单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 1659 篇文献，本页显示第 1421 - 1440 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1421 | 2024-08-09 |
EPIC: A Tool to Estimate the Proportions of Different Cell Types from Bulk Gene Expression Data
2020, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-0327-7_17
PMID:32124324
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研究论文 | 本文介绍了一种名为EPIC的计算工具，用于从批量基因表达数据中估计不同细胞类型的比例 | EPIC工具包括基于RNA-seq的基因表达参考 profiles，能够处理用户定义的基因表达参考 profiles，并引入了重归一化步骤以考虑每种细胞类型中不同的mRNA含量 | NA | 提供使用从批量基因表达数据中估计不同细胞类型比例的工具的指南和示例 | 肿瘤样本中的不同细胞类型比例 | 生物信息学 | NA | RNA-seq | NA | 基因表达数据 | NA |
| 1422 | 2024-08-09 |
Atherosclerosis: Insights into Vascular Pathobiology and Outlook to Novel Treatments
2020-10, Journal of cardiovascular translational research
IF:2.4Q3
DOI:10.1007/s12265-020-09961-y
PMID:32072564
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研究论文 | 总结了动脉粥样硬化的病理生物学及其当前和潜在的未来治疗方法，特别关注了三种核心细胞类型：内皮细胞、巨噬细胞和血管平滑肌细胞 | 介绍了通过单细胞RNA测序技术对内皮细胞和巨噬细胞进行表征，以及未来治疗选项如疫苗接种、TRAF-STOPs、衰老分解或CD47阻断 | NA | 探讨动脉粥样硬化的病理生物学机制及未来治疗方法 | 内皮细胞、巨噬细胞和血管平滑肌细胞 | NA | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 1423 | 2024-08-09 |
Frontline Science: Cxxc5 expression alters cell cycle and myeloid differentiation of mouse hematopoietic stem and progenitor cells
2020-08, Journal of leukocyte biology
IF:3.6Q2
DOI:10.1002/JLB.1HI0120-169R
PMID:32083332
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研究论文 | 本研究探讨了CXXC5在骨髓生成中的作用，通过在小鼠早期干细胞和祖细胞中使用过表达和短发夹RNA介导的敲低技术 | 首次证明了CXXC5在单核细胞发育中的作用 | NA | 研究CXXC5在骨髓生成中的生理功能 | 小鼠造血干细胞和祖细胞 | NA | NA | 短发夹RNA，流式细胞术，RNA测序 | NA | 细胞 | 小鼠早期干细胞和祖细胞（LSK细胞） |
| 1424 | 2024-08-09 |
Untangling early embryo development using single cell genomics
2020-Jul-01, Theriogenology
IF:2.4Q1
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研究论文 | 本文利用单细胞基因组学技术研究早期胚胎发育过程中的细胞分化和基因调控网络 | 通过高吞吐量的单细胞转录组学研究，揭示了不同物种中控制这些过程的基因调控网络和表观遗传机制的新见解，强调了独特的进化适应性 | 由于单细胞中基因表达的随机性，单细胞数据集的分析具有固有的挑战性 | 探索哺乳动物原肠胚发育前的细胞分化、多能性的建立、表观遗传调控及信号通路 | 早期胚胎发育过程中的细胞分化和基因调控网络 | 基因组学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组 | NA |
| 1425 | 2024-08-09 |
Single-cell and spatial transcriptomics reveal somitogenesis in gastruloids
2020-06, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-020-2024-3
PMID:32076263
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，比较了小鼠胚胎和类胚体中的细胞类型和基因表达模式，揭示了类胚体中的体节发生过程 | 首次在类胚体中发现多种先前未知的胚胎细胞类型，并展示了胚胎和类胚体中体节发生关键调控因子的相似表达模式 | NA | 探索类胚体作为体外研究发育和体节发生的模型系统的潜力 | 小鼠胚胎和类胚体 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 1426 | 2024-08-09 |
Single-Cell Clustering Based on Shared Nearest Neighbor and Graph Partitioning
2020-Jun, Interdisciplinary sciences, computational life sciences
DOI:10.1007/s12539-019-00357-4
PMID:32086753
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研究论文 | 本文提出了一种新的单细胞聚类方法SSNN-Louvain，该方法结合了图结构信息和模块检测，用于提高单细胞RNA测序数据的聚类准确性 | SSNN-Louvain方法通过引入共享最近邻的数量与最近邻数量的比率来定义边的权重，从而整合了图的结构信息，并使用改进的Louvain社区检测算法来识别图中的模块 | NA | 提高单细胞RNA测序数据的聚类准确性，以发现细胞亚型，有助于理解和分析疾病过程 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | SSNN-Louvain | 数据 | 16个真实数据集 |
| 1427 | 2024-08-09 |
Characteristics, dynamic changes, and prognostic significance of TCR repertoire profiling in patients with renal cell carcinoma
2020-05, The Journal of pathology
IF:5.6Q1
DOI:10.1002/path.5396
PMID:32073142
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研究论文 | 本研究探讨了肾细胞癌（RCC）肿瘤负荷对T细胞受体β链（TCRB）多样性的基线和动态影响，并评估了基线TCRB多样性对预后的预测价值 | 发现高基线TCRB多样性与更好的预后相关，特别是在IV期患者中，且肿瘤负荷对免疫状态有不同影响 | 研究样本量相对较小，且仅限于RCC患者 | 探索RCC肿瘤负荷对T细胞受体多样性的影响及其对预后的预测意义 | RCC患者及良性肾病患者的外周TCRB库 | 数字病理学 | 肾细胞癌 | 高通量TCRB测序、转录组测序、单细胞RNA测序（scRNA, 10x Genomics） | NA | TCRB序列数据、转录组数据 | 45名RCC患者和2名良性肾病患者的外周TCRB库，28名患者手术前后的外周白细胞样本 |
| 1428 | 2024-08-09 |
scTSSR: gene expression recovery for single-cell RNA sequencing using two-side sparse self-representation
2020-05-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaa108
PMID:32073600
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研究论文 | 本文开发了一种名为scTSSR的插补方法，用于恢复单细胞RNA测序中的基因表达 | scTSSR通过使用双边稀疏自表示模型，同时利用来自相似基因和相似细胞的信息来填补缺失事件 | NA | 恢复单细胞RNA测序中的真实基因表达水平，以便进行下游分析 | 单细胞RNA测序中的基因表达 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 双边稀疏自表示模型 | 基因表达矩阵 | NA |
| 1429 | 2024-08-09 |
CMF-Impute: an accurate imputation tool for single-cell RNA-seq data
2020-05-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaa109
PMID:32073612
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研究论文 | 本文提出了一种基于协同矩阵分解的方法CMF-Impute，用于单细胞RNA测序数据中的缺失值填补 | CMF-Impute方法考虑了细胞和基因之间的关联，能够更准确地填补单细胞RNA测序数据中的缺失值 | NA | 开发一种新的方法来提高单细胞RNA测序数据分析的准确性 | 单细胞RNA测序数据中的缺失值 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 协同矩阵分解 | 基因表达矩阵 | 六个真实单细胞RNA测序数据集和三个模拟数据集 |
| 1430 | 2024-08-09 |
Single-Cell RNA Sequencing Reveals Size-Dependent Effects of Polystyrene Microplastics on Immune and Secretory Cell Populations from Zebrafish Intestines
2020-03-17, Environmental science & technology
IF:10.8Q1
DOI:10.1021/acs.est.9b06386
PMID:32092251
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研究论文 | 研究使用单细胞RNA测序技术探讨了聚苯乙烯微塑料对斑马鱼肠道细胞群体的大小依赖性影响 | 首次揭示了不同大小的聚苯乙烯微塑料对斑马鱼肠道免疫细胞和分泌细胞的具体影响，并发现了这些微塑料与肠道微生物群变化的关联 | 研究仅限于斑马鱼，且样本仅包括暴露于三种不同大小微塑料的肠道细胞 | 深入理解聚苯乙烯微塑料对斑马鱼肠道细胞群体的大小依赖性影响及其与肠道微生物群的相互作用 | 斑马鱼肠道细胞及肠道微生物群 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | 12,000个来自暴露于100 nm、5 μm和200 μm聚苯乙烯微塑料21天的斑马鱼肠道细胞 |
| 1431 | 2024-08-09 |
High-Resolution Dissection of Chemical Reprogramming from Mouse Embryonic Fibroblasts into Fibrocartilaginous Cells
2020-03-10, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2020.01.013
PMID:32084387
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研究论文 | 本文通过化学混合物VCRTc在小鼠胚胎成纤维细胞中直接重编程为PRG4+软骨细胞，并研究了这一过程中的细胞转录组变化及其在体内的修复效果 | 首次使用化学方法直接将小鼠胚胎成纤维细胞重编程为软骨细胞，并展示了其在体内修复关节表面的效果 | NA | 探索通过化学重编程方法生成软骨细胞的可行性及其在关节损伤修复中的应用 | 小鼠胚胎成纤维细胞和化学诱导的软骨细胞 | 细胞生物学 | 关节疾病 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 1432 | 2024-08-09 |
Interferon lambda promotes immune dysregulation and tissue inflammation in TLR7-induced lupus
2020-03-10, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.1916897117
PMID:32094169
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研究论文 | 本文探讨了III型干扰素λ（IFN-λ）在TLR7诱导的狼疮中的作用，发现IFN-λ在免疫失调和组织炎症中扮演重要角色。 | 首次揭示了IFN-λ在TLR7诱导的狼疮中的非冗余作用，并阐明了其通过激活角质形成细胞和肾小球系膜细胞促进组织炎症的机制。 | NA | 研究IFN-λ在系统性红斑狼疮（SLE）中的作用及其对免疫反应的影响。 | 小鼠和人类的免疫细胞及组织。 | 免疫学 | 系统性红斑狼疮 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠脾脏和人类外周血样本 |
| 1433 | 2024-08-09 |
Functional Heterogeneity within the Developing Zebrafish Epicardium
2020-03-09, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2020.01.023
PMID:32084358
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research paper | 本研究探讨了斑马鱼心脏发育过程中心外膜的异质性和不同心外膜亚群的功能多样性 | 通过单细胞RNA测序揭示了三个具有特定遗传程序和独特空间分布的心外膜亚群，并揭示了每个亚群的特定功能 | NA | 深入了解心外膜细胞在心脏发育中如何建立功能性心外膜及其与其他心血管细胞类型的交流机制 | 斑马鱼心脏发育中的心外膜及其亚群 | NA | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 1434 | 2024-08-09 |
Ascl2-Dependent Cell Dedifferentiation Drives Regeneration of Ablated Intestinal Stem Cells
2020-03-05, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2019.12.011
PMID:32084390
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研究论文 | 研究探讨了肠道干细胞（ISCs）在LGR5干细胞被清除后通过细胞去分化进行再生的机制 | 揭示了ASCL2依赖的去分化过程在肠道干细胞再生中的关键作用，并通过单细胞RNA测序分析了去分化的转录路径 | NA | 研究肠道干细胞在清除后的再生机制 | 肠道干细胞及其再生过程 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 1435 | 2024-08-09 |
Distinct Mesenchymal Cell Populations Generate the Essential Intestinal BMP Signaling Gradient
2020-03-05, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2020.01.008
PMID:32084389
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研究论文 | 本研究通过结合全装高分辨率显微镜与集合和单细胞RNA测序，识别了三种不同的PDGFRA间质细胞类型，揭示了它们在肠道BMP信号梯度形成中的作用 | 首次详细描述了肠道间质细胞的精细解剖、分子和功能细节，以及这些细胞在组织自我更新所需的信号梯度中的细胞基础 | NA | 揭示肠道间质细胞结构及其在组织自我更新中的作用 | 肠道间质细胞及其在BMP信号梯度中的作用 | NA | NA | RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 1436 | 2024-08-09 |
Functionally distinct subgroups of oligodendrocyte precursor cells integrate neural activity and execute myelin formation
2020-03, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-019-0581-2
PMID:32066987
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研究论文 | 本研究通过整合单个OPC克隆的谱系形成、单细胞转录组学、钙成像和神经活动调控，揭示了斑马鱼脊髓中的OPC可以分为两个功能不同的亚群 | 首次展示了OPC亚群在响应神经元方面的功能多样性，并揭示了活动对特定OPC亚群增殖的调控作用 | NA | 探讨少突胶质细胞前体细胞（OPC）的异质性是否反映了不同功能亚型的细胞 | 少突胶质细胞前体细胞（OPC）及其在斑马鱼脊髓中的功能亚群 | 神经科学 | NA | 单细胞转录组学、钙成像 | NA | 转录组数据、钙信号数据 | NA |
| 1437 | 2024-08-09 |
New insights into the early mechanisms of epileptogenesis in a zebrafish model of Dravet syndrome
2020-03, Epilepsia
IF:6.6Q1
DOI:10.1111/epi.16456
PMID:32096222
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研究论文 | 本研究通过CRISPR/Cas9技术在斑马鱼模型中引入突变，探索Dravet综合征早期癫痫发生机制及5HT2受体激动剂芬氟拉明的潜在疾病修饰作用。 | 首次在斑马鱼模型中揭示Dravet综合征早期发病机制，并提供芬氟拉明可能的疾病修饰证据。 | NA | 确定Dravet综合征新生儿脑发育期间癫痫发作的最早细胞缺陷，并研究芬氟拉明的潜在疾病修饰活性。 | 斑马鱼模型中的Dravet综合征。 | 数字病理学 | 癫痫 | CRISPR/Cas9 | NA | 单细胞RNA测序 | 15个突变斑马鱼样本，16个野生型样本 |
| 1438 | 2024-08-09 |
Advanced maternal age alters expression of maternal effect genes that are essential for human oocyte quality
2020-02-25, Aging
DOI:10.18632/aging.102864
PMID:32096767
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序技术探讨了母亲年龄对人类卵子质量的影响，并识别了受高龄影响的基因 | 本研究首次通过单细胞RNA测序技术，详细分析了高龄母亲卵子中差异表达的基因，并验证了关键基因对卵子质量和早期胚胎发育的影响 | 研究样本量较小，仅包括来自IVF或ICSI患者的六个年轻卵子和六个高龄卵子 | 探讨母亲年龄对人类卵子质量的影响及其分子机制 | 人类成熟卵子的基因表达 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 6个年轻卵子和6个高龄卵子 |
| 1439 | 2024-08-09 |
Linked optical and gene expression profiling of single cells at high-throughput
2020-02-24, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-020-01958-9
PMID:32093753
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研究论文 | 本文介绍了一种高吞吐量的单细胞光学和基因表达联合分析平台 | 该平台能够同时进行数千个细胞的荧光和基因表达测量，并能隔离稀有细胞亚群，进行多种测量分析 | NA | 开发一种高吞吐量的单细胞光学和基因表达联合分析平台 | 单细胞的DNA、RNA变化以及抗体荧光与基因表达的相关性 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 图像和文本 | 数千个细胞 |
| 1440 | 2024-08-09 |
Metabolic Changes Accompanying Spermatogonial Stem Cell Differentiation
2020-02-24, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2020.01.014
PMID:32097651
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综述 | 本文通过分析最近发表的小鼠和人类睾丸scRNA-seq数据库，比较了不同阶段精原干细胞的代谢基因表达谱 | 首次探讨了精原干细胞分化过程中伴随的代谢变化 | NA | 探讨精原干细胞分化过程中的代谢变化及其与外部微环境的关系 | 精原干细胞及其分化过程中的代谢变化 | NA | NA | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | 小鼠和人类睾丸样本 |