单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 1659 篇文献，本页显示第 1321 - 1340 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1321 | 2024-08-09 |
Cell type-specific transcriptomics of esophageal adenocarcinoma as a scalable alternative for single cell transcriptomics
2020-06, Molecular oncology
IF:5.0Q1
DOI:10.1002/1878-0261.12680
PMID:32255255
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研究论文 | 本文开发了一种协议，通过荧光激活细胞分选和随后的RNA测序，将食管腺癌组织分离成白细胞、上皮细胞和成纤维细胞，并对其转录组进行分析 | 提出了一种更可扩展的方法，通过分离特定细胞类型进行转录组分析，以替代单细胞转录组学 | NA | 开发一种更可扩展的方法来研究食管腺癌中特定细胞群体的转录组变化及其与临床参数的关联 | 食管腺癌组织中的白细胞、上皮细胞和成纤维细胞 | 数字病理学 | 食管腺癌 | 荧光激活细胞分选，RNA测序 | NA | 转录组数据 | 9名患者的肿瘤样本 |
| 1322 | 2024-08-09 |
Bilateral murine tumor models for characterizing the response to immune checkpoint blockade
2020-05, Nature protocols
IF:13.1Q1
DOI:10.1038/s41596-020-0299-3
PMID:32238953
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研究论文 | 本文描述了一种双侧小鼠肿瘤模型，用于研究免疫检查点阻断（ICB）疗法的反应 | 该模型通过使用同基因癌细胞系，展示了ICB疗法的对称且二分反应，有助于在高度均质化的背景下详细分析整个肿瘤 | NA | 研究免疫检查点阻断疗法在不同肿瘤模型中的反应机制 | 小鼠肿瘤模型及其对ICB疗法的反应 | NA | NA | RNA-seq, 免疫组织化学, 单细胞RNA-seq, 流式细胞术 | NA | 组织, 单细胞悬液 | NA |
| 1323 | 2024-08-09 |
Single-cell RNA sequencing identifies senescent cerebromicrovascular endothelial cells in the aged mouse brain
2020-04, GeroScience
IF:5.3Q1
DOI:10.1007/s11357-020-00177-1
PMID:32236824
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，识别了老年小鼠大脑中衰老的脑微血管内皮细胞 | 首次通过单细胞RNA测序技术在老年小鼠模型中检测到衰老的脑微血管内皮细胞，并提出了评估衰老对不同脑细胞类型影响及多种衰老药物治疗效果的方法 | 研究仅限于C57BL/6小鼠模型，可能限制了结果的普遍性 | 探讨年龄相关性脑微血管内皮细胞表型变化及其在血管性认知障碍中的作用机制 | 老年小鼠大脑中的脑微血管内皮细胞 | 数字病理学 | 神经退行性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 4233个细胞，来自3个月和28个月大的C57BL/6小鼠 |
| 1324 | 2024-08-09 |
Single-cell mapping reveals new markers and functions of lymphatic endothelial cells in lymph nodes
2020-04, PLoS biology
IF:7.8Q1
DOI:10.1371/journal.pbio.3000704
PMID:32251437
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，全面定义了小鼠皮肤引流淋巴结中淋巴内皮细胞的转录组，并识别了新的标记物和不同淋巴内皮细胞亚群的功能 | 发现了淋巴内皮细胞在淋巴结中的新功能，包括在副皮质区淋巴内皮细胞亚型在快速淋巴细胞从淋巴结中排出的作用 | NA | 探索淋巴结中淋巴内皮细胞的表型和功能异质性 | 淋巴结中的淋巴内皮细胞 | NA | 癌症转移 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 小鼠皮肤引流淋巴结中的淋巴内皮细胞 |
| 1325 | 2024-08-09 |
Cortical Neural Stem Cell Lineage Progression Is Regulated by Extrinsic Signaling Molecule Sonic Hedgehog
2020-03-31, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2020.03.027
PMID:32234482
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研究论文 | 本文探讨了皮质神经干细胞系的分化进程及其受外部信号分子Sonic Hedgehog调控的分子机制 | 首次证明了Sonic Hedgehog信号对于GSX2表达的中间祖细胞（IPCs）的生成是必要且充分的，并使用单细胞RNA测序揭示了GSX2 IPCs的转录组特征 | NA | 揭示皮质神经干细胞系分化的分子机制 | 皮质神经干细胞及其分化产物 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 涉及E16.5时期的鼠皮质神经干细胞 |
| 1326 | 2024-08-09 |
Network-Based Single-Cell RNA-Seq Data Imputation Enhances Cell Type Identification
2020-03-31, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes11040377
PMID:32244427
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研究论文 | 本文介绍了一种基于网络的单细胞RNA测序数据插补方法netImpute，通过利用基因共表达网络中的隐藏信息来恢复真实信号，以改善细胞类型识别 | netImpute采用随机游走重启（RWR）技术，通过从基因共表达网络中的邻居借用信息来调整给定细胞的基因表达水平，有效处理了数据中的缺失值问题 | 虽然netImpute的概念通用，可以应用于其他类型的网络，如细胞共表达网络或蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络，但评估结果显示基因共表达网络始终更有益，而PPI网络通常缺乏细胞类型上下文，细胞共表达网络可能导致稀有细胞类型的信息丢失 | 旨在通过网络方法改善单细胞RNA测序数据中的细胞类型识别 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型识别 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | 随机游走重启（RWR） | 基因表达数据 | 七个真实数据集和模拟数据 |
| 1327 | 2024-08-09 |
Dimension Reduction and Clustering Models for Single-Cell RNA Sequencing Data: A Comparative Study
2020-Mar-22, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms21062181
PMID:32235704
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研究论文 | 本文对单细胞RNA测序数据进行了维度降低和聚类模型的比较研究 | 引入了几种维度降低方法和聚类模型，并通过实验验证了它们在处理高维和稀疏单细胞RNA测序数据中的有效性 | 文章指出独立成分分析在模糊C均值聚类中表现不佳 | 验证一种可靠和标准的研究流程，并对不同的维度降低方法和聚类模型进行综合评估 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | K均值聚类 | 基因表达数据 | 两个大型单细胞RNA测序数据集 |
| 1328 | 2024-08-09 |
Single-cell RNA-sequencing analysis identifies host long noncoding RNA MAMDC2-AS1 as a co-factor for HSV-1 nuclear transport
2020, International journal of biological sciences
IF:8.2Q1
DOI:10.7150/ijbs.42556
PMID:32226304
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研究论文 | 本研究通过重新分析单细胞RNA测序数据，揭示了宿主长非编码RNA MAMDC2-AS1在HSV-1感染中的作用及其机制 | 首次阐明了MAMDC2-AS1作为HSV-1核运输的共因子，及其通过与Hsp90α相互作用促进病毒蛋白VP16的核运输 | NA | 探究宿主长非编码RNA在HSV-1感染中的作用及其机制 | HSV-1感染的异质性及宿主长非编码RNA MAMDC2-AS1的作用 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 1329 | 2024-08-09 |
Automatic identification of relevant genes from low-dimensional embeddings of single-cell RNA-seq data
2020-08-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaa198
PMID:32207520
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研究论文 | 本文介绍了一种从单细胞RNA测序数据的低维嵌入中自动识别相关基因的方法 | 引入了局部和全局基因相关性的概念，计算非线性低维嵌入的主成分分析负载，以识别驱动整体嵌入和定义子区域的基因 | NA | 开发一种方法来识别驱动单细胞RNA测序数据低维嵌入的基因 | 单细胞RNA测序数据的低维嵌入 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 非线性技术 | 单细胞RNA测序数据 | 不同实验协议和低维嵌入技术的单细胞RNA测序数据集 |
| 1330 | 2024-08-09 |
Tools for the analysis of high-dimensional single-cell RNA sequencing data
2020-07, Nature reviews. Nephrology
DOI:10.1038/s41581-020-0262-0
PMID:32221477
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研究论文 | 本文介绍了用于分析高维度单细胞RNA测序数据的一系列计算工具 | 开发了一套计算工具来处理、分析和可视化单细胞RNA测序数据，以应对数据量大和噪声问题 | 具体分析步骤可能因生物问题而异，但缺乏针对特定问题的个性化分析工具 | 解决单细胞RNA测序数据分析中的挑战，包括数据量大和技术噪声问题 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | 基因表达矩阵 | NA |
| 1331 | 2024-08-09 |
Proteomic identification and expression of oral apparatus constituents in cell regeneration of giant ciliate Stentor coeruleus (strain WHEL)
2020-Jun-15, Gene
IF:2.6Q2
DOI:10.1016/j.gene.2020.144624
PMID:32224274
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研究论文 | 本研究通过质谱法和单细胞转录组测序技术，鉴定并分析了巨纤毛虫Stentor coeruleus中口腔器成分及其在再生过程中的表达模式 | 首次通过质谱法鉴定了Stentor coeruleus中882种口腔器相关蛋白，并通过单细胞转录组测序研究了这些基因在口腔器再生过程中的表达模式 | NA | 研究Stentor coeruleus口腔器的分子基础及其在细胞再生中的作用 | 巨纤毛虫Stentor coeruleus的口腔器成分及其在再生过程中的表达 | NA | NA | 质谱法，单细胞转录组测序 | NA | 蛋白质，转录组 | 882种口腔器相关蛋白，181种已知口腔器成分的同源蛋白 |
| 1332 | 2024-08-09 |
IL-5Rα marks nasal polyp IgG4- and IgE-expressing cells in aspirin-exacerbated respiratory disease
2020-06, The Journal of allergy and clinical immunology
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jaci.2020.02.035
PMID:32199912
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研究论文 | 本研究旨在识别和描述阿司匹林加重呼吸疾病（AERD）患者鼻息肉中局部抗体表达细胞的上游驱动因素和表型特征。 | 本研究首次揭示了IL-5Rα+抗体表达细胞在AERD中促进局部抗体产生和严重鼻息肉的作用。 | NA | 识别阿司匹林加重呼吸疾病（AERD）患者鼻息肉中局部抗体表达细胞的上游驱动因素和表型特征。 | AERD、慢性鼻窦炎（CRS）患者及对照组的鼻窦组织。 | NA | 呼吸系统疾病 | ELISA、免疫组织化学、单细胞RNA测序、流式细胞术、免疫荧光 | NA | 组织样本 | 来自AERD、CRS患者及对照组的鼻窦组织样本 |
| 1333 | 2024-08-09 |
MeCP2 mediates transgenerational transmission of chronic pain
2020-06, Progress in neurobiology
IF:6.7Q1
DOI:10.1016/j.pneurobio.2020.101790
PMID:32200043
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研究论文 | 本文探讨了MeCP2在慢性疼痛跨代传递中的作用 | 首次识别了初级体感皮质（S1）谷氨酸能神经元中的DNA甲基-CpG结合蛋白2（MeCP2）在疼痛跨代传递中的关键作用 | NA | 研究疼痛症状跨代传递的机制 | MeCP2在慢性疼痛跨代传递中的作用 | NA | 慢性疼痛 | 单细胞测序和染色质免疫沉淀分析 | NA | 基因表达数据 | 雌性小鼠慢性疼痛模型中的后代小鼠 |
| 1334 | 2024-08-09 |
Resolving single-cell heterogeneity from hundreds of thousands of cells through sequential hybrid clustering and NMF
2020-06-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaa201
PMID:32207533
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研究论文 | 本文介绍了一种新的迭代算法ICGS，通过序列混合聚类和非负矩阵分解（NMF）从数十万个单细胞中解析细胞异质性 | 该方法结合了多种互补的亚型检测方法，如HOPACH、稀疏非负矩阵分解、聚类'适应性'和支持向量机，有效解析稀有和常见细胞状态，同时最小化供体或批次效应的影响 | NA | 开发一种能够处理超大规模单细胞RNA测序数据集的计算方法，以检测转录上一致的细胞群体 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq） | 非负矩阵分解（NMF） | 基因表达数据 | 数十万个单细胞 |
| 1335 | 2024-08-09 |
Phenotypic Diversity Caused by Differential Expression of SFTPC-Cre-Transgenic Alleles
2020-06, American journal of respiratory cell and molecular biology
IF:5.9Q1
DOI:10.1165/rcmb.2019-0416MA
PMID:32208105
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研究论文 | 研究通过使用人类启动子驱动Cre重组酶表达的转基因小鼠，分析了不同Cre-转基因品系中Cre重组酶的活性及其对表型的影响 | 首次详细研究了不同Cre-转基因品系的精确活性，并发现其活性可能依赖于繁殖策略和转基因构建的差异 | 研究主要集中在小鼠模型上，可能不完全适用于其他物种 | 探讨II型肺泡上皮细胞的功能及其在肺上皮维护中的作用 | II型肺泡上皮细胞和Cre重组酶的表达 | NA | NA | 免疫组织化学分析，单细胞RNA测序 | NA | RNA | 涉及多个转基因小鼠品系 |
| 1336 | 2024-08-09 |
Transcriptomics: a Solution for Renal Osteodystrophy?
2020-06, Current osteoporosis reports
IF:4.2Q1
DOI:10.1007/s11914-020-00583-6
PMID:32222893
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review | 本文综述了肾性骨营养不良（ROD）的分子机制及其在骨骼组织转录组学分析中的最新进展和局限性 | 单细胞转录组学分析在识别骨骼中特化的细胞亚群方面已取得成功，但尚未在ROD中进行 | ROD是一种普遍且了解不足的骨病，治疗选择有限 | 探讨ROD的发病机制，并开发适当的诊断和治疗策略 | 肾性骨营养不良（ROD）及其相关骨骼组织的转录组学分析 | NA | 肾性骨营养不良 | 转录组学 | NA | NA | NA |
| 1337 | 2024-08-09 |
Evaluation of STAR and Kallisto on Single Cell RNA-Seq Data Alignment
2020-05-04, G3 (Bethesda, Md.)
DOI:10.1534/g3.120.401160
PMID:32220951
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研究论文 | 本文系统比较了STAR和Kallisto两种方法在单细胞RNA测序数据对齐方面的性能 | 首次进行了STAR和Kallisto在单细胞RNA测序数据对齐方面的无偏第三方比较 | STAR虽然提高了准确性和基因丰度，但计算时间更长，内存使用更多 | 评估STAR和Kallisto在单细胞RNA测序数据对齐中的表现 | Drop-seq、Fluidigm和10x genomics数据 | 测序技术 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 使用了10x genomics PBMC 3K scRNA-Seq和鼠脑皮质单核RNA测序数据 |
| 1338 | 2024-08-09 |
Embryonic endothelial evolution towards first hematopoietic stem cells revealed by single-cell transcriptomic and functional analyses
2020-05, Cell research
IF:28.1Q1
DOI:10.1038/s41422-020-0300-2
PMID:32203131
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组学和功能分析揭示了胚胎内皮细胞向最初造血干细胞的演化过程 | 首次使用高精度单细胞转录组学技术，无偏倚地检查了连续发育阶段的内皮细胞群体，并结合计算预测和体内功能验证，精确捕获了具有造血干细胞能力的内皮细胞 | NA | 揭示胚胎内皮细胞向最初造血干细胞的演化过程及其分子机制 | 胚胎内皮细胞和造血干细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 从胚胎第9.5天到第11.0天，每隔0.5天收集的内皮细胞群体 |
| 1339 | 2024-08-09 |
Visualization of cardiovascular development, physiology and disease at the single-cell level: Opportunities and future challenges
2020-05, Journal of molecular and cellular cardiology
IF:4.9Q2
DOI:10.1016/j.yjmcc.2020.03.005
PMID:32205182
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在心血管疾病研究中的应用，并讨论了其局限性和未来应用的前景 | scRNA-seq能够解析单个细胞间的生物学差异，并识别容易被忽视的稀有细胞群体 | 讨论了scRNA-seq现有的局限性 | 介绍scRNA-seq方法并总结其在心血管疾病研究中的应用 | 单细胞RNA测序技术及其在心血管疾病研究中的应用 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | NA |
| 1340 | 2024-08-09 |
Mossy cell synaptic dysfunction causes memory imprecision via miR-128 inhibition of STIM2 in Alzheimer's disease mouse model
2020-05, Aging cell
IF:8.0Q1
DOI:10.1111/acel.13144
PMID:32222058
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研究论文 | 本研究揭示了苔藓细胞（MCs）突触功能障碍通过miR-128抑制STIM2导致阿尔茨海默病（AD）小鼠模型中的记忆不精确 | 发现miR-128通过抑制STIM2的翻译在AD小鼠的MCs中表达增加，从而导致记忆不精确 | NA | 揭示记忆维持或丧失细节的关键突触和分子机制 | 阿尔茨海默病小鼠模型中的苔藓细胞（MCs）和SST抑制性中间神经元 | NA | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 阿尔茨海默病小鼠的苔藓细胞（MCs） |