单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
121	2024-08-05	Cerebro: interactive visualization of scRNA-seq data 2020-04-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btz877 PMID:31764967	研究论文	介绍Cerebro，一款无需生物信息学经验的单细胞转录组数据互动可视化工具	Cerebro提供了一种用户友好的图形界面，允许生物学家不需要生物信息学知识即可直接与数据互动	仅针对已经预处理的单细胞转录组数据，可能限制了其应用范围	旨在为生物学家提供一个可以互动分析单细胞RNA-seq数据的平台	生物学家和生物信息学家使用单细胞转录组数据	数字病理学	NA	RNA-seq	NA	转录组数据	使用了来自公共可用数据集的三个示例
122	2024-08-05	Machine Learning of Single-Cell Transcriptome Highly Identifies mRNA Signature by Comparing F-Score Selection with DGE Analysis 2020-Jun-05, Molecular therapy. Nucleic acids DOI:10.1016/j.omtn.2020.02.004 PMID:32169803	研究论文	本研究开发了一种名为EmPredictor的预测器，以识别人体植入前胚胎发育阶段	提出了使用F-score算法与差异基因表达分析相比较，以识别发育阶段特定标记的创新方法	需高实验成本和较长的实验周期	开发计算方法以识别发育标记的有效基因	人类植入前胚胎发育的关键基因	机器学习	NA	单细胞RNA测序	支持向量机(SVM)	基因表达数据	1,881个基因
123	2024-08-05	Latent periodic process inference from single-cell RNA-seq data 2020-03-18, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-020-15295-9 PMID:32188848	研究论文	本文介绍了一种名为Cyclum的自编码器方法，用于从单细胞RNA测序数据中推断潜在的周期性生物过程	Cyclum显著提高了细胞周期特征化的准确性和稳健性，超越了现有方法	对于周期性过程的准确表征仍然具有挑战性	研究如何从单细胞RNA测序数据中推断生物发育过程中潜在的周期性过程	通过分析不同发育阶段细胞的转录组特征，聚焦于细胞周期的识别	数字病理学	肿瘤异质性	RNA测序	自编码器	transcriptomic 数据	NA
124	2024-08-05	Connect-seq to superimpose molecular on anatomical neural circuit maps 2020-02-25, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.1912176117 PMID:32034095	研究论文	本文描述了一种结合逆行病毒追踪和单细胞转录组学的方法，称为“Connect-seq”，用于揭示特定神经回路中上游神经元的分子身份及其信号分子	Connect-seq方法的创新在于将分子图谱与神经解剖图谱叠加，实现对神经回路功能的分子和遗传学研究	NA	探究小鼠大脑神经回路内个体神经元的身份和功能	小鼠大脑中的下丘脑神经元，尤其是控制对恐惧和压力生理反应的神经元	数字病理	NA	逆行病毒追踪和单细胞转录组学	NA	分子图谱与神经解剖图谱	NA
125	2024-08-05	Metastatic Conditioning of Myeloid Cells at a Subcutaneous Synthetic Niche Reflects Disease Progression and Predicts Therapeutic Outcomes 2020-02-01, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-19-1932 PMID:31662327	研究论文	本研究监测了合成生物材料支架中髓系细胞的转移条件，反映了疾病进展并预测了治疗结果	引入合成转移微环境作为监测肿瘤细胞动态的创新途径	研究主要集中在小鼠模型上，翻译到人类临床应用时可能会存在差异	探讨合成微环境中免疫细胞的表型如何反映转移性疾病的进展及其对治疗的反应	分析植入生物材料支架后，髓系细胞在不同时间点的免疫表型变化	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	组织样本	治疗前后单只小鼠的多个生物材料植入样本
126	2024-08-05	Benchmarking principal component analysis for large-scale single-cell RNA-sequencing 2020-01-20, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-019-1900-3 PMID:31955711	研究论文	本文评估了用于大规模单细胞RNA测序数据集的主成分分析(PCA)算法	提出了基于Krylov子空间和随机奇异值分解的PCA算法的基准评估	未提及特定的局限性	评估现有的快速和内存高效的PCA算法在大规模scRNA-seq数据集中的应用	大规模单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据集	数字病理学	NA	RNA测序	NA	数据集	NA
127	2024-08-05	Single-Cell Analysis Uncovers a Vast Diversity in Intracellular Viral Defective Interfering RNA Content Affecting the Large Cell-to-Cell Heterogeneity in Influenza A Virus Replication 2020-01-07, Viruses DOI:10.3390/v12010071 PMID:31936115	研究论文	本研究探讨了缺陷干扰颗粒（DIP）对流感A病毒复制过程中细胞间变异性的影响	首次揭示了感染细胞中缺陷干扰vRNA含量的显著细胞间异质性及其对病毒释放的影响	未明确探讨不同DIP类型对细胞间变异性的具体作用	研究缺陷干扰颗粒在流感A病毒复制中的作用及其对细胞间异质性的影响	流感A病毒感染的细胞及其内部缺陷干扰RNA含量	病毒学	流感	单细胞RNA测序, 逆转录聚合酶链反应	NA	RNA	使用细胞样本进行分析，具体样本数量未说明
128	2024-08-05	Expression profiling of single cells and patient cohorts identifies multiple immunosuppressive pathways and an altered NK cell phenotype in glioblastoma 2020-04, Clinical and experimental immunology IF:3.4Q3 DOI:10.1111/cei.13403 PMID:31784984	研究论文	本研究通过单细胞和患者队列的表达分析，识别了胶质母细胞瘤中的多条免疫抑制通路和改变的NK细胞表型	通过结合NK细胞功能试验及基因和蛋白表达分析，深入探讨了胶质母细胞瘤的免疫微环境和细胞反应	未提供关于研究样本的详细信息，以及可能的个体变异性	研究胶质母细胞瘤中的免疫逃逸机制及其对免疫疗法的反应	胶质母细胞瘤患者的NK细胞及其在肿瘤微环境中的表现	数字病理学	胶质母细胞瘤	单细胞转录组学	NA	转录组数据	研究涉及患者队列的转录组数据，具体样本量未明确
129	2024-08-05	Functionally Diverse Inflammatory Responses in Peripheral and Liver Monocytes in Alcohol-Associated Hepatitis 2020-Oct, Hepatology communications IF:5.6Q1 DOI:10.1002/hep4.1563 PMID:33024916	研究论文	本研究探讨了酒精相关肝炎中外周和肝脏单核细胞的功能多样性炎症反应	揭示了在酒精相关肝炎中不同单核细胞亚群对炎症反应的不同表达特征	研究可能未考虑其他慢性肝病与酒精相关肝炎的比较	研究酒精相关肝炎中单核细胞的炎症反应机制	酒精相关肝炎患者和健康对照的外周血单核细胞	数字病理学	肝炎	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	酒精相关肝炎患者和健康对照的外周血单核细胞
130	2024-08-05	Heterogeneous groups of alveolar type II cells in lung homeostasis and repair 2020-12-01, American journal of physiology. Cell physiology DOI:10.1152/ajpcell.00341.2020 PMID:32903031	mini review	本文讨论了不同亚群的肺泡II型细胞及其在稳态、损伤后和病理条件下的功能	发现了不同亚型的肺泡II型细胞具有不同的自我更新和分化能力	研究未深入探讨所有可能的AT2细胞亚群及其功能	探讨肺泡II型细胞在肺部稳态和修复中的作用及其异质性	肺泡II型细胞的不同亚群及其在不同环境中的功能	数字病理	肺癌	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	NA	NA
131	2024-08-05	Complex Autoinflammatory Syndrome Unveils Fundamental Principles of JAK1 Kinase Transcriptional and Biochemical Function 2020-09-15, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2020.07.006 PMID:32750333	研究论文	本文描述了一种患者的罕见自炎症综合症及其与JAK1激酶突变的关联	提出了突变'转录型'的概念，展示了S703I突变的独特功能	研究主要基于单个病例，缺乏更大样本的验证	探索JAK1在自炎症疾病中的转录和生化功能	一名因JAK1突变出现多脏器免疫失调的患者	数字病理学	自炎症疾病	单细胞RNA测序	NA	NA	1名患者
132	2024-08-05	Spatial Transcriptomics and In Situ Sequencing to Study Alzheimer's Disease 2020-08-20, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2020.06.038 PMID:32702314	研究论文	本文研究了阿尔茨海默病小鼠模型中，淀粉样斑块周围的转录变化	提供了一种前所未有的方法，通过空间转录组学分析解开阿尔茨海默病及其他脑部疾病致病标志物附近的失调细胞网络	该研究主要基于小鼠模型，临床应用可能受限	探讨阿尔茨海默病相关的分子变化和细胞相互作用	以阿尔茨海默病小鼠模型为研究对象	数字病理学	阿尔茨海默病	空间转录组学和原位测序	NA	组织样本	涉及小鼠和人类脑切片
133	2024-08-05	Efficient Generation and Transcriptomic Profiling of Human iPSC-Derived Pulmonary Neuroendocrine Cells 2020-May-22, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2020.101083 PMID:32380423	研究论文	本研究展示了如何通过诱导性多能干细胞生成肺神经内分泌细胞，并进行了转录组特征分析	本研究首次利用诱导性多能干细胞生成并表征肺神经内分泌细胞，提供了全新的细胞模型	该研究未在临床样本中验证生成的细胞功能	研究肺神经内分泌细胞的发生和其在肺部疾病中的作用	诱导性多能干细胞衍生的肺神经内分泌细胞	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	iPNECs	转录组数据	NA
134	2024-08-05	Spatial transcriptomics inferred from pathology whole-slide images links tumor heterogeneity to survival in breast and lung cancer 2020-11-02, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-020-75708-z PMID:33139755	研究论文	本文介绍了一种利用数字病理全切片图像进行空间转录组分析的方法，以连接肿瘤异质性与乳腺癌和肺癌的生存率	提出了一种新的方法，通过深度学习模型在病理全切片图像上空间解析mRNA和miRNA表达水平，并构建异质性指数(HTI)	现有分析方法需要大量训练样本和复杂的流程，而我们的模型在样本数量较少的情况下仍显示了良好的性能	研究肿瘤异质性及其对生存的影响，以改善癌症的诊断和治疗	研究了乳腺癌和肺癌样本中的肿瘤异质性	数字病理学	乳腺癌，肺癌	深度学习	深度学习模型	图像	使用了来自两个癌症队列的少量训练样本
135	2024-08-05	Targeted therapy guided by single-cell transcriptomic analysis in drug-induced hypersensitivity syndrome: a case report 2020-02, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-019-0733-7 PMID:31959990	案例报告	该文章通过单细胞转录组分析指导靶向治疗药物诱导的超敏反应综合症的案例	提出通过单细胞RNA测序识别JAK-STAT信号通路作为潜在靶点，实现个性化治疗	临床应用的限制和对复杂人类病理生理理解的不充分	探讨药物诱导的超敏反应综合症的治疗策略	一名难治性药物诱导的超敏反应综合症患者	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	血液和皮肤样本	一名患者的样本
136	2024-08-05	Clonal kinetics and single-cell transcriptional profiling of CAR-T cells in patients undergoing CD19 CAR-T immunotherapy 2020-01-10, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-019-13880-1 PMID:31924795	研究论文	本文探讨了在接受CD19 CAR-T免疫治疗的患者中，CAR-T细胞的克隆动力学和转录组特征	本研究揭示了CAR-T细胞在输注后如何受到转录程序的调控，特别关注了细胞的克隆多样性及其对抗肿瘤反应的影响	尽管发现了克隆动力学的不同模式，但整合位点并未被确认作为克隆动力学的主要驱动因素	研究CAR-T细胞在输注后行为的转录程序及其克隆动力学	研究重点是CD8 CAR-T细胞，包括输注产品和患者的血液样本	数字病理学	B细胞恶性肿瘤	TCRB测序, 单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因组数据, 转录组数据	研究涉及的样本包括输注产品和接受治疗患者的血液样本
137	2024-08-05	Cancer cells deploy lipocalin-2 to collect limiting iron in leptomeningeal metastasis 2020-07-17, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.aaz2193 PMID:32675368	研究论文	本研究探讨了癌细胞如何在脑脊液中利用脂质载体蛋白-2来克服微环境限制以收集铁。	揭示了癌细胞在脑膜转移中的生存机制，尤其是脂质载体蛋白-2在铁代谢中的作用。	该研究的样本量相对较小，仅包含五位患者的脑脊液样本。	研究脑膜转移癌细胞如何在不利的微环境中生存和发展。	研究对象为脑脊液中存在的癌细胞及其相应的微环境。	数字病理学	癌症	单细胞RNA测序	小鼠模型	生物样本	五位脑膜转移患者的脑脊液样本
138	2024-08-05	Rate of replenishment and microenvironment contribute to the sexually dimorphic phenotype and function of peritoneal macrophages 2020-06-19, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.abc4466 PMID:32561560	研究论文	本研究探讨了性别和年龄对小鼠腹膜巨噬细胞的分化、更新和功能的影响	揭示了性别依赖的腹膜巨噬细胞更新速率与局部微环境信号之间的关系	研究主要集中于小鼠模型，结果是否适用于其他物种尚不清楚	理解性别和年龄如何影响腹膜巨噬细胞的行为和功能	小鼠模型中的腹膜巨噬细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA数据	多个小鼠样本
139	2024-08-05	Single-cell transcriptomic analysis of allergen-specific T cells in allergy and asthma 2020-06-12, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.aba6087 PMID:32532832	研究论文	该文章分析了在过敏和哮喘中对常见过敏原反应的CD4 T细胞和调节性T细胞的单细胞转录组。	首次实现了对特定过敏原反应的T细胞进行直接、无偏见的分子分析，揭示了这些细胞群体的多样性和功能差异。	样本主要集中于尘螨过敏的哮喘病人，可能无法完全代表所有类型的过敏反应。	更好地理解过敏和哮喘患者中这些T细胞亚群的多样性。	对约50,000个对尘螨过敏原反应的T细胞和调节性T细胞进行分析。	数字病理学	哮喘	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	约50,000个T细胞和调节性T细胞
140	2024-08-05	Identification of a nerve-associated, lung-resident interstitial macrophage subset with distinct localization and immunoregulatory properties 2020-03-27, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.aax8756 PMID:32220976	研究论文	本文报告了一种具有特定定位和免疫调节特性的肺内间质巨噬细胞亚群。	发现了一种不同于肺泡巨噬细胞的神经相关肺驻留间质巨噬细胞亚群，并揭示其在免疫和组织稳态中的独特功能。	未提及具体的限制。	阐明神经相关的肺驻留巨噬细胞在免疫调节和组织稳态中的作用。	研究了CD169肺驻留巨噬细胞的间质亚群及其不同的发育和转录特征。	数字病理学	肺癌	转录组分析	NA	细胞	NA