单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 1659 篇文献，本页显示第 1601 - 1620 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1601 | 2024-08-09 |
Single-cell RNA-sequencing identifies the developmental trajectory of C-Myc-dependent NK1.1- T-bet+ intraepithelial lymphocyte precursors
2020-03, Mucosal immunology
IF:7.9Q1
DOI:10.1038/s41385-019-0220-y
PMID:31712600
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术，研究了NK1.1+ T-bet+上皮内淋巴细胞前体的发育轨迹 | 首次定义了基于CD122和T-bet顺序表达的发育轨迹，并发现了Id2和Id3蛋白作为IELP发育的新调控因子 | NA | 揭示NK1.1 IELPs在胸腺中的发育过程及其分子机制 | NK1.1 IELPs的发育轨迹和调控因子 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 异质性的胸腺CD4CD8αβTCRαβNK1.1 IEL前体细胞群 |
| 1602 | 2024-08-09 |
Single-Cell RNA Sequencing Reveals Stromal Evolution into LRRC15+ Myofibroblasts as a Determinant of Patient Response to Cancer Immunotherapy
2020-02, Cancer discovery
IF:29.7Q1
DOI:10.1158/2159-8290.CD-19-0644
PMID:31699795
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组学技术，揭示了胰腺导管腺癌（PDAC）进展过程中纤维母细胞景观的变化，特别是LRRC15+肌纤维母细胞在癌症免疫治疗患者反应中的决定作用 | 首次描述了TGFβ驱动的LRRC15 CAF谱系与免疫治疗不良反应的关联，并提出其作为联合治疗的潜在靶点 | NA | 深入理解肿瘤微环境，特别是纤维母细胞在癌症免疫治疗反应中的作用 | 胰腺导管腺癌（PDAC）中的纤维母细胞及其在免疫治疗中的作用 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 超过80,000个单细胞来自22名PDAC患者，以及70名患者的样本通过免疫组化分析 |
| 1603 | 2024-08-09 |
CancerTracer: a curated database for intrapatient tumor heterogeneity
2020-01-08, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkz1061
PMID:31701131
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研究论文 | 介绍了一个名为CancerTracer的手动整理数据库，用于追踪和描述个体患者肿瘤生长的进化轨迹 | CancerTracer数据库提供了多区域和单细胞测序数据，帮助研究者识别肿瘤内的共同驱动事件和异质性体细胞事件 | NA | 旨在通过分析肿瘤的克隆组成及其在疾病进展和治疗中的演变，为药物设计确定精确的治疗靶点 | 肿瘤样本及其在个体患者中的进化轨迹 | 数字病理学 | NA | 多区域和单细胞测序 | NA | 数据 | 收集了来自1548名患者的6000多个肿瘤样本，涵盖45种不同类型的癌症 |
| 1604 | 2024-08-09 |
GP130 signaling and the control of naïve pluripotency in humans, monkeys, and pigs
2020-01-01, Experimental cell research
IF:3.3Q2
DOI:10.1016/j.yexcr.2019.111712
PMID:31697928
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综述 | 本文综述了LIF/GP130/JAK/STAT3信号通路在支持人类、猴子和猪的多能干细胞（PSCs）的原始状态多能性中的作用 | 强调了LIF/GP130/JAK/STAT3信号在将传统的人类和猴子PSCs重编程为类似原始多能性中的作用 | NA | 探讨LIF/GP130/JAK/STAT3通路在非啮齿类物种中调控原始多能性的作用 | 人类、猴子和猪的多能干细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 人类和猴子胚胎中的多能细胞 |
| 1605 | 2024-08-09 |
Melatonin promotes the development of immature oocytes from the COH cycle into healthy offspring by protecting mitochondrial function
2020-Jan, Journal of pineal research
IF:8.3Q1
DOI:10.1111/jpi.12621
PMID:31714635
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研究论文 | 研究探讨了褪黑素（MT）通过保护线粒体功能促进从控制性卵巢过度刺激（COH）周期中获取的不成熟卵母细胞发育为健康后代的效果 | 首次详细探讨了褪黑素在人类卵母细胞发育中的有益效果，特别是在提高优质囊胚形成率和降低非整倍体率方面 | 研究样本量相对较小，且仅限于特定的实验条件和临床试验 | 研究褪黑素在人类卵母细胞发育中的作用及其对线粒体功能的保护效果 | 从COH周期中获取的不成熟卵母细胞及其发育为健康后代的过程 | 生殖医学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 193个不成熟卵母细胞，分为两组：MT组（105个）和非MT组（88个） |
| 1606 | 2024-08-09 |
Evaluation of single-cell classifiers for single-cell RNA sequencing data sets
2020-09-25, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbz096
PMID:31675098
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研究论文 | 本文对九种专门为单细胞RNA测序数据集设计的分类软件工具进行了全面且公正的评估 | 提出了使用集成投票方法提高预测准确性，并在非理想情况下，基于簇级相似性的工具表现出优越性能 | 仅使用单细胞分类器难以捕捉到新的细胞类型，即使有分配'未分配'标签的功能 | 评估单细胞RNA测序数据集的分类工具，并提供选择和应用这些工具的指南 | 单细胞RNA测序数据集的细胞类型分类工具 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 随机森林、相关性分析、XGBoost | 单细胞RNA测序数据 | 涉及小规模和类别不平衡的参考数据集 |
| 1607 | 2024-08-09 |
Differential expression of α6 and β1 integrins reveals epidermal heterogeneity at single-cell resolution
2020-03, Journal of cellular biochemistry
IF:3.0Q3
DOI:10.1002/jcb.29487
PMID:31680320
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研究论文 | 本研究通过基于α6和β1整合素差异表达的荧光激活细胞分选（FACS）策略，结合转录组分析，探索了表皮异质性 | 本研究提出了一种预分选方法，用于研究整合素表达与表皮异质性的关系，并识别了多种表皮细胞类型及其表达谱 | NA | 探索表皮异质性及整合素表达与表皮细胞类型的关系 | 表皮细胞及其整合素表达 | 数字病理学 | NA | 荧光激活细胞分选（FACS），RNA-seq | NA | 转录组数据 | 从C57BL/6小鼠背部皮肤获取的表皮细胞，共576个单细胞 |
| 1608 | 2024-08-09 |
TM3'seq: A Tagmentation-Mediated 3' Sequencing Approach for Improving Scalability of RNAseq Experiments
2020-01-07, G3 (Bethesda, Md.)
DOI:10.1534/g3.119.400821
PMID:31676507
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研究论文 | 本文介绍了一种名为TM3'seq的新型3'富集文库制备协议，该协议使用Tn5转座酶并保留每个步骤中的样本身份，旨在提高RNA-seq实验的可扩展性 | TM3'seq协议能够在6小时内处理96个样本，且只需3小时的直接操作时间，成本仅为每样本1.5美元，显著降低了RNA-seq实验的成本和时间 | NA | 开发一种成本和时间效率高的RNA-seq文库制备方法，以促进大规模RNA-seq实验的普及 | 人类和其他RNA样本的转录组 | 基因组学 | NA | RNA-seq | NA | RNA | 多种人类和其他RNA样本 |
| 1609 | 2024-08-09 |
Developmental and cellular age direct conversion of CD4+ T cells into RORγ+ or Helios+ colon Treg cells
2020-01-06, The Journal of experimental medicine
IF:12.6Q1
DOI:10.1084/jem.20190428
PMID:31685531
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研究论文 | 研究探讨了CD4+ T细胞向RORγ+或Helios+结肠Treg细胞的定向分化 | 首次揭示了CD4+ Tconv细胞能够根据细胞或个体的年龄差异分化为RORγ+和Helios+ pTreg细胞，为结肠Treg细胞的生理适应性提供了新见解 | NA | 阐明结肠中RORγ+和Helios+ Treg细胞的起源和关系 | CD4+ T细胞、RORγ+和Helios+ Treg细胞 | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 使用单个结肠化和小鼠模型进行研究 |
| 1610 | 2024-08-09 |
Single-Cell RNA Sequencing Identifies Yes-Associated Protein 1-Dependent Hepatic Mesothelial Progenitors in Fibrolamellar Carcinoma
2020-01, The American journal of pathology
DOI:10.1016/j.ajpath.2019.09.018
PMID:31669305
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了来源于患者的纤维板层癌异种移植模型，并识别了治疗靶点 | 首次发现Yes相关蛋白1依赖的肝间皮祖细胞在纤维板层癌中的作用，并证实抑制YAP1可显著减少细胞生长和迁移 | NA | 探索纤维板层癌的治疗靶点 | 纤维板层癌细胞及其治疗靶点 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 来源于患者的纤维板层癌异种移植模型 |
| 1611 | 2024-08-09 |
Conversion of human cardiac progenitor cells into cardiac pacemaker-like cells
2020-01, Journal of molecular and cellular cardiology
IF:4.9Q2
DOI:10.1016/j.yjmcc.2019.09.015
PMID:31678351
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研究论文 | 本研究通过筛选策略测试了将人类心脏前体细胞（CPCs）转化为类似起搏器细胞的再编程因子 | 发现SHOX2、HCN2和TBX5（SHT5）组合的转录因子在驱动CPCs转化为类似起搏器细胞方面比其他组合和单一转录因子更有效 | NA | 探索将人类心脏前体细胞转化为类似起搏器细胞的方法，以促进心脏衰竭患者起搏器样细胞疗法的发展 | 人类心脏前体细胞（CPCs）和类似起搏器细胞 | NA | 心脏疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 1612 | 2024-08-09 |
Subregion-specific rules govern the distribution of neuronal immediate-early gene induction
2020-09-22, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.1913658116
PMID:31636216
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研究论文 | 本文研究了即时早期基因（IEG）在神经元集合中的分布规律，特别是在背侧纹状体中的刺状投射神经元（SPN）中，通过急性可卡因暴露后的表达情况。 | 发现了IEG表达的区域特异性规则，并观察到IEG表达的神经元集合形成空间定义的集群，这些集群与多个IEG的协同和强表达相关。 | 研究主要集中在背侧纹状体的SPN中，未涵盖所有脑结构和刺激类型。 | 探讨IEG在神经元集合中的分布规律及其与记忆形成的关系。 | 背侧纹状体中的刺状投射神经元（SPN）和皮质神经元的IEG表达。 | 神经科学 | NA | 单分子荧光原位杂交（smFISH） | NA | RNA序列 | 小鼠背侧纹状体中的SPN和皮质神经元 |
| 1613 | 2024-08-09 |
deepMc: Deep Matrix Completion for Imputation of Single-Cell RNA-seq Data
2020-07, Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology
IF:1.4Q2
DOI:10.1089/cmb.2019.0278
PMID:31657645
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研究论文 | 本文提出了一种基于深度矩阵分解的方法deepMc，用于填补单细胞RNA测序数据中的缺失值 | 利用深度学习技术解决单细胞RNA测序数据中的缺失值问题 | NA | 解决单细胞RNA测序数据中的缺失值问题 | 单细胞RNA测序数据中的基因表达数据 | 机器学习 | NA | 深度矩阵分解 | 深度学习模型 | 基因表达数据 | NA |
| 1614 | 2024-08-09 |
Migraine-associated gene expression in cell types of the central and peripheral nervous system
2020-04, Cephalalgia : an international journal of headache
IF:5.0Q1
DOI:10.1177/0333102419877834
PMID:31660761
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序数据，分析了中枢和周围神经系统中与偏头痛相关的基因表达情况 | 首次通过单细胞RNA测序技术，确定了与偏头痛相关的基因在中枢和周围神经系统中的具体细胞类型表达 | NA | 确定与偏头痛相关的基因在神经系统中的细胞类型特异性表达 | 中枢和周围神经系统中的细胞类型 | NA | 偏头痛 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA |
| 1615 | 2024-08-09 |
SINC: a scale-invariant deep-neural-network classifier for bulk and single-cell RNA-seq data
2020-03-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btz801
PMID:31647523
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研究论文 | 本文介绍了一种名为SINC的尺度不变深度神经网络分类器，用于批量和单细胞RNA-seq数据分析 | SINC分类器能够在不进行序列深度缩放的情况下直接使用原始计数数据，且在不同序列深度估计下给出相同结果 | NA | 开发一种尺度不变的深度神经网络分类器，用于样本分类，如正常与癌变样本的区分 | 批量和单细胞RNA-seq数据 | 机器学习 | NA | RNA-seq | 深度神经网络 | RNA-seq数据 | 九个批量和单细胞数据集 |
| 1616 | 2024-08-09 |
PlanExp: intuitive integration of complex RNA-seq datasets with planarian omics resources
2020-03-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btz802
PMID:31647529
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研究论文 | 本文介绍了一个名为PlanExp的网络应用程序，用于探索和可视化不同RNA-seq实验（传统和单细胞RNA-seq）中的基因表达数据，特别是针对地中海扁虫Schmidtea mediterranea | PlanExp提供了多种交互式绘图工具，如热图、散点图等，并整合了PlanNET网络应用程序，实现了基因组和转录水平的序列注释链接，以及基因/蛋白质网络编辑器和单细胞RNA-seq数据的遗传相互作用预测 | NA | 旨在帮助研究人员理解和分析扁虫再生和发育过程中的大量转录组和基因组数据 | 地中海扁虫Schmidtea mediterranea的基因表达数据 | 生物信息学 | NA | RNA-seq | NA | 基因表达数据 | NA |
| 1617 | 2024-08-09 |
Macrophage-Derived CXCL9 and CXCL10 Are Required for Antitumor Immune Responses Following Immune Checkpoint Blockade
2020-01-15, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-19-1868
PMID:31636098
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研究论文 | 研究免疫检查点阻断治疗后，巨噬细胞衍生的CXCL9和CXCL10在抗肿瘤免疫反应中的作用 | 首次揭示了巨噬细胞衍生的CXCL9和CXCL10在免疫检查点阻断治疗中对T细胞招募和治疗效果的关键作用 | NA | 探讨免疫检查点阻断治疗中，巨噬细胞衍生的CXCL9和CXCL10对T细胞招募和治疗效果的影响 | 巨噬细胞衍生的CXCL9和CXCL10在免疫检查点阻断治疗中的作用 | 免疫学 | NA | NanoString-based分析、流式细胞术、细胞珠阵列、单细胞RNA测序 | NA | RNA-seq | 包括小鼠模型和接受免疫检查点抑制剂治疗的患者 |
| 1618 | 2024-08-09 |
Single-Cell RNA-seq Identifies Cell Diversity in Embryonic Salivary Glands
2020-01, Journal of dental research
IF:5.7Q1
DOI:10.1177/0022034519883888
PMID:31644367
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了胚胎期12天的下颌下腺和腮腺中的14,441个细胞的转录组，以揭示这些腺体在芽形成初期的分子特征 | 首次全面描述了芽形成阶段特定的细胞分子标志，并提供了胚胎期腮腺的转录组数据，尤其是对未充分研究的间充质细胞群体 | NA | 探索胚胎期唾液腺中细胞多样性的分子基础 | 胚胎期12天的下颌下腺和腮腺中的细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 14,441个细胞 |
| 1619 | 2024-08-09 |
Molecular heterogeneity unravelled by single-cell transcriptomics in patients with essential thrombocythaemia
2020-03, British journal of haematology
IF:5.1Q1
DOI:10.1111/bjh.16225
PMID:31610612
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了七名未治疗的原发性血小板增多症患者的CD34细胞转录组，揭示了患者间的分子异质性 | 首次通过单细胞RNA测序技术详细解析了原发性血小板增多症患者的分子异质性和克隆多样性 | 样本量较小，仅包括七名患者和一个健康对照 | 探究原发性血小板增多症患者的分子异质性和克隆多样性 | 原发性血小板增多症患者的CD34细胞 | 数字病理学 | 血液肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 七名原发性血小板增多症患者和一名健康成人 |
| 1620 | 2024-08-09 |
Single-cell transcriptome analysis reveals tumor immune microenvironment heterogenicity and granulocytes enrichment in colorectal cancer liver metastases
2020-02-01, Cancer letters
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.canlet.2019.10.016
PMID:31610266
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了结直肠癌肝转移组织及其邻近组织的肿瘤免疫微环境组成和特征 | 首次进行了结直肠癌肝转移的单细胞转录组分析，揭示了肿瘤微环境中粒细胞的富集现象 | NA | 探索结直肠癌肝转移的肿瘤微环境组成，并为治疗提供新思路 | 结直肠癌肝转移组织及其邻近组织 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 从结直肠癌患者中采集的肝转移癌组织和邻近组织样本 |