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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
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21 | 2024-08-07 |
Cellular Heterogeneity and Lineage Restriction during Mouse Digit Tip Regeneration at Single-Cell Resolution
2020-02-24, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2020.01.026
PMID:32097654
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了小鼠指尖再生过程中的细胞异质性和谱系限制 | 首次全面评估了指尖再生中的细胞异质性,并揭示了67个在再生纤维母细胞中富集的基因,包括一个新的再生特异性基因Mest | NA | 研究小鼠指尖再生过程中的细胞异质性和谱系限制 | 小鼠指尖再生中的细胞类型和基因表达 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 超过38,000个细胞 |
22 | 2024-08-07 |
Using Transcriptomic Analysis to Assess Double-Strand Break Repair Activity: Towards Precise in vivo Genome Editing
2020-Feb-18, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms21041380
PMID:32085662
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研究论文 | 本文通过转录组分析评估了双链断裂修复活性,旨在实现精确的体内基因编辑 | 利用单细胞RNA测序分析了双链断裂修复途径在分裂细胞到成熟视网膜细胞转变过程中的动态变化,并发现人类诱导多能干细胞衍生的神经元和视网膜类器官可作为开发光感受器基因工程方法的合适体外测试平台 | NA | 评估双链断裂修复活性,开发精确的体内基因编辑方法 | 视网膜特异性基因突变相关的遗传性视网膜疾病 | 基因编辑 | 遗传性视网膜疾病 | 转录组分析 | NA | RNA测序数据 | 包括人类、猕猴和老鼠的视网膜样本,以及人类诱导多能干细胞衍生的神经元和视网膜类器官 |
23 | 2024-08-07 |
Benchmarking algorithms for gene regulatory network inference from single-cell transcriptomic data
2020-02, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-019-0690-6
PMID:31907445
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研究论文 | 本文系统评估了从单细胞转录组数据推断基因调控网络的先进算法 | 开发了一种模拟单细胞转录组数据的新策略,并创建了一个名为BEELINE的评估框架 | 算法在恢复合成网络中的相互作用方面优于布尔模型,且不需要伪时间排序细胞的技术通常更准确 | 评估和改进从单细胞转录组数据推断基因调控网络的算法 | 单细胞转录组数据中的基因调控网络 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 多个实验单细胞RNA-seq数据集 |
24 | 2024-08-07 |
Review of a novel disease entity, immunoglobulin G4-related disease
2020-Feb, Journal of the Korean Association of Oral and Maxillofacial Surgeons
IF:0.9Q3
DOI:10.5125/jkaoms.2020.46.1.3
PMID:32158675
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综述 | 本文综述了免疫球蛋白G4相关疾病(IgG4-RD)的临床特征和发病机制 | 使用新一代和单细胞RNA测序等分子生物学方法,深入探讨了IgG4-RD的免疫机制 | NA | 探讨IgG4-RD的发病机制和临床特征 | 免疫球蛋白G4相关疾病(IgG4-RD) | NA | 免疫球蛋白G4相关疾病 | 新一代RNA测序、单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
25 | 2024-08-07 |
Cardiac Fibroblast Diversity
2020-02-10, Annual review of physiology
IF:15.7Q1
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综述 | 本文综述了心脏成纤维细胞的多样性和功能,并介绍了通过谱系追踪和单细胞测序技术在发育、成年和疾病状态下对这些细胞异质性的新见解 | 本文通过谱系追踪和单细胞测序技术揭示了心脏成纤维细胞在不同状态下的异质性 | NA | 探讨心脏成纤维细胞的多样性,为开发治疗心脏纤维化的新疗法提供基础 | 心脏成纤维细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞测序 | NA | 细胞 | NA |
26 | 2024-08-07 |
A single-cell atlas of the developing Drosophila ovary identifies follicle stem cell progenitors
2020-02-01, Genes & development
IF:7.5Q1
DOI:10.1101/gad.330464.119
PMID:31919193
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术,揭示了发育中的果蝇卵巢中所有已知细胞类型,并识别了细胞类型特异性标记,用于追踪细胞谱系 | 本研究首次鉴定了难以捉摸的卵泡干细胞前体细胞类型,并预测了已知细胞类型的亚型 | NA | 旨在全面理解成年细胞类型、其起源及前体关系,特别是在器官发生过程中的复杂性 | 发育中的果蝇卵巢中的细胞类型及其前体关系 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
27 | 2024-08-07 |
Bone Marrow Stromal Cells Drive Key Hallmarks of B Cell Malignancies
2020-Feb-21, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms21041466
PMID:32098106
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综述 | 本文综述了骨髓基质细胞与恶性B细胞之间的相互作用及其对信号传导、基因表达和代谢适应的深远影响 | 近期单细胞测序技术揭示了骨髓微环境的未被重视的细胞异质性,并探讨了肿瘤细胞与基质细胞相互作用的分子机制 | 对于这些细胞亚型如何相互作用并调节正常和恶性造血仍需进一步研究 | 探讨骨髓基质细胞与恶性B细胞在病理条件下的合作机制 | 骨髓基质细胞与恶性B细胞的相互作用 | NA | B细胞恶性肿瘤 | 单细胞测序技术 | NA | 细胞 | NA |
28 | 2024-08-09 |
Targeted pharmacological therapy restores β-cell function for diabetes remission
2020-02, Nature metabolism
IF:18.9Q1
DOI:10.1038/s42255-020-0171-3
PMID:32694693
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和小鼠模型,探讨了药物干预对β细胞去分化和功能恢复的影响,以实现糖尿病缓解。 | 首次揭示了通过药物干预可以靶向去分化的β细胞,实现糖尿病缓解的新机制。 | 研究主要在小鼠模型上进行,需要进一步在人体中验证其有效性和安全性。 | 探讨药物干预对去分化β细胞的影响,以实现糖尿病的缓解。 | β细胞的去分化和功能恢复。 | NA | 糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠模型 |
29 | 2024-08-09 |
Stably expressed genes in single-cell RNA sequencing
2020-02, Journal of bioinformatics and computational biology
IF:0.9Q4
DOI:10.1142/S0219720020400041
PMID:32336251
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研究论文 | 本文研究了在单细胞RNA测序(scRNA-seq)中表达稳定的基因,并探讨了这些基因在数据标准化中的应用 | 提出使用内源性表达稳定的基因作为scRNA-seq数据标准化的参考,而不是依赖外部合成基因 | 尚未明确表达稳定的基因在不同标准化方法中的适用性 | 探索在单细胞RNA测序中用于数据标准化的稳定表达基因 | 研究与细胞结构相关的基因及其在scRNA-seq中的表达稳定性 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | 未具体说明样本数量 |
30 | 2024-08-09 |
The role of bone marrow-derived cells in the origin of liver cancer revealed by single-cell sequencing
2020-02-15, Cancer biology & medicine
IF:5.6Q1
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序技术探讨了骨髓来源细胞在肝癌起源中的作用 | 首次通过单细胞测序证实骨髓来源细胞是肝细胞癌的一个重要起源 | NA | 探讨骨髓来源细胞在肝细胞癌起源中的可能作用 | 骨髓移植小鼠中的肝细胞癌 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞测序 | NA | 细胞 | 骨髓移植小鼠模型 |
31 | 2024-08-09 |
Defining endogenous barcoding sites for CRISPR/Cas9-based cell lineage tracing in zebrafish
2020-02-20, Journal of genetics and genomics = Yi chuan xue bao
DOI:10.1016/j.jgg.2019.11.012
PMID:32173285
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研究论文 | 本研究在斑马鱼基因组中鉴定了78个高质量的内源性位点,这些位点可用于基于CRISPR/Cas9的细胞谱系追踪 | 本研究利用单细胞RNA测序数据,鉴定了78个在大多数细胞类型中高度表达的内源性位点,这些位点可用于基于CRISPR/Cas9的细胞谱系追踪,克服了依赖外源性条形码序列的局限 | NA | 开发用于追踪复杂生物发育细胞谱系的实验方法 | 斑马鱼基因组中的内源性条形码位点 | 基因编辑 | NA | CRISPR/Cas9, 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 基因组数据, RNA序列数据 | 78个内源性位点 |
32 | 2024-08-09 |
Single-cell transcriptomics reveals the alteration of peripheral blood mononuclear cells driven by sepsis
2020-Feb, Annals of translational medicine
DOI:10.21037/atm.2020.02.35
PMID:32175418
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学分析,揭示了脓毒症驱动的外周血单个核细胞(PBMCs)的改变 | 首次在单细胞转录水平上详细描述了脓毒症中PBMCs的组成和功能变化 | 研究规模较小,仅为初步研究 | 探讨脓毒症中PBMCs的单细胞转录组变化 | 脓毒症患者的外周血单个核细胞(PBMCs) | 数字病理学 | 脓毒症 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 7名脓毒症患者和4名供体的PBMCs |
33 | 2024-08-09 |
[Application of Single-cell RNA Sequencing in Research on Tumor Immune Microenvironment]
2020-Feb-28, Zhongguo yi xue ke xue yuan xue bao. Acta Academiae Medicinae Sinicae
DOI:10.3881/j.issn.1000-503X.11194
PMID:32131950
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序技术在肿瘤免疫微环境研究中的应用 | 单细胞RNA测序技术能够在单细胞水平上检测细胞的转录组,描述其功能状态,从而加深对肿瘤免疫微环境中不同细胞群组成和功能的理解 | NA | 探讨肿瘤免疫微环境的组成和功能 | 肿瘤免疫微环境中的细胞群 | 数字病理学 | 肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
34 | 2024-08-09 |
Single-cell transcriptome analysis reveals TOX as a promoting factor for T cell exhaustion and a predictor for anti-PD-1 responses in human cancer
2020-02-28, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-020-00722-9
PMID:32111241
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析,揭示了TOX作为促进T细胞耗竭和预测抗PD-1反应的因素在人类癌症中的作用 | 首次在人类癌症中预测TOX作为调节T细胞耗竭的因子,并通过单细胞转录组分析验证了其作用机制 | NA | 研究T细胞耗竭的调节因子及其在免疫治疗中的应用 | 人类黑色素瘤和非小细胞肺癌中的肿瘤浸润CD8+ T细胞 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 人类黑色素瘤和非小细胞肺癌样本 |
35 | 2024-08-09 |
Estimating the Allele-Specific Expression of SNVs From 10× Genomics Single-Cell RNA-Sequencing Data
2020-02-25, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes11030240
PMID:32106453
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研究论文 | 本文系统地从10×Genomics单细胞RNA测序数据中估计杂合单核苷酸变异位点的等位基因表达 | 展示了从当前单细胞RNA测序数据集中估计scVAF的可行性,并表明10×Genomics scRNA-seq数据的3'端文库生成协议在基于SNV的研究中具有信息性 | NA | 研究单细胞RNA测序技术在等位基因表达估计中的应用 | 人类脂肪源性间充质干细胞的等位基因表达 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 测序数据 | 26,640个人类脂肪源性间充质干细胞(来自三名健康供体) |
36 | 2024-08-09 |
Two waves of pro-inflammatory factors are released during the influenza A virus (IAV)-driven pulmonary immunopathogenesis
2020-02, PLoS pathogens
IF:5.5Q1
DOI:10.1371/journal.ppat.1008334
PMID:32101596
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了感染流感病毒A的小鼠肺组织中超过16,000个免疫细胞的转录组,揭示了在病毒驱动的肺部免疫病理过程中,存在两波促炎因子释放的现象 | 首次通过单细胞RNA测序技术详细描述了流感病毒A感染后肺部免疫细胞的动态变化和促炎因子的释放模式 | NA | 探究流感病毒A感染后肺部免疫病理过程中促炎因子的释放机制 | 流感病毒A感染的小鼠肺组织中的免疫细胞 | NA | 流感 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 超过16,000个免疫细胞 |
37 | 2024-08-09 |
Advanced maternal age alters expression of maternal effect genes that are essential for human oocyte quality
2020-02-25, Aging
DOI:10.18632/aging.102864
PMID:32096767
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序技术探讨了母亲年龄对人类卵子质量的影响,并识别了受高龄影响的基因 | 本研究首次通过单细胞RNA测序技术,详细分析了高龄母亲卵子中差异表达的基因,并验证了关键基因对卵子质量和早期胚胎发育的影响 | 研究样本量较小,仅包括来自IVF或ICSI患者的六个年轻卵子和六个高龄卵子 | 探讨母亲年龄对人类卵子质量的影响及其分子机制 | 人类成熟卵子的基因表达 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 6个年轻卵子和6个高龄卵子 |
38 | 2024-08-09 |
Linked optical and gene expression profiling of single cells at high-throughput
2020-02-24, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-020-01958-9
PMID:32093753
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研究论文 | 本文介绍了一种高吞吐量的单细胞光学和基因表达联合分析平台 | 该平台能够同时进行数千个细胞的荧光和基因表达测量,并能隔离稀有细胞亚群,进行多种测量分析 | NA | 开发一种高吞吐量的单细胞光学和基因表达联合分析平台 | 单细胞的DNA、RNA变化以及抗体荧光与基因表达的相关性 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 图像和文本 | 数千个细胞 |
39 | 2024-08-09 |
Metabolic Changes Accompanying Spermatogonial Stem Cell Differentiation
2020-02-24, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2020.01.014
PMID:32097651
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综述 | 本文通过分析最近发表的小鼠和人类睾丸scRNA-seq数据库,比较了不同阶段精原干细胞的代谢基因表达谱 | 首次探讨了精原干细胞分化过程中伴随的代谢变化 | NA | 探讨精原干细胞分化过程中的代谢变化及其与外部微环境的关系 | 精原干细胞及其分化过程中的代谢变化 | NA | NA | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | 小鼠和人类睾丸样本 |
40 | 2024-08-09 |
A cell atlas of human thymic development defines T cell repertoire formation
2020-02-21, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.aay3224
PMID:32079746
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序技术,构建了人类胸腺在生命周期中的细胞图谱,并重构了T细胞分化轨迹和T细胞受体(TCR)重组动力学 | 本文首次在人类胸腺中识别并定位了CD8αα T细胞群体、胸腺成纤维细胞亚型和激活的树突状细胞状态,并揭示了TCR重组和选择的偏倚 | NA | 定义人类胸腺发育中的T细胞谱系形成 | 人类胸腺中的T细胞分化和选择过程 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 跨生命周期的人类胸腺样本 |