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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 61 | 2026-03-24 |
Association of Urine sCD163 With Proliferative Lupus Nephritis, Fibrinoid Necrosis, Cellular Crescents and Intrarenal M2 Macrophages
2020, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2020.00671
PMID:32351512
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研究论文 | 本研究探讨了尿液可溶性CD163(sCD163)作为狼疮性肾炎(LN)生物标志物的潜力,特别是在区分活动性LN、增殖性LN及与肾脏病理特征的相关性方面 | 首次通过多队列研究验证尿液sCD163在区分活动性狼疮性肾炎、增殖性病变中的诊断价值,并结合单细胞RNA测序分析揭示其与肾内M2巨噬细胞的关联 | 研究为观察性设计,未进行前瞻性验证或干预性试验,样本来自多个队列可能存在异质性,且未评估尿液sCD163的动态变化对治疗反应的预测能力 | 评估尿液sCD163作为狼疮性肾炎生物标志物的临床价值,及其与肾脏病理特征的关联 | 系统性红斑狼疮患者(包括活动性狼疮性肾炎、活动性非肾脏狼疮、非活动性狼疮)及健康对照 | NA | 狼疮性肾炎 | ELISA、单细胞RNA测序 | NA | 尿液蛋白质检测数据、临床参数、肾脏病理学数据 | 284名参与者(228名SLE患者,56名健康对照),来自三个队列 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 62 | 2026-03-16 |
Amniotic fluid cell-free transcriptome: a glimpse into fetal development and placental cellular dynamics during normal pregnancy
2020-02-12, BMC medical genomics
IF:2.1Q3
DOI:10.1186/s12920-020-0690-5
PMID:32050959
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研究论文 | 本研究通过分析羊水细胞游离转录组,探讨正常妊娠期间胎儿发育和胎盘细胞动态变化 | 首次报道单细胞基因组特征可在羊水中追踪并显示妊娠期间复杂的表达模式,同时揭示了选择性剪接在组织身份获取、器官发育和免疫过程中的作用 | 样本量相对有限(共98例),且仅关注正常妊娠,未纳入病理妊娠病例进行对比 | 建立正常妊娠羊水基因表达和剪接模式,为产科生物标志物发现提供基础 | 正常妊娠女性的羊水样本(孕中期30例,足月68例) | 转录组学 | NA | 人类转录组芯片(Human Transcriptome Arrays)和单细胞RNA-seq | NA | 转录组数据 | 98例羊水样本(孕中期30例,足月68例) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 63 | 2026-03-16 |
Single-cell transcriptomics identifies CD44 as a marker and regulator of endothelial to haematopoietic transition
2020-Jan-29, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-019-14171-5
PMID:31996681
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析和抗体筛选,鉴定出CD44作为内皮向造血转变(EHT)的标志物,并揭示了其在造血干细胞和祖细胞(HSPCs)发育中的调控作用 | 首次识别CD44为EHT过程的特异性标记物,并证明其与透明质酸的相互作用是HSPC发育的关键调控因素 | 研究主要基于小鼠主动脉-性腺-中肾(AGM)区域,人类或其他物种中的适用性尚未验证 | 阐明内皮向造血转变(EHT)的中间步骤及调控机制 | 小鼠主动脉-性腺-中肾(AGM)区域的内皮细胞和造血干细胞/祖细胞(HSPCs) | 单细胞组学 | NA | 单细胞转录组分析,抗体筛选 | NA | 单细胞RNA-seq数据 | 未明确指定样本数量,但涉及AGM区域的细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 64 | 2026-03-13 |
[Research frontiers in precision therapy for liver cancer]
2020-Nov-20, Zhonghua gan zang bing za zhi = Zhonghua ganzangbing zazhi = Chinese journal of hepatology
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综述 | 本文综述了肝癌精准治疗的研究前沿,包括新型生物标志物、影像学技术、分子靶向疗法、免疫疗法以及多组学分析等进展 | 整合了单细胞测序、基因组编辑和创新药物研发等技术创新,为肝癌生物学理解和治疗提供了新的视角和机会 | 肝癌具有高度异质性和治疗抵抗性,对疾病生物学的深入理解和新型疗法仍是未满足的医疗需求 | 探讨肝癌精准治疗的研究前沿,旨在促进早期管理、手术精准化和患者生存率的提升 | 肝细胞癌(HCC) | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞测序、基因组编辑、多组学分析 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 65 | 2026-03-04 |
V-SVA: an R Shiny application for detecting and annotating hidden sources of variation in single-cell RNA-seq data
2020-06-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaa128
PMID:32119082
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研究论文 | 本文介绍了一个名为V-SVA的R Shiny应用,用于检测和注释单细胞RNA测序数据中的隐藏变异源 | 开发了一个交互式网络浏览器界面,结合了基因关联发现、公开数据库注释和数据可视化工具,以辅助解释单细胞RNA测序中的变异源 | 未在摘要中明确提及具体限制 | 促进单细胞RNA测序数据中隐藏变异源的识别和注释,以区分技术变异和生物变异 | 单细胞RNA测序数据及其中的变异源 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | IA-SVA, SVA, ZINB-WaVE | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 66 | 2026-03-02 |
A distinct GM-CSF+ T helper cell subset requires T-bet to adopt a TH1 phenotype and promote neuroinflammation
2020-Oct-23, Science immunology
IF:17.6Q1
DOI:10.1126/sciimmunol.aba9953
PMID:33097590
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序和高维单细胞质谱流式技术,识别了一种独特的GM-CSF+ T辅助细胞亚群(TGM),并探讨其在神经炎症中的作用 | 首次系统性地识别并表征了GM-CSF+ TGM细胞亚群,揭示了其缺乏经典T细胞谱系标志,但能在IL-12刺激下向TH1表型转化并促进神经炎症 | 研究主要基于小鼠模型和健康人血液样本,在人类自身免疫疾病中的直接验证尚需进一步研究 | 探究GM-CSF+ T辅助细胞的身份、特性及其在自身免疫神经炎症中的致病机制 | 健康人血液中的抗原经验性CD45RA- CD4+ T细胞,以及实验性自身免疫性脑脊髓炎(EAE)小鼠模型中的外周和中枢神经系统细胞 | 免疫学 | 自身免疫性疾病 | 单细胞RNA测序,高维单细胞质谱流式 | NA | 单细胞转录组数据,质谱流式数据 | 健康人血液样本及EAE小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 67 | 2026-03-02 |
SAME-clustering: Single-cell Aggregated Clustering via Mixture Model Ensemble
2020-01-10, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkz959
PMID:31777938
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研究论文 | 本文提出了一种名为SAME-clustering的集成聚类方法,通过混合模型整合多种单细胞RNA测序数据的聚类结果,以提高聚类准确性 | SAME-clustering采用混合模型集成策略,从多种聚类方法中选择最大多样性的子集,生成改进的集成聚类解决方案,这在单细胞RNA测序数据分析中是一种创新方法 | 论文未明确讨论该方法在极端大规模数据集或高度噪声数据下的性能限制,也未涉及计算效率的详细评估 | 开发一种集成聚类方法,以解决单细胞RNA测序数据聚类中不同方法结果不一致的问题,提高聚类结果的准确性和鲁棒性 | 单细胞RNA测序数据,涉及从49到32,695个单细胞,涵盖3到15个不同的细胞类型或簇 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 混合模型 | 单细胞RNA测序数据 | 15个数据集,单细胞数量从49到32,695个 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 68 | 2026-02-20 |
LIM-Nebulette Reinforces Podocyte Structural Integrity by Linking Actin and Vimentin Filaments
2020-10, Journal of the American Society of Nephrology : JASN
IF:10.3Q1
DOI:10.1681/ASN.2019121261
PMID:32737144
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研究论文 | LIM-nebulette通过连接肌动蛋白和波形蛋白丝来增强足细胞结构完整性 | 揭示了LIM-nebulette在足细胞中作为多功能细胞骨架蛋白的新作用,通过主动重组黏着斑、肌动蛋白细胞骨架和中间丝来维持结构完整性 | NA | 研究足细胞结构完整性的细胞骨架机制 | 大鼠、小鼠和人类的足细胞 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序、免疫金标记、高内涵成像、超分辨率显微镜、原子力显微镜、活细胞钙成像 | NA | 图像、文本、视频 | 大鼠、小鼠和人类细胞样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 69 | 2026-02-20 |
Integrative analyses of single-cell transcriptome and regulome using MAESTRO
2020-08-07, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-020-02116-x
PMID:32767996
|
研究论文 | 本文介绍了MAESTRO,一个用于整合分析单细胞RNA-seq和ATAC-seq数据的开源计算工作流程 | 通过建模单细胞水平的染色质可及性来预测基因调控潜力,在整合scRNA-seq和scATAC-seq细胞聚类方面优于现有方法 | NA | 开发一个综合性的计算工作流程,用于整合分析来自多个平台的单细胞转录组和调控组数据 | 单细胞RNA-seq和ATAC-seq数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | 基因表达数据, 染色质可及性数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 70 | 2026-02-17 |
Single-cell transcriptomics identifies an effectorness gradient shaping the response of CD4+ T cells to cytokines
2020-04-14, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-15543-y
PMID:32286271
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学揭示了CD4+ T细胞对细胞因子反应的效应梯度 | 首次在人类CD4+ T细胞中通过单细胞RNA-seq识别出从初始到效应记忆T细胞的转录连续体,并发现效应梯度影响细胞活化和细胞因子反应 | 研究主要关注人类CD4+ T细胞,未涉及其他免疫细胞类型或体内验证 | 探究初始和记忆CD4+ T细胞对细胞因子反应的差异及其异质性 | 人类初始和记忆CD4+ T细胞 | 单细胞组学 | 炎症相关疾病 | 定量蛋白质组学, bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | 蛋白质组数据, RNA-seq数据, 单细胞RNA-seq数据 | 超过40,000个人类初始和记忆CD4+ T细胞 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 71 | 2025-12-19 |
T-cell repertoire analysis and metrics of diversity and clonality
2020-10, Current opinion in biotechnology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.copbio.2020.07.010
PMID:32889231
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综述 | 本文综述了T细胞受体(TCR)测序技术、计算工具及多样性指标,以解析免疫库在健康和疾病中的动态 | 整合了高通量测序技术与计算工具,用于TCR库的聚类、特异性预测及多样性分析,推动个性化免疫治疗 | NA | 综述T细胞受体测序技术、计算工具及多样性指标,以促进免疫库在疾病和治疗中的研究 | T细胞受体(TCR)库 | 自然语言处理 | NA | 高通量测序 | NA | 序列数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 72 | 2025-11-16 |
Mechanisms of stretch-mediated skin expansion at single-cell resolution
2020-08, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-020-2555-7
PMID:32728211
|
研究论文 | 本研究通过开发小鼠模型,在单细胞分辨率下探究了拉伸如何通过调控表皮干细胞和基底祖细胞的活性来介导皮肤扩张 | 首次在单细胞分辨率下揭示拉伸诱导皮肤扩张的机制,结合克隆分析、定量建模和单细胞RNA测序的多学科方法 | 研究基于小鼠模型,在人类皮肤中的适用性需要进一步验证 | 阐明机械力在体内对表皮细胞行为的影响机制 | 小鼠皮肤表皮细胞 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序、克隆分析、定量建模、转录组分析、染色质分析 | 小鼠模型 | 单细胞RNA测序数据、转录组数据、染色质数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 73 | 2024-08-09 |
The Transcriptome of Hepatic Fibrosis Revealed by Single-Cell RNA Sequencing
2020-05, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1002/hep.31155
PMID:32017148
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 74 | 2025-10-06 |
Drosophila Voltage-Gated Sodium Channels Are Only Expressed in Active Neurons and Are Localized to Distal Axonal Initial Segment-like Domains
2020-10-14, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience
DOI:10.1523/JNEUROSCI.0142-20.2020
PMID:32928889
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研究论文 | 本研究通过标记果蝇中唯一的电压门控钠通道Para,揭示了其在神经元中的表达模式和亚细胞定位 | 首次发现果蝇钠通道仅表达于活跃神经元,并定位于轴突远端起始段样结构 | 研究主要聚焦果蝇模型,在其它无脊椎动物中的普适性需要进一步验证 | 探究无脊椎神经元中动作电位的起始位置和钠通道的表达特征 | 果蝇胚胎期、幼虫期和成年期中枢神经系统神经元 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序, 全细胞膜片钳电生理记录, 基因标记技术 | NA | 基因表达数据, 电生理记录数据, 转录组数据 | 果蝇第三龄幼虫全脑单细胞转录组图谱 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 75 | 2025-10-06 |
Effective single-cell clustering through ensemble feature selection and similarity measurements
2020-08, Computational biology and chemistry
IF:2.6Q2
|
研究论文 | 提出一种基于集成特征选择和相似性测量的有效单细胞聚类算法 | 通过集成特征选择和多种特征采样方法构建细胞间相似性网络,提高单细胞聚类准确性 | NA | 开发准确可靠的单细胞聚类计算方法 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 基于网络的聚类算法 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 76 | 2025-10-06 |
Interactions of Monocytes, HIV, and ART Identified by an Innovative scRNAseq Pipeline: Pathways to Reservoirs and HIV-Associated Comorbidities
2020-07-28, mBio
IF:5.1Q1
DOI:10.1128/mBio.01037-20
PMID:32723919
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研究论文 | 开发了一种创新的单细胞RNA测序流程,用于同时检测HIV和宿主转录本,研究成熟单核细胞中HIV病毒库的形成机制 | 开发了能够同时检测HIV病毒和宿主转录本的单细胞RNA测序新方法 | NA | 研究HIV病毒库在抗逆转录病毒治疗下的持续存在机制及HIV相关并发症 | 人类成熟单核细胞(CD14+CD16+) | 单细胞测序分析 | HIV/艾滋病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 77 | 2025-10-06 |
Deep learning-based cell composition analysis from tissue expression profiles
2020-07, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.aba2619
PMID:32832661
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研究论文 | 开发了一种基于深度学习的细胞解卷积工具Scaden,用于从组织表达谱中推断细胞组成 | 使用深度神经网络直接从基因表达信息进行细胞解卷积,无需复杂数据预处理和特征选择,对偏差和噪声具有鲁棒性 | NA | 开发一种能够准确推断组织样本中细胞组成的计算方法 | 人类和小鼠的组织表达数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序,bulk RNA-seq,微阵列 | 深度神经网络 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 78 | 2025-10-06 |
scClassify: sample size estimation and multiscale classification of cells using single and multiple reference
2020-06, Molecular systems biology
IF:8.5Q1
DOI:10.15252/msb.20199389
PMID:32567229
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研究论文 | 开发了一个基于集成学习和细胞类型层次结构的多尺度分类框架scClassify,用于单细胞RNA测序数据的自动细胞类型识别 | 提出了样本量估计方法和多参考数据集联合分类能力,在114对参考和测试数据上表现优于其他监督分类方法 | NA | 开发单细胞RNA测序数据的自动细胞类型识别方法 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 集成学习,多尺度分类框架 | 单细胞RNA测序数据 | 114对参考和测试数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 79 | 2025-10-06 |
The liver as an immunological barrier redefined by single-cell analysis
2020-06, Immunology
IF:4.9Q2
DOI:10.1111/imm.13193
PMID:32176810
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综述 | 通过单细胞分析技术重新定义肝脏作为免疫屏障的功能 | 应用单细胞RNA测序技术揭示肝脏免疫细胞网络的特殊适应性 | NA | 总结单细胞技术如何推进对肝脏免疫屏障功能的理解 | 小鼠和人类肝脏中的免疫细胞 | 单细胞分析 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 80 | 2025-10-06 |
Linked optical and gene expression profiling of single cells at high-throughput
2020-02-24, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-020-01958-9
PMID:32093753
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研究论文 | 开发了一种高通量平台,能够同时进行单细胞光学分析和基因表达谱分析 | 首次实现了高通量的单细胞光学与基因表达关联分析,突破了现有方法的通量限制 | 未提及具体的技术验证样本数量或应用范围的局限性 | 开发多模态单细胞分析平台,实现光学特征与基因表达的关联分析 | 单细胞 | 单细胞分析技术 | NA | 单细胞RNA测序,荧光成像 | NA | 基因表达数据,荧光图像数据 | 数千个细胞(单次实验) | NA | 单细胞RNA-seq,光学分析 | NA | 高通量单细胞光学与基因表达关联分析平台 |