单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1021	2024-08-09	Multiomics Investigation Revealing the Characteristics of HIV-1-Infected Cells In Vivo 2020-07-14, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2020.107887 PMID:32668246	研究论文	本文通过多组学实验揭示了体内HIV-1感染细胞的多种特征	使用造血干细胞移植的人源化小鼠模型和最近开发的技术进行多组学实验，揭示了HIV-1感染细胞的特征和异质性	NA	阐明体内HIV-1感染细胞的详细特征和异质性，为HIV-1治愈方法的开发提供线索	体内HIV-1感染细胞的特征	NA	HIV-1感染	多组学实验	NA	基因组数据、转录组数据	使用造血干细胞移植的人源化小鼠模型
1022	2024-08-09	PhISCS-BnB: a fast branch and bound algorithm for the perfect tumor phylogeny reconstruction problem 2020-07-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaa464 PMID:32657358	研究论文	本文介绍了一种名为PhISCS-BnB的分支定界算法，用于从单细胞测序（SCS）数据中提取的基因型矩阵计算最可能的完美肿瘤系统发育	PhISCS-BnB算法不仅提供了最优性保证，而且在模拟的肿瘤SCS数据上比现有最佳方法快10-100倍	NA	开发一种能够处理新兴SCS数据规模和噪声特征的新方法，以充分利用这项技术	肿瘤系统发育重建	生物信息学	皮肤癌	单细胞测序（SCS）	分支定界算法	基因型矩阵	涉及20个克隆和2367个突变的大型黑色素瘤数据集
1023	2024-08-09	Identification of conserved evolutionary trajectories in tumors 2020-07-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaa453 PMID:32657374	研究论文	本文介绍了一种名为CONETT的组合优化方法，用于检测肿瘤中的重复进化轨迹，并构建了基于肿瘤样本中改变事件时间顺序的保守进化轨迹的共识树	提出了一种新的组合优化方法CONETT，用于识别肿瘤中的重复进化轨迹	NA	旨在从肿瘤活检测序数据中推断肿瘤的亚克隆组成和进化历史	多区域、时间序列和单细胞测序数据中的肿瘤进化特征	生物信息学	肾细胞癌，非小细胞肺癌	测序	组合优化方法	测序数据	100例肾透明细胞癌和99例非小细胞肺癌患者
1024	2024-08-09	A Bayesian framework for inter-cellular information sharing improves dscRNA-seq quantification 2020-07-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaa450 PMID:32657394	研究论文	本文介绍了一种贝叶斯框架，通过细胞间的信息共享来改进dscRNA-seq数据的基因定量估计	引入了一种基于锚点的方法来连接具有相似基因表达模式的细胞，并学习了提供给alevin基因多重映射分辨算法的经验性先验，从而改进了没有唯一映射读取的基因的定量估计	NA	改进dscRNA-seq数据的基因定量估计	dscRNA-seq数据的基因定量估计	数字病理学	NA	dscRNA-seq	贝叶斯框架	dscRNA-seq数据	多种模拟和真实数据集
1025	2024-08-09	BIRD: identifying cell doublets via biallelic expression from single cells 2020-07-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaa474 PMID:32657402	研究论文	本文介绍了一种名为BIRD的流程，通过单细胞转录组数据中的杂合遗传变异来识别双细胞	利用单等位基因与双等位基因表达的比例作为区分双细胞的特征，这一方法在识别具有相同遗传背景的细胞混合物中的双细胞方面具有创新性	BIRD的性能受实验方法、单倍型间的基因组多样性、序列覆盖度和深度等因素的影响	开发一种新的方法来识别和估计单细胞实验数据中的双细胞污染	单细胞转录组数据中的双细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	预测模型	转录组数据	163个初级成纤维细胞单细胞和约13,300个单细胞的外周血细胞
1026	2024-08-09	TinGa: fast and flexible trajectory inference with Growing Neural Gas 2020-07-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaa463 PMID:32657409	研究论文	本文介绍了一种名为TinGa的新型轨迹推断模型，该模型基于Growing Neural Graphs，具有快速和灵活的特点	TinGa模型在各种复杂度的数据集上都能产生准确的模型，并且在执行时间上表现最快	NA	开发一种新的轨迹推断方法，以改进现有的细胞发育动态模型	细胞发育动态的轨迹推断	单细胞转录组学	NA	Growing Neural Graphs	Growing Neural Gas	数据集	250个数据集，包括合成数据和真实数据
1027	2024-08-09	Single-cell lineage tracing unveils a role for TCF15 in haematopoiesis 2020-07, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-020-2503-6 PMID:32669716	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和表达性慢病毒条形码技术，揭示了转录因子TCF15在造血干细胞（HSCs）中的作用及其对长期自我更新能力的调控	首次通过体内CRISPR筛选发现转录因子TCF15对于驱动HSC静止和长期自我更新是必需且充分的，并揭示了与功能性干细胞异质性相关的克隆内分子程序	测序实验的破坏性质阻止了同时观察干细胞状态和功能	探究造血干细胞在克隆水平上的再生行为的多样性及其背后的机制	造血干细胞（HSCs）及其在骨髓移植治疗中的长期再生能力	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	CRISPR筛选	RNA	单个成年造血干细胞及其克隆轨迹
1028	2024-08-09	ACE2 and TMPRSS2 expression by clinical, HLA, immune, and microbial correlates across 34 human cancers and matched normal tissues: implications for SARS-CoV-2 COVID-19 2020-07, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2020-001020 PMID:32675312	研究论文	本文通过整合多个数据库，研究了34种人类癌症及其匹配正常组织中ACE2和TMPRSS2基因表达与临床、HLA、免疫和微生物相关因素的关系，为SARS-CoV-2 COVID-19的防治提供依据	本文首次在大规模范围内整合了ACE2和TMPRSS2基因表达与临床、遗传和微生物领域的关联，并发现了与微生物群的新关联	本文未发现临床因素和HLA基因型与ACE2和TMPRSS2基因表达水平的持续显著关联	研究ACE2和TMPRSS2基因在不同癌症及正常组织中的表达情况，并探讨其与临床、遗传、免疫和微生物因素的关系	34种人类癌症及其匹配正常组织中的ACE2和TMPRSS2基因表达	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	基因表达数据	34种人类癌症及其匹配正常组织
1029	2024-08-09	Temporal expression of MOF acetyltransferase primes transcription factor networks for erythroid fate 2020-05, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.aaz4815 PMID:32671208	研究论文	本文探讨了组蛋白H4赖氨酸16乙酰转移酶MOF调控红细胞生成的作用机制	通过单细胞RNA测序和染色质免疫沉淀测序揭示了MOF通过动态招募到染色质影响红细胞轨迹，并发现MOF的半合子不足导致短暂造血干细胞群体的积累	NA	研究MOF在红细胞命运决定中的作用及其分子机制	造血干细胞（HSCs）的自更新和分化	生物学	NA	单细胞RNA测序，染色质免疫沉淀测序	NA	RNA，染色质	单细胞水平
1030	2024-08-09	Profiling APOL1 Nephropathy Risk Variants in Genome-Edited Kidney Organoids with Single-Cell Transcriptomics 2020-Mar, Kidney360 IF:3.2Q1 DOI:10.34067/kid.0000422019 PMID:32656538	研究论文	本文利用单细胞转录组测序技术研究了APOL1基因风险变异在基因编辑的人类肾脏类器官中的表达及其对不同肾单位细胞类型的影响	首次使用单细胞RNA测序技术分析了APOL1风险变异在人类基因编辑肾脏类器官中的细胞特异性表达差异	NA	研究APOL1基因风险变异在肾脏疾病中的病理生理机制	APOL1基因风险变异在基因编辑的人类肾脏类器官中的表达及其对不同肾单位细胞类型的影响	数字病理学	肾脏疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	CRISPR-Cas9	转录组数据	包含肾单位样结构的肾脏类器官，包括肾小球上皮细胞、近端小管、远端小管和内皮细胞
1031	2024-08-09	Novel Approaches to Profile Functional Long Noncoding RNAs Associated with Stem Cell Pluripotency 2020-Jan, Current genomics IF:1.8Q3 DOI:10.2174/1389202921666200210142840 PMID:32655297	综述	本文综述了功能性长非编码RNA（lncRNA）在体细胞重编程和细胞分化中的最新研究进展	探讨了lncRNA通过顺式或反式机制参与重编程启动、多能性维持和发育过程的新方法	NA	关注于体细胞重编程和细胞分化中功能性lncRNA的分析方法	长非编码RNA（lncRNA）及其在干细胞多能性中的作用	NA	NA	单细胞测序	NA	RNA	数百种lncRNA
1032	2024-08-09	Brainstem Organoids From Human Pluripotent Stem Cells 2020, Frontiers in neuroscience IF:3.2Q2 DOI:10.3389/fnins.2020.00538 PMID:32670003	研究论文	本文开发了一种从人类多能干细胞生成人类脑干类器官（hBSOs）的方法	首次成功生成包含多种神经细胞类型的人类脑干类器官，这些类器官的细胞组成与人类脑干相似	现有的类器官模型在重现人类大脑发育方面存在局限，无法完全阐明影响大脑各部分的疾病	探索和研究影响脑干的中枢神经系统疾病，并进行有效的药物筛选	人类脑干类器官（hBSOs）及其细胞组成	数字病理学	中枢神经系统疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	细胞	包含多种神经细胞类型的人类脑干类器官
1033	2024-08-09	Single-cell transcriptomics allows novel insights into aging and circadian processes 2020-12-04, Briefings in functional genomics IF:2.5Q3 DOI:10.1093/bfgp/elaa014 PMID:32633783	综述	本文综述了单细胞转录组测序（scRNA-Seq）在衰老和昼夜节律领域的应用，并强调了从单细胞分析中涌现的新发现	scRNA-Seq方法提供了比传统基因表达分析方法更多的优势，有助于揭示衰老和昼夜节律之间的联系	NA	探讨衰老和昼夜节律之间的相互作用，并利用scRNA-Seq方法深入了解这些过程	衰老和昼夜节律的生物过程	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	转录组数据	涉及人类和啮齿动物的单细胞样本
1034	2024-08-09	Integrative molecular profiling of autoreactive CD4 T cells in autoimmune hepatitis 2020-12, Journal of hepatology IF:26.8Q1 DOI:10.1016/j.jhep.2020.05.053 PMID:32649971	研究论文	本研究深入分析了自身免疫性肝炎（AIH）患者中针对可溶性肝抗原（SLA）的自身反应性CD4 T细胞的分子特征	首次详细描述了AIH患者中SLA特异性CD4 T细胞的表型和功能特征，并识别了与疾病活动相关的特定T细胞表型	NA	深入表征AIH患者中罕见的循环自身反应性CD4 T细胞，并识别其在AIH中的外周储库	AIH患者中的SLA特异性CD4 T细胞	免疫学	自身免疫性肝炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	42名AIH患者和17名非酒精性脂肪性肝炎（NASH）对照组
1035	2024-08-09	Cellular heterogeneity landscape in laryngeal squamous cell carcinoma 2020-11-15, International journal of cancer IF:5.7Q1 DOI:10.1002/ijc.33192 PMID:32638385	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和免疫组化染色技术，分析了喉鳞状细胞癌（LSCC）组织的细胞组成和分子特征，并探讨了细胞异质性与患者预后的关系	首次描绘了LSCC肿瘤内异质性的全景图	NA	旨在通过理解LSCC的细胞异质性来改善治疗效果	喉鳞状细胞癌（LSCC）组织	数字病理学	喉癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	LSCC组织细胞被细分为多个集群，包括肿瘤细胞、免疫细胞、上皮细胞、成纤维细胞和内皮细胞
1036	2024-08-09	Association of Clonal Hematopoiesis of Indeterminate Potential With Inflammatory Gene Expression in Patients With Severe Degenerative Aortic Valve Stenosis or Chronic Postischemic Heart Failure 2020-10-01, JAMA cardiology IF:14.8Q1 DOI:10.1001/jamacardio.2020.2468 PMID:32639511	研究论文	本研究探讨了克隆性造血不确定潜能（CHIP）与严重退行性主动脉瓣狭窄或慢性缺血后心力衰竭患者炎症基因表达之间的关系。	首次研究了CHIP与心血管疾病患者单核细胞中炎症基因表达增加的关联。	样本量较小，需要进一步的大规模研究来验证结果。	确定CHIP是否与促进单核细胞加剧免疫反应的炎症基因表达有关。	严重退行性主动脉瓣狭窄或慢性缺血后心力衰竭患者及年龄匹配的健康对照者。	心血管疾病	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	8名严重退行性主动脉瓣狭窄患者，6名慢性缺血后心力衰竭患者，3名健康对照者。
1037	2024-08-09	Pathway identification through transcriptome analysis 2020-10, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2020.109701 PMID:32649993	综述	本文综述了基于转录组学方法在多囊肾病（PKD）发病机制研究中的应用	介绍了最新的技术发展，如批量和单细胞RNA测序技术以及空间转录组学，为研究PKD提供了新的视角	目前对Pkd1失活后立即下游的转录级联反应了解较少	探讨转录组学方法在多囊肾病发病机制研究中的应用及未来机遇	多囊肾病（PKD）的发病机制	数字病理学	多囊肾病	RNA测序	NA	转录组数据	NA
1038	2024-08-09	Quantitative planar array screen of 1000 proteins uncovers novel urinary protein biomarkers of lupus nephritis 2020-10, Annals of the rheumatic diseases IF:20.3Q1 DOI:10.1136/annrheumdis-2019-216312 PMID:32651195	研究论文	本研究通过定量平面蛋白质微阵列技术筛查1000种蛋白质，发现新的狼疮性肾炎尿液生物标志物。	采用定量平面蛋白质微阵列技术筛查大量蛋白质，发现新的尿液生物标志物，并验证其在独立队列中的有效性。	NA	发现新的狼疮性肾炎尿液生物标志物。	系统性红斑狼疮患者的尿液样本。	NA	自身免疫性疾病	定量平面蛋白质微阵列	NA	蛋白质	1000种蛋白质，多个独立队列的系统性红斑狼疮患者尿液样本。
1039	2024-08-09	Single-Cell Transcriptome Profiling of the Kidney Glomerulus Identifies Key Cell Types and Reactions to Injury 2020-10, Journal of the American Society of Nephrology : JASN IF:10.3Q1 DOI:10.1681/ASN.2020020220 PMID:32651223	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，全面分析了健康小鼠和四种疾病模型小鼠的肾小球细胞类型及其对损伤的反应	首次全面识别了肾小球中的所有细胞类型，并发现了新的标记基因和基因特征，以及疾病模型中细胞类型特异性和损伤类型特异性的反应	NA	旨在通过单细胞转录组测序技术，深入了解肾小球细胞类型及其对损伤的反应	健康小鼠和四种疾病模型小鼠的肾小球细胞	数字病理学	慢性肾脏病	单细胞RNA测序	NA	转录组	健康小鼠和四种疾病模型小鼠的肾小球细胞
1040	2024-08-09	Variance-adjusted Mahalanobis (VAM): a fast and accurate method for cell-specific gene set scoring 2020-09-18, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaa582 PMID:32633778	研究论文	本文介绍了一种名为Variance-adjusted Mahalanobis（VAM）的新基因集测试方法，该方法能够处理单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中的技术噪声、稀疏性和大样本量问题	VAM方法能够计算细胞特异性的通路评分，将细胞-基因矩阵转换为细胞-通路矩阵，并支持群体和细胞水平的推断	NA	开发一种适用于单细胞RNA测序数据的基因集测试方法，以提高分类准确性和降低计算成本	单细胞RNA测序数据中的技术噪声、稀疏性和大样本量问题	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	大样本量