单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1001	2024-08-09	Single-cell Transcriptome Profiling reveals Dermal and Epithelial cell fate decisions during Embryonic Hair Follicle Development 2020, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.44306 PMID:32685006	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序揭示了胚胎期毛囊发育过程中真皮和表皮细胞命运决定的分子途径	本研究首次通过单细胞RNA测序技术，揭示了毛囊发育过程中不同细胞群的动态基因表达模式和细胞间通信，为理解毛囊从头形态发生的分子途径提供了宝贵的资源	由于毛囊细胞的高度异质性和不同步发育，目前对毛囊发育的分子机制理解仍然有限	研究毛囊从头形态发生的分子途径，为未来的脱发治疗提供理论基础	胚胎期和新生小鼠的背侧皮肤细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	t-分布随机邻域嵌入（tSNE）	转录组	E13.5（诱导阶段）、E16.5（器官发生）和新生小鼠（出生后第0天，P0）的背侧皮肤细胞
1002	2024-08-09	Ketogenesis activates metabolically protective γδ T cells in visceral adipose tissue 2020-01, Nature metabolism IF:18.9Q1 DOI:10.1038/s42255-019-0160-6 PMID:32694683	研究论文	本文通过单细胞RNA测序研究了生酮饮食对脂肪组织中免疫细胞的影响，特别是γδ T细胞的作用。	首次揭示了生酮饮食通过扩张代谢保护性的γδ T细胞来抑制炎症，并探讨了长期生酮饮食对代谢健康的影响。	研究主要在老鼠模型上进行，需要进一步在人类中验证生酮饮食对γδ T细胞的影响及其对代谢健康的长期效应。	探讨生酮饮食如何影响脂肪组织中的炎症和能量平衡，特别是γδ T细胞的作用。	脂肪组织中的免疫细胞，特别是γδ T细胞。	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	老鼠模型
1003	2024-08-09	Single-Cell Studies of Intestinal Stem Cell Heterogeneity During Homeostasis and Regeneration 2020, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-0747-3_9 PMID:32705640	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术研究肠道干细胞在稳态和再生过程中的异质性	描述了许多新的肠道干细胞及其后代的潜在标记物，并识别出成熟细胞类型的新亚群及其发育轨迹	NA	探讨这些亚群在组织稳态中的功能，以及在组织损伤后具有诱导再生潜力的潜在亚群	肠道干细胞及其在稳态和再生过程中的异质性	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	未具体说明样本数量
1004	2024-08-09	Click chemistry-based amplification and detection of endogenous RNA and DNA molecules in situ using clampFISH probes 2020, Methods in enzymology DOI:10.1016/bs.mie.2020.04.049 PMID:32713535	研究论文	本文介绍了一种基于点击化学的放大和检测内源性RNA和DNA分子的方法——clampFISH探针，该方法能够在固定细胞中可视化基因组位点和单个RNA转录本	clampFISH方法通过使用C形寡核苷酸探针和点击化学反应，实现了荧光信号的放大，同时保持了特异性，适用于高通量技术	传统的单分子RNA荧光原位杂交（FISH）方法由于荧光信号较弱，需要长时间曝光和高倍显微镜，导致样本量有限	开发一种能够放大荧光信号并保持特异性的新技术，以提高FISH方法的通量和适用性	内源性RNA和DNA分子	分子生物学	NA	荧光原位杂交（FISH）	NA	图像	单个细胞
1005	2024-08-09	Lessons from single cell sequencing in CNS cell specification and function 2020-12, Current opinion in genetics & development IF:3.7Q2 DOI:10.1016/j.gde.2020.05.043 PMID:32679535	review	本文综述了单细胞RNA测序技术在中枢神经系统（CNS）细胞特化和功能研究中的应用	单细胞RNA测序技术提高了对CNS细胞类型的分辨率，并揭示了它们的发展轨迹和物种间的多样性变化	NA	探讨单细胞基因组学时代的优势、创新和挑战，以及它如何影响我们对神经发育和神经功能的理解	中枢神经系统（CNS）中的神经元、星形胶质细胞和少突胶质细胞	digital pathology	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
1006	2024-08-09	Hemolysis transforms liver macrophages into antiinflammatory erythrophagocytes 2020-10-01, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI137282 PMID:32663195	研究论文	研究通过遗传性球形红细胞增多症的小鼠模型和单细胞RNA测序，发现溶血过程中肝脏巨噬细胞吞噬受损红细胞后转变为抗炎性红细胞吞噬细胞，从而减轻炎症性疾病的表现。	首次定义了MarcohiHmoxhiMHC class IIlo红细胞吞噬细胞的抗炎表型，并揭示了NFE2L2/NRF2转录因子在调控这一过程中的关键作用。	NA	探究溶血过程中肝脏巨噬细胞功能的变化及其在炎症性疾病中的作用。	肝脏巨噬细胞、红细胞吞噬细胞、炎症性疾病模型。	免疫学	肝脏疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠和人类巨噬细胞
1007	2024-08-09	Harnessing Expressed Single Nucleotide Variation and Single Cell RNA Sequencing To Define Immune Cell Chimerism in the Rejecting Kidney Transplant 2020-09, Journal of the American Society of Nephrology : JASN IF:10.3Q1 DOI:10.1681/ASN.2020030326 PMID:32669324	研究论文	本文利用单核苷酸变异和单细胞RNA测序技术，定义了移植肾脏中的免疫细胞嵌合现象	通过分析单细胞RNA测序数据中的表达单核苷酸变异，准确区分了供体和受体的免疫细胞来源，并能在单细胞分辨率下研究转录组特征	NA	探究移植肾脏中供体来源的免疫细胞是否持续存在及其在排斥反应中的作用	人类移植肾脏活检核心样本中的免疫细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	DNA序列	81,139个细胞
1008	2024-08-09	Single-cell RNA sequencing in breast cancer: Understanding tumor heterogeneity and paving roads to individualized therapy 2020-08, Cancer communications (London, England) DOI:10.1002/cac2.12078 PMID:32654419	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术在乳腺癌研究中的应用，探讨了其在解析肿瘤异质性和个性化治疗方面的潜力	scRNA-seq技术通过提高灵敏度、准确性和效率，以及高吞吐量的单细胞分离方法，为解析细胞群体的异质性和探索与肿瘤发生和转移相关的稀有细胞类型提供了优势	当前scRNA-seq技术在乳腺癌治疗选择研究中应用有限，且存在一些技术问题需要克服	探讨scRNA-seq技术在乳腺癌研究中的应用，包括肿瘤异质性分析和个性化治疗	乳腺癌细胞群体和肿瘤微环境中的免疫细胞亚群	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
1009	2024-08-09	Complex Genetics in Pancreatitis: Insights Gained From a New Candidate Locus Panel 2020-08, Pancreas IF:1.7Q3 DOI:10.1097/MPA.0000000000001612 PMID:32658084	研究论文	本研究通过使用新的DNA测序面板评估100名胰腺炎患者，探索胰腺炎的复杂遗传机制	提出了一个新的非孟德尔遗传风险/病因范式，其中非致病性遗传风险变异在易感基因组和损伤/功能障碍反应基因中的组合导致获得性胰腺疾病	NA	探索胰腺炎的遗传因素及其在胰腺腺泡细胞和导管细胞中的作用	胰腺炎患者及其遗传变异	遗传学	胰腺炎	DNA测序	NA	基因数据	100名胰腺炎患者
1010	2024-08-09	Persistence of a regeneration-associated, transitional alveolar epithelial cell state in pulmonary fibrosis 2020-08, Nature cell biology IF:17.3Q1 DOI:10.1038/s41556-020-0542-8 PMID:32661339	研究论文	本研究利用肺类器官、多种体内修复模型、单细胞转录组学和谱系追踪技术，发现肺泡II型上皮细胞在分化为I型细胞的过程中，会获得预肺泡I型过渡细胞状态（PATS），并在终末成熟过程中经历广泛的拉伸，使其易受DNA损伤。	本研究首次揭示了肺泡II型上皮细胞在分化过程中的过渡状态PATS，并发现其在肺纤维化中的异常积累。	NA	研究肺泡上皮细胞在损伤修复过程中的过渡状态及其在疾病中的作用。	肺泡II型上皮细胞的分化过程及其在肺纤维化中的表现。	数字病理学	肺纤维化	单细胞转录组学	NA	细胞	NA
1011	2024-08-09	Cell shape: effects on gene expression and signaling 2020-Aug, Biophysical reviews IF:4.9Q1 DOI:10.1007/s12551-020-00722-4 PMID:32671813	综述	本文综述了细胞形状对基因表达和信号传导的影响，特别是通过单细胞捕获和RNA测序技术在心肌细胞中的应用	介绍了新的单细胞捕获策略和单细胞RNA测序技术，用于分析不同几何形态的心肌细胞的转录组	NA	探讨细胞形状与基因表达之间的关系及其在生物学和疾病治疗中的潜在应用	心肌细胞的形状及其对基因表达的影响	生物学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
1012	2024-08-09	New light on cortical neuropeptides and synaptic network plasticity 2020-08, Current opinion in neurobiology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.conb.2020.04.002 PMID:32679509	研究论文	本文探讨了皮质神经肽及其在皮质突触网络可塑性中的作用	利用单细胞RNA测序转录组学的新发现揭示了皮质神经肽信号基因表达的复杂模式，并介绍了新的工具以增强对皮质神经肽信号的分子访问	NA	探索神经肽和突触网络相互作用在皮质功能和可塑性中的作用	皮质神经肽及其在皮质突触网络中的功能	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
1013	2024-08-09	Single-cell and spatial transcriptomics approaches of cardiovascular development and disease 2020-Aug, BMB reports IF:2.9Q3 PMID:32684243	综述	本文综述了单细胞和空间转录组学技术在心血管发育和疾病研究中的应用	介绍了单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组学技术在识别罕见和新型细胞类型以及描述正常和病理条件下转录变异方面的进展	NA	探讨单细胞和空间转录组学技术如何促进我们对心血管发育和疾病的理解	心血管发育和疾病中的细胞异质性	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
1014	2024-08-09	RNA Identification of PRIME Cells Predicting Rheumatoid Arthritis Flares 2020-07-16, The New England journal of medicine DOI:10.1056/NEJMoa2004114 PMID:32668112	研究论文	本文通过纵向RNA测序研究类风湿性关节炎发作前的分子事件，发现PRIME细胞在发作前出现在血液中，并提出这些细胞在发作前几周被B细胞激活并迁移到滑膜的模型。	首次通过纵向RNA测序识别出在类风湿性关节炎发作前血液中出现的PRIME细胞，并提出其与B细胞激活和迁移至滑膜的机制。	研究样本量相对较小，仅包括四名患者，可能影响结果的普遍性。	探究类风湿性关节炎发作前的分子事件及其机制。	类风湿性关节炎患者的血液样本和滑膜组织。	数字病理学	类风湿性关节炎	RNA测序	NA	RNA	364个时间点的样本来自一名患者，235个时间点的样本来自三名额外患者，以及19名额外患者的验证样本。
1015	2024-08-09	Seamless integration of image and molecular analysis for spatial transcriptomics workflows 2020-Jul-14, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-020-06832-3 PMID:32664861	研究论文	本文介绍了一个名为STUtility的R包，用于处理和分析10x Genomics Visium平台的空间转录组数据，并提供3D可视化功能	STUtility是首个允许用户处理图像、对齐堆叠实验并最终在3D中可视化以创建组织整体视图的软件	NA	开发一个软件工具，用于无缝集成图像和分子分析，以支持空间转录组工作流程	10x Genomics Visium平台的空间转录组数据	空间转录组学	NA	空间转录组学	NA	图像和RNA测序数据	多个组织切片
1016	2024-08-09	Multiomics Investigation Revealing the Characteristics of HIV-1-Infected Cells In Vivo 2020-07-14, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2020.107887 PMID:32668246	研究论文	本文通过多组学实验揭示了体内HIV-1感染细胞的多种特征	使用造血干细胞移植的人源化小鼠模型和最近开发的技术进行多组学实验，揭示了HIV-1感染细胞的特征和异质性	NA	阐明体内HIV-1感染细胞的详细特征和异质性，为HIV-1治愈方法的开发提供线索	体内HIV-1感染细胞的特征	NA	HIV-1感染	多组学实验	NA	基因组数据、转录组数据	使用造血干细胞移植的人源化小鼠模型
1017	2024-08-09	PhISCS-BnB: a fast branch and bound algorithm for the perfect tumor phylogeny reconstruction problem 2020-07-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaa464 PMID:32657358	研究论文	本文介绍了一种名为PhISCS-BnB的分支定界算法，用于从单细胞测序（SCS）数据中提取的基因型矩阵计算最可能的完美肿瘤系统发育	PhISCS-BnB算法不仅提供了最优性保证，而且在模拟的肿瘤SCS数据上比现有最佳方法快10-100倍	NA	开发一种能够处理新兴SCS数据规模和噪声特征的新方法，以充分利用这项技术	肿瘤系统发育重建	生物信息学	皮肤癌	单细胞测序（SCS）	分支定界算法	基因型矩阵	涉及20个克隆和2367个突变的大型黑色素瘤数据集
1018	2024-08-09	Identification of conserved evolutionary trajectories in tumors 2020-07-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaa453 PMID:32657374	研究论文	本文介绍了一种名为CONETT的组合优化方法，用于检测肿瘤中的重复进化轨迹，并构建了基于肿瘤样本中改变事件时间顺序的保守进化轨迹的共识树	提出了一种新的组合优化方法CONETT，用于识别肿瘤中的重复进化轨迹	NA	旨在从肿瘤活检测序数据中推断肿瘤的亚克隆组成和进化历史	多区域、时间序列和单细胞测序数据中的肿瘤进化特征	生物信息学	肾细胞癌，非小细胞肺癌	测序	组合优化方法	测序数据	100例肾透明细胞癌和99例非小细胞肺癌患者
1019	2024-08-09	A Bayesian framework for inter-cellular information sharing improves dscRNA-seq quantification 2020-07-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaa450 PMID:32657394	研究论文	本文介绍了一种贝叶斯框架，通过细胞间的信息共享来改进dscRNA-seq数据的基因定量估计	引入了一种基于锚点的方法来连接具有相似基因表达模式的细胞，并学习了提供给alevin基因多重映射分辨算法的经验性先验，从而改进了没有唯一映射读取的基因的定量估计	NA	改进dscRNA-seq数据的基因定量估计	dscRNA-seq数据的基因定量估计	数字病理学	NA	dscRNA-seq	贝叶斯框架	dscRNA-seq数据	多种模拟和真实数据集
1020	2024-08-09	BIRD: identifying cell doublets via biallelic expression from single cells 2020-07-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaa474 PMID:32657402	研究论文	本文介绍了一种名为BIRD的流程，通过单细胞转录组数据中的杂合遗传变异来识别双细胞	利用单等位基因与双等位基因表达的比例作为区分双细胞的特征，这一方法在识别具有相同遗传背景的细胞混合物中的双细胞方面具有创新性	BIRD的性能受实验方法、单倍型间的基因组多样性、序列覆盖度和深度等因素的影响	开发一种新的方法来识别和估计单细胞实验数据中的双细胞污染	单细胞转录组数据中的双细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	预测模型	转录组数据	163个初级成纤维细胞单细胞和约13,300个单细胞的外周血细胞