单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
821	2024-08-09	Values of Single-Cell RNA Sequencing in Development of Cerebral Cortex 2020, Advances in experimental medicine and biology DOI:10.1007/978-981-15-4494-1_19 PMID:32949404	研究论文	本文探讨了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在研究大脑皮层细胞复杂性、集群和特定功能中的应用	本文提出了将scRNA-seq扩展到单个神经元细胞的代谢谱，并整合转录组与分子和功能表型，以深入理解大脑发育和疾病发生的分子机制	大脑样本易受干扰和混杂因素影响，需要开发更先进的计算系统生物学方法来克服单细胞信号检测中的固有干扰和技术差异	研究单细胞RNA测序在理解大脑皮层发育和神经疾病发病机制中的应用	大脑皮层细胞的异质性和转录组变化	数字病理学	神经疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	未具体说明样本数量
822	2024-08-09	scTree: An R package to generate antibody-compatible classifiers from single-cell sequencing data 2020, Journal of open source software DOI:10.21105/joss.02061 PMID:32954206	研究论文	介绍了一个名为scTree的R包，用于从单细胞测序数据中生成抗体兼容的分类器	scTree工具旨在为使用R编程语言和scRNA-seq分析程序的生物学家提供一组最小的基因，以便用于下游实验	NA	开发一个工具，帮助生物学家从单细胞测序数据中选择用于下游实验的最小基因集	单细胞RNA测序数据中的基因选择	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
823	2024-08-09	Sources of variation in cell-type RNA-Seq profiles 2020, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0239495 PMID:32956417	研究论文	研究了影响细胞类型特异性RNA-Seq表达谱变异的因素	评估了不同归一化方法对变异的影响，并探讨了UMI-based单细胞RNA-Seq与bulk RNA-Seq之间的差异	技术变异和组织来源的差异对细胞类型比例解卷积有混杂效应	探究影响细胞类型特异性基因表达谱变异的主要因素	bulk RNA-Seq和单细胞RNA-Seq数据中的B细胞和T细胞	生物信息学	NA	RNA-Seq	NA	RNA-Seq数据	多个公开可用的bulk和单细胞RNA-Seq数据集
824	2024-08-09	L2,1-Extreme Learning Machine: An Efficient Robust Classifier for Tumor Classification 2020-Dec, Computational biology and chemistry IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.compbiolchem.2020.107368 PMID:32919230	研究论文	本文提出了一种基于L2,1范数的新型极端学习机方法，用于提高肿瘤分类的鲁棒性	引入L2,1范数在损失函数中以提高方法的鲁棒性，并减少噪声和异常值的影响	NA	提高极端学习机在肿瘤分类中的鲁棒性	癌症样本和单细胞RNA测序数据集	机器学习	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	极端学习机（ELM）	基因表达数据	五个UCI数据集以及TCGA数据集和scRNA-seq数据集
825	2024-08-09	The Stress-Like Cancer Cell State Is a Consistent Component of Tumorigenesis 2020-11-18, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2020.08.018 PMID:32910905	research paper	本研究通过结合斑马鱼黑色素瘤模型、空间转录组学和人类样本，验证了肿瘤发生过程中存在一种应激样癌细胞状态	首次通过多种模型和方法验证了应激样癌细胞状态的存在，并发现其在肿瘤发生早期即已出现，且具有更高的肿瘤种植能力和药物抗性	研究主要集中在应激样癌细胞状态的验证和特性分析，未深入探讨其具体机制和治疗应用	验证肿瘤发生过程中应激样癌细胞状态的存在及其特性	应激样癌细胞状态及其在肿瘤发生中的作用	digital pathology	NA	空间转录组学	NA	转录组数据	包括斑马鱼模型和人类样本
826	2024-08-09	Spectacle: An interactive resource for ocular single-cell RNA sequencing data analysis 2020-11, Experimental eye research IF:3.0Q1 DOI:10.1016/j.exer.2020.108204 PMID:32910939	研究论文	本文介绍了Spectacle，一个用于探索眼部单细胞RNA测序数据的交互式网络资源	开发了Spectacle系统，降低了非计算背景用户与丰富单细胞RNA测序研究交互的生物信息学门槛	分享单细胞RNA测序结果仍然是一个主要障碍，特别是对于没有计算背景的个人	解决分享单细胞RNA测序结果的难题，特别是为没有计算背景的用户提供便利	眼部单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	Shiny框架	单细胞表达数据	五个预处理的眼部单细胞RNA测序数据集
827	2024-08-09	Duodenal chemosensory system: enterocytes, enteroendocrine cells, and tuft cells 2020-11, Current opinion in gastroenterology IF:2.6Q2 DOI:10.1097/MOG.0000000000000685 PMID:32925177	综述	本文综述了胃十二指肠上皮中由肠上皮细胞、肠内分泌细胞和绒毛细胞组成的腔内化学感应系统的最新进展，特别强调了化学感应如何影响黏膜保护反应和代谢综合征。	最近基于单细胞RNA测序的研究提供了详细的化学感应受体和其他生物活性分子的细胞类型特异性表达及细胞谱系信息，揭示了腔内化学感应不仅对肠道功能的局部或远程调节至关重要，还参与了代谢、能量平衡和食物摄入的系统性调节。	NA	总结腔内化学感应系统的最新理解，并探讨其在黏膜损伤、代谢障碍和异常内脏感觉治疗中的潜在分子靶点。	胃十二指肠上皮中的肠上皮细胞、肠内分泌细胞和绒毛细胞。	NA	代谢障碍	单细胞RNA测序	NA	RNA	细胞类型特异性
828	2024-08-09	A map of human breast cancer: new players in stromal-immune crosstalk 2020-10-01, The EMBO journal DOI:10.15252/embj.2020106368 PMID:32909627	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术研究了人乳腺癌中的间质细胞，并发现了新的间质间充质细胞亚群	本文首次通过单细胞RNA测序技术揭示了乳腺癌中间质间充质细胞的新亚群及其独特的转录组特征、组织定位和相关的免疫微环境	NA	探索乳腺癌中间质-免疫相互作用的新参与者	人乳腺癌中的间质间充质细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
829	2024-08-09	Gene-Specific Linear Trends Constrain Transcriptional Variability of the Toll-like Receptor Signaling 2020-09-23, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2020.08.007 PMID:32918862	研究论文	本文利用单细胞RNA测序和单分子mRNA计数（smFISH）研究免疫系统中Toll样受体信号通路的诱导基因表达，发现肿瘤坏死因子α的mRNA计数符合标准的随机开关模型，而白细胞介素-1β的转录涉及额外的调节步骤，导致异质性增加。	本文首次展示了单细胞mRNA响应的变异性受到转录爆发的线性约束，并通过数学建模和实验扰动验证了这一发现。	NA	研究单细胞基因表达变异性在刺激响应中的控制机制。	免疫系统中Toll样受体信号通路的诱导基因表达。	NA	NA	单细胞RNA测序（RNA-seq），单分子mRNA计数（smFISH）	NA	基因表达数据	未具体说明样本数量
830	2024-08-09	Oxidative Metabolism Drives Immortalization of Neural Stem Cells during Tumorigenesis 2020-09-17, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2020.07.039 PMID:32916131	研究论文	本文研究了氧化代谢在肿瘤发生过程中对神经干细胞永生化的驱动作用	首次展示了线粒体融合诱导的代谢重编程对肿瘤起始细胞永生化的速率限制作用，并触发其不可逆的肿瘤发生倾向	NA	探讨代谢重编程在肿瘤发生中的作用及其机制	神经干细胞及其在肿瘤发生中的代谢变化	数字病理学	NA	单细胞转录组学, 靶向代谢组学	NA	转录组数据	涉及果蝇大脑肿瘤中的快速分裂的干细胞群体
831	2024-08-09	Ontogeny of arterial macrophages defines their functions in homeostasis and inflammation 2020-09-11, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-020-18287-x PMID:32917889	研究论文	本文通过结合巨噬细胞命运图谱分析和单细胞RNA测序，研究了动脉巨噬细胞在稳态和血管紧张素II诱导的动脉炎症中的细胞身份及其发育起源与成年期表型和功能的关系	首次揭示了卵黄囊红系髓系前体细胞对动脉外膜巨噬细胞的显著贡献，并阐明了这些细胞在稳态和炎症中的不同功能	NA	探讨动脉巨噬细胞的异质性及其在健康和疾病中的不同功能	动脉巨噬细胞的发育起源及其在成年期的表型和功能	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	成年小鼠
832	2024-08-09	Analysis of single-cell transcriptomes links enrichment of olfactory receptors with cancer cell differentiation status and prognosis 2020-09-11, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-020-01232-5 PMID:32917933	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析，探讨了嗅觉受体（ORs）在癌细胞分化状态和预后中的作用	首次全面描绘了肿瘤中单细胞水平嗅觉受体的表达动态，并构建了基于广泛嗅觉受体表达特征的表达签名	NA	研究嗅觉受体在癌细胞分化状态和癌症预后中的作用	嗅觉受体在肿瘤细胞中的表达及其与癌细胞分化和预后的关系	数字病理学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	使用了来自癌症基因组图谱（TCGA）的肿瘤样本
833	2024-08-09	Bayesian gamma-negative binomial modeling of single-cell RNA sequencing data 2020-Sep-09, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-020-06938-8 PMID:32900358	研究论文	本文提出了一种全生成层次伽马-负二项（hGNB）模型，用于单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据分析，无需显式建模零膨胀	提出了一种新的层次伽马-负二项模型，能够自然地考虑基因和细胞水平的协变效应，无需预处理步骤如归一化	NA	旨在开发一种新的统计模型，用于更准确地分析单细胞RNA测序数据	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	层次伽马-负二项（hGNB）模型	RNA测序数据	涉及多个真实世界的scRNA-seq数据集
834	2024-08-09	Single-cell transcriptomes of pancreatic preinvasive lesions and cancer reveal acinar metaplastic cells' heterogeneity 2020-09-09, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-020-18207-z PMID:32908137	研究论文	本文通过单细胞RNA测序研究了从小鼠胰腺前侵袭阶段到肿瘤形成过程中的细胞异质性	首次定义了六种腺泡化生细胞类型和状态，并揭示了肿瘤相关基质、免疫、内皮和成纤维细胞的信号，这些信号可能支持肿瘤发展及免疫细胞的招募和教育	NA	研究胰腺癌前病变和癌症中单细胞转录组的异质性	小鼠胰腺中的腺泡化生细胞及其在肿瘤发展中的作用	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
835	2024-08-09	Single Cell Technologies Define New Therapeutic Avenues for Huntington's Disease 2020-09-09, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2020.08.007 PMID:32910889	研究论文	使用两种独立的单细胞转录组技术，Lee等人对亨廷顿病中受影响最严重的纹状体神经元的转录变化进行了分类	首次使用单细胞转录组技术详细描述了亨廷顿病中纹状体神经元的转录变化	NA	探索亨廷顿病的新治疗途径	亨廷顿病中受影响最严重的纹状体神经元	数字病理学	亨廷顿病	单细胞转录组技术	NA	转录组数据	NA
836	2024-08-09	Single-cell transcriptome maps of myeloid blood cell lineages in Drosophila 2020-09-08, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-020-18135-y PMID:32900993	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术分析了果蝇淋巴腺中发育中的血细胞的异质性，并发现了新的血细胞类型	发现了先前未描述的血细胞类型，包括脂肪血细胞、干细胞样前血细胞和中间前血细胞，并揭示了血细胞在正常发育中的发展轨迹及在受到黄蜂侵扰后扁平细胞谱系的形成	NA	深入了解果蝇淋巴腺中血细胞发育和细胞免疫反应的分子机制	果蝇淋巴腺中的血细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组	具体样本数量未在摘要中提及
837	2024-08-09	Tempora: Cell trajectory inference using time-series single-cell RNA sequencing data 2020-09, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1008205 PMID:32903255	研究论文	本文介绍了一种名为Tempora的新型细胞轨迹推断方法，该方法利用时间序列单细胞RNA测序数据中的时间信息来排序细胞	Tempora方法结合了时间和生物途径信息来指导基于scRNA-seq的轨迹推断，提高了基因表达信号的强度、处理速度和推断轨迹的可解释性	NA	开发一种新的细胞轨迹推断方法，以提高在时间序列scRNA-seq数据中细胞排序的准确性和速度	时间序列单细胞RNA测序数据中的细胞轨迹推断	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	时间序列数据	涉及三个不同组织发育时间序列数据集
838	2024-08-09	Adaptable haemodynamic endothelial cells for organogenesis and tumorigenesis 2020-09, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-020-2712-z PMID:32908310	研究论文	本文展示了通过在成熟人内皮细胞中短暂重新激活胚胎特异性ETS变体转录因子2（ETV2），并在无血清的三维LEC基质中培养，使这些细胞恢复为可适应的、具有血管生成能力的细胞，能够形成可灌注和可塑的血管网络。	通过ETV2的重新激活，使成熟内皮细胞恢复到胚胎状态，能够在三维基质中自我组装成稳定的、多层和分支的血管网络，并能与宿主循环系统功能性吻合。	NA	研究内皮细胞在器官发生和肿瘤发生中的适应性，并开发一种新的生理平台‘Organ-On-VascularNet’，用于血管化和器官修复。	成熟人内皮细胞的适应性和血管生成能力。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序和表观遗传学分析	NA	细胞	涉及人胰腺胰岛、去细胞化的大鼠肠道和人结肠器官样品。
839	2024-08-09	Single-cell transcriptome analysis reveals cell lineage specification in temporal-spatial patterns in human cortical development 2020-08, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.aaz2978 PMID:32923614	研究论文	本文通过单细胞转录组测序分析了人类胚胎和胎儿期大脑皮质四个脑叶和脑桥的细胞谱系特化过程	发现了先前未知的短暂性神经前体细胞亚型及其分子特征，并阐明了人类深层、上层和成熟神经元的神经发生路径及分子调控机制	NA	揭示人类皮质发育中的细胞谱系特化和分子调控机制	人类胚胎和胎儿期大脑皮质的神经前体细胞、神经元和胶质细胞	数字病理学	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	涉及人类胚胎和胎儿期大脑皮质四个脑叶和脑桥的多个样本
840	2024-08-09	Single-cell transcriptomics identifies multiple pathways underlying antitumor function of TCR- and CD8αβ-engineered human CD4+ T cells 2020-07, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.aaz7809 PMID:32923584	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了表达TCR和CD8αβ的工程化人类CD4+ T细胞的抗肿瘤功能及其转录基础。	本研究首次揭示了TCR8表达在CD4 T细胞中增强抗肿瘤功能的分子特征，为开发新型免疫疗法提供了理论基础。	NA	探究表达TCR和CD8αβ的工程化人类CD4+ T细胞的抗肿瘤功能及其转录基础。	表达TCR和CD8αβ的工程化人类CD4+ T细胞及其在肿瘤挑战后的功能变化。	免疫学	肿瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及人类CD4和CD8 T细胞，具体数量未在摘要中明确。