单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 1659 篇文献，本页显示第 1221 - 1240 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1221 | 2024-08-09 |
NFI transcription factors provide chromatin access to maintain stem cell identity while preventing unintended lineage fate choices
2020-06, Nature cell biology
IF:17.3Q1
DOI:10.1038/s41556-020-0513-0
PMID:32393888
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研究论文 | 本文通过在小鼠毛囊中进行时空基因敲除，揭示了转录因子NFIB和NFIX在维持干细胞身份中的关键作用 | 首次揭示NFIB和NFIX在维持干细胞身份和防止不希望的谱系命运选择中的重要作用 | NA | 探究NFIB和NFIX在维持干细胞身份和防止不希望的谱系命运选择中的作用 | 小鼠毛囊中的干细胞 | 分子生物学 | NA | 单细胞转录组学, ATAC-Seq, ChIP-Seq | NA | 基因组数据 | NA |
| 1222 | 2024-08-09 |
Single-cell landscape of bronchoalveolar immune cells in patients with COVID-19
2020-06, Nature medicine
IF:58.7Q1
DOI:10.1038/s41591-020-0901-9
PMID:32398875
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了不同严重程度的COVID-19患者和健康人的支气管肺泡灌洗液中的免疫细胞特征 | 首次详细描述了COVID-19患者支气管肺泡灌洗液中免疫细胞的单细胞景观，揭示了不同疾病严重程度下的免疫特征 | NA | 探究COVID-19患者呼吸道免疫特征与疾病严重程度之间的关系 | COVID-19患者的支气管肺泡灌洗液免疫细胞 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 不同严重程度的COVID-19患者和健康人的支气管肺泡灌洗液样本 |
| 1223 | 2024-08-09 |
Single-cell transcriptome reveals the novel role of T-bet in suppressing the immature NK gene signature
2020-05-14, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.51339
PMID:32406817
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了T-bet在抑制小鼠NK细胞发育过程中未成熟基因特征的新作用 | 首次揭示了T-bet通过mTORC2-Akt-FoxO1轴在抑制未成熟NK细胞转录特征中的新作用 | NA | 探讨NK细胞发育过程中的转录激活与抑制机制 | 小鼠NK细胞的发育过程及其相关基因表达 | 分子生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | 机器学习分类器 | 转录组数据 | 涉及五个不同的NK细胞集群 |
| 1224 | 2024-08-09 |
Single-cell transcriptional landscapes reveal HIV-1-driven aberrant host gene transcription as a potential therapeutic target
2020-05-13, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.aaz0802
PMID:32404504
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研究论文 | 本文通过开发HIV-1 SortSeq技术，从病毒抑制的HIV-1感染者中分离出罕见的HIV-1感染细胞，并进行单细胞转录组分析，揭示了HIV-1驱动宿主基因异常转录的现象，并探讨了其作为治疗靶点的潜力。 | 开发了HIV-1 SortSeq技术，用于分离和分析HIV-1感染细胞的单细胞转录组，揭示了HIV-1驱动宿主基因异常转录的新机制。 | NA | 研究HIV-1与宿主细胞相互作用，识别支持HIV-1再激活的细胞环境和机制，并探索潜在的治疗靶点。 | HIV-1感染细胞的单细胞转录组和HIV-1驱动宿主基因异常转录的机制。 | 数字病理学 | HIV感染 | 单细胞转录组分析 | CRISPR-dCas9 | RNA | 从病毒抑制的HIV-1感染者中分离出的HIV-1感染细胞 |
| 1225 | 2024-08-09 |
SCeQTL: an R package for identifying eQTL from single-cell parallel sequencing data
2020-May-11, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-020-3534-6
PMID:32393315
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研究论文 | 本文介绍了一个名为SCeQTL的R包，用于从单细胞并行测序数据中识别eQTL | SCeQTL使用零膨胀负二项回归方法进行单细胞数据eQTL分析，能够区分不同基因型组之间的两种类型的基因表达差异 | NA | 开发新的方法来分析单细胞测序数据中的eQTL | 单细胞测序数据中的基因型与基因表达表型之间的关联 | 生物信息学 | NA | 单细胞并行测序 | 零膨胀负二项回归 | 测序数据 | NA |
| 1226 | 2024-08-09 |
Transcriptomics in Toxicogenomics, Part II: Preprocessing and Differential Expression Analysis for High Quality Data
2020-May-08, Nanomaterials (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/nano10050903
PMID:32397130
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综述 | 本文综述了毒理基因组学中转录组数据预处理和差异表达分析的方法 | 目前毒理基因组学领域缺乏数据预处理的标准指南，本文定义了最优工具和流程以生成同质且无偏的数据 | NA | 旨在提高毒理基因组学预测模型的可靠性、鲁棒性和准确性 | 转录组数据预处理方法及其在微阵列、批量RNA测序和单细胞RNA测序中的应用 | 毒理基因组学 | NA | RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 1227 | 2024-08-09 |
Somatic mTOR mutation in clonally expanded T lymphocytes associated with chronic graft versus host disease
2020-05-07, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-16115-w
PMID:32382059
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研究论文 | 本文报道了一例慢性移植物抗宿主病（cGvHD）患者，其CD4 T细胞克隆扩增中携带体细胞mTOR、NFKB2和TLR2突变，并探讨了这些突变在cGvHD中的功能和治疗意义。 | 首次在cGvHD患者的T淋巴细胞中发现了mTOR P2229R突变，并揭示了该突变导致的mTORC1和mTORC2信号通路的激活及其对细胞增殖和凋亡的影响。 | 研究样本量较小，仅包括134名患者，可能影响结果的普遍性。 | 探讨慢性移植物抗宿主病中体细胞突变对T细胞异常增殖和持续免疫激活的影响，并为靶向治疗提供依据。 | 慢性移植物抗宿主病患者及其T淋巴细胞中的体细胞mTOR突变。 | 数字病理学 | 移植物抗宿主病 | 单细胞RNA测序，实时阻抗测量 | NA | 基因组数据 | 134名患者 |
| 1228 | 2024-08-09 |
Integrative Cluster Analysis of Whole Hearts Reveals Proliferative Cardiomyocytes in Adult Mice
2020-05-06, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells9051144
PMID:32384695
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研究论文 | 本文通过应用snRNA-seq技术于成年小鼠心脏，结合公开的scRNA-seq数据，揭示了心脏细胞组成的新见解，特别是发现了一小群具有增殖标记的心肌细胞。 | 本文首次在成年小鼠心脏中发现了一小群具有增殖标记的心肌细胞，支持了心肌细胞更新是由现有心肌细胞的有丝分裂驱动的观点。 | 研究使用的数据集在心肌细胞比例上存在显著差异，这可能是由于细胞捕获技术相关的偏差。 | 探讨心脏细胞的再生潜力及其机制。 | 成年小鼠的心脏细胞组成。 | 数字病理学 | 心血管疾病 | snRNA-seq | NA | 单细胞数据 | 使用了来自两个不同品系（C57BL/6NRj和Fzt:DU）的成年小鼠心脏样本。 |
| 1229 | 2024-08-09 |
MAPS-seq: magnetic bead-assisted parallel single-cell gene expression profiling
2020-05, Experimental & molecular medicine
DOI:10.1038/s12276-020-0433-x
PMID:32404928
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研究论文 | 本文介绍了一种基于微孔板的新型单细胞基因表达测序方法——磁珠辅助并行单细胞基因表达测序（MAPS-seq），该方法通过在反转录步骤前混合样本，简化了样本准备过程并减少了试剂浪费 | MAPS-seq方法使用通用试剂和标准分子生物学实验室仪器，易于实施，即使在未进行过单细胞RNA测序的实验室也能操作 | NA | 验证MAPS-seq方法在单细胞水平生成基因表达数据的能力，并分析其在人类髓系白血病细胞中的应用 | 237个人类髓系白血病细胞，分别用三种不同药物或二甲基亚砜处理 | 数字病理学 | 白血病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 237个细胞 |
| 1230 | 2024-08-09 |
High systemic and tumor-associated IL-8 correlates with reduced clinical benefit of PD-L1 blockade
2020-05, Nature medicine
IF:58.7Q1
DOI:10.1038/s41591-020-0860-1
PMID:32405063
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研究论文 | 本文分析了循环中的IL-8和IL8基因在外周血单个核细胞和肿瘤中的表达，评估了其与atezolizumab（一种抗PD-L1单克隆抗体）治疗效果的关系。 | 首次在大规模随机研究中全面评估了IL-8水平与免疫检查点抑制剂疗效的关系，并揭示了IL-8在肿瘤微环境中的表达模式及其对免疫治疗效果的影响。 | 研究主要集中在转移性尿路上皮癌和转移性肾细胞癌患者，可能不适用于所有癌症类型。 | 探讨IL-8水平与PD-L1阻断剂临床疗效的关系。 | 转移性尿路上皮癌和转移性肾细胞癌患者。 | NA | 转移性尿路上皮癌，转移性肾细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 1445名患者 |
| 1231 | 2024-08-09 |
Spatially Resolved Transcriptomes-Next Generation Tools for Tissue Exploration
2020-10, BioEssays : news and reviews in molecular, cellular and developmental biology
IF:3.2Q1
DOI:10.1002/bies.201900221
PMID:32363691
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综述 | 本文综述了空间分辨转录组学领域的最新进展及其在探索复杂多细胞生物系统中的应用 | 介绍了多种旨在结合基因表达数据与空间信息的新技术 | 目前尚无单一方法能解决所有关键参数，如敏感性、劳动强度、组织类型依赖性和获取详细单细胞信息的有限能力 | 探讨空间转录组学方法的应用及其优缺点，并展望该领域的未来发展 | 空间转录组学方法及其在生物系统研究中的应用 | 转录组学 | NA | 空间分辨转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 1232 | 2024-08-09 |
scDoc: correcting drop-out events in single-cell RNA-seq data
2020-08-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaa283
PMID:32365169
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研究论文 | 本文介绍了一种名为scDoc的新方法，用于校正单细胞RNA测序数据中的'drop-out'事件 | scDoc是首个直接利用drop-out信息进行细胞间相似度估计的方法，这在单细胞RNA测序数据插补中至关重要 | NA | 解决单细胞RNA测序研究中的'drop-out'事件问题 | 单细胞RNA测序数据中的'drop-out'事件 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA |
| 1233 | 2024-08-09 |
PRIME: a probabilistic imputation method to reduce dropout effects in single-cell RNA sequencing
2020-07-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaa278
PMID:32348450
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研究论文 | 本文介绍了一种新的概率插补方法PRIME，用于减少单细胞RNA测序中的丢失效应 | 构建了一个细胞对应网络，并基于相同类型细胞的局部子网络的转录组轮廓调整基因表达估计 | NA | 减少单细胞RNA测序中的丢失效应，提高数据质量和分析准确性 | 单细胞RNA测序数据 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 合成数据和八个真实单细胞测序数据集 |
| 1234 | 2024-08-09 |
Single-cell RNA-seq analysis of the brainstem of mutant SOD1 mice reveals perturbed cell types and pathways of amyotrophic lateral sclerosis
2020-07, Neurobiology of disease
IF:5.1Q1
DOI:10.1016/j.nbd.2020.104877
PMID:32360664
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序技术分析了突变SOD1小鼠脑干的细胞类型和通路，揭示了肌萎缩侧索硬化症（ALS）中受影响的细胞类型和分子机制 | 本研究首次在单细胞水平上全面分析了ALS小鼠模型脑干中的细胞类型、基因和通路变化 | 研究仅限于特定的小鼠模型和特定的发育阶段，可能需要进一步研究以验证这些发现是否适用于其他模型或人类 | 探究ALS在脑干中的细胞特异性机制和细胞脆弱性 | 突变SOD1小鼠的脑干细胞 | 数字病理学 | 肌萎缩侧索硬化症 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 从野生型和突变SOD1小鼠的脑干中分别分离出1894和3199个细胞 |
| 1235 | 2024-08-09 |
Single-cell RNA-seq analysis of human CSF microglia and myeloid cells in neuroinflammation
2020-07, Neurology(R) neuroimmunology & neuroinflammation
DOI:10.1212/NXI.0000000000000732
PMID:32371549
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术分析了多发性硬化症（MS）和抗髓鞘少突胶质细胞糖蛋白（MOG）障碍患者脑脊液（CSF）中的髓系细胞 | 首次通过高分辨率单细胞基因表达分析明确区分了神经炎症患者CSF中存在的不同髓系细胞类型，并发现了存在于人类CSF中的微胶质细胞群 | 需要进一步研究这些细胞在免疫和疾病中的功能 | 识别和表征MS和抗MOG障碍患者CSF中的髓系细胞群 | 多发性硬化症和抗MOG障碍患者的脑脊液髓系细胞 | 数字病理学 | 多发性硬化症 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 2名复发缓解型多发性硬化症（RRMS）患者、1名抗MOG障碍患者以及2名HIV患者的血液和CSF样本，以及11名包括RRMS、抗MOG障碍和对照组患者的CSF样本 |
| 1236 | 2024-08-09 |
UHRF1 Controls Thymocyte Fate Decisions through the Epigenetic Regulation of EGR1 Expression
2020-06-15, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
DOI:10.4049/jimmunol.1901471
PMID:32358021
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研究论文 | 本研究探讨了UHRF1通过表观遗传调控EGR1表达影响胸腺细胞命运决定的作用 | 首次揭示了UHRF1在胸腺细胞分化中的关键作用，并通过单细胞RNA测序分析了其对T细胞谱系发展的影响 | NA | 研究UHRF1在胸腺细胞分化过程中的表观遗传调控作用 | 胸腺细胞的命运决定和T细胞谱系发展 | 表观遗传学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠胸腺细胞 |
| 1237 | 2024-08-09 |
Integrative analysis of in vivo recording with single-cell RNA-seq data reveals molecular properties of light-sensitive neurons in mouse V1
2020-06, Protein & cell
IF:13.6Q1
DOI:10.1007/s13238-020-00720-y
PMID:32350740
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研究论文 | 本研究通过整合体内记录与单细胞RNA测序数据，揭示了小鼠V1区光敏感神经元的分子特性 | 首次揭示了小鼠V1区单个光刺激神经元的转录组特征，并发现了与光反应相关的关键基因 | 研究仅限于小鼠V1区的第2/3层神经元，未涉及其他层次或其他脑区的神经元 | 探索小鼠V1区光敏感神经元的分子机制 | 小鼠V1区的光敏感神经元 | 数字病理学 | NA | 钙成像、全细胞膜片钳记录、mRNA测序 | NA | RNA-seq数据 | 53个来自小鼠V1区第2/3层的单个神经元 |
| 1238 | 2024-08-09 |
Differentiation of transplanted haematopoietic stem cells tracked by single-cell transcriptomic analysis
2020-06, Nature cell biology
IF:17.3Q1
DOI:10.1038/s41556-020-0512-1
PMID:32367048
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，追踪了移植后的造血干细胞在预处理宿主体内的动态变化 | 首次通过单细胞转录组分析，揭示了移植后造血干细胞在早期阶段的命运选择和动力学 | 研究仅限于移植后第一周的观察，未涉及更长时间段的变化 | 探究移植后造血干细胞在预处理宿主体内的行为和命运 | 造血干细胞及其在移植后的分化过程 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | 28种造血细胞类型 |
| 1239 | 2024-08-09 |
Single-cell resolution analysis of the human pancreatic ductal progenitor cell niche
2020-05-19, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.1918314117
PMID:32354994
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序分析了人胰腺主胰管中的多能祖细胞样细胞，揭示了其亚群结构及分化潜力 | 首次通过单细胞RNA测序技术揭示了胰腺主胰管中祖细胞样细胞的多个亚群及其向腺泡组织过渡的表型，并展示了这些细胞在移植后的分化能力 | NA | 研究人胰腺主胰管中多能祖细胞样细胞的特性及其在糖尿病中的潜在应用 | 人胰腺主胰管中的多能祖细胞样细胞 | 数字病理学 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 涉及多个胰腺样本及糖尿病患者样本 |
| 1240 | 2024-08-09 |
Landscape of genomic imprinting and its functions in the mouse mammary gland
2020-05-05, Journal of molecular cell biology
IF:5.3Q2
DOI:10.1093/jmcb/mjaa020
PMID:32369566
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研究论文 | 本研究探讨了小鼠乳腺中基因组印记及其功能 | 首次详细研究了小鼠乳腺中的基因组印记，并揭示了印记基因在乳腺发育和泌乳中的作用 | NA | 研究小鼠乳腺中基因组印记的作用及其对乳腺发育和泌乳的影响 | 小鼠乳腺中的印记基因及其表达 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | NA |