单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 1659 篇文献，本页显示第 1261 - 1280 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1261 | 2024-08-09 |
scHLAcount: allele-specific HLA expression from single-cell gene expression data
2020-06-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaa264
PMID:32330223
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研究论文 | 本文介绍了一种名为scHLAcount的工作流程，用于从单细胞RNA测序数据中计算人类白细胞抗原（HLA）基因的等位基因特异性分子计数 | scHLAcount是首个能够在分子水平上进行等位基因特异性定量的方法 | NA | 开发一种新的方法来解析单细胞水平上的HLA基因表达模式 | HLA基因的等位基因特异性表达 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 1262 | 2024-08-09 |
Immune outposts in the adventitia: One foot in sea and one on shore
2020-06, Current opinion in immunology
IF:6.6Q1
DOI:10.1016/j.coi.2020.03.005
PMID:32339862
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研究论文 | 本文讨论了血管外膜作为多种免疫细胞的保守组织免疫前哨的作用，并描述了外膜区域的独特非免疫组成及其对局部组织免疫、器官适应和疾病的影响。 | 利用显微技术、基因改造小鼠和单细胞RNA测序技术，揭示了血管外膜作为组织免疫微环境的组成和功能。 | NA | 探讨血管外膜作为免疫细胞的保守组织免疫前哨的作用及其对局部组织免疫、器官适应和疾病的影响。 | 血管外膜中的免疫细胞和非免疫细胞组成及其相互作用。 | NA | NA | 显微技术、基因改造小鼠、单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 基因改造小鼠 |
| 1263 | 2024-08-09 |
CCL5 mediates CD40-driven CD4+ T cell tumor infiltration and immunity
2020-05-21, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.137263
PMID:32324594
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研究论文 | 研究探讨了CCL5在CD40驱动的CD4+ T细胞肿瘤浸润和免疫中的作用 | 揭示了CCL5在选择性介导CD4+ T细胞肿瘤浸润中的先前未被重视的作用 | NA | 阐明CD4+ T细胞浸润肿瘤的机制及其在免疫治疗中的作用 | CD4+ T细胞、肿瘤微环境、免疫治疗 | 免疫学 | 胰腺癌 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 1264 | 2024-08-09 |
Single-cell multiomic analysis of in vivo and in vitro matured human oocytes
2020-04-28, Human reproduction (Oxford, England)
DOI:10.1093/humrep/deaa044
PMID:32325493
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研究论文 | 本研究通过单细胞多组学测序分析，比较了体内成熟和体外成熟的人类卵母细胞在分子水平上的差异 | 首次比较了体内外成熟卵母细胞的全局CpG和非CpG甲基化差异，并结合转录组和染色体倍性进行了综合分析 | 由于收集MII卵母细胞，尤其是体内成熟的卵母细胞较为困难，样本量有限 | 探讨体内成熟和体外成熟的MII卵母细胞在分子水平上的差异 | 体内成熟和体外成熟的MII卵母细胞 | NA | NA | 单细胞多组学测序（scTrioseq） | NA | 转录组、DNA甲基化和染色体倍性数据 | 8个体内成熟卵母细胞和7个体外成熟卵母细胞 |
| 1265 | 2024-08-09 |
Chromatin accessibility dynamics and single cell RNA-Seq reveal new regulators of regeneration in neural progenitors
2020-04-27, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.52648
PMID:32338593
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研究论文 | 本研究通过结合染色质可及性数据与单细胞转录组学，分析了脊髓神经前体细胞（NPCs）在再生过程中的基因调控程序 | 本研究首次识别了Pbx3和Meis1作为尾巴再生和轴突组织的关键调控因子，并提出了一个新的细胞命运决定及其调控模型 | NA | 旨在更好地理解脊髓神经前体细胞如何实现再生程序 | 脊髓神经前体细胞（NPCs）在再生过程中的基因调控程序 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA-Seq | NA | 染色质可及性数据 | 从再生尾巴中分离出的表达NPCs |
| 1266 | 2024-08-09 |
Effective microtissue RNA extraction coupled with Smart-seq2 for reproducible and robust spatial transcriptome analysis
2020-04-27, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-020-63495-6
PMID:32341421
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研究论文 | 本文开发了一种组织处理方法，通过脱水固定和磁珠收集技术，从组织显微切割样本中获得稳健且可重复的RNA-seq数据 | 该方法通过脱水固定抑制了新鲜冷冻组织样本中的RNA降解，并使用磁珠有效收集了微切割样本中的少量RNA分子 | NA | 为了在空间转录组学中获得可重复的结果，需要在整个图像获取和生物分子收集过程中保持组织形态和RNA分子的稳定性 | 小鼠肝脏和大脑的连续显微切割样本 | 空间转录组学 | NA | Smart-seq2 | NA | RNA | 直径100 μm，厚度10 μm的显微切割样本 |
| 1267 | 2024-08-09 |
GiniClust3: a fast and memory-efficient tool for rare cell type identification
2020-Apr-25, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-020-3482-1
PMID:32334526
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研究论文 | 本文介绍了一种名为GiniClust3的快速且内存高效的工具，用于识别稀有细胞类型。 | GiniClust3是GiniClust2的扩展版本，显著提高了处理速度和内存效率。 | NA | 开发一种能够有效处理大型数据集的工具，以识别稀有细胞类型。 | 稀有细胞类型的识别。 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 超过一百万个细胞的数据集 |
| 1268 | 2024-08-09 |
Induced Pluripotent Stem Cell (iPSC)-Based Neurodegenerative Disease Models for Phenotype Recapitulation and Drug Screening
2020-Apr-24, Molecules (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/molecules25082000
PMID:32344649
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综述 | 本文综述了基于诱导多能干细胞（iPSC）的神经退行性疾病模型在药物筛选中的应用及其未来发展方向 | 利用iPSC技术生成患者特异性神经细胞，克服了动物模型中物种特异性的问题，并结合器官芯片技术、单细胞RNA测序、基因编辑和深度学习人工智能等新技术 | 如何有效再现偶发性疾病表型以及选择理想表型进行大规模药物筛选仍面临挑战 | 探讨iPSC技术在神经退行性疾病药物筛选中的应用及未来发展 | 神经退行性疾病，包括阿尔茨海默病（AD）、肌萎缩侧索硬化症（ALS）、脊髓小脑共济失调（SCA）和寨卡病毒感染 | 干细胞研究 | 神经退行性疾病 | 诱导多能干细胞（iPSC） | NA | 细胞 | 个体患者特异性神经细胞 |
| 1269 | 2024-08-09 |
Single-cell transcriptomes of the human skin reveal age-related loss of fibroblast priming
2020-04-23, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-020-0922-4
PMID:32327715
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research paper | 本文利用单细胞RNA测序技术分析了超过5,000个来自健康人类捐献者防晒区域的成纤维细胞的转录组，揭示了成纤维细胞的异质性及其与年龄相关的变化。 | 首次系统性地分析了成纤维细胞的异质性，并发现了成纤维细胞的‘激活’状态随年龄减少的现象。 | NA | 研究人类皮肤成纤维细胞的功能特化及其与年龄相关的变化。 | 人类皮肤成纤维细胞及其与年龄相关的功能变化。 | digital pathology | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 超过5,000个成纤维细胞 |
| 1270 | 2024-08-09 |
Gene-edited human stem cell-derived β cells from a patient with monogenic diabetes reverse preexisting diabetes in mice
2020-04-22, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.aax9106
PMID:32321868
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研究论文 | 本研究使用CRISPR-Cas9技术修正了来自Wolfram综合征患者的iPSCs中的糖尿病致病突变，并通过六阶段分化策略将其分化为β细胞，这些修正后的β细胞在体外显示出强大的胰岛素分泌能力，并在移植到糖尿病小鼠模型后逆转了糖尿病 | 首次展示了通过CRISPR-Cas9技术修正糖尿病致病基因突变后，iPSCs分化出的β细胞能够有效逆转小鼠模型中的糖尿病 | NA | 探索通过基因编辑技术改善来自糖尿病患者的iPSCs分化出的β细胞的功能，以用于糖尿病细胞替代疗法 | 来自Wolfram综合征患者的iPSCs及其分化出的β细胞 | 细胞生物学 | 糖尿病 | CRISPR-Cas9 | NA | 单细胞转录组 | 来自一名Wolfram综合征患者的iPSCs |
| 1271 | 2024-08-09 |
Lgr5+ telocytes are a signaling source at the intestinal villus tip
2020-04-22, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-15714-x
PMID:32321913
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研究论文 | 本文通过结合激光捕获显微切割和单细胞RNA测序技术，揭示了沿着隐窝-绒毛轴的间质细胞的空间分区，特别是表达Lgr5的绒毛尖端间质细胞（VTTs）在调节上皮细胞空间表达程序中的作用 | 首次发现并描述了表达Lgr5的绒毛尖端间质细胞（VTTs），这些细胞通过Bmp形态发生素和非经典Wnt5a配体进行信号传导，对上皮细胞的空间表达程序有调节作用 | NA | 揭示肠道上皮细胞空间变异性的机制 | 肠道上皮细胞和间质细胞 | NA | NA | 激光捕获显微切割和单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 1272 | 2024-08-09 |
Transcriptomics in Toxicogenomics, Part I: Experimental Design, Technologies, Publicly Available Data, and Regulatory Aspects
2020-Apr-15, Nanomaterials (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/nano10040750
PMID:32326418
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综述 | 本文综述了毒理基因组学中转录组学的实验设计、技术、公开数据和监管方面的最新进展 | 介绍了DNA微阵列、RNA测序（RNA-Seq）和单细胞RNA测序（scRNA-Seq）数据的设计和分析方法，并强调了TGx数据在理解和预测化学毒性潜力中的应用 | 目前数据生成和分析缺乏标准化，阻碍了毒理基因组学证据在风险评估中的全面应用 | 探讨如何将毒理基因组学纳入监管决策，以促进风险评估的替代方法，并支持3R（减少、优化和替代）概念 | 转录组学在毒理基因组学中的应用，包括实验设计、数据生成和共享 | NA | NA | RNA测序（RNA-Seq）、单细胞RNA测序（scRNA-Seq） | NA | 基因表达数据 | NA |
| 1273 | 2024-08-09 |
Stably expressed genes in single-cell RNA sequencing
2020-02, Journal of bioinformatics and computational biology
IF:0.9Q4
DOI:10.1142/S0219720020400041
PMID:32336251
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研究论文 | 本文研究了在单细胞RNA测序（scRNA-seq）中表达稳定的基因，并探讨了这些基因在数据标准化中的应用 | 提出使用内源性表达稳定的基因作为scRNA-seq数据标准化的参考，而不是依赖外部合成基因 | 尚未明确表达稳定的基因在不同标准化方法中的适用性 | 探索在单细胞RNA测序中用于数据标准化的稳定表达基因 | 研究与细胞结构相关的基因及其在scRNA-seq中的表达稳定性 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 未具体说明样本数量 |
| 1274 | 2024-08-09 |
Improved Prognostic Prediction of Glioblastoma using a PAS Detected from Single-cell RNA-seq
2020, Journal of Cancer
IF:3.3Q2
DOI:10.7150/jca.44034
PMID:32328180
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序数据筛选出与胶质母细胞瘤预后相关的差异表达基因，并构建了一个预测模型来提高患者的生存概率预测 | 利用单细胞RNA测序数据筛选出与胶质母细胞瘤预后相关的基因集，并构建了一个新的预测模型 | NA | 提高胶质母细胞瘤患者的生存概率预测 | 胶质母细胞瘤患者的预后预测 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 1275 | 2024-08-09 |
Changing Technologies of RNA Sequencing and Their Applications in Clinical Oncology
2020, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2020.00447
PMID:32328458
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研究论文 | 本文讨论了RNA测序技术的发展及其在临床肿瘤学中的应用 | 介绍了从批量RNA测序到数字空间RNA分析等多种RNA测序技术的进步 | 未明确提及 | 指导癌症研究人员选择最适合其生物学问题的RNA测序技术 | RNA测序技术的不同类型及其在癌症研究中的应用 | 数字病理学 | 癌症 | RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 1276 | 2024-08-09 |
Modeling glioblastoma invasion using human brain organoids and single-cell transcriptomics
2020-08-17, Neuro-oncology
IF:16.4Q1
DOI:10.1093/neuonc/noaa091
PMID:32297954
|
研究论文 | 本研究利用人脑类器官和单细胞转录组学来模拟胶质母细胞瘤的侵袭过程 | 首次使用人脑类器官作为支架来研究患者来源的胶质母细胞瘤细胞的侵袭行为 | NA | 研究胶质母细胞瘤的侵袭过程及其转录组异质性 | 胶质母细胞瘤细胞和人脑类器官 | 数字病理学 | 脑癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 多个患者样本 |
| 1277 | 2024-08-09 |
Regulation of adipocyte thermogenesis: mechanisms controlling obesity
2020-08, The FEBS journal
DOI:10.1111/febs.15331
PMID:32301220
|
综述 | 本文综述了脂肪细胞生物学，特别是脂肪细胞产热调节机制及其在肥胖和肥胖相关疾病中的作用 | 揭示了脂肪细胞的三种类型（白色、米色和棕色）及其在不同解剖位置的功能差异，以及单细胞测序研究显示的脂肪细胞前体异质性 | NA | 探讨如何通过增加产热脂肪细胞的数量及其激活来阐明肥胖及其相关疾病的部分病理生理基础 | 脂肪细胞的生物学特性及其在能量平衡中的作用 | NA | 肥胖 | 单细胞测序 | NA | NA | NA |
| 1278 | 2024-08-09 |
Single-Cell RNA Sequencing Reveals Cell-Type-Specific Mechanisms of Neurological Diseases
2020-07, Neuroscience bulletin
IF:5.9Q1
DOI:10.1007/s12264-020-00496-5
PMID:32297206
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1279 | 2024-08-09 |
Integrated scRNA-Seq Identifies Human Postnatal Thymus Seeding Progenitors and Regulatory Dynamics of Differentiating Immature Thymocytes
2020-06-16, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2020.03.019
PMID:32304633
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术（scRNA-seq）分析了人类青春期后胸腺细胞群体，并识别了两种可能的胸腺种子形成前体细胞 | 首次在人类中使用scRNA-seq技术详细描述了胸腺种子形成前体细胞及其在T细胞发育中的作用 | NA | 研究青春期后人类胸腺细胞的发育过程及其调控机制 | 人类青春期后胸腺细胞及其前体细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | NA |
| 1280 | 2024-08-09 |
Prostate cancer cell-intrinsic interferon signaling regulates dormancy and metastatic outgrowth in bone
2020-06-04, EMBO reports
IF:6.5Q1
DOI:10.15252/embr.202050162
PMID:32314873
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组学和体外分析，揭示了肿瘤内在免疫信号在维持前列腺癌细胞休眠状态中的关键作用 | 本文首次证明了肿瘤内在的I型IFN信号的丢失促进了前列腺癌在骨中的进展，并通过HDAC抑制恢复IFN信号，增强了肿瘤细胞的可见性，促进了长期的抗肿瘤免疫，并阻止了骨中的癌症生长 | NA | 探讨前列腺癌骨转移休眠状态的机制，并寻找新的治疗策略 | 前列腺癌细胞及其在骨中的休眠和转移生长 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 包括患者样本在内的多种样本 |