单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
741	2024-08-09	Single-cell and spatial transcriptomics enables probabilistic inference of cell type topography 2020-10-09, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-020-01247-y PMID:33037292	研究论文	本文介绍了一种基于模型的概率方法，利用单细胞数据解析空间转录组数据中的细胞混合物	提出了一种新的模型，能够利用单细胞转录组数据解析空间转录组数据中的细胞混合物	NA	将基因表达置于上下文中，并描绘组织内细胞类型的空间排列	小鼠大脑和发育心脏的细胞类型空间分布	空间转录组学	NA	单细胞和空间转录组学	概率模型	转录组数据	小鼠大脑和发育心脏的数据
742	2024-08-09	A gene expression signature of TREM2hi macrophages and γδ T cells predicts immunotherapy response 2020-10-08, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-020-18546-x PMID:33033253	研究论文	本研究通过重新分析公开的黑色素瘤患者单细胞RNA测序数据，识别出TREM2高表达的巨噬细胞和γδ T细胞亚群，这些亚群在非响应肿瘤中过度表达，并开发了一种免疫细胞特征（ImmuneCells.Sig）来预测免疫疗法的反应	首次识别出TREM2高表达的巨噬细胞和γδ T细胞亚群在非响应肿瘤中的过度表达，并开发了一种新的免疫细胞特征来预测免疫疗法的反应	研究依赖于公开的单细胞RNA测序数据和批量RNA测序数据，可能存在数据质量和样本多样性的限制	识别影响免疫检查点疗法抵抗的因素，并开发预测免疫疗法反应的生物标志物	黑色素瘤患者的免疫细胞亚群及其对免疫疗法的反应	数字病理学	黑色素瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序	NA	RNA测序数据	公开的黑色素瘤患者样本
743	2024-08-09	Impact of data preprocessing on cell-type clustering based on single-cell RNA-seq data 2020-Oct-07, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-020-03797-8 PMID:33028196	研究论文	本文探讨了数据预处理方法对基于单细胞RNA测序数据的细胞类型聚类的影响，并设计了一种图基算法SC3-e来选择最佳的数据预处理方法，以提高SC3聚类算法的性能。	本文创新性地设计了SC3-e算法，用于为SC3聚类算法选择最佳的数据预处理方法，从而显著提高了聚类性能。	NA	研究不同数据预处理方法对单细胞RNA测序数据聚类算法的影响，并开发一种新的算法来优化这一过程。	单细胞RNA测序数据及其在细胞类型聚类中的应用。	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	图基算法	基因表达数据	八个常用的单细胞RNA测序数据集
744	2024-08-09	Mesenchymal stem cells alleviate LPS-induced acute lung injury by inhibiting the proinflammatory function of Ly6C+ CD8+ T cells 2020-10-06, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-020-03036-1 PMID:33024074	研究论文	本研究探讨了间充质干细胞（MSCs）通过抑制Ly6C+ CD8+ T细胞的促炎功能，减轻脂多糖（LPS）诱导的小鼠急性肺损伤（ALI）的效果	首次揭示了MSCs通过抑制Ly6C+ CD8+ T细胞的浸润和促炎功能，减轻ALI的作用机制	研究仅在动物模型中进行，尚未在人体中验证	研究MSCs在治疗急性肺损伤中的作用及其机制	急性肺损伤小鼠模型及Ly6C+ CD8+ T细胞	免疫学	急性肺损伤	质谱细胞术，单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	细胞，蛋白质，细胞因子，趋化因子	小鼠模型
745	2024-08-09	Predicting cell-to-cell communication networks using NATMI 2020-10-06, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-020-18873-z PMID:33024107	研究论文	本文开发了NATMI工具，用于从单细胞或批量表达数据中预测和可视化细胞间通信网络	NATMI工具使用connectomeDB2020数据库，能够识别网络中最活跃或最特异的配体-受体对，以及潜在的高通信细胞群	NA	研究不同细胞类型如何协同工作	细胞间通信网络	生物信息学	NA	单细胞测序技术	NA	表达数据	数千个细胞
746	2024-08-09	Parallel Single-Cell RNA-Seq and Genetic Recording Reveals Lineage Decisions in Developing Embryoid Bodies 2020-10-06, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2020.108222 PMID:33027665	研究论文	本文结合单细胞转录组学和遗传记录技术，研究胚胎干细胞向胚胎体分化的过程，并揭示了细胞命运轨迹和分支点	提出了一种创新的诱导性遗传记录技术，利用重组在狭窄的时间窗口内生成细胞特异性的时间戳条形码	NA	研究胚胎干细胞向胚胎体分化的过程，并揭示细胞命运轨迹和分支点	胚胎干细胞向胚胎体的分化过程	数字病理学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
747	2024-08-09	Network analysis of transcriptomic diversity amongst resident tissue macrophages and dendritic cells in the mouse mononuclear phagocyte system 2020-10, PLoS biology IF:7.8Q1 DOI:10.1371/journal.pbio.3000859 PMID:33031383	研究论文	本研究通过网络分析工具BioLayout对来自NCBI-GEO的466个高质量RNA测序数据集进行分析，探讨了小鼠单核吞噬细胞系统（MPS）中组织驻留巨噬细胞和树突状细胞的转录组多样性及其与标记物的关系	本研究利用大规模数据集揭示了MPS细胞表型的多样性，并指出表面标记物在定义细胞系、功能或亚群方面的预测价值有限	研究中提到的所有细胞分离程序都可能共纯化其他无关细胞类型，这可能影响MPS细胞的体内相互作用	探讨单核吞噬细胞系统中组织驻留巨噬细胞和树突状细胞的转录组多样性及其与标记物的关系	小鼠单核吞噬细胞系统中的组织驻留巨噬细胞和树突状细胞	数字病理学	NA	RNA测序	网络分析工具BioLayout	RNA测序数据	466个高质量RNA测序数据集
748	2024-08-09	Gene regulation inference from single-cell RNA-seq data with linear differential equations and velocity inference 2020-09-15, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaa576 PMID:33026066	研究论文	本文提出了一种名为GRISLI的新方法，用于从单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中推断基因调控网络（GRN）	GRISLI方法通过推断scRNA-seq数据空间中的速度矢量场，并使用线性常微分方程模拟细胞轨迹动态，结合稀疏回归过程重建潜在的GRN	NA	开发一种新的方法从scRNA-seq数据中推断基因调控网络	单细胞RNA测序数据和基因调控网络	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	线性常微分方程	scRNA-seq数据	NA
749	2024-08-09	Benchmarking evolutionary tinkering underlying human-viral molecular mimicry shows multiple host pulmonary-arterial peptides mimicked by SARS-CoV-2 2020, Cell death discovery IF:6.1Q1 DOI:10.1038/s41420-020-00321-y PMID:33024578	研究论文	本研究报告了33个与SARS-CoV-2和人类参考蛋白质组相同的8-mer/9-mer肽段，并通过与其他病毒-人类肽段同一性的比较，揭示了SARS-CoV-2在分子模拟方面的普遍相似性	发现了20个由SARS-CoV-2模拟的新型人类肽段，这些肽段在之前的冠状病毒株中未被观察到，并且通过单细胞RNA测序分析，显示这些目标基因在人类肺部和动脉中显著表达	NA	揭示分子模拟在SARS-CoV-2进化和免疫逃避中的作用	SARS-CoV-2与人类蛋白质组的8-mer/9-mer肽段	分子生物学	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	肽段序列	33个8-mer/9-mer肽段
750	2024-08-09	Joint learning of multiple gene networks from single-cell gene expression data 2020, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2020.09.004 PMID:33033579	research paper	本文介绍了一种新的联合高斯Copula图模型（JGCGM），用于从单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中联合估计多个细胞亚群的多基因网络	提出了联合高斯Copula图模型（JGCGM），能够处理非高斯数据和缺失值，并识别多个细胞亚群的共同和独特网络结构	NA	从单细胞RNA测序数据中推断基因网络，以理解细胞内的功能组织	单细胞RNA测序数据中的多个细胞亚群的基因网络	digital pathology	NA	scRNA-seq	Gaussian copula graphical model	gene expression data	多个细胞亚群的单细胞RNA测序数据
751	2024-08-09	Evaluating Distribution and Prognostic Value of New Tumor-Infiltrating Lymphocytes in HCC Based on a scRNA-Seq Study With CIBERSORTx 2020, Frontiers in medicine IF:3.1Q1 DOI:10.3389/fmed.2020.00451 PMID:33043022	研究论文	本研究通过CIBERSORTx方法，基于单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据，评估了肝细胞癌（HCC）中新肿瘤浸润淋巴细胞的分布及其预后价值	首次在TCGA HCC队列中研究了通过scRNA-seq鉴定的新细胞亚群的肿瘤浸润和预后价值	研究仅限于TCGA和ICGC队列，未来研究需要扩大样本量和多样性	探讨HCC中新的肿瘤浸润淋巴细胞亚群的分布及其预后价值	肝细胞癌（HCC）中的肿瘤浸润淋巴细胞	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	CIBERSORTx	基因表达数据	TCGA和ICGC队列中的大量样本
752	2024-08-09	SLC7A11 as a biomarker and therapeutic target in HPV-positive head and neck Squamous Cell Carcinoma 2020-12-17, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2020.09.134 PMID:33019976	研究论文	研究探讨了SLC7A11作为HPV阳性头颈部鳞状细胞癌的生物标志物和治疗靶点的潜力	首次报道了HPV阳性肿瘤中SLC7A11表达水平较低，并且E6-E7细胞对铁死亡的敏感性增加	研究主要基于体外细胞实验，需要进一步的临床试验验证	探索SLC7A11在HPV阳性头颈部鳞状细胞癌中的作用及其作为治疗靶点的可能性	HPV阳性头颈部鳞状细胞癌中的SLC7A11表达及铁死亡敏感性	数字病理学	头颈部鳞状细胞癌	RNA测序	NA	RNA序列数据	涉及两个HNSCC细胞系
753	2024-08-09	Transient Activation of the Hedgehog-Gli Pathway Rescues Radiotherapy-Induced Dry Mouth via Recovering Salivary Gland Resident Macrophages 2020-12-15, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-20-0503 PMID:32998998	research paper	本文研究了短暂激活 Hedgehog-Gli 通路通过恢复唾液腺驻留巨噬细胞来挽救放射治疗诱导的口干症	首次揭示了驻留巨噬细胞及其修复相关的旁分泌因子在短暂激活 Hedgehog 通路挽救放射治疗诱导的唾液功能障碍中的关键作用	NA	探讨短暂激活 Hedgehog-Gli 通路恢复放射治疗诱导的唾液腺功能障碍的机制	小鼠唾液腺中的巨噬细胞、上皮细胞和内皮细胞	NA	head and neck cancer	single-cell RNA sequencing, qRT-PCR	NA	RNA	小鼠唾液腺细胞
754	2024-08-09	Characteristics of anti-CD19 CAR T cell infusion products associated with efficacy and toxicity in patients with large B cell lymphomas 2020-12, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-020-1061-7 PMID:33020644	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和基于捕获的细胞识别技术，分析了自体抗CD19 CAR T细胞输注产品在24名大B细胞淋巴瘤患者中的转录组特征，以识别与疗效和毒性相关的特征。	本研究首次揭示了CAR T细胞输注产品的细胞和分子特征异质性对axi-cel疗法疗效和毒性的影响，并提出第7天的分子反应可能作为CAR T细胞疗效的早期预测指标。	研究样本量较小，仅涉及24名患者，可能影响结果的普遍性。	旨在识别与大B细胞淋巴瘤患者接受抗CD19 CAR T细胞疗法的疗效和毒性相关的转录组特征。	自体抗CD19 CAR T细胞输注产品在大B细胞淋巴瘤患者中的转录组特征。	数字病理学	淋巴瘤	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	24名大B细胞淋巴瘤患者
755	2024-08-09	Single-Cell RNA Sequencing Reveals the Diversity of the Immunological Landscape following Central Nervous System Infection by a Murine Coronavirus 2020-11-23, Journal of virology IF:4.0Q2 DOI:10.1128/JVI.01295-20 PMID:32999036	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了小鼠冠状病毒JHMV感染中枢神经系统后免疫细胞的异质性	揭示了感染不同阶段免疫细胞的独特分子特征和参与有效抗病毒宿主防御的途径，并识别了可能参与脱髓鞘和再髓鞘化的基因	NA	旨在更好地理解JHMV感染中枢神经系统后先天和适应性免疫反应以及慢性脱髓鞘阶段的分子途径	小鼠中枢神经系统感染JHMV后的免疫细胞	数字病理学	神经系统疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	从实验小鼠的大脑和脊髓中富集的CD45阳性细胞
756	2024-08-09	Affinity-Restricted Memory B Cells Dominate Recall Responses to Heterologous Flaviviruses 2020-11-17, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2020.09.001 PMID:33010224	研究论文	研究探讨了记忆B细胞（MBCs）在应对异源黄病毒时的回忆反应机制，发现这些反应主要受限于预先存在的克隆多样性，而非通过次级生发中心（GCs）进行新的特异性塑造。	通过条件性删除激活诱导的胞苷脱氨酶（AID），研究了异源黄病毒挑战后的回忆反应，发现这些反应主要受限于预先存在的克隆多样性，而非通过次级生发中心进行新的特异性塑造。	研究主要集中在记忆B细胞的回忆反应机制，未涉及其他免疫细胞类型或更广泛的免疫反应。	区分黄病毒感染和免疫接种中记忆B细胞对异源抗原的反应机制。	记忆B细胞（MBCs）对异源黄病毒的回忆反应机制。	免疫学	NA	单细胞RNA测序，条件性基因删除	NA	RNA	涉及多种黄病毒（西尼罗河病毒、日本脑炎病毒、寨卡病毒和登革病毒）的挑战。
757	2024-08-09	Application of Single-Cell Sequencing to Immunotherapy 2020-Nov, The Urologic clinics of North America DOI:10.1016/j.ucl.2020.07.005 PMID:33008498	综述	本文通过单细胞视角探讨癌症免疫疗法，并讨论推动该领域发展的最先进技术	利用单细胞分析提高分辨率，有望发现并表征先前未被充分认识的细胞群，有助于理解癌症进展和治疗	NA	探讨单细胞分析在理解和开发针对泌尿系统和前列腺癌的免疫治疗策略中的潜力	泌尿系统和前列腺癌	数字病理学	前列腺癌	单细胞测序	NA	单细胞数据	NA
758	2024-08-09	Translocation of Viable Gut Microbiota to Mesenteric Adipose Drives Formation of Creeping Fat in Humans 2020-10-29, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2020.09.009 PMID:32991841	研究论文	本研究探讨了克罗恩病中微生物移位是否是驱动“爬行脂肪”形成的关键因素	发现了与爬行脂肪相关的特定肠道细菌亚群，并确定了Clostridium innocuum作为该菌群的标志，以及其在黏膜和脂肪组织中的菌株变异	NA	研究克罗恩病中微生物移位与爬行脂肪形成的关系	克罗恩病患者的肠道微生物和爬行脂肪组织	NA	克罗恩病	单细胞RNA测序	NA	RNA	包括克罗恩病患者的回肠手术切除标本和无菌小鼠
759	2024-08-09	Single-Cell Transcriptome Analysis Reveals Dynamic Cell Populations and Differential Gene Expression Patterns in Control and Aneurysmal Human Aortic Tissue 2020-10-06, Circulation IF:35.5Q1 DOI:10.1161/CIRCULATIONAHA.120.046528 PMID:33017217	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序分析，揭示了控制组和动脉瘤人主动脉组织中动态的细胞群和差异基因表达模式	首次全面评估了升主动脉壁的细胞组成，并揭示了人动脉瘤组织中基因表达景观的改变	NA	旨在全面表征升主动脉壁的细胞组成，并识别人动脉瘤组织中每个细胞群的分子改变	升主动脉组织中的细胞群和基因表达模式	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	11名研究参与者，包括8名动脉瘤患者和3名对照组受试者
760	2024-08-09	Generation of cortical neurons through large-scale expanding neuroepithelial stem cell from human pluripotent stem cells 2020-10-02, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-020-01939-6 PMID:33008480	研究论文	本文开发了一种可扩展的悬浮培养系统，用于大规模生成来源于人类多能干细胞的神经上皮干细胞（NESC）及其衍生的皮质神经元。	本文创新性地使用小分子和生长因子的组合，优化了培养系统，实现了NESC的大规模生产，并展示了这些NESC-spheres向皮质神经元的高效分化潜力。	NA	研究目的是开发一种高效、低成本的培养系统，用于大规模生产高质量的NESC-spheres，并将其用于细胞疗法、疾病模型和药物筛选。	研究对象包括人类多能干细胞（hPSCs）、神经上皮干细胞（NESC）及其衍生的皮质神经元。	再生医学	NA	细胞免疫荧光染色、全局转录组和单细胞RNA测序分析	NA	细胞	大规模的NESC-spheres