	EPO在脑部的表达及其对神经可塑性和神经发生的影响。	神经科学	NA	单细胞测序	NA	NA	使用新型报告鼠模型进行实验
59	2024-08-09	Time-lapse single-cell transcriptomics reveals modulation of histone H3 for dormancy breaking in fission yeast 2020-03-09, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-020-15060-y PMID:32152323	研究论文	本研究开发了一种方法，用于从正在进行萌发的单个非同步分生酵母孢子中组装转录组，以评估萌发过程中随时间的转录组变化	本研究首次揭示了在萌发初期，组蛋白H3基因的转录波动对孢子萌发的重要性	本研究缺乏同步萌发大量孢子的方法，因此分析萌发时的基因表达仍具有挑战性	探讨休眠细胞如何打破休眠的关键问题	分生酵母的休眠孢子	NA	NA	转录组分析	NA	转录组数据	单个非同步分生酵母孢子
60	2024-08-09	Long-lived T follicular helper cells retain plasticity and help sustain humoral immunity 2020-03-06, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.aay5552 PMID:32144185	研究论文	本文探讨了长寿的T滤泡辅助细胞（T）在维持体液免疫中的作用及其生物学特性	首次揭示了T细胞在组织分离过程中易受NAD诱导的细胞死亡影响，以及长寿T细胞在转录和代谢上的独特性	NA	研究长寿T细胞的生物学特性和其在体液免疫中的作用	长寿T滤泡辅助细胞及其在免疫反应中的功能	免疫学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	至少400天后的感染样本