单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1581	2024-08-09	Understanding the complexity of retina and pluripotent stem cell derived retinal organoids with single cell RNA sequencing: current progress, remaining challenges and future prospective 2020-03, Current eye research IF:1.7Q3 DOI:10.1080/02713683.2019.1697453 PMID:31794277	综述	本文综述了单细胞RNA测序技术在视网膜和多能干细胞衍生的视网膜类器官研究中的最新进展、未解决问题及技术挑战	单细胞RNA测序技术能够详细记录单个细胞的转录组，揭示视网膜发育、正常生理和疾病中的细胞异质性，并提供细胞类型特异性标记和信号通路的新见解	需要克服技术挑战以实现反映所有视网膜细胞类型的复杂性、功能和相互作用的一致结果	探讨单细胞RNA测序在视网膜和视网膜类器官研究中的应用，以及面临的挑战和未来展望	视网膜组织和多能干细胞衍生的视网膜类器官	生物技术	NA	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	转录组数据	NA
1582	2024-08-09	Functional genomic approaches to elucidate the role of enhancers during development 2020-03, Wiley interdisciplinary reviews. Systems biology and medicine DOI:10.1002/wsbm.1467 PMID:31808313	研究论文	本文讨论了利用功能基因组学方法阐明增强子在发育中的作用	介绍了大规模并行报告分析技术用于大规模验证增强子功能，并回顾了CRISPR基因编辑工具和单细胞转录组学在研究发育过程中基因调控的最新进展	功能性验证大规模增强子序列仍是一个基本挑战	理解增强子序列中哪些序列对功能至关重要	增强子在发育中的作用及其功能	遗传/基因组方法	NA	测序技术，CRISPR，单细胞转录组学	NA	基因组数据	NA
1583	2024-08-09	Continuous and Discrete Neuron Types of the Adult Murine Striatum 2020-02-19, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2019.11.004 PMID:31813651	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序和定量RNA原位杂交技术，探讨了成年小鼠纹状体中刺突投射神经元（SPN）的分子和解剖多样性	本研究首次通过计算方法区分了单细胞RNA测序数据中的离散和连续异质性，并发现了纹状体中SPN的四种主要离散类型，以及这些类型内的连续异质性	NA	旨在定义成年小鼠纹状体中刺突投射神经元的分子和解剖多样性	成年小鼠纹状体中的刺突投射神经元（SPN）	神经科学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），定量RNA原位杂交（ISH）	NA	基因表达数据	NA
1584	2024-08-09	Allele-specific single-cell RNA sequencing reveals different architectures of intrinsic and extrinsic gene expression noises 2020-01-24, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkz1134 PMID:31799601	研究论文	本文利用等位特异性单细胞RNA测序技术，在老鼠成纤维细胞中评估了3975个基因的内在和外在表达噪声成分	首次揭示了内在和外在基因表达噪声的不同架构，并验证了TATA盒和微小RNA靶向等因素对这些噪声的影响	NA	探究内在和外在基因表达噪声的架构及其影响因素	老鼠成纤维细胞中的3975个基因	基因组学	NA	等位特异性单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	3975个基因
1585	2024-08-09	Single-Cell RNA Sequencing Reveals Renal Endothelium Heterogeneity and Metabolic Adaptation to Water Deprivation 2020-01, Journal of the American Society of Nephrology : JASN IF:10.3Q1 DOI:10.1681/ASN.2019080832 PMID:31818909	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示肾脏内皮细胞的异质性和对缺水的代谢适应	首次揭示了肾脏内皮细胞在缺水和高渗环境下对氧化磷酸化的代谢适应的新角色	NA	研究肾脏内皮细胞在不同微环境条件下的异质性和对缺水的代谢适应	肾脏内皮细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	超过40,000个鼠肾脏内皮细胞
1586	2024-08-09	CellBench: R/Bioconductor software for comparing single-cell RNA-seq analysis methods 2020-04-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btz889 PMID:31778143	研究论文	本文介绍了CellBench软件，用于比较单细胞RNA测序分析方法	CellBench软件支持任务中心或组合方式的方法比较，自动运行方法组合，并提供运行时间测量和表格输出，便于总结和可视化	NA	开发新软件以管理单细胞RNA测序分析方法的基准测试	单细胞RNA测序分析方法的基准测试	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
1587	2024-08-09	A single-cell transcriptome atlas for zebrafish development 2020-03-15, Developmental biology IF:2.5Q2 DOI:10.1016/j.ydbio.2019.11.008 PMID:31782996	研究论文	本文通过单细胞RNA测序方法，构建了一个斑马鱼发育过程中的单细胞转录组图谱	首次系统地描述了斑马鱼从咽囊到早期幼体阶段的细胞类型及其基因表达变化，为生物学家提供了新的细胞类型和发育阶段特异性表达信息	NA	旨在填补我们对动物发育及人类疾病中细胞类型及其变化了解的空白	斑马鱼发育过程中的细胞类型及其基因表达	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	44,102个细胞，跨越四天的发育过程，使用重复实验确认高重复性
1588	2024-08-09	Heterogeneity of human prostate carcinoma-associated fibroblasts implicates a role for subpopulations in myeloid cell recruitment 2020-02, The Prostate DOI:10.1002/pros.23929 PMID:31763714	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和无监督聚类分析，探讨了人前列腺癌相关成纤维细胞（CAF）的异质性及其在髓样细胞招募中的作用	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了前列腺癌相关成纤维细胞的六个亚群，并发现这些亚群在髓样细胞招募中具有独特功能	研究主要集中在体外和体内实验，未来需要进一步研究CAF亚群在前列腺癌生长和进展中的具体作用	旨在理解CAF在前列腺癌肿瘤生长中的机制，并寻找新的治疗靶点	人前列腺癌相关成纤维细胞及其在肿瘤微环境中的作用	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序	无监督聚类	基因表达数据	3321个CAF细胞
1589	2024-08-09	Single-Cell Transcriptomics: A High-Resolution Avenue for Plant Functional Genomics 2020-02, Trends in plant science IF:17.3Q1 DOI:10.1016/j.tplants.2019.10.008 PMID:31780334	研究论文	本文探讨了单细胞转录组学在植物功能基因组学中的应用	利用单细胞RNA测序技术，能够在单细胞分辨率下研究复杂组织中的调控过程	处理和分析复杂数据集存在挑战	深入了解组织功能并促进这些信息在植物细胞图谱中的应用	植物细胞在不同组织中的协同作用	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	任何给定组织的任何植物细胞
1590	2024-08-09	Tumor mutation burden, immune checkpoint crosstalk and radiosensitivity in single-cell RNA sequencing data of breast cancer 2020-01, Radiotherapy and oncology : journal of the European Society for Therapeutic Radiology and Oncology IF:4.9Q1 DOI:10.1016/j.radonc.2019.11.003 PMID:31767471	研究论文	本研究分析了乳腺癌和免疫细胞的单细胞RNA测序数据，主要关注肿瘤突变负荷（TMB）、免疫检查点交叉对话和放射敏感性	本研究首次在单细胞水平上探讨了乳腺癌中肿瘤突变负荷、免疫检查点交叉对话与放射敏感性的关系	研究样本量较小，且仅使用了公开数据库中的数据，可能限制了结果的普遍性	探讨乳腺癌中单细胞RNA测序数据中的肿瘤突变负荷、免疫检查点交叉对话和放射敏感性的关系	乳腺癌细胞和免疫细胞	数字病理学	乳腺癌	scRNA-seq	NA	转录组数据	肿瘤细胞和免疫细胞共492个，其中肿瘤细胞来自原发肿瘤和转移淋巴结共317个
1591	2024-08-09	Single-Cell Capture, RNA-seq, and Transcriptome Analysis from the Neural Retina 2020, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-0175-4_12 PMID:31786788	研究论文	本文描述了从成年视网膜组织中进行单细胞RNA测序（scRNA-seq）的当前技术，包括视网膜解剖、视网膜分离、细胞群体评估、cDNA合成、文库构建和下一代测序，并介绍了使用开源工具的scRNA-seq数据分析流程	介绍了从成年视网膜组织中进行scRNA-seq的技术流程，并引入了使用开源工具的数据分析方法	NA	解决细胞异质性挑战	成年视网膜组织中的细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA序列数据	超过100种神经细胞亚型
1592	2024-08-09	Genomic and transcriptomic profiling of carcinogenesis in patients with familial adenomatous polyposis 2020-07, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2019-319438 PMID:31744909	研究论文	本研究通过全外显子测序、全基因组测序和单细胞RNA测序，探讨了家族性腺瘤性息肉病（FAP）患者从癌前腺瘤到腺癌的遗传改变和转录组转变	首次全面分析了FAP患者从腺瘤到腺癌的基因组和转录组变化，揭示了代谢重编程在癌前阶段的发生	研究样本量较小，仅包括六名FAP患者和一名MUTYH相关息肉病患者	探讨FAP患者从癌前腺瘤到腺癌的遗传改变和转录组转变	FAP患者的正常组织、多区域采样的不同阶段腺瘤和腺癌	数字病理学	结直肠癌	全外显子测序、全基因组测序、单细胞RNA测序	NA	基因组数据、转录组数据	56个外显子、56个基因组和8,757个单细胞
1593	2024-08-09	Single-cell TCR sequencing of gut intraepithelial γδ T cells reveals a vast and diverse repertoire in celiac disease 2020-03, Mucosal immunology IF:7.9Q1 DOI:10.1038/s41385-019-0222-9 PMID:31728027	研究论文	研究通过单细胞TCR测序技术分析了未经治疗和接受无麸质饮食治疗的乳糜泻患者的肠道上皮内γδ T细胞的TCR库	首次在大规模单细胞配对γδ TCR测序研究中揭示了乳糜泻患者γδ TCR库的扩大和多样性增加	未能提供乳糜泻特异性γδ TCR的证据，对识别乳糜泻相关γδ TCR配体的挑战	探究乳糜泻患者肠道上皮内γδ T细胞的TCR库特征及其与疾病的关系	乳糜泻患者的肠道上皮内γδ T细胞	数字病理学	乳糜泻	单细胞TCR测序	NA	序列数据	未经治疗的乳糜泻患者8例（1821个细胞），接受无麸质饮食治疗的乳糜泻患者5例（436个细胞），对照组7例（1068个细胞）
1594	2024-08-09	Single-cell characterization and metabolic profiling of in vitro cultured human skeletal progenitors with enhanced in vivo bone forming capacity 2020-03, Stem cells translational medicine IF:5.4Q1 DOI:10.1002/sctm.19-0151 PMID:31738481	研究论文	研究了无血清预处理对人类骨膜来源细胞的细胞和分子变化，以及其在体内骨形成能力增强的机制	首次揭示了无血清预处理通过激活与骨发育和骨折愈合相关的通路和转录调控因子，增强体内骨形成能力	NA	探索无血清预处理对人类骨膜来源细胞的影响及其在体内骨形成中的作用	人类骨膜来源细胞及其在无血清预处理后的变化	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
1595	2024-08-09	Single-cell transcriptome analysis reveals differential nutrient absorption functions in human intestine 2020-02-03, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20191130 PMID:31753849	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了来自人类回肠、结肠和直肠的14,537个上皮细胞，揭示了小肠和大肠在营养吸收功能上的差异	发现了人类大肠中类似潘氏细胞的存在，并鉴定了人类瞬时增殖细胞和杯状细胞的新标记基因	NA	详细描述人类肠道细胞组成和功能，以更好地理解人类肠道疾病	人类肠道上皮细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	14,537个上皮细胞
1596	2024-08-09	Single-cell transcriptome sequencing of rumen ciliates provides insight into their molecular adaptations to the anaerobic and carbohydrate-rich rumen microenvironment 2020-02, Molecular phylogenetics and evolution IF:3.6Q2 DOI:10.1016/j.ympev.2019.106687 PMID:31740334	研究论文	本研究利用单细胞转录组测序技术，探索了三种瘤胃纤毛虫（Entodinium furca、Diplodinium dentatum和Isotricha intestinalis）对瘤胃厌氧和富含碳水化合物微环境的分子适应性	首次揭示了瘤胃纤毛虫通过水平基因转移（HGT）获取原核生物基因来消化植物生物质的机制	NA	探究瘤胃纤毛虫对瘤胃微环境的分子和机制性适应	三种瘤胃纤毛虫的适应性进化	NA	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组	三种瘤胃纤毛虫
1597	2024-08-09	Guiding T lymphopoiesis from pluripotent stem cells by defined transcription factors 2020-01, Cell research IF:28.1Q1 DOI:10.1038/s41422-019-0251-7 PMID:31729468	研究论文	本文研究了通过特定转录因子在体外诱导多能干细胞向T淋巴细胞分化的方法	首次证明Runx1和Hoxa9的协同短暂表达可以在体外PSC分化方案中优先产生可移植的造血祖细胞，这些祖细胞能够归巢到胸腺并发育成成熟的T细胞	NA	实现从多能干细胞中获得免疫活性及治疗性T淋巴细胞	多能干细胞向T淋巴细胞的分化	干细胞生物学	免疫缺陷疾病	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	NA
1598	2024-08-09	Probabilistic cell typing enables fine mapping of closely related cell types in situ 2020-01, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-019-0631-4 PMID:31740815	研究论文	本文介绍了一种名为pciSeq的方法，通过结合单细胞RNA测序和原位测序技术，实现了对紧密相关细胞类型的精细空间映射。	pciSeq方法利用先前的scRNA-seq分类结果，通过多重原位RNA检测技术来识别细胞类型，为理解组织中细胞类型的空间组织提供了一种新方法。	NA	开发一种新的方法来识别和映射紧密相关细胞类型的空间组织。	小鼠海马区CA1的抑制性神经元及其层状组织。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq), 原位测序	NA	RNA	小鼠海马区CA1的抑制性神经元
1599	2024-08-09	Enteroendocrine Progenitor Cell-Enriched miR-7 Regulates Intestinal Epithelial Proliferation in an Xiap-Dependent Manner 2020, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2019.11.001 PMID:31756561	研究论文	研究探讨了肠内分泌细胞（EEC）前体细胞中富集的miR-7如何通过Xiap依赖的方式调节肠道上皮细胞增殖	首次证明EEC前体细胞中富集的miR-7受饮食扰动的影响，并通过完整的Xiap和Egfr信号通路调节肠道类器官的生长	NA	探究肠内分泌细胞前体细胞在肠道上皮生长和更新中的作用机制	肠内分泌细胞（EEC）前体细胞及其miR-7的调控作用	NA	NA	无偏序列分析、单细胞RNA测序	NA	序列数据	使用了八种不同的老鼠模型和分类方法
1600	2024-08-09	Somatic mutations - Evolution within the individual 2020-04-01, Methods (San Diego, Calif.) DOI:10.1016/j.ymeth.2019.11.002 PMID:31711929	研究论文	本文探讨了利用先进的测序技术和机器学习方法来研究体细胞突变，以及这些突变在衰老相关疾病中的作用	结合实验和计算方法，利用机器学习提高检测效率和敏感性，并应用数学框架分析体细胞进化	识别真正的体细胞突变仍然具有挑战性	深入了解与衰老相关的疾病，如癌症、炎症和偶发性精神障碍	体细胞突变及其在疾病发展中的作用	生物信息学	癌症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	机器学习	基因组数据	NA