单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 1659 篇文献，本页显示第 1381 - 1400 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1381 | 2024-08-09 |
scID Uses Discriminant Analysis to Identify Transcriptionally Equivalent Cell Types across Single-Cell RNA-Seq Data with Batch Effect
2020-Mar-27, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2020.100914
PMID:32151972
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研究论文 | 本文介绍了一种名为scID的方法，利用Fisher线性判别分析框架来识别跨批次效应的单细胞RNA测序数据中的转录相关细胞类型 | scID方法能够提高在存在批次效应的单细胞RNA测序数据集中识别转录相似细胞类型的能力 | NA | 开发一种新的方法来解决单细胞RNA测序数据中的细胞类型识别问题，特别是在存在批次效应的情况下 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型识别 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | Fisher线性判别分析 | RNA测序数据 | 多个已发表的数据集 |
| 1382 | 2024-08-09 |
Single-cell mutational profiling enhances the clinical evaluation of AML MRD
2020-03-10, Blood advances
IF:7.4Q1
DOI:10.1182/bloodadvances.2019001181
PMID:32150611
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研究论文 | 本研究通过靶向单细胞测序技术，在急性髓系白血病（AML）的诊断、缓解和复发阶段对MRD进行评估 | 采用靶向单细胞测序技术，提高了AML MRD临床评估的准确性，并能区分前白血病克隆和恶性克隆 | 研究样本量相对较小，可能影响结果的普遍性 | 探索单细胞测序技术在AML MRD检测中的应用及其对克隆演化的影响 | 急性髓系白血病患者的MRD及克隆演化 | 数字病理学 | 白血病 | 靶向单细胞测序 | NA | 单细胞序列数据 | 共测序了310,737个单细胞，包括10例复发和4例未复发患者 |
| 1383 | 2024-08-09 |
Complementary Metagenomic Approaches Improve Reconstruction of Microbial Diversity in a Forest Soil
2020-Mar-10, mSystems
IF:5.0Q1
DOI:10.1128/mSystems.00768-19
PMID:32156798
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研究论文 | 本文通过结合细胞分选基础的迷你宏基因组学方法和整体宏基因组学方法，提高了森林土壤微生物多样性的重建 | 本文采用细胞分选基础的迷你宏基因组学方法，与整体宏基因组学方法相结合，揭示了土壤微生物群落的系统发育多样性和功能特性 | 尽管本文的方法提高了微生物多样性的重建，但仍存在部分微生物难以在实验室培养和复杂样本序列组装有限的问题 | 探索和提高森林土壤微生物多样性的认识 | 森林土壤中的微生物群落 | 宏基因组学 | NA | 宏基因组学 | NA | 基因组 | 200个迷你宏基因组组装的基因组（sorted-MAGs）和29个整体宏基因组组装的基因组（MAGs） |
| 1384 | 2024-08-09 |
Single-Cell Analysis of the Muscle Stem Cell Hierarchy Identifies Heterotypic Communication Signals Involved in Skeletal Muscle Regeneration
2020-03-10, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2020.02.067
PMID:32160558
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序技术分析了小鼠肌肉再生过程中肌肉干细胞的调控机制 | 研究首次通过单细胞RNA测序技术揭示了肌肉干细胞与非肌源性细胞之间的旁分泌信号交流，并确定了与肌肉再生相关的多个候选配对 | NA | 探究肌肉再生过程中肌肉干细胞的调控机制 | 肌肉干细胞及其在肌肉再生中的作用 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组 | 超过34,000个单细胞转录组，涵盖四个时间点 |
| 1385 | 2024-08-09 |
Functional hypoxia drives neuroplasticity and neurogenesis via brain erythropoietin
2020-03-09, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-15041-1
PMID:32152318
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研究论文 | 本研究通过新型报告鼠模型，展示了认知挑战在海马体锥体神经元中诱导局部/内源性低氧，从而增强EPO及其受体EPOR的表达，并通过高剂量EPO管理促进新CA1神经元的出现和树突棘密度的增加。 | 首次揭示了认知挑战通过诱导局部低氧，触发神经元EPO/EPOR表达，进而促进神经可塑性和神经发生的机制。 | 研究主要依赖于动物模型，需要进一步的人体临床试验验证。 | 探讨EPO在脑部的作用机制及其对认知功能的改善效果。 | EPO在脑部的表达及其对神经可塑性和神经发生的影响。 | 神经科学 | NA | 单细胞测序 | NA | NA | 使用新型报告鼠模型进行实验 |
| 1386 | 2024-08-09 |
Time-lapse single-cell transcriptomics reveals modulation of histone H3 for dormancy breaking in fission yeast
2020-03-09, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-15060-y
PMID:32152323
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研究论文 | 本研究开发了一种方法，用于从正在进行萌发的单个非同步分生酵母孢子中组装转录组，以评估萌发过程中随时间的转录组变化 | 本研究首次揭示了在萌发初期，组蛋白H3基因的转录波动对孢子萌发的重要性 | 本研究缺乏同步萌发大量孢子的方法，因此分析萌发时的基因表达仍具有挑战性 | 探讨休眠细胞如何打破休眠的关键问题 | 分生酵母的休眠孢子 | NA | NA | 转录组分析 | NA | 转录组数据 | 单个非同步分生酵母孢子 |
| 1387 | 2024-08-09 |
Long-lived T follicular helper cells retain plasticity and help sustain humoral immunity
2020-03-06, Science immunology
IF:17.6Q1
DOI:10.1126/sciimmunol.aay5552
PMID:32144185
|
研究论文 | 本文探讨了长寿的T滤泡辅助细胞（T）在维持体液免疫中的作用及其生物学特性 | 首次揭示了T细胞在组织分离过程中易受NAD诱导的细胞死亡影响，以及长寿T细胞在转录和代谢上的独特性 | NA | 研究长寿T细胞的生物学特性和其在体液免疫中的作用 | 长寿T滤泡辅助细胞及其在免疫反应中的功能 | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 至少400天后的感染样本 |
| 1388 | 2024-08-09 |
Single-Cell Analysis of Foxp1-Driven Mechanisms Essential for Striatal Development
2020-03-03, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2020.02.030
PMID:32130906
|
research paper | 本文利用单细胞RNA测序技术研究了Foxp1转录因子在小鼠纹状体发育中的细胞类型特异性调控机制 | 首次揭示了Foxp1在单细胞水平上调控纹状体细胞组成、神经化学结构和连接性的机制，并关联到FOXP1功能缺失突变患者的表型 | NA | 探究Foxp1在纹状体发育中的转录调控机制及其对功能和行为的影响 | 小鼠纹状体的单细胞和Foxp1调控的靶基因 | digital pathology | autism | 单细胞RNA测序 | NA | RNA-seq | NA |
| 1389 | 2024-08-09 |
Publisher Correction: Single-cell and spatial transcriptomics reveal somitogenesis in gastruloids
2020-03, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-020-2113-3
PMID:32132714
|
correction | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1390 | 2024-08-09 |
Single-cell RNA-seq analysis software providers scramble to offer solutions
2020-03, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-020-0449-8
PMID:32152578
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1391 | 2024-08-09 |
[Application of Single-cell RNA Sequencing in Research on Tumor Immune Microenvironment]
2020-Feb-28, Zhongguo yi xue ke xue yuan xue bao. Acta Academiae Medicinae Sinicae
DOI:10.3881/j.issn.1000-503X.11194
PMID:32131950
|
综述 | 本文综述了单细胞RNA测序技术在肿瘤免疫微环境研究中的应用 | 单细胞RNA测序技术能够在单细胞水平上检测细胞的转录组，描述其功能状态，从而加深对肿瘤免疫微环境中不同细胞群组成和功能的理解 | NA | 探讨肿瘤免疫微环境的组成和功能 | 肿瘤免疫微环境中的细胞群 | 数字病理学 | 肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 1392 | 2024-08-09 |
Single-cell sperm transcriptomes and variants from fathers of children with and without autism spectrum disorder
2020, NPJ genomic medicine
IF:4.7Q1
DOI:10.1038/s41525-020-0117-4
PMID:32133155
|
研究论文 | 本研究使用10× Chromium单细胞测序技术，分析了来自六名精子捐赠者的超过65,000个单个精子的转录组，其中包括两名患有自闭症谱系障碍（ASD）儿童的父亲和四名神经正常的儿童的父亲，以探索精子中的RNA和突变与ASD的关系。 | 本研究首次使用单细胞测序技术分析精子转录组，能够检测到低频变异，从而更深入地了解精子中的遗传变异与ASD的关联。 | 研究样本量较小，仅包括六名精子捐赠者，可能影响结果的普遍性。 | 探索精子中的RNA和突变与自闭症谱系障碍（ASD）的关系。 | 精子转录组和突变。 | 基因组学 | 自闭症谱系障碍 | 10× Chromium单细胞测序技术 | NA | 转录组数据 | 超过65,000个单个精子，来自六名精子捐赠者 |
| 1393 | 2024-08-09 |
A Synthesis Concerning Conservation and Divergence of Cell Types across Epithelia
2020-11-02, Cold Spring Harbor perspectives in biology
IF:6.9Q1
DOI:10.1101/cshperspect.a035733
PMID:32122885
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研究论文 | 本文通过比较两种发育相关的鼠类上皮组织——气道上皮和小肠上皮，探讨了细胞类型的共性和特异性及其在组织功能中的作用 | 利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）和计算分析方法，揭示了细胞类型在不同组织中的分布、起源和功能，以及细胞更新和分化的动态过程 | NA | 研究细胞类型在不同上皮组织中的保守性和差异性 | 鼠类气道上皮和小肠上皮组织 | 细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 涉及两种鼠类上皮组织 |
| 1394 | 2024-08-09 |
Targeted Apoptosis of Ductular Reactive Cells Reduces Hepatic Fibrosis in a Mouse Model of Cholestasis
2020-09, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1002/hep.31211
PMID:32128842
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研究论文 | 本文研究了胆汁淤积性肝病中，通过靶向诱导胆管反应性细胞（DR细胞）凋亡来减少肝纤维化的方法。 | 使用MCL1抑制剂S63845，一种促凋亡BH3模拟疗法，显著降低了DKO和Mdr2-/- ERC的生存能力，并减少了DR细胞的数量以及炎症和肝纤维化的标志物。 | NA | 研究胆汁淤积性肝病中DR细胞的作用及其通过药物靶向MCL1来减少肝纤维化的效果。 | 胆管反应性细胞（DR细胞）及其在肝纤维化中的作用。 | NA | 肝病 | 单细胞转录组学，免疫染色，高分辨率质谱流式细胞术 | NA | 细胞 | 野生型（WT），Tr-/-，Mdr2-/-和DKO小鼠的胆管反应性细胞（ERCs） |
| 1395 | 2024-08-09 |
The Long Journey from Diagnosis to Therapy
2020-08-31, Annual review of genomics and human genetics
IF:7.7Q1
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评论 | 作者回顾了自己在遗传学领域的40年科研生涯，特别是在杜氏肌营养不良症从诊断到治疗方面的贡献 | 介绍了单细胞测序和体细胞CRISPR编辑等新技术在精准医学中的应用前景 | NA | 回顾遗传学领域的发展，特别是从诊断到治疗的过程 | 杜氏肌营养不良症及其他单基因疾病 | 遗传学 | 肌肉疾病 | 单细胞测序, CRISPR编辑 | NA | NA | NA |
| 1396 | 2024-08-09 |
Advanced Cell Mapping Visualizations for Single Cell Functional Proteomics Enabling Patient Stratification
2020-07, Proteomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1002/pmic.201900270
PMID:32108428
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研究论文 | 本文介绍了一种基于微芯片的高通量单细胞功能蛋白质组学技术，用于识别与患者治疗反应相关的多功能细胞亚群，并开发了3D UMAP和t-SNE可视化工具来分析这些数据 | 本文首次定义了多功能强度指数（PSI），并开发了先进的3D UMAP和t-SNE可视化工具，以更直观地展示数据 | NA | 深入理解细胞功能异质性，并开发新的分析工具以促进个性化治疗的发展 | 单细胞功能蛋白质组学数据和患者对CAR-T细胞疗法的反应 | 数字病理学 | NA | 微芯片技术 | UMAP和t-SNE | 蛋白质组学数据 | 涉及32-plex IsoCode芯片技术定义的CAR-T产品 |
| 1397 | 2024-08-09 |
Ensemble learning for classifying single-cell data and projection across reference atlases
2020-06-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaa137
PMID:32105316
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research paper | 本文开发了一种提升学习器，用于分类单细胞数据并跨单细胞图谱进行投影，解决了现有分类器低敏感性的问题，尤其是在处理稀有细胞类型时 | 开发了一种提升学习器，提高了分类器的敏感性，并能在不同平台间保持细胞类型标签的一致性 | NA | 解决如何最佳地跨单细胞图谱投影数据的问题 | 单细胞数据分类及跨平台数据映射 | machine learning | NA | scRNA-seq | boosted learner | single-cell data | 涉及来自相同组织的不同scRNA-seq模式的新数据和已发表数据 |
| 1398 | 2024-08-09 |
2DImpute: imputation in single-cell RNA-seq data from correlations in two dimensions
2020-06-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaa148
PMID:32108864
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研究论文 | 开发了一种名为2DImpute的插补方法，用于修正单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中的假零值（即dropouts） | 2DImpute通过利用表达矩阵中基因和细胞之间的相互关系来预测假零值并插补其值，从而防止过度修正 | NA | 开发和验证一种新的插补方法，用于改进单细胞RNA测序数据的分析 | 单细胞RNA测序数据中的假零值 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 表达矩阵 | 涉及多种scRNA-seq协议的数据集 |
| 1399 | 2024-08-09 |
Single-cell RNA-seq clustering: datasets, models, and algorithms
2020-06, RNA biology
IF:3.6Q2
DOI:10.1080/15476286.2020.1728961
PMID:32116127
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据的聚类分析，包括相关数据集和分析工具 | 比较了七种先进的scRNA-seq聚类方法，并使用调整兰德指数（ARI）和标准化互信息（NMI）进行评估 | 尽管无监督模型能有效聚类scRNA-seq数据，但这些方法仍面临挑战 | 揭示单细胞RNA测序数据中的细胞间异质性和细胞亚群 | scRNA-seq数据集和聚类模型 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | K均值聚类、层次聚类、共识聚类等 | 基因表达数据 | 五个公开可用的数据集 |
| 1400 | 2024-08-09 |
V-SVA: an R Shiny application for detecting and annotating hidden sources of variation in single-cell RNA-seq data
2020-06-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaa128
PMID:32119082
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研究论文 | 本文介绍了一种名为V-SVA的R Shiny应用程序，用于检测和注释单细胞RNA测序数据中的隐藏变异源 | 开发了一种交互式框架，包括用于发现与检测到的变异源相关的基因、使用公共数据库和基因集进行基因注释以及使用降维方法进行数据可视化的工具 | NA | 旨在促进对由算法检测到的替代变量的解释，区分其是否具有生物学意义或源于技术原因 | 单细胞RNA测序数据中的变异源 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 替代变量分析 | 基因表达数据 | NA |