单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 1659 篇文献，本页显示第 1081 - 1100 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1081 | 2024-08-09 |
FGFR4 regulates tumor subtype differentiation in luminal breast cancer and metastatic disease
2020-09-01, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI130323
PMID:32573490
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研究论文 | 本文研究了FGFR4在腔内乳腺癌和转移性疾病中调控肿瘤亚型分化的机制 | 首次提出FGFR4参与腔内A型乳腺癌向HER2富集型亚型转移的亚型转换，并开发了两种FGFR4基因组签名 | 研究主要基于患者来源的异种移植模型和METABRIC乳腺癌队列，可能需要更多临床数据验证 | 探索FGFR4在乳腺癌亚型转换和转移中的作用，为治疗提供新策略 | 腔内A型乳腺癌及其HER2富集型亚型转移 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 基因表达分析，单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 77对原发肿瘤及其转移瘤样本 |
| 1082 | 2024-08-09 |
Integrating spatial gene expression and breast tumour morphology via deep learning
2020-08, Nature biomedical engineering
IF:26.8Q1
DOI:10.1038/s41551-020-0578-x
PMID:32572199
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研究论文 | 本文开发了一种深度学习算法，用于从苏木精-伊红染色的组织病理学图像预测局部基因表达 | 利用空间转录组学数据与组织病理学图像匹配，预测了100多种基因的表达，包括已知的乳腺癌生物标志物 | NA | 探索通过组织病理学图像预测空间解析的转录组的可能性 | 乳腺癌患者的组织病理学图像和空间解析的基因表达数据 | 机器学习 | 乳腺癌 | 深度学习 | 深度学习算法 | 图像 | 30,612个空间解析的基因表达数据与23名乳腺癌患者的组织病理学图像 |
| 1083 | 2024-08-09 |
COVID-19 severity correlates with airway epithelium-immune cell interactions identified by single-cell analysis
2020-08, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-020-0602-4
PMID:32591762
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析鼻咽和支气管样本，研究COVID-19严重程度与气道上皮细胞-免疫细胞相互作用的关系 | 首次揭示了COVID-19患者中气道上皮细胞与免疫细胞之间相互作用的增强，并提出了可能的药物抑制途径 | 样本量相对较小，且仅包括中度和危重病例 | 探究COVID-19严重程度相关的免疫反应和机制 | COVID-19患者的鼻咽和支气管样本 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 19名中度或危重COVID-19患者及5名健康对照 |
| 1084 | 2024-08-09 |
Solo: Doublet Identification in Single-Cell RNA-Seq via Semi-Supervised Deep Learning
2020-07-22, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2020.05.010
PMID:32592658
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Solo的半监督深度学习方法，用于在单细胞RNA测序（scRNA-seq）中识别双细胞 | Solo方法通过使用变分自编码器进行无监督嵌入，并添加前馈神经网络层形成监督分类器，提高了双细胞识别的准确性 | NA | 开发一种新的方法来提高单细胞RNA测序中双细胞识别的准确性 | 单细胞RNA测序数据中的双细胞 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 变分自编码器（VAE）和前馈神经网络 | 基因表达数据 | NA |
| 1085 | 2024-08-09 |
Single-cell sequencing of genomic DNA resolves sub-clonal heterogeneity in a melanoma cell line
2020-06-25, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-020-1044-8
PMID:32587328
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研究论文 | 本文通过浅层单细胞基因组DNA测序分析了COLO829细胞系中的亚克隆异质性 | 使用浅层单细胞测序技术揭示了COLO829细胞系中的亚克隆结构和染色体异常模式 | NA | 评估和解析COLO829细胞系中的体细胞变异和亚克隆复杂性 | COLO829细胞系中的1475个细胞 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞测序 | NA | 基因组DNA | 1475个细胞 |
| 1086 | 2024-08-09 |
Single-cell transcriptome and antigen-immunoglobin analysis reveals the diversity of B cells in non-small cell lung cancer
2020-06-24, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-020-02064-6
PMID:32580738
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组和抗原-免疫球蛋白分析，揭示了非小细胞肺癌中B细胞的多样性及其功能 | 首次详细描述了非小细胞肺癌中肿瘤浸润B细胞的亚型及其在疾病进展中的不同功能 | 研究仅基于两个独立队列的样本，可能需要更多样本以验证结果的普遍性 | 探讨非小细胞肺癌中B细胞的多样性及其在肿瘤微环境中的作用 | 非小细胞肺癌患者的肿瘤组织样本中的B细胞 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 两个独立队列的肿瘤组织样本 |
| 1087 | 2024-08-09 |
Transcriptional output, cell-type densities, and normalization in spatial transcriptomics
2020-06-23, Journal of molecular cell biology
IF:5.3Q2
DOI:10.1093/jmcb/mjaa028
PMID:32573704
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1088 | 2024-08-09 |
NeuroD1 Dictates Tumor Cell Differentiation in Medulloblastoma
2020-06-23, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2020.107782
PMID:32579914
|
研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序研究了髓母细胞瘤（MB）细胞的分化能力，并探讨了NeuroD1在促进MB细胞分化中的作用及其分子机制。 | 首次揭示了NeuroD1在髓母细胞瘤细胞分化中的关键作用，并提出了通过抑制EZH2来增强NeuroD1表达以促进肿瘤细胞分化的治疗策略。 | NA | 探讨髓母细胞瘤细胞的分化机制及其在治疗中的应用。 | 髓母细胞瘤细胞及其分化能力。 | 数字病理学 | 髓母细胞瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 1089 | 2024-08-09 |
Single-Cell Profiling and SCOPE-Seq Reveal Lineage Dynamics of Adult Ventricular-Subventricular Zone Neurogenesis and NOTUM as a Key Regulator
2020-06-23, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2020.107805
PMID:32579931
|
研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术研究了成年室管膜下区神经发生的过程，并揭示了NOTUM作为关键调节因子的作用 | 首次使用SCOPE-Seq技术结合活细胞成像和单细胞RNA测序，揭示了细胞大小转换在神经干细胞分化中的作用，并发现了NOTUM在神经干细胞激活中的关键调节作用 | NA | 研究成年室管膜下区神经发生的动态过程及其分子机制 | 成年室管膜下区的神经干细胞及其产生的嗅球神经元和胶质细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 细胞 | 超过56,000个室管膜下区和嗅球细胞 |
| 1090 | 2024-08-09 |
An entropy-based metric for assessing the purity of single cell populations
2020-06-22, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-16904-3
PMID:32572028
|
研究论文 | 本文介绍了一种基于熵的统计量ROGUE，用于准确量化单细胞RNA测序（scRNA-seq）中识别的细胞簇的纯度 | 提出了ROGUE指标，能够准确、敏感且稳健地评估细胞簇纯度，并应用于多种模拟和真实数据集 | NA | 开发一种新的方法来评估单细胞RNA测序数据中细胞簇的纯度 | 单细胞RNA测序数据中的细胞簇纯度 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 数据 | 多种模拟和真实数据集，包括成纤维细胞、B细胞和脑数据 |
| 1091 | 2024-08-09 |
scClassify: sample size estimation and multiscale classification of cells using single and multiple reference
2020-06, Molecular systems biology
IF:8.5Q1
DOI:10.15252/msb.20199389
PMID:32567229
|
研究论文 | 本文介绍了一种基于集成学习和细胞类型层次结构的多尺度分类框架scClassify，用于单细胞RNA测序数据的自动化细胞类型识别 | scClassify能够估计细胞类型分类所需的样本量，并允许在多个参考数据可用时进行联合分类 | NA | 开发一种新的方法用于单细胞RNA测序数据的自动化细胞类型识别 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 集成学习 | 单细胞RNA测序数据 | 涉及114对参考和测试数据，代表了不同大小、技术和复杂程度 |
| 1092 | 2024-08-09 |
Cathepsin S and Protease-Activated Receptor-2 Drive Alloimmunity and Immune Regulation in Kidney Allograft Rejection
2020, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2020.00398
PMID:32582696
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研究论文 | 本文探讨了组织蛋白酶S（Cat-S）和蛋白酶激活受体-2（PAR-2）在肾脏同种异体移植排斥中的作用 | 通过单细胞RNA测序和免疫染色证实了Cat-S在肾脏同种异体移植中的表达，并发现Cat-S抑制可以显著保护同种异体移植免受炎症和血管炎的影响 | 研究主要基于小鼠模型，需要进一步的人体研究来验证这些发现 | 研究Cat-S和PAR-2在肾脏同种异体移植排斥中的作用及其机制 | 组织蛋白酶S、蛋白酶激活受体-2、肾脏同种异体移植 | NA | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序、免疫染色 | NA | RNA | 涉及小鼠和人类肾脏同种异体移植样本 |
| 1093 | 2024-08-09 |
Single-cell genomic analysis of human cerebral organoids
2020, Methods in cell biology
DOI:10.1016/bs.mcb.2020.03.013
PMID:32586444
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研究论文 | 本文描述了如何从人类脑类器官的同一悬浮细胞群中生成单细胞RNA测序和ATAC测序数据，并重点介绍了通过在一个实验中多重化多个个体来减少批次效应的方法。 | 利用干细胞衍生的三维细胞培养系统（脑类器官）来模拟早期大脑发育，并结合单细胞转录组和调控景观分析，以高分辨率理解细胞类型特异性特征和发育中的瞬态状态。 | NA | 研究患者特异性大脑发育，并理解细胞类型特异性特征和发育中的瞬态状态及其调控逻辑。 | 人类脑类器官中的单细胞转录组和调控景观。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序，ATAC测序 | NA | 转录组数据，染色质可及性数据 | 多个个体 |
| 1094 | 2024-08-09 |
Virus strain from a mild COVID-19 patient in Hangzhou represents a new trend in SARS-CoV-2 evolution potentially related to Furin cleavage site
2020-Dec, Emerging microbes & infections
IF:8.4Q1
DOI:10.1080/22221751.2020.1781551
PMID:32543348
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研究论文 | 研究分析了SARS-CoV-2病毒基因组在COVID-19传播过程中的突变情况，特别是从杭州一名轻症患者中分离出的ZJ01株，并探讨了Furin切割位点在病毒进化中的作用 | 发现了ZJ01株可能代表SARS-CoV-2的一个潜在进化分支，并首次详细分析了Furin切割位点在病毒进化中的重要性 | NA | 探索SARS-CoV-2病毒在COVID-19传播过程中的基因突变机制及其对病毒进化的影响 | SARS-CoV-2病毒基因组突变及其进化 | 分子生物学 | COVID-19 | 单细胞测序 | NA | 基因序列 | 788名COVID-19患者 |
| 1095 | 2024-08-09 |
Single-cell genomics and spatial transcriptomics: Discovery of novel cell states and cellular interactions in liver physiology and disease biology
2020-11, Journal of hepatology
IF:26.8Q1
DOI:10.1016/j.jhep.2020.06.004
PMID:32534107
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综述 | 本文综述了单细胞基因组学和空间转录组学在肝脏生理和疾病生物学中的应用，强调了这些方法在揭示新的细胞状态和细胞间相互作用方面的最新发现和见解。 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组学技术使得能够在单细胞或空间层面研究转录活性，揭示了正常和疾病肝脏中先前未知的细胞类型和亚型，并通过添加空间信息，深化了对组织功能组织和细胞间相互作用的理解。 | NA | 探讨单细胞RNA测序和空间转录组学在肝脏生理和疾病生物学中的应用，以及这些技术如何帮助发现新的细胞状态和细胞间相互作用。 | 肝脏生理和疾病生物学中的细胞类型、亚型及其相互作用。 | 基因组学 | 肝脏疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 1096 | 2024-08-09 |
Single-Cell Genomics and Epigenomics: Technologies and Applications in Plants
2020-10, Trends in plant science
IF:17.3Q1
DOI:10.1016/j.tplants.2020.04.016
PMID:32532595
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研究论文 | 本文综述了单细胞基因组学和表观基因组学技术及其在植物生物学中的应用 | 介绍了单细胞测序技术在基因组学和表观基因组学领域的最新进展，这些技术能够解析细胞异质性，为多生物过程提供新的研究途径 | 传统的批量分析方法通过提供平均信息来稀释细胞特异性信息，从而限制了基因组学和功能基因组学研究的分辨率 | 探讨单细胞基因组学和表观基因组学技术在植物生物学中的应用及其潜在意义和未来展望 | 植物生物学中的细胞异质性和多生物过程 | 基因组学 | NA | 单细胞测序技术 | NA | 基因组和表观基因组数据 | NA |
| 1097 | 2024-08-09 |
Mapping developmental trajectories and subtype diversity of normal and glaucomatous human retinal ganglion cells by single-cell transcriptome analysis
2020-10-01, Stem cells (Dayton, Ohio)
DOI:10.1002/stem.3238
PMID:32557945
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析，研究了正常和青光眼患者视网膜神经节细胞（RGCs）的发育轨迹和亚型多样性 | 使用疾病模型干细胞研究RGCs对青光眼退化的发育易感性，并分析了SIX6风险等位基因对RGCs发育和亚型组成的影响 | 目前尚未提及 | 探讨RGCs对青光眼退化的发育易感性，为治疗策略的制定提供信息 | 正常和青光眼患者的视网膜神经节细胞（RGCs） | 数字病理学 | 青光眼 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组 | 特定于SIX6风险等位基因的青光眼患者和对照组的hRGCs样本 |
| 1098 | 2024-08-09 |
Reconstruction of cell spatial organization from single-cell RNA sequencing data based on ligand-receptor mediated self-assembly
2020-09, Cell research
IF:28.1Q1
DOI:10.1038/s41422-020-0353-2
PMID:32541867
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研究论文 | 本文介绍了一种基于配体-受体介导的自组装方法，从单细胞RNA测序数据中重建细胞空间组织结构的计算工具CSOmap | CSOmap能够从scRNA-seq数据中推断细胞间的相互作用，并成功重现人类和小鼠多个器官的空间组织结构，包括肿瘤微环境 | NA | 开发一种新的计算工具，用于从单细胞RNA测序数据中重建细胞空间组织 | 细胞空间组织结构及其在肿瘤微环境中的相互作用 | 生物信息学 | 肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 涉及人类和小鼠的多个器官及肿瘤微环境 |
| 1099 | 2024-08-09 |
A pan-cancer blueprint of the heterogeneous tumor microenvironment revealed by single-cell profiling
2020-09, Cell research
IF:28.1Q1
DOI:10.1038/s41422-020-0355-0
PMID:32561858
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研究论文 | 本文通过单细胞测序技术分析了来自肺、结直肠、卵巢和乳腺癌患者的233,591个单细胞，构建了一个泛癌种的肿瘤微环境基质细胞异质性蓝图 | 首次构建了一个泛癌种的肿瘤微环境基质细胞异质性蓝图，并展示了其如何指导解释单细胞RNA测序数据 | NA | 探究不同器官癌症中肿瘤微环境基质细胞异质性的相似程度 | 肺、结直肠、卵巢和乳腺癌患者的肿瘤微环境基质细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序和蛋白质测序 | NA | 单细胞数据 | 36名患者，共233,591个单细胞 |
| 1100 | 2024-08-09 |
Discordance between GLP-1R gene and protein expression in mouse pancreatic islet cells
2020-08-14, The Journal of biological chemistry
IF:4.0Q2
DOI:10.1074/jbc.RA120.014368
PMID:32554468
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研究论文 | 研究探讨了小鼠胰岛β细胞中GLP-1R基因与蛋白表达的不一致性及其在代谢应激下的变化 | 首次揭示了GLP-1R在小鼠胰岛β细胞中的表达异质性，并发现代谢应激对GLP-1R阳性β细胞数量的影响 | 研究结果表明单细胞RNA测序数据在解释低丰度转录本如肠促胰岛素受体时需谨慎 | 探究GLP-1R在胰岛β细胞中的表达模式及其在代谢应激下的变化 | 小鼠胰岛α细胞、β细胞和δ细胞中的GLP-1R基因与蛋白表达 | NA | 糖尿病 | 单细胞RNA测序（scRNASeq）、流式细胞术（FACS）、定量RT-PCR、流式细胞仪 | NA | RNA序列数据 | 涉及小鼠和人类的β细胞样本 |