单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2024-08-07	Imputation of single-cell gene expression with an autoencoder neural network 2020-Mar, Quantitative biology (Beijing, China) DOI:10.1007/s40484-019-0192-7 PMID:32274259	研究论文	本文提出了一种基于自编码器神经网络的单细胞基因表达数据插补方法	开发了非参数深度学习方法LATE和TRANSLATE，用于单细胞RNA测序数据的插补，这些方法在模拟和真实数据上都优于现有的插补方法	单细胞RNA测序技术仍存在高比例的基因表达缺失问题	克服单细胞RNA测序数据中的基因表达缺失问题	单细胞RNA测序数据中的基因表达水平	机器学习	NA	单细胞RNA测序	自编码器	基因表达数据	可以高效处理超过100万个细胞
22	2024-08-07	Commensal microbiota drive the functional diversification of colon macrophages 2020-03, Mucosal immunology IF:7.9Q1 DOI:10.1038/s41385-019-0228-3 PMID:31772323	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了无特定病原体（SPF）和无菌（GF）C57BL/6小鼠结肠髓样细胞，揭示了结肠巨噬细胞（MPs）和树突状细胞（DCs）的广泛异质性	研究首次揭示了肠道共生微生物对结肠巨噬细胞功能多样化的驱动作用，并通过基因表达谱、定位和吞噬能力等方面区分了不同结肠巨噬细胞群体	研究仅限于特定的小鼠模型，可能需要进一步的人体研究来验证这些发现	探讨肠道共生微生物对结肠巨噬细胞功能多样化的影响	结肠巨噬细胞和树突状细胞的功能多样性	免疫学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	SPF和GF C57BL/6小鼠的结肠髓样细胞
23	2024-08-07	Trajectory-based differential expression analysis for single-cell sequencing data 2020-03-05, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-020-14766-3 PMID:32139671	研究论文	本文介绍了tradeSeq方法，一种基于负二项分布的广义加性模型框架，用于单细胞测序数据中的轨迹推断下游分析，能够灵活推断同系和异系间的差异表达	tradeSeq方法能够充分利用轨迹推断提供的连续分辨率，并精确识别差异表达的类型，同时通过引入观测级别的权重来考虑零膨胀问题	NA	开发一种新的方法来分析单细胞RNA测序数据中的基因表达动态变化	单细胞RNA测序数据中的基因差异表达	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	广义加性模型	基因表达数据	使用了模拟数据集和真实数据集（包括基于液滴和全长协议的数据）
24	2024-08-07	Runx1 negatively regulates inflammatory cytokine production by neutrophils in response to Toll-like receptor signaling 2020-03-24, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2019000785 PMID:32208490	研究论文	本文研究了RUNX1在调节中性粒细胞通过Toll样受体信号产生炎症细胞因子中的负向作用	首次展示了RUNX1在调节中性粒细胞的TLR1/2和TLR4信号及炎症细胞因子产生中的作用	研究主要集中在体外和动物模型，需要进一步的人体研究来验证结果	探讨RUNX1在调控中性粒细胞炎症反应中的作用及其在相关疾病中的潜在影响	中性粒细胞及其在TLR信号传导中的反应	NA	血液恶性肿瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及骨髓中性粒细胞和肺组织的多个样本
25	2024-08-07	Dissecting the early steps of MLL induced leukaemogenic transformation using a mouse model of AML 2020-03-16, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-020-15220-0 PMID:32179751	研究论文	本文利用条件性阻断在多能造血祖细胞阶段的细胞，开发了一种MLL-r模型，捕捉MLL-ENL表达的早期细胞和分子后果，并通过scRNA-seq、ATAC-seq和全基因组CRISPR-Cas9筛选，识别可能驱动白血病早期阶段的通路和基因。	开发了一种新的MLL-r模型，捕捉早期白血病转化的细胞和分子后果，并结合多种高通量技术进行深入分析。	NA	研究MLL诱导的白血病转化早期步骤的细胞和分子机制。	MLL-ENL表达对造血祖细胞的影响及其在白血病转化中的作用。	NA	急性髓系白血病	scRNA-seq, ATAC-seq, CRISPR-Cas9	NA	基因组数据	NA
26	2024-08-07	Re-evaluation of human BDCA-2+ DC during acute sterile skin inflammation 2020-03-02, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20190811 PMID:31845972	研究论文	本文研究了在急性无菌皮肤炎症期间，BDCA-2+CD123int DC亚群在人类皮肤伤口中的快速浸润现象	发现了先前未被识别的CD123intBDCA-2+CD1a+ DC亚群在急性无菌炎症早期皮肤浸润的现象	NA	重新评估pDC在皮肤疾病中的作用	BDCA-2+CD123int DC亚群和Axl+Siglec-6+ DCs（ASDC）在皮肤炎症中的作用	免疫学	皮肤疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	具体样本数量未在摘要中提及
27	2024-08-07	Transcriptional dynamics of pluripotent stem cell-derived endothelial cell differentiation revealed by single-cell RNA sequencing 2020-03-01, European heart journal IF:37.6Q1 DOI:10.1093/eurheartj/ehz351 PMID:31242503	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了人胚胎干细胞衍生的内皮细胞在定向分化过程中的转录动态	发现了内皮细胞和间充质细胞谱系的分化过程中的转录分支以及新的转录特征	NA	探索从多能干细胞到内皮细胞分化的转录景观和细胞动态	人胚胎干细胞衍生的内皮细胞及其与成熟内皮细胞的比较	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	总共105,727个细胞进行了单细胞RNA测序分析
28	2024-08-07	Titrating gene expression using libraries of systematically attenuated CRISPR guide RNAs 2020-Mar, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-019-0387-5 PMID:31932729	研究论文	本文介绍了一种使用CRISPR干扰和一系列活性系统性调节的单引导RNA（sgRNA）来调节人类基因表达的方法	开发了一种新的方法，通过使用含有目标位点错配的sgRNA来精确控制基因表达，并利用深度学习推导出错配sgRNA活性的规则	NA	评估基因表达水平与表型之间的关系	人类基因表达的精确控制	基因编辑	NA	CRISPR干扰	深度学习	RNA-seq	约2,400个对细胞生长至关重要的基因
29	2024-08-08	An NMF-based approach to discover overlooked differentially expressed gene regions from single-cell RNA-seq data 2020-Mar, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqz020 PMID:34632380	研究论文	本文提出了一种基于非负矩阵分解的方法，用于从单细胞RNA测序数据中发现被忽视的差异表达基因区域	该方法通过非负矩阵分解技术，量化差异表达水平，并与基于注释的方法进行比较，以发现先前未注释的差异表达转录本	NA	旨在发现单细胞RNA测序数据中被忽视的差异表达基因区域，以更好地理解细胞状态的调控机制	人类神经干细胞、小鼠胚胎干细胞和原始内胚层细胞、人类胚胎植入前细胞	基因组学	NA	单细胞RNA测序	非负矩阵分解	基因表达数据	包括人类神经干细胞、小鼠胚胎干细胞和原始内胚层细胞、人类胚胎植入前细胞的多个数据集
30	2024-08-09	Single-cell qPCR Assay with Massively Parallel Microfluidic System 2020-Mar-20, Bio-protocol IF:1.0Q3 DOI:10.21769/BioProtoc.3563 PMID:33659534	research paper	本文介绍了一种使用大规模并行微流控系统的单细胞qPCR检测方法	本文提供了一种新的标准化协议，用于单细胞qPCR技术，该技术能够更详细地理解异质细胞群和少数细胞	单细胞qPCR技术在基因数量方面存在一定限制	旨在建立单细胞qPCR技术的标准化协议，以更详细地理解细胞异质性	单细胞转录组及其在不同条件下的变化	NA	NA	单细胞qPCR	NA	基因表达数据	单个细胞
31	2024-08-09	Bayesian correlation is a robust gene similarity measure for single-cell RNA-seq data 2020-Mar, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqaa002 PMID:33575552	研究论文	本文探讨了在单细胞RNA测序数据中使用贝叶斯相关性作为基因相似性度量的鲁棒性	提出了一种贝叶斯相关性方案，该方案通过考虑低置信度表达估计的基因来扩展其在单细胞RNA测序数据中的应用	NA	旨在扩展贝叶斯相关性在单细胞RNA测序数据中的应用，通过三种方式计算相似性	单细胞RNA测序数据中的基因相似性	生物信息学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	贝叶斯相关性算法	基因表达数据	涉及多个细胞和基因对
32	2024-08-09	Bystander IFN-γ activity promotes widespread and sustained cytokine signaling altering the tumor microenvironment 2020-03, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-020-0038-2 PMID:32803171	研究论文	本文研究了肿瘤反应性T细胞产生的细胞因子IFN-γ在肿瘤微环境中广泛且持续的信号传导作用	首次报道了IFN-γ不仅在局部产生作用，还能扩散到远处区域改变肿瘤微环境，并且这种作用需要持续数小时的暴露	NA	探讨IFN-γ在肿瘤微环境中的时空活动及其对肿瘤微环境的影响	肿瘤反应性T细胞产生的IFN-γ及其在肿瘤微环境中的作用	NA	黑色素瘤	单细胞RNA测序	NA	图像	来自黑色素瘤患者的样本
33	2024-08-09	Profiling APOL1 Nephropathy Risk Variants in Genome-Edited Kidney Organoids with Single-Cell Transcriptomics 2020-Mar, Kidney360 IF:3.2Q1 DOI:10.34067/kid.0000422019 PMID:32656538	研究论文	本文利用单细胞转录组测序技术研究了APOL1基因风险变异在基因编辑的人类肾脏类器官中的表达及其对不同肾单位细胞类型的影响	首次使用单细胞RNA测序技术分析了APOL1风险变异在人类基因编辑肾脏类器官中的细胞特异性表达差异	NA	研究APOL1基因风险变异在肾脏疾病中的病理生理机制	APOL1基因风险变异在基因编辑的人类肾脏类器官中的表达及其对不同肾单位细胞类型的影响	数字病理学	肾脏疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	CRISPR-Cas9	转录组数据	包含肾单位样结构的肾脏类器官，包括肾小球上皮细胞、近端小管、远端小管和内皮细胞
34	2024-08-09	Cortical Neural Stem Cell Lineage Progression Is Regulated by Extrinsic Signaling Molecule Sonic Hedgehog 2020-03-31, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2020.03.027 PMID:32234482	研究论文	本文探讨了皮质神经干细胞系的分化进程及其受外部信号分子Sonic Hedgehog调控的分子机制	首次证明了Sonic Hedgehog信号对于GSX2表达的中间祖细胞（IPCs）的生成是必要且充分的，并使用单细胞RNA测序揭示了GSX2 IPCs的转录组特征	NA	揭示皮质神经干细胞系分化的分子机制	皮质神经干细胞及其分化产物	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及E16.5时期的鼠皮质神经干细胞
35	2024-08-09	Network-Based Single-Cell RNA-Seq Data Imputation Enhances Cell Type Identification 2020-03-31, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes11040377 PMID:32244427	研究论文	本文介绍了一种基于网络的单细胞RNA测序数据插补方法netImpute，通过利用基因共表达网络中的隐藏信息来恢复真实信号，以改善细胞类型识别	netImpute采用随机游走重启（RWR）技术，通过从基因共表达网络中的邻居借用信息来调整给定细胞的基因表达水平，有效处理了数据中的缺失值问题	虽然netImpute的概念通用，可以应用于其他类型的网络，如细胞共表达网络或蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络，但评估结果显示基因共表达网络始终更有益，而PPI网络通常缺乏细胞类型上下文，细胞共表达网络可能导致稀有细胞类型的信息丢失	旨在通过网络方法改善单细胞RNA测序数据中的细胞类型识别	单细胞RNA测序数据中的细胞类型识别	基因组学	NA	单细胞RNA测序	随机游走重启（RWR）	基因表达数据	七个真实数据集和模拟数据
36	2024-08-09	Dimension Reduction and Clustering Models for Single-Cell RNA Sequencing Data: A Comparative Study 2020-Mar-22, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms21062181 PMID:32235704	研究论文	本文对单细胞RNA测序数据进行了维度降低和聚类模型的比较研究	引入了几种维度降低方法和聚类模型，并通过实验验证了它们在处理高维和稀疏单细胞RNA测序数据中的有效性	文章指出独立成分分析在模糊C均值聚类中表现不佳	验证一种可靠和标准的研究流程，并对不同的维度降低方法和聚类模型进行综合评估	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	K均值聚类	基因表达数据	两个大型单细胞RNA测序数据集
37	2024-08-09	Integrative differential expression and gene set enrichment analysis using summary statistics for scRNA-seq studies 2020-03-27, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-020-15298-6 PMID:32221292	研究论文	本文开发了一种名为iDEA的集成计算方法，通过分层贝叶斯框架联合执行差异表达（DE）和基因集富集（GSE）分析，适用于单细胞RNA测序（scRNA-seq）研究	iDEA方法通过集成DE和GSE分析，提高了DE分析的效力和一致性以及GSE分析的准确性，并且仅使用DE汇总统计数据作为输入，便于与现有DE方法互补和配对	NA	开发一种集成且可扩展的计算方法，用于在scRNA-seq研究中联合进行差异表达和基因集富集分析	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	分层贝叶斯框架	汇总统计数据	分析了三个scRNA-seq数据集
38	2024-08-09	Acute kidney injury promotes development of papillary renal cell adenoma and carcinoma from renal progenitor cells 2020-03-25, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.aaw6003 PMID:32213630	研究论文	本文研究了急性肾损伤（AKI）如何促进肾前体细胞发展为乳头状肾细胞腺瘤和癌	首次展示了AKI如何通过增加细胞有丝分裂和多倍体化，以及NOTCH1过表达，促进乳头状肾细胞癌的发展和复发	研究主要基于小鼠模型和人类细胞培养，可能需要更多临床数据验证	探讨急性肾损伤对乳头状肾细胞癌发展的影响及其分子机制	急性肾损伤后的肾前体细胞和乳头状肾细胞癌	NA	肾癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	多个单中心和多中心研究的数据，以及小鼠和人类细胞培养样本
39	2024-08-09	Dissecting the Single-Cell Transcriptome Network Underlying Gastric Premalignant Lesions and Early Gastric Cancer 2020-Mar-24, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2020.03.020 PMID:32209487	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
40	2024-08-09	Analysis of Dual Class I Histone Deacetylase and Lysine Demethylase Inhibitor Domatinostat (4SC-202) on Growth and Cellular and Genomic Landscape of Atypical Teratoid/Rhabdoid 2020-Mar-23, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers12030756 PMID:32210076	研究论文	研究Domatinostat（4SC-202）对非典型畸胎瘤/横纹肌样瘤（ATRT）细胞存活和单细胞异质性的影响	首次探讨了Domatinostat（4SC-202）对ATRT细胞的细胞毒性和细胞抑制作用，并可能靶向癌症干细胞	研究主要在2D和3D细胞培养模型中进行，尚未在体内进行验证	探究Domatinostat（4SC-202）对非典型畸胎瘤/横纹肌样瘤（ATRT）的治疗潜力	非典型畸胎瘤/横纹肌样瘤（ATRT）细胞	数字病理学	非典型畸胎瘤/横纹肌样瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	ATRT-06球状体样本