单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1041	2024-08-09	The liver fibrosis niche: Novel insights into the interplay between fibrosis-composing mesenchymal cells, immune cells, endothelial cells, and extracellular matrix 2020-Sep, Food and chemical toxicology : an international journal published for the British Industrial Biological Research Association IF:3.9Q1 DOI:10.1016/j.fct.2020.111556 PMID:32640349	研究论文	本文探讨了肝纤维化微环境中纤维化组成间充质细胞、免疫细胞、内皮细胞和细胞外基质之间的相互作用	利用单细胞RNA测序和蛋白质组学等新颖实验方法，揭示了细胞外基质产生细胞和调节细胞的异质性，加速了纤维化特异性亚群的识别	尽管有深入的研究，但针对肝纤维化的抗纤维化疗法发展仍不尽如人意	旨在更好地理解肝纤维化的潜在机制并开发有效疗法	肝纤维化微环境中的间充质细胞、免疫细胞、内皮细胞和细胞外基质	NA	肝病	单细胞RNA测序、蛋白质组学	NA	RNA、蛋白质	NA
1042	2024-08-09	Revealing the molecular mechanism of central nervous system leukemia with single-cell technology 2020-Sep, Critical reviews in oncology/hematology DOI:10.1016/j.critrevonc.2020.103046 PMID:32650214	综述	本文综述了中枢神经系统白血病（CNSL）的分子机制，并探讨了单细胞技术在预防和治疗CNSL中的应用	利用单细胞测序技术探索CNSL的发展，以检测潜在的治疗靶点	目前CNSL的分子机制尚不明确，且传统基于批量裂解物平均基因表达的推断可能掩盖了关键基因的表达	探讨CNSL的分子机制及单细胞技术在预防和治疗中的应用	中枢神经系统白血病及其分子机制	NA	白血病	单细胞测序	NA	基因表达数据	NA
1043	2024-08-09	Single-Cell Multimodal Analytical Approach by Integrating Raman Optical Tweezers and RNA Sequencing 2020-08-04, Analytical chemistry IF:6.7Q1 DOI:10.1021/acs.analchem.0c00912 PMID:32643364	研究论文	本文通过结合单细胞RNA测序（scRNA-seq）和拉曼光学镊子（ROT），实现了一种单细胞多模态分析方法，并应用于研究药物敏感性	本文创新地将单细胞RNA测序与拉曼光学镊子技术结合，实现了对单个癌细胞的形态监测、拉曼识别和转录组分析的多模态分析	NA	研究单细胞多模态分析方法在药物敏感性研究中的应用	人BGC823胃癌细胞对不同药物（紫杉醇和二氯乙酸钠）的药物敏感性	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），拉曼光学镊子（ROT）	NA	转录组数据	单个BGC823癌细胞
1044	2024-08-09	Single-Cell Sequencing Reveals Heterogeneity Effects of Bisphenol A on Zebrafish Embryonic Development 2020-08-04, Environmental science & technology IF:10.8Q1 DOI:10.1021/acs.est.0c02428 PMID:32644799	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了双酚A（BPA）暴露对斑马鱼胚胎发育过程中细胞转录组异质性的影响	首次在单细胞水平上全面揭示了BPA对斑马鱼胚胎发育的异质性效应	NA	探讨BPA暴露对斑马鱼胚胎发育过程中细胞转录组异质性的影响	斑马鱼胚胎细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组	64,683个细胞
1045	2024-08-09	A Single-Cell Transcriptomics CRISPR-Activation Screen Identifies Epigenetic Regulators of the Zygotic Genome Activation Program 2020-07-22, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2020.06.004 PMID:32634384	研究论文	本文结合CRISPR激活（CRISPRa）与单细胞转录组学，在鼠胚胎干细胞中识别调控类似合子基因组激活（ZGA）的表观遗传调控因子	首次使用CRISPRa结合单细胞转录组学技术，在鼠胚胎干细胞中进行大规模功能筛选，以识别ZGA调控因子	研究主要在体外鼠胚胎干细胞中进行，可能与体内早期胚胎的实际情况存在差异	识别调控合子基因组激活（ZGA）的表观遗传调控因子	鼠胚胎干细胞中的ZGA调控因子	表观遗传学	NA	CRISPR激活（CRISPRa）、单细胞转录组学	多组学因子分析（MOFA+）	单细胞转录组	约200,000个单细胞转录组，包含230个CRISPRa扰动
1046	2024-08-09	Immunophenotyping of COVID-19 and influenza highlights the role of type I interferons in development of severe COVID-19 2020-07-10, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.abd1554 PMID:32651212	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了健康捐赠者、轻度或重度COVID-19患者以及重度流感患者的外周血单个核细胞（PBMCs），以识别导致COVID-19严重进展的因素	首次揭示了重度COVID-19患者中I型干扰素反应与TNF/IL-1β驱动的炎症共存的现象，并提出I型干扰素在加重COVID-19炎症中的关键作用	NA	识别导致COVID-19严重进展的因素	健康捐赠者、轻度或重度COVID-19患者以及重度流感患者的外周血单个核细胞（PBMCs）	数字病理学	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	RNA	健康捐赠者、轻度或重度COVID-19患者以及重度流感患者的PBMCs样本
1047	2024-08-09	Selective LXR agonist DMHCA corrects retinal and bone marrow dysfunction in type 2 diabetes 2020-07-09, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.137230 PMID:32641586	研究论文	本研究探讨了选择性LXR激动剂DMHCA在2型糖尿病小鼠和人类循环血管生成细胞中的作用及其分子机制	DMHCA能够纠正糖尿病引起的视网膜和骨髓功能障碍，恢复视网膜结构和胆固醇稳态，并减少系统性炎症	NA	研究DMHCA在2型糖尿病中的治疗效果及其分子机制	2型糖尿病小鼠和人类循环血管生成细胞	NA	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	RNA	2型糖尿病小鼠和人类循环血管生成细胞
1048	2024-08-09	Comparative analysis of single-cell transcriptomics in human and Zebrafish oocytes 2020-Jul-08, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-020-06860-z PMID:32640983	研究论文	本文通过单细胞转录组学技术比较了人类和斑马鱼卵母细胞的基因表达	首次详细比较了斑马鱼和人类卵母细胞的转录组，并发现高度表达的同源基因在两种生物中具有相似的功能类别	NA	探讨斑马鱼和人类卵母细胞在基因表达水平上的相似性	人类和斑马鱼的卵母细胞	发育生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	涉及斑马鱼和人类卵母细胞的单细胞RNA测序数据
1049	2024-08-09	Sierra: discovery of differential transcript usage from polyA-captured single-cell RNA-seq data 2020-07-08, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-020-02071-7 PMID:32641141	研究论文	本文介绍了一种名为Sierra的计算流程，用于从常用的polyA捕获的单细胞RNA-seq数据中发现差异转录本使用情况	Sierra能够检测单细胞RNA-seq数据中的差异转录本使用情况，这是当前大多数单细胞RNA-seq生物信息学工具所忽略的	NA	开发一种新的计算方法来分析单细胞RNA-seq数据中的差异转录本使用情况	单细胞RNA-seq数据中的差异转录本使用情况	生物信息学	NA	单细胞RNA-seq	NA	RNA-seq数据	包括人类外周血单个核细胞和Tabula Muris数据集
1050	2024-08-09	Single-cell RNA-seq reveals that glioblastoma recapitulates a normal neurodevelopmental hierarchy 2020-07-08, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-020-17186-5 PMID:32641768	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了成人胶质母细胞瘤细胞和正常人类胎儿脑细胞的转录组，揭示了胶质母细胞瘤重现正常神经发育层次的现象	发现了胶质母细胞瘤中保守的神经三线性癌症层次结构，并展示了这种层次结构在识别特定于癌症干细胞的治疗靶点中的应用	NA	探讨癌症干细胞在胶质母细胞瘤起始、发展和治疗抵抗中的作用，并揭示其与胶质母细胞瘤异质性的关系	成人胶质母细胞瘤细胞和正常人类胎儿脑细胞	数字病理学	脑瘤	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	53586个成人胶质母细胞瘤细胞和22637个正常人类胎儿脑细胞
1051	2024-08-09	Single-cell RNA sequencing reveals that lung mesenchymal progenitor cells in IPF exhibit pathological features early in their differentiation trajectory 2020-07-07, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-020-66630-5 PMID:32636398	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了335个从3名对照组和3名特发性肺纤维化（IPF）患者肺部分离的间充质前体细胞（MPCs）的转录组，探讨了IPF MPCs在其分化轨迹中获得纤维化特性的位置	首次使用转录熵作为分化状态的指标，并验证了CD44作为最熵IPF MPCs的特征，以及通过FACS和形态学验证分析	NA	确定特发性肺纤维化中MPCs在其分化轨迹中何时获得纤维化特性	间充质前体细胞（MPCs）	数字病理学	特发性肺纤维化	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	335个MPCs，来自3名对照组和3名IPF患者
1052	2024-08-09	Baseline Frequency of Inflammatory Cxcl9-Expressing Tumor-Associated Macrophages Predicts Response to Avelumab Treatment 2020-07-07, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2020.107873 PMID:32640238	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析肿瘤微环境中的免疫异质性，探讨avelumab治疗反应的潜在机制	发现了一种与avelumab治疗反应相关的促炎性肿瘤相关巨噬细胞群体，这些巨噬细胞是干扰素诱导的趋化因子Cxcl9的主要来源	NA	研究avelumab治疗反应的潜在机制	肿瘤微环境中的免疫异质性及肿瘤相关巨噬细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
1053	2024-08-09	Comparison of Scanpy-based algorithms to remove the batch effect from single-cell RNA-seq data 2020-Jul-06, Cell regeneration (London, England) DOI:10.1186/s13619-020-00041-9 PMID:32632608	研究论文	本文比较了四种基于Scanpy的批量校正方法在两个大型单细胞RNA测序数据集上的优势和局限性	本文量化评估了批量校正性能和效率，并在算法层面讨论了评估方法之间的性能差异	NA	研究如何选择最佳的整合方法来去除批量效应	四种常用的基于Scanpy的批量校正方法	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	数据	两个大型单细胞RNA测序数据集
1054	2024-08-09	Single-Cell Transcriptomic Analyses of the Developing Meninges Reveal Meningeal Fibroblast Diversity and Function 2020-07-06, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2020.06.009 PMID:32634398	研究论文	本研究利用单细胞测序技术分析了发育中的脑膜，揭示了脑膜成纤维细胞的多样性和功能	首次报道了胚胎期硬脑膜、蛛网膜和软脑膜中成纤维细胞的不同转录特征，并定义了新的脑膜层标志物	NA	研究脑膜成纤维细胞的异质性和发育机制	脑膜成纤维细胞	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	转录组数据	具体样本数量未在摘要中提及
1055	2024-08-09	The Impact of Single-Cell Genomics on Adipose Tissue Research 2020-Jul-05, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms21134773 PMID:32635651	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单核RNA测序（snRNA-seq）在脂肪细胞生物学以及肥胖和糖尿病研究中的应用	结合纳米技术、分子生物学和信息学的独特调查能力，扩展了对脂肪组织组成和功能特化方面的理解	NA	总结scRNA-seq和snRNA-seq在脂肪细胞生物学中的应用，并推广其在肥胖和糖尿病研究中的使用	脂肪组织及其在代谢疾病中的作用	基因组学	肥胖	单细胞RNA测序（scRNA-seq），单核RNA测序（snRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
1056	2024-08-09	How far is single-cell sequencing from clinical application? 2020-Jul, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.117 PMID:32623809	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
1057	2024-08-09	Simple Method to Quantify Protein Abundances from 1000 Cells 2020-Jun-30, ACS omega IF:3.7Q2 DOI:10.1021/acsomega.0c01191 PMID:32637829	研究论文	本文介绍了一种从最少1000个哺乳动物干细胞中定量蛋白质表达水平的方法	该方法整合并优化了多项近期进展，使用化学肽标记，无需特定设备，能高重复性地定量超过2500种蛋白质	NA	开发一种从少量细胞中定量蛋白质表达水平的方法	哺乳动物干细胞和体外分化的运动神经元	蛋白质组学	NA	化学肽标记	NA	蛋白质数据	最少1000个细胞
1058	2024-08-09	Simulation, power evaluation and sample size recommendation for single-cell RNA-seq 2020-12-08, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaa607 PMID:32614380	研究论文	本文提出了一种基于模拟的方法POWSC，用于单细胞RNA测序差异表达分析的功率评估和样本量推荐	POWSC方法在捕捉真实数据集的关键特征方面优于其他两种先进的模拟器，并提供了多种功率评估，包括分层和边际功率分析	NA	确定高吞吐量实验设计阶段中检测统计显著性所需样本量的关键步骤	单细胞RNA测序中的样本量计算	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	表达数据	NA
1059	2024-08-09	Single-cell sequencing reveals novel mechanisms of Aflatoxin B1-induced hepatotoxicity in S phase-arrested L02 cells 2020-12, Cell biology and toxicology IF:5.3Q1 DOI:10.1007/s10565-020-09547-z PMID:32607778	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序和单细胞简化代表性亚硫酸氢盐测序（RRBS）技术，探讨了黄曲霉素B1（AFB1）在S期停滞的L02细胞中诱导肝毒性的机制	本研究揭示了AFB1通过调节促性腺激素释放激素受体途径、Wnt信号通路和TGF-beta信号通路中的DNA甲基化作用，诱导S期停滞的L02细胞肝毒性的新机制	NA	研究AFB1在S期停滞的L02细胞中诱导肝毒性的机制	S期停滞的L02细胞	数字病理学	肝病	单细胞RNA测序，单细胞简化代表性亚硫酸氢盐测序（RRBS）	NA	RNA，DNA	NA
1060	2024-08-09	GPress: a framework for querying general feature format (GFF) files and expression files in a compressed form 2020-09-15, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaa604 PMID:32609343	研究论文	本文提出了一种名为GPress的框架，用于以压缩形式查询GFF文件和表达文件	GPress框架能够显著减少存储空间，同时支持对GFF文件和表达文件的快速查询	NA	开发一种新的框架以优化GFF文件和表达文件的存储和查询效率	GFF文件和表达文件的压缩与查询	生物信息学	NA	GFF, GTF, GFF3, BSC压缩算法	NA	序列数据	涉及多种生物的GFF文件和表达文件