单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2024-08-09	Droplet scRNA-seq is not zero-inflated 2020-02, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-019-0379-5 PMID:31937974	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
82	2024-08-09	Inhibition of lysine-specific histone demethylase 1A results in meiotic aberration during oocyte maturation in vitro in goats 2020-Feb, Theriogenology IF:2.4Q1 DOI:10.1016/j.theriogenology.2019.12.011 PMID:31881434	研究论文	研究通过单细胞RNA测序技术探讨山羊卵母细胞体外成熟过程中组蛋白去甲基化酶LSD1的作用	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了山羊卵母细胞成熟过程中LSD1的功能及其对卵母细胞成熟的影响	研究主要集中在体外实验，未来需要进一步的体内实验验证	探讨组蛋白甲基化在山羊卵母细胞成熟中的作用机制	山羊的卵母细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	4516个差异表达基因
83	2024-08-09	Time-Series Single-Cell RNA-Seq Data Reveal Auxin Fluctuation during Endocycle 2020-Feb-01, Plant & cell physiology DOI:10.1093/pcp/pcz228 PMID:31841158	研究论文	本研究重新分析了根部的单细胞转录组数据，重建了有丝分裂细胞周期和内复制周期的细胞周期轨迹，揭示了生长素在内复制周期中的动态波动。	首次揭示了生长素在内复制周期中的动态波动，并展示了这种波动在维持内复制阶段中的作用。	NA	探究生长素在内复制周期中的作用及其维持机制。	拟南芥中的细胞周期调控。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
84	2024-08-09	Continuous and Discrete Neuron Types of the Adult Murine Striatum 2020-02-19, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2019.11.004 PMID:31813651	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序和定量RNA原位杂交技术，探讨了成年小鼠纹状体中刺突投射神经元（SPN）的分子和解剖多样性	本研究首次通过计算方法区分了单细胞RNA测序数据中的离散和连续异质性，并发现了纹状体中SPN的四种主要离散类型，以及这些类型内的连续异质性	NA	旨在定义成年小鼠纹状体中刺突投射神经元的分子和解剖多样性	成年小鼠纹状体中的刺突投射神经元（SPN）	神经科学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），定量RNA原位杂交（ISH）	NA	基因表达数据	NA
85	2024-08-09	Heterogeneity of human prostate carcinoma-associated fibroblasts implicates a role for subpopulations in myeloid cell recruitment 2020-02, The Prostate DOI:10.1002/pros.23929 PMID:31763714	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和无监督聚类分析，探讨了人前列腺癌相关成纤维细胞（CAF）的异质性及其在髓样细胞招募中的作用	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了前列腺癌相关成纤维细胞的六个亚群，并发现这些亚群在髓样细胞招募中具有独特功能	研究主要集中在体外和体内实验，未来需要进一步研究CAF亚群在前列腺癌生长和进展中的具体作用	旨在理解CAF在前列腺癌肿瘤生长中的机制，并寻找新的治疗靶点	人前列腺癌相关成纤维细胞及其在肿瘤微环境中的作用	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序	无监督聚类	基因表达数据	3321个CAF细胞
86	2024-08-09	Single-Cell Transcriptomics: A High-Resolution Avenue for Plant Functional Genomics 2020-02, Trends in plant science IF:17.3Q1 DOI:10.1016/j.tplants.2019.10.008 PMID:31780334	研究论文	本文探讨了单细胞转录组学在植物功能基因组学中的应用	利用单细胞RNA测序技术，能够在单细胞分辨率下研究复杂组织中的调控过程	处理和分析复杂数据集存在挑战	深入了解组织功能并促进这些信息在植物细胞图谱中的应用	植物细胞在不同组织中的协同作用	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	任何给定组织的任何植物细胞
87	2024-08-09	Single-cell transcriptome analysis reveals differential nutrient absorption functions in human intestine 2020-02-03, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20191130 PMID:31753849	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了来自人类回肠、结肠和直肠的14,537个上皮细胞，揭示了小肠和大肠在营养吸收功能上的差异	发现了人类大肠中类似潘氏细胞的存在，并鉴定了人类瞬时增殖细胞和杯状细胞的新标记基因	NA	详细描述人类肠道细胞组成和功能，以更好地理解人类肠道疾病	人类肠道上皮细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	14,537个上皮细胞
88	2024-08-09	Single-cell transcriptome sequencing of rumen ciliates provides insight into their molecular adaptations to the anaerobic and carbohydrate-rich rumen microenvironment 2020-02, Molecular phylogenetics and evolution IF:3.6Q2 DOI:10.1016/j.ympev.2019.106687 PMID:31740334	研究论文	本研究利用单细胞转录组测序技术，探索了三种瘤胃纤毛虫（Entodinium furca、Diplodinium dentatum和Isotricha intestinalis）对瘤胃厌氧和富含碳水化合物微环境的分子适应性	首次揭示了瘤胃纤毛虫通过水平基因转移（HGT）获取原核生物基因来消化植物生物质的机制	NA	探究瘤胃纤毛虫对瘤胃微环境的分子和机制性适应	三种瘤胃纤毛虫的适应性进化	NA	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组	三种瘤胃纤毛虫
89	2024-08-09	Single-Cell RNA Sequencing Reveals Stromal Evolution into LRRC15+ Myofibroblasts as a Determinant of Patient Response to Cancer Immunotherapy 2020-02, Cancer discovery IF:29.7Q1 DOI:10.1158/2159-8290.CD-19-0644 PMID:31699795	研究论文	本研究利用单细胞转录组学技术，揭示了胰腺导管腺癌（PDAC）进展过程中纤维母细胞景观的变化，特别是LRRC15+肌纤维母细胞在癌症免疫治疗患者反应中的决定作用	首次描述了TGFβ驱动的LRRC15 CAF谱系与免疫治疗不良反应的关联，并提出其作为联合治疗的潜在靶点	NA	深入理解肿瘤微环境，特别是纤维母细胞在癌症免疫治疗反应中的作用	胰腺导管腺癌（PDAC）中的纤维母细胞及其在免疫治疗中的作用	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	超过80,000个单细胞来自22名PDAC患者，以及70名患者的样本通过免疫组化分析
90	2024-08-09	Single-cell transcriptome analysis reveals tumor immune microenvironment heterogenicity and granulocytes enrichment in colorectal cancer liver metastases 2020-02-01, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2019.10.016 PMID:31610266	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了结直肠癌肝转移组织及其邻近组织的肿瘤免疫微环境组成和特征	首次进行了结直肠癌肝转移的单细胞转录组分析，揭示了肿瘤微环境中粒细胞的富集现象	NA	探索结直肠癌肝转移的肿瘤微环境组成，并为治疗提供新思路	结直肠癌肝转移组织及其邻近组织	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	从结直肠癌患者中采集的肝转移癌组织和邻近组织样本
91	2024-08-09	Transcriptional Profiling of Individual Airway Projecting Vagal Sensory Neurons 2020-Feb, Molecular neurobiology IF:4.6Q1 DOI:10.1007/s12035-019-01782-8 PMID:31630330	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术（scRNA-seq）探究了迷走感觉神经元的转录特征	首次对投射到气道和肺部的迷走感觉神经元进行单细胞RNA测序，揭示了其分子特征和功能	NA	深入了解迷走支气管肺感觉神经元的转录特征	迷走支气管肺感觉神经元	NA	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	多个迷走感觉神经元
92	2024-08-09	bayNorm: Bayesian gene expression recovery, imputation and normalization for single-cell RNA-sequencing data 2020-02-15, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btz726 PMID:31584606	研究论文	本文介绍了bayNorm，一种用于单细胞RNA测序数据缩放和推断的新型贝叶斯方法	bayNorm通过使用基于经验贝叶斯方法的先验估计，提高了差异表达分析的准确性和敏感性，并减少了批次效应	NA	开发一种高效且统一的单细胞RNA测序数据标准化、插补和批次效应校正方法	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	贝叶斯模型	基因表达数据	使用公开可用的单细胞RNA测序数据集和模拟表达数据进行验证
93	2024-08-09	SCSsim: an integrated tool for simulating single-cell genome sequencing data 2020-02-15, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btz713 PMID:31584615	研究论文	本文介绍了一个名为SCSsim的集成工具，用于模拟单细胞基因组测序数据	SCSsim能够高效地模拟单细胞测序数据，包括模拟基因组变异和MALBAC技术放大，以及基于推断的测序概况生成测序读取	NA	开发一个能够有效模拟单细胞测序数据集的软件工具，以用于基准测试基于单细胞测序的生物信息学工具	单细胞测序数据集的模拟	生物信息学	NA	单细胞测序	NA	基因组数据	NA
94	2024-08-09	VISOR: a versatile haplotype-aware structural variant simulator for short- and long-read sequencing 2020-02-15, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btz719 PMID:31589307	研究论文	VISOR是一种用于短读长和长读长测序的通用性单体型感知结构变异模拟器，能够模拟简单和复杂的结构变异。	VISOR的通用性在同类工具中是前所未有的，它为模拟批量或单细胞分辨率的单体型解析癌症异质性数据奠定了基础。	NA	开发一种能够模拟不同类型结构变异的工具，适用于不同倍性水平和测序数据的模拟。	结构变异（SVs）的模拟，包括简单和复杂的变异，以及短读长和长读长测序数据。	生物信息学	NA	测序技术	NA	序列数据	NA
95	2024-08-09	Apoptotic Cell Exclusion and Bias-Free Single-Cell Selection Are Important Quality Control Requirements for Successful Single-Cell Sequencing Applications 2020-02, Cytometry. Part A : the journal of the International Society for Analytical Cytology DOI:10.1002/cyto.a.23898 PMID:31603610	研究论文	本文讨论了单细胞测序实验中的两个关键质量控制问题：如何确保只引入单个细胞而不偏倚于光散射，以及如何控制单细胞测序方法中的（前）凋亡细胞污染	本文提供了实验支持的指导，以规避这些关键缺陷，促进单细胞测序工具在生物学中的更好应用	文章指出，由于对这些重要质量方面的重要性认识不足，可能导致这些方面被忽视	提高单细胞测序实验的质量控制	单细胞测序实验中的质量控制问题	生物学	NA	单细胞测序	NA	细胞	NA
96	2024-08-09	scDAPA: detection and visualization of dynamic alternative polyadenylation from single cell RNA-seq data 2020-02-15, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btz701 PMID:31557285	research paper	本文介绍了一个名为scDAPA的软件包，用于从单细胞RNA测序数据中检测和可视化动态选择性多聚腺苷酸化（APA）	scDAPA是首个用于从单细胞RNA测序数据中研究APA特征的计算工具	NA	提高APA研究的分辨率至单细胞水平	单细胞RNA测序数据中的动态APA	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	bam/sam文件	NA
97	2024-08-09	Alterations in the Transcriptional Programs of Myeloma Cells and the Microenvironment during Extramedullary Progression Affect Proliferation and Immune Evasion 2020-02-15, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-19-0694 PMID:31558476	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了骨髓和胸膜积液或腹水中多发性骨髓瘤细胞及其微环境的转录组变化，揭示了其在髓外进展中的分子机制	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了多发性骨髓瘤细胞在髓外进展中的转录组变化及其对细胞增殖和免疫逃逸的影响	研究样本仅来自15名患者，可能影响结果的普遍性	探讨多发性骨髓瘤髓外进展的分子机制	多发性骨髓瘤细胞及其微环境	数字病理学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	15名患者的骨髓或髓外多发性骨髓瘤样本
98	2024-08-09	Single-cell RNA sequencing reveals chemokine self-feeding of myeloma cells promotes extramedullary metastasis 2020-02, FEBS letters IF:3.0Q3 DOI:10.1002/1873-3468.13623 PMID:31561267	研究论文	本研究旨在探讨多发性骨髓瘤细胞从骨髓转移到外周血的初始机制	发现克隆循环浆细胞中异常上调的趋化因子CXCL12可能使这些细胞逃避骨髓保留并转移到血液中	NA	确定多发性骨髓瘤细胞从骨髓转移到外周血的机制	多发性骨髓瘤细胞和外周血中的克隆循环浆细胞	数字病理学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	具体样本数量未提及
99	2024-08-09	scds: computational annotation of doublets in single-cell RNA sequencing data 2020-02-15, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btz698 PMID:31501871	研究论文	本文介绍了两种新的计算方法（cxds和bcds）用于识别单细胞RNA测序数据中的双细胞	提出了基于共表达的双细胞评分方法（cxds）和基于二元分类的双细胞评分方法（bcds），这两种方法在识别双细胞方面与现有技术相比具有竞争力	文中提到不同方法在不同数据集上的表现有差异，没有一种方法在所有情况下都占优势	开发计算策略以识别单细胞RNA测序数据中的双细胞，从而避免下游分析中的严重偏差	单细胞RNA测序数据中的双细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	二元分类模型	基因表达数据	涉及四个具有实验双细胞注释的数据集
100	2024-08-09	QUBIC2: a novel and robust biclustering algorithm for analyses and interpretation of large-scale RNA-Seq data 2020-02-15, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btz692 PMID:31503285	研究论文	本文介绍了一种新的双聚类算法QUBIC2，用于分析和解释大规模RNA-Seq数据	QUBIC2采用了一种新的左截断高斯混合模型来准确评估零富集表达数据的多模态性，并使用信息分歧进行功能基因模块优化的快速有效扩展策略，以及对所有识别出的双聚类进行严格统计测试	NA	开发一种新的双聚类算法，以更好地检测条件特异性功能基因模块	大规模基因表达数据，特别是单细胞RNA-Seq数据	生物信息学	NA	RNA-Seq	双聚类算法	基因表达数据	涉及多种基准数据集，包括大肠杆菌、人类和模拟数据