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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 81 | 2025-10-06 |
Realistic in silico generation and augmentation of single-cell RNA-seq data using generative adversarial networks
2020-01-09, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-019-14018-z
PMID:31919373
|
研究论文 | 提出使用条件单细胞生成对抗网络(cscGAN)来真实生成单细胞RNA-seq数据 | 首次将条件生成对抗网络应用于单细胞RNA-seq数据的生成和增强,能够学习复杂的基因间非线性依赖关系 | 未提及具体的数据集规模和验证方法的局限性 | 解决生物医学研究中样本数量不足的问题,提高分析结果的稳健性和可重复性 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | GAN, cscGAN | 基因表达数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 82 | 2025-10-06 |
Sources of variation in cell-type RNA-Seq profiles
2020, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0239495
PMID:32956417
|
研究论文 | 研究细胞类型RNA测序谱变异来源及其对细胞比例反卷积方法的影响 | 系统评估了实验室间技术变异、组织来源和测序方法对细胞类型基因表达谱的影响,首次量化了这些因素对细胞比例反卷积的混淆效应 | 仅分析了公开可用的B细胞和T细胞数据集,未涵盖其他细胞类型 | 识别影响细胞类型特异性基因表达谱变异的主要因素 | B细胞和T细胞 | 生物信息学 | NA | RNA测序,单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 多个公开可用的bulk和单细胞RNA-Seq数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | UMI-based单细胞RNA测序 |
| 83 | 2024-08-09 |
Correction to: Prioritizing Candidates of Post-Myocardial Infarction Heart Failure Using Plasma Proteomics and Single-Cell Transcriptomics
2020-Oct-13, Circulation
IF:35.5Q1
DOI:10.1161/CIR.0000000000000926
PMID:33044854
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 84 | 2025-10-06 |
Defining the Teratoma as a Model for Multi-lineage Human Development
2020-11-25, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2020.10.018
PMID:33152263
|
研究论文 | 本研究将畸胎瘤确立为研究人类多谱系发育过程的模型平台 | 首次系统论证畸胎瘤作为多谱系发育模型的可行性,并展示了其在全组织功能遗传筛选和组织工程中的应用潜力 | 研究仅基于4个细胞系产生的23个畸胎瘤,样本来源相对有限 | 探索畸胎瘤作为研究人类发育过程的模型平台 | 畸胎瘤中的细胞类型和发育过程 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序, CRISPR-Cas9基因敲除筛选, 微RNA调控 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 179,632个细胞,来自4个细胞系产生的23个畸胎瘤 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 85 | 2025-10-06 |
Iterative transfer learning with neural network for clustering and cell type classification in single-cell RNA-seq analysis
2020-Oct, Nature machine intelligence
IF:18.8Q1
DOI:10.1038/s42256-020-00233-7
PMID:33817554
|
研究论文 | 开发了一种用于单细胞RNA测序分析的迭代迁移学习算法ItClust,用于细胞聚类和细胞类型分类 | 结合了监督细胞类型分类算法的思想,同时利用目标数据信息确保对仅存在于目标数据中的细胞具有分类敏感性 | 性能可能仍受源数据质量影响,对新型细胞类型的分类能力未明确说明 | 提高单细胞RNA测序分析中细胞聚类和细胞类型分类的准确性 | 来自不同物种和组织的单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 神经网络 | 单细胞RNA测序数据 | 来自不同物种和组织的多个数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 86 | 2025-10-06 |
Biological insights from multi-omic analysis of 31 genomic risk loci for adult hearing difficulty
2020-09, PLoS genetics
IF:4.0Q1
DOI:10.1371/journal.pgen.1009025
PMID:32986727
|
研究论文 | 通过多组学分析31个与成人听力困难相关的基因组风险位点,揭示新的风险基因和调控机制 | 首次通过整合GWAS元分析、表观基因组学和单细胞转录组学方法,识别了8个新的听力困难风险位点,并发现耳蜗上皮细胞在听力损伤中的重要作用 | 研究主要基于英国生物银行的自报听力数据,且动物实验使用小鼠模型,结果向人类转化需进一步验证 | 探索年龄相关性听力损伤的遗传基础和分子机制 | 成人听力困难相关的基因组风险位点和耳蜗细胞 | 基因组学 | 年龄相关性听力损伤 | GWAS元分析, mRNA-seq, ATAC-seq, 单细胞RNA-seq | NA | 基因组数据, 转录组数据, 表观基因组数据 | 最多330,759名英国生物银行参与者 | NA | 单细胞RNA-seq, ATAC-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 87 | 2025-10-06 |
Immune profiling of human tumors identifies CD73 as a combinatorial target in glioblastoma
2020-01, Nature medicine
IF:58.7Q1
DOI:10.1038/s41591-019-0694-x
PMID:31873309
|
研究论文 | 通过免疫分析识别CD73作为胶质母细胞瘤的联合治疗靶点 | 发现胶质母细胞瘤中存在独特的CD73巨噬细胞群体,并证明靶向CD73可增强免疫检查点疗法的抗肿瘤免疫反应 | 研究样本量相对有限(94例患者),且动物模型结果需在人类临床试验中进一步验证 | 探索肿瘤特异性免疫调节靶点以改善免疫检查点治疗效果 | 94例代表五种不同癌症类型的患者,包括胶质母细胞瘤、前列腺癌和结直肠癌 | 免疫肿瘤学 | 胶质母细胞瘤 | 质谱流式细胞术,单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据,质谱流式细胞数据 | 94例患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 88 | 2025-10-06 |
The cellular basis of distinct thirst modalities
2020-12, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-020-2821-8
PMID:33057193
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了哺乳动物大脑中不同口渴模式的细胞基础 | 首次使用刺激-细胞类型映射方法识别了介导不同类型口渴的特异性神经元组合 | NA | 探索大脑中不同口渴模式的编码机制 | 哺乳动物大脑终板室周器官的神经元 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序, 光遗传学 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 89 | 2025-10-06 |
Single-Nucleus RNA-Sequencing Profiling of Mouse Lung. Reduced Dissociation Bias and Improved Rare Cell-Type Detection Compared with Single-Cell RNA Sequencing
2020-12, American journal of respiratory cell and molecular biology
IF:5.9Q1
DOI:10.1165/rcmb.2020-0095MA
PMID:32804550
|
研究论文 | 本研究开发了适用于小鼠肺组织的单核RNA测序方案,并与单细胞RNA测序进行比较分析 | 首次建立了肺组织单核RNA测序方案,解决了传统单细胞测序中的解离偏差问题,提高了稀有细胞类型的检测能力 | 研究仅针对小鼠肺组织,尚未验证在其他物种或组织类型中的适用性 | 比较单核RNA测序与单细胞RNA测序在肺组织研究中的性能差异 | 小鼠肺组织细胞和细胞核 | 单细胞组学 | NA | 单核RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | 转录组测序数据 | 16,110个单核转录组和11,934个单细胞转录组 | 10x Genomics | 单核RNA测序, 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Genomics单细胞测序平台 |
| 90 | 2025-10-06 |
Tau Pathology Drives Dementia Risk-Associated Gene Networks toward Chronic Inflammatory States and Immunosuppression
2020-11-17, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2020.108398
PMID:33207193
|
研究论文 | 通过系统功能基因组学分析揭示了tau病理驱动痴呆风险基因网络向慢性炎症状态和免疫抑制发展的机制 | 发现了小胶质细胞免疫通路的复杂时间轨迹,识别了从小鼠到人类保守的基因共表达模块NAct和NSupp | 研究主要基于死后脑组织样本,可能无法完全反映疾病发展过程中的动态变化 | 理解神经免疫相关基因和通路在神经退行性疾病病理生理学中的作用 | 纯化的小胶质细胞和来自小鼠及人类AD、FTD、PSP疾病的脑组织 | 神经科学 | 神经退行性疾病 | 功能基因组学分析、化学遗传学、单细胞测序 | 基因共表达网络分析 | 基因组数据、单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 91 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptomics of human islet ontogeny defines the molecular basis of β-cell dedifferentiation in T2D
2020-12, Molecular metabolism
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.molmet.2020.101057
PMID:32739450
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了人类胰岛细胞发育成熟的分子程序以及2型糖尿病中β细胞去分化的分子基础 | 首次详细描绘了人类胰岛α和β细胞在个体发育过程中的成熟程序,并揭示了2型糖尿病中胰岛细胞转录组成熟度丧失的分子机制 | 研究样本量有限,未能确定β细胞去分化在2型糖尿病中的普遍程度和可塑性 | 阐明人类胰岛细胞发育成熟的分子程序以及2型糖尿病中β细胞去分化的分子基础 | 人类胰岛α细胞和β细胞 | 单细胞生物学 | 2型糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 非糖尿病和2型糖尿病供体的胰岛组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 92 | 2025-10-06 |
Multimodal Mapping of the Tumor and Peripheral Blood Immune Landscape in Human Pancreatic Cancer
2020-11, Nature cancer
IF:23.5Q1
DOI:10.1038/s43018-020-00121-4
PMID:34296197
|
研究论文 | 通过多模态分析方法揭示人类胰腺癌中肿瘤和外周血的免疫景观特征 | 首次采用CyTOF、单细胞RNA测序和多重免疫组化相结合的多模态方法,系统解析胰腺癌免疫抑制微环境的细胞互作网络 | 样本量相对有限,需要在更大队列中验证发现的患者特异性免疫变化 | 阐明胰腺导管腺癌的免疫景观特征及其对免疫治疗的影响 | 胰腺癌患者肿瘤组织、匹配血液样本和非恶性组织 | 数字病理学 | 胰腺癌 | CyTOF, 单细胞RNA测序, 多重免疫组化 | NA | 蛋白质组数据, 转录组数据, 图像数据 | 患者肿瘤、匹配血液和非恶性样本(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序, 质谱流式细胞术, 多重免疫组织化学 | NA | NA |
| 93 | 2025-10-06 |
Analysis of Dual Class I Histone Deacetylase and Lysine Demethylase Inhibitor Domatinostat (4SC-202) on Growth and Cellular and Genomic Landscape of Atypical Teratoid/Rhabdoid
2020-Mar-23, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers12030756
PMID:32210076
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研究论文 | 研究表观遗传调节剂Domatinostat(4SC-202)对非典型畸胎样/横纹肌样瘤生长及细胞基因组景观的影响 | 首次探索双重I类组蛋白去乙酰化酶和赖氨酸去甲基化酶抑制剂Domatinostat在ATRT中的抗癌作用机制 | 目前仅为体外研究,缺乏体内实验验证 | 评估表观遗传药物对ATRT肿瘤生长的抑制作用及其机制 | 非典型畸胎样/横纹肌样瘤(ATRT)细胞系 | 癌症表观遗传学 | 非典型畸胎样/横纹肌样瘤 | 单细胞RNA测序,流式细胞术,免疫荧光,多组学富集分析 | 2D和3D支架细胞培养模型 | 基因表达数据,单细胞RNA测序数据 | ATRT-06细胞球状体 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 94 | 2025-10-06 |
Neuroinflammation and EIF2 Signaling Persist despite Antiretroviral Treatment in an hiPSC Tri-culture Model of HIV Infection
2020-04-14, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2020.02.010
PMID:32220329
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研究论文 | 开发了一种基于hiPSC的三细胞共培养模型,用于研究HIV感染和抗逆转录病毒治疗对神经炎症的影响 | 首次建立包含神经元、星形胶质细胞和小胶质细胞的hiPSC三细胞共培养模型,模拟HIV中枢神经系统感染 | 模型为体外培养系统,可能无法完全模拟体内复杂环境 | 研究HIV相关神经认知障碍的发病机制和治疗靶点 | 人诱导多能干细胞分化的神经元、星形胶质细胞和小胶质细胞 | 神经科学 | HIV感染 | 单细胞RNA测序 | hiPSC三细胞共培养模型 | 基因表达数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 95 | 2025-10-06 |
Generation of a Single-Cell RNAseq Atlas of Murine Salivary Gland Development
2020-Dec-18, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2020.101838
PMID:33305192
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研究论文 | 构建了小鼠颌下腺发育过程的单细胞RNA测序图谱,揭示了关键发育阶段的细胞异质性 | 首次创建了小鼠唾液腺发育的单细胞转录组图谱,识别了腺泡和导管细胞群的可塑性及与腺泡分化相关的转录因子 | 仅针对小鼠模型进行研究,未涉及人类或其他物种的验证 | 解析器官发育过程中的动态转录景观,为再生治疗提供模板 | 小鼠颌下腺 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序 | 轨迹推断分析 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 96 | 2025-10-06 |
Single-cell atlas of the first intra-mammalian developmental stage of the human parasite Schistosoma mansoni
2020-12-18, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-20092-5
PMID:33339816
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序构建了曼氏血吸虫早期哺乳动物内发育阶段的细胞类型图谱 | 首次提供了曼氏血吸虫最早哺乳动物内发育阶段(血吸虫体)的单细胞分辨率转录组图谱 | 仅针对两天龄的血吸虫体进行研究,未覆盖其他发育阶段 | 解析血吸虫在哺乳动物宿主内早期发育的细胞类型组成和转录动态 | 曼氏血吸虫两天龄血吸虫体 | 单细胞生物学 | 血吸虫病 | 单细胞RNA测序,原位杂交 | NA | 单细胞转录组数据 | 两天龄曼氏血吸虫血吸虫体 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 97 | 2025-10-06 |
Transfer learning efficiently maps bone marrow cell types from mouse to human using single-cell RNA sequencing
2020-12-04, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-020-01463-6
PMID:33277618
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研究论文 | 本研究利用迁移学习技术,通过单细胞RNA测序数据实现小鼠与人类骨髓细胞类型的高效跨物种映射 | 首次将迁移学习应用于跨物种单细胞RNA测序数据分析,证明简单逻辑回归模型能达到与复杂神经网络相当的性能 | 某些人类细胞类型难以准确识别,表明物种间存在重要生物学差异 | 开发跨物种骨髓细胞类型映射方法 | 小鼠和人类骨髓细胞 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 多类逻辑回归, 人工神经网络 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 98 | 2025-10-06 |
Transcriptomic profiling across the nonalcoholic fatty liver disease spectrum reveals gene signatures for steatohepatitis and fibrosis
2020-12-02, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.aba4448
PMID:33268509
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研究论文 | 通过转录组分析揭示非酒精性脂肪性肝病谱系中脂肪性肝炎和纤维化的基因特征 | 首次在大规模多中心研究中系统识别出25个与纤维化进展相关的差异表达基因特征,并通过单细胞RNA测序数据解析了肝内特定细胞群的贡献 | 研究样本量有限,需要进一步验证这些生物标志物在更广泛人群中的临床应用价值 | 探索非酒精性脂肪性肝病进展至肝硬化的分子机制并识别潜在的循环生物标志物 | 非酒精性脂肪性肝病患者肝组织和血清样本 | 转录组学 | 非酒精性脂肪性肝病 | RNA测序,单细胞RNA测序,SomaScan蛋白分析 | 逻辑回归模型 | 转录组数据,蛋白质组数据 | 发现队列206例患者,验证队列175例患者,300多份血清样本 | NA | RNA-seq,单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 99 | 2025-10-06 |
A Conserved TCRβ Signature Dominates a Highly Polyclonal T-Cell Expansion During the Acute Phase of a Murine Malaria Infection
2020, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2020.587756
PMID:33329568
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研究论文 | 本研究通过分析小鼠疟疾感染急性期脾脏CD4 T细胞受体库,揭示了在高度多克隆扩增中存在保守的TCRβ特征 | 首次描述了疟疾感染急性期T细胞扩增的克隆性和克隆组成,发现TRBV3基因使用在效应T细胞库中持续占主导地位 | 研究仅限于小鼠模型,尚未确定驱动这种保守反应的宿主或寄生虫因素 | 阐明疟疾感染急性期T细胞受体库的克隆组成和特征 | 小鼠脾脏CD4 αβ T细胞 | 免疫学 | 疟疾 | 单细胞RNA测序, RNA-seq分析 | NA | 基因表达数据, T细胞受体序列数据 | 多个重复实验的小鼠脾脏样本 | NA | 单细胞RNA-seq, RNA-seq | NA | NA |
| 100 | 2025-10-06 |
Single-Cell RNA Sequencing of Tocilizumab-Treated Peripheral Blood Mononuclear Cells as an in vitro Model of Inflammation
2020, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2020.610682
PMID:33469465
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析托珠单抗处理的外周血单个核细胞,建立体外炎症模型 | 首次在单细胞水平展示托珠单抗对炎症相关基因和生物学通路的抑制作用 | 样本来源于肾移植受者,可能限制结果在COVID-19中的直接适用性 | 研究托珠单抗在炎症条件下的生物学效应 | 托珠单抗处理前后的刺激外周血单个核细胞 | 单细胞测序 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | 体外炎症模型 | 单细胞基因表达数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |