单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2024-08-09	Persistent features of intermittent transcription 2020-02-21, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-020-60094-3 PMID:32081955	研究论文	本文介绍了一种新的单细胞RNA测序数据参数化方法，用于估计基因激活概率及其峰值转录率，并应用于成年小鼠不同组织的单细胞mRNA计数分析。	提出了一种新的参数化方法来估计基因激活概率和峰值转录率，这些参数不依赖于计数波动背后的机制。	研究结果可能受到实验过程中固有的技术噪声的影响。	探索基因表达异质性并分析不同组织中基因转录的持久特征。	单细胞RNA测序数据和成年小鼠不同组织的基因表达。	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	成年小鼠不同组织的单细胞mRNA计数
42	2024-08-09	A deep adversarial variational autoencoder model for dimensionality reduction in single-cell RNA sequencing analysis 2020-Feb-21, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-020-3401-5 PMID:32085701	研究论文	本文提出了一种基于对抗变分自编码器（DR-A）的单细胞RNA测序数据降维方法	DR-A利用了一种新颖的基于对抗变分自编码器的框架，适用于无监督学习任务，能够提供更准确的低维表示	NA	克服单细胞RNA测序数据高维度和大量丢失事件的挑战，实现有效的数据降维	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序	对抗变分自编码器	RNA测序数据	NA
43	2024-08-09	Defining the emergence of myeloid-derived suppressor cells in breast cancer using single-cell transcriptomics 2020-02-21, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.aay6017 PMID:32086381	研究论文	本研究使用单细胞转录组学技术，通过比较携带乳腺肿瘤的小鼠与野生型小鼠的脾脏髓系细胞，确定了乳腺癌相关髓源抑制细胞（MDSCs）的分子特征	本研究揭示了MDSCs通过异常的中性粒细胞成熟轨迹在脾脏中出现，并赋予其免疫抑制细胞状态，同时确定了MDSCs特异的基因签名和表面标记CD84，以改进乳腺癌中MDSCs的检测和富集	NA	确定乳腺癌相关髓源抑制细胞（MDSCs）的分子特征	乳腺癌相关髓源抑制细胞（MDSCs）及其与正常髓系细胞的差异	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	转录组	14,646个单细胞转录组
44	2024-08-09	Tracing tumorigenesis in a solid tumor model at single-cell resolution 2020-02-20, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-020-14777-0 PMID:32080185	研究论文	本研究利用单细胞转录组和表位分析，结合通路和谱系分析，从发育角度研究了小鼠唾液腺鳞状细胞癌模型中的肿瘤发生过程	提供了全面的细胞图谱，并描述了肿瘤特异性细胞的发育轨迹，强调了使用定义的遗传模型系统的力量	NA	理解肿瘤起始、进展和转移的基础	小鼠唾液腺鳞状细胞癌模型中的肿瘤发生过程	数字病理学	唾液腺鳞状细胞癌	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	NA
45	2024-08-09	Tracking intratumoral heterogeneity in glioblastoma via regularized classification of single-cell RNA-Seq data 2020-Feb-18, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-020-3390-4 PMID:32070274	研究论文	本文提出了一种基于稀疏逻辑回归的分类方法，用于分析胶质母细胞瘤（GBM）的单细胞RNA测序（scRNA-Seq）数据，以识别区分不同细胞群体（肿瘤细胞和正常细胞）的基因特征	通过网络基础的twiner正则化方法，识别肿瘤核心和从肿瘤边缘起源的浸润性肿瘤细胞之间共享的基因签名，作为潜在的疾病生物标志物	NA	旨在识别区分胶质母细胞瘤克隆的基因，以及在不同胶质母细胞瘤肿瘤克隆（包括迁移细胞）中发挥相似作用的基因，从而为治疗研究提供潜在目标	胶质母细胞瘤（GBM）的细胞和分子异质性	数字病理学	脑癌	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	稀疏逻辑回归	RNA测序数据	NA
46	2024-08-09	Exploring and analysing single cell multi-omics data with VDJView 2020-02-18, BMC medical genomics IF:2.1Q3 DOI:10.1186/s12920-020-0696-z PMID:32070336	研究论文	开发了一种名为VDJView的工具，用于同时分析和可视化单细胞多组学数据，包括基因表达、免疫受体和临床元数据	VDJView是一个易于使用的R shiny网络应用程序，集成了多种基因表达和TCR分析工具，能够处理来自板式分类或高通量单细胞平台的数据	NA	开发一种工具，使没有深厚生物信息学技能的研究人员能够分析免疫单细胞RNA测序数据，并加速假设测试、数据解释和细胞异质性的发现	单细胞RNA测序数据，包括基因表达、TCR序列、表面蛋白定量和抗原特异性	生物信息学	癌症	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	分析了多个10X scRNA-seq数据集，包括150,000个CD8+ T细胞和563个单细胞（板式分类）来自11个受试者
47	2024-08-09	Prospective isolation of chondroprogenitors from human iPSCs based on cell surface markers identified using a CRISPR-Cas9-generated reporter 2020-02-18, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-020-01597-8 PMID:32070421	研究论文	本研究通过CRISPR-Cas9技术编辑的COL2A1-GFP报告基因hiPSC细胞系，结合表面标记筛选，鉴定并分离出表达CD146、CD166和PDGFRβ的人诱导多能干细胞来源的软骨祖细胞，以提高软骨分化的纯度和效率。	本研究首次鉴定并分离出表达特定表面标记的hiPSC来源的软骨祖细胞，这些细胞具有高软骨形成潜力，为软骨组织工程或疾病模型研究提供了纯化的细胞来源。	NA	本研究旨在通过鉴定和利用细胞表面标记来纯化和提高人诱导多能干细胞软骨分化的效率和纯度。	人诱导多能干细胞（hiPSCs）及其软骨祖细胞。	再生医学	骨关节炎	CRISPR-Cas9技术，单细胞RNA测序	NA	细胞表面标记，RNA序列	本研究涉及的细胞群体中，表达CD146、CD166和PDGFRβ的软骨祖细胞占16.8%。
48	2024-08-09	A Highly Conserved Circular RNA Is Required to Keep Neural Cells in a Progenitor State in the Mammalian Brain 2020-02-18, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2020.01.083 PMID:32075758	研究论文	研究了高度保守的环状RNA circSLC45A4在维持哺乳动物大脑神经前体细胞状态中的作用	首次揭示了circSLC45A4在维持神经前体细胞状态中的关键作用	NA	探讨circSLC45A4在神经前体细胞维持中的功能	人类神经母细胞瘤细胞系和小鼠大脑发育过程中的神经前体细胞	NA	NA	RNA测序	NA	RNA	涉及人类神经母细胞瘤细胞系和小鼠大脑发育过程中的细胞
49	2024-08-09	Kernel Differential Subgraph Analysis to Reveal the Key Period Affecting Glioblastoma 2020-02-17, Biomolecules IF:4.8Q1 DOI:10.3390/biom10020318 PMID:32079293	研究论文	本文开发了一种探索核心差异子图（KDS）的标准（CKDS），并应用于模拟数据集和三个单细胞RNA测序数据集，以揭示影响胶质母细胞瘤发展的关键分化期。	提出了新的CKDS算法，考虑了KDS的连通性、规模、节点拓扑差异及基因功能相关性，并在模拟数据集上表现优于现有方法。	NA	探索胶质母细胞瘤的机制，并识别导致剧烈变化的核心差异子图（KDS）。	胶质母细胞瘤、胎儿人类皮质神经元和神经分化过程。	生物信息学	脑肿瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	CKDS算法	基因网络数据	三个单细胞RNA测序数据集，包括胶质母细胞瘤、胎儿人类皮质神经元和神经分化。
50	2024-08-09	Single-Cell RNA Sequencing in Human Retinal Degeneration Reveals Distinct Glial Cell Populations 2020-02-13, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells9020438 PMID:32069977	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了一位70岁视网膜退化患者的视网膜组织，并与对照组进行比较，识别了不同的胶质细胞群。	首次在人类视网膜退化背景下，通过单细胞RNA测序技术揭示了胶质细胞的独特转录组特征。	研究样本量较小，仅基于一位患者的视网膜组织进行分析。	探讨视网膜退化疾病中胶质细胞的分子特征。	视网膜退化患者的视网膜组织及对照组的视网膜组织。	数字病理学	视网膜退化	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	5个样本（1个视网膜退化患者和4个对照患者）
51	2024-08-09	Inferring TF activation order in time series scRNA-Seq studies 2020-02, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1007644 PMID:32069291	研究论文	本文开发了一种名为CSHMM-TF的方法，该方法结合了单细胞RNA测序（scRNA-Seq）数据的概率建模和将转录因子（TFs）分配到模型中特定激活点的能力，以分析时间序列单细胞表达数据。	CSHMM-TF方法能够识别控制每条路径的TFs及其激活顺序，并改善了不利用TF-基因相互作用的先前方法。	NA	开发一种新的方法来分析时间序列单细胞表达数据，特别是利用转录因子和其目标信息。	时间序列单细胞RNA测序数据和转录因子在细胞过程中的激活顺序。	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	连续状态隐马尔可夫模型（CSHMM）	基因表达数据	多个小鼠和人类数据集
52	2024-08-09	Single-Cell Transcriptome Atlas of Murine Endothelial Cells 2020-02-20, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2020.01.015 PMID:32059779	研究论文	本文构建了一个包含来自11种小鼠组织的超过32,000个单个内皮细胞转录组图谱，并识别了78个内皮细胞亚群	首次系统地描述了小鼠内皮细胞在不同组织中的异质性，并揭示了内皮细胞在不同血管床和组织类型中的代谢基因特征	NA	研究内皮细胞在不同组织中的转录组异质性	小鼠内皮细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	超过32,000个单个内皮细胞
53	2024-08-09	Immune cell landscaping reveals a protective role for regulatory T cells during kidney injury and fibrosis 2020-02-13, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.130651 PMID:32051345	研究论文	本文通过比较两种导致肾脏再生或纤维化的老鼠模型，利用单细胞RNA测序技术分析了免疫细胞组成，揭示了调节性T细胞在肾脏损伤和纤维化中的保护作用	本文首次揭示了调节性T细胞在肾脏损伤和纤维化中的保护作用，并展示了其在不同环境下的功能可塑性	NA	研究免疫细胞在肾脏损伤、再生和纤维化过程中的变化	老鼠模型中的免疫细胞组成和基因表达	NA	肾脏疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	两种老鼠模型
54	2024-08-09	Amniotic fluid cell-free transcriptome: a glimpse into fetal development and placental cellular dynamics during normal pregnancy 2020-02-12, BMC medical genomics IF:2.1Q3 DOI:10.1186/s12920-020-0690-5 PMID:32050959	研究论文	本研究探讨了正常妊娠期间羊水细胞游离转录组的变化，以及这些变化如何反映胎儿发育和胎盘细胞动态	首次报道了在正常妊娠中，单细胞基因组特征可以在羊水中追踪，并显示出复杂的表达模式	需要更大的异质性队列、评估潜在的混杂因素和新的分析方法来定义正常的表达和剪接模式	研究正常妊娠期间羊水细胞游离转录组的变化，以发现生物标志物	羊水样本中的基因表达和剪接模式	NA	NA	人类转录组阵列	NA	转录组数据	30例中期妊娠和68例足月妊娠的羊水样本
55	2024-08-09	Transcriptional Programs Define Intratumoral Heterogeneity of Ewing Sarcoma at Single-Cell Resolution 2020-02-11, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2020.01.049 PMID:32049009	研究论文	本研究通过结合单细胞RNA测序数据和时间分辨的EWSR1-FLI1结合位点及开放染色质区域的映射，揭示了Ewing肉瘤内转录程序异质性的来源	首次详细描述了EWSR1-FLI1活性驱动的特定和直接增强子驱动程序，并揭示了Ewing肉瘤肿瘤内异质性的来源	NA	探究Ewing肉瘤细胞如何驱动转录程序的异质性	Ewing肉瘤细胞及其转录程序的异质性	数字病理学	Ewing肉瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	多种细胞类型和模型系统
56	2024-08-09	CLEAR: coverage-based limiting-cell experiment analysis for RNA-seq 2020-02-10, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-020-02247-6 PMID:32039730	研究论文	本文介绍了一种名为CLEAR的工作流程，用于从限制细胞RNA测序（lcRNA-seq）数据中识别可靠定量的转录本，以进行差异表达基因（DEG）分析	CLEAR算法填补了lcRNA-seq数据预处理中的一个重要空白，有助于转录组分析和DEG分析	NA	开发和评估一种新的算法CLEAR，用于从lcRNA-seq数据中选择稳健/低噪声的转录本	从慢性淋巴细胞白血病（CLL）的CD5+和CD5-细胞中提取的总RNA，以及来自小鼠齿状回（DG）的FACS分选细胞	数字病理学	白血病	RNA测序	NA	文本	涉及慢性淋巴细胞白血病（CLL）的CD5+和CD5-细胞，以及来自小鼠齿状回（DG）的FACS分选细胞
57	2024-08-09	Single-cell RNA sequencing of immune cells in gastric cancer patients 2020-02-10, Aging DOI:10.18632/aging.102774 PMID:32039830	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了胃癌患者中T细胞的异质性，并识别了不同的免疫细胞亚型及其异质转录因子，描绘了它们的发展轨迹	研究发现了在胃癌组织中，IRF8转录因子在CD8肿瘤浸润淋巴细胞中的下调现象，以及血液中CD8 T细胞IRF8水平较低的胃癌患者往往处于更晚期疾病阶段	NA	探索胃癌患者中免疫细胞的异质性，为胃癌的靶向免疫治疗提供理论基础	胃癌患者的T细胞	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	具体样本数量未在摘要中提及
58	2024-08-09	An optimized workflow for single-cell transcriptomics and repertoire profiling of purified lymphocytes from clinical samples 2020-02-10, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-020-58939-y PMID:32042039	研究论文	本文探讨了从临床样本中纯化淋巴细胞的单细胞转录组学和 repertoire 分析的优化工作流程	本文比较了十种细胞计数、活力改善和淋巴细胞富集方法，发现基于台盼蓝的自动计数器高估了细胞活力，而先进的样本清洁程序显著影响了总细胞产量，同时仅适度增加了细胞活力	本文未提及具体的局限性	建立适用于临床环境的单细胞转录组学工作流程，以促进这项新兴免疫监测技术从实验室到临床的转化	从少量血液中提取的冷冻保存样本的单细胞基因表达和 repertoire 分析	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组学	NA	基因表达和克隆型 repertoire	少量血液样本
59	2024-08-09	The Repertoire of Serous Ovarian Cancer Non-genetic Heterogeneity Revealed by Single-Cell Sequencing of Normal Fallopian Tube Epithelial Cells 2020-02-10, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2020.01.003 PMID:32049047	研究论文	本研究通过单细胞测序技术揭示了正常输卵管上皮细胞中的非遗传异质性在浆液性卵巢癌中的作用	首次通过正常输卵管上皮细胞的分子特征来准确测量浆液性卵巢癌中的非遗传异质性	NA	研究浆液性卵巢癌中的非遗传异质性及其对患者生存的影响	浆液性卵巢癌和正常输卵管上皮细胞	数字病理学	卵巢癌	单细胞测序	NA	转录组数据	约6,000个输卵管上皮细胞和约1,700个肿瘤样本
60	2024-08-09	A claustrum in reptiles and its role in slow-wave sleep 2020-02, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-020-1993-6 PMID:32051589	研究论文	本文通过单细胞转录组学和病毒追踪连接性技术，在澳大利亚鬃狮蜥（Pogona vitticeps）中发现了哺乳动物扣带回的同源结构，并研究了其在慢波睡眠中产生尖波的作用。	首次在爬行动物中发现扣带回的同源结构，并揭示了其在慢波睡眠中产生尖波的作用及其广泛的脑区连接性。	NA	研究爬行动物中扣带回的同源结构及其在慢波睡眠中的功能。	澳大利亚鬃狮蜥和龟类中的扣带回结构及其功能。	神经科学	NA	单细胞转录组学，病毒追踪	NA	转录组数据	涉及澳大利亚鬃狮蜥和龟类样本