单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2024-12-14	STAT3 signaling in myeloid cells promotes pathogenic myelin-specific T cell differentiation and autoimmune demyelination 2020-03-10, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.1913997117 PMID:32094172	研究论文	研究揭示了STAT3信号在髓系细胞中对病理性髓鞘特异性T细胞分化和自身免疫性脱髓鞘的促进作用	首次发现髓系细胞中的STAT3信号对髓鞘反应性T细胞的激活至关重要，并提出髓系STAT3作为自身免疫性脱髓鞘疾病的潜在治疗靶点	NA	探讨STAT3信号在髓系细胞中对多发性硬化症（MS）发病机制的影响	髓系细胞、髓鞘特异性T细胞、实验性自身免疫性脑脊髓炎（EAE）	NA	多发性硬化症	单细胞转录组分析	NA	转录组	野生型和突变型小鼠的髓系细胞
2	2024-11-29	Transcriptional diversity and bioenergetic shift in human breast cancer metastasis revealed by single-cell RNA sequencing 2020-03, Nature cell biology IF:17.3Q1 DOI:10.1038/s41556-020-0477-0 PMID:32144411	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和患者来源的异种移植模型，揭示了乳腺癌转移过程中罕见的转移细胞在播种过程中的全局转录组变化	本文建立了识别转移细胞播种过程中全局转录组变化的稳健方法，并发现微转移灶具有一种跨患者来源异种移植模型保守的转录组程序，这与患者的不良生存高度相关	NA	揭示乳腺癌转移过程中罕见的转移细胞在播种过程中的全局转录组变化	乳腺癌转移细胞的转录组变化	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	患者来源的异种移植模型
3	2024-08-08	Single-cell analysis of RORα tracer mouse lung reveals ILC progenitors and effector ILC2 subsets 2020-03-02, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20182293 PMID:31816636	研究论文	本研究通过生成RORα谱系示踪小鼠并进行单细胞RNA测序、流式细胞术和功能分析，揭示了肺部ILC2的发育路径	发现了不同于传统IL-18Rα-ST2+ ILC2s的IL-18Rα+ST2-群体，并识别出新生儿肺部中的三种ILC群体	NA	阐明肺部ILC2的发育路径	肺部ILC2及其前体细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	成年和新生儿小鼠肺部样本
4	2024-08-05	Latent periodic process inference from single-cell RNA-seq data 2020-03-18, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-020-15295-9 PMID:32188848	研究论文	本文介绍了一种名为Cyclum的自编码器方法，用于从单细胞RNA测序数据中推断潜在的周期性生物过程	Cyclum显著提高了细胞周期特征化的准确性和稳健性，超越了现有方法	对于周期性过程的准确表征仍然具有挑战性	研究如何从单细胞RNA测序数据中推断生物发育过程中潜在的周期性过程	通过分析不同发育阶段细胞的转录组特征，聚焦于细胞周期的识别	数字病理学	肿瘤异质性	RNA测序	自编码器	transcriptomic 数据	NA
5	2024-08-05	Identification of a nerve-associated, lung-resident interstitial macrophage subset with distinct localization and immunoregulatory properties 2020-03-27, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.aax8756 PMID:32220976	研究论文	本文报告了一种具有特定定位和免疫调节特性的肺内间质巨噬细胞亚群。	发现了一种不同于肺泡巨噬细胞的神经相关肺驻留间质巨噬细胞亚群，并揭示其在免疫和组织稳态中的独特功能。	未提及具体的限制。	阐明神经相关的肺驻留巨噬细胞在免疫调节和组织稳态中的作用。	研究了CD169肺驻留巨噬细胞的间质亚群及其不同的发育和转录特征。	数字病理学	肺癌	转录组分析	NA	细胞	NA
6	2024-08-05	Restraining Lysosomal Activity Preserves Hematopoietic Stem Cell Quiescence and Potency 2020-03-05, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2020.01.013 PMID:32109377	研究论文	该文章展示了抑制溶酶体活性如何维持造血干细胞的静息和活力	通过单细胞RNA测序，发现线粒体膜电位有助于区分静息和循环准备状态的造血干细胞，并表明抑制溶酶体活性可以增强其再生能力	未提及具体的临床转化研究结果	探讨造血干细胞的代谢特性及其在维持静息状态中的作用	造血干细胞及其代谢特性	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
7	2024-08-07	Platform Effects on Regeneration by Pulmonary Basal Cells as Evaluated by Single-Cell RNA Sequencing 2020-03-24, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2020.03.004 PMID:32209482	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序评估了不同平台对肺基底细胞再生的影响	开发了计算流程来比较不同平台样本的全局和群体水平差异	NA	阐明体外环境中上皮再生结果的环境效应	从大鼠气管中分离并培养的药理学扩增的基底细胞	数字病理学	慢性肺部疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	从大鼠气管中分离的基底细胞样本
8	2024-08-07	Cortical Foxp2 Supports Behavioral Flexibility and Developmental Dopamine D1 Receptor Expression 2020-03-14, Cerebral cortex (New York, N.Y. : 1991) DOI:10.1093/cercor/bhz209 PMID:31711176	研究论文	本研究通过特异性敲除小鼠皮质中的Foxp2基因，探讨了Foxp2在皮质发育和行为灵活性中的作用。	首次揭示了Foxp2在皮质中对多巴胺D1受体表达和行为灵活性的调控作用，并通过单细胞转录组学分析了D1R表达细胞类型的变化。	NA	探究Foxp2在皮质发育和行为灵活性中的分子和行为功能。	皮质特异性Foxp2条件敲除小鼠。	神经科学	神经发育障碍	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	至少五种兴奋性和三种抑制性D1R表达细胞类型
9	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing reveals a heterogeneous response to Glucocorticoids in breast cancer cells 2020-03-13, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-020-0837-0 PMID:32170217	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术探讨了乳腺癌细胞对糖皮质激素的异质性反应	首次通过单细胞RNA测序揭示了乳腺癌细胞对糖皮质激素反应的细胞间转录异质性	研究仅限于一种乳腺癌细胞系，可能无法完全代表所有乳腺癌细胞的反应	探究乳腺癌细胞对糖皮质激素的个体细胞转录反应	乳腺癌细胞对糖皮质激素的反应	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序 (scRNAseq)	NA	RNA	一种人乳腺癌细胞系
10	2024-08-07	Phagocytosis of Wnt inhibitor SFRP4 by late wound macrophages drives chronic Wnt activity for fibrotic skin healing 2020-03, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.aay3704 PMID:32219160	研究论文	研究通过单细胞RNA测序比较了半再生性和纤维化伤口诱导的毛发生成（WIHN）伤口，发现晚期伤口中的巨噬细胞通过吞噬皮肤Wnt抑制因子SFRP4来驱动纤维化愈合	揭示了巨噬细胞通过吞噬SFRP4来调节Wnt信号通路，从而影响皮肤伤口愈合的命运	NA	探讨巨噬细胞在皮肤伤口愈合中的作用及其机制	人及小鼠皮肤伤口愈合过程中的巨噬细胞和纤维化过程	NA	皮肤疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
11	2024-08-07	Brain Endothelial Cells Are Exquisite Sensors of Age-Related Circulatory Cues 2020-03-31, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2020.03.012 PMID:32234477	研究论文	研究探讨了脑内皮细胞（BECs）在正常老化过程中对循环信号的敏感性及其转录变化	首次揭示了海马体中的毛细血管内皮细胞在老化过程中表现出最大的转录变化，上调了先天免疫和氧化应激反应途径	NA	探究脑内皮细胞是否接收并可能在血液和大脑之间传递与年龄相关的循环信号	脑内皮细胞（BECs）及其在老化过程中的转录变化	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
12	2024-08-07	SARS-CoV-2 Entry Genes Are Most Highly Expressed in Nasal Goblet and Ciliated Cells within Human Airways 2020-Mar-13, ArXiv PMID:32550242	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序数据分析了SARS-CoV-2病毒受体和S蛋白激活酶在人体呼吸道细胞中的表达情况	发现鼻腔杯状细胞和纤毛细胞中病毒受体和激活酶的表达最高，这可能与病毒的高传播性有关	NA	旨在更好地理解SARS-CoV-2病毒的趋向性及其在人体呼吸道中的表达情况	SARS-CoV-2病毒受体和S蛋白激活酶在人体呼吸道细胞中的表达	数字病理学	COVID-19冠状病毒病	单细胞RNA测序	NA	RNA	来自健康个体的单细胞RNA测序数据
13	2024-08-07	Obstacles to detecting isoforms using full-length scRNA-seq data 2020-03-23, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-020-01981-w PMID:32293520	研究论文	本研究通过模拟方法探讨单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中检测剪接变体的障碍	明确考虑了scRNA-seq中的dropout和isoform定量错误对分析结果的影响	高dropout率和isoform选择模型的不同对模拟结果有显著影响	探讨使用scRNA-seq数据研究可变剪接的可行性及需克服的限制	单细胞RNA测序数据中的剪接变体检测	基因组学	NA	scRNA-seq	模拟模型	RNA序列	NA
14	2024-08-07	Standard machine learning approaches outperform deep representation learning on phenotype prediction from transcriptomics data 2020-Mar-20, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-020-3427-8 PMID:32197580	研究论文	本文通过综合分析多个疾病领域的24个二分类和多分类预测问题以及26个生存分析任务，探讨了基因子集、归一化方法和预测算法对表型预测的影响，并探索了深度表示学习方法在大型转录组数据集上的应用。	本文首次系统地研究了深度表示学习方法在大型转录组数据集上的应用，并评估了其在表型预测中的性能。	深度表示学习方法在跨数据集的外样本性能上并未显示出一致的改进。	开发可操作、稳健且可重复的表型预测标志物，以促进分子诊断的革命。	从溃疡性结肠炎、特应性皮炎、糖尿病到多种癌症亚型等24个二分类和多分类预测问题以及26个生存分析任务。	机器学习	NA	深度表示学习	l2-正则化回归	转录组数据	涉及GTEx和TCGA等大型转录组数据集
15	2024-08-07	An integrative approach to the facile functional classification of dorsal root ganglion neuronal subclasses 2020-03-10, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.1911382117 PMID:32079727	研究论文	本文介绍了一种名为三元组星座分析（TCA）的综合方法，用于快速分类体外背根神经节（DRG）神经元的功能亚类	提出了一种新的综合分析方法TCA，结合了药物反应、遗传标记、全细胞记录和单细胞转录组学，以快速且可靠地分类神经元功能亚类	NA	加速混合群体中个体躯体感觉神经元亚类的全面分类和特征化	背根神经节（DRG）神经元的功能亚类	神经科学	NA	钙成像、全细胞记录、单细胞转录组学	NA	细胞内钙浓度、动作电位模式、单细胞转录组数据	多个DRG神经元亚类（L1, L2, L3, L5）
16	2024-08-07	Integrated proteogenomic deep sequencing and analytics accurately identify non-canonical peptides in tumor immunopeptidomes 2020-03-10, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-020-14968-9 PMID:32157095	研究论文	本文介绍了一种基于质谱的分析方法，通过整合全外显子测序、批量和单细胞转录组学、核糖体分析以及两种质谱/质谱搜索工具，准确识别肿瘤人类白细胞抗原（HLA）结合的非经典肽。	该方法能够准确识别数百种共享和肿瘤特异性的非经典HLA肽，包括从黑色素瘤干细胞标记基因ABCB5下游开放阅读框衍生出的免疫原性肽。	NA	旨在精确识别能够介导T细胞基础肿瘤排斥的肿瘤HLA结合肽。	肿瘤HLA结合的非经典肽。	数字病理学	黑色素瘤	质谱（MS）	NA	蛋白质组学数据	NA
17	2024-08-07	Decontamination of ambient RNA in single-cell RNA-seq with DecontX 2020-03-05, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-020-1950-6 PMID:32138770	研究论文	本文介绍了一种名为DecontX的新型贝叶斯方法，用于估计和去除单细胞RNA测序（scRNA-seq）中的污染	DecontX是一种新颖的贝叶斯方法，能够准确估计并去除单细胞RNA测序中的污染	NA	提高单细胞RNA测序工作流程的下游分析质量	单细胞RNA测序中的污染问题	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	贝叶斯方法	RNA	使用了一个小鼠-人类混合数据集和一个PBMC数据集
18	2024-08-07	Identification of region-specific astrocyte subtypes at single cell resolution 2020-03-05, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-019-14198-8 PMID:32139688	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，在成年小鼠的大脑皮层和海马区域识别出五种转录组学上不同的星形胶质细胞亚型	首次在单细胞分辨率下识别出特定脑区的星形胶质细胞亚型，并验证了这些亚型在空间上的定位	NA	探究星形胶质细胞在不同脑区的分子多样性	星形胶质细胞亚型及其在脑区的分布	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	成年小鼠的大脑皮层和海马区域的星形胶质细胞
19	2024-08-07	Millefy: visualizing cell-to-cell heterogeneity in read coverage of single-cell RNA sequencing datasets 2020-Mar-03, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-020-6542-z PMID:32122302	研究论文	本文介绍了Millefy工具，用于可视化单细胞RNA测序数据中的读取覆盖率，以揭示细胞间的异质性	Millefy能够在一个基因组上下文中同时显示所有单个细胞的读取覆盖率，并通过动态重排细胞基于扩散图来突出显示细胞间的读取覆盖率异质性	NA	开发一种工具，用于可视化单细胞RNA测序数据中的读取覆盖率，以揭示RNA转录和加工过程中的细胞异质性	单细胞RNA测序数据中的读取覆盖率	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因组数据	小鼠胚胎干细胞和三阴性乳腺癌细胞的单细胞RNA测序数据集
20	2024-08-07	Single-cell analysis of olfactory neurogenesis and differentiation in adult humans 2020-03, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-020-0587-9 PMID:32066986	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析了28,726个细胞，研究了成年人类嗅神经上皮中的神经发生和分化	首次详细描述了人类嗅神经上皮中神经干细胞和神经祖细胞池以及神经元的存在，并详细记录了140种嗅觉受体的表达	NA	探讨成年人类中活跃的神经发生微环境的存在	人类嗅神经上皮中的神经干细胞、神经祖细胞和神经元	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	细胞	28,726个细胞