单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 114 篇文献，本页显示第 21 - 40 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 21 | 2024-08-05 |
Latent periodic process inference from single-cell RNA-seq data
2020-03-18, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-15295-9
PMID:32188848
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为Cyclum的自编码器方法，用于从单细胞RNA测序数据中推断潜在的周期性生物过程 | Cyclum显著提高了细胞周期特征化的准确性和稳健性，超越了现有方法 | 对于周期性过程的准确表征仍然具有挑战性 | 研究如何从单细胞RNA测序数据中推断生物发育过程中潜在的周期性过程 | 通过分析不同发育阶段细胞的转录组特征，聚焦于细胞周期的识别 | 数字病理学 | 肿瘤异质性 | RNA测序 | 自编码器 | transcriptomic 数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 22 | 2024-08-05 |
Identification of a nerve-associated, lung-resident interstitial macrophage subset with distinct localization and immunoregulatory properties
2020-03-27, Science immunology
IF:17.6Q1
DOI:10.1126/sciimmunol.aax8756
PMID:32220976
|
研究论文 | 本文报告了一种具有特定定位和免疫调节特性的肺内间质巨噬细胞亚群。 | 发现了一种不同于肺泡巨噬细胞的神经相关肺驻留间质巨噬细胞亚群，并揭示其在免疫和组织稳态中的独特功能。 | 未提及具体的限制。 | 阐明神经相关的肺驻留巨噬细胞在免疫调节和组织稳态中的作用。 | 研究了CD169肺驻留巨噬细胞的间质亚群及其不同的发育和转录特征。 | 数字病理学 | 肺癌 | 转录组分析 | NA | 细胞 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 23 | 2024-08-05 |
Restraining Lysosomal Activity Preserves Hematopoietic Stem Cell Quiescence and Potency
2020-03-05, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2020.01.013
PMID:32109377
|
研究论文 | 该文章展示了抑制溶酶体活性如何维持造血干细胞的静息和活力 | 通过单细胞RNA测序，发现线粒体膜电位有助于区分静息和循环准备状态的造血干细胞，并表明抑制溶酶体活性可以增强其再生能力 | 未提及具体的临床转化研究结果 | 探讨造血干细胞的代谢特性及其在维持静息状态中的作用 | 造血干细胞及其代谢特性 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 24 | 2024-08-07 |
Platform Effects on Regeneration by Pulmonary Basal Cells as Evaluated by Single-Cell RNA Sequencing
2020-03-24, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2020.03.004
PMID:32209482
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序评估了不同平台对肺基底细胞再生的影响 | 开发了计算流程来比较不同平台样本的全局和群体水平差异 | NA | 阐明体外环境中上皮再生结果的环境效应 | 从大鼠气管中分离并培养的药理学扩增的基底细胞 | 数字病理学 | 慢性肺部疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 从大鼠气管中分离的基底细胞样本 | NA | NA | NA | NA |
| 25 | 2024-08-07 |
Cortical Foxp2 Supports Behavioral Flexibility and Developmental Dopamine D1 Receptor Expression
2020-03-14, Cerebral cortex (New York, N.Y. : 1991)
DOI:10.1093/cercor/bhz209
PMID:31711176
|
研究论文 | 本研究通过特异性敲除小鼠皮质中的Foxp2基因，探讨了Foxp2在皮质发育和行为灵活性中的作用。 | 首次揭示了Foxp2在皮质中对多巴胺D1受体表达和行为灵活性的调控作用，并通过单细胞转录组学分析了D1R表达细胞类型的变化。 | NA | 探究Foxp2在皮质发育和行为灵活性中的分子和行为功能。 | 皮质特异性Foxp2条件敲除小鼠。 | 神经科学 | 神经发育障碍 | 单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据 | 至少五种兴奋性和三种抑制性D1R表达细胞类型 | NA | NA | NA | NA |
| 26 | 2024-08-07 |
Phagocytosis of Wnt inhibitor SFRP4 by late wound macrophages drives chronic Wnt activity for fibrotic skin healing
2020-03, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.aay3704
PMID:32219160
|
研究论文 | 研究通过单细胞RNA测序比较了半再生性和纤维化伤口诱导的毛发生成（WIHN）伤口，发现晚期伤口中的巨噬细胞通过吞噬皮肤Wnt抑制因子SFRP4来驱动纤维化愈合 | 揭示了巨噬细胞通过吞噬SFRP4来调节Wnt信号通路，从而影响皮肤伤口愈合的命运 | NA | 探讨巨噬细胞在皮肤伤口愈合中的作用及其机制 | 人及小鼠皮肤伤口愈合过程中的巨噬细胞和纤维化过程 | NA | 皮肤疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 27 | 2024-08-07 |
Brain Endothelial Cells Are Exquisite Sensors of Age-Related Circulatory Cues
2020-03-31, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2020.03.012
PMID:32234477
|
研究论文 | 研究探讨了脑内皮细胞（BECs）在正常老化过程中对循环信号的敏感性及其转录变化 | 首次揭示了海马体中的毛细血管内皮细胞在老化过程中表现出最大的转录变化，上调了先天免疫和氧化应激反应途径 | NA | 探究脑内皮细胞是否接收并可能在血液和大脑之间传递与年龄相关的循环信号 | 脑内皮细胞（BECs）及其在老化过程中的转录变化 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 28 | 2024-08-07 |
SARS-CoV-2 Entry Genes Are Most Highly Expressed in Nasal Goblet and Ciliated Cells within Human Airways
2020-Mar-13, ArXiv
PMID:32550242
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序数据分析了SARS-CoV-2病毒受体和S蛋白激活酶在人体呼吸道细胞中的表达情况 | 发现鼻腔杯状细胞和纤毛细胞中病毒受体和激活酶的表达最高，这可能与病毒的高传播性有关 | NA | 旨在更好地理解SARS-CoV-2病毒的趋向性及其在人体呼吸道中的表达情况 | SARS-CoV-2病毒受体和S蛋白激活酶在人体呼吸道细胞中的表达 | 数字病理学 | COVID-19冠状病毒病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 来自健康个体的单细胞RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA |
| 29 | 2024-08-07 |
Obstacles to detecting isoforms using full-length scRNA-seq data
2020-03-23, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-020-01981-w
PMID:32293520
|
研究论文 | 本研究通过模拟方法探讨单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中检测剪接变体的障碍 | 明确考虑了scRNA-seq中的dropout和isoform定量错误对分析结果的影响 | 高dropout率和isoform选择模型的不同对模拟结果有显著影响 | 探讨使用scRNA-seq数据研究可变剪接的可行性及需克服的限制 | 单细胞RNA测序数据中的剪接变体检测 | 基因组学 | NA | scRNA-seq | 模拟模型 | RNA序列 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 30 | 2024-08-07 |
Standard machine learning approaches outperform deep representation learning on phenotype prediction from transcriptomics data
2020-Mar-20, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-020-3427-8
PMID:32197580
|
研究论文 | 本文通过综合分析多个疾病领域的24个二分类和多分类预测问题以及26个生存分析任务，探讨了基因子集、归一化方法和预测算法对表型预测的影响，并探索了深度表示学习方法在大型转录组数据集上的应用。 | 本文首次系统地研究了深度表示学习方法在大型转录组数据集上的应用，并评估了其在表型预测中的性能。 | 深度表示学习方法在跨数据集的外样本性能上并未显示出一致的改进。 | 开发可操作、稳健且可重复的表型预测标志物，以促进分子诊断的革命。 | 从溃疡性结肠炎、特应性皮炎、糖尿病到多种癌症亚型等24个二分类和多分类预测问题以及26个生存分析任务。 | 机器学习 | NA | 深度表示学习 | l2-正则化回归 | 转录组数据 | 涉及GTEx和TCGA等大型转录组数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 31 | 2024-08-07 |
An integrative approach to the facile functional classification of dorsal root ganglion neuronal subclasses
2020-03-10, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.1911382117
PMID:32079727
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为三元组星座分析（TCA）的综合方法，用于快速分类体外背根神经节（DRG）神经元的功能亚类 | 提出了一种新的综合分析方法TCA，结合了药物反应、遗传标记、全细胞记录和单细胞转录组学，以快速且可靠地分类神经元功能亚类 | NA | 加速混合群体中个体躯体感觉神经元亚类的全面分类和特征化 | 背根神经节（DRG）神经元的功能亚类 | 神经科学 | NA | 钙成像、全细胞记录、单细胞转录组学 | NA | 细胞内钙浓度、动作电位模式、单细胞转录组数据 | 多个DRG神经元亚类（L1, L2, L3, L5） | NA | NA | NA | NA |
| 32 | 2024-08-07 |
Integrated proteogenomic deep sequencing and analytics accurately identify non-canonical peptides in tumor immunopeptidomes
2020-03-10, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-14968-9
PMID:32157095
|
研究论文 | 本文介绍了一种基于质谱的分析方法，通过整合全外显子测序、批量和单细胞转录组学、核糖体分析以及两种质谱/质谱搜索工具，准确识别肿瘤人类白细胞抗原（HLA）结合的非经典肽。 | 该方法能够准确识别数百种共享和肿瘤特异性的非经典HLA肽，包括从黑色素瘤干细胞标记基因ABCB5下游开放阅读框衍生出的免疫原性肽。 | NA | 旨在精确识别能够介导T细胞基础肿瘤排斥的肿瘤HLA结合肽。 | 肿瘤HLA结合的非经典肽。 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 质谱（MS） | NA | 蛋白质组学数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 33 | 2024-08-07 |
Decontamination of ambient RNA in single-cell RNA-seq with DecontX
2020-03-05, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-020-1950-6
PMID:32138770
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为DecontX的新型贝叶斯方法，用于估计和去除单细胞RNA测序（scRNA-seq）中的污染 | DecontX是一种新颖的贝叶斯方法，能够准确估计并去除单细胞RNA测序中的污染 | NA | 提高单细胞RNA测序工作流程的下游分析质量 | 单细胞RNA测序中的污染问题 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 贝叶斯方法 | RNA | 使用了一个小鼠-人类混合数据集和一个PBMC数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 34 | 2024-08-07 |
Millefy: visualizing cell-to-cell heterogeneity in read coverage of single-cell RNA sequencing datasets
2020-Mar-03, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-020-6542-z
PMID:32122302
|
研究论文 | 本文介绍了Millefy工具，用于可视化单细胞RNA测序数据中的读取覆盖率，以揭示细胞间的异质性 | Millefy能够在一个基因组上下文中同时显示所有单个细胞的读取覆盖率，并通过动态重排细胞基于扩散图来突出显示细胞间的读取覆盖率异质性 | NA | 开发一种工具，用于可视化单细胞RNA测序数据中的读取覆盖率，以揭示RNA转录和加工过程中的细胞异质性 | 单细胞RNA测序数据中的读取覆盖率 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据 | 小鼠胚胎干细胞和三阴性乳腺癌细胞的单细胞RNA测序数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 35 | 2024-08-07 |
Single-cell analysis of olfactory neurogenesis and differentiation in adult humans
2020-03, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-020-0587-9
PMID:32066986
|
研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序分析了28,726个细胞，研究了成年人类嗅神经上皮中的神经发生和分化 | 首次详细描述了人类嗅神经上皮中神经干细胞和神经祖细胞池以及神经元的存在，并详细记录了140种嗅觉受体的表达 | NA | 探讨成年人类中活跃的神经发生微环境的存在 | 人类嗅神经上皮中的神经干细胞、神经祖细胞和神经元 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 28,726个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 36 | 2024-08-07 |
Imputation of single-cell gene expression with an autoencoder neural network
2020-Mar, Quantitative biology (Beijing, China)
DOI:10.1007/s40484-019-0192-7
PMID:32274259
|
研究论文 | 本文提出了一种基于自编码器神经网络的单细胞基因表达数据插补方法 | 开发了非参数深度学习方法LATE和TRANSLATE，用于单细胞RNA测序数据的插补，这些方法在模拟和真实数据上都优于现有的插补方法 | 单细胞RNA测序技术仍存在高比例的基因表达缺失问题 | 克服单细胞RNA测序数据中的基因表达缺失问题 | 单细胞RNA测序数据中的基因表达水平 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 自编码器 | 基因表达数据 | 可以高效处理超过100万个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 37 | 2024-08-07 |
Trajectory-based differential expression analysis for single-cell sequencing data
2020-03-05, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-14766-3
PMID:32139671
|
研究论文 | 本文介绍了tradeSeq方法，一种基于负二项分布的广义加性模型框架，用于单细胞测序数据中的轨迹推断下游分析，能够灵活推断同系和异系间的差异表达 | tradeSeq方法能够充分利用轨迹推断提供的连续分辨率，并精确识别差异表达的类型，同时通过引入观测级别的权重来考虑零膨胀问题 | NA | 开发一种新的方法来分析单细胞RNA测序数据中的基因表达动态变化 | 单细胞RNA测序数据中的基因差异表达 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 广义加性模型 | 基因表达数据 | 使用了模拟数据集和真实数据集（包括基于液滴和全长协议的数据） | NA | NA | NA | NA |
| 38 | 2024-08-07 |
Runx1 negatively regulates inflammatory cytokine production by neutrophils in response to Toll-like receptor signaling
2020-03-24, Blood advances
IF:7.4Q1
DOI:10.1182/bloodadvances.2019000785
PMID:32208490
|
研究论文 | 本文研究了RUNX1在调节中性粒细胞通过Toll样受体信号产生炎症细胞因子中的负向作用 | 首次展示了RUNX1在调节中性粒细胞的TLR1/2和TLR4信号及炎症细胞因子产生中的作用 | 研究主要集中在体外和动物模型，需要进一步的人体研究来验证结果 | 探讨RUNX1在调控中性粒细胞炎症反应中的作用及其在相关疾病中的潜在影响 | 中性粒细胞及其在TLR信号传导中的反应 | NA | 血液恶性肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 涉及骨髓中性粒细胞和肺组织的多个样本 | NA | NA | NA | NA |
| 39 | 2024-08-08 |
An NMF-based approach to discover overlooked differentially expressed gene regions from single-cell RNA-seq data
2020-Mar, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqz020
PMID:34632380
|
研究论文 | 本文提出了一种基于非负矩阵分解的方法，用于从单细胞RNA测序数据中发现被忽视的差异表达基因区域 | 该方法通过非负矩阵分解技术，量化差异表达水平，并与基于注释的方法进行比较，以发现先前未注释的差异表达转录本 | NA | 旨在发现单细胞RNA测序数据中被忽视的差异表达基因区域，以更好地理解细胞状态的调控机制 | 人类神经干细胞、小鼠胚胎干细胞和原始内胚层细胞、人类胚胎植入前细胞 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | 非负矩阵分解 | 基因表达数据 | 包括人类神经干细胞、小鼠胚胎干细胞和原始内胚层细胞、人类胚胎植入前细胞的多个数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 40 | 2024-08-09 |
Single-cell qPCR Assay with Massively Parallel Microfluidic System
2020-Mar-20, Bio-protocol
IF:1.0Q3
DOI:10.21769/BioProtoc.3563
PMID:33659534
|
research paper | 本文介绍了一种使用大规模并行微流控系统的单细胞qPCR检测方法 | 本文提供了一种新的标准化协议，用于单细胞qPCR技术，该技术能够更详细地理解异质细胞群和少数细胞 | 单细胞qPCR技术在基因数量方面存在一定限制 | 旨在建立单细胞qPCR技术的标准化协议，以更详细地理解细胞异质性 | 单细胞转录组及其在不同条件下的变化 | NA | NA | 单细胞qPCR | NA | 基因表达数据 | 单个细胞 | NA | NA | NA | NA |