单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
101	2024-08-05	SARS-CoV-2 Receptor ACE2 Is an Interferon-Stimulated Gene in Human Airway Epithelial Cells and Is Detected in Specific Cell Subsets across Tissues 2020-05-28, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2020.04.035 PMID:32413319	研究论文	该研究揭示了SARS-CoV-2受体ACE2在特定细胞亚群中的表达及其作为干扰素刺激基因的作用	首次证明ACE2是人类气道上皮细胞中干扰素刺激基因，并在肺、肠以及鼻腔的特定细胞亚群中发现其共表达	研究中未明确ACE2表达调控的具体机制以及在不同个体中的变异	探索SARS-CoV-2的感染机制及ACE2在呼吸道细胞中的功能	使用人类、非人类灵长类动物和小鼠的单细胞RNA测序数据，分析与ACE2相关的细胞亚群	数字病理学	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	使用了人类、非人类灵长类动物和小鼠的多个样本
102	2024-08-05	Novel insights into breast cancer copy number genetic heterogeneity revealed by single-cell genome sequencing 2020-05-13, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.51480 PMID:32401198	研究论文	本文使用单细胞基因组测序全面映射了乳腺癌肿瘤中拷贝数改变异质性的各个方面	提供了乳腺癌肿瘤内非肿瘤细胞的遗传异质性及其对肿瘤基因组的影响的新见解	对拷贝数改变异质性的了解仍然有限	探讨乳腺癌中拷贝数改变的遗传异质性及其临床意义	一组乳腺癌肿瘤样本	数字病理学	乳腺癌	单细胞基因组测序	NA	基因组数据	一组乳腺癌肿瘤样本
103	2024-08-05	Transcriptome Dynamics of Hematopoietic Stem Cell Formation Revealed Using a Combinatorial Runx1 and Ly6a Reporter System 2020-05-12, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2020.03.020 PMID:32302558	研究论文	该文章研究了造血干细胞(HSC)形成的转录组动态，利用组合的Runx1和Ly6a报告系统进行可视化	通过生成Tg(Runx1-mKO2; Ly6a-GFP)双重报告小鼠，首次识别并追踪造血干细胞的发育过程	由于造血干细胞及其前体细胞的稀缺性，可能导致研究样本的局限性	揭示前造血干细胞的出现和成熟过程	研究对象包括前造血干细胞及其相关细胞类型	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	NA	使用了双重报告小鼠的细胞样本
104	2024-08-05	A single-cell survey of Drosophila blood 2020-05-12, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.54818 PMID:32396065	研究论文	该论文利用单细胞RNA测序对果蝇血细胞进行了调查	发现了在不同炎症条件下果蝇血细胞的多样性，并首次揭示了FGF信号在血细胞之间的相互作用中的新角色	目前只集中于果蝇的血细胞种类，结果是否适用于其他物种尚未确定	旨在通过单细胞RNA测序深入理解果蝇血细胞的功能	果蝇幼虫中的血细胞（称为hemocytes）	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
105	2024-08-05	Pooled Knockin Targeting for Genome Engineering of Cellular Immunotherapies 2020-Apr-30, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2020.03.039 PMID:32302591	研究论文	本研究开发了一种技术用于对人类T细胞进行高通量的基因敲入筛选	提出了一种新颖的合并基因组工程技术，可以对大规模非病毒DNA模板进行条形码标记和追踪	未提及具体的样本量和方法的局限性	研究目的在于提高基因改造免疫细胞在癌症免疫治疗中的效果	主要研究对象为经过基因敲入的初级人类T细胞	数字病理学	癌症免疫治疗	CRISPR	NA	细胞转录组数据	数十个独特的条形码模板
106	2024-08-05	Association Analysis of Single-Cell RNA Sequencing and Proteomics Reveals a Vital Role of Ca2+ Signaling in the Determination of Skeletal Muscle Development Potential 2020-04-22, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells9041045 PMID:32331484	研究论文	本研究探讨了特定猪模型中肌肉发育潜力决定机制	首次揭示了Ca2+信号在骨骼肌发育潜力中的重要作用	只使用了特定的猪模型，可能限制了结果的普遍性	探索肌肉生成与脂肪生成之间的稳态机制	瘦型猪和肥胖型猪的肌肉衍生Myo-谱系细胞	数字病理	NA	单细胞RNA测序和蛋白质组学分析	NA	RNA和蛋白质数据	瘦型猪与肥胖型猪的肌肉衍生细胞
107	2024-08-05	Characterizing pancreatic β-cell heterogeneity in the streptozotocin model by single-cell transcriptomic analysis 2020-07, Molecular metabolism IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.molmet.2020.100982 PMID:32247924	研究论文	本研究探索了在链脲佐菌素（STZ）模型下胰岛细胞的分子特征	识别了β细胞在生理和病理条件下的异质性，并未观察到Glut2low向Glut2high的转化	未能发现STZ模型中非β内分泌细胞的转录组变化或α细胞谱系向β细胞谱系的直接转分化途径	重新评估链脲佐菌素（STZ）模型中β细胞的功能和再生	链脲佐菌素处理的小鼠胰腺内分泌细胞	数字病理学	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	2999个细胞
108	2024-08-05	Chloride channels regulate differentiation and barrier functions of the mammalian airway 2020-04-14, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.53085 PMID:32286221	研究论文	本文系统地表征了小鼠气道的发育景观，并确定了在人类胎儿发育过程中操作的高度保守的细胞程序	揭示氯离子通道在哺乳动物气道形成与功能中的重要作用	研究主要基于小鼠模型，可能与人类情况存在差异	探讨气道粘膜屏障的形成和功能的分子事件	小鼠气道的发育和修复机制	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因组数据	NA
109	2024-08-05	Integrating GWAS with bulk and single-cell RNA-sequencing reveals a role for LY86 in the anti-Candida host response 2020-04, PLoS pathogens IF:5.5Q1 DOI:10.1371/journal.ppat.1008408 PMID:32251450	研究论文	该文章探讨了LY86在抗念珠菌宿主反应中的作用	首次揭示LY86与念珠菌易感性之间的潜在新联系	没有明确提到样本量的细节和数据的长期影响	更好地理解抗念珠菌宿主反应	与念珠菌刺激的免疫细胞进行的转录组分析	数字病理学	念珠菌感染	RNA-seq	NA	转录组数据	NA
110	2024-08-05	Cerebro: interactive visualization of scRNA-seq data 2020-04-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btz877 PMID:31764967	研究论文	介绍Cerebro，一款无需生物信息学经验的单细胞转录组数据互动可视化工具	Cerebro提供了一种用户友好的图形界面，允许生物学家不需要生物信息学知识即可直接与数据互动	仅针对已经预处理的单细胞转录组数据，可能限制了其应用范围	旨在为生物学家提供一个可以互动分析单细胞RNA-seq数据的平台	生物学家和生物信息学家使用单细胞转录组数据	数字病理学	NA	RNA-seq	NA	转录组数据	使用了来自公共可用数据集的三个示例
111	2024-08-05	Machine Learning of Single-Cell Transcriptome Highly Identifies mRNA Signature by Comparing F-Score Selection with DGE Analysis 2020-Jun-05, Molecular therapy. Nucleic acids DOI:10.1016/j.omtn.2020.02.004 PMID:32169803	研究论文	本研究开发了一种名为EmPredictor的预测器，以识别人体植入前胚胎发育阶段	提出了使用F-score算法与差异基因表达分析相比较，以识别发育阶段特定标记的创新方法	需高实验成本和较长的实验周期	开发计算方法以识别发育标记的有效基因	人类植入前胚胎发育的关键基因	机器学习	NA	单细胞RNA测序	支持向量机(SVM)	基因表达数据	1,881个基因
112	2024-08-05	Latent periodic process inference from single-cell RNA-seq data 2020-03-18, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-020-15295-9 PMID:32188848	研究论文	本文介绍了一种名为Cyclum的自编码器方法，用于从单细胞RNA测序数据中推断潜在的周期性生物过程	Cyclum显著提高了细胞周期特征化的准确性和稳健性，超越了现有方法	对于周期性过程的准确表征仍然具有挑战性	研究如何从单细胞RNA测序数据中推断生物发育过程中潜在的周期性过程	通过分析不同发育阶段细胞的转录组特征，聚焦于细胞周期的识别	数字病理学	肿瘤异质性	RNA测序	自编码器	transcriptomic 数据	NA
113	2024-08-05	Connect-seq to superimpose molecular on anatomical neural circuit maps 2020-02-25, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.1912176117 PMID:32034095	研究论文	本文描述了一种结合逆行病毒追踪和单细胞转录组学的方法，称为“Connect-seq”，用于揭示特定神经回路中上游神经元的分子身份及其信号分子	Connect-seq方法的创新在于将分子图谱与神经解剖图谱叠加，实现对神经回路功能的分子和遗传学研究	NA	探究小鼠大脑神经回路内个体神经元的身份和功能	小鼠大脑中的下丘脑神经元，尤其是控制对恐惧和压力生理反应的神经元	数字病理	NA	逆行病毒追踪和单细胞转录组学	NA	分子图谱与神经解剖图谱	NA
114	2024-08-05	Metastatic Conditioning of Myeloid Cells at a Subcutaneous Synthetic Niche Reflects Disease Progression and Predicts Therapeutic Outcomes 2020-02-01, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-19-1932 PMID:31662327	研究论文	本研究监测了合成生物材料支架中髓系细胞的转移条件，反映了疾病进展并预测了治疗结果	引入合成转移微环境作为监测肿瘤细胞动态的创新途径	研究主要集中在小鼠模型上，翻译到人类临床应用时可能会存在差异	探讨合成微环境中免疫细胞的表型如何反映转移性疾病的进展及其对治疗的反应	分析植入生物材料支架后，髓系细胞在不同时间点的免疫表型变化	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	组织样本	治疗前后单只小鼠的多个生物材料植入样本
115	2024-08-05	Benchmarking principal component analysis for large-scale single-cell RNA-sequencing 2020-01-20, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-019-1900-3 PMID:31955711	研究论文	本文评估了用于大规模单细胞RNA测序数据集的主成分分析(PCA)算法	提出了基于Krylov子空间和随机奇异值分解的PCA算法的基准评估	未提及特定的局限性	评估现有的快速和内存高效的PCA算法在大规模scRNA-seq数据集中的应用	大规模单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据集	数字病理学	NA	RNA测序	NA	数据集	NA
116	2024-08-05	Single-Cell Analysis Uncovers a Vast Diversity in Intracellular Viral Defective Interfering RNA Content Affecting the Large Cell-to-Cell Heterogeneity in Influenza A Virus Replication 2020-01-07, Viruses DOI:10.3390/v12010071 PMID:31936115	研究论文	本研究探讨了缺陷干扰颗粒（DIP）对流感A病毒复制过程中细胞间变异性的影响	首次揭示了感染细胞中缺陷干扰vRNA含量的显著细胞间异质性及其对病毒释放的影响	未明确探讨不同DIP类型对细胞间变异性的具体作用	研究缺陷干扰颗粒在流感A病毒复制中的作用及其对细胞间异质性的影响	流感A病毒感染的细胞及其内部缺陷干扰RNA含量	病毒学	流感	单细胞RNA测序, 逆转录聚合酶链反应	NA	RNA	使用细胞样本进行分析，具体样本数量未说明
117	2024-08-05	Expression profiling of single cells and patient cohorts identifies multiple immunosuppressive pathways and an altered NK cell phenotype in glioblastoma 2020-04, Clinical and experimental immunology IF:3.4Q3 DOI:10.1111/cei.13403 PMID:31784984	研究论文	本研究通过单细胞和患者队列的表达分析，识别了胶质母细胞瘤中的多条免疫抑制通路和改变的NK细胞表型	通过结合NK细胞功能试验及基因和蛋白表达分析，深入探讨了胶质母细胞瘤的免疫微环境和细胞反应	未提供关于研究样本的详细信息，以及可能的个体变异性	研究胶质母细胞瘤中的免疫逃逸机制及其对免疫疗法的反应	胶质母细胞瘤患者的NK细胞及其在肿瘤微环境中的表现	数字病理学	胶质母细胞瘤	单细胞转录组学	NA	转录组数据	研究涉及患者队列的转录组数据，具体样本量未明确
118	2024-08-05	Functionally Diverse Inflammatory Responses in Peripheral and Liver Monocytes in Alcohol-Associated Hepatitis 2020-Oct, Hepatology communications IF:5.6Q1 DOI:10.1002/hep4.1563 PMID:33024916	研究论文	本研究探讨了酒精相关肝炎中外周和肝脏单核细胞的功能多样性炎症反应	揭示了在酒精相关肝炎中不同单核细胞亚群对炎症反应的不同表达特征	研究可能未考虑其他慢性肝病与酒精相关肝炎的比较	研究酒精相关肝炎中单核细胞的炎症反应机制	酒精相关肝炎患者和健康对照的外周血单核细胞	数字病理学	肝炎	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	酒精相关肝炎患者和健康对照的外周血单核细胞
119	2024-08-05	Heterogeneous groups of alveolar type II cells in lung homeostasis and repair 2020-12-01, American journal of physiology. Cell physiology DOI:10.1152/ajpcell.00341.2020 PMID:32903031	mini review	本文讨论了不同亚群的肺泡II型细胞及其在稳态、损伤后和病理条件下的功能	发现了不同亚型的肺泡II型细胞具有不同的自我更新和分化能力	研究未深入探讨所有可能的AT2细胞亚群及其功能	探讨肺泡II型细胞在肺部稳态和修复中的作用及其异质性	肺泡II型细胞的不同亚群及其在不同环境中的功能	数字病理	肺癌	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	NA	NA
120	2024-08-05	Complex Autoinflammatory Syndrome Unveils Fundamental Principles of JAK1 Kinase Transcriptional and Biochemical Function 2020-09-15, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2020.07.006 PMID:32750333	研究论文	本文描述了一种患者的罕见自炎症综合症及其与JAK1激酶突变的关联	提出了突变'转录型'的概念，展示了S703I突变的独特功能	研究主要基于单个病例，缺乏更大样本的验证	探索JAK1在自炎症疾病中的转录和生化功能	一名因JAK1突变出现多脏器免疫失调的患者	数字病理学	自炎症疾病	单细胞RNA测序	NA	NA	1名患者