单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
881	2024-08-09	Single-Cell Transcriptional Analyses Identify Lineage-Specific Epithelial Responses to Inflammation and Metaplastic Development in the Gastric Corpus 2020-12, Gastroenterology IF:25.7Q1 DOI:10.1053/j.gastro.2020.08.027 PMID:32835664	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析，探讨了慢性胃炎中胃体上皮细胞在炎症和化生发展中的谱系特异性反应。	本研究首次将Gkn3 mRNA作为小鼠胃体化生的特异性标记，并扩展了胃化生的定义，包括胃体中的GKN3阳性细胞。	NA	研究慢性萎缩性胃炎导致胃化生和胃腺癌风险增加的机制。	胃体上皮细胞，特别是粘液颈部细胞和主细胞在慢性胃炎中的转录程序。	数字病理学	胃腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	BALB/c小鼠（对照组）和TxA23小鼠的胃体上皮细胞，以及B6小鼠和人类患者的胃组织样本。
882	2024-08-09	Integrative analysis of scRNA-seq and GWAS data pinpoints periportal hepatocytes as the relevant liver cell types for blood lipids 2020-11-04, Human molecular genetics IF:3.1Q2 DOI:10.1093/hmg/ddaa188 PMID:32821946	研究论文	本文通过整合脂质特征的全基因组关联研究（GWAS）和肝脏单细胞转录组数据，识别了对血液脂质水平最相关的肝脏细胞类型	本文创新地使用了分层连锁不平衡得分回归方法，结合细胞类型特异性表达基因集（CT-SEGS）来确定与复杂性状和疾病最相关的细胞类型	NA	旨在通过整合GWAS和单细胞转录组数据，识别与血液脂质水平最相关的肝脏细胞类型	人类和小鼠的肝脏细胞类型	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），全基因组关联研究（GWAS）	NA	基因表达数据	40种人类和小鼠的肝脏细胞类型
883	2024-08-09	Single-cell RNA sequencing reveals the regenerative potential of thyroid follicular epithelial cells in metastatic thyroid carcinoma 2020-10-22, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2020.06.050 PMID:32811644	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术揭示了甲状腺癌转移中甲状腺滤泡上皮细胞的再生潜能	发现了一组罕见的表达干细胞样基因的甲状腺滤泡上皮细胞，并证实这些细胞在甲状腺癌转移再生中起重要作用	NA	探讨甲状腺癌转移中甲状腺滤泡上皮细胞的再生机制	甲状腺癌转移中的甲状腺滤泡上皮细胞	数字病理学	甲状腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	涉及小鼠和人体样本
884	2024-08-09	Dynamics of Cardiac Neutrophil Diversity in Murine Myocardial Infarction 2020-10-09, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.120.317200 PMID:32811295	研究论文	研究了小鼠心肌梗死后血液和心脏中中性粒细胞多样性的动态变化	首次在单细胞水平上详细描述了心肌梗死后中性粒细胞多样性和基因表达的动态变化，并揭示了缺血心脏中中性粒细胞局部组织特异性的过程	NA	描述心肌梗死后循环和心脏中性粒细胞多样性的动态变化	小鼠心肌梗死后血液和心脏中的中性粒细胞	NA	心血管疾病	单细胞转录组学结合细胞表面表位检测	NA	转录组数据	在心肌梗死后第1天、第3天和第5天收集的样本
885	2024-08-09	A cell atlas of adult muscle precursors uncovers early events in fibre-type divergence in Drosophila 2020-10-05, EMBO reports IF:6.5Q1 DOI:10.15252/embr.201949555 PMID:32815271	研究论文	本文通过单细胞RNA测序实验构建了果蝇第三龄幼虫翅盘相关肌细胞前体的细胞图谱，揭示了间接飞行肌和直接飞行肌肌细胞前体在转录水平上的早期分化事件	首次揭示了果蝇间接飞行肌和直接飞行肌肌细胞前体的不同转录特征，并发现了新的肌细胞分化标记基因Amalgam	NA	理解果蝇肌肉多样化的早期转录事件	果蝇的间接飞行肌和直接飞行肌肌细胞前体	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	第三龄幼虫翅盘相关肌细胞前体
886	2024-08-09	Single-cell RNA-sequencing reports growth-condition-specific global transcriptomes of individual bacteria 2020-10, Nature microbiology IF:20.5Q1 DOI:10.1038/s41564-020-0774-1 PMID:32807892	研究论文	本文利用改进的poly(A)-independent单细胞RNA测序技术，捕捉了Salmonella和Pseudomonas细菌在不同生长条件下的全基因组转录谱	首次成功应用单细胞RNA测序技术于原核生物，实现了对个体细菌在不同生长条件下的全基因组转录谱的准确捕捉	目前仅限于Salmonella和Pseudomonas两种细菌，对其他细菌种类的适用性有待验证	研究细菌在不同生长条件下的转录异质性，为理解细菌的表型多样性提供参考	Salmonella和Pseudomonas细菌在不同生长条件下的转录谱	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	个体Salmonella和Pseudomonas细菌
887	2024-08-09	A single-cell transcriptome atlas of marsupial embryogenesis and X inactivation 2020-10, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-020-2629-6 PMID:32814901	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析了有袋类动物灰短尾负鼠的胚胎发育和X染色体失活过程	首次对有袋类动物进行单细胞RNA测序研究，揭示了早期X染色体失活和印迹X染色体失活的机制	NA	探索有袋类动物胚胎发育和X染色体失活的分子机制	有袋类动物灰短尾负鼠的胚胎	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
888	2024-08-09	Analysis of circulating breast cancer cell heterogeneity and interactions with peripheral blood mononuclear cells 2020-10, Molecular carcinogenesis IF:3.0Q2 DOI:10.1002/mc.23242 PMID:32822091	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术分析乳腺癌患者循环肿瘤细胞与外周血单个核细胞的相互作用	首次通过单细胞RNA测序技术详细描述了循环肿瘤细胞的异质性及其与外周血单个核细胞的相互作用	研究样本仅来自乳腺癌患者，可能限制了结果的普遍性	揭示循环肿瘤细胞与外周血单个核细胞的相互作用，为预测疾病进展提供信息	乳腺癌患者的循环肿瘤细胞和外周血单个核细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	来自乳腺癌患者的外周血样本
889	2024-08-09	Elevated Calprotectin and Abnormal Myeloid Cell Subsets Discriminate Severe from Mild COVID-19 2020-09-17, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2020.08.002 PMID:32810439	研究论文	研究通过高维流式细胞术和单细胞RNA测序分析COVID-19患者的外周血细胞，探讨疾病严重程度与先天性髓样细胞反应的关系	发现严重COVID-19病例中非经典CD14CD16单核细胞消失，HLA-DR经典单核细胞积累及大量钙卫蛋白释放，以及免疫抑制性中性粒细胞的积累	研究结果需要前瞻性评估	探究COVID-19疾病严重程度与先天性髓样细胞反应的关系及预测高风险患者的标志物	COVID-19患者的外周血细胞	NA	COVID-19	高维流式细胞术，单细胞RNA测序	NA	细胞	具体样本数量未在摘要中提及
890	2024-08-09	Therapy-Induced Evolution of Human Lung Cancer Revealed by Single-Cell RNA Sequencing 2020-09-03, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2020.07.017 PMID:32822576	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了30名接受靶向治疗的转移性肺癌患者在治疗前后的49个临床活检样本，揭示了肺癌细胞在治疗诱导下的进化过程及其对肿瘤微环境的影响	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了治疗诱导的肺癌细胞进化及其对肿瘤微环境的影响，发现了新的可靶向的致癌基因和治疗后的细胞状态转变	研究样本仅限于转移性肺癌患者，且样本数量相对有限	探讨治疗诱导的肺癌细胞进化及其对临床结果的影响	转移性肺癌细胞及其肿瘤微环境	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	49个临床活检样本，来自30名患者
891	2024-08-09	Single-cell transcriptomics identifies a distinct luminal progenitor cell type in distal prostate invagination tips 2020-09, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-020-0642-1 PMID:32807988	研究论文	本研究通过单细胞转录组学分析，鉴定并描述了一种独特的远端前列腺内陷尖端的管腔前体细胞类型	首次鉴定出一种名为Luminal-C的独特管腔细胞类型，并证实其在体外和体内具有较强的器官形成和上皮管道再生能力	NA	旨在识别前列腺干细胞/前体细胞并阐明前列腺上皮细胞谱系层次结构，以理解前列腺癌的起始机制	小鼠和人类的前列腺细胞	数字病理学	前列腺癌	单细胞转录组学	NA	转录组数据	35,129个小鼠前列腺细胞和11,374个人类前列腺细胞
892	2024-08-09	Tuning parameters of dimensionality reduction methods for single-cell RNA-seq analysis 2020-08-24, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-020-02128-7 PMID:32831127	研究论文	本文通过系统地改变五种方法的可调参数，评估了它们在单细胞RNA测序数据降维中的性能	提出了两种自动调整参数的策略，以优化需要参数调整的方法的性能	未提及	评估不同参数设置对单细胞RNA测序数据降维方法性能的影响	五种单细胞RNA测序数据降维方法	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	PCA, ZinbWave, DCA, scVI	单细胞RNA测序数据	150万次实验
893	2024-08-09	Detecting Interactive Gene Groups for Single-Cell RNA-Seq Data Based on Co-Expression Network Analysis and Subgraph Learning 2020-08-21, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells9091938 PMID:32825786	研究论文	本文提出了一种新的学习框架，用于基于共表达网络分析和子图学习检测单细胞RNA-seq数据的交互基因组	该方法考虑了基因间的相互作用，通过学习基因共表达网络中的密集子图来检测交互基因组	NA	旨在通过检测交互基因组来理解肿瘤异质性	单细胞RNA-seq数据的交互基因组	生物信息学	肿瘤	单细胞RNA测序	子图学习	基因共表达网络	一个真实的癌症单细胞RNA-seq数据集
894	2024-08-09	Natural killer cell immunotypes related to COVID-19 disease severity 2020-08-21, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.abd6832 PMID:32826343	研究论文	本研究使用28色流式细胞术和单细胞RNA测序技术，揭示了COVID-19患者外周血和支气管肺泡灌洗液中自然杀伤（NK）细胞的激活模式，并识别出与疾病严重程度相关的NK细胞免疫型。	首次详细描绘了COVID-19疾病中NK细胞激活的景观，并识别出与疾病严重程度相关的NK细胞免疫型。	NA	理解COVID-19中的先天免疫反应，以解码宿主反应机制和解释疾病发病机制。	COVID-19患者的外周血和支气管肺泡灌洗液中的NK细胞。	免疫学	COVID-19	28色流式细胞术，单细胞RNA测序	NA	血液，支气管肺泡灌洗液	多个COVID-19患者的样本
895	2024-08-09	A sparse Bayesian factor model for the construction of gene co-expression networks from single-cell RNA sequencing count data 2020-Aug-18, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-020-03707-y PMID:32811424	研究论文	本文提出了一种新的稀疏贝叶斯因子模型，用于从单细胞RNA测序计数数据构建基因共表达网络	该模型通过潜在因子影响每个细胞的基因表达值，能够灵活处理单细胞RNA测序数据中的高比例零值、细胞间变异增加和由于异常大的表达计数导致的过度分散问题	NA	开发适用于新型数据（如单细胞RNA测序）的网络方法	基因共表达网络	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	稀疏贝叶斯因子模型	计数数据	NA
896	2024-08-09	SARS-CoV-2 Receptor ACE2 Is Enriched in a Subpopulation of Mouse Tongue Epithelial Cells in Nongustatory Papillae but Not in Taste Buds or Embryonic Oral Epithelium 2020-Aug-14, ACS pharmacology & translational science IF:4.9Q1 DOI:10.1021/acsptsci.0c00062 PMID:32821883	research paper	研究分析了SARS-CoV-2受体ACE2在小鼠舌上皮细胞中的表达情况，特别是在非味觉乳头和味蕾中的分布	首次揭示了ACE2在新生小鼠口腔上皮中的强烈表达，以及在成年小鼠舌上皮细胞中的特定亚群分布	研究主要基于RNA-Seq数据，未涉及实际的病毒感染实验	探究SARS-CoV-2受体ACE2在不同发育阶段小鼠口腔上皮中的表达情况及其在味觉丧失中的作用	小鼠的口腔上皮细胞，特别是舌部的非味觉乳头和味蕾	digital pathology	COVID-19	RNA-Seq	NA	RNA	包括胚胎和新生小鼠的口腔组织，以及成年小鼠的舌上皮细胞
897	2024-08-09	Visualizing Single-Cell RNA-seq Data with Semisupervised Principal Component Analysis 2020-Aug-12, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms21165797 PMID:32806757	研究论文	本文提出了一种半监督主成分分析（ssPCA）方法，用于单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据的可视化	ssPCA方法结合了聚类标签进行降维，能够同时最大化数据方差和聚类依赖性，保留数据的局部和全局结构	ssPCA需要聚类标签作为输入，主要适用于从scRNA-seq聚类软件中可视化聚类	开发一种新的方法来可视化scRNA-seq数据，以更有效地提取生物学信息并识别新的细胞亚型	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	半监督主成分分析（ssPCA）	数据	NA
898	2024-08-09	RNA-Bloom enables reference-free and reference-guided sequence assembly for single-cell transcriptomes 2020-08, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.260174.119 PMID:32817073	研究论文	本文介绍了RNA-Bloom算法，用于单细胞转录组的参考自由和参考引导序列组装	RNA-Bloom算法能够从多个单细胞转录组中聚合丰富的信息内容，重建细胞特异性异构体，支持无参考和有参考的组装策略	NA	开发一种新的组装算法，以解决单细胞转录组分析中异构体序列分析的局限性	单细胞转录组数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	转录组数据	模拟数据集包含384个细胞，真实数据集包含3840个细胞和超过40亿条读取
899	2024-08-09	A novel single-cell based method for breast cancer prognosis 2020-08, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1008133 PMID:32833968	研究论文	本文提出了一种新的基于单细胞的乳腺癌预后方法scPrognosis，利用单细胞RNA测序数据提高乳腺癌预后准确性	scPrognosis方法通过分析Epithelial-to-Mesenchymal Transition (EMT)过程中的单细胞RNA测序数据，推断EMT伪时间并构建动态基因共表达网络，从而选择在EMT不同阶段表达变化和分化中起重要作用的基因	目前仅在乳腺癌预后中验证了该方法的有效性，尚未在其他癌症类型或其他生物过程中进行广泛验证	提高乳腺癌预后的准确性	乳腺癌的预后	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA测序数据	未具体说明样本数量
900	2024-08-09	Deep learning-based cell composition analysis from tissue expression profiles 2020-07, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.aba2619 PMID:32832661	研究论文	本文介绍了Scaden，一种基于深度神经网络的细胞解卷积方法，利用基因表达信息推断组织中的细胞组成	Scaden通过单细胞RNA测序数据训练，生成具有抗偏差和噪声能力的判别特征，无需复杂的数据预处理和特征选择	NA	开发一种新型的细胞解卷积算法，提高解卷积的精确度和鲁棒性	细胞解卷积算法在不同类型数据上的应用	机器学习	NA	RNA-seq	深度神经网络	基因表达数据	涉及人类和鼠类的组织表达数据