单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1181	2024-08-09	scVAE: variational auto-encoders for single-cell gene expression data 2020-08-15, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaa293 PMID:32415966	研究论文	本文提出了一种基于变分自编码器（VAE）的新方法scVAE，用于单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据分析	该方法直接使用原始计数数据作为输入，避免了数据预处理步骤，并能稳健地估计每个细胞的预期基因表达水平和潜在表示	NA	开发一种新的方法来分析和从大量的复杂单细胞转录组数据中得出相关的生物学推断	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	scRNA-seq	VAE	基因表达数据	多个scRNA-seq数据集
1182	2024-08-09	scTPA: a web tool for single-cell transcriptome analysis of pathway activation signatures 2020-08-15, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaa532 PMID:32437538	研究论文	本文介绍了scTPA，一个基于网络的工具，用于分析人类和小鼠单细胞RNA测序数据中的通路激活特征	scTPA整合了四种广泛使用的基因集富集方法，基于不同功能和分类的生物通路集合，评估单细胞的通路激活分数	NA	开发一个有效的网络工具，用于基于先前生物通路知识的单细胞转录组数据分析	单细胞RNA测序数据的功能解释和细胞簇注释	生物信息学	NA	RNA-seq	NA	转录组数据	人类和小鼠的单细胞RNA测序数据
1183	2024-08-09	Single-Cell Analyses of Colon and Blood Reveal Distinct Immune Cell Signatures of Ulcerative Colitis and Crohn's Disease 2020-08, Gastroenterology IF:25.7Q1 DOI:10.1053/j.gastro.2020.04.074 PMID:32428507	研究论文	本文利用质谱流式细胞术（CyTOF）和单细胞RNA测序等技术，分析了溃疡性结肠炎（UC）和克罗恩病（CD）患者的结肠黏膜和血液中的免疫细胞特征	首次在单细胞水平上详细比较了UC和CD患者与对照组的免疫细胞差异，并利用随机森林模型识别了区分不同疾病状态的关键免疫细胞群	NA	旨在揭示炎症性肠病（IBD）患者黏膜失调的机制及UC与CD患者炎症反应的差异	UC和CD患者的结肠黏膜和血液中的免疫细胞	数字病理学	炎症性肠病	质谱流式细胞术（CyTOF），单细胞RNA测序	随机森林模型	细胞	结肠黏膜样本87份，外周血单个核细胞85份
1184	2024-08-09	Single-Cell RNA Sequencing to Dissect the Immunological Network of Autoimmune Myocarditis 2020-07-28, Circulation IF:35.5Q1 DOI:10.1161/CIRCULATIONAHA.119.043545 PMID:32431172	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了实验性自身免疫性心肌炎（EAM）不同阶段的心脏Cd45+细胞，揭示了心肌炎向心肌病转变过程中的免疫网络	首次全面展示了不同EAM阶段心脏免疫细胞的单细胞图谱，并阐明了Hif1a在炎症反应中的作用	NA	研究心肌炎向心肌病转变过程中的免疫网络，并识别参与心肌炎炎症反应的基因	实验性自身免疫性心肌炎（EAM）模型中的心脏Cd45+细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	细胞	34,665个细胞
1185	2024-08-09	Potent Neutralizing Antibodies against SARS-CoV-2 Identified by High-Throughput Single-Cell Sequencing of Convalescent Patients' B Cells 2020-07-09, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2020.05.025 PMID:32425270	研究论文	本研究通过高通量单细胞RNA和VDJ测序技术，从60名康复患者的抗原富集B细胞中快速识别出针对SARS-CoV-2的中和抗体	首次通过高通量单细胞测序技术从康复患者B细胞中识别出高效的中和抗体，并展示了其在治疗和预防SARS-CoV-2感染中的效果	NA	快速识别和开发针对SARS-CoV-2的中和抗体，以应对COVID-19大流行	SARS-CoV-2中和抗体及其在治疗和预防中的应用	NA	COVID-19	单细胞RNA和VDJ测序	NA	RNA	60名康复患者的B细胞
1186	2024-08-09	IRIS3: integrated cell-type-specific regulon inference server from single-cell RNA-Seq 2020-07-02, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaa394 PMID:32421805	research paper	介绍IRIS3，一个用于从单细胞RNA测序数据中推断细胞类型特异性调控子的网络服务器	IRIS3是首个用于从单细胞RNA测序数据中推断细胞类型特异性调控子的网络服务器，具备超过20种功能支持全面的解释和图形可视化	NA	旨在识别特定细胞类型中的活性调控子，以揭示复杂疾病的潜在关键调控因子和目标基因	细胞类型特异性调控子（CTSR）	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	基因表达数据	涉及人类和小鼠的单细胞RNA测序数据
1187	2024-08-09	Sphetcher: Spherical Thresholding Improves Sketching of Single-Cell Transcriptomic Heterogeneity 2020-Jun-26, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2020.101126 PMID:32438285	研究论文	本文提出了一种名为Sphetcher的算法，利用阈值技术在球体内高效选择代表性细胞，以改善单细胞转录组数据的草图绘制	Sphetcher算法采用球形阈值技术，与通常使用的等大小盒子相比，能更准确地表示原始转录组景观	NA	旨在改进单细胞转录组数据的计算分析方法，特别是细胞类型的检测	单细胞转录组数据的草图绘制和细胞类型检测	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
1188	2024-08-09	An Integrated Dielectrophoresis-Trapping and Nanowell Transfer Approach to Enable Double-Sub-Poisson Single-Cell RNA Sequencing 2020-06-23, ACS nano IF:15.8Q1 DOI:10.1021/acsnano.0c02953 PMID:32437127	研究论文	本文介绍了一种集成介电电泳（DEP）捕获和纳米孔转移（dTNT）方法，用于实现双亚泊松单细胞RNA测序	提出的dTNT-seq方法通过亚泊松方式进行细胞捕获和珠子加载，打破了泊松统计的限制，实现了双亚泊松分布	尽管提高了细胞和珠子的捕获效率，但仍需进一步优化以提高整体测序效率和准确性	开发一种新的技术方法，以提高单细胞RNA测序的效率和准确性	人类（HEK）和小鼠（3T3）细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	使用了由3600个电活性DEP纳米孔单元组成的dTNT设备
1189	2024-08-09	A Highly Sensitive, Accurate, and Automated Single-Cell RNA Sequencing Platform with Digital Microfluidics 2020-06-16, Analytical chemistry IF:6.7Q1 DOI:10.1021/acs.analchem.0c01613 PMID:32425041	研究论文	本文介绍了一种基于数字微流控技术的单细胞RNA测序平台（digital-RNA-seq），该平台能够简化、高效且低成本地进行单细胞mRNA测量	提出了一种新的被动分配方法，利用亲水-疏水微特征快速生成单细胞子液滴，解决了单细胞分离中的效率、完整性、选择性和灵活性问题	NA	开发一种自动化、高灵敏度和高准确性的单细胞RNA测序平台	单细胞RNA测序技术及其在生物学应用中的性能	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	文本	NA
1190	2024-08-09	Cigarette Smoke Exposure and Inflammatory Signaling Increase the Expression of the SARS-CoV-2 Receptor ACE2 in the Respiratory Tract 2020-06-08, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2020.05.012 PMID:32425701	研究论文	研究揭示了香烟烟雾暴露和炎症信号如何增加呼吸道的SARS-CoV-2受体ACE2的表达	首次展示了香烟烟雾暴露通过剂量依赖性上调ACE2表达，并发现ACE2是肺细胞中的干扰素刺激基因	NA	探讨导致SARS-CoV-2致命感染的因素	香烟烟雾暴露对ACE2表达的影响及炎症信号的作用	NA	呼吸系统疾病	单细胞测序	NA	基因表达数据	涉及啮齿动物和人类肺部样本
1191	2024-08-09	Putative cell type discovery from single-cell gene expression data 2020-06, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-020-0825-9 PMID:32424270	研究论文	本文介绍了一种单细胞聚类评估框架，用于从单细胞RNA测序数据中自动识别潜在的细胞类型	该方法通过迭代应用机器学习方法，同时识别不同的细胞群及其特征基因，提高了细胞类型识别的准确性	NA	开发一种自动识别单细胞RNA测序数据中潜在细胞类型的方法	单细胞RNA测序数据中的细胞类型	机器学习	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	机器学习方法	基因表达数据	一组细胞
1192	2024-08-09	Shared proteomic effects of cerebral atherosclerosis and Alzheimer's disease on the human brain 2020-06, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-020-0635-5 PMID:32424284	研究论文	研究探讨了大脑中的脑动脉粥样硬化与阿尔茨海默病之间的共同蛋白质组效应	发现了脑动脉粥样硬化与阿尔茨海默病之间共享的蛋白质和模块，暗示了共同的病理机制	NA	探究脑动脉粥样硬化如何通过不明过程导致痴呆	大脑中的脑动脉粥样硬化与阿尔茨海默病	数字病理学	阿尔茨海默病	蛋白质组测序，单细胞RNA测序	NA	蛋白质组数据，RNA数据	438名老年个体
1193	2024-08-09	Single-cell RNA sequencing at isoform resolution 2020-06, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-020-0553-9 PMID:32427983	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
1194	2024-08-09	T Cell Receptor Engineered Lymphocytes for Cancer Therapy 2020-06, Current protocols in immunology DOI:10.1002/cpim.97 PMID:32432843	研究论文	本文介绍了利用单细胞测序技术生成、分离和改造具有肿瘤反应性T细胞受体（TCR）的人类T细胞的方法，用于肿瘤治疗。	利用单细胞测序技术简化了肿瘤抗原特异性TCR的分离和表达过程。	该过程比使用嵌合抗原受体（CAR）的替代策略更为复杂。	开发一种新的方法来生成和改造具有肿瘤反应性TCR的人类T细胞，用于肿瘤治疗。	人类T细胞及其T细胞受体（TCR）。	NA	癌症	单细胞测序	NA	NA	NA
1195	2024-08-09	Single-Cell Transcriptomic Analysis of Cardiac Progenitor Differentiation 2020-05-19, Current cardiology reports IF:3.1Q2 DOI:10.1007/s11886-020-01285-2 PMID:32430537	综述	本文综述了利用单细胞转录组分析技术描绘胚胎心脏发育过程中心脏前体细胞（CP）分化的最新进展	首次详细描述了心脏前体细胞在时间和空间分辨率上的分化策略和转录调控，为识别心脏基因调控网络中的关键调节因子和信号分子提供了丰富的资源	NA	总结单细胞转录组分析在描绘胚胎心脏发育，特别是心脏前体细胞分化方面的最新进展	心脏前体细胞的分化过程及其分子调控机制	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	从胚胎第6.5天到第9.5天的多个时间点样本
1196	2024-08-09	Heterogenous Populations of Tissue-Resident CD8+ T Cells Are Generated in Response to Infection and Malignancy 2020-05-19, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2020.04.007 PMID:32433949	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和遗传报告小鼠研究，揭示了组织驻留记忆CD8 T细胞在感染和恶性肿瘤中的异质性。	首次详细描述了肠道抗原特异性CD8 T细胞的不同谱系，包括早期和晚期感染阶段的组织驻留效应细胞和记忆细胞，并探讨了它们在恶性组织中的存在。	NA	研究组织驻留记忆CD8 T细胞在感染和恶性肿瘤中的发展和功能异质性。	组织驻留记忆CD8 T细胞在感染和恶性肿瘤中的不同谱系和功能。	免疫学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
1197	2024-08-09	Distinct Transcriptomic Cell Types and Neural Circuits of the Subiculum and Prosubiculum along the Dorsal-Ventral Axis 2020-05-19, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2020.107648 PMID:32433957	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，识别了海马下托和前下托区域中的27种转录组细胞类型，并基于可靠的转录组标记物定义了这两个区域的精确边界，揭示了它们在分子和解剖结构上的不同神经回路。	首次通过单细胞RNA测序技术详细描述了海马下托和前下托区域的转录组细胞类型及其神经回路，为理解这两个区域在空间处理和认知功能中的作用提供了新的分子和解剖学基础。	NA	揭示海马下托和前下托区域的分子和解剖学特征，以及它们在空间处理和认知功能中的作用。	海马下托和前下托区域的转录组细胞类型及其神经回路。	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	27种转录组细胞类型
1198	2024-08-09	Single cell transcriptomics identifies stem cell-derived graft composition in a model of Parkinson's disease 2020-05-15, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-020-16225-5 PMID:32415072	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）结合全面的组织学分析，研究了人胚胎干细胞（hESCs）和胎儿组织在功能成熟后，在帕金森病（PD）的临床前大鼠模型中的脑内移植组成。	本研究首次揭示了干细胞衍生的移植体中先前未知的细胞多样性，包括类似于最近鉴定的一类周围血管样细胞的细胞类型。	NA	研究细胞替代疗法在帕金森病治疗中的应用，特别是移植细胞的组成和特性。	人胚胎干细胞（hESCs）和胎儿组织的脑内移植组成及其在帕金森病模型中的功能成熟。	数字病理学	帕金森病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	NA
1199	2024-08-09	Single-Cell RNA Sequencing of Hematopoietic Stem and Progenitor Cells Treated with Gemcitabine and Carboplatin 2020-05-14, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes11050549 PMID:32422951	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术分析了接受吉西他滨和卡铂治疗的人类造血干细胞和祖细胞的转录组变化	首次通过单细胞RNA测序技术研究吉西他滨和卡铂对造血干细胞和祖细胞的转录组影响	研究样本仅来自一位慢性髓性白血病患者，可能限制了结果的普遍性	探索吉西他滨和卡铂治疗对人类骨髓转录水平的影响，以实现未来个性化治疗	慢性髓性白血病患者的造血干细胞和祖细胞	数字病理学	白血病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	一位患者
1200	2024-08-09	Exploring dimension-reduced embeddings with Sleepwalk 2020-05, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.251447.119 PMID:32430339	研究论文	本文介绍了一种名为Sleepwalk的工具，用于探索降维嵌入中的局部邻域的忠实度	Sleepwalk工具允许用户通过颜色交互式地探索嵌入，揭示数据中的隐藏特征和降维方法的差异	NA	开发一种工具来评估和探索降维方法的忠实度	降维嵌入方法在处理高维数据时的准确性	生物信息学	NA	RNA-seq	NA	矩阵数据	多个单细胞