单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 1659 篇文献，本页显示第 921 - 940 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 921 | 2024-08-09 |
Robotic High-Throughput Biomanufacturing and Functional Differentiation of Human Pluripotent Stem Cells
2020-Aug-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2020.08.03.235242
PMID:32793899
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研究论文 | 本文介绍了一种机器人平台，用于自动化人类诱导多能干细胞（hiPSCs）的高通量生物制造和功能分化 | 开发了一种机器人平台，自动化了hiPSCs的所有关键培养和分化步骤，实现了快速和标准化的生产 | NA | 建立一个集成平台，用于高效的细胞制造，以支持疾病建模、药物筛选和细胞治疗 | 人类诱导多能干细胞（hiPSCs）及其功能分化 | 生物技术 | NA | NA | NA | NA | 最多90种不同的患者和疾病特异性细胞系 |
| 922 | 2024-08-09 |
Predicting antigen specificity of single T cells based on TCR CDR3 regions
2020-08, Molecular systems biology
IF:8.5Q1
DOI:10.15252/msb.20199416
PMID:32779888
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研究论文 | 本文提出并评估了一系列深度学习架构，用于基于TCR CDR3区域预测单个T细胞的抗原特异性 | 本文展示了将抗原作为分类结果变量的模型优于联合建模TCR和抗原序列的模型，并证明了通过建模细胞特异性协变量可以减少单细胞免疫组库筛选的变异性 | NA | 利用高吞吐量的单细胞实验数据，建模单个T细胞的特异性 | 单个T细胞的抗原特异性 | 机器学习 | NA | 深度学习 | CNN | 序列数据 | 大量单细胞样本 |
| 923 | 2024-08-09 |
Single-cell RNA-seq data clustering: A survey with performance comparison study
2020-08, Journal of bioinformatics and computational biology
IF:0.9Q4
DOI:10.1142/S0219720020400053
PMID:32795134
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据聚类方法，并进行了全面的性能比较研究 | 首次对现有scRNA-seq数据聚类方法进行了全面的性能比较，揭示了各方法在不同数据集上的表现差异 | 现有方法在复杂结构的数据集上表现不佳，需要进一步研究更稳定、准确和高效的聚类算法 | 填补scRNA-seq数据聚类方法性能评估的空白，帮助用户选择合适的算法 | 13种先进的scRNA-seq数据聚类算法和12个公开的实际scRNA-seq数据集 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 12个公开的实际scRNA-seq数据集 |
| 924 | 2024-08-09 |
Bystander IFN-γ activity promotes widespread and sustained cytokine signaling altering the tumor microenvironment
2020-03, Nature cancer
IF:23.5Q1
DOI:10.1038/s43018-020-0038-2
PMID:32803171
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研究论文 | 本文研究了肿瘤反应性T细胞产生的细胞因子IFN-γ在肿瘤微环境中广泛且持续的信号传导作用 | 首次报道了IFN-γ不仅在局部产生作用，还能扩散到远处区域改变肿瘤微环境，并且这种作用需要持续数小时的暴露 | NA | 探讨IFN-γ在肿瘤微环境中的时空活动及其对肿瘤微环境的影响 | 肿瘤反应性T细胞产生的IFN-γ及其在肿瘤微环境中的作用 | NA | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 图像 | 来自黑色素瘤患者的样本 |
| 925 | 2024-08-09 |
clustifyr: an R package for automated single-cell RNA sequencing cluster classification
2020, F1000Research
DOI:10.12688/f1000research.22969.2
PMID:32765839
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研究论文 | clustifyr是一个R包，用于自动分类单细胞RNA测序数据中的细胞类型 | clustifyr利用多种外部数据类型，包括基因表达谱，使用来自单细胞RNA测序、批量RNA测序、微阵列表达数据或签名基因列表的数据来分配可能的细胞类型 | NA | 开发一个轻量级且有效的细胞类型分配工具，适用于各种单细胞RNA测序分析流程 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型分配 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 926 | 2024-08-09 |
Single-Cell Transcriptome Profiling Revealed That Vitrification of Somatic Cloned Porcine Blastocysts Causes Substantial Perturbations in Gene Expression
2020, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2020.00640
PMID:32793277
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 927 | 2024-08-09 |
Integrating single-cell RNA-sequencing and functional assays to decipher mammary cell states and lineage hierarchies
2020, NPJ breast cancer
IF:6.5Q1
DOI:10.1038/s41523-020-00175-8
PMID:32793804
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研究论文 | 本文通过整合单细胞RNA测序和功能实验，解析了乳腺细胞状态和谱系层次结构 | 利用单细胞RNA测序技术，识别并分子表征了复杂组织中的细胞层次结构，发现了新的细胞类型和状态 | NA | 理解正常细胞稳态和肿瘤发生的关键 | 乳腺上皮细胞的异质性和细胞层次结构 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 涉及人和小鼠的乳腺组织 |
| 928 | 2024-08-09 |
Clinical and genomic landscape of hepatocellular carcinoma subtypes with various proportions of nonleukocyte stromal cells
2020-Nov-30, Gene
IF:2.6Q2
DOI:10.1016/j.gene.2020.145028
PMID:32763490
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研究论文 | 本文研究了肝细胞癌（HCC）中非白细胞基质细胞比例对肿瘤微环境的影响，并基于这些细胞相关基因表达的多样性对HCC进行了分类 | 首次详细探讨了非白细胞基质部分对肝细胞癌肿瘤微环境的影响，并基于此进行了HCC的分类 | NA | 研究肿瘤微环境中非白细胞基质细胞对肝细胞癌发展的影响，并探索基于此的个性化治疗策略 | 肝细胞癌及其肿瘤微环境中的非白细胞基质细胞 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞测序 | 支持向量机（SVM） | 基因表达数据 | 使用了来自TCGA和GEO的数据集，具体样本数量未在摘要中明确 |
| 929 | 2024-08-09 |
Developmental excitation-inhibition imbalance underlying psychoses revealed by single-cell analyses of discordant twins-derived cerebral organoids
2020-11, Molecular psychiatry
IF:9.6Q1
DOI:10.1038/s41380-020-0844-z
PMID:32764691
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术分析了来自精神分裂症和双相情感障碍患者的脑类器官，揭示了兴奋性和抑制性神经元失衡在精神疾病中的作用 | 首次利用单细胞RNA测序技术分析来自精神疾病患者的脑类器官，揭示了神经元类型特异性的病理生理机制 | 研究仅限于少数病例，且依赖于脑类器官模型，可能与真实人脑存在差异 | 探究精神分裂症和双相情感障碍的细胞机制 | 精神分裂症和双相情感障碍患者的脑类器官 | NA | 精神分裂症, 双相情感障碍 | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | 细胞 | 来自三对同卵双胞胎的脑类器官 |
| 930 | 2024-08-09 |
Multiomic Analysis of Subtype Evolution and Heterogeneity in High-Grade Serous Ovarian Carcinoma
2020-10-15, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-20-0521
PMID:32747365
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研究论文 | 本研究通过综合分析绝对拷贝数和基因表达数据，结合单细胞分析，探讨了高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）亚型的演变和异质性 | 本研究采用了一种新颖的综合分析方法，结合单细胞测序技术，揭示了肿瘤细胞类型组成的广泛异质性 | 研究主要基于The Cancer Genome Atlas的数据和六个独立肿瘤的单细胞分析，可能存在样本选择的偏倚 | 探讨高级别浆液性卵巢癌亚型的演变和异质性，并评估基于转录组的肿瘤分组在治疗中的适用性 | 高级别浆液性卵巢癌的亚型演变和异质性 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 42,000个肿瘤细胞 |
| 931 | 2024-08-09 |
A Transgenic System for Rapid Magnetic Enrichment of Rare Embryonic Cells
2020-10, Zebrafish
IF:1.4Q2
DOI:10.1089/zeb.2020.1904
PMID:32749922
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研究论文 | 本研究介绍了一种新的转基因系统，用于快速从斑马鱼胚胎中富集稀有细胞，利用人表面抗原进行免疫结合和磁性排序 | 开发了一种新的转基因系统，通过人表面抗原进行免疫结合和磁性排序，实现了对斑马鱼胚胎中稀有细胞的快速富集 | NA | 解决在发育生物学中由于现有技术限制而导致的原始器官单细胞分析难题 | 斑马鱼胚胎中的稀有细胞，特别是新生造血干细胞/祖细胞和内皮细胞 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 早期斑马鱼胚胎中的新生造血干细胞/祖细胞和内皮细胞 |
| 932 | 2024-08-09 |
TLR4 signals through islet macrophages to alter cytokine secretion during diabetes
2020-10, The Journal of endocrinology
IF:3.4Q2
DOI:10.1530/JOE-20-0131
PMID:32755994
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研究论文 | 本研究探讨了TLR4通过胰岛巨噬细胞影响糖尿病中细胞因子分泌的机制 | 发现胰岛巨噬细胞是TLR4介导信号传导的主要来源，尤其是在糖尿病胰岛中 | 对TLR信号在胰岛内的具体细胞来源仍了解不足 | 揭示TLR信号在胰岛内的具体细胞来源及其在糖尿病中的作用，以寻找新的治疗靶点 | 健康和肥胖糖尿病小鼠的胰腺胰岛 | 免疫学 | 糖尿病 | 免疫染色技术 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 健康和肥胖糖尿病小鼠的胰岛，以及人类胰岛 |
| 933 | 2024-08-09 |
A Widespread Neurogenic Potential of Neocortical Astrocytes Is Induced by Injury
2020-10-01, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2020.07.006
PMID:32758425
|
研究论文 | 本研究探讨了损伤如何诱导非神经发生区域的星形胶质细胞产生新的神经元 | 首次展示了Notch信号缺失的星形胶质细胞在损伤后能够生成新的神经元，并揭示了星形胶质细胞向神经干细胞样状态转变的分子机制 | NA | 研究星形胶质细胞在损伤后的神经发生潜力及其分子调控机制 | 星形胶质细胞的神经发生潜力 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | NA |
| 934 | 2024-08-09 |
Integration of GWAS Summary Statistics and Gene Expression Reveals Target Cell Types Underlying Kidney Function Traits
2020-10, Journal of the American Society of Nephrology : JASN
IF:10.3Q1
DOI:10.1681/ASN.2020010051
PMID:32764137
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研究论文 | 本文通过整合全基因组关联研究（GWAS）的总结数据和基因表达数据，揭示了与肾脏功能特征相关的目标细胞类型。 | 本文采用了一种新颖的计算方法，通过整合RNA-seq数据和GWAS总结数据，无偏差地识别与特征相关的组织和细胞类型。 | NA | 本文旨在通过整合GWAS统计数据和基因表达数据，识别与肾脏功能特征相关的组织和细胞类型，为进一步的机制研究提供基础。 | 研究对象包括eGFR、尿白蛋白肌酐比（UACR）、BUN和血清尿酸的GWAS总结数据，以及来自人类和鼠类的五个肾脏单细胞RNA-seq数据集和微切割的管状RNA-seq数据集。 | 基因组学 | 肾脏疾病 | RNA-seq | NA | 基因表达数据 | 涉及53个组织的RNA-seq数据，以及人类和鼠类的五个肾脏单细胞RNA-seq数据集和微切割的管状RNA-seq数据集。 |
| 935 | 2024-08-09 |
Distinct Regulatory Programs Control the Latent Regenerative Potential of Dermal Fibroblasts during Wound Healing
2020-09-03, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2020.07.008
PMID:32755548
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研究论文 | 本文研究了在伤口愈合过程中，皮肤成纤维细胞的潜在再生潜能及其调控程序 | 使用互补的命运图谱方法，揭示了毛囊间质前体细胞在伤口修复中的有限贡献，以及Hic1标记的毛囊外前体细胞在修复成纤维细胞中的主要作用，并通过单细胞RNA测序和scATAC-seq分析了再生相关的转录调控和染色质可及性变化 | NA | 定义修复性成纤维细胞的谱系起源和调控程序，以改善愈合结果 | 皮肤成纤维细胞在稳态和损伤响应中的异质性，以及其在伤口愈合中的作用 | NA | NA | 单细胞RNA测序, scATAC-seq | NA | RNA, 染色质可及性 | NA |
| 936 | 2024-08-09 |
Mapping systemic lupus erythematosus heterogeneity at the single-cell level
2020-09, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/s41590-020-0743-0
PMID:32747814
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了33名不同疾病活动度的系统性红斑狼疮（SLE）儿童患者和11名匹配对照的外周血单个核细胞，揭示了SLE患者血液转录组的细胞来源及其异质性 | 首次在单细胞水平上详细解析了SLE患者的血液转录组异质性，并识别出与疾病活动度相关的特定细胞亚群 | 研究主要集中在儿童SLE患者，成人SLE患者的验证样本量较少 | 解析系统性红斑狼疮转录组特征的细胞来源及其疾病异质性，为精准医疗应用奠定基础 | 系统性红斑狼疮患者的血液转录组及其细胞来源 | 数字病理学 | 系统性红斑狼疮 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 约276,000个外周血单个核细胞来自33名儿童SLE患者和11名对照，以及约82,000个来自成人SLE患者的单个外周血单个核细胞 |
| 937 | 2024-08-09 |
Single-cell atlas of colonic CD8+ T cells in ulcerative colitis
2020-09, Nature medicine
IF:58.7Q1
DOI:10.1038/s41591-020-1003-4
PMID:32747828
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组学、T细胞受体谱分析和质谱流式细胞术，构建了健康和溃疡性结肠炎（UC）中人结肠CD8 T细胞的无偏倚图谱 | 揭示了CD8 T细胞的广泛异质性，包括扩增的效应和终末分化的后效应CD8 T细胞，并发现UC相关的效应CD8 T细胞能触发组织破坏并产生肿瘤坏死因子（TNF）-α，而后效应细胞获得先天性特征以采取可能缓解过度炎症的调节功能 | NA | 研究结肠CD8 T细胞在健康和溃疡性结肠炎中的细胞表型及其驱动免疫调节和炎症的机制 | 人结肠CD8 T细胞 | 数字病理学 | 溃疡性结肠炎 | 单细胞转录组学、T细胞受体谱分析、质谱流式细胞术 | NA | 细胞 | NA |
| 938 | 2024-08-09 |
Multidimensional study of the heterogeneity of leukemia cells in t(8;21) acute myelogenous leukemia identifies the subtype with poor outcome
2020-08-18, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2003900117
PMID:32747558
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研究论文 | 本研究通过综合分析免疫表型、RNA测序（RNA-seq）和单细胞RNA测序（scRNA-seq），揭示了t(8;21)急性髓系白血病中不同分化阶段的三个独特的白血病细胞群体及其与临床预后的关系 | 首次通过多维分析方法揭示了t(8;21)急性髓系白血病中白血病细胞的多维异质性，并确定了与不良预后相关的细胞亚型 | NA | 研究t(8;21)急性髓系白血病中白血病细胞的异质性及其与临床预后的关系 | t(8;21)急性髓系白血病中的白血病细胞 | 数字病理学 | 白血病 | RNA测序（RNA-seq），单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 多个时间点的样本 |
| 939 | 2024-08-09 |
hubViz: A Novel Tool for Hub-centric Visualization
2020-Aug-15, Chemometrics and intelligent laboratory systems : an international journal sponsored by the Chemometrics Society
IF:3.7Q1
DOI:10.1016/j.chemolab.2020.104071
PMID:32753773
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研究论文 | 本文介绍了一种名为hubViz的新工具，用于二进制数据的中心枢纽可视化 | hubViz是首个专门针对二进制数据并考虑观测值中心性的可视化工具 | 传统的可视化算法如MDS、t-SNE和UMAP未针对二进制数据进行优化，且未考虑观测值的中心性 | 提出并评估hubViz工具在基因表达数据、单细胞RNA测序数据和文献挖掘数据中的应用效果 | 评估hubViz在不同类型基因组数据中的可视化性能 | 计算机视觉 | NA | NA | NA | 二进制数据 | 涉及大鼠暴露于可卡因的多个脑区基因表达数据、外周血单个核细胞的单细胞RNA测序数据以及疾病间关系的文献挖掘数据 |
| 940 | 2024-08-09 |
Author Correction: Single-cell RNA-seq reveals that glioblastoma recapitulates a normal neurodevelopmental hierarchy
2020-08-07, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-17979-8
PMID:32769982
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correction | 对一篇关于胶质母细胞瘤单细胞RNA测序研究的论文进行修正 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |