单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
61	2024-08-09	Determining sequencing depth in a single-cell RNA-seq experiment 2020-02-07, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-020-14482-y PMID:32034137	研究论文	本文提出了一种数学框架，用于确定单细胞RNA测序实验中的最佳测序深度	提出了通过经验贝叶斯开发的优化估计器，而非广泛使用的插件估计器	NA	确定单细胞RNA测序实验中的最佳测序深度	单细胞RNA测序实验中的测序深度分配问题	基因组学	NA	单细胞RNA测序	数学框架	RNA序列数据	NA
62	2024-08-09	Microglia Heterogeneity in the Single-Cell Era 2020-02-04, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2020.01.010 PMID:32023447	综述	本文综述了单细胞技术时代下小胶质细胞的空间、时间和功能多样性	利用新型单细胞技术，如飞行时间质谱流式细胞术和单细胞RNA测序，揭示了小胶质细胞在不同环境下的依赖性异质性	NA	总结当前关于小胶质细胞在发育、稳态和疾病中的多样性的知识	小胶质细胞的空间、时间和功能多样性	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
63	2024-08-09	Cell Lineage Tracing Identifies Hormone-Regulated and Wnt-Responsive Vaginal Epithelial Stem Cells 2020-02-04, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2020.01.003 PMID:32023462	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术研究阴道上皮细胞的多样性，并发现Axin2标记的基底细胞具有自我更新能力，对激素补充有响应，且Wnt/β-catenin信号通路对其增殖和分化至关重要	首次通过单细胞RNA测序定义了阴道上皮细胞的多样性，并鉴定出一种激素抵抗型的阴道上皮干细胞，这些细胞在激素补充下能扩展并重建整个阴道上皮	NA	研究阴道上皮细胞的维持机制及其对女性生殖健康的重要性	阴道上皮细胞及其干细胞特性	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	NA
64	2024-08-09	Heterogeneity of Satellite Cells Implicates DELTA1/NOTCH2 Signaling in Self-Renewal 2020-02-04, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2019.12.100 PMID:32023464	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和体内成像技术，研究了卫星细胞在肌肉再生过程中的自我更新和分化平衡机制	首次揭示了卫星细胞中Notch2受体表达的亚群，并证明了DLL1和NOTCH2信号对卫星细胞自我更新的必要性	NA	探究卫星细胞及其前体细胞如何在肌肉再生中平衡分化和自我更新	卫星细胞及其在肌肉再生中的作用	生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	多个单细胞样本
65	2024-08-09	Single-Cell Transcriptomic Comparison of Human Fetal Retina, hPSC-Derived Retinal Organoids, and Long-Term Retinal Cultures 2020-02-04, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2020.01.007 PMID:32023475	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术比较了人类胎儿视网膜、人诱导多能干细胞衍生的视网膜类器官和长期视网膜培养物的发展	首次详细比较了胎儿视网膜、视网膜类器官和视网膜球在不同发育阶段的基因表达差异	研究主要集中在基因表达差异上，未涉及细胞功能和相互作用的深入分析	研究人类视网膜的发育过程，并为视网膜疾病的体外模型开发提供资源	人类胎儿视网膜、人诱导多能干细胞衍生的视网膜类器官和长期视网膜培养物	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（RNA-seq）	NA	基因表达数据	至少6个月的视网膜球培养物
66	2024-08-09	Lineage tracing on transcriptional landscapes links state to fate during differentiation 2020-02-14, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.aaw3381 PMID:31974159	研究论文	本文利用表达的DNA条形码在时间上克隆追踪转录组，研究了造血过程中的命运决定	本文识别了具有潜在命运状态的转录组连续景观，并揭示了单核细胞分化的两条路径，以及细胞内在命运偏差的存在	NA	研究细胞分化过程中分子差异与成熟细胞类型生成能力之间的关联	造血过程中的细胞命运决定	生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	具体样本数量未提及
67	2024-08-09	A molecular basis for the T cell response in HLA-DQ2.2 mediated celiac disease 2020-02-11, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.1914308117 PMID:31974305	研究论文	本文通过结构证据解释了HLA-DQ2.2在乳糜泻中的作用机制，特别是单个多态性残基如何影响其与特定麸质表位的结合。	首次展示了HLA-DQ2.2与特定麸质表位结合的晶体结构，并揭示了其与T细胞受体结合的独特策略。	NA	探讨HLA-DQ2.2在乳糜泻发病机制中的分子基础。	HLA-DQ2.2分子及其在乳糜泻中的作用机制。	NA	乳糜泻	单细胞测序	NA	晶体结构	两例乳糜泻患者来源的T细胞受体
68	2024-08-09	Silencing Trisomy 21 with XIST in Neural Stem Cells Promotes Neuronal Differentiation 2020-02-10, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2019.12.015 PMID:31978324	研究论文	本文研究了XIST RNA在分化神经细胞中诱导的染色体21沉默，以及其在唐氏综合征患者细胞中的应用	首次证明XIST RNA在分化神经细胞中可以触发染色体21的广泛沉默，并纠正了三体神经干细胞向神经元的分化缺陷	目前认为XIST需要多能性的自然环境来启动染色体沉默，这可能限制了其在非多能细胞中的应用	探讨XIST在唐氏综合征神经生物学中的作用及其治疗潜力	唐氏综合征患者来源的细胞和神经干细胞	NA	唐氏综合征	单细胞转录组学	NA	RNA	具体样本数量未提及
69	2024-08-09	Pro-efferocytic nanoparticles are specifically taken up by lesional macrophages and prevent atherosclerosis 2020-02, Nature nanotechnology IF:38.1Q1 DOI:10.1038/s41565-019-0619-3 PMID:31988506	研究论文	本文开发了一种基于单壁碳纳米管的巨噬细胞特异性纳米疗法，用于预防动脉粥样硬化	利用单壁碳纳米管装载化学抑制剂，特异性作用于病变巨噬细胞，减少动脉粥样硬化斑块负担，同时避免了对健康组织的非特异性清除	NA	开发一种新的巨噬细胞特异性纳米疗法，以克服现有疗法的毒性问题	动脉粥样硬化斑块中的巨噬细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	apoE缺陷小鼠
70	2024-08-09	netNMF-sc: leveraging gene-gene interactions for imputation and dimensionality reduction in single-cell expression analysis 2020-02, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.251603.119 PMID:31992614	研究论文	本文介绍了一种名为netNMF-sc的算法，该算法利用基因间相互作用信息进行单细胞表达数据的插补和降维分析	netNMF-sc算法通过网络正则化的非负矩阵分解，利用基因间相互作用的先验知识，鼓励已知相互作用的基因对在低维表示中彼此接近	NA	提高单细胞RNA测序数据分析中细胞聚类和基因间协方差估计的准确性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	非负矩阵分解	基因表达数据	NA
71	2024-08-09	SHARP: hyperfast and accurate processing of single-cell RNA-seq data via ensemble random projection 2020-02, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.254557.119 PMID:31992615	研究论文	本文介绍了一种基于集成随机投影的算法SHARP，用于高效处理大规模单细胞RNA测序数据	SHARP算法在处理大规模数据时速度更快且保持高聚类准确性和鲁棒性	NA	开发一种能够有效处理大规模单细胞RNA测序数据的新算法	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	集成随机投影	基因表达数据	1000万细胞
72	2024-08-09	Enhancing Hematopoiesis from Murine Embryonic Stem Cells through MLL1-Induced Activation of a Rac/Rho/Integrin Signaling Axis 2020-02-11, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2019.12.009 PMID:31951812	研究论文	本文开发了一种可诱导MLL1的胚胎干细胞系统，并展示了在胚胎干细胞分化过程中诱导野生型MLL1能够选择性地增加胚胎体和胚胎中造血潜能的过渡性c-Kit/Cd41群体	本文首次展示了MLL1通过增强Rac/Rho/整合素信号状态，而非增加Hox或其他经典MLL1靶点，来促进造血承诺	由于缺乏生理模型系统，MLL1蛋白是否限制HSC发育尚不清楚	研究MLL1在造血干细胞发育中的作用及其机制	小鼠胚胎干细胞和造血干细胞	干细胞生物学	NA	单细胞测序分析	NA	细胞	涉及小鼠胚胎干细胞和造血干细胞群体
73	2024-08-09	Single-cell RNA sequencing of Trypanosoma brucei from tsetse salivary glands unveils metacyclogenesis and identifies potential transmission blocking antigens 2020-02-04, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.1914423117 PMID:31964820	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，从感染的采采蝇唾液腺中收集的2,045个寄生虫样本中，揭示了非洲锥虫的metacyclogenesis过程及其潜在的阻断传播抗原	首次使用单细胞RNA测序技术详细揭示了非洲锥虫在采采蝇唾液腺中的发育过程，并识别了可能的阻断传播抗原	需要进一步研究Fam10家族蛋白作为潜在的锥虫传播阻断疫苗抗原	深入理解非洲锥虫在采采蝇唾液腺中的发育过程，并寻找阻断传播的潜在抗原	非洲锥虫及其在采采蝇唾液腺中的发育过程	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	2,045个寄生虫样本
74	2024-08-09	Single-cell RNAseq analysis of testicular germ and somatic cell development during the perinatal period 2020-02-03, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.183251 PMID:31964773	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，探讨了小鼠围产期睾丸生殖细胞和体细胞的发育过程	研究首次识别了三个时间上不同的ProSG细胞亚群，包括一个迁移细胞群，其转录组与先前定义的T1-和T2-ProSG阶段不同	NA	研究睾丸生殖细胞和体细胞在围产期的发育过程	小鼠围产期的ProSG细胞及其后代和睾丸体细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
75	2024-08-09	Tracking the important role of JUNB in hepatocellular carcinoma by single-cell sequencing analysis 2020-Feb, Oncology letters IF:2.5Q3 DOI:10.3892/ol.2019.11235 PMID:31966074	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序分析，探讨了JUNB在肝细胞癌（HCC）中的重要作用	首次揭示了JunB原癌基因在HCC的免疫反应和进展中的作用	研究仅基于一个HCC肿瘤样本和两个HCC细胞系，样本量较小	旨在揭示HCC发展和进展的潜在机制	肝细胞癌（HCC）及其相关细胞和免疫反应	数字病理学	肝癌	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	一个HCC肿瘤样本，两个HCC细胞系和正常外周血单个核细胞
76	2024-08-09	Using single-cell RNA sequencing to unravel cell lineage relationships in the respiratory tract 2020-02-28, Biochemical Society transactions IF:3.8Q2 DOI:10.1042/BST20191010 PMID:31922198	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术揭示了呼吸道的细胞谱系关系	结合单细胞RNA测序与谱系推断算法，独立建立了小鼠和人类细胞谱系关系的全面图谱，并发现了新的中间细胞群体和分化动态	NA	研究呼吸道的细胞谱系关系	呼吸道的伪层状上皮细胞及其在再生过程中的谱系关系	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	涉及小鼠和人类样本
77	2024-08-09	Precursors for Nonlymphoid-Tissue Treg Cells Reside in Secondary Lymphoid Organs and Are Programmed by the Transcription Factor BATF 2020-02-18, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2019.12.002 PMID:31924477	研究论文	本研究通过使用转录因子核因子、白细胞介素3调控（Nfil3）报告鼠和单细胞RNA测序（scRNA-seq），识别了非淋巴组织Treg细胞的两个前体阶段，并揭示了这些前体细胞在非淋巴组织Treg细胞表型重编程中的分子机制。	首次识别了非淋巴组织Treg细胞的两个前体阶段，并揭示了转录因子Batf在非淋巴组织Treg细胞表型重编程中的驱动作用。	NA	理解非淋巴组织Treg细胞的组织发育程序，以利用其再生特性进行治疗。	非淋巴组织Treg细胞的前体阶段及其分子机制。	免疫学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	使用Nfil3报告鼠进行研究
78	2024-08-09	Dynamically Monitoring the Clonal Evolution of Lung Cancer Based on the Molecular Characterization of Circulating Tumor Cells Using Aptamer Cocktail-Modified Nanosubstrates 2020-Feb-05, ACS applied materials & interfaces IF:8.3Q1 DOI:10.1021/acsami.9b22234 PMID:31940177	研究论文	本文开发了一种基于适配体修饰的PEG-PLGA纳米纤维（PPN）微流控系统，用于动态监测肺癌患者的循环肿瘤细胞（CTC）的克隆进化	该系统通过优化识别稀有的CTC亚型，显著提高了多克隆来源肿瘤细胞的捕获效率，并结合单细胞测序技术，能够提前预测肿瘤异质性和组织学转化	NA	动态监测肺癌的克隆进化并进行分子分析，以调整治疗干预和评估治疗效果	肺癌患者的循环肿瘤细胞（CTC）	数字病理学	肺癌	单细胞测序	微流控系统	细胞	肺癌患者
79	2024-08-09	Identification of a LIF-Responsive, Replication-Competent Subpopulation of Human β Cells 2020-02-04, Cell metabolism IF:27.7Q1 DOI:10.1016/j.cmet.2019.12.009 PMID:31928884	研究论文	本研究利用YAP过表达系统诱导干细胞衍生的β细胞复制，并通过单细胞RNA测序发现白血病抑制因子（LIF）通路的激活	首次揭示了LIF通路在调控人类β细胞复制中的作用，并识别出具有增强增殖能力的特定β细胞亚群	NA	研究人类β细胞复制的调控机制	人类β细胞的复制及其调控	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
80	2024-08-09	Atlas of the human intestine 2020-02-03, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20191997 PMID:31922531	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，构建了人类结肠、直肠和回肠上皮细胞图谱	揭示了不同区域在营养吸收、微生物防御和内分泌功能方面的特化偏好，并识别了多种细胞类型的新标记物	NA	构建人类肠道上皮细胞图谱	人类结肠、直肠和回肠的上皮细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA