单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 1659 篇文献，本页显示第 1621 - 1640 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1621 | 2024-08-09 |
Transcriptional Profiling of Individual Airway Projecting Vagal Sensory Neurons
2020-Feb, Molecular neurobiology
IF:4.6Q1
DOI:10.1007/s12035-019-01782-8
PMID:31630330
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序技术（scRNA-seq）探究了迷走感觉神经元的转录特征 | 首次对投射到气道和肺部的迷走感觉神经元进行单细胞RNA测序，揭示了其分子特征和功能 | NA | 深入了解迷走支气管肺感觉神经元的转录特征 | 迷走支气管肺感觉神经元 | NA | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 多个迷走感觉神经元 |
| 1622 | 2024-08-09 |
Quantitative Analysis of Circulating Tumor Cells Using RNA-Based Digital Scoring
2020, Recent results in cancer research. Fortschritte der Krebsforschung. Progres dans les recherches sur le cancer
DOI:10.1007/978-3-030-26439-0_4
PMID:31605224
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研究论文 | 本文探讨了基于RNA的数字评分方法在循环肿瘤细胞（CTCs）定量分析中的应用 | 引入新的基于RNA的分析平台，为CTCs的身份识别和临床应用提供新工具 | NA | 研究CTCs的转录组分析及其在理解转移性癌症进展和开发诊断试剂中的相关性 | 循环肿瘤细胞（CTCs） | 数字病理学 | 癌症 | RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 1623 | 2024-08-09 |
Pathway-Based Single-Cell RNA-Seq Classification, Clustering, and Construction of Gene-Gene Interactions Networks Using Random Forests
2020-06, IEEE journal of biomedical and health informatics
IF:6.7Q1
DOI:10.1109/JBHI.2019.2944865
PMID:31581101
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研究论文 | 本文提出了一种基于随机森林的通路分析框架，用于单细胞RNA测序数据的细胞群体分类和聚类，并构建基因-基因相互作用网络 | 首次利用机器学习技术研究功能通路在异质细胞群体分类中的应用，并提出了一种新的方法来构建基因-基因相互作用网络 | NA | 旨在通过通路分析更好地理解不同细胞群体的功能异质性，并识别驱动细胞功能异质性的重要基因 | 单细胞RNA测序数据中的细胞群体和基因相互作用 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 随机森林 | 基因表达数据 | NA |
| 1624 | 2024-08-09 |
SPARSim single cell: a count data simulator for scRNA-seq data
2020-03-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btz752
PMID:31598633
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研究论文 | 本文介绍了一种基于Gamma-多元超几何模型的scRNA-seq计数数据模拟器SPARSim | SPARSim能够生成在计数强度、变异性和稀疏性方面与真实数据相似的计数数据，表现优于现有的scRNA-seq模拟器Splat | NA | 开发新的方法来处理scRNA-seq计数数据，并提供模拟数据以帮助这些新方法的开发 | scRNA-seq计数数据 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | Gamma-多元超几何模型 | 计数数据 | NA |
| 1625 | 2024-08-09 |
Cancer classification of single-cell gene expression data by neural network
2020-03-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btz772
PMID:31603465
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研究论文 | 本文设计了一种基于神经网络的癌症分类器，能够识别21种癌症和正常组织，使用批量RNA测序和单细胞RNA测序数据进行训练和验证。 | 本文采用神经网络方法在癌症分类中表现优于支持向量机、k近邻和随机森林方法，并在单细胞RNA测序数据上应用了k近邻平滑转换。 | NA | 开发一种高效的癌症分类方法，以基于基因表达数据识别不同类型的癌症和正常组织。 | 21种癌症类型和正常组织。 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 神经网络（NN） | 基因表达数据 | 7398个癌症样本和640个正常样本 |
| 1626 | 2024-08-09 |
bayNorm: Bayesian gene expression recovery, imputation and normalization for single-cell RNA-sequencing data
2020-02-15, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btz726
PMID:31584606
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研究论文 | 本文介绍了bayNorm，一种用于单细胞RNA测序数据缩放和推断的新型贝叶斯方法 | bayNorm通过使用基于经验贝叶斯方法的先验估计，提高了差异表达分析的准确性和敏感性，并减少了批次效应 | NA | 开发一种高效且统一的单细胞RNA测序数据标准化、插补和批次效应校正方法 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 贝叶斯模型 | 基因表达数据 | 使用公开可用的单细胞RNA测序数据集和模拟表达数据进行验证 |
| 1627 | 2024-08-09 |
SCSsim: an integrated tool for simulating single-cell genome sequencing data
2020-02-15, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btz713
PMID:31584615
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研究论文 | 本文介绍了一个名为SCSsim的集成工具，用于模拟单细胞基因组测序数据 | SCSsim能够高效地模拟单细胞测序数据，包括模拟基因组变异和MALBAC技术放大，以及基于推断的测序概况生成测序读取 | NA | 开发一个能够有效模拟单细胞测序数据集的软件工具，以用于基准测试基于单细胞测序的生物信息学工具 | 单细胞测序数据集的模拟 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | NA | 基因组数据 | NA |
| 1628 | 2024-08-09 |
VISOR: a versatile haplotype-aware structural variant simulator for short- and long-read sequencing
2020-02-15, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btz719
PMID:31589307
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研究论文 | VISOR是一种用于短读长和长读长测序的通用性单体型感知结构变异模拟器，能够模拟简单和复杂的结构变异。 | VISOR的通用性在同类工具中是前所未有的，它为模拟批量或单细胞分辨率的单体型解析癌症异质性数据奠定了基础。 | NA | 开发一种能够模拟不同类型结构变异的工具，适用于不同倍性水平和测序数据的模拟。 | 结构变异（SVs）的模拟，包括简单和复杂的变异，以及短读长和长读长测序数据。 | 生物信息学 | NA | 测序技术 | NA | 序列数据 | NA |
| 1629 | 2024-08-09 |
Apoptotic Cell Exclusion and Bias-Free Single-Cell Selection Are Important Quality Control Requirements for Successful Single-Cell Sequencing Applications
2020-02, Cytometry. Part A : the journal of the International Society for Analytical Cytology
DOI:10.1002/cyto.a.23898
PMID:31603610
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研究论文 | 本文讨论了单细胞测序实验中的两个关键质量控制问题：如何确保只引入单个细胞而不偏倚于光散射，以及如何控制单细胞测序方法中的（前）凋亡细胞污染 | 本文提供了实验支持的指导，以规避这些关键缺陷，促进单细胞测序工具在生物学中的更好应用 | 文章指出，由于对这些重要质量方面的重要性认识不足，可能导致这些方面被忽视 | 提高单细胞测序实验的质量控制 | 单细胞测序实验中的质量控制问题 | 生物学 | NA | 单细胞测序 | NA | 细胞 | NA |
| 1630 | 2024-08-09 |
Low- and high-thermogenic brown adipocyte subpopulations coexist in murine adipose tissue
2020-01-02, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI129167
PMID:31573981
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研究论文 | 本研究利用多种遗传标记的小鼠模型、单细胞RNA测序和3D组织成像技术，发现棕色脂肪组织中存在低和高产热活性的棕色脂肪细胞亚群共存的现象 | 首次揭示了棕色脂肪组织中棕色脂肪细胞的功能异质性，发现低和高产热活性的棕色脂肪细胞亚群 | 研究主要基于小鼠模型，未来需在人类中验证这些发现 | 探究棕色脂肪组织中棕色脂肪细胞的亚群及其功能特性 | 棕色脂肪组织中的棕色脂肪细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序，3D组织成像 | NA | 细胞 | 多种遗传标记的小鼠模型 |
| 1631 | 2024-08-09 |
Increased expression of anion transporter SLC26A9 delays diabetes onset in cystic fibrosis
2020-01-02, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI129833
PMID:31581148
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研究论文 | 本文研究了阴离子转运蛋白SLC26A9在囊性纤维化相关糖尿病（CFRD）发病年龄中的作用 | 发现SLC26A9的高表达可以延迟囊性纤维化相关糖尿病的发病年龄，为治疗囊性纤维化的主要并发症提供了新的思路 | NA | 探讨SLC26A9表达与囊性纤维化相关糖尿病发病年龄的关系 | 囊性纤维化患者的SLC26A9基因及其表达 | NA | 囊性纤维化 | 单细胞RNA测序 | NA | DNA序列数据 | 762名囊性纤维化患者 |
| 1632 | 2024-08-09 |
The blood-brain barrier and blood-tumour barrier in brain tumours and metastases
2020-01, Nature reviews. Cancer
DOI:10.1038/s41568-019-0205-x
PMID:31601988
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综述 | 本文综述了血脑屏障（BBB）和血瘤屏障（BTB）在脑肿瘤和转移中的细胞和分子成分，以及它们对药物递送的挑战和影响 | 探讨了新兴的分子、细胞和物理策略以改善药物通过BBB和BTB的递送，并讨论了这些策略对传统及新兴治疗方法的影响 | NA | 深入理解BBB和BTB，并通过单细胞测序和成像技术以及系统生物学方法开发新的个性化治疗策略 | 血脑屏障（BBB）和血瘤屏障（BTB）在脑肿瘤和转移中的作用 | NA | 脑肿瘤 | 单细胞测序 | NA | NA | NA |
| 1633 | 2024-08-09 |
Topical Application of a Mast Cell Stabilizer Improves Impaired Diabetic Wound Healing
2020-04, The Journal of investigative dermatology
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.jid.2019.08.449
PMID:31568772
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研究论文 | 本文研究了一种新型色胺酸-羧酰胺类肥大细胞稳定剂MCS-01在糖尿病伤口愈合中的应用 | 开发了一种新型肥大细胞稳定剂MCS-01，并通过特定设计的海藻酸盐绷带实现长期局部控制释放，加速了糖尿病小鼠的伤口愈合 | NA | 探讨肥大细胞稳定剂在改善糖尿病伤口愈合中的作用 | 糖尿病小鼠的伤口愈合过程 | NA | 糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 6,154个细胞 |
| 1634 | 2024-08-09 |
scDAPA: detection and visualization of dynamic alternative polyadenylation from single cell RNA-seq data
2020-02-15, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btz701
PMID:31557285
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research paper | 本文介绍了一个名为scDAPA的软件包，用于从单细胞RNA测序数据中检测和可视化动态选择性多聚腺苷酸化（APA） | scDAPA是首个用于从单细胞RNA测序数据中研究APA特征的计算工具 | NA | 提高APA研究的分辨率至单细胞水平 | 单细胞RNA测序数据中的动态APA | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | bam/sam文件 | NA |
| 1635 | 2024-08-09 |
Alterations in the Transcriptional Programs of Myeloma Cells and the Microenvironment during Extramedullary Progression Affect Proliferation and Immune Evasion
2020-02-15, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-19-0694
PMID:31558476
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术分析了骨髓和胸膜积液或腹水中多发性骨髓瘤细胞及其微环境的转录组变化，揭示了其在髓外进展中的分子机制 | 首次通过单细胞RNA测序技术揭示了多发性骨髓瘤细胞在髓外进展中的转录组变化及其对细胞增殖和免疫逃逸的影响 | 研究样本仅来自15名患者，可能影响结果的普遍性 | 探讨多发性骨髓瘤髓外进展的分子机制 | 多发性骨髓瘤细胞及其微环境 | 数字病理学 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 15名患者的骨髓或髓外多发性骨髓瘤样本 |
| 1636 | 2024-08-09 |
Single-cell RNA sequencing reveals chemokine self-feeding of myeloma cells promotes extramedullary metastasis
2020-02, FEBS letters
IF:3.0Q3
DOI:10.1002/1873-3468.13623
PMID:31561267
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研究论文 | 本研究旨在探讨多发性骨髓瘤细胞从骨髓转移到外周血的初始机制 | 发现克隆循环浆细胞中异常上调的趋化因子CXCL12可能使这些细胞逃避骨髓保留并转移到血液中 | NA | 确定多发性骨髓瘤细胞从骨髓转移到外周血的机制 | 多发性骨髓瘤细胞和外周血中的克隆循环浆细胞 | 数字病理学 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 具体样本数量未提及 |
| 1637 | 2024-08-09 |
Single-cell RNA-Seq: a next generation sequencing tool for a high-resolution view of the individual cell
2020-08, Journal of biomolecular structure & dynamics
IF:2.7Q2
DOI:10.1080/07391102.2019.1659859
PMID:31524088
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研究论文 | 本文介绍了单细胞RNA测序（Single-cell RNA-Seq）作为一种下一代测序工具，用于获得单个细胞的高分辨率视图 | 单细胞RNA测序技术能够提供单个细胞的详细基因表达信息，这是传统测序技术无法实现的 | NA | 探索单细胞RNA测序技术在解析细胞异质性和基因表达方面的应用 | 单个细胞的基因表达 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序（Single-cell RNA-Seq） | NA | 基因表达数据 | NA |
| 1638 | 2024-08-09 |
Single-cell transcriptional analyses of spasmolytic polypeptide-expressing metaplasia arising from acute drug injury and chronic inflammation in the stomach
2020-06, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2019-318930
PMID:31481545
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研究论文 | 研究旨在定义由急性药物损伤和慢性炎症引起的胃黏膜中松弛素表达性化生（SPEM）在单细胞水平的转录变化 | 提出需要扩展SPEM的定义，包括不表达成熟主细胞转录本的Tff2+Muc6+细胞，并展示了SPEM通过高度保守的细胞程序独立于病因发展，并在慢性炎症环境中发展出免疫调节能力 | NA | 定义SPEM在单细胞水平的转录变化 | 胃黏膜中的SPEM | 数字病理学 | 胃病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组 | 从健康胃、药物诱导和炎症诱导SPEM病变的胃中分离的胃体上皮细胞 |
| 1639 | 2024-08-09 |
scds: computational annotation of doublets in single-cell RNA sequencing data
2020-02-15, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btz698
PMID:31501871
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研究论文 | 本文介绍了两种新的计算方法（cxds和bcds）用于识别单细胞RNA测序数据中的双细胞 | 提出了基于共表达的双细胞评分方法（cxds）和基于二元分类的双细胞评分方法（bcds），这两种方法在识别双细胞方面与现有技术相比具有竞争力 | 文中提到不同方法在不同数据集上的表现有差异，没有一种方法在所有情况下都占优势 | 开发计算策略以识别单细胞RNA测序数据中的双细胞，从而避免下游分析中的严重偏差 | 单细胞RNA测序数据中的双细胞 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 二元分类模型 | 基因表达数据 | 涉及四个具有实验双细胞注释的数据集 |
| 1640 | 2024-08-09 |
QUBIC2: a novel and robust biclustering algorithm for analyses and interpretation of large-scale RNA-Seq data
2020-02-15, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btz692
PMID:31503285
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研究论文 | 本文介绍了一种新的双聚类算法QUBIC2，用于分析和解释大规模RNA-Seq数据 | QUBIC2采用了一种新的左截断高斯混合模型来准确评估零富集表达数据的多模态性，并使用信息分歧进行功能基因模块优化的快速有效扩展策略，以及对所有识别出的双聚类进行严格统计测试 | NA | 开发一种新的双聚类算法，以更好地检测条件特异性功能基因模块 | 大规模基因表达数据，特别是单细胞RNA-Seq数据 | 生物信息学 | NA | RNA-Seq | 双聚类算法 | 基因表达数据 | 涉及多种基准数据集，包括大肠杆菌、人类和模拟数据 |