单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1101	2024-08-09	Reconstruction of cell spatial organization from single-cell RNA sequencing data based on ligand-receptor mediated self-assembly 2020-09, Cell research IF:28.1Q1 DOI:10.1038/s41422-020-0353-2 PMID:32541867	研究论文	本文介绍了一种基于配体-受体介导的自组装方法，从单细胞RNA测序数据中重建细胞空间组织结构的计算工具CSOmap	CSOmap能够从scRNA-seq数据中推断细胞间的相互作用，并成功重现人类和小鼠多个器官的空间组织结构，包括肿瘤微环境	NA	开发一种新的计算工具，用于从单细胞RNA测序数据中重建细胞空间组织	细胞空间组织结构及其在肿瘤微环境中的相互作用	生物信息学	肿瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	涉及人类和小鼠的多个器官及肿瘤微环境
1102	2024-08-09	A pan-cancer blueprint of the heterogeneous tumor microenvironment revealed by single-cell profiling 2020-09, Cell research IF:28.1Q1 DOI:10.1038/s41422-020-0355-0 PMID:32561858	研究论文	本文通过单细胞测序技术分析了来自肺、结直肠、卵巢和乳腺癌患者的233,591个单细胞，构建了一个泛癌种的肿瘤微环境基质细胞异质性蓝图	首次构建了一个泛癌种的肿瘤微环境基质细胞异质性蓝图，并展示了其如何指导解释单细胞RNA测序数据	NA	探究不同器官癌症中肿瘤微环境基质细胞异质性的相似程度	肺、结直肠、卵巢和乳腺癌患者的肿瘤微环境基质细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序和蛋白质测序	NA	单细胞数据	36名患者，共233,591个单细胞
1103	2024-08-09	Discordance between GLP-1R gene and protein expression in mouse pancreatic islet cells 2020-08-14, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1074/jbc.RA120.014368 PMID:32554468	研究论文	研究探讨了小鼠胰岛β细胞中GLP-1R基因与蛋白表达的不一致性及其在代谢应激下的变化	首次揭示了GLP-1R在小鼠胰岛β细胞中的表达异质性，并发现代谢应激对GLP-1R阳性β细胞数量的影响	研究结果表明单细胞RNA测序数据在解释低丰度转录本如肠促胰岛素受体时需谨慎	探究GLP-1R在胰岛β细胞中的表达模式及其在代谢应激下的变化	小鼠胰岛α细胞、β细胞和δ细胞中的GLP-1R基因与蛋白表达	NA	糖尿病	单细胞RNA测序（scRNASeq）、流式细胞术（FACS）、定量RT-PCR、流式细胞仪	NA	RNA序列数据	涉及小鼠和人类的β细胞样本
1104	2024-08-09	The Mincle/Syk/NF-κB Signaling Circuit Is Essential for Maintaining the Protumoral Activities of Tumor-Associated Macrophages 2020-08, Cancer immunology research IF:8.1Q1 DOI:10.1158/2326-6066.CIR-19-0782 PMID:32532809	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了模式识别受体Mincle在肿瘤相关巨噬细胞（TAM）中的高表达，并发现Mincle/Syk/NF-κB信号通路对维持TAM的促肿瘤活性至关重要。	发现了Mincle/Syk/NF-κB信号通路在TAM中的新机制，并证明了通过沉默Mincle可以抑制TAM驱动的癌症进展。	NA	探讨肿瘤相关巨噬细胞中的信号通路及其在癌症进展中的作用。	肿瘤相关巨噬细胞（TAM）及其在癌症中的作用。	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及非小细胞肺癌患者和NOD/SCID小鼠模型。
1105	2024-08-09	IL-23 Promotes a Coordinated B Cell Germinal Center Program for Class-Switch Recombination to IgG2b in BXD2 Mice 2020-07-15, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.4049/jimmunol.2000280 PMID:32554431	研究论文	本研究探讨了IL-23在BXD2小鼠中促进B细胞生发中心程序和IgG2b类别转换重组的作用	发现IL-23在BXD2小鼠中通过促进Tfh-IL-17细胞的形成，间接影响生发中心B细胞的类别转换重组相关基因表达	NA	研究IL-23在B细胞生发中心程序和类别转换重组中的作用	BXD2小鼠中的IL-23和B细胞生发中心	免疫学	自身免疫疾病	单细胞转录组学分析	NA	基因表达数据	BXD2和BXD2-小鼠的生发中心B细胞
1106	2024-08-09	Hedgehog-FGF signaling axis patterns anterior mesoderm during gastrulation 2020-07-07, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.1914167117 PMID:32561646	研究论文	本研究利用单细胞技术探究胚胎发育过程中前部中胚层的模式化缺陷，并定义了 Hedgehog (Hh)-纤维母细胞生长因子 (FGF) 信号轴在原肠胚形成期间对前部中胚层谱系发育的必要性	本研究首次揭示了 Hh-FGF 信号轴在原肠胚形成期间对前部中胚层模式化的重要作用，并通过单细胞转录组分析详细阐明了其分子机制	NA	探究胚胎发育过程中前部中胚层的模式化机制	前部中胚层在原肠胚形成期间的发育	发育生物学	NA	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	Hh 缺陷中胚层的单细胞样本
1107	2024-08-09	Integrative multi-omics analysis of a colon cancer cell line with heterogeneous Wnt activity revealed RUNX2 as an epigenetic regulator of EMT 2020-07, Oncogene IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41388-020-1351-z PMID:32535615	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和多组学分析，揭示了结肠癌细胞系中异质性Wnt活性的细胞群体，并发现RUNX2作为EMT的表观遗传调控因子	首次揭示了RUNX2作为结肠癌细胞中EMT异质性的关键表观遗传调控因子，并验证了其在体外和体内的EMT增强效应	NA	探究结肠癌细胞中EMT异质性的表观遗传驱动因素	结肠癌细胞系中的异质性Wnt活性细胞群体	数字病理学	结肠癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	两个具有正相关Wnt活性和EMT状态的不同细胞群体
1108	2024-08-09	Sequencing of RNA in single cells reveals a distinct transcriptome signature of hematopoiesis in GATA2 deficiency 2020-06-23, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2019001352 PMID:32556286	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了GATA2缺陷患者造血干细胞和祖细胞的独特转录组特征	首次通过单细胞RNA测序技术，详细描述了GATA2缺陷患者造血干细胞和祖细胞的转录组特征，并揭示了其与正常细胞的差异	研究样本量较小，仅涉及8名患者，可能影响结果的普遍性	探讨GATA2缺陷患者造血干细胞和祖细胞的转录组特征及其与临床表型的关系	GATA2缺陷患者的造血干细胞和祖细胞	数字病理学	血液系统疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	8名患者
1109	2024-08-09	New Classification of Macrophages in Plaques: a Revolution 2020-06-18, Current atherosclerosis reports IF:5.7Q1 DOI:10.1007/s11883-020-00850-y PMID:32556603	综述	本文综述了通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）发现的动脉粥样硬化斑块中巨噬细胞的转录变异，以更好地理解它们对动脉粥样硬化的贡献	scRNA-seq提供了更详细的动脉粥样硬化中巨噬细胞的转录图谱，挑战了传统观点	NA	通过分析巨噬细胞在动脉粥样硬化中的转录变异，理解其在疾病发展中的作用	巨噬细胞在动脉粥样硬化斑块中的转录变异	NA	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	使用了GSE97310数据集中的LDLR-/-小鼠，喂食高脂饮食11和20周的巨噬细胞样本
1110	2024-08-09	Disseminated Melanoma Cells Transdifferentiate into Endothelial Cells in Intravascular Niches at Metastatic Sites 2020-06-16, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2020.107765 PMID:32553158	研究论文	本文通过结合自发转移性黑色素瘤小鼠模型的谱系追踪、高级成像和单细胞RNA测序方法，研究了黑色素瘤细胞在转移部位血管内微环境中的表型变化	首次提供了黑色素瘤细胞在体内直接转化为内皮细胞的证据，并在多个模型和人类样本中验证了这一发现	NA	探索肿瘤细胞可塑性在治疗失败、肿瘤休眠和转移扩散中的作用	黑色素瘤细胞在转移部位的表型变化	数字病理学	黑色素瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	多个小鼠模型和人类肺、脑、小肠的BRAF转移性活检样本
1111	2024-08-09	Thermogenic adipocytes: lineage, function and therapeutic potential 2020-06-12, The Biochemical journal DOI:10.1042/BCJ20200298 PMID:32539124	综述	本文综述了脂肪细胞的谱系、功能及其在治疗上的潜力	利用单细胞RNA测序结合谱系追踪、转录组和蛋白质组分析，发现了新的脂肪细胞前体细胞，这些细胞能产生具有多种功能的特殊脂肪细胞，其中一些具有潜在的治疗应用价值	NA	探讨脂肪细胞在整体生物能量稳态中的作用及其治疗潜力	脂肪细胞及其前体细胞	NA	肥胖及相关代谢综合征	单细胞RNA测序	NA	转录组和蛋白质组数据	NA
1112	2024-08-09	Establishment and transcriptomic analyses of a cattle rumen epithelial primary cells (REPC) culture by bulk and single-cell RNA sequencing to elucidate interactions of butyrate and rumen development 2020-Jun, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2020.e04112 PMID:32551379	研究论文	本文通过批量和单细胞RNA测序技术，建立并分析了牛瘤胃上皮原代细胞（REPC）培养物，以阐明丁酸盐与瘤胃发育的相互作用	首次通过批量和单细胞RNA测序技术，详细分析了丁酸盐对瘤胃上皮细胞基因表达的影响及其在瘤胃发育中的作用机制	NA	研究丁酸盐在瘤胃上皮细胞发育中的作用及其分子机制	牛瘤胃上皮原代细胞（REPC）及丁酸盐对其基因表达的影响	NA	NA	批量和单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	来自两周龄荷斯坦公牛瘤胃上皮组织的REPC
1113	2024-08-09	Coexpression enrichment analysis at the single-cell level reveals convergent defects in neural progenitor cells and their cell-type transitions in neurodevelopmental disorders 2020-06, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.254987.119 PMID:32554779	研究论文	本文通过整合神经发育障碍（NDD）遗传学与单细胞RNA测序数据，分析了不同NDD基因集的共表达富集模式，揭示了神经前体细胞及其细胞类型转换在神经发育障碍中的关键作用。	本文首次在单细胞水平上进行共表达富集分析，揭示了神经前体细胞发育过程中的关键点，为理解神经发育障碍的细胞类型特异性病理生理机制提供了新框架。	NA	研究神经发育障碍中基因在不同脑细胞类型中的作用，并探索其对NDD病理的贡献。	神经前体细胞及其在神经发育障碍中的细胞类型转换。	数字病理学	神经发育障碍	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
1114	2024-08-09	Increased Connexin36 Phosphorylation in AII Amacrine Cell Coupling of the Mouse Myopic Retina 2020, Frontiers in cellular neuroscience IF:4.2Q2 DOI:10.3389/fncel.2020.00124 PMID:32547367	研究论文	本研究使用形態剝奪性近視小鼠模型，評估了連接蛋白36在AII無長突細胞中的表達模式和磷酸化狀態，以探討近視視網膜中信號傳輸的調節機制。	本研究首次發現近視視網膜中AII無長突細胞的連接蛋白36磷酸化水平增加，可能是對信號狀態改變的一種適應性調整。	本研究僅使用了形態剝奪性近視小鼠模型，未涵蓋其他類型的近視模型，可能影響結果的普遍性。	探討近視視網膜中信號傳輸的細胞和機制，以及連接蛋白36在其中的作用。	AII無長突細胞中的連接蛋白36及其磷酸化狀態。	NA	近視	單細胞RNA測序	NA	RNA	形態剝奪性近視小鼠模型
1115	2024-08-09	Ligand-receptor interaction atlas within and between tumor cells and T cells in lung adenocarcinoma 2020, International journal of biological sciences IF:8.2Q1 DOI:10.7150/ijbs.42080 PMID:32549766	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序和基因表达数据，分析了肺腺癌中肿瘤细胞与T细胞之间的配体-受体相互作用，并构建了一个基于这些相互作用的机器学习模型来预测肺腺癌患者的预后。	首次系统地分析了肺腺癌中肿瘤细胞与T细胞之间的配体-受体相互作用，并构建了一个有效的机器学习模型来预测患者的预后。	NA	揭示肺腺癌中肿瘤细胞与T细胞之间的功能性相互作用，并探索这些相互作用对肿瘤微环境及癌症进展的潜在机制。	肺腺癌患者的肿瘤细胞、上皮细胞和T细胞。	数字病理学	肺腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	机器学习模型	基因表达数据	39,692个细胞
1116	2024-08-09	Single-cell RNA analysis on ACE2 expression provides insights into SARS-CoV-2 potential entry into the bloodstream and heart injury 2020-12, Journal of cellular physiology IF:4.5Q1 DOI:10.1002/jcp.29802 PMID:32510598	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序数据，分析了健康和纤维化肺部以及正常和衰竭成人心脏中ACE2的细胞类型特异性表达，探讨了SARS-CoV-2通过血液进入心脏的可能性及其对心脏损伤的影响。	首次揭示了纤维化肺部中ACE2主要在动脉血管细胞中表达，为SARS-CoV-2通过血液传播提供了可能途径，并发现衰竭心脏中ACE2表达的 cardiomyocytes 比例较高，提示SARS-CoV-2可能通过血液攻击心脏细胞。	NA	探讨SARS-CoV-2如何从肺部传播到其他器官，特别是通过血液进入心脏的可能性及其对心脏损伤的影响。	健康和纤维化肺部、正常和衰竭成人心脏中的ACE2表达。	数字病理学	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	健康和纤维化肺部、正常和衰竭成人心脏的细胞样本
1117	2024-08-09	Single-cell transcriptomic architecture and intercellular crosstalk of human intrahepatic cholangiocarcinoma 2020-11, Journal of hepatology IF:26.8Q1 DOI:10.1016/j.jhep.2020.05.039 PMID:32505533	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了8个人类肝内胆管癌（ICC）及其邻近样本的细胞，揭示了ICC的转录组全景和细胞间通信网络。	研究首次详细描述了人类ICC的单细胞转录组结构和细胞间对话，特别是发现了肿瘤相关成纤维细胞（vCAFs）与ICC细胞之间的相互作用。	研究主要集中在细胞水平的分析，未来研究可能需要进一步的功能性实验来验证这些发现的生物学意义。	阐明驱动肝内胆管癌进展的机制，并开发治疗策略。	人类肝内胆管癌及其邻近组织的细胞。	数字病理学	肝内胆管癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	56,871个单细胞
1118	2024-08-09	Macrophage Subpopulation Dynamics Shift following Intravenous Infusion of Mesenchymal Stromal Cells 2020-09-02, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2020.05.022 PMID:32531238	研究论文	本文研究了静脉注射间充质基质细胞（MSCs）后巨噬细胞亚群动态变化及其对伤口愈合的影响	首次揭示了MSCs通过系统性影响巨噬细胞亚群，促进伤口愈合的机制，而不需要MSCs直接作用于局部	NA	探讨MSCs静脉注射后对巨噬细胞亚群的影响及其在伤口愈合中的作用	间充质基质细胞（MSCs）和巨噬细胞亚群	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
1119	2024-08-09	Bulk and single-cell gene expression analyses reveal aging human choriocapillaris has pro-inflammatory phenotype 2020-09, Microvascular research IF:2.9Q2 DOI:10.1016/j.mvr.2020.104031 PMID:32531351	研究论文	本研究通过批量和单细胞RNA测序分析了婴儿和成人供体的脉络膜基因表达，揭示了随着年龄增长，人类脉络膜出现促炎表型的现象。	本研究首次结合批量和单细胞RNA测序技术，详细分析了不同年龄段脉络膜基因表达的变化，特别是在单细胞水平上观察到了脉络膜内皮细胞中特定基因的差异表达。	研究样本量较小，可能影响结果的普遍性和可靠性。	探究年龄相关性黄斑变性（AMD）中脉络膜血管的结构和基因表达变化。	婴儿和成人供体的脉络膜。	数字病理学	年龄相关性黄斑变性	RNA测序	NA	基因表达数据	批量实验中婴儿4例，成人13例；单细胞实验中婴儿2例，成人6例。
1120	2024-08-09	Single-Cell RNA Sequencing of Human, Macaque, and Mouse Testes Uncovers Conserved and Divergent Features of Mammalian Spermatogenesis 2020-08-24, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2020.05.010 PMID:32504559	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术，比较了人、猕猴和鼠的睾丸中主要生殖细胞和体细胞类型的转录特征，揭示了哺乳动物精子发生过程中的保守和差异特征	首次在人、猕猴和鼠中使用单细胞RNA测序技术，系统比较了精子发生过程中的转录特征，为理解灵长类生殖细胞发育和体外配子发生提供了丰富的数据基础	NA	探讨人、猕猴和鼠在精子发生过程中的分子标记和细胞状态的保守性和差异性	人、猕猴和鼠的睾丸中的生殖细胞和体细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	人、猕猴和鼠的睾丸样本