单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 1659 篇文献，本页显示第 1361 - 1380 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1361 | 2024-08-09 |
Tumor Copy Number Deconvolution Integrating Bulk and Single-Cell Sequencing Data
2020-04, Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology
IF:1.4Q2
DOI:10.1089/cmb.2019.0302
PMID:32181683
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研究论文 | 本文开发了一种结合大量和单细胞测序数据进行肿瘤拷贝数反卷积的策略 | 提出了一个混合成员模型，通过非负矩阵分解进行克隆反卷积，并结合高效的坐标下降算法，以及通过混合整数线性规划模型整合反卷积与克隆系统发育推断 | 单细胞测序技术存在高噪声、难以扩展到大群体、技术伪影和大数据集等限制 | 旨在通过结合大量和单细胞测序数据，提高肿瘤内异质性分析的准确性 | 肿瘤内异质性 | 数字病理学 | NA | 单细胞测序, 大量DNA测序 | 混合成员模型, 非负矩阵分解, 混合整数线性规划模型 | 基因组拷贝数数据 | 使用半模拟数据进行验证 |
| 1362 | 2024-08-09 |
Finding cell-specific expression patterns in the early Ciona embryo with single-cell RNA-seq
2020-03-18, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-020-61591-1
PMID:32188910
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了海鞘胚胎16细胞阶段的细胞特异性基因表达模式 | 成功发现了新的细胞特异性表达模式，并通过原位杂交和单细胞qPCR进行了验证 | NA | 探索和表征控制发育过程的基因及其表达模式 | 海鞘胚胎的细胞特异性基因表达模式 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 16细胞阶段的海鞘胚胎 |
| 1363 | 2024-08-09 |
Loss of the branched-chain amino acid transporter CD98hc alters the development of colonic macrophages in mice
2020-03-18, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-020-0842-3
PMID:32188932
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研究论文 | 本研究通过构建CD98hc分支链氨基酸转运蛋白在CX3CR1巨噬细胞中的可诱导敲除小鼠模型，探讨了分支链氨基酸在肠道巨噬细胞发育中的作用 | 首次揭示了CD98hc缺失对结肠巨噬细胞发育的影响，并通过单细胞RNA测序分析了其对巨噬细胞发育途径的改变 | NA | 探究分支链氨基酸转运蛋白CD98hc在结肠巨噬细胞发育中的功能 | 结肠巨噬细胞的发育 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 1364 | 2024-08-09 |
Defining Epidermal Basal Cell States during Skin Homeostasis and Wound Healing Using Single-Cell Transcriptomics
2020-03-17, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2020.02.091
PMID:32187560
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序结合RNAScope和荧光寿命成像技术，揭示了表皮基底细胞在皮肤稳态和伤口愈合过程中的转录异质性 | 首次全面解析了基底细胞在分化过程中的动态变化，并提出了一个修订的“层次-谱系”稳态模型 | NA | 研究表皮基底细胞在皮肤稳态和伤口愈合中的转录异质性 | 表皮基底细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 1365 | 2024-08-09 |
Recent Advances in Practical Methods for Liver Cell Biology: A Short Overview
2020-Mar-16, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms21062027
PMID:32188134
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综述 | 本文详细介绍了在第8届欧洲肝脏细胞生物学俱乐部会议（ECLCB-8）上提出的用于研究肝脏细胞生物学的新型体外和体内方法 | 利用先进技术改进细胞分离技术，实现高纯度细胞分离，并推动2D和3D显微镜及高通量检测方法（如批量或单细胞RNA测序）的发展 | NA | 旨在详细描述用于研究肝脏细胞生物学的新方法 | 肝脏病理学、干细胞和类器官研究、肝脏疾病的体内评估 | NA | 肝脏疾病 | RNA测序 | NA | NA | NA |
| 1366 | 2024-08-09 |
Comparative Molecular Analysis of Cancer Behavior Cultured In Vitro, In Vivo, and Ex Vivo
2020-Mar-14, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers12030690
PMID:32183351
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研究论文 | 本研究通过比较4T1小鼠乳腺癌细胞在2D和3D培养、皮下或原位同种移植（来自免疫健全或免疫缺陷小鼠）以及体外肿瘤体中的转录组谱，揭示了分子特征的差异 | 本研究首次综合比较了癌细胞在不同培养条件下的分子特征，特别是细胞周期进展、细胞信号传导和细胞外基质重塑相关基因的表达差异 | 研究主要集中在小鼠乳腺癌细胞，可能不完全适用于其他类型的癌细胞或人体细胞 | 旨在通过比较不同培养条件下的癌细胞行为，提高体外培养系统的模拟能力 | 4T1小鼠乳腺癌细胞在不同培养条件下的转录组谱 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 转录组分析 | NA | 转录组数据 | 涉及多种培养条件和不同免疫状态的小鼠样本 |
| 1367 | 2024-08-09 |
Single-Cell Transcriptomic Analysis
2020-03-12, Comprehensive Physiology
IF:4.2Q1
DOI:10.1002/cphy.c190037
PMID:32163201
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研究论文 | 本文介绍了单细胞转录组测序的商业平台、数据分析流程、数据库以及在生物医学研究中的应用 | 单细胞测序技术的最新进展为生物医学研究提供了深入了解多种生物过程的见解 | NA | 介绍和描述单细胞RNA测序的商业平台及其在生物医学研究中的应用 | 单细胞测序技术及其在生物学和医学中的应用 | 数字病理学 | NA | 单细胞测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 1368 | 2024-08-09 |
Cell Lysis Based on an Oscillating Microbubble Array
2020-Mar-10, Micromachines
IF:3.0Q2
DOI:10.3390/mi11030288
PMID:32164279
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研究论文 | 本研究开发了一种基于振荡微泡阵列的细胞裂解方法 | 利用振荡微泡产生的剪切应力实现多次细胞裂解，提高了裂解效率 | NA | 开发一种高效、快速的细胞裂解设备，用于细胞生物学研究、疾病诊断和干细胞治疗 | 细胞裂解及其释放的DNA、RNA和蛋白质等细胞内物质 | 生物技术 | NA | DNA琼脂糖凝胶电泳 | NA | DNA | NA |
| 1369 | 2024-08-09 |
Molecular Heterogeneity and Cellular Diversity: Implications for Precision Treatment in Medulloblastoma
2020-Mar-10, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers12030643
PMID:32164294
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综述 | 本文综述了髓母细胞瘤在分子和细胞层面的异质性，包括四个主要亚组（WNT、SHH、Group 3 和 Group 4）的组织学特征、遗传和表观遗传改变、蛋白质组学景观、起源细胞、肿瘤微环境和治疗策略 | 利用癌症基因组学、单细胞测序和复杂肿瘤模型，革命性地描述和分层了髓母细胞瘤 | NA | 探讨髓母细胞瘤的异质性及其对精准治疗的影响 | 髓母细胞瘤的分子和细胞异质性 | 数字病理学 | 儿童恶性脑瘤 | 单细胞测序 | NA | 分子和细胞数据 | NA |
| 1370 | 2024-08-09 |
Expression and Localization of Kcne2 in the Vertebrate Retina
2020-03-09, Investigative ophthalmology & visual science
IF:5.0Q1
DOI:10.1167/iovs.61.3.33
PMID:32191288
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研究论文 | 研究Kcne2在脊椎动物视网膜中的表达和定位 | 首次详细描述了Kcne2在不同物种视网膜中的保守定位模式，跨越至少3亿年的脊椎动物进化 | NA | 研究Kcne2在视网膜中的表达和定位，探讨其在细胞兴奋性调节中的重要作用 | Kcne2在视网膜中的表达和定位 | NA | NA | 单细胞转录组分析，免疫组化技术 | NA | 转录组数据，免疫组化图像 | 数万个小鼠视网膜细胞，多种脊椎动物（斑马鱼、牛鸟、绵羊、小鼠、猕猴）的视网膜样本 |
| 1371 | 2024-08-09 |
SCGRNs: Novel supervised inference of single-cell gene regulatory networks of complex diseases
2020-03, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2020.103656
PMID:32174324
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研究论文 | 本文提出了一种新的监督学习方法来推断单细胞基因调控网络（SCGRN），以帮助理解复杂疾病的基因调控机制 | 本文提出了三种机器学习方法来预测转录因子（TF）与目标基因之间的调控关系，其中包括使用堆叠自编码器和拓扑特征的方法 | NA | 推断单细胞基因调控网络，以更好地理解疾病 | 单细胞基因调控网络 | 生物信息学 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 机器学习算法 | 基因表达数据 | 健康和2型胰腺糖尿病的单细胞数据 |
| 1372 | 2024-08-09 |
Defining endogenous barcoding sites for CRISPR/Cas9-based cell lineage tracing in zebrafish
2020-02-20, Journal of genetics and genomics = Yi chuan xue bao
DOI:10.1016/j.jgg.2019.11.012
PMID:32173285
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研究论文 | 本研究在斑马鱼基因组中鉴定了78个高质量的内源性位点，这些位点可用于基于CRISPR/Cas9的细胞谱系追踪 | 本研究利用单细胞RNA测序数据，鉴定了78个在大多数细胞类型中高度表达的内源性位点，这些位点可用于基于CRISPR/Cas9的细胞谱系追踪，克服了依赖外源性条形码序列的局限 | NA | 开发用于追踪复杂生物发育细胞谱系的实验方法 | 斑马鱼基因组中的内源性条形码位点 | 基因编辑 | NA | CRISPR/Cas9, 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 基因组数据, RNA序列数据 | 78个内源性位点 |
| 1373 | 2024-08-09 |
Single-cell transcriptomics reveals the alteration of peripheral blood mononuclear cells driven by sepsis
2020-Feb, Annals of translational medicine
DOI:10.21037/atm.2020.02.35
PMID:32175418
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学分析，揭示了脓毒症驱动的外周血单个核细胞（PBMCs）的改变 | 首次在单细胞转录水平上详细描述了脓毒症中PBMCs的组成和功能变化 | 研究规模较小，仅为初步研究 | 探讨脓毒症中PBMCs的单细胞转录组变化 | 脓毒症患者的外周血单个核细胞（PBMCs） | 数字病理学 | 脓毒症 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 7名脓毒症患者和4名供体的PBMCs |
| 1374 | 2024-08-09 |
Alternative splicing signatures in preimplantation embryo development
2020, Cell & bioscience
DOI:10.1186/s13578-020-00399-y
PMID:32175076
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研究论文 | 本文研究了早期胚胎发育中的选择性剪接（AS）特征，并探讨了AS与基因转录及染色质结构的关系 | 首次揭示了早期胚胎发育中AS在两细胞阶段的关键作用，并展示了AS基因在拓扑关联结构域（TAD）边界的高度富集 | NA | 深入理解早期胚胎发育中的转录和剪接事件 | 早期胚胎发育中的选择性剪接 | NA | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），高吞吐量染色体构象捕获（Hi-C） | NA | RNA序列数据，染色体构象数据 | NA |
| 1375 | 2024-08-09 |
Transcriptional Dynamics of Hepatic Sinusoid-Associated Cells After Liver Injury
2020-12, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1002/hep.31215
PMID:32145072
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组学技术，探索了肝脏损伤后肝窦相关细胞的异质性及其在纤维化过程中的转变和相互作用 | 首次在单细胞分辨率下解析了肝窦相关细胞在纤维化过程中的功能关系，并识别了关键基因PLVAP在调控微循环交换及其在慢性肝病中的破坏作用 | NA | 研究肝脏损伤后肝窦相关细胞的转录动力学及其在纤维化过程中的作用 | 肝窦相关细胞在肝脏损伤后的异质性和转变 | 数字病理学 | 肝脏疾病 | 单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 1376 | 2024-08-09 |
Environmental Carcinogenesis at the Single-Cell Level
2020-10, Cancer epidemiology, biomarkers & prevention : a publication of the American Association for Cancer Research, cosponsored by the American Society of Preventive Oncology
DOI:10.1158/1055-9965.EPI-19-1364
PMID:32132147
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研究论文 | 本文探讨了环境化学物质如何导致癌症的机制，并提出使用单细胞RNA测序（scRNA-seq）来更有效地捕捉这些化学物质的微妙和复杂影响 | 提出使用scRNA-seq技术来研究环境化学物质对基因表达的影响，以及这些化合物如何影响细胞间的信号传导和相互作用 | 传统的流行病学相关性分析、细胞实验和动物模型无法全面检查细胞异质性和组织选择性影响 | 阐明环境化学物质导致癌症的机制 | 环境化学物质对不同细胞类型的选择性作用及其对细胞微环境的影响 | 数字病理学 | 癌症 | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | NA |
| 1377 | 2024-08-09 |
RobustClone: a robust PCA method for tumor clone and evolution inference from single-cell sequencing data
2020-06-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaa172
PMID:32159762
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研究论文 | 本文介绍了一种名为RobustClone的计算框架，用于从单细胞测序数据中推断肿瘤克隆和进化 | RobustClone采用扩展的鲁棒主成分分析和低秩矩阵分解方法，能够有效处理单细胞测序数据中的错误 | NA | 开发一种高效的计算框架，用于从单细胞测序数据中推断肿瘤克隆的进化 | 肿瘤细胞的克隆基因型和进化关系 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 单细胞测序 | 鲁棒主成分分析 | 单细胞单核苷酸变异和单细胞拷贝数变异数据 | 两个scSNV和两个scCNV数据集 |
| 1378 | 2024-08-09 |
Deep Phenotyping by Mass Cytometry and Single-Cell RNA-Sequencing Reveals LYN-Regulated Signaling Profiles Underlying Monocyte Subset Heterogeneity and Lifespan
2020-05-08, Circulation research
IF:16.5Q1
DOI:10.1161/CIRCRESAHA.119.315708
PMID:32151196
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研究论文 | 本文通过质谱流式细胞术和单细胞RNA测序深入分析了LYN酪氨酸激酶在调节单核细胞亚群异质性和寿命中的作用 | 首次探讨了LYN在特定单核细胞亚群稳态调节中的作用，并揭示了其在pMo生理学中的关键角色 | NA | 全面剖析单核细胞的异质性以及Lyn缺陷如何影响单核细胞亚群的组成、信号传导和基因表达 | 单核细胞及其亚群 | 免疫学 | 动脉粥样硬化 | 质谱流式细胞术，单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 涉及Lyn缺陷的单核细胞和pMo，以及Ldlr-/-小鼠模型 |
| 1379 | 2024-08-09 |
The hypocretin (orexin) system: from a neural circuitry perspective
2020-05-01, Neuropharmacology
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.neuropharm.2020.107993
PMID:32135427
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综述 | 本文综述了下丘脑中的下丘脑分泌素/食欲素神经元系统的神经回路功能及其在多种行为调节中的作用 | 介绍了病毒介导的追踪系统以及光遗传学、纤维光度测量、细胞类型/通路特异性操作和单细胞RNA测序等先进技术在研究下丘脑分泌素/食欲素系统中的应用 | NA | 探讨下丘脑分泌素神经元到目标脑区的神经通路功能及其对多种行为的调节作用 | 下丘脑分泌素/食欲素神经元及其神经回路 | 神经科学 | NA | 光遗传学、纤维光度测量、单细胞RNA测序 | NA | 神经回路图谱 | NA |
| 1380 | 2024-08-09 |
Statistical significance of cluster membership for unsupervised evaluation of cell identities
2020-05-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaa087
PMID:32142108
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研究论文 | 本文介绍了一种非参数方法，通过测试簇成员资格来无监督地评估细胞身份 | 提出了后验包含概率（PIPs）来评估簇成员资格，并应用于多个单细胞RNA测序数据集 | NA | 研究如何准确推断细胞身份 | 单细胞RNA测序数据中的细胞身份 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 三个scRNA-seq数据集，包括Jurkat和293T细胞系、八个供体的细胞身份以及外周血单个核细胞 |