单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 1659 篇文献，本页显示第 61 - 80 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 61 | 2024-09-06 |
Approaches for integrating heterogeneous RNA-seq data reveal cross-talk between microbes and genes in asthmatic patients
2020-06-22, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-020-02033-z
PMID:32571363
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研究论文 | 研究开发了一种集成降维和统计建模的流程，用于解析哮喘患者痰液样本中复杂的RNA-seq数据，揭示微生物与基因之间的相互作用 | 提出了LDA-link方法，通过降维的LDA主题将微生物与基因连接起来，并验证了该方法的有效性 | NA | 研究哮喘患者痰液样本中微生物与基因之间的相互作用 | 哮喘患者的痰液样本 | 生物信息学 | 哮喘 | RNA-seq | LDA | RNA-seq数据 | NA |
| 62 | 2024-09-01 |
Tumor-Infiltrating Regulatory T-cell Accumulation in the Tumor Microenvironment Is Mediated by IL33/ST2 Signaling
2020-11, Cancer immunology research
IF:8.1Q1
DOI:10.1158/2326-6066.CIR-19-0828
PMID:32878747
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研究论文 | 研究探讨了肿瘤微环境中肿瘤浸润调节性T细胞（Treg）积累的分子机制，特别是IL33/ST2信号通路的作用 | 首次揭示了IL33/ST2轴在肿瘤微环境中调节性T细胞积累的关键作用，并提出了这一通路作为癌症免疫治疗潜在靶点的可能性 | NA | 阐明肿瘤微环境中调节性T细胞积累的分子机制 | 肿瘤浸润调节性T细胞及其在肿瘤微环境中的积累机制 | 免疫学 | 癌症 | RNA测序（RNA-seq） | NA | RNA | 来自同种肿瘤小鼠的肿瘤浸润Treg和脾脏Treg |
| 63 | 2024-08-29 |
scIGANs: single-cell RNA-seq imputation using generative adversarial networks
2020-09-04, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaa506
PMID:32588900
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研究论文 | 本文提出了一种使用生成对抗网络（GANs）进行单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据插补的方法，称为scIGANs | scIGANs利用生成的细胞而非观察到的细胞来避免过度平滑和去除细胞间基因表达的自然随机性，并平衡主要和稀有细胞群之间的性能 | NA | 旨在提高单细胞RNA测序数据的质量，通过插补技术减少技术噪声，如过多的假零值（dropouts） | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 生成对抗网络（GANs） | 基因表达数据 | 适用于包含超过100,000个细胞的数据集 |
| 64 | 2024-08-29 |
CaSpER identifies and visualizes CNV events by integrative analysis of single-cell or bulk RNA-sequencing data
2020-01-03, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-019-13779-x
PMID:31900397
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研究论文 | 本文介绍了一种名为CaSpER的信号处理方法，用于通过综合分析单细胞或批量RNA测序数据来识别、可视化和分析拷贝数变异（CNV）事件 | CaSpER通过整合多尺度表达信号和等位基因偏移信号进行CNV调用，并利用高效的B-allele频率（BAF）信号轮廓生成方法进行CNV调用的校正 | NA | 开发一种新的方法来识别和可视化RNA测序数据中的拷贝数变异事件 | 拷贝数变异（CNV）事件 | 生物信息学 | NA | RNA测序 | 信号处理方法 | RNA测序数据 | NA |
| 65 | 2024-08-26 |
The genetic architecture of Parkinson's disease
2020-02, The Lancet. Neurology
DOI:10.1016/S1474-4422(19)30287-X
PMID:31521533
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研究论文 | 本文探讨了帕金森病的遗传结构，包括罕见和常见遗传变异对疾病风险、发作和进展的贡献 | 本文介绍了新兴技术如机器学习、单细胞RNA测序和高通量筛选在研究帕金森病遗传风险中的应用 | 大多数已识别的风险变异是在欧洲血统的患者中发现的，对其他人群的帕金森病遗传学了解较少 | 进一步识别与疾病相关的常见遗传变异，并开始识别罕见风险等位基因 | 帕金森病的遗传结构和风险等位基因的生物学功能 | 遗传学 | 帕金森病 | 机器学习, 单细胞RNA测序, 高通量筛选 | NA | 遗传变异数据 | 90个独立的风险相关变异 |
| 66 | 2024-08-22 |
Integrated single-cell and bulk gene expression and ATAC-seq reveals heterogeneity and early changes in pathways associated with resistance to cetuximab in HNSCC-sensitive cell lines
2020-07, British journal of cancer
IF:6.4Q1
DOI:10.1038/s41416-020-0851-5
PMID:32362655
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研究论文 | 本研究通过综合单细胞和批量基因表达以及ATAC-seq数据，揭示了HNSCC敏感细胞系中与西妥昔单抗耐药相关的异质性和早期通路变化 | 首次生成了敏感头颈鳞状细胞癌（HNSCC）细胞的综合多组学数据，以识别西妥昔单抗的即时反应 | NA | 识别肿瘤细胞在仍对治疗有反应时潜在的耐药机制，以延迟获得性耐药 | 头颈鳞状细胞癌（HNSCC）敏感细胞系中西妥昔单抗耐药的早期反应和相关通路 | 数字病理学 | 头颈癌 | 单细胞RNA测序, ATAC-seq | NA | 基因表达数据 | 多个HNSCC敏感细胞系 |
| 67 | 2024-08-22 |
Single-Cell RNA Sequencing for Precision Oncology: Current State-of-Art
2020, Journal of the Indian Institute of Science
IF:1.8Q2
DOI:10.1007/s41745-020-00178-1
PMID:32837038
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在精准肿瘤学中的应用现状，包括数据处理步骤和其在精准肿瘤学中的意义 | scRNA-seq技术为肿瘤内异质性（ITH）及其在药物抗性和转移中的影响提供了前所未有的见解 | NA | 为进入scRNA-seq领域的新人提供框架和指南 | scRNA-seq技术的分析步骤和其在精准肿瘤学中的应用 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA序列数据 | NA |
| 68 | 2024-08-16 |
Systematic evaluation of transcriptomic disease risk and diagnostic biomarker overlap between COVID-19 and tuberculosis: a patient-level meta-analysis
2020-Nov-26, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2020.11.25.20236646
PMID:33269371
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研究论文 | 本文通过患者层面的荟萃分析，评估了COVID-19和结核病之间转录组疾病风险和诊断生物标志物的重叠。 | 首次系统地分析了COVID-19和结核病在转录组层面的相互作用，并识别了共享的基因本体论扰动。 | 研究主要基于RNA测序数据，可能无法全面反映所有相关生物标志物。 | 旨在理解COVID-19和结核病之间的相互作用，并识别潜在的共享生物标志物。 | COVID-19和结核病患者的转录组数据。 | 数字病理学 | 肺结核 | RNA测序 | NA | 转录组数据 | 35个COVID-19基因签名来自9项研究，共98个样本；1181个结核病RNA测序数据样本来自853名个体。 |
| 69 | 2024-08-16 |
Immune cell profiling of COVID-19 patients in the recovery stage by single-cell sequencing
2020, Cell discovery
IF:13.0Q1
DOI:10.1038/s41421-020-0168-9
PMID:32377375
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，全面描述了COVID-19恢复期患者外周血单个核细胞的转录变化 | 首次揭示了COVID-19恢复早期阶段的炎症免疫特征，并识别了新的B细胞受体信号，可能促进COVID-19疫苗和抗体的开发 | NA | 旨在阐明COVID-19恢复期患者免疫细胞亚群的变化及其状态 | COVID-19恢复期患者的外周血单个核细胞 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 超过1,200,000名COVID-19患者 |
| 70 | 2024-08-15 |
The transcription factor Hhex cooperates with the corepressor Tle3 to promote memory B cell development
2020-09, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/s41590-020-0713-6
PMID:32601467
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序分析和CRISPR-Cas9筛选方法，识别了在向记忆B细胞分化的生发中心B细胞中，转录因子Hhex和共抑制因子Tle3在调节记忆B细胞分化中的作用 | 首次揭示了Hhex和Tle3在记忆B细胞分化中的协同作用，并发现了Bcl-6对Hhex的直接抑制作用以及Hhex缺陷细胞中Bcl2过表达对记忆B细胞分化的挽救作用 | NA | 研究记忆B细胞分化过程中的转录因子调控机制 | 记忆B细胞的分化过程及其相关转录因子和共抑制因子的作用 | NA | NA | 单细胞RNA测序分析，CRISPR-Cas9筛选 | NA | RNA | NA |
| 71 | 2024-08-14 |
Aortic heterogeneity across segments and under high fat/salt/glucose conditions at the single-cell level
2020-May, National science review
IF:16.3Q1
DOI:10.1093/nsr/nwaa038
PMID:34692110
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序技术，分析了在正常和高血糖、高盐饮食或高脂肪摄入条件下，小鼠升主动脉、主动脉弓以及胸腹主动脉段的细胞异质性 | 首次揭示了主动脉不同段在单细胞水平上的异质性，并探讨了代谢病理条件对其的影响 | NA | 研究主动脉不同段在单细胞水平上的异质性及其在代谢病理条件下的变化 | 小鼠的升主动脉、主动脉弓、胸腹主动脉段细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 216,612个单细胞样本 |
| 72 | 2024-08-13 |
A community-based transcriptomics classification and nomenclature of neocortical cell types
2020-12, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-020-0685-8
PMID:32839617
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研究论文 | 本文提出了一种基于转录组学的哺乳动物新皮层细胞类型的分类和命名法，旨在通过社区合作和数据聚合模型来统一和标准化细胞类型的分类。 | 首次提出基于单细胞转录组学的高通量测量方法，并建议采用基于转录组的分类法和标准化命名法，以及社区合作的数据聚合模型。 | NA | 为了理解皮层电路的功能，需要对细胞多样性进行分类和命名，以实现对细胞类型的统一和标准化。 | 哺乳动物新皮层的细胞类型。 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 73 | 2024-08-11 |
Profiling peripheral nerve macrophages reveals two macrophage subsets with distinct localization, transcriptome and response to injury
2020-05, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-020-0618-6
PMID:32284604
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研究论文 | 本研究对坐骨神经巨噬细胞进行了发育学、转录组学和空间特征的全面分析 | 首次揭示了坐骨神经中存在两种具有不同定位、转录组和损伤反应的巨噬细胞亚群 | NA | 研究外周神经系统中巨噬细胞的特性及其对损伤的反应 | 坐骨神经巨噬细胞 | NA | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 74 | 2024-08-10 |
Lung transplantation for patients with severe COVID-19
2020-12-16, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.abe4282
PMID:33257409
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研究论文 | 本文报告了三名患有难治性COVID-19相关呼吸衰竭患者的肺移植结果，并使用单分子荧光原位杂交（smFISH）检测了SARS-CoV-2 RNA，进行了细胞外基质成像和单细胞RNA测序。 | 首次使用smFISH技术检测移植肺组织中的SARS-CoV-2 RNA，并通过机器学习比较了晚期COVID-19患者与肺纤维化患者的单细胞RNA测序数据。 | 研究样本量较小，仅包括三名患者，且未讨论长期移植后的生存率和并发症。 | 探讨肺移植作为难治性COVID-19相关呼吸衰竭患者的一种潜在救命治疗方法的可行性和效果。 | 患有难治性COVID-19相关呼吸衰竭的患者及其移植后的肺组织。 | 数字病理学 | 肺部疾病 | 单分子荧光原位杂交（smFISH） | 机器学习 | RNA测序数据 | 三名接受肺移植的患者和两名因COVID-19相关肺炎死亡的患者 |
| 75 | 2024-08-10 |
Expression of the SARS-CoV-2 ACE2 Receptor in the Human Airway Epithelium
2020-07-15, American journal of respiratory and critical care medicine
IF:19.3Q1
DOI:10.1164/rccm.202003-0541OC
PMID:32432483
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研究论文 | 研究SARS-CoV-2病毒受体ACE2在人类气道上皮细胞中的表达情况 | 首次详细分析了ACE2在不同类型气道上皮细胞中的表达模式，并探讨了吸烟对ACE2表达的影响 | 研究样本仅限于非吸烟者和吸烟者，未涵盖所有可能的人群 | 探究SARS-CoV-2病毒受体ACE2在人类气道上皮细胞中的表达及其对病毒感染的影响 | 人类气道上皮细胞中的ACE2表达 | NA | COVID-19 | 微阵列分析，RNA测序，10x单细胞转录组分析 | NA | 基因表达数据 | 包括非吸烟者和吸烟者的气管、大气道和小气道上皮细胞样本 |
| 76 | 2024-08-09 |
The use and limitations of single-cell mass cytometry for studying human microglia function
2020-11, Brain pathology (Zurich, Switzerland)
DOI:10.1111/bpa.12909
PMID:33058349
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综述 | 本文综述了单细胞质谱流式细胞术（CyTOF）和成像质谱流式细胞术（IMC）在研究人小胶质细胞功能中的应用及其局限性 | 介绍了CyTOF和IMC技术在单细胞水平上对高维度蛋白质表达的分析能力，以及它们在结合单细胞RNA测序（scRNA-seq）进行综合分析时的优势 | 讨论了CyTOF和IMC技术的局限性及未来发展方向 | 总结近期使用CyTOF和IMC技术研究人小胶质细胞（huMG）的进展 | 人小胶质细胞在健康和疾病大脑中的功能 | 数字病理学 | 神经退行性疾病 | 质谱流式细胞术（CyTOF），成像质谱流式细胞术（IMC） | NA | 蛋白质表达数据 | 涉及超过60个目标分子的高通量定量分析 |
| 77 | 2024-08-09 |
Lineage analysis reveals an endodermal contribution to the vertebrate pituitary
2020-10-23, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.aba4767
PMID:33093109
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研究论文 | 本文通过谱系追踪和时间流逝成像技术，在斑马鱼中发现了垂体前叶（腺垂体）的形成不仅依赖于已知的表皮来源，还涉及内皮细胞的贡献 | 首次揭示了内皮细胞对脊椎动物垂体的贡献，并通过单细胞RNA测序证实了内皮和表皮上皮在产生所有内分泌细胞类型方面的相似能力 | NA | 探讨脊椎动物垂体的形成过程中内皮细胞的贡献 | 斑马鱼的垂体前叶（腺垂体） | NA | NA | 谱系追踪、时间流逝成像、单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | NA |
| 78 | 2024-08-09 |
Gene editing and elimination of latent herpes simplex virus in vivo
2020-08-18, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-17936-5
PMID:32811834
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研究论文 | 本文评估了使用腺相关病毒（AAV）递送的巨核酸酶在已建立的小鼠模型中编辑单纯疱疹病毒（HSV），作为一种潜在的治愈方法来治疗HSV潜伏感染 | 本文展示了AAV递送的巨核酸酶而非CRISPR/Cas9能够高度有效地编辑HSV，消除超过90%的潜伏病毒 | 需要进一步优化巨核酸酶的递送和活性，以实现更完全的HSV消除 | 探索使用基因编辑技术治愈HSV潜伏感染的可能性 | 单纯疱疹病毒（HSV）在小鼠模型中的基因编辑 | 基因编辑 | 单纯疱疹病毒感染 | AAV递送的巨核酸酶 | NA | 单细胞RNA测序 | 小鼠模型中的颈上神经节 |
| 79 | 2024-08-09 |
Contribution of Immune Cells to Glucocorticoid Receptor Expression in Breast Cancer
2020-Jun-30, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms21134635
PMID:32629782
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研究论文 | 研究免疫细胞在乳腺癌中对糖皮质激素受体表达的贡献及其对预后的影响 | 首次探讨了肿瘤微环境中免疫细胞对糖皮质激素受体表达的贡献，并分析了其对乳腺癌预后的影响 | 研究依赖于现有数据库和公开的单细胞测序数据，可能存在样本选择偏倚 | 探讨免疫细胞在乳腺癌中对糖皮质激素受体表达的贡献及其对预后的影响 | 乳腺癌患者的免疫细胞和糖皮质激素受体表达 | NA | 乳腺癌 | 单细胞测序 | NA | mRNA表达数据 | 使用了来自METABRIC和TCGA的数据，以及GSE75688和GSE114725的单细胞测序数据 |
| 80 | 2024-08-09 |
Single-Cell Analysis of Human Retina Identifies Evolutionarily Conserved and Species-Specific Mechanisms Controlling Development
2020-05-18, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2020.04.009
PMID:32386599
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术分析了人类视网膜发育过程中的细胞类型多样性和转录网络 | 发现了进化保守和物种特异性的基因表达模式，以及ATOH7在视网膜发育后期调控光感受器分化的意外作用 | NA | 识别控制人类视网膜发育的转录网络 | 人类视网膜发育过程中的细胞类型和转录网络 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 16个发育中的视网膜时间点和4个早期视网膜类器官分化阶段 |