单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
741	2024-08-09	Predicting cell-to-cell communication networks using NATMI 2020-10-06, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-020-18873-z PMID:33024107	研究论文	本文开发了NATMI工具，用于从单细胞或批量表达数据中预测和可视化细胞间通信网络	NATMI工具使用connectomeDB2020数据库，能够识别网络中最活跃或最特异的配体-受体对，以及潜在的高通信细胞群	NA	研究不同细胞类型如何协同工作	细胞间通信网络	生物信息学	NA	单细胞测序技术	NA	表达数据	数千个细胞
742	2024-08-09	Parallel Single-Cell RNA-Seq and Genetic Recording Reveals Lineage Decisions in Developing Embryoid Bodies 2020-10-06, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2020.108222 PMID:33027665	研究论文	本文结合单细胞转录组学和遗传记录技术，研究胚胎干细胞向胚胎体分化的过程，并揭示了细胞命运轨迹和分支点	提出了一种创新的诱导性遗传记录技术，利用重组在狭窄的时间窗口内生成细胞特异性的时间戳条形码	NA	研究胚胎干细胞向胚胎体分化的过程，并揭示细胞命运轨迹和分支点	胚胎干细胞向胚胎体的分化过程	数字病理学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
743	2024-08-09	Network analysis of transcriptomic diversity amongst resident tissue macrophages and dendritic cells in the mouse mononuclear phagocyte system 2020-10, PLoS biology IF:7.8Q1 DOI:10.1371/journal.pbio.3000859 PMID:33031383	研究论文	本研究通过网络分析工具BioLayout对来自NCBI-GEO的466个高质量RNA测序数据集进行分析，探讨了小鼠单核吞噬细胞系统（MPS）中组织驻留巨噬细胞和树突状细胞的转录组多样性及其与标记物的关系	本研究利用大规模数据集揭示了MPS细胞表型的多样性，并指出表面标记物在定义细胞系、功能或亚群方面的预测价值有限	研究中提到的所有细胞分离程序都可能共纯化其他无关细胞类型，这可能影响MPS细胞的体内相互作用	探讨单核吞噬细胞系统中组织驻留巨噬细胞和树突状细胞的转录组多样性及其与标记物的关系	小鼠单核吞噬细胞系统中的组织驻留巨噬细胞和树突状细胞	数字病理学	NA	RNA测序	网络分析工具BioLayout	RNA测序数据	466个高质量RNA测序数据集
744	2024-08-09	Gene regulation inference from single-cell RNA-seq data with linear differential equations and velocity inference 2020-09-15, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaa576 PMID:33026066	研究论文	本文提出了一种名为GRISLI的新方法，用于从单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中推断基因调控网络（GRN）	GRISLI方法通过推断scRNA-seq数据空间中的速度矢量场，并使用线性常微分方程模拟细胞轨迹动态，结合稀疏回归过程重建潜在的GRN	NA	开发一种新的方法从scRNA-seq数据中推断基因调控网络	单细胞RNA测序数据和基因调控网络	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	线性常微分方程	scRNA-seq数据	NA
745	2024-08-09	Benchmarking evolutionary tinkering underlying human-viral molecular mimicry shows multiple host pulmonary-arterial peptides mimicked by SARS-CoV-2 2020, Cell death discovery IF:6.1Q1 DOI:10.1038/s41420-020-00321-y PMID:33024578	研究论文	本研究报告了33个与SARS-CoV-2和人类参考蛋白质组相同的8-mer/9-mer肽段，并通过与其他病毒-人类肽段同一性的比较，揭示了SARS-CoV-2在分子模拟方面的普遍相似性	发现了20个由SARS-CoV-2模拟的新型人类肽段，这些肽段在之前的冠状病毒株中未被观察到，并且通过单细胞RNA测序分析，显示这些目标基因在人类肺部和动脉中显著表达	NA	揭示分子模拟在SARS-CoV-2进化和免疫逃避中的作用	SARS-CoV-2与人类蛋白质组的8-mer/9-mer肽段	分子生物学	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	肽段序列	33个8-mer/9-mer肽段
746	2024-08-09	Joint learning of multiple gene networks from single-cell gene expression data 2020, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2020.09.004 PMID:33033579	research paper	本文介绍了一种新的联合高斯Copula图模型（JGCGM），用于从单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中联合估计多个细胞亚群的多基因网络	提出了联合高斯Copula图模型（JGCGM），能够处理非高斯数据和缺失值，并识别多个细胞亚群的共同和独特网络结构	NA	从单细胞RNA测序数据中推断基因网络，以理解细胞内的功能组织	单细胞RNA测序数据中的多个细胞亚群的基因网络	digital pathology	NA	scRNA-seq	Gaussian copula graphical model	gene expression data	多个细胞亚群的单细胞RNA测序数据
747	2024-08-09	Evaluating Distribution and Prognostic Value of New Tumor-Infiltrating Lymphocytes in HCC Based on a scRNA-Seq Study With CIBERSORTx 2020, Frontiers in medicine IF:3.1Q1 DOI:10.3389/fmed.2020.00451 PMID:33043022	研究论文	本研究通过CIBERSORTx方法，基于单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据，评估了肝细胞癌（HCC）中新肿瘤浸润淋巴细胞的分布及其预后价值	首次在TCGA HCC队列中研究了通过scRNA-seq鉴定的新细胞亚群的肿瘤浸润和预后价值	研究仅限于TCGA和ICGC队列，未来研究需要扩大样本量和多样性	探讨HCC中新的肿瘤浸润淋巴细胞亚群的分布及其预后价值	肝细胞癌（HCC）中的肿瘤浸润淋巴细胞	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	CIBERSORTx	基因表达数据	TCGA和ICGC队列中的大量样本
748	2024-08-09	SLC7A11 as a biomarker and therapeutic target in HPV-positive head and neck Squamous Cell Carcinoma 2020-12-17, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2020.09.134 PMID:33019976	研究论文	研究探讨了SLC7A11作为HPV阳性头颈部鳞状细胞癌的生物标志物和治疗靶点的潜力	首次报道了HPV阳性肿瘤中SLC7A11表达水平较低，并且E6-E7细胞对铁死亡的敏感性增加	研究主要基于体外细胞实验，需要进一步的临床试验验证	探索SLC7A11在HPV阳性头颈部鳞状细胞癌中的作用及其作为治疗靶点的可能性	HPV阳性头颈部鳞状细胞癌中的SLC7A11表达及铁死亡敏感性	数字病理学	头颈部鳞状细胞癌	RNA测序	NA	RNA序列数据	涉及两个HNSCC细胞系
749	2024-08-09	Transient Activation of the Hedgehog-Gli Pathway Rescues Radiotherapy-Induced Dry Mouth via Recovering Salivary Gland Resident Macrophages 2020-12-15, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-20-0503 PMID:32998998	research paper	本文研究了短暂激活 Hedgehog-Gli 通路通过恢复唾液腺驻留巨噬细胞来挽救放射治疗诱导的口干症	首次揭示了驻留巨噬细胞及其修复相关的旁分泌因子在短暂激活 Hedgehog 通路挽救放射治疗诱导的唾液功能障碍中的关键作用	NA	探讨短暂激活 Hedgehog-Gli 通路恢复放射治疗诱导的唾液腺功能障碍的机制	小鼠唾液腺中的巨噬细胞、上皮细胞和内皮细胞	NA	head and neck cancer	single-cell RNA sequencing, qRT-PCR	NA	RNA	小鼠唾液腺细胞
750	2024-08-09	Characteristics of anti-CD19 CAR T cell infusion products associated with efficacy and toxicity in patients with large B cell lymphomas 2020-12, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-020-1061-7 PMID:33020644	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和基于捕获的细胞识别技术，分析了自体抗CD19 CAR T细胞输注产品在24名大B细胞淋巴瘤患者中的转录组特征，以识别与疗效和毒性相关的特征。	本研究首次揭示了CAR T细胞输注产品的细胞和分子特征异质性对axi-cel疗法疗效和毒性的影响，并提出第7天的分子反应可能作为CAR T细胞疗效的早期预测指标。	研究样本量较小，仅涉及24名患者，可能影响结果的普遍性。	旨在识别与大B细胞淋巴瘤患者接受抗CD19 CAR T细胞疗法的疗效和毒性相关的转录组特征。	自体抗CD19 CAR T细胞输注产品在大B细胞淋巴瘤患者中的转录组特征。	数字病理学	淋巴瘤	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	24名大B细胞淋巴瘤患者
751	2024-08-09	Single-Cell RNA Sequencing Reveals the Diversity of the Immunological Landscape following Central Nervous System Infection by a Murine Coronavirus 2020-11-23, Journal of virology IF:4.0Q2 DOI:10.1128/JVI.01295-20 PMID:32999036	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了小鼠冠状病毒JHMV感染中枢神经系统后免疫细胞的异质性	揭示了感染不同阶段免疫细胞的独特分子特征和参与有效抗病毒宿主防御的途径，并识别了可能参与脱髓鞘和再髓鞘化的基因	NA	旨在更好地理解JHMV感染中枢神经系统后先天和适应性免疫反应以及慢性脱髓鞘阶段的分子途径	小鼠中枢神经系统感染JHMV后的免疫细胞	数字病理学	神经系统疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	从实验小鼠的大脑和脊髓中富集的CD45阳性细胞
752	2024-08-09	Affinity-Restricted Memory B Cells Dominate Recall Responses to Heterologous Flaviviruses 2020-11-17, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2020.09.001 PMID:33010224	研究论文	研究探讨了记忆B细胞（MBCs）在应对异源黄病毒时的回忆反应机制，发现这些反应主要受限于预先存在的克隆多样性，而非通过次级生发中心（GCs）进行新的特异性塑造。	通过条件性删除激活诱导的胞苷脱氨酶（AID），研究了异源黄病毒挑战后的回忆反应，发现这些反应主要受限于预先存在的克隆多样性，而非通过次级生发中心进行新的特异性塑造。	研究主要集中在记忆B细胞的回忆反应机制，未涉及其他免疫细胞类型或更广泛的免疫反应。	区分黄病毒感染和免疫接种中记忆B细胞对异源抗原的反应机制。	记忆B细胞（MBCs）对异源黄病毒的回忆反应机制。	免疫学	NA	单细胞RNA测序，条件性基因删除	NA	RNA	涉及多种黄病毒（西尼罗河病毒、日本脑炎病毒、寨卡病毒和登革病毒）的挑战。
753	2024-08-09	Application of Single-Cell Sequencing to Immunotherapy 2020-Nov, The Urologic clinics of North America DOI:10.1016/j.ucl.2020.07.005 PMID:33008498	综述	本文通过单细胞视角探讨癌症免疫疗法，并讨论推动该领域发展的最先进技术	利用单细胞分析提高分辨率，有望发现并表征先前未被充分认识的细胞群，有助于理解癌症进展和治疗	NA	探讨单细胞分析在理解和开发针对泌尿系统和前列腺癌的免疫治疗策略中的潜力	泌尿系统和前列腺癌	数字病理学	前列腺癌	单细胞测序	NA	单细胞数据	NA
754	2024-08-09	Translocation of Viable Gut Microbiota to Mesenteric Adipose Drives Formation of Creeping Fat in Humans 2020-10-29, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2020.09.009 PMID:32991841	研究论文	本研究探讨了克罗恩病中微生物移位是否是驱动“爬行脂肪”形成的关键因素	发现了与爬行脂肪相关的特定肠道细菌亚群，并确定了Clostridium innocuum作为该菌群的标志，以及其在黏膜和脂肪组织中的菌株变异	NA	研究克罗恩病中微生物移位与爬行脂肪形成的关系	克罗恩病患者的肠道微生物和爬行脂肪组织	NA	克罗恩病	单细胞RNA测序	NA	RNA	包括克罗恩病患者的回肠手术切除标本和无菌小鼠
755	2024-08-09	Single-Cell Transcriptome Analysis Reveals Dynamic Cell Populations and Differential Gene Expression Patterns in Control and Aneurysmal Human Aortic Tissue 2020-10-06, Circulation IF:35.5Q1 DOI:10.1161/CIRCULATIONAHA.120.046528 PMID:33017217	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序分析，揭示了控制组和动脉瘤人主动脉组织中动态的细胞群和差异基因表达模式	首次全面评估了升主动脉壁的细胞组成，并揭示了人动脉瘤组织中基因表达景观的改变	NA	旨在全面表征升主动脉壁的细胞组成，并识别人动脉瘤组织中每个细胞群的分子改变	升主动脉组织中的细胞群和基因表达模式	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	11名研究参与者，包括8名动脉瘤患者和3名对照组受试者
756	2024-08-09	Generation of cortical neurons through large-scale expanding neuroepithelial stem cell from human pluripotent stem cells 2020-10-02, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-020-01939-6 PMID:33008480	研究论文	本文开发了一种可扩展的悬浮培养系统，用于大规模生成来源于人类多能干细胞的神经上皮干细胞（NESC）及其衍生的皮质神经元。	本文创新性地使用小分子和生长因子的组合，优化了培养系统，实现了NESC的大规模生产，并展示了这些NESC-spheres向皮质神经元的高效分化潜力。	NA	研究目的是开发一种高效、低成本的培养系统，用于大规模生产高质量的NESC-spheres，并将其用于细胞疗法、疾病模型和药物筛选。	研究对象包括人类多能干细胞（hPSCs）、神经上皮干细胞（NESC）及其衍生的皮质神经元。	再生医学	NA	细胞免疫荧光染色、全局转录组和单细胞RNA测序分析	NA	细胞	大规模的NESC-spheres
757	2024-08-09	Identification of putative master regulators in rheumatoid arthritis synovial fibroblasts using gene expression data and network inference 2020-10-01, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-020-73147-4 PMID:33004899	研究论文	本研究利用基因表达数据和网络推断方法，识别类风湿性关节炎滑膜成纤维细胞中的潜在主调控因子	本研究首次识别了类风湿性关节炎滑膜成纤维细胞中的五个特定主调控因子，并评估了它们的转录因子活性	NA	旨在表征类风湿性关节炎滑膜成纤维细胞中的主调控转录因子，这些因子可能解释其表型特征	类风湿性关节炎滑膜成纤维细胞中的主调控转录因子	NA	类风湿性关节炎	微阵列和单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	来自类风湿性关节炎和骨关节炎患者的滑膜组织
758	2024-08-09	Defining the First Part of the Oncogenic KRAS Journey 2020-10-01, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2020.09.009 PMID:33007229	研究论文	本文通过分析类器官培养、患者样本和鼠模型结合单细胞RNA测序技术，探讨了致癌KRAS激活的早期事件	结合多种技术手段，如类器官培养、患者样本分析和单细胞RNA测序，以深入研究KRAS突变相关的早期致癌过程	NA	阐明致癌KRAS激活的早期事件	KRAS突变在人类癌症中的早期致癌过程	数字病理学	癌症	单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及类器官培养、患者样本和鼠模型
759	2024-08-09	Single-Nucleus RNA-Seq Is Not Suitable for Detection of Microglial Activation Genes in Humans 2020-09-29, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2020.108189 PMID:32997994	研究论文	本文通过比较单细胞和单核RNA测序技术在人类大脑样本中的应用，探讨了单核RNA测序技术在检测人类组织细胞状态中的适用性	发现单核RNA测序技术在检测微胶质细胞激活基因方面存在低敏感性	单核RNA测序技术无法有效检测微胶质细胞在人类疾病中的细胞激活状态	评估单核RNA测序技术在检测人类组织细胞状态中的能力	微胶质细胞的激活基因	数字病理学	阿尔茨海默病	单核RNA测序 (snRNA-seq)	NA	RNA	四个人类受试者的大脑样本
760	2024-08-09	Protocol for Isolation of Cardiac Interstitial Cells from Adult Murine Hearts for Unbiased Single Cell Profiling 2020-09-18, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2020.100077 PMID:33000003	研究论文	本文介绍了一种从成年小鼠心脏中高效分离高质量活核非心肌细胞的无偏单细胞RNA测序方法	使用基于液滴的技术进行单细胞分析，革新了对细胞状态和身份的研究	NA	开发一种高效的方法来分离心脏间质细胞，以进行无偏的单细胞RNA测序	成年小鼠心脏中的心脏间质细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	不同小鼠品系的健康和受伤心脏样本