单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 105 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2024-12-12 |
Using single-cell technologies to map the human immune system - implications for nephrology
2020-02, Nature reviews. Nephrology
DOI:10.1038/s41581-019-0227-3
PMID:31831877
|
研究论文 | 本文探讨了单细胞技术在绘制人类免疫系统图谱中的应用，特别是在肾脏学领域的潜在影响 | 本文利用单细胞RNA测序和质谱流式细胞术技术，首次系统性地研究了肾脏内免疫细胞的复杂景观及其与循环免疫细胞的关系 | 本文主要集中在理论探讨和潜在应用，尚未涉及大规模临床试验或实际应用验证 | 探讨单细胞技术在肾脏学中的应用，以改善肾脏疾病的诊断和个性化治疗 | 人类免疫系统中的免疫细胞，特别是肾脏内的免疫细胞及其与循环免疫细胞的关系 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序、质谱流式细胞术 | NA | 细胞 | 涉及血液、次级淋巴器官和肾脏通路中的免疫细胞群体 |
| 2 | 2024-09-27 |
Eleven grand challenges in single-cell data science
2020-02-07, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-020-1926-6
PMID:32033589
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评论 | 本文概述了单细胞数据科学领域的十一个重大挑战 | 本文提出了单细胞数据科学领域的十一个关键挑战，为该领域的未来发展指明了方向 | 本文主要集中在挑战的提出和概述，未深入探讨每个挑战的具体解决方案 | 探讨单细胞数据科学领域的重大挑战，推动该领域的进一步发展 | 单细胞数据科学领域的挑战和未来研究方向 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | NA | 单细胞数据 | 数千至数百万个细胞 |
| 3 | 2024-08-26 |
The genetic architecture of Parkinson's disease
2020-02, The Lancet. Neurology
DOI:10.1016/S1474-4422(19)30287-X
PMID:31521533
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研究论文 | 本文探讨了帕金森病的遗传结构，包括罕见和常见遗传变异对疾病风险、发作和进展的贡献 | 本文介绍了新兴技术如机器学习、单细胞RNA测序和高通量筛选在研究帕金森病遗传风险中的应用 | 大多数已识别的风险变异是在欧洲血统的患者中发现的，对其他人群的帕金森病遗传学了解较少 | 进一步识别与疾病相关的常见遗传变异，并开始识别罕见风险等位基因 | 帕金森病的遗传结构和风险等位基因的生物学功能 | 遗传学 | 帕金森病 | 机器学习, 单细胞RNA测序, 高通量筛选 | NA | 遗传变异数据 | 90个独立的风险相关变异 |
| 4 | 2024-08-07 |
FLOW-MAP: a graph-based, force-directed layout algorithm for trajectory mapping in single-cell time course datasets
2020-02, Nature protocols
IF:13.1Q1
DOI:10.1038/s41596-019-0246-3
PMID:31932774
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研究论文 | 本文介绍了一种名为FLOW-MAP的图形用户界面（GUI）软件工具，该工具利用基于图布局分析和时间顺序的方法，用于可视化高维单细胞数据集中的细胞轨迹 | FLOW-MAP算法通过图形布局分析和时间顺序的方法，为单细胞时间序列数据集的分析提供了一种新的可视化工具 | NA | 开发一种新的工具来分析和可视化单细胞时间序列数据集中的细胞轨迹 | 单细胞时间序列数据集，特别是来自流式细胞术、质谱细胞术或单细胞RNA测序（scRNAseq）实验的数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNAseq） | 图布局算法 | 高维单细胞数据 | 包括从小鼠胚胎干细胞分化的时间序列数据集和已发表的scRNAseq数据集 |
| 5 | 2024-08-05 |
Connect-seq to superimpose molecular on anatomical neural circuit maps
2020-02-25, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.1912176117
PMID:32034095
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研究论文 | 本文描述了一种结合逆行病毒追踪和单细胞转录组学的方法，称为“Connect-seq”，用于揭示特定神经回路中上游神经元的分子身份及其信号分子 | Connect-seq方法的创新在于将分子图谱与神经解剖图谱叠加，实现对神经回路功能的分子和遗传学研究 | NA | 探究小鼠大脑神经回路内个体神经元的身份和功能 | 小鼠大脑中的下丘脑神经元，尤其是控制对恐惧和压力生理反应的神经元 | 数字病理 | NA | 逆行病毒追踪和单细胞转录组学 | NA | 分子图谱与神经解剖图谱 | NA |
| 6 | 2024-08-05 |
Metastatic Conditioning of Myeloid Cells at a Subcutaneous Synthetic Niche Reflects Disease Progression and Predicts Therapeutic Outcomes
2020-02-01, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-19-1932
PMID:31662327
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研究论文 | 本研究监测了合成生物材料支架中髓系细胞的转移条件，反映了疾病进展并预测了治疗结果 | 引入合成转移微环境作为监测肿瘤细胞动态的创新途径 | 研究主要集中在小鼠模型上，翻译到人类临床应用时可能会存在差异 | 探讨合成微环境中免疫细胞的表型如何反映转移性疾病的进展及其对治疗的反应 | 分析植入生物材料支架后，髓系细胞在不同时间点的免疫表型变化 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 组织样本 | 治疗前后单只小鼠的多个生物材料植入样本 |
| 7 | 2024-08-05 |
Targeted therapy guided by single-cell transcriptomic analysis in drug-induced hypersensitivity syndrome: a case report
2020-02, Nature medicine
IF:58.7Q1
DOI:10.1038/s41591-019-0733-7
PMID:31959990
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案例报告 | 该文章通过单细胞转录组分析指导靶向治疗药物诱导的超敏反应综合症的案例 | 提出通过单细胞RNA测序识别JAK-STAT信号通路作为潜在靶点，实现个性化治疗 | 临床应用的限制和对复杂人类病理生理理解的不充分 | 探讨药物诱导的超敏反应综合症的治疗策略 | 一名难治性药物诱导的超敏反应综合症患者 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 血液和皮肤样本 | 一名患者的样本 |
| 8 | 2024-08-05 |
Single-Cell Gene Expression Analyses Reveal Distinct Self-Renewing and Proliferating Subsets in the Leukemia Stem Cell Compartment in Acute Myeloid Leukemia
2020-02-01, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-18-2932
PMID:31784425
|
研究论文 | 这篇文章通过单细胞基因表达分析揭示了急性骨髓性白血病中的不同自我更新和增殖亚群 | 首次展示了急性骨髓性白血病中白血病干细胞的自我更新和增殖功能是独立的 | 主要研究集中在小鼠模型上，可能与人类的情况有所不同 | 探讨急性骨髓性白血病中白血病干细胞的自我更新与增殖功能是否是分开的 | 急性骨髓性白血病中的白血病干细胞 | 数字病理学 | 急性骨髓性白血病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠AML模型以及初级人类白血病干细胞和正常人类造血干细胞的样本 |
| 9 | 2024-08-07 |
STAT Signaling Modifies Ascl1 Chromatin Binding and Limits Neural Regeneration from Muller Glia in Adult Mouse Retina
2020-02-18, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2020.01.075
PMID:32075759
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研究论文 | 研究探讨了STAT信号通路对Ascl1染色质结合的影响及其在成年小鼠视网膜Müller胶质细胞神经再生中的限制作用 | 发现STAT信号通路可能引导Ascl1至发育不适宜的目标，使用STAT抑制剂结合重编程范式显著增加了Müller胶质细胞生成神经元的能力 | 新神经元仅从Müller胶质细胞的子集中生成，表明存在限制Ascl1介导的Müller胶质细胞重编程的因素 | 测试损伤诱导的STAT激活是否阻碍Ascl1将Müller胶质细胞重编程为视网膜神经元的能力 | 成年小鼠视网膜中的Müller胶质细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序, Ascl1-ChIPseq, ATAC-seq | NA | RNA, 染色质结合数据 | 未具体说明样本数量 |
| 10 | 2024-08-07 |
A single-parasite transcriptional atlas of Toxoplasma Gondii reveals novel control of antigen expression
2020-02-17, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.54129
PMID:32065584
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术研究了弓形虫在速殖子和缓殖子阶段的转录组，揭示了其发育过程中的隐藏状态和转录因子 | 发现了AP2IX-1转录因子控制从普遍表达的SAG1到稀有表面抗原的切换，并构建了一个互动的数据浏览器用于可视化资源 | NA | 揭示弓形虫发育过程中的转录调控机制 | 弓形虫的速殖子和缓殖子阶段 | 分子生物学 | 寄生虫病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 超过5,400个弓形虫样本，包括三种广泛研究的菌株 |
| 11 | 2024-08-07 |
A reference profile-free deconvolution method to infer cancer cell-intrinsic subtypes and tumor-type-specific stromal profiles
2020-02-28, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-020-0720-0
PMID:32111252
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研究论文 | 开发了一种名为DeClust的计算去卷积方法，用于从肿瘤转录组数据中推断癌症细胞内在亚型和肿瘤类型特异性基质 profiles，无需参考表达 profiles 或特征矩阵 | DeClust方法直接将实体瘤的分子分型纳入去卷积过程，并输出分子亚型特异性的肿瘤参考 profiles，而不是单个肿瘤 profiles | DeClust识别的亚型在总体上与生存率没有更显著的关联 | 开发一种新的去卷积方法，用于从肿瘤转录组数据中推断癌症细胞内在亚型和肿瘤类型特异性基质 profiles | 实体瘤的分子亚型和肿瘤类型特异性基质 profiles | 数字病理学 | NA | 转录组数据分析 | 去卷积方法 | 转录组数据 | 13个实体瘤数据集来自癌症基因组图谱(TCGA) |
| 12 | 2024-08-07 |
Tailless/TLX reverts intermediate neural progenitors to stem cells driving tumourigenesis via repression of asense/ASCL1
2020-02-19, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.53377
PMID:32073402
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研究论文 | 本文研究了Tailless/TLX通过抑制asense/ASCL1将中间神经前体细胞逆转为干细胞，从而驱动肿瘤发生的过程。 | 本文首次展示了Tailless通过逆转中间神经前体细胞为干细胞来启动肿瘤发生，并通过重新表达Asense来完全阻止肿瘤形成。 | NA | 旨在理解导致癌症的一系列事件，特别是胶质母细胞瘤的早期疾病进展。 | 研究对象包括神经谱系细胞、胶质细胞以及Tailless和Asense在肿瘤发生中的作用。 | 数字病理学 | 脑癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA-seq数据 | 人类胶质母细胞瘤样本 |
| 13 | 2024-08-07 |
High-complexity extracellular barcoding using a viral hemagglutinin
2020-02-11, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.1919182117
PMID:31988118
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research paper | 本研究利用流感病毒血凝素开发了一种遗传编码的细胞表面蛋白条形码系统，以解决混合细胞库中细胞克隆的解析问题 | 开发了一种基于血凝素的指数级蛋白条形码系统，能够使用七种抗体标记128个克隆 | NA | 提供一种在体内追踪克隆种群的策略 | 细胞克隆的追踪和解析 | NA | NA | NA | NA | NA | 使用七种抗体标记128个克隆 |
| 14 | 2024-08-07 |
MAFG-driven astrocytes promote CNS inflammation
2020-02, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-020-1999-0
PMID:32051591
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序、细胞特异性Ribotag RNA分析、ATAC-seq、ChIP-seq、全基因组DNA甲基化分析及体内CRISPR-Cas9遗传扰动，研究了多发性硬化症及其前临床模型实验性自身免疫性脑脊髓炎（EAE）中的星形胶质细胞 | 发现了EAE和多发性硬化症中星形胶质细胞的特征，包括NRF2表达减少和MAFG表达增加，这些细胞通过与MAT2α合作促进DNA甲基化并抑制抗氧化和抗炎转录程序 | NA | 研究星形胶质细胞在多发性硬化症和EAE中的作用及其调控机制 | 星形胶质细胞在多发性硬化症和EAE中的异质性及其调控 | 数字病理学 | 多发性硬化症 | 单细胞RNA测序、ATAC-seq、ChIP-seq、DNA甲基化分析、CRISPR-Cas9 | NA | RNA | NA |
| 15 | 2024-08-07 |
Robustness and applicability of transcription factor and pathway analysis tools on single-cell RNA-seq data
2020-02-12, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-020-1949-z
PMID:32051003
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研究论文 | 本文研究了转录因子和通路分析工具在单细胞RNA测序数据上的鲁棒性和适用性 | 首次系统评估了针对批量测序数据开发的转录因子和通路分析工具在单细胞RNA测序数据上的应用效果 | 研究主要基于模拟数据和真实数据进行，实际应用中可能存在更多变数 | 探讨批量测序的转录因子和通路分析工具是否能有效应用于单细胞RNA测序数据 | 单细胞RNA测序数据及其与批量测序数据的比较 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | RNA测序数据 | 包括模拟数据和真实单细胞RNA测序数据 |
| 16 | 2024-08-07 |
Adult Human Glioblastomas Harbor Radial Glia-like Cells
2020-02-11, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2020.01.007
PMID:32004492
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研究论文 | 本文研究了成人胶质母细胞瘤中存在的放射状胶质样细胞，并探讨了其在肿瘤发生或维持中的作用 | 首次揭示了成人胶质母细胞瘤中存在具有典型放射状胶质细胞形态和标记的亚群，并通过单细胞RNA测序分析了这些细胞的转录动态 | NA | 探讨成人胶质母细胞瘤中放射状胶质样细胞的存在及其在肿瘤发生或维持中的作用 | 成人胶质母细胞瘤中的放射状胶质样细胞 | NA | 脑瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 17 | 2024-08-07 |
Two-phase wash to solve the ubiquitous contaminant-carryover problem in commercial nucleic-acid extraction kits
2020-02-06, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-020-58586-3
PMID:32029846
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研究论文 | 本文介绍了一种两阶段洗涤（TPW）方法，用于解决商业核酸提取试剂盒中普遍存在的污染物携带问题，特别是在低稀释度下提高核酸纯度。 | 开发了一种两阶段洗涤方法，通过在洗脱步骤前添加低水溶性的洗涤缓冲液，有效减少了提取缓冲液的携带，同时不降低核酸产量。 | NA | 提高核酸研究的纯度，特别是在需要高灵敏度的应用中，如单细胞测序和病原体诊断。 | 商业核酸提取试剂盒中的污染物携带问题及其对PCR、LAMP和RT反应的影响。 | 分子生物学 | NA | 数字PCR | NA | 核酸 | NA |
| 18 | 2024-08-07 |
Spatial modeling of prostate cancer metabolic gene expression reveals extensive heterogeneity and selective vulnerabilities
2020-02-26, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-020-60384-w
PMID:32103057
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研究论文 | 本研究通过空间解析的代谢网络模型分析前列腺癌微环境的代谢基因表达，揭示了恶性细胞特异性的代谢脆弱性 | 首次采用空间解析的代谢网络模型来考虑肿瘤微环境中的空间异质性，并发现了新的可靶向的恶性细胞特异性代谢脆弱性 | NA | 探索前列腺癌微环境中的空间异质性及其对肿瘤治疗的潜在影响 | 前列腺癌微环境中的代谢网络和基因表达 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 代谢网络模型 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 19 | 2024-08-07 |
Single-cell Transcriptome Mapping Identifies Common and Cell-type Specific Genes Affected by Acute Delta9-tetrahydrocannabinol in Humans
2020-02-26, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-020-59827-1
PMID:32103029
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研究论文 | 研究通过单细胞转录组测绘，揭示了Delta-9-四氢大麻酚（THC）对人类免疫细胞基因表达的急性影响 | 首次结合受试者内设计与单细胞转录组测绘，揭示了THC对人类免疫细胞基因表达的急性影响，并识别了细胞类型特异性和共有的受影响基因 | 研究主要集中在THC对免疫细胞的影响，未涉及其他细胞类型或THC的长期效应 | 探究THC对人类免疫细胞基因表达的影响机制 | 人类免疫细胞的基因表达 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组测绘 | NA | 转录组数据 | 15,973个血液细胞 |
| 20 | 2024-08-07 |
Inherited Eye Diseases with Retinal Manifestations through the Eyes of Homeobox Genes
2020-Feb-26, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms21051602
PMID:32111086
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综述 | 本文综述了迄今为止关于导致眼睛器官发生中断并引起遗传性眼/视网膜疾病的家庭盒基因突变的数据和观点 | 本文总结了已知的关键眼睛发育调控因子，特别是与显示视网膜表现的单基因眼病相关的家庭盒基因，并强调了分子遗传学和细胞技术方法在遗传性视网膜疾病治疗中的潜在研究方向 | NA | 探讨家庭盒基因突变对眼睛器官发生的影响及其在遗传性眼/视网膜疾病中的作用 | 家庭盒基因及其在遗传性眼/视网膜疾病中的作用 | 遗传学 | 遗传性眼病 | 下一代测序技术，单细胞转录组分析 | NA | 基因数据 | NA |