单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1521	2024-08-09	Tumor Functional Heterogeneity Unraveled by scRNA-seq Technologies 2020-01, Trends in cancer IF:14.3Q1 DOI:10.1016/j.trecan.2019.11.010 PMID:31952776	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术揭示肿瘤功能异质性	利用单细胞测序技术深入分析肿瘤内部结构，预测该技术将在多个研究领域广泛应用	NA	探讨单细胞测序技术在癌症治疗中的应用	肿瘤内部复杂性和功能异质性	数字病理学	癌症	单细胞RNA测序	NA	单细胞数据	NA
1522	2024-08-09	Visualization of Single Cell RNA-Seq Data Using t-SNE in R 2020, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-0301-7_8 PMID:31960377	研究论文	本文详细介绍了使用t-SNE和Seurat工具在R环境中对单细胞RNA测序数据进行可视化的过程	采用t-SNE这一非线性降维技术，相较于早期的PCA方法，在单细胞RNA测序数据可视化方面具有优势	NA	探讨单细胞RNA测序数据的可视化方法	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	t-SNE	基因表达数据	NA
1523	2024-08-09	Use of SuperCT for Enhanced Characterization of Single-Cell Transcriptomic Profiles 2020, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-0301-7_9 PMID:31960378	研究论文	本文介绍了一种基于监督学习的新方法，用于增强单细胞转录组特征的表征	提出了一种基于监督学习的新方法，用于解决单细胞转录组技术中细胞身份识别的问题	NA	深入理解异质性组织中的细胞身份	单细胞转录组特征	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	监督学习	转录组数据	多种已知细胞类型的单细胞转录组数据
1524	2024-08-09	Spatial transcriptomics identifies spatially dysregulated expression of GRM3 and USP47 in amyotrophic lateral sclerosis 2020-08, Neuropathology and applied neurobiology IF:4.0Q1 DOI:10.1111/nan.12597 PMID:31925813	研究论文	本研究利用空间转录组学技术，分析了携带C9orf72六核苷酸重复扩展的ALS患者死后皮质组织的转录组，以识别可能解释ALS发病机制中不同细胞类型和脑区差异脆弱性的失调转录本	本研究首次描述了在携带C9orf72六核苷酸重复扩展的ALS患者死后皮质组织中应用空间转录组学技术	NA	旨在通过空间解析的RNA测序技术，识别与ALS发病机制中不同细胞类型和脑区差异脆弱性相关的失调转录本	ALS患者的死后皮质组织	数字病理学	肌萎缩侧索硬化症	空间转录组学(ST)	NA	转录组数据	包括多个死后脑区和脊髓组织，来自扩展的C9orf72、散发性ALS(sALS)和SOD1 ALS病例
1525	2024-08-09	BEM: Mining Coregulation Patterns in Transcriptomics via Boolean Matrix Factorization 2020-07-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btz977 PMID:31913438	研究论文	本文介绍了一种新的布尔矩阵分解算法（BEM），通过期望最大化方法挖掘转录组数据中的共调控模式	BEM算法更符合转录组共调控的分子机制，并且能够处理包含超过一亿数据点的大规模矩阵	NA	分析转录组数据中的共调控模式，揭示肿瘤信号扰动状态和亚型分类	转录组数据，包括批量RNA-seq、单细胞RNA-seq和空间转录组数据	生物信息学	NA	布尔矩阵分解（BMF）	期望最大化（EM）	转录组数据	超过100万个数据点
1526	2024-08-09	The emergence and promise of single-cell temporal-omics approaches 2020-06, Current opinion in biotechnology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.copbio.2019.12.005 PMID:31918114	研究论文	本文探讨了单细胞时间组学方法的兴起及其在生物复杂系统中的应用潜力	介绍了新的单细胞分析方法，这些方法能够在测量转录组的同时捕捉到谱系信息或过去的分子事件	NA	强调单细胞领域的发展，描述用于研究的创新工具包，并考虑时间组学方法在疾病进展研究中的潜在影响	单细胞转录组数据及其在胚胎发育、疾病进展和刺激响应中的应用	生物信息学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
1527	2024-08-09	In vitro characterization of the human segmentation clock 2020-04, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-019-1885-9 PMID:31915384	研究论文	本文通过体外培养的人类前体脊索中胚层细胞研究了人类分割时钟的特征	首次在人类细胞中证实了与小鼠相似的分割时钟振荡器，并揭示了FGF信号通路在调节振荡周期和相位中的新作用	NA	探讨人类是否存在与小鼠类似的分割时钟振荡器	人类前体脊索中胚层细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	细胞	人类和小鼠的前体脊索中胚层细胞
1528	2024-08-09	Dynamics of human monocytes and airway macrophages during healthy aging and after transplant 2020-03-02, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20191236 PMID:31917836	研究论文	研究人类肺部气道巨噬细胞（AMs）在健康衰老和移植后的发育过程	首次详细描述了人类肺部气道巨噬细胞在不同年龄段的发育变化，并探讨了移植后的来源	研究仅限于健康志愿者和肺移植受者，未涉及疾病状态下的情况	探究人类肺部气道巨噬细胞在健康衰老和移植后的发育过程及其对疾病的影响	人类单核细胞和气道巨噬细胞	NA	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	细胞	包括婴儿/儿童（2-12岁）、成熟期（20-50岁）和老年（>50岁）的健康志愿者以及性别不匹配的肺移植受者
1529	2024-08-09	Deciphering the functional heterogeneity of skin fibroblasts using single-cell RNA sequencing 2020-03, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.201902001RR PMID:31930613	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术解析皮肤成纤维细胞的功能异质性	首次通过单细胞RNA测序揭示了皮肤成纤维细胞的异质性，并识别出DPP4成纤维细胞作为人体皮肤中主要细胞外基质（ECM）生成细胞	研究仅限于皮肤成纤维细胞，未涉及其他细胞类型	填补关于人类皮肤成纤维细胞多样性的知识空白	皮肤成纤维细胞及其亚型	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	多个皮肤成纤维细胞样本
1530	2024-08-09	Integrating microarray-based spatial transcriptomics and single-cell RNA-seq reveals tissue architecture in pancreatic ductal adenocarcinomas 2020-03, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-019-0392-8 PMID:31932730	研究论文	本研究结合微阵列空间转录组学和单细胞RNA测序技术，揭示了胰腺导管腺癌中的组织结构	引入了一种多模态交叉分析方法，用于精确注释不同组织区域的细胞组成	NA	研究胰腺导管腺癌中细胞亚群的空间组织和相互作用	胰腺导管腺癌中的细胞亚群及其空间分布	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），微阵列空间转录组学	NA	基因表达数据	多个胰腺肿瘤样本
1531	2024-08-09	Using single-cell RNA sequencing to unravel cell lineage relationships in the respiratory tract 2020-02-28, Biochemical Society transactions IF:3.8Q2 DOI:10.1042/BST20191010 PMID:31922198	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术揭示了呼吸道的细胞谱系关系	结合单细胞RNA测序与谱系推断算法，独立建立了小鼠和人类细胞谱系关系的全面图谱，并发现了新的中间细胞群体和分化动态	NA	研究呼吸道的细胞谱系关系	呼吸道的伪层状上皮细胞及其在再生过程中的谱系关系	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	涉及小鼠和人类样本
1532	2024-08-09	Precursors for Nonlymphoid-Tissue Treg Cells Reside in Secondary Lymphoid Organs and Are Programmed by the Transcription Factor BATF 2020-02-18, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2019.12.002 PMID:31924477	研究论文	本研究通过使用转录因子核因子、白细胞介素3调控（Nfil3）报告鼠和单细胞RNA测序（scRNA-seq），识别了非淋巴组织Treg细胞的两个前体阶段，并揭示了这些前体细胞在非淋巴组织Treg细胞表型重编程中的分子机制。	首次识别了非淋巴组织Treg细胞的两个前体阶段，并揭示了转录因子Batf在非淋巴组织Treg细胞表型重编程中的驱动作用。	NA	理解非淋巴组织Treg细胞的组织发育程序，以利用其再生特性进行治疗。	非淋巴组织Treg细胞的前体阶段及其分子机制。	免疫学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	使用Nfil3报告鼠进行研究
1533	2024-08-09	Dynamically Monitoring the Clonal Evolution of Lung Cancer Based on the Molecular Characterization of Circulating Tumor Cells Using Aptamer Cocktail-Modified Nanosubstrates 2020-Feb-05, ACS applied materials & interfaces IF:8.3Q1 DOI:10.1021/acsami.9b22234 PMID:31940177	研究论文	本文开发了一种基于适配体修饰的PEG-PLGA纳米纤维（PPN）微流控系统，用于动态监测肺癌患者的循环肿瘤细胞（CTC）的克隆进化	该系统通过优化识别稀有的CTC亚型，显著提高了多克隆来源肿瘤细胞的捕获效率，并结合单细胞测序技术，能够提前预测肿瘤异质性和组织学转化	NA	动态监测肺癌的克隆进化并进行分子分析，以调整治疗干预和评估治疗效果	肺癌患者的循环肿瘤细胞（CTC）	数字病理学	肺癌	单细胞测序	微流控系统	细胞	肺癌患者
1534	2024-08-09	Identification of a LIF-Responsive, Replication-Competent Subpopulation of Human β Cells 2020-02-04, Cell metabolism IF:27.7Q1 DOI:10.1016/j.cmet.2019.12.009 PMID:31928884	研究论文	本研究利用YAP过表达系统诱导干细胞衍生的β细胞复制，并通过单细胞RNA测序发现白血病抑制因子（LIF）通路的激活	首次揭示了LIF通路在调控人类β细胞复制中的作用，并识别出具有增强增殖能力的特定β细胞亚群	NA	研究人类β细胞复制的调控机制	人类β细胞的复制及其调控	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
1535	2024-08-09	Atlas of the human intestine 2020-02-03, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20191997 PMID:31922531	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，构建了人类结肠、直肠和回肠上皮细胞图谱	揭示了不同区域在营养吸收、微生物防御和内分泌功能方面的特化偏好，并识别了多种细胞类型的新标记物	NA	构建人类肠道上皮细胞图谱	人类结肠、直肠和回肠的上皮细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
1536	2024-08-09	Droplet scRNA-seq is not zero-inflated 2020-02, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-019-0379-5 PMID:31937974	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
1537	2024-08-09	Photoactivated Selective Release of Droplets from Microwell Arrays 2020-Jan-22, ACS applied materials & interfaces IF:8.3Q1 DOI:10.1021/acsami.9b17575 PMID:31912738	研究论文	本文介绍了一种通过光响应聚合物层实现微孔阵列中液滴选择性释放的技术	利用光响应聚合物层实现液滴的选择性释放，无需复杂的物理阀门网络和外部控制单元	NA	开发一种新的技术，用于从微孔阵列中选择性释放液滴，以便进一步分析	微孔阵列中的液滴	微流控技术	NA	光响应聚合物层	NA	液滴	大量液滴
1538	2024-08-09	Cell-to-Cell Variation in Defective Virus Expression and Effects on Host Responses during Influenza Virus Infection 2020-01-14, mBio IF:5.1Q1 DOI:10.1128/mBio.02880-19 PMID:31937643	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了流感病毒感染下人A549细胞和原代支气管上皮细胞的病毒转录和宿主反应的动态变化	本研究首次详细描述了单细胞水平上缺陷型病毒基因组（DVGs）与宿主转录程序变异的相关性，并验证了缺陷型病毒基因组的干扰和免疫刺激功能	本研究主要集中在单细胞水平上的转录组分析，未涉及更广泛的细胞和组织层面的影响	旨在阐明流感病毒感染中单细胞水平上的病毒转录变异及其对宿主反应的影响	人A549细胞和原代支气管上皮细胞在流感病毒A感染下的病毒转录和宿主反应	数字病理学	流感	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	多个时间点的单个细胞样本
1539	2024-08-09	Identification and transfer of spatial transcriptomics signatures for cancer diagnosis 2020-01-13, Breast cancer research : BCR IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s13058-019-1242-9 PMID:31931856	研究论文	本研究利用空间转录组学技术，通过支持向量机机器学习方法，识别并转移乳腺癌组织切片中的空间转录组学特征，以区分非恶性、原位导管癌（DCIS）和浸润性导管癌（IDC）区域	首次展示了从专家选择的乳腺癌组织切片中学习到的空间转录组学特征可以用于识别整个组织切片中的乳腺癌区域，包括未训练的区域，并且这些特征可以在未用于训练的组织切片中以高精度分类癌症区域	NA	研究空间转录组学特征在乳腺癌诊断中的应用	乳腺癌组织切片中的非恶性、DCIS和IDC区域	数字病理学	乳腺癌	空间转录组学（ST）	支持向量机（SVM）	转录组数据	使用了四个公开的ST乳腺癌数据集，共25,179个表达转录本，798个表达特征转录本
1540	2024-08-09	The Renin-Angiotensin System in the Central Nervous System and Its Role in Blood Pressure Regulation 2020-01-10, Current hypertension reports IF:3.9Q1 DOI:10.1007/s11906-019-1011-2 PMID:31925571	综述	本文主要讨论了先进技术如何帮助我们理解脑内肾素-血管紧张素系统（RAS）的神经生理和分子机制	使用了新的原位杂交技术和转基因动物模型，以及基因工程动物结合靶向病毒微注射技术	脑内RAS的存在仍然存在争议	探讨脑内RAS的运作机制及其在血压调节中的作用	脑内肾素-血管紧张素系统及其分子和神经生理机制	NA	NA	原位杂交技术，转基因动物模型，基因工程技术，靶向病毒微注射	NA	NA	NA